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Soutenance de thèse 13 décembre 2022
by Charlotte Sève Dec. 9, 2022

Dec. 9, 2022

Chers utilisateurs d'Isis-fish, J'ai le plaisir de vous annoncer que je soutiendrai ma thèse le mardi 13 décembre à 14h à la Maison de l'Océan (petit amphithéâtre), à Paris. Pour les personnes souhaitant assister à cette soutenance, vous pouvez venir si vous le souhaitez, je vous y croiserai avec plaisir ! Je vous enverrai bientôt un lien permettant de suivre la soutenance en visioconférence. Voici le résumé de ma thèse : Face aux enjeux croissants liés à la protection de l’environnement marin, il est urgent de développer des solutions de gestion durables, conciliant à la fois un bon état écologique et une exploitation durable des ressources. Les aires marines protégées (AMP) cristallisent les tensions entre ces deux pôles, et l’état actuel de la protection mondiale de l’océan en témoigne. Alors que les AMP intégralement protégées (i.e. au sein desquelles aucun usage extractif n’est autorisé) sont les plus efficaces écologiquement, elles représentent moins de 2% des AMP mises en place, la majorité d’entre elles étant partiellement protégées (i.e. autorisent des usages extractifs sous certaines conditions). Ces dernières ont été classifiées en différents niveaux de protection, et on sait que seules les plus restrictives sont efficaces écologiquement. Cependant, les impacts halieutiques spécifiques de chaque niveau de protection n’ont encore jamais été étudiés, alors même que ces informations sont centrales dans les processus de décision nécessaires à la mise en place des AMP. A fortiori, cette efficacité halieutique n’a jamais été évaluée dans le cadre d’un réseau composé d’aires marines intégralement et partiellement protégées –des réseaux multi-niveaux de protection. Aujourd’hui, alors que de nouveaux objectifs internationaux sont discutés dans le but de protéger une plus grande partie de l’océan avec des AMP, il est nécessaire d’évaluer les impacts des différents niveaux de protection, spécifiquement. L’objectif général de ce travail de doctorat est donc de déterminer les possibles impacts écologiques et halieutiques des réseaux multi-niveaux de protection, à court, moyen et long terme. Afin de répondre à cette question, ce travail se divise en trois parties complémentaires qui prennent pour cas d’étude une espèce bentho-pélagique côtière surexploitée commercialement. Dans un premier chapitre, à l'aide d'un modèle de métapopulation nous comparons les impacts écologiques et halieutiques de la mise en oeuvre d'une gestion non spatialisée, d’une grande AMP ou de réseaux d'AMP, et nous évaluons comment l'ampleur des deux résultats est influencée par la connectivité larvaire et par la quantité d’effort de pêche déplacée par l’AMP. Dans un deuxième chapitre, nous combinons l’utilisation de ce même modèle à une analyse de données in situ issues de trois réseaux de Méditerranée afin de déterminer si ces résultats théoriques peuvent s’observer de manière empirique, et si la dynamique spatiale d’effort de pêche peut influencer les bénéfices de ces réseaux. Enfin, dans un troisième chapitre, nous nous concentrons sur les niveaux de protection définis au sein du Guide des AMP et utilisons le modèle de pêcherie mixte ISIS-fish afin de déterminer comment différents réseaux multi-niveaux de protection permettent de répondre aux objectifs de conservation et de gestion des pêches. Je vous souhaite à tous une bonne semaine, -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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analyse de sensibilité - paramètre de règle
by Stephanie MAHEVAS Dec. 8, 2022

Dec. 8, 2022

Salut je veux lancer une AS avec l'interface d'AS d'ISIS. Quand je selectionne un parametre d'une regle en tant que discret fini (par exemple survie de la regle TACpoids), je choisis ensuite un nombre de valeurs et je remplis ensuite chaque valeur. A la sauvegarde, j'ai le message d'erreur facteur invalide... j'ai attaché le debug mais il ne semble y avoir aucun message associé à ce probleme. Quelqu'un a une idée ? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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pb switch() / case
by Stephanie MAHEVAS Dec. 2, 2022

