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Tests 2/11/2021 <> gestion des droits
by Sylvain PETEK Nov. 17, 2021

Nov. 17, 2021

Bonjour à tous, Suite à la dernière MàJ, j’ai commencé à faire de nouveaux tests, voici ce que j'ai noté aujourd’hui: Tests de la gestion des droits, connecté en tant qu’utilisateur « Sylvain PETEK UT », avec au départ: - Les droits sur 1 campagne : EXEMPLE - Créateur d’une campagne : PHARMATRAD-PF - Administrateur de la campagne : BSM-PF Ø Au niveau de la campagne PHARMATRAD-PF : o en mode consultation, je n’ai pas les « boutons » pour la modifier alors que j’en suis le créateur (dans le tableau l’icône modif est là) Ø Test de la fonction d’import des Lots, à partir du fichier ListLotsPageHeaders-Essai9-droit+erreur.csv o Détecte bien un certain nombre d’erreurs (sur les masses, les booléens, la date) o Signale une erreur au niveau de la « Partie » > C’est un problème de casse, serait-il possible d’éviter que la casse soit discriminante quels que soient les champs et les interfaces ? o Le specimen sp3200 (pour lequel je n’ai pas les droits) n’a pas été retrouvé en L1, là encore plutôt lié à un pb de casse qu’à un contrôle des droits, car en L2 j’ai le spécimen P398 (pour lequel je n’ai pas les droits) qui ne renvoie aucune erreur. o Au niveau de la Campagne j’ai indiqué BSM-Fidji (pour laquelle je n’ai pas les droits) > ça ne renvoie pas d’erreur o Au niveau des stations j’ai indiqué FJ01 et FJ02 (pour lesquelles je n’ai pas les droits) > ça ne renvoie pas d’erreur Ø Test de la fonction d’import des Lots, à partir du fichier ListLotsPageHeaders-Essai10-droit.csv o Au niveau des champs : Campagne, station, spécimen, j’ai mis des valeurs pour lesquelles je n’ai pas les droits > ça ne renvoie pas d’erreur et l’import est déclenché >> me donnant de fait accès à ces données pour lesquelles je n’avais pas accès au départ Ø Je n’ai pas testé les autres imports, mais je suppose que l’on rencontre le même comportement Ø Tests Administrateur de Campagne o Au niveau de la campagne BSM-PF : § mode Edition, lorsque je souhaite ajouter des droits d’accès à qq’un d’autre, en l’occurrence PETEK U Sylvain > il ne me propose qu’une liste restreinte d’échantillons, alors qu’il y en a 70… § Au niveau de la Recherche, si je cherche « BSM-PF » > Il manque de nombreux résultats et certains n’ont rien avoir avec cette campagne Merci, Bonne soirée, Sylvain

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Tests 4/11/2021 <> Visionneuse d'images et Recherche de Documents
by Sylvain PETEK Nov. 4, 2021

Nov. 4, 2021

Bonjour à tous, Suite à la dernière MàJ, voici ce que j'ai noté aujourd’hui au niveau de la Visionneuse d'images et de la Recherche de Documents Ø Au niveau de la Visionneuse d’images : o J’ai fait une recherche sur Tuam*, ça me renvoie un certain nombre d’images et de docs § Je filtre sur Type de document = Photo in situ > ça marche très bien § Je clique pour visionner les photos de la page 1 du tableau « Specimens » > ça marche bien § Je tri le tableau « Specimens » sur la colonne Référence et je clique pour visionner une photo > ça ne marche pas > ça déclenche le téléchargement de la photo § J’ai le même comportement si j’essaie de visionner les photos de la page 2 et suivantes § J’ai le même comportement au niveau des autres tableaux Ø Au niveau de la Recherche de documents : o J’ai fait une recherche sur *, ça me renvoie bien un certain nombre d’images et de docs § Après avoir fait un tri du tableau Station sur la colonne Nom > au moins 8 photos ne se sont pas affichées Merci, Bonne fin de journée, Sylvain

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Tests 3/11/2021 <> Gestion des droits et pb modif d'un doc
by Sylvain PETEK Nov. 3, 2021

