February 2013 - Cantharella-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r96 - trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 12 Feb '13

12 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-12 17:18:24 +0100 (Tue, 12 Feb 2013) New Revision: 96 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/96 Log: Fix display property Modified: trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css Modified: trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css 2013-02-12 15:40:41 UTC (rev 95) +++ trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css 2013-02-12 16:18:24 UTC (rev 96) @@ -424,7 +424,7 @@ } #content div.property div { - margin-left:inline-block; + display:inline-block; } #content form input[type="text"],#content form input[type="password"],#content form select,#content form textarea

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r95 - trunk/cantharella.web/src/main/resources
by bpoussin＠users.forge.codelutin.com 12 Feb '13

12 Feb '13

Author: bpoussin Date: 2013-02-12 16:40:41 +0100 (Tue, 12 Feb 2013) New Revision: 95 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/95 Log: xml file is not binary :( Modified: trunk/cantharella.web/src/main/resources/log4j.xml Property changes on: trunk/cantharella.web/src/main/resources/log4j.xml ___________________________________________________________________ Deleted: svn:mime-type - application/xml

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r94 - in trunk: . cantharella.data cantharella.data/src/main/resources cantharella.service cantharella.service/src/main/resources cantharella.utils cantharella.utils/src/main/java/nc/ird/module/utils cantharella.web cantharella.web/src/main/resources src/site src/site/rst
by bpoussin＠users.forge.codelutin.com 12 Feb '13

12 Feb '13

Author: bpoussin Date: 2013-02-12 16:39:48 +0100 (Tue, 12 Feb 2013) New Revision: 94 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/94 Log: fixes #1985: Change configuration: use config file to replace maven profile Added: trunk/cantharella.data/src/main/resources/META-INF/ trunk/cantharella.data/src/main/resources/ValidationMessages_fr.properties trunk/cantharella.data/src/main/resources/c3p0.properties trunk/cantharella.data/src/main/resources/cantharella.conf trunk/cantharella.data/src/main/resources/dataContext.xml trunk/cantharella.data/src/main/resources/data_en.properties trunk/cantharella.data/src/main/resources/data_fr.properties trunk/cantharella.data/src/main/resources/ehcache.xml trunk/cantharella.data/src/main/resources/sql/ trunk/cantharella.service/src/main/resources/cantharella.conf trunk/cantharella.service/src/main/resources/serviceContext.xml trunk/cantharella.service/src/main/resources/service_en.properties trunk/cantharella.service/src/main/resources/service_fr.properties trunk/cantharella.utils/src/main/java/nc/ird/module/utils/CantharellaConfig.java trunk/cantharella.web/src/main/resources/cantharella.conf trunk/cantharella.web/src/main/resources/log4j.xml trunk/cantharella.web/src/main/resources/webContext.xml trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_en.properties trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_fr.properties trunk/src/site/rst/configuration.rst Removed: trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/ trunk/cantharella.data/src/main/resources/development/ trunk/cantharella.data/src/main/resources/integration/ trunk/cantharella.data/src/main/resources/production/ trunk/cantharella.service/src/main/resources/commons/ trunk/cantharella.service/src/main/resources/development/ trunk/cantharella.service/src/main/resources/integration/ trunk/cantharella.service/src/main/resources/production/ trunk/cantharella.web/src/main/resources/commons/ trunk/cantharella.web/src/main/resources/development/ trunk/cantharella.web/src/main/resources/integration/ trunk/cantharella.web/src/main/resources/production/ Modified: trunk/cantharella.data/pom.xml trunk/cantharella.service/pom.xml trunk/cantharella.utils/pom.xml trunk/cantharella.web/pom.xml trunk/pom.xml trunk/src/site/rst/index.rst trunk/src/site/site_en.xml Modified: trunk/cantharella.data/pom.xml =================================================================== --- trunk/cantharella.data/pom.xml 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) +++ trunk/cantharella.data/pom.xml 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -13,12 +13,6 @@ <name>Cantharella :: Data</name> <build> - <resources> -  - <resource> - <directory>src/main/resources/commons</directory> - </resource> - </resources> <plugins>  <plugin> @@ -50,42 +44,6 @@ </plugins> </build> - <profiles> - <profile> - <id>development</id> - <build> - <resources> -  - <resource> - <directory>src/main/resources/development</directory> - </resource> - </resources> - </build> - </profile> - <profile> - <id>integration</id> - <build> - <resources> -  - <resource> - <directory>src/main/resources/integration</directory> - </resource> - </resources> - </build> - </profile> - <profile> - <id>production</id> - <build> - <resources> -  - <resource> - <directory>src/main/resources/production</directory> - </resource> - </resources> - </build> - </profile> - </profiles> - <dependencies> <dependency> Copied: trunk/cantharella.data/src/main/resources/ValidationMessages_fr.properties (from rev 93, trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/ValidationMessages_fr.properties) =================================================================== --- trunk/cantharella.data/src/main/resources/ValidationMessages_fr.properties (rev 0) +++ trunk/cantharella.data/src/main/resources/ValidationMessages_fr.properties 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,37 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Data +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% +### +#TODO : d�clarer en UTF8 + +javax.validation.constraints.Max.message=doit �tre plus petit ou �gal � {value} +javax.validation.constraints.Min.message=doit �tre plus grand ou �gal � {value} +javax.validation.constraints.DecimalMax.message=doit �tre plus petit ou �gal � {value} +javax.validation.constraints.DecimalMin.message=doit �tre plus grand ou �gal � {value} + +nc.ird.cantharella.data.validation.CountryCode.message=est invalide +nc.ird.cantharella.data.validation.Latitude.message=est invalide +nc.ird.cantharella.data.validation.Longitude.message=est invalide +nc.ird.cantharella.data.validation.Referentiel.message=est invalide +nc.ird.cantharella.data.validation.LatitudeOrientation.message=est invalide +nc.ird.cantharella.data.validation.LongitudeOrientation.message=est invalide + +nc.ird.cantharella.data.validation.UniqueFieldList.message=existe d�j� \ No newline at end of file Copied: trunk/cantharella.data/src/main/resources/c3p0.properties (from rev 93, trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/c3p0.properties) =================================================================== --- trunk/cantharella.data/src/main/resources/c3p0.properties (rev 0) +++ trunk/cantharella.data/src/main/resources/c3p0.properties 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,24 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Data +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% +### +#Disable JMX management +com.mchange.v2.c3p0.management.ManagementCoordinator=com.mchange.v2.c3p0.management.NullManagementCoordinator \ No newline at end of file Added: trunk/cantharella.data/src/main/resources/cantharella.conf =================================================================== --- trunk/cantharella.data/src/main/resources/cantharella.conf (rev 0) +++ trunk/cantharella.data/src/main/resources/cantharella.conf 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,31 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Data +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% +### + +# +# DATABASE CONFIGURATION +# +db.url=jdbc:postgresql:cantharella +db.user=cantharella +db.password=cantharella +db.debug=true +db.hbm2ddl=validate Copied: trunk/cantharella.data/src/main/resources/dataContext.xml (from rev 93, trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/dataContext.xml) =================================================================== --- trunk/cantharella.data/src/main/resources/dataContext.xml (rev 0) +++ trunk/cantharella.data/src/main/resources/dataContext.xml 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,55 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> + + +<beans xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans" + xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" + xmlns:aop="http://www.springframework.org/schema/aop" + xmlns:tx="http://www.springframework.org/schema/tx" + xmlns:context="http://www.springframework.org/schema/context" + xmlns:p="http://www.springframework.org/schema/p" + xsi:schemaLocation="http://www.springframework.org/schema/beans + http://www.springframework.org/schema/beans/spring-beans-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/tx + http://www.springframework.org/schema/tx/spring-tx-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/aop + http://www.springframework.org/schema/aop/spring-aop-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/context + http://www.springframework.org/schema/context/spring-context-2.5.xsd"> + + <bean id="propertiesConfig" + class="nc.ird.module.utils.CantharellaConfig" factory-method="getProperties"/> + + <bean class="org.springframework.beans.factory.config.PropertyPlaceholderConfigurer"> + <property name="properties" ref="propertiesConfig" /> +  + <property name="ignoreUnresolvablePlaceholders" value="true"/> + </bean> + +  + <tx:annotation-driven/> + +  + <aop:aspectj-autoproxy/> + +</beans> \ No newline at end of file Copied: trunk/cantharella.data/src/main/resources/data_en.properties (from rev 93, trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_en.properties) =================================================================== --- trunk/cantharella.data/src/main/resources/data_en.properties (rev 0) +++ trunk/cantharella.data/src/main/resources/data_en.properties 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,268 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Data +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% +### +Campagne=Campaign +Campagne.codePays=Country +Campagne.mentionLegale=Legal notice +Campagne.complement=Comments +Campagne.createur=Creator +Campagne.dateDeb=Start date +Campagne.dateFin=End date +Campagne.nom=Name +Campagne.participants=Attendees +Campagne.stations=Explored locations +Campagne.programme=Program + +CampagnePersonneParticipant.complement=Comments + +Groupe.description=Description +Groupe.nom=Name +Groupe.personnes=Persons + +Lot=Sample +Lot.dateRecolte=Harvest date +Lot.dateRecolte2=Harv. date +Lot.ref=Reference +Lot.createur=Creator +Lot.specimenRef=Voucher specimen +Lot.specimenRef2=Vou. specimen +Lot.station=Location +Lot.campagne=Campaign +Lot.partie=Part +Lot.masseFraiche=Fresh mass (g) +Lot.masseFraiche2=Fresh m. +Lot.masseSeche=Dry mass (g) +Lot.masseSeche2=Dry m. +Lot.echantillonColl=Collection sample +Lot.echantillonIdent=Identification sample +Lot.echantillonPhylo=Phylogeny sample +Lot.complement=Comments + +Partie.nom=Name + +Personne=Person +Personne.adressePostale=Postal address +Personne.codePostal=Zip code +Personne.courriel=Email +Personne.fax=Fax +Personne.fonction=Profession/Title +Personne.nom=Last Name +Personne.organisme=Organization +Personne.codePays=Country +Personne.prenom=First Name +Personne.stations=Locations +Personne.tel=Phone number +Personne.ville=City +Personne.lotsDroits=Rights over samples +Personne.campagnesDroits=Rights over campaigns + +Utilisateur=User +Utilisateur.adressePostale=Postal address +Utilisateur.codePostal=Zip code +Utilisateur.courriel=Email +Utilisateur.fax=Fax +Utilisateur.fonction= Profession/Title +Utilisateur.nom=Name +Utilisateur.organisme=Organization +Utilisateur.codePays=Country +Utilisateur.prenom=First Name +Utilisateur.tel=Phone number +Utilisateur.ville=City +Utilisateur.dateValiditeCompte=Validity date +Utilisateur.estValide=Valid ? +Utilisateur.groupe=Group +Utilisateur.passwordHash=Crypted password +Utilisateur.typeDroit=Type of right + +Station=Location +Station.nom=Name +Station.codePays=Country +Station.localite=Locality +Station.latitude=Latitude +Station.longitude=Longitude +Station.referentiel=Repository +Station.complement=Comments +Station.createur=Creator + +Specimen=Specimen +Specimen.ref=Reference +Specimen.embranchement=Phylum +Specimen.famille=Family +Specimen.genre=Genus +Specimen.espece=Species +Specimen.sousEspece=Subspecies +Specimen.variete=Variety +Specimen.typeOrganisme=Organism type +Specimen.identificateur=Identified by +Specimen.depot=Deposit +Specimen.numDepot=Number +Specimen.dateDepot=Date +Specimen.lieuDepot=Place +Specimen.station=Origin location +Specimen.station2=Origin +Specimen.complement=Comments +Specimen.createur=Creator + +MethodeExtraction.nom=Name +MethodeExtraction.description=Description +MethodeExtraction.typesEnSortie=Types of extracts +TypeExtrait.initiales=Initials +TypeExtrait.description=Description +# pour UniqueFieldValidator +TypeExtrait=Initials + +Extraction=Extraction +Extraction.ref=Extraction ref. +Extraction.manipulateur=Operator +Extraction.date=Date +Extraction.lot=Sample ref. +Extraction.masseDepart=Mass to be extract (g) +Extraction.masseDepart2=Extracted mass +Extraction.complement=Comments +Extraction.createur=Creator +Extraction.methode=Extraction method +Extraction.methode2=Method +Extraction.methode.nom=Name +Extraction.methode.description=Description +Extraction.extraits=Extracts +Extrait.ref=Extract ref. +Extrait.typeExtrait=Type of extract +Extrait.typeExtrait2=Type of extract +Extrait.masseObtenue=Resultant mass (g) +Extrait.rendement=Yield +# pour UniqueFieldValidator +Extrait=Extract ref. + +Purification=Purification +Purification.ref=Purification ref. +Purification.manipulateur=Operator +Purification.date=Date +Purification.produit=Product ref. +Purification.masseDepart=Mass to be purify (g) +Purification.complement=Comments +Purification.createur=Creator +Purification.methode=Purification method +Purification.methode2=Method +Purification.fractions=Fractions +Fraction.indice=Fraction index +Fraction.ref=Fraction ref. +Fraction.masseObtenue=Resultant mass (g) +Fraction.rendement=Yield +# pour UniqueFieldValidator +Fraction=Fraction ref. + +MethodePurification.nom=Name +MethodePurification.description=Description +MethodePurification.parametres=Parameters +ParamMethoPuri.index=Index +ParamMethoPuri.nom=Parameter +ParamMethoPuri.description=Description +# pour UniqueFieldValidator +ParamMethoPuri=Parameter +ParamMethoPuriEffect.valeur=Value + + +Molecule.idMolecule=Id +Molecule.nomCommun=Common name +Molecule.familleChimique=Chemical Family +Molecule.formuleDevMol=Developed formula +Molecule.nomIupca=IUPAC name +Molecule.formuleBrute=Formula +Molecule.masseMolaire=Molar mass (g/mol) +Molecule.nouvMolecul=New molecule ? 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See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% +### +Campagne=Campagne +Campagne.codePays=Pays +Campagne.mentionLegale=Mention légale +Campagne.complement=Complément +Campagne.createur=Créateur +Campagne.dateDeb=Date de début +Campagne.dateFin=Date de fin +Campagne.nom=Nom +Campagne.participants=Participants +Campagne.stations=Stations prospectées +Campagne.programme=Programme + +CampagnePersonneParticipant.complement=Complément + +Groupe.description=Description +Groupe.nom=Nom +Groupe.personnes=Personnes + +Lot=Lot +Lot.dateRecolte=Date de récolte +Lot.dateRecolte2=Date récolte +Lot.ref=Référence +Lot.createur=Créateur +Lot.specimenRef=Spécimen de référence +Lot.specimenRef2=Spécimen réf. +Lot.station=Station +Lot.campagne=Campagne +Lot.partie=Partie +Lot.masseFraiche=Masse fraîche (g) +Lot.masseFraiche2=m fraîche +Lot.masseSeche=Masse sèche (g) +Lot.masseSeche2=m sèche +Lot.echantillonColl=Échantillon collection +Lot.echantillonIdent=Échantillon identification +Lot.echantillonPhylo=Échantillon phylogénie +Lot.complement=Complément + +Partie.nom=Nom + +Personne=Personne +Personne.adressePostale=Adresse postale +Personne.codePostal=Code postal +Personne.courriel=Courriel +Personne.fax=Fax +Personne.fonction=Fonction +Personne.nom=Nom +Personne.organisme=Organisme +Personne.codePays=Pays +Personne.prenom=Prénom +Personne.stations=Stations +Personne.tel=Téléphone +Personne.ville=Ville +Personne.lotsDroits=Droits sur les lots +Personne.campagnesDroits=Droits sur les campagnes + +Utilisateur=Utilisateur +Utilisateur.adressePostale=Adresse postale +Utilisateur.codePostal=Code postal +Utilisateur.courriel=Courriel +Utilisateur.fax=Fax +Utilisateur.fonction=Fonction +Utilisateur.nom=Nom +Utilisateur.organisme=Organisme +Utilisateur.codePays=Pays +Utilisateur.prenom=Prénom +Utilisateur.tel=Téléphone +Utilisateur.ville=Ville +Utilisateur.dateValiditeCompte=Date de validité +Utilisateur.estValide=Valide ? +Utilisateur.groupe=Groupe +Utilisateur.passwordHash=Mot de passe crypté +Utilisateur.typeDroit=Type droit + +Station=Station +Station.nom=Nom +Station.codePays=Pays +Station.localite=Localité +Station.latitude=Latitude +Station.longitude=Longitude +Station.referentiel=Référentiel +Station.complement=Complément +Station.createur=Créateur + +Specimen=Spécimen +Specimen.ref=Référence +Specimen.embranchement=Embranchement +Specimen.famille=Famille +Specimen.genre=Genre +Specimen.espece=Espèce +Specimen.sousEspece=Sous-espèce +Specimen.variete=Variété +Specimen.typeOrganisme=Type d'organisme +Specimen.identificateur=Identifié par +Specimen.depot=Dépôt +Specimen.numDepot=Numéro +Specimen.dateDepot=Date +Specimen.lieuDepot=Lieu +Specimen.station=Station de provenance +Specimen.station2=Provenance +Specimen.complement=Complément +Specimen.createur=Créateur + +MethodeExtraction.nom=Nom +MethodeExtraction.description=Description +MethodeExtraction.typesEnSortie=Types extraits en sortie +TypeExtrait.initiales=Initiales +TypeExtrait.description=Description +# pour UniqueFieldValidator +TypeExtrait=Initiales + +Extraction=Extraction +Extraction.ref=Réf. extraction +Extraction.manipulateur=Manipulateur +Extraction.date=Date +Extraction.lot=Réf. lot +Extraction.masseDepart=Masse à extraire (en g) +Extraction.masseDepart2=Masse extraite +Extraction.complement=Complément +Extraction.createur=Créateur +Extraction.methode=Méthode d'extraction +Extraction.methode2=Méthode +Extraction.methode.nom=Nom +Extraction.methode.description=Description +Extraction.extraits=Extraits +Extrait.ref=Réf. extrait +Extrait.typeExtrait=Type d'extrait +Extrait.typeExtrait2=Type extrait +Extrait.masseObtenue=Masse obtenue (en g) +Extrait.rendement=Rendement +# pour UniqueFieldValidator +Extrait=Réf. extrait + +Purification=Purification +Purification.ref=Réf. purification +Purification.manipulateur=Manipulateur +Purification.date=Date +Purification.produit=Réf. produit +Purification.masseDepart=Masse à purifier (en g) +Purification.complement=Complément +Purification.createur=Créateur +Purification.methode=Méthode de purification +Purification.methode2=Méthode +Purification.fractions=Fractions +Fraction.indice=N° de fraction +Fraction.ref=Réf. fraction +Fraction.masseObtenue=Masse obtenue (en g) +Fraction.rendement=Rendement +# pour UniqueFieldValidator +Fraction=Réf. fraction + +MethodePurification.nom=Nom +MethodePurification.description=Description +MethodePurification.parametres=Paramètres +ParamMethoPuri.index=Index +ParamMethoPuri.nom=Paramètre +ParamMethoPuri.description=Description +# pour UniqueFieldValidator +ParamMethoPuri=Paramètre +ParamMethoPuriEffect.valeur=Valeur + + +Molecule.idMolecule=N° +Molecule.nomCommun=Nom commun +Molecule.familleChimique=Famille Chimique +Molecule.formuleDevMol=Formule développée +Molecule.nomIupca=Nom IUPAC +Molecule.formuleBrute=Formule brute +Molecule.masseMolaire=Masse molaire (g/mol) +Molecule.nouvMolecul=Nouvelle molécule ? +Molecule.campagne=Dans la campagne +Molecule.identifieePar=Identifiée par +Molecule.publiOrigine=Publication d'origine +Molecule.complement=Complément +Molecule.createur=Créateur de la fiche +Molecule.provenance=Provenance +Molecule.provenance.produit.ref=Réf. Produit +Molecule.provenance.presence=% +Molecule.provenance.lot.ref=Réf. 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See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% +### + +# +# SERVICE CONFIGURATION +# +mail.debug=true +mail.from=no-reply(a)ird.fr +mail.host=smtp + +admin.courriel=ISlog(a)ird.fr +admin.password=password Copied: trunk/cantharella.service/src/main/resources/serviceContext.xml (from rev 93, trunk/cantharella.service/src/main/resources/commons/serviceContext.xml) =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/resources/serviceContext.xml (rev 0) +++ trunk/cantharella.service/src/main/resources/serviceContext.xml 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,49 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> + + +<beans xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans" + xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" + xmlns:aop="http://www.springframework.org/schema/aop" + xmlns:tx="http://www.springframework.org/schema/tx" + xmlns:context="http://www.springframework.org/schema/context" + xmlns:p="http://www.springframework.org/schema/p" + xsi:schemaLocation="http://www.springframework.org/schema/beans + http://www.springframework.org/schema/beans/spring-beans-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/tx + http://www.springframework.org/schema/tx/spring-tx-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/aop + http://www.springframework.org/schema/aop/spring-aop-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/context + http://www.springframework.org/schema/context/spring-context-2.5.xsd"> + + <bean id="propertiesConfig" + class="nc.ird.module.utils.CantharellaConfig" factory-method="getProperties"/> + + <bean class="org.springframework.beans.factory.config.PropertyPlaceholderConfigurer"> + <property name="properties" ref="propertiesConfig" /> +  + <property name="ignoreUnresolvablePlaceholders" value="true"/> + </bean> + +</beans> \ No newline at end of file Copied: trunk/cantharella.service/src/main/resources/service_en.properties (from rev 93, trunk/cantharella.service/src/main/resources/commons/service_en.properties) =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/resources/service_en.properties (rev 0) +++ trunk/cantharella.service/src/main/resources/service_en.properties 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,48 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Service +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. 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See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. 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+ +import java.util.Properties; +import org.nuiton.util.ApplicationConfig; +import org.nuiton.util.ArgumentsParserException; + + +/** + * Used as factory in spring configuration to get configuration file as properties + * this class use internaly {@link ApplicationConfig}. + * + * @author poussin + * @version $Revision$ + * + * Last update: $Date$ + * by : $Author$ + */ +public class CantharellaConfig { + + /** + * force filename to cantharella.config + * @return + * @throws ArgumentsParserException + */ + static public Properties getProperties() throws ArgumentsParserException { + return getProperties("cantharella.conf"); + } + + /** + * This method take file name in argument, this permit to force filename for + * example for unit tests + * + * @param filename filename to used + * @return + * @throws ArgumentsParserException + */ + static public Properties getProperties(String filename) throws ArgumentsParserException { + ApplicationConfig config = new ApplicationConfig(filename); + config.parse(); + Properties result = config.getFlatOptions(); + return result; + } +} Modified: trunk/cantharella.web/pom.xml =================================================================== --- trunk/cantharella.web/pom.xml 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) +++ trunk/cantharella.web/pom.xml 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -44,34 +44,15 @@  <resource> - <directory>src/main/resources/commons</directory> + <directory>src/main/resources</directory> </resource> </resources> - <plugins> -  - </plugins> </build> + <profiles> <profile> - <id>development</id> - <build> - <resources> -  - <resource> - <directory>src/main/resources/development</directory> - </resource> - </resources> - </build> - </profile> - <profile> <id>integration</id> <build> - <resources> -  - <resource> - <directory>src/main/resources/integration</directory> - </resource> - </resources>  <plugins> <plugin> @@ -125,12 +106,6 @@ <profile> <id>production</id> <build> - <resources> -  - <resource> - <directory>src/main/resources/production</directory> - </resource> - </resources>  <plugins> <plugin> Added: trunk/cantharella.web/src/main/resources/cantharella.conf =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/resources/cantharella.conf (rev 0) +++ trunk/cantharella.web/src/main/resources/cantharella.conf 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,28 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Web +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% + +# +# WEB CONFIGURATION +# +app.debug=true +app.optimize=false +wicket.configuration=development Copied: trunk/cantharella.web/src/main/resources/log4j.xml (from rev 93, trunk/cantharella.web/src/main/resources/commons/log4j.xml) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/cantharella.web/src/main/resources/webContext.xml (from rev 93, trunk/cantharella.web/src/main/resources/commons/webContext.xml) =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/resources/webContext.xml (rev 0) +++ trunk/cantharella.web/src/main/resources/webContext.xml 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,49 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> + + +<beans xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans" + xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" + xmlns:aop="http://www.springframework.org/schema/aop" + xmlns:tx="http://www.springframework.org/schema/tx" + xmlns:context="http://www.springframework.org/schema/context" + xmlns:p="http://www.springframework.org/schema/p" + xsi:schemaLocation="http://www.springframework.org/schema/beans + http://www.springframework.org/schema/beans/spring-beans-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/tx + http://www.springframework.org/schema/tx/spring-tx-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/aop + http://www.springframework.org/schema/aop/spring-aop-3.0.xsd + http://www.springframework.org/schema/context + http://www.springframework.org/schema/context/spring-context-2.5.xsd"> + + <bean id="propertiesConfig" + class="nc.ird.module.utils.CantharellaConfig" factory-method="getProperties"/> + + <bean class="org.springframework.beans.factory.config.PropertyPlaceholderConfigurer"> + <property name="properties" ref="propertiesConfig" /> +  + <property name="ignoreUnresolvablePlaceholders" value="true"/> + </bean> + +</beans> \ No newline at end of file Copied: trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_en.properties (from rev 93, trunk/cantharella.web/src/main/resources/commons/web_en.properties) =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_en.properties (rev 0) +++ trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_en.properties 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,423 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Web +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. 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To the use of these data, thank you to contact the program coordinator indicated at the corresponding campaign form. +HomePage.Warning2=IRD provides no guarantee in relation to the data and information presented, their veracity depend to their authors. + +#for statistics +Personnes.stat=Persons +Campagnes.stat=Campaigns +Stations.stat=Locations +Specimens.stat=Specimens +Lots.stat=Samples +Extractions.stat=Extractions +Purifications.stat=Purifications +ResultatsTestsBio.stat=Bioassay results + + +ErrorPage=Error +ErrorPage.AccessDeniedPage=You are not allowed to access this page +ErrorPage.InternalErrorPage=Internal error +ErrorPage.PageExpiredErrorPage=The page has expired + +ContactPage=Contact +ContactPage.Info=Send a message to the database managers by completing the form below. +ContactPage.Send.OK=Message sent +ContactPage.Send.EmailException=Problems when sending the message + +ResetPasswordPage=Password forgotten +ResetPasswordPage.Reset.OK=New password sent by email +ResetPasswordPage.Reset.DataNotFoundException=Email does not correspond to any registred user +ResetPasswordPage.Reset.EmailException=Problems when sending the new password + +RegisterPage=Account creation request +RegisterPage.Register.OK=Account creation request sent +RegisterPage.Register.DataConstraintException=Email or First name + Last name already exist + +ManageUtilisateurPage=User account management +ManageUtilisateurPage.Profile=Profile +ManageUtilisateurPage.Authorizations=Rights +ManageUtilisateurPage.Update.OK=Account updated +ManageUtilisateurPage.Update.DataConstraintException=Email or first name + last name already exist +ManageUtilisateurPage.Valid.OK=Account validated and updated +ManageUtilisateurPage.Valid.DataConstraintException=Email or first name + last name already exist +ManageUtilisateurPage.Delete.OK=User deleted +ManageUtilisateurPage.Delete.DataConstraintException=There are data created by this user +ManageUtilisateurPage.Delete.EmailException=Problem 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linked to this method + +ManageMethodeExtractionPage=Managing an extraction method +ManageMethodeExtractionPage.Create.OK=Method created +ManageMethodeExtractionPage.Create.DataConstraintException=The name already exists +ManageMethodeExtractionPage.Update.OK=Method updated +ManageMethodeExtractionPage.Update.DataConstraintException=The name already exists +ManageMethodeExtractionPage.Delete.OK=Method deleted +ManageMethodeExtractionPage.Delete.DataConstraintException=There are data linked to this method + +ManageMethodePurificationPage=Managing a purification method +ManageMethodePurificationPage.Create.OK=Method created +ManageMethodePurificationPage.Create.DataConstraintException=The name already exists +ManageMethodePurificationPage.Update.OK=Method updated +ManageMethodePurificationPage.Update.DataConstraintException=The name already exists +ManageMethodePurificationPage.Delete.OK=Method deleted +ManageMethodePurificationPage.Delete.DataConstraintException=There are data linked to this method + +ReadCampagnePage=Viewing a campaign +ReadLotPage=Viewing a sample +ReadPersonnePage=Viewing a person +ReadSpecimenPage=Viewing a specimen +ReadUtilisateurPage=Viewing a user +ReadStationPage=Viewing a location +ReadExtractionPage=Viewing an extraction +ReadPurificationPage=Viewing a purification +ReadMoleculePage=Viewing a molecule +ReadTestBioPage=Viewing a bioassay + +SearchPage=Search +SearchPage.Search=Search +SearchPage.QueryLabel=Query +SearchPage.Specimens=Specimens +SearchPage.Lots=Samples +SearchPage.Extractions=Extractions +SearchPage.Purifications=Purifications +SearchPage.ResultatTestBios=Bioassay +SearchPage.Stations=Stations +SearchPage.Molecules=Molecules +SearchPage.QuerySyntax=Search terms (or parts of words using *). For a more advanced search, consult the ${advancedLink}. +SearchPage.QuerySyntaxAdvanced=complete syntax +SearchPage.ExportCSV=Export to CSV + +#MODELS# + +CaptchaModel.captcha=Captcha +CaptchaModel.captchaText=Type the number +CaptchaModel.captchaText.KO=Type the number corresponding to the image + +RegisterModel.password=Password +RegisterModel.passwordConfirmation=Confirmation +RegisterModel.passwordConfirmation.KO=Passwords must be the same + +LoginModel.password=Password +LoginModel.rememberMe=Remember me + +ManageStationModel.latitudeDegrees=Latitude degrees +ManageStationModel.latitudeDegrees.IConverter.Integer=Latitude degrees - must be an integer +ManageStationModel.latitudeMinutes=Latitude minutes +ManageStationModel.latitudeMinutes.IConverter.Double=Latitude minutes - must a decimal number +ManageStationModel.latitudeOrientation=Latitude orientation +ManageStationModel.longitudeDegrees=Longitude degrees +ManageStationModel.longitudeDegrees.IConverter.Integer=Longitude degrees - must be an integer +ManageStationModel.longitudeMinutes=Longitude minutes +ManageStationModel.longitudeMinutes.IConverter.Double=Longitude minutes - must a decimal number +ManageStationModel.longitudeOrientation=Longitude orientation + +UpdateUtilisateurModel.password=Password 2 +UpdateUtilisateurModel.password.KO=Invalid password +UpdateUtilisateurModel.currentPassword=Password +UpdateUtilisateurModel.currentPassword.KO=Invalid password +UpdateUtilisateurModel.newPassword=New password +UpdateUtilisateurModel.newPasswordConfirmation=Confirmation +UpdateUtilisateurModel.newPasswordConfirmation.KO=New passwords must be the same + +ContactModel.mail=Your email +ContactModel.subject=Your Subject +ContactModel.message=Your message + + +Campagne.dates.KO=The dates are not correctly entered +Campagne.dateDeb.IConverter.Date=The start date is incorrectly formatted (DD/MM/YY) +Campagne.dateFin.IConverter.Date=The end date is incorrectly formatted (DD/MM/YY) +Campagne.mentionLegale.info=Specify in order: the data-producing organizations - the fund providers - the period concerned by the program +Campagne.mentionLegale.info2= the data-producing organizations - the fund providers - the period concerned by the program +Campagne.complement.info= Don’t forget to mention the policies about confidentiality and data publication +Campagne.stationsNotAccessibles= Some locations are not displayed because you don’t have the rights over the entire campaign. + +Station.coordonnees=Coordinates +Station.coordonnees.KO=To save coordinates, all fields must be completed + +Specimen.dateDepot.IConverter.Date=The deposit date is incorrectly formatted (DD/MM/YY) + +Lot.station.info=If the required location does not appear, contact the campaign creator so he adds it to the explored locations list +Lot.dateRecolte.IConverter.Date=The harvest date is incorrectly formatted (DD/MM/YY) +Lot.masseFraiche.IConverter.BigDecimal=The fresh mass must be a decimal number +Lot.masseSeche.IConverter.BigDecimal= The dry mass must be a decimal number + +Extraction.masseDepart.IConverter.BigDecimal=Mass to be extract - must be a decimal number +Extraction.date.IConverter.Date=The date is incorrectly formatted (DD/MM/YY) +Extraction.extraits.masseObtenue.IConverter.BigDecimal=Resultant mass - must be a decimal number +Extraction.extraits.masseObtenue=Resultant mass +Extraction.notUnique=No. extraction – already exists +Extrait.notUnique=Ref. extract - already exists +Extrait.isReferenced=There are data linked to this extract +TypeExtrait.isReferenced=The type of initials '${0}' can’t be deleted because there are data which refer it +MethodePurification.parametres.index.IConverter.Integer=The index must be an integer + +Purification.masseDepart.IConverter.BigDecimal=Mass to be purify - must be a decimal number +Purification.fractions.masseObtenue.IConverter.BigDecimal=Resultant mass - must be a decimal number +Purification.fractions.masseObtenue=Resultant mass +Purification.date.IConverter.Date=The date is incorrectly formatted (DD/MM/YY) +Purification.notUnique=No. purification - already exists +Fraction.notUnique=Ref. fraction - already exists +Fraction.isReferenced=There are data linked to this fraction +ParamMethoPuri.isReferenced=The parameter '${0}' can’t be deleted because there are data which refer it +MethodePurification.parametres.index.IConverter.Integer=The index must be an integer +MethodePurification.parametres.index=Index + +Molecule.provenanceNotAccessibles=Some related products are not displayed because you don't have the required rights +Molecule.masseMolaire.Required=Molar mass - can’t be null +Molecule.masseMolaire.IConverter.BigDecimal=Molar mass - must be a decimal number + +TestBio.date.IConverter.Date= The date is incorrectly formatted (DD/MM/YY) +TestBio.concMasseDefaut.IConverter.BigDecimal=Default Conc./Mass - must be a decimal number +TestBio.resultats.valeur.IConverter.BigDecimal=Value - must be a decimal number +TestBio.resultats.repere.Required=Mark – can’t be null +TestBio.resultats.repere=Mark +TestBio.resultats.typeResultat.Required=Type – can’t be null +TestBio.resultats.typeResultat=Type +TestBio.resultats.produit.Required=Ref product – can’t be null +TestBio.resultats.produit=Ref. product +TestBio.resultats.produitTemoin.Required=Control prod. – can’t be null +TestBio.resultats.produitTemoin=Control prod. +TestBio.resultats.concMasse.IConverter.BigDecimal=Conc./Mass - must be a decimal number +TestBio.resultats.concMasse=Conc./Mass +TestBio.resultats.uniteConcMasse=Conc./Mass +TestBio.resultats.concMasse.KO=To save Conc./Mass, the two fields must be completed +TestBio.resultats.stade.Required=Stage - can’t be null +TestBio.resultats.stade=Stage +TestBio.resultats.valeur.Required=Value - can’t be null +TestBio.resultats.valeur=Value +TestBio.notUnique=No. test – already exists +TestBio.resultats.noProduit=The bioassay must contain at least a result of type "product" +TestBio.resultsNotAccessibles=Some results are not displayed because you don't have the required rights over their products. + +#BASIC# +Actions=Actions +Submit=Submit +Cancel=Cancel +Valid=Valid +Reject=Reject +Rebuild=Rebuild +Create=Create +Add=Add +Update=Modify +Delete=Delete +Back=Back +Read=View +ReadExtraction=View the extraction +ReadPurification=View the purification +TODO=ToDo +Confirm=Are you sure? +List.none=The list is empty. +Boolean.true=yes +Boolean.false=no + +NavigatorLabel=Lines ${from} to ${to} (${of} results) +datatable.no-records-found=No result. Copied: trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_fr.properties (from rev 93, trunk/cantharella.web/src/main/resources/commons/web_fr.properties) =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_fr.properties (rev 0) +++ trunk/cantharella.web/src/main/resources/web_fr.properties 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,421 @@ +### +# #%L +# Cantharella :: Web +# $Id:$ +# $HeadURL:$ +# %% +# Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +# %% +# This program is free software: you can redistribute it and/or modify +# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +# (at your option) any later version. +# +# This program is distributed in the hope that it will be useful, +# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +# GNU General Public License for more details. +# +# You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +# #L% +### +#Header & footer +TemplatePage.Subtitle=Base de données pharmacochimique des substances naturelles +TemplatePage.Copyright=Tous droits réservés +TemplatePage.MainNav=Navigation principale +TemplatePage.ContentNav=Aller au contenu +TemplatePage.Welcome=Bienvenue +TemplatePage.Logout=Déconnexion +TemplatePage.Logout.OK=Vous avez été déconnecté +TemplatePage.Administration=Administration +TemplatePage.Sampling=Échantillonage +TemplatePage.Processing=Traitement +TemplatePage.Chemistry=Chimie +TemplatePage.Biology=Biologie +TemplatePage.Search=Chercher +TemplatePage.Search.Label=Recherche dans la base : +TemplatePage.Search.Launch=Lancer la recherche dans la base +TemplatePage.Lang=fr +TemplatePage.Lang.Choice=Choix de la langue +TemplatePage.Css.Menu=css/menu_fr.css + +#PAGES & ACTIONS# + +HomePage=Accueil +HomePage.InvalidUtilisateurs=Demandes de créations de comptes +HomePage.Login=Connexion +HomePage.Login.OK=Connexion réussie +HomePage.Login.KO=Identifiants incorrects +HomePage.Login.NotYetValid=Votre demande de création de compte n'a pas encore été validée +HomePage.Statistics=Statistiques +HomePage.Rights=Vos droits +HomePage.Rights.Admin=Vous êtes connectés en tant qu'administrateur et avez accès à toutes les informations. +HomePage.Rights.User=Vous avez des droits sur l''ensemble des lots de {0} campagne(s) et spécifiquement sur {1} lot(s). +HomePage.Rights.User.Details=+ de détails +HomePage.Rights.User2=Vous êtes également créateur de {0} campagnes(s) et avez des droits sur l''ensemble de ses lots. +HomePage.Warning=Les données capitalisées dans ce système d’information ont été acquises au cours de différents programmes, par divers organismes. Pour l’utilisation des données, merci de prendre contact avec le coordinateur du programme indiqué au niveau de la fiche campagne correspondante. +HomePage.Warning2=L’IRD n’assure aucune garantie par rapport aux données et informations présentées, leur véracité relève de leurs auteurs. + +#for statistics +Personnes.stat=Personnes +Campagnes.stat=Campagnes +Stations.stat=Stations +Specimens.stat=Spécimens +Lots.stat=Lots +Extractions.stat=Extractions +Purifications.stat=Purifications +ResultatsTestsBio.stat=Résultats de tests biologiques + + +ErrorPage=Erreur +ErrorPage.AccessDeniedPage=Vous n'êtes pas autorisé à accéder à cette page +ErrorPage.InternalErrorPage=Erreur interne +ErrorPage.PageExpiredErrorPage=La page a expiré + +ContactPage=Contact +ContactPage.Info=Envoyez un message aux gestionnaires de la base en remplissant le formulaire ci-dessous. +ContactPage.Send.OK=Message envoyé +ContactPage.Send.EmailException=Problème lors de l'envoi du message + +ResetPasswordPage=Mot de 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+ManageUtilisateurPage.Delete.DataConstraintException=Il existe des données crées par cet utilisateur +ManageUtilisateurPage.Delete.EmailException=Problème lors de la confirmation de suppression de compte utilisateur +ManageUtilisateurPage.Delete.Info=La suppression efface le compte utilisateur, mais conserve la personne s'il y a des données liées. +ManageUtilisateurPage.Reject.OK=Demande de création de compte rejetée +Authorizations.Campagnes.Lot.null=Tous + +ListPersonnesPage=Personnes +ListPersonnesPage.NewPersonne=Nouvelle personne +ListPersonnesPage.IsNotValid=(non validé) + +ListCampagnesPage=Campagnes +ListCampagnesPage.NewCampagne=Nouvelle campagne + +ListLotsPage=Lots +ListLotsPage.NewLot=Nouveau lot + +ListStationsPage=Stations +ListStationsPage.NewStation=Nouvelle station + +ListSpecimensPage=Spécimens +ListSpecimensPage.NewSpecimen=Nouveau spécimen + +ListExtractionsPage=Extractions +ListExtractionsPage.NewExtraction=Nouvelle extraction + 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création +ManageExtractionPage.Update.OK=Extraction mise à jour +ManageExtractionPage.Update.DataConstraintException=Erreur non identifiée lors de la mise à jour +ManageExtractionPage.Delete.OK=Extraction supprimée +ManageExtractionPage.Delete.DataConstraintException=Il existe des données liées à cette extraction + +ManagePurificationPage=Gestion d'une purification +ManagePurificationPage.Create.OK=Purification ajoutée +ManagePurificationPage.Create.DataConstraintException=Erreur non identifiée lors de la création +ManagePurificationPage.Update.OK=Purification mise à jour +ManagePurificationPage.Update.DataConstraintException=Erreur non identifiée lors de la mise à jour +ManagePurificationPage.Delete.OK=Purification supprimée +ManagePurificationPage.Delete.DataConstraintException=Il existe des données liées à cette purification + +ManageMoleculePage=Gestion d'une molécule +ManageMoleculePage.Create.DataConstraintException=Impossible de sauver la molécule 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doit être un nombre décimal +Extraction.date.IConverter.Date=La date est mal formatée (JJ/MM/AA) +Extraction.extraits.masseObtenue.IConverter.BigDecimal=Masse obtenue - doit être un nombre décimal +Extraction.extraits.masseObtenue=Masse obtenue +Extraction.notUnique=Réf. extraction - existe déjà +Extrait.notUnique=Réf. extrait - existe déjà +Extrait.isReferenced=Il existe des données liées à cet extrait +TypeExtrait.isReferenced=Le type d'initial '${0}' ne peut être supprimé car il existe des données qui le réfèrent + +Purification.masseDepart.IConverter.BigDecimal=Masse à purifier - doit être un nombre décimal +Purification.fractions.masseObtenue.IConverter.BigDecimal=Masse obtenue - doit être un nombre décimal +Purification.fractions.masseObtenue=Masse obtenue +Purification.date.IConverter.Date=La date est mal formatée (JJ/MM/AA) +Purification.notUnique=Réf. purification - existe déjà +Fraction.notUnique=Réf. fraction - existe déjà +Fraction.isReferenced=Il existe des données liées à cette fraction +ParamMethoPuri.isReferenced=Le paramètre '${0}' ne peut être supprimé car il existe des données qui le réfèrent +MethodePurification.parametres.index.IConverter.Integer=L'index doit être un entier +MethodePurification.parametres.index=Index + +Molecule.provenanceNotAccessibles=Certains produits associés ne sont pas affichés car vous n'avez pas les droits nécéssaires +Molecule.masseMolaire.Required=Masse molaire - ne peut être nul +Molecule.masseMolaire.IConverter.BigDecimal=Masse molaire - doit être un nombre décimal + +TestBio.date.IConverter.Date=La date est mal formatée (JJ/MM/AA) +TestBio.concMasseDefaut.IConverter.BigDecimal=Conc./Masse par défaut - doit être un nombre décimal +TestBio.resultats.valeur.IConverter.BigDecimal=Valeur - doit être un nombre décimal +TestBio.resultats.repere.Required=Repère - ne peut être nul +TestBio.resultats.repere=Repère +TestBio.resultats.typeResultat.Required=Type - ne peut être nul +TestBio.resultats.typeResultat=Type +TestBio.resultats.produit.Required=Réf produit - ne peut être nul +TestBio.resultats.produit=Réf. produit +TestBio.resultats.produitTemoin.Required=Prod. Témoin - ne peut être nul +TestBio.resultats.produitTemoin=Prod. Témoin +TestBio.resultats.concMasse.IConverter.BigDecimal=Conc./Masse - doit être un nombre décimal +TestBio.resultats.concMasse=Conc./Masse +TestBio.resultats.uniteConcMasse=Conc./Masse +TestBio.resultats.concMasse.KO=Pour enregistrer Conc./Masse, les deux champs doivent être renseignés +TestBio.resultats.stade.Required=Stade - ne peut être nul +TestBio.resultats.stade=Stade +TestBio.resultats.valeur.Required=Valeur - ne peut être nulle +TestBio.resultats.valeur=Valeur +TestBio.notUnique=Réf. test - existe déjà +TestBio.resultats.noProduit=Le test biologique doit comporter au moins un résultat de type "produit" +TestBio.resultsNotAccessibles=Certains résultats ne sont pas affichés car vous n'avez pas les droits nécessaires sur leur produit. + +#BASIC# +Actions=Actions +Submit=Valider +Cancel=Annuler +Valid=Valider +Rebuild=Reconstruire +Reject=Refuser +Create=Ajouter +Add=Ajouter +Update=Modifier +Delete=Supprimer +Back=Retour +Read=Consulter +ReadExtraction=Consulter l'extraction +ReadPurification=Consulter la purification +TODO=ToDo +Confirm=Êtes-vous sûr ? +List.none=La liste est vide. +Boolean.true=oui +Boolean.false=non + +NavigatorLabel=Lignes ${from} à ${to} (${of} résultats) +datatable.no-records-found=Aucun résultat. \ No newline at end of file Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) +++ trunk/pom.xml 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -140,13 +140,6 @@ <build> - <resources> - <resource> - <directory>src/main/resources/developement</directory> - <filtering>true</filtering> - </resource> - </resources> - <pluginManagement> <plugins> @@ -450,8 +443,14 @@ <artifactId>mail</artifactId> <version>${version.mail}</version> </dependency> - + <dependency> + <groupId>org.nuiton</groupId> + <artifactId>nuiton-utils</artifactId> + <version>2.6.6</version> + </dependency> + + <dependency> <groupId>org.apache.poi</groupId> <artifactId>poi</artifactId> <version>3.9</version> Added: trunk/src/site/rst/configuration.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/configuration.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/configuration.rst 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -0,0 +1,65 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Cantharella +.. * $Id:$ +.. * $HeadURL:$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2009 - 2012 IRD (Institut de Recherche pour le Developpement) and by respective authors (see below) +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by +.. * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +.. * (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License +.. * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +.. * #L% +.. - + +Configuraiton +============= + +All configuration can be put in file **cantharella.conf**. This file can be in: + +- classpath +- /etc directory +- user configuration directory +- current directory + +Configuration variable +====================== + +When you put some variable in cantharella.conf file to change default value. + +All variables with default values:: + + # + # DATA + # + db.url=jdbc:postgresql:cantharella + db.user=cantharella + db.password=cantharella + db.debug=true + db.hbm2ddl=validate + + # + # SERVICE + # + mail.debug=true + mail.from=no-reply(a)ird.fr + mail.host=smtp + + admin.courriel=ISlog(a)ird.fr + admin.password=password + + # + # WEB + # + app.debug=true + app.optimize=false + wicket.configuration=development Modified: trunk/src/site/rst/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/index.rst 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) +++ trunk/src/site/rst/index.rst 2013-02-12 15:39:48 UTC (rev 94) @@ -29,9 +29,9 @@ for the study of their natural substances, with a controlled access via internet. -.. image: images/Home.png -.. image: images/Station.png -.. image: images/Extraction.png +.. image:: images/Home.png +.. image:: images/Station.png +.. image:: images/Extraction.png Features ======== Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== (Binary files differ)

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r93 - in trunk: cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 11 Feb '13

11 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-11 17:46:50 +0100 (Mon, 11 Feb 2013) New Revision: 93 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/93 Log: Correction des droits d'affichage de la liste de provenance en edition Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) @@ -38,13 +38,6 @@ public interface ProduitService { /** - * Get total produit count in database. - * @return total produit count - */ - @Transactional(readOnly = true) - long countProduits(); - - /** * Liste les produits disponibles selon les droits d'un utilisateur (trié par réf) * @param utilisateur L'utilisateur * @return la liste des produits Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) @@ -66,13 +66,6 @@ /** {@inheritDoc} */ @Override - public long countProduits() { - long result = dao.count(Extrait.class) + dao.count(Fraction.class); - return result; - } - - /** {@inheritDoc} */ - @Override public List<Produit> listProduits(Utilisateur utilisateur) { AssertTools.assertNotNull(utilisateur); Modified: trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) +++ trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) @@ -23,6 +23,7 @@ package nc.ird.cantharella.web.pages.domain.molecule; import java.math.BigDecimal; +import java.util.ArrayList; import java.util.List; import nc.ird.cantharella.data.exceptions.DataConstraintException; @@ -58,6 +59,7 @@ import nc.ird.cantharella.web.utils.panels.PropertyLabelLinkProduitPanel; import nc.ird.cantharella.web.utils.security.AuthRole; import nc.ird.cantharella.web.utils.security.AuthRoles; +import nc.ird.cantharella.web.utils.security.AuthSession; import org.apache.wicket.AttributeModifier; import org.apache.wicket.MarkupContainer; @@ -79,6 +81,7 @@ import org.apache.wicket.markup.html.list.ListView; import org.apache.wicket.model.AbstractPropertyModel; import org.apache.wicket.model.IModel; +import org.apache.wicket.model.LoadableDetachableModel; import org.apache.wicket.model.Model; import org.apache.wicket.model.PropertyModel; import org.apache.wicket.spring.injection.annot.SpringBean; @@ -351,9 +354,35 @@ resultNotAccessibleCont.setOutputMarkupPlaceholderTag(true); provenanceTable.add(resultNotAccessibleCont); + // chargement des données + Utilisateur utilisateur = getSession().getUtilisateur(); + final List<Produit> utilisateurProduits = produitService.listProduits(utilisateur); + + // Model de liste des provenances + final LoadableDetachableModel<List<MoleculeProvenance>> listProvenanceModel = new LoadableDetachableModel<List<MoleculeProvenance>>() { + @Override + protected List<MoleculeProvenance> load() { + boolean isOneResultNotAccessible = false; + + List<MoleculeProvenance> listResults = new ArrayList<MoleculeProvenance>(); + + for (MoleculeProvenance res : moleculeModel.getObject().getProvenances()) { + // les résultats de type blanc ou témoin sont tjr accessibles + if (moleculeService.isMoleculeProvenanceAccessibleByUser(res, + ((AuthSession) getPage().getSession()).getUtilisateur())) { + listResults.add(res); + } else { + isOneResultNotAccessible = true; + } + } + // si une des provenances est non accessible, on rend visible le message d'avertissement + resultNotAccessibleCont.setVisibilityAllowed(isOneResultNotAccessible); + return listResults; + } + }; + // Contenu tableaux provenance - provenanceTable.add(new ListView<MoleculeProvenance>("Molecule.provenance.List", - new PropertyModel<List<MoleculeProvenance>>(moleculeModel, "provenances")) { + provenanceTable.add(new ListView<MoleculeProvenance>("Molecule.provenance.List", listProvenanceModel) { @Override protected void populateItem(ListItem<MoleculeProvenance> item) { if (item.getIndex() % 2 == 1) { @@ -426,8 +455,6 @@ }); // champs d'input - Utilisateur utilisateur = getSession().getUtilisateur(); - List<Produit> utilisateurProduits = produitService.listProduits(utilisateur); final DropDownChoice<Produit> produitChoice = new DropDownChoice<Produit>( "Molecule.provenance.produit.ref", new PropertyModel<Produit>(newProvenanceModel, "produit"), utilisateurProduits, new ProduitRenderer()) { @@ -436,13 +463,6 @@ produitChoice.setNullValid(false); provenanceTable.add(produitChoice); - // si le compte des produit actuel est égal au total en base - // c'est que l'utilisateur a les droits sur tous les produits - long produitCount = produitService.countProduits(); - if (produitCount == utilisateurProduits.size()) { - resultNotAccessibleCont.setVisibilityAllowed(false); - } - final TextField<BigDecimal> presenceInput = new TextField<BigDecimal>("Molecule.provenance.presence", new PropertyModel<BigDecimal>(newProvenanceModel, "pourcentage")) { Modified: trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) +++ trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java 2013-02-11 16:46:50 UTC (rev 93) @@ -33,8 +33,6 @@ import nc.ird.cantharella.data.model.MoleculeProvenance; import nc.ird.cantharella.data.model.Personne; import nc.ird.cantharella.data.model.Produit; -import nc.ird.cantharella.data.model.ResultatTestBio; -import nc.ird.cantharella.data.model.ResultatTestBio.TypeResultat; import nc.ird.cantharella.service.services.MoleculeService; import nc.ird.cantharella.web.pages.TemplatePage; import nc.ird.cantharella.web.pages.domain.extraction.ReadExtractionPage;

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r92 - in trunk: cantharella.data/src/main/resources/commons cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 11 Feb '13

11 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-11 17:33:39 +0100 (Mon, 11 Feb 2013) New Revision: 92 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/92 Log: Affiche de la liste des mol?\195?\169cules par provenance Modified: trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_en.properties trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_fr.properties trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java Modified: trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_en.properties =================================================================== --- trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_en.properties 2013-02-11 16:31:35 UTC (rev 91) +++ trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_en.properties 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) @@ -181,7 +181,7 @@ ParamMethoPuriEffect.valeur=Value -Molecule.idMolecule=Molecule id +Molecule.idMolecule=Id Molecule.nomCommun=Common name Molecule.familleChimique=Chemical Family Molecule.formuleDevMol=Developed formula @@ -198,9 +198,11 @@ Molecule.provenance.produit.ref=Product ref. Molecule.provenance.presence=% Molecule.provenance.lot.ref=Lot ref. +Molecule.provenance.embranchement=Phylum Molecule.provenance.genre=Gender Molecule.provenance.espece=Species Molecule.provenance.campagne=Campaign +Molecule.provenance.programme=Program TestBio.ref=Test ref. Modified: trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_fr.properties =================================================================== --- trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_fr.properties 2013-02-11 16:31:35 UTC (rev 91) +++ trunk/cantharella.data/src/main/resources/commons/data_fr.properties 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) @@ -181,7 +181,7 @@ ParamMethoPuriEffect.valeur=Valeur -Molecule.idMolecule=Molécule N° +Molecule.idMolecule=N° Molecule.nomCommun=Nom commun Molecule.familleChimique=Famille Chimique Molecule.formuleDevMol=Formule développée @@ -198,9 +198,11 @@ Molecule.provenance.produit.ref=Réf. Produit Molecule.provenance.presence=% Molecule.provenance.lot.ref=Réf. Lot +Molecule.provenance.embranchement=Embranchement Molecule.provenance.genre=Genre Molecule.provenance.espece=Espèce Molecule.provenance.campagne=Campagne +Molecule.provenance.programme=Programme TestBio.ref=Réf. test TestBio.manipulateur=Manipulateur Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java 2013-02-11 16:31:35 UTC (rev 91) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) @@ -28,8 +28,8 @@ import nc.ird.cantharella.data.exceptions.DataNotFoundException; import nc.ird.cantharella.data.model.Molecule; import nc.ird.cantharella.data.model.MoleculeProvenance; -import nc.ird.cantharella.data.model.ResultatTestBio; import nc.ird.cantharella.data.model.Utilisateur; +import nc.ird.cantharella.data.model.utils.AbstractModel; import nc.ird.cantharella.service.utils.normalizers.MoleculeNormalizer; import nc.ird.cantharella.service.utils.normalizers.utils.Normalize; @@ -46,6 +46,7 @@ * Compte le nombre de molecules * @return Nombre de Molecules */ + @Transactional(readOnly = true) long countMolecules(); /** @@ -63,18 +64,31 @@ void deleteMolecule(Molecule molecule) throws DataConstraintException; /** - * Liste les molecules + * List molecule provenance and molecule without provenance or provenance + * not visible by current user. + * * @return Molecules */ @Transactional(readOnly = true) List<Molecule> listMolecules(); /** + * List molecule provenance and molecule without provenance or provenance + * not visible by current user. + * + * @param utilisateur utilisateur to filter results + * @return Molecules + */ + @Transactional(readOnly = true) + List<AbstractModel> listMoleculeProvenances(Utilisateur utilisateur); + + /** * Charge une molecule * @param numero numero * @return Le lot correspondant * @throws DataNotFoundException Si le lot n'existe pas */ + @Transactional(readOnly = true) Molecule loadMolecule(Integer numero) throws DataNotFoundException; /** @@ -92,14 +106,14 @@ * @return TRUE s'il a le droit */ boolean updateOrdeleteMoleculeEnabled(Molecule molecule, Utilisateur utilisateur); - + /** * Liste les programmes des organismes déjà saisis * @return Organisme des molécules */ @Transactional(readOnly = true) List<String> listMoleculeOrganisme(); - + /** * Détermine si un utilisateur peut accéder à une provenance de molecule. * @param moleculeProvenance provenance Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java 2013-02-11 16:31:35 UTC (rev 91) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) @@ -22,6 +22,7 @@ */ package nc.ird.cantharella.service.services.impl; +import java.util.ArrayList; import java.util.List; import nc.ird.cantharella.data.dao.GenericDao; @@ -37,6 +38,7 @@ import nc.ird.cantharella.data.model.Produit; import nc.ird.cantharella.data.model.Utilisateur; import nc.ird.cantharella.data.model.Utilisateur.TypeDroit; +import nc.ird.cantharella.data.model.utils.AbstractModel; import nc.ird.cantharella.service.services.LotService; import nc.ird.cantharella.service.services.MoleculeService; import nc.ird.module.utils.AssertTools; @@ -98,6 +100,31 @@ public List<Molecule> listMolecules() { return dao.readList(Molecule.class, "idMolecule"); } + + /** {@inheritDoc} */ + @Override + public List<AbstractModel> listMoleculeProvenances(Utilisateur utilisateur) { + List<AbstractModel> result = new ArrayList<AbstractModel>(); + List<Molecule> molecules = listMolecules(); + + for (Molecule molecule : molecules) { + boolean isOneProductVisible = false; + + List<MoleculeProvenance> moleculeProvenances = molecule.getProvenances(); + for (MoleculeProvenance moleculeProvenance : moleculeProvenances) { + if (isMoleculeProvenanceAccessibleByUser(moleculeProvenance, utilisateur)) { + result.add(moleculeProvenance); + isOneProductVisible = true; + } + } + + if (!isOneProductVisible) { + result.add(molecule); + } + } + + return result; + } /** {@inheritDoc} */ @Override Modified: trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java 2013-02-11 16:31:35 UTC (rev 91) +++ trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java 2013-02-11 16:33:39 UTC (rev 92) @@ -25,16 +25,25 @@ import java.util.ArrayList; import java.util.List; +import nc.ird.cantharella.data.model.Extrait; +import nc.ird.cantharella.data.model.Fraction; import nc.ird.cantharella.data.model.Molecule; +import nc.ird.cantharella.data.model.MoleculeProvenance; +import nc.ird.cantharella.data.model.Produit; +import nc.ird.cantharella.data.model.Utilisateur; +import nc.ird.cantharella.data.model.utils.AbstractModel; import nc.ird.cantharella.service.services.MoleculeService; import nc.ird.cantharella.web.config.WebContext; import nc.ird.cantharella.web.pages.TemplatePage; +import nc.ird.cantharella.web.pages.domain.lot.ReadLotPage; import nc.ird.cantharella.web.utils.CallerPage; import nc.ird.cantharella.web.utils.behaviors.MoleculeViewBehavior; import nc.ird.cantharella.web.utils.columns.BooleanPropertyColumn; import nc.ird.cantharella.web.utils.columns.DecimalPropertyColumn; import nc.ird.cantharella.web.utils.columns.LinkPropertyColumn; import nc.ird.cantharella.web.utils.columns.LinkableImagePropertyColumn; +import nc.ird.cantharella.web.utils.models.DisplayBooleanPropertyModel; +import nc.ird.cantharella.web.utils.models.DisplayDecimalPropertyModel; import nc.ird.cantharella.web.utils.models.DisplayDecimalPropertyModel.DecimalDisplFormat; import nc.ird.cantharella.web.utils.models.LoadableDetachableSortableListDataProvider; import nc.ird.cantharella.web.utils.security.AuthRole; @@ -90,58 +99,261 @@ add(moleculesRefresh); // Liste des molecules - final List<Molecule> molecules = moleculeService.listMolecules(); + Utilisateur utilisateur = getSession().getUtilisateur(); + final List<AbstractModel> moleculeProvenances = moleculeService.listMoleculeProvenances(utilisateur); - LoadableDetachableSortableListDataProvider<Molecule> moleculesDataProvider = new LoadableDetachableSortableListDataProvider<Molecule>( - molecules, getSession().getLocale()); + LoadableDetachableSortableListDataProvider<AbstractModel> moleculesDataProvider = + new LoadableDetachableSortableListDataProvider<AbstractModel>( + moleculeProvenances, getSession().getLocale()); - List<IColumn<Molecule>> columns = new ArrayList<IColumn<Molecule>>(); + List<IColumn<AbstractModel>> columns = new ArrayList<IColumn<AbstractModel>>(); - columns.add(new LinkableImagePropertyColumn<Molecule>("images/read.png", getString("Read"), getString("Read")) { + columns.add(new LinkableImagePropertyColumn<AbstractModel>("images/read.png", getString("Read"), getString("Read")) { @Override - public void onClick(Item<ICellPopulator<Molecule>> item, String componentId, IModel<Molecule> model) { - setResponsePage(new ReadMoleculePage(model.getObject().getIdMolecule(), currentPage)); + public void onClick(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> item, String componentId, IModel<AbstractModel> model) { + int idMolecule; + if (model.getObject() instanceof Molecule) { + idMolecule = ((Molecule)model.getObject()).getIdMolecule(); + } else { + idMolecule = ((MoleculeProvenance)model.getObject()).getMolecule().getIdMolecule(); + } + setResponsePage(new ReadMoleculePage(idMolecule, currentPage)); } }); - columns.add(new LinkPropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.idMolecule")), "idMolecule", "idMolecule", + columns.add(new LinkPropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.idMolecule")), "idMolecule", getString("Read")) { @Override - public void onClick(Item<ICellPopulator<Molecule>> item, String componentId, IModel<Molecule> model) { - setResponsePage(new ReadMoleculePage(model.getObject().getIdMolecule(), currentPage)); + protected IModel<AbstractModel> createLabelModel(final IModel<AbstractModel> rowModel) { + PropertyModel<AbstractModel> propertyModel; + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + propertyModel = new PropertyModel<AbstractModel>(rowModel, "idMolecule"); + } else { + propertyModel = new PropertyModel<AbstractModel>(rowModel, "molecule.idMolecule"); + } + return propertyModel; } + + @Override + public void onClick(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> item, String componentId, IModel<AbstractModel> model) { + int idMolecule; + if (model.getObject() instanceof Molecule) { + idMolecule = ((Molecule)model.getObject()).getIdMolecule(); + } else { + idMolecule = ((MoleculeProvenance)model.getObject()).getMolecule().getIdMolecule(); + } + setResponsePage(new ReadMoleculePage(idMolecule, currentPage)); + } }); - columns.add(new AbstractColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.formuleDevMol"))) { - public void populateItem(Item<ICellPopulator<Molecule>> cellItem, String componentId, IModel<Molecule> rowModel) { - cellItem.add(new Label(componentId, "-") + columns.add(new AbstractColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.formuleDevMol"))) { + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, "-") .add(new MoleculeViewBehavior(new PropertyModel<String>(rowModel, "formuleDevMol")))); + } else { + cellItem.add(new Label(componentId, "-") + .add(new MoleculeViewBehavior(new PropertyModel<String>(rowModel, "molecule.formuleDevMol")))); + } } }); - columns.add(new PropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.nomCommun")), "nomCommun", - "nomCommun")); - columns.add(new PropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.familleChimique")), "familleChimique", - "familleChimique")); - columns.add(new PropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.formuleBrute")), "formuleBrute", - "formuleBrute")); - columns.add(new DecimalPropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.masseMolaire")), "masseMolaire", - "masseMolaire", DecimalDisplFormat.SMALL, getLocale())); - columns.add(new BooleanPropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.nouvMolecul")), "nouvMolecul", - "nouvMolecul", this)); - - columns.add(new LinkableImagePropertyColumn<Molecule>("images/edit.png", getString("Update"), getString("Update")) { - // pas de lien d'édition si l'utilisateur n'a pas les droits + columns.add(new PropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.nomCommun")), "nomCommun", + "nomCommun") { @Override - public void populateItem(Item<ICellPopulator<Molecule>> item, String componentId, IModel<Molecule> model) { - item.add(new LinkableImagePanel(item, componentId, model)); + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + String nomCommun; + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + nomCommun = ((Molecule)rowModel.getObject()).getNomCommun(); + } else { + nomCommun = ((MoleculeProvenance)rowModel.getObject()).getMolecule().getNomCommun(); + } + cellItem.add(new Label(componentId, nomCommun)); } + }); + columns.add(new PropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.familleChimique")), "familleChimique", + "familleChimique") { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + String familleChimique; + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + familleChimique = ((Molecule)rowModel.getObject()).getFamilleChimique(); + } else { + familleChimique = ((MoleculeProvenance)rowModel.getObject()).getMolecule().getFamilleChimique(); + } + cellItem.add(new Label(componentId, familleChimique)); + } + }); + columns.add(new PropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.formuleBrute")), "formuleBrute", + "formuleBrute") { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + String formuleBrute; + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + formuleBrute = ((Molecule)rowModel.getObject()).getFormuleBrute(); + } else { + formuleBrute = ((MoleculeProvenance)rowModel.getObject()).getMolecule().getFormuleBrute(); + } + cellItem.add(new Label(componentId, formuleBrute)); + } + }); + columns.add(new DecimalPropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.masseMolaire")), "masseMolaire", + "masseMolaire", DecimalDisplFormat.SMALL, getLocale()) { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, new DisplayDecimalPropertyModel(rowModel.getObject(), "masseMolaire", + DecimalDisplFormat.SMALL, getLocale()))); + } else { + cellItem.add(new Label(componentId, new DisplayDecimalPropertyModel(rowModel.getObject(), "molecule.masseMolaire", + DecimalDisplFormat.SMALL, getLocale()))); + } + } + }); + columns.add(new BooleanPropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.nouvMolecul")), "nouvMolecul", + "nouvMolecul", this) { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, new DisplayBooleanPropertyModel(rowModel.getObject(), "nouvMolecul", + ListMoleculesPage.this))); + } else { + cellItem.add(new Label(componentId, new DisplayBooleanPropertyModel(rowModel.getObject(), "molecule.nouvMolecul", + ListMoleculesPage.this))); + } + } + }); + columns.add(new PropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.provenance.embranchement")), "embranchement", + "embranchement") { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, "-")); + } else { + MoleculeProvenance provenance = (MoleculeProvenance)rowModel.getObject(); + Produit produit = provenance.getProduit(); + if (produit instanceof Fraction) { + Fraction fraction = (Fraction)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, fraction.getPurification().getLotSource().getSpecimenRef().getEmbranchement())); + } else { + Extrait extrait = (Extrait)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, extrait.getExtraction().getLot().getSpecimenRef().getEmbranchement())); + } + } + } + }); + columns.add(new PropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.provenance.genre")), "genre", + "genre") { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, "-")); + } else { + MoleculeProvenance provenance = (MoleculeProvenance)rowModel.getObject(); + Produit produit = provenance.getProduit(); + if (produit instanceof Fraction) { + Fraction fraction = (Fraction)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, fraction.getPurification().getLotSource().getSpecimenRef().getGenre())); + } else { + Extrait extrait = (Extrait)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, extrait.getExtraction().getLot().getSpecimenRef().getGenre())); + } + } + } + }); + columns.add(new PropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.provenance.espece")), "espece", + "espece") { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, "-")); + } else { + MoleculeProvenance provenance = (MoleculeProvenance)rowModel.getObject(); + Produit produit = provenance.getProduit(); + if (produit instanceof Fraction) { + Fraction fraction = (Fraction)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, fraction.getPurification().getLotSource().getSpecimenRef().getEspece())); + } else { + Extrait extrait = (Extrait)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, extrait.getExtraction().getLot().getSpecimenRef().getEspece())); + } + } + } + }); + columns.add(new LinkPropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.provenance.lot.ref")), "lot.ref", + getString("Read")) { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, "-")); + } else { + super.populateItem(cellItem, componentId, rowModel); + } + } + @Override + protected IModel<AbstractModel> createLabelModel(final IModel<AbstractModel> rowModel) { + IModel<AbstractModel> propertyModel = null; + if (rowModel.getObject() instanceof MoleculeProvenance) { + MoleculeProvenance provenance = (MoleculeProvenance)rowModel.getObject(); + Produit produit = provenance.getProduit(); + if (produit instanceof Fraction) { + propertyModel = new PropertyModel<AbstractModel>(rowModel, "produit.purification.lotSource.ref"); + } else { + propertyModel = new PropertyModel<AbstractModel>(rowModel, "produit.extraction.lot.ref"); + } + } + return propertyModel; + } @Override - public void onClick(Item<ICellPopulator<Molecule>> item, String componentId, IModel<Molecule> model) { - setResponsePage(new ManageMoleculePage(model.getObject().getIdMolecule(), currentPage)); + public void onClick(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> item, String componentId, IModel<AbstractModel> model) { + int idLot; + if (model.getObject() instanceof MoleculeProvenance) { + MoleculeProvenance provenance = (MoleculeProvenance)model.getObject(); + Produit produit = provenance.getProduit(); + if (produit instanceof Fraction) { + Fraction fraction = (Fraction)produit; + idLot = fraction.getPurification().getLotSource().getIdLot(); + } else { + Extrait extrait = (Extrait)produit; + idLot = extrait.getExtraction().getLot().getIdLot(); + } + + setResponsePage(new ReadLotPage(idLot, currentPage)); + } } }); + columns.add(new PropertyColumn<AbstractModel>(new Model<String>(getString("Molecule.provenance.programme")), "programme", + "programme") { + @Override + public void populateItem(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> cellItem, String componentId, IModel<AbstractModel> rowModel) { + if (rowModel.getObject() instanceof Molecule) { + cellItem.add(new Label(componentId, "-")); + } else { + MoleculeProvenance provenance = (MoleculeProvenance)rowModel.getObject(); + Produit produit = provenance.getProduit(); + if (produit instanceof Fraction) { + Fraction fraction = (Fraction)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, fraction.getPurification().getLotSource().getCampagne().getProgramme())); + } else { + Extrait extrait = (Extrait)produit; + cellItem.add(new Label(componentId, extrait.getExtraction().getLot().getCampagne().getProgramme())); + } + } + } + }); + columns.add(new LinkableImagePropertyColumn<AbstractModel>("images/edit.png", getString("Update"), getString("Update")) { + @Override + public void onClick(Item<ICellPopulator<AbstractModel>> item, String componentId, IModel<AbstractModel> model) { + int idMolecule; + if (model.getObject() instanceof Molecule) { + idMolecule = ((Molecule)model.getObject()).getIdMolecule(); + } else { + idMolecule = ((MoleculeProvenance)model.getObject()).getMolecule().getIdMolecule(); + } + setResponsePage(new ManageMoleculePage(idMolecule, currentPage)); + } + }); - final DataTable<Molecule> moleculesDataTable = new AjaxFallbackDefaultDataTable<Molecule>("ListMoleculesPage.Molecules", columns, + final DataTable<AbstractModel> moleculesDataTable = new AjaxFallbackDefaultDataTable<AbstractModel>("ListMoleculesPage.Molecules", columns, moleculesDataProvider, WebContext.ROWS_PER_PAGE); moleculesRefresh.add(moleculesDataTable); }

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r91 - trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 11 Feb '13

11 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-11 17:31:35 +0100 (Mon, 11 Feb 2013) New Revision: 91 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/91 Log: Remove hack. Modified: trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css Modified: trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) +++ trunk/cantharella.web/src/main/webapp/css/general.css 2013-02-11 16:31:35 UTC (rev 91) @@ -422,10 +422,9 @@ content: '*\0000a0'; color: #e81111; } -/* FIXME echatellier 20130206 hack pour chemdoodle en edition */ #content div.property div { - margin-left:21%; + margin-left:inline-block; } #content form input[type="text"],#content form input[type="password"],#content form select,#content form textarea

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r90 - in trunk: cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 11 Feb '13

11 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-11 11:24:20 +0100 (Mon, 11 Feb 2013) New Revision: 90 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/90 Log: Affichage de message de produit non visibles seulement dans les cas concern?\195?\169s Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/MoleculeService.java 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) @@ -27,6 +27,8 @@ import nc.ird.cantharella.data.exceptions.DataConstraintException; import nc.ird.cantharella.data.exceptions.DataNotFoundException; import nc.ird.cantharella.data.model.Molecule; +import nc.ird.cantharella.data.model.MoleculeProvenance; +import nc.ird.cantharella.data.model.ResultatTestBio; import nc.ird.cantharella.data.model.Utilisateur; import nc.ird.cantharella.service.utils.normalizers.MoleculeNormalizer; import nc.ird.cantharella.service.utils.normalizers.utils.Normalize; @@ -95,5 +97,15 @@ * Liste les programmes des organismes déjà saisis * @return Organisme des molécules */ + @Transactional(readOnly = true) List<String> listMoleculeOrganisme(); + + /** + * Détermine si un utilisateur peut accéder à une provenance de molecule. + * @param moleculeProvenance provenance + * @param utilisateur L'utilisateur + * @return TRUE s'il a le droit + */ + @Transactional(readOnly = true) + boolean isMoleculeProvenanceAccessibleByUser(MoleculeProvenance moleculeProvenance, Utilisateur utilisateur); } Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/ProduitService.java 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) @@ -38,6 +38,13 @@ public interface ProduitService { /** + * Get total produit count in database. + * @return total produit count + */ + @Transactional(readOnly = true) + long countProduits(); + + /** * Liste les produits disponibles selon les droits d'un utilisateur (trié par réf) * @param utilisateur L'utilisateur * @return la liste des produits Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/MoleculeServiceImpl.java 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) @@ -29,9 +29,15 @@ import nc.ird.cantharella.data.exceptions.DataConstraintException; import nc.ird.cantharella.data.exceptions.DataNotFoundException; import nc.ird.cantharella.data.exceptions.UnexpectedException; +import nc.ird.cantharella.data.model.Extrait; +import nc.ird.cantharella.data.model.Fraction; +import nc.ird.cantharella.data.model.Lot; import nc.ird.cantharella.data.model.Molecule; +import nc.ird.cantharella.data.model.MoleculeProvenance; +import nc.ird.cantharella.data.model.Produit; import nc.ird.cantharella.data.model.Utilisateur; import nc.ird.cantharella.data.model.Utilisateur.TypeDroit; +import nc.ird.cantharella.service.services.LotService; import nc.ird.cantharella.service.services.MoleculeService; import nc.ird.module.utils.AssertTools; @@ -55,6 +61,10 @@ @Autowired private GenericDao dao; + /** Lot service. */ + @Autowired + private LotService lotService; + /** {@inheritDoc} */ @Override public long countMolecules() { @@ -114,11 +124,24 @@ return utilisateur.getTypeDroit() == TypeDroit.ADMINISTRATEUR || utilisateur.getIdPersonne() == molecule.getCreateur().getIdPersonne(); } - + /** {@inheritDoc} */ @SuppressWarnings("unchecked") @Override public List<String> listMoleculeOrganisme() { return (List<String>) dao.list(MoleculeDao.CRITERIA_DISTINCT_MOLECULE_ORGANISMES); } + + /** {@inheritDoc} */ + @Override + public boolean isMoleculeProvenanceAccessibleByUser(MoleculeProvenance moleculeProvenance, Utilisateur utilisateur) { + Lot lot; + Produit produit = moleculeProvenance.getProduit(); + if (produit instanceof Extrait) { + lot = ((Extrait)produit).getExtraction().getLot(); + } else { + lot = ((Fraction)produit).getPurification().getLotSource(); + } + return lotService.isLotAccessibleByUser(lot, utilisateur); + } } Modified: trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java =================================================================== --- trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) +++ trunk/cantharella.service/src/main/java/nc/ird/cantharella/service/services/impl/ProduitServiceImpl.java 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) @@ -66,6 +66,13 @@ /** {@inheritDoc} */ @Override + public long countProduits() { + long result = dao.count(Extrait.class) + dao.count(Fraction.class); + return result; + } + + /** {@inheritDoc} */ + @Override public List<Produit> listProduits(Utilisateur utilisateur) { AssertTools.assertNotNull(utilisateur); Modified: trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) +++ trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ListMoleculesPage.java 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) @@ -29,7 +29,6 @@ import nc.ird.cantharella.service.services.MoleculeService; import nc.ird.cantharella.web.config.WebContext; import nc.ird.cantharella.web.pages.TemplatePage; -import nc.ird.cantharella.web.pages.domain.campagne.ReadCampagnePage; import nc.ird.cantharella.web.utils.CallerPage; import nc.ird.cantharella.web.utils.behaviors.MoleculeViewBehavior; import nc.ird.cantharella.web.utils.columns.BooleanPropertyColumn; @@ -74,22 +73,22 @@ */ public ListMoleculesPage() { super(ListMoleculesPage.class); - + final CallerPage currentPage = new CallerPage(ListMoleculesPage.class); - + add(new Link<Void>(getResource() + ".NewMolecule") { @Override public void onClick() { setResponsePage(new ManageMoleculePage(currentPage)); } }); - + // On englobe le "DataView" dans un composant neutre que l'on pourra // rafraichir quand la liste évoluera final MarkupContainer moleculesRefresh = new WebMarkupContainer(getResource() + ".Molecules.Refresh"); moleculesRefresh.setOutputMarkupId(true); add(moleculesRefresh); - + // Liste des molecules final List<Molecule> molecules = moleculeService.listMolecules(); @@ -128,16 +127,7 @@ "masseMolaire", DecimalDisplFormat.SMALL, getLocale())); columns.add(new BooleanPropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.nouvMolecul")), "nouvMolecul", "nouvMolecul", this)); - columns.add(new LinkPropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.campagne")), "campagne", - "campagne", getString("Read")) { - @Override - public void onClick(Item<ICellPopulator<Molecule>> item, String componentId, IModel<Molecule> model) { - setResponsePage(new ReadCampagnePage(model.getObject().getCampagne().getIdCampagne(), currentPage)); - } - }); - columns.add(new PropertyColumn<Molecule>(new Model<String>(getString("Molecule.identifieePar")), "identifieePar", - "identifieePar")); - + columns.add(new LinkableImagePropertyColumn<Molecule>("images/edit.png", getString("Update"), getString("Update")) { // pas de lien d'édition si l'utilisateur n'a pas les droits @Override @@ -150,7 +140,7 @@ setResponsePage(new ManageMoleculePage(model.getObject().getIdMolecule(), currentPage)); } }); - + final DataTable<Molecule> moleculesDataTable = new AjaxFallbackDefaultDataTable<Molecule>("ListMoleculesPage.Molecules", columns, moleculesDataProvider, WebContext.ROWS_PER_PAGE); moleculesRefresh.add(moleculesDataTable); Modified: trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) +++ trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ManageMoleculePage.java 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) @@ -435,8 +435,14 @@ }; produitChoice.setNullValid(false); provenanceTable.add(produitChoice); - //FIXME echatellier enable or disable resultNotAccessibleCont if product are not listed + // si le compte des produit actuel est égal au total en base + // c'est que l'utilisateur a les droits sur tous les produits + long produitCount = produitService.countProduits(); + if (produitCount == utilisateurProduits.size()) { + resultNotAccessibleCont.setVisibilityAllowed(false); + } + final TextField<BigDecimal> presenceInput = new TextField<BigDecimal>("Molecule.provenance.presence", new PropertyModel<BigDecimal>(newProvenanceModel, "pourcentage")) { Modified: trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java =================================================================== --- trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) +++ trunk/cantharella.web/src/main/java/nc/ird/cantharella/web/pages/domain/molecule/ReadMoleculePage.java 2013-02-11 10:24:20 UTC (rev 90) @@ -22,6 +22,7 @@ */ package nc.ird.cantharella.web.pages.domain.molecule; +import java.util.ArrayList; import java.util.List; import nc.ird.cantharella.data.exceptions.DataConstraintException; @@ -32,6 +33,8 @@ import nc.ird.cantharella.data.model.MoleculeProvenance; import nc.ird.cantharella.data.model.Personne; import nc.ird.cantharella.data.model.Produit; +import nc.ird.cantharella.data.model.ResultatTestBio; +import nc.ird.cantharella.data.model.ResultatTestBio.TypeResultat; import nc.ird.cantharella.service.services.MoleculeService; import nc.ird.cantharella.web.pages.TemplatePage; import nc.ird.cantharella.web.pages.domain.extraction.ReadExtractionPage; @@ -52,6 +55,7 @@ import nc.ird.cantharella.web.utils.panels.PropertyLabelLinkProduitPanel