Dec. 2, 2022

hello une aide ? merci Stephanie 1. ERROR in C:\Users\smahevas\C-ISISFish\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20221201094535-853357926\checkPopulationReproductionEquation10797508798142475965Equation.java (at line 52) case 5,6,7,8,9,10,11,12,13,14 : ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Multi-constant case labels supported from Java 14 onwards only avec java version "17.0.2" 2022-01-18 LTS Java(TM) SE Runtime Environment (build 17.0.2+8-LTS-86) Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 17.0.2+8-LTS-86, mixed mode, sharing) et le script reproduction complet : double Ktemp = context.getValueAndCompute("nephrops.reproductionEquation.Ktemp", 1); int Kint = (int)Ktemp; TimeStep step = context.getSimulationControl().getStep(); int y = step.getYear(); MatrixND Biom = context.getResultManager().getMatrix(step,pop,"matrixBiomass"); for (MatrixIterator i=Biom.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[0]; i.setValue(i.getValue()* group.getMaturityOgive()); } MatrixND prop = Biom.sumOverDim(0).reduceDims(0); double ssb = Biom.sumAll(); prop = prop.divs(ssb); double Rtot=0.0; switch(Kint){ case 1 : // Beverton & Holt double abv = 1; double bbv = 1; Rtot = abv*ssb/(bbv+ssb); break; case 2 : // a*ssb*exp(-b*ssb) - Ricker double ar=0.5; double br=0.005; Rtot = ar*ssb*Math.exp(-br*ssb); break; case 3 : // Hockey Stick double ahs=10; double ssbt = 7.3E7 ; if (ssb < ssbt) {Rtot = ahs*ssb;} else {Rtot = ahs*ssbt;} break; case 4 : // repro fecondite double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = Ktemp * group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } break; case 5,6,7,8,9,10,11,12,13,14 : // aleatoire unif[min-max] double [][] matrixR = {{0.11178995, 0.95123978, 0.05388496, 0.30427033, 0.88097277}, {0.61318827, 0.86325772, 0.59521774, 0.97951352, 0.39522985}, {0.84762444, 0.81945931, 0.17035498, 0.98107093, 0.30626818}, {0.73545519, 0.52408773, 0.56679328, 0.90386484, 0.94130219}, {0.84378708, 0.14061830, 0.23156422, 0.71417364, 0.54878101}, {0.64332233, 0.01433846, 0.22262234, 0.65167476, 0.22910183}, {0.06130198, 0.40996938, 0.97397125, 0.69185333, 0.29951089}, {0.67789114, 0.43629884, 0.52475169, 0.14057724, 0.98577644}, {0.90164408, 0.68106970, 0.85784589, 0.20025039, 0.97989699}, {0.54700931, 0.07277969, 0.04077778, 0.37232379, 0.95016336} }; double ssbtmin = 7.3E7; double ssbtmax = 9.0E7; Rtot = matrixR[Kint][y]*(ssbtmax-ssbtmin)+ssbtmin; break; } // fin du switch if (Kint!=4) { for(Zone zone:zoneRepro){ double propZone=prop.getValue(zone); result.setValue(zone,propZone*Rtot); } } return 0; -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Erreur "Lock file recently modified" avec calibration sur Datarmor
by Tuan Anh PHAN Nov. 5, 2022

Nov. 5, 2022

Bonjour, J'essaie de lancer la calibration sur Datarmor mais je reçois toujours erreur "Lock file recently modified" (cf fichier debugISIS.log). Je mets en PJ la région, la simulation, les 2 scripts PBS et R pour info supplémentaire. -- À+, PHAN Tuan Anh Ifremer, EMH ------------------------------------------------------------------------

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Erreur "Lock file recently modified" avec calibration sur Datarmor
by Tuan Anh PHAN Nov. 4, 2022

Nov. 4, 2022

Bonjour, J'essaie de lancer la calibration sur Datarmor mais je reçois toujours erreur "Lock file recently modified" (cf fichier debugISIS.log). Je mets en PJ la région, la simulation, les 2 scripts PBS et R pour info supplémentaire. -- À+, PHAN Tuan Anh Ifremer, EMH ------------------------------------------------------------------------

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2022

Sept. 30, 2022

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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import d'une matrice csv format avec semantics pour les effectifs initiaux
by Sigrid LEHUTA Sept. 26, 2022

Sept. 26, 2022

Bonjour, est il possible d'importer la matrice des effectifs initiaux (onglet lancement de simu) a partir d un fichier csv au format matrice + semantic? si oui ca ne marche pas avec le fichier joint. Vois tu quelle erreur j ai faite ? Merci pj: la base et le fichier csv -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Bug: Impossible de changer dossier base de données
by Tuan Anh PHAN Sept. 21, 2022

Sept. 21, 2022

Bonjour à tous, Pour faire des copies des régions, je change le répertoire des données (isis-fish-4) mais ISIS renvoie une erreur: J'ai re-télécharger ISIS mais ça marche pas non plus. J'ai dû modifier le fichier configuration dans AppData\Roaming pour remettre le répertoire par défaut. Avez-vous le même problème ? -- À+, PHAN Tuan Anh Ifremer, EMH ------------------------------------------------------------------------

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plan de simulation réduction d'effort
by Antoine RICOUARD Sept. 7, 2022

Sept. 7, 2022

Bonjour, Je cherche à faire un plan de simulation qui modifie la valeur du paramètre de la règle "EffortReduction" à chaque simulation. Le script doit prend en entrée un fichier .csv ("range1.csv" dans mon exemple-test, qui comprends deux éléments) où sont inscrites les valeurs du paramètre param_PercentReduction à lire. Voici (ci-joint) mon plan actuel. Lorsque je l’exécute, ISIS lance le bon nombre de simulations mais toutes identiques (pas de réduction d'effort). J'aimerais bien comprendre où se trouve mon erreur. Ce n'est sans-doute pas grand-chose, mais je ne suis pas encore très à l'aise avec les scripts java (et ceci est un euphémisme). Merci beaucoup, -- Antoine RICOUARD \|/ PhD student ~~~~~~~~~~~~~~~~ — @ — ~~~~~ IFREMER - PDG-RBE-EMH ~~ /|\ ~~~ /|\ ~~~ Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu / | \ ~~~ ~~~ BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 ~~ /__|__\ ~~~ Tel. : 06 48 71 03 95 ___T___ ~~ ~~ Email : antoine.ricouard(a)ifremer.fr \_____/ ~~

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Importer multiple shapefiles dans ISIS
by Tuan Anh PHAN Sept. 6, 2022

Sept. 6, 2022

Bonjour à tous, On aurait besoin d'aide pour écrire un script d'import multiple shapefiles. En effet, on a >260 zones à définir par import shapefile, l'import manuel avec clique souris prend en moyen 1 minute/zone, donc il faudrait >4h pour tout importer. On pensait utiliser l'option import/export json pour récupérer l'identifiant des cellules spatiales, mais c'est un peu compliqué de manipuler ce json avec R. Y-a-t-il une solution plus optimale? -- Merci, PHAN Tuan Anh Ifremer, EMH ------------------------------------------------------------------------

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