Nov. 3, 2021

Bonjour à tous, Suite à la dernière MàJ, voici ce que j'ai noté au niveau de la gestion des droits Ø Gestion des droits d’un utilisateur : o Connecté en tant qu’Administrateur, j’ai voulu attribuer des droits à un utilisateur (sur l’interface utilisateur), lorsque je choisis une campagne donnée (ici Marquesas), ça ne me donne pas la liste des lots de la campagne en question, mais celle de la campagne sélectionnée précédemment, je ne peux donc pas attribuer les droits spécifiquement à un lot donné : o Si l’on va sur la fiche utilisateur de Sylvain PETEK UT, on ne visualise pas qu’il a les droits sur la campagne BSM-PF (pour lequel il est administrateur de campagne). o Connecté en tant qu’utilisateur Sylvain Petek UT § Essai import Tests biologiques à partir du fichier testBioSP1.csv · Il ne détecte aucune erreur (alors que je n’ai pas les droits sur les produits testés), l’import est déclenché > Je ne vois pas les données importées, que ce soit avec le moteur de recherche ou « à la main » avec mon compte Utilisateur. Une fois connecté en Administrateur > je retrouve les données importées. § Essai import Tests biologiques à partir du fichier testBioSP2.csv · Détecte bien que la référence du tests SP-TEST32 existe déjà (alors que je n’y ai pas accès) § Essai import Tests biologiques à partir du fichier testBioSP3.csv pour lequel j’ai les droits sur les produits testés · L’import se fait bien et le tableau est actualisé dans la foulée Ø Au niveau d’un document précédemment enregistré (fiche campagne Karubentos 2, accès en mode consultation), j’ai voulu modifier la fiche du document pour changer le type de document > Erreur interne à la validation Voilà j’ai fait le tour pour le moment. Merci, Sylvain

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Tests 3/11/2021 <> Cartes
by Sylvain PETEK Nov. 3, 2021

Nov. 3, 2021

Bonjour à tous, Suite à la dernière MàJ, voici ce que j'ai noté au niveau des Cartes : Ø Au niveau des Cartes : o Serait-il possible d’uniformiser le comportement des cartes au niveau des différentes interfaces : § affichage de l’étiquette d’une station lorsqu’on clique dessus, quelle que soit l’interface (Campagne, station, lot, spécimen) ? § une fonctionnalité qui permette d’afficher ou non toutes les étiquettes des stations ? § Concernant le fichier KML exporté, serait-il possible d’y faire figurer les références des stations, car sinon on ne sait pas de quelle station il s’agit § Concernant le fichier GeoJSON exporté, serait-il également possible d’y faire figurer les références des stations ? § Est-ce que les fichiers PNG exportés pourraient être en 1920 x 1080 (ou un format avoisinant) ? o Interface Recherche : § Il y a un problème au niveau de l’affichage des étiquettes des stations § Quand il n’y a pas de résultat, la carte s’affiche partiellement, le zoom est très haut, centré sur l’antarctique > serait-il possible de le redescendre un peu, avec un centrage par défaut « classique » sur l’Atlantique?: o si une seule station sort à l’issue de la recherche, le zoom est trop « fort », et du coup la carte ne s’affiche pas. Il faudrait dé-zoomer d’un cran pour que la carte s’affiche. o Interface Campagne : § Serait-il possible d’aligner le bord gauche de la carte avec le bord des tableaux ? § Les étiquettes des stations ne s’affichent pas quand on clique dessus. o Interface Station (testée sur PFS04) : § Quand il n’y a pas de coordonnées GPS, la carte ne s’affiche pas, et il y a malgré tout les liens PNG, KML… (qui lorsque l’on clique dessus renvoient vers la page d’accueil) § En l’absence de coordonnées GPS, serait-il possible d’afficher la carte en la centrant sur le pays (qui est une donnée obligatoire), sans repère ? Merci, Sylvain

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Tests 3/11/2021 <> Recherche
by Sylvain PETEK Nov. 3, 2021

Nov. 3, 2021

Bonjour à tous, Suite à la dernière MàJ, voici ce que j'ai noté au niveau de la Recherche : Ø Au niveau de la Recherche : o Dans Firefox, quand il n’y a pas de résultat, les tableaux ne s’affichent pas complétement: Ce qui ne se produit pas sous Edge par exemple: o J’ai fait une recherche sur la campagne <https://cantharella.demo.codelutin.com/campagne/list?200-1.-ListCampagnesPa…> CORALSPOT_(GAMBIER) et d’autres composées de plusieurs mots ( <https://cantharella.demo.codelutin.com/campagne/list?215-1.-ListCampagnesPa…> AMP-MARQUISES_(LEG2) , <https://cantharella.demo.codelutin.com/campagne/list?218-1.-ListCampagnesPa…> ALGUES-PF_(CAVIAR_VERT), <https://cantharella.demo.codelutin.com/campagne/list?218-1.-ListCampagnesPa…> ALGUES-PF_(POLYALG) … ): § Ça ne sort aucun résultat o J’ai fait une recherche * + pays = Polynésie française : § Au niveau des documents : · pour Campagnes, il ne m’affiche le document que pour BSM-PF alors que je devrais avoir les documents de 12 campagnes · pour Tests biologiques, il m’affiche 30 fois le même document · pour Molécules, il m’affiche 5 documents, je devrais en avoir plus de 10 · Le visionnage des images fonctionne bien : la visionneuse permet de parcourir les images présentes sur la page quel que soit le tableau. Est-il possible de modifier ce comportement, pour que la visionneuse enchaine vers les photos de la page suivante d’un tableau, plutôt que d’enchainer sur les images du tableau suivant sur la page ? · Au niveau des différents tableaux, la case pour sélectionner/désélectionner d’un clic tous les documents d’une page d’un tableau fonctionne bien, Merci ! · L’export Zip : o des documents de la première page d’un tableau fonctionne bien pour les différents tableaux o des documents des pages 2 et suivantes d’un tableau ne fonctionne pas correctement pour Stations, Spécimens et Lots (pas pu tester les autres, mais j’imagine que le comportement serait le même) § Soit ça génère un msg d’erreur : § Soit ça n’exporte que le premier document (ST39) de la page en question (ici pour la page 5 avec tous les docs sélectionnés): o De la même manière si je sélectionne des documents sur plusieurs pages d’un même tableau, il n’exporte que le premier document : o J’ai lancé une recherche directement dans l’onglet Recherche de documents, avec * · Ca fonctionne bien, merci ! Les tris sur les colonnes se font bien également · J’ai eu qqs photos qui ne se sont pas affichées : Merci, Sylvain

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Tests 3/11/2021 <> Interfaces
by Sylvain PETEK Nov. 3, 2021

Nov. 3, 2021

Bonjour à tous, Suite à la dernière MàJ, voici ce que j'ai noté au niveau de différentes interfaces : Ø Interface Molécule : o Serait-il possible de mettre la barre d’outil de ChemDoodle au-dessus de la fenêtre ? Ø Interface Tests biologiques : o Lorsque je souhaite saisir une nouvelle manip de tests biologiques manuellement, en choisissant la méthode > Le descriptif ne s’affiche pas Demo Cantharella (IRD) o Connecté en Utilisateur Sylvain PETEK UT : § En ayant importé des données (testBioSP3.csv), le descriptif est bien affiché, mais si l’on décide de changer la méthode, il ne s’actualise pas. § en mode consultation, je n’ai pas les « boutons » pour la modifier alors que j’en suis le créateur (dans le tableau l’icône modif est là) § Au niveau du tableau de résultats (manip SP-TEST33) que je viens d’importer, si je souhaite rajouter une ligne pour lequel je ne suis pas sensé avoir de valeur, en indiquant « nt » dans la colonne Erreur > Il me met un message d’erreur réclamant une valeur, alors que je ne suis pas supposé en mettre une dans ce cas. Normalement en indiquant qqchose dans la colonne « Erreur » la case « valeur » est supposée ne plus être accessible (cf instance IRD ci-dessous) : Merci, Sylvain

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Tests 3/11/2021 <> Fonctions d'import
by Sylvain PETEK Nov. 3, 2021

Nov. 3, 2021

Bonjour à tous, Suite à la dernière MàJ, voici ce que j'ai noté aujourd’hui concernant les fonctions d’import : Ø Test fonction d’import Station : o à partir du fichier : ListStationsPageHeaders-Essai3.csv § Dans ce fichier, j’ai mis O pour la longitude > l’erreur n’est pas détectée et l’import est effectué mais les données de longitude ne sont pas enregistrées : Ø Test fonction d’import Extraction : o A partir du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai3.csv > Erreur interne Ø Test fonction d’import Purifications : o Au niveau de la purification (SPPurEs01 <https://cantharella.demo.codelutin.com/purification/list?3-1.-ListPurificat…> ) importée via ListPurificationsPageHeaders-Essai1.csv § Lorsque l’on consulte la Purification en question, en mode édition : les différents champs correspondant aux paramètres de la purification n’apparaissent pas (même en changeant la méthode). § En essayant de saisir une nouvelle purification à la main, j’ai le même comportement. Demo Cantharella (IRD) Ø Test fonction d’import Molécules : o A partir du fichier : ListMoleculesPageHeaders-Essai7.csv § Dans ce fichier, pour essayer d’importer la formule développée, j’ai collé le code SMILES de ma molécule > Ca fonctionne !! § Apparemment ça ne serait donc pas le code InChI mais le code SMILES des composés qu’il faudrait mettre dans le csv. Si c’est bien cela, serait-il possible d’actualiser le fichier csv pour mettre « Code SMILES » à la place de Code InchI ? o A partir du fichier : ListMoleculesPageHeaders-Essai8.csv § Dans ce fichier, j’ai essayé d’importer une molécule particulièrement compliqué > Erreur Interne, le problème semble venir de la longueur du Nom IUPAC o A partir du fichier : ListMoleculesPageHeaders-Essai11.csv § Détecte bien les différentes erreurs du fichier § Au niveau du message d’erreur « La valeur booléenne n’est pas valide… » serait-il possible de remplacer par : « La valeur pour la colonne « Nouvelle Molécule » n’est pas valide. Les valeurs suivantes sont attendues : [oui, non, o, n] » ? § Au niveau du message d’erreur « Code InChI invalide » remplacer par « Code SMILES invalide » (si c’est bien le code SMILES qui est attendu). Merci, Sylvain

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Mise à jour de la demo
by Jean Couteau Oct. 27, 2021

Oct. 27, 2021

Sylvain, j'ai déployé une nouvelle version en demo qui corrige quasiment tous les points relevés (si j'ai rien oublié). Il restera : - le tout sélectionner - la carte qui passe par dessus le texte Quelques petites remarques sur tes questions : - Les références et numDepot sont limitées à 10 caractères en base, nous avons donc intégré le contrôle dans les imports - le code Inchi invalide est déclaré comme tel par la librairie utilisée (https://cdk.github.io/index.html) du coup je ne sais pas trop quoi dire. Jean NB : Penses bien à vider ton cache navigateur pour tester

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Re: [Cantharella-devel] Tests 18/10/2021> Affichage sur la carte
by Sylvain PETEK Oct. 23, 2021

Oct. 23, 2021

Bonjour à tous, Au niveau de la Recherche, concernant l'affichage des résultats sur la carte (stations, spécimens et échantillons), Il faudrait pouvoir les afficher tous, car à l'usage ça perd beaucoup de son intérêt (et c'est très déroutant) si on n'a qu'un affichage partiel. Merci d'avance, Bonne journée, Sylvain -----Message d'origine----- De : Cantharella-devel <cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com> De la part de Jean Couteau Envoyé : mardi 19 octobre 2021 17:46 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : Re: [Cantharella-devel] Tests 18/10/2021 Bonjour, je n'ai pas encore travaillé sur ces retours, mais je peux déjà répondre sur plusieurs points : Le Mon, 18 Oct 2021 18:18:42 +0200, "Sylvain PETEK " <sylvain.petek(a)ird.fr> a écrit : > Ø Tests au niveau de la Recherche de données : > > o J’ai fait une recherche * + pays = Polynésie française : > > § Au niveau de la carte il manque beaucoup de stations : 18 affichées > < > 589 dans le tableau Tu n'en a que 18 dans le tableau, les autres ne sont pas affichées. Il faudrait tout remonter pour les afficher. Nous en avions déjà parlé pendant la démo. > Ø Interface Campagne : BSM-FIDJI > > o au niveau de la carte, des stations sont manquantes : > > > Campagne BSM-FIDJI : > > Google Earth à partir du fichier GPS stocké sur la fiche Campagne : > Si tu regardes bien elles sont toutes présentes, mais les Fidji sont à cheval sur la démarcation E/W et tu as 2 lots de marqueurs : ceux de l'ouest et ceux de l'est. Malheureusement, on ne pourra pas faire grand chose pour ça. Jean _______________________________________________ Cantharella-devel mailing list Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Tests 22/10/2021
by Sylvain PETEK Oct. 23, 2021

Oct. 23, 2021

Bonjour à tous, Voici ce que j'ai noté aujourd’hui 22/10, avec les fichiers correspondants : Ø Test fonction d’import Station : o à partir du fichier : ListStationsPageHeaders-Essai3.csv § Dans ce fichier, j’ai mis O pour la longitude > l’erreur n’est pas détectée et l’import est effectué mais les données de longitude ne sont pas enregistrées : § Détecte bien une station déjà existante o à partir du fichier : ListStationsPageHeaders-Essai4.csv § Détecte bien si Lat > 90 et si Long > 180 § Import réussi d’un fichier >90ko (plus de 100 lignes) § Quand on souhaite visualiser les stations importées via la Recherche sur essai* Toutes les stations ne sont pas affichées ce que l’on remarque par ces trous dans la série, et ce même en faisant une recherche dans la zone, pour laquelle je devrais avoir 24 stations Ø Test fonction d’import Spécimen : o A partir du fichier ListSpecimensPageHeaders-Essai1.csv § La longueur du numDepot est limitée à 10 caractères, c’est normal ? Serait-il possible d’augmenter le nb de caractère ? o A partir du fichier ListSpecimensPageHeaders-Essai2b.csv § La longueur de la référence est limitée à 10 caractères, c’est normal ? Serait-il possible d’augmenter le nb de caractère ? § Le message est en anglais Ø Test fonction d’import Lot : o A partir du fichier ListLotsPageHeaders-Essai5.csv § Signale bien la partie qu’il ne trouve pas > Serait-il possible d’ajouter un ‘ pour avoir n’a à la place de na dans le message d’erreur o A partir du fichier ListLotsPageHeaders-Essai5a.csv § L’import des 168 lignes se fait bien Ø Test fonction d’import Extraction : o A partir du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai1.csv § L’import se fait bien o A partir du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai2.csv > Erreur interne o A partir du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai3.csv > Erreur interne o A partir du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai5.csv § Détecte bien que les extraits existent déjà o A partir du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai6.csv § Dans ce fichier, j’ai une erreur au niveau du N° de manip (j’ai 2 fois le même N°) il faudrait modifier le message d’erreur ci-dessous pour l’associer au N° de manip, pour avoir qqchose du type : « L3 : un extrait du même type a déjà été associé à l’extraction ‘SPESS04’ » o A partir du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai7.csv § Dans ce fichier, j’ai une « erreur » au niveau de la Masse à extraire (pour la même manip. la masse à extraire est différente entre la 1ere et la 2e ligne) et le système enregistre la première valeur… > Est-ce qu’il serait possible qu’il y ait un contrôle à ce niveau, la masse devant être la même entre toutes les lignes d’une même manip ? Ø Test fonction d’import Molécules : o A partir du fichier ListMoleculesPageHeaders-Essai5.csv § J’ai l’erreur ci-dessous concernant le code InChI, alors que j’ai fait un copier-coller d’un code InChI valide… Je ne sais pas d’où vient l’erreur Merci d’avance, Bonne journée, Sylvain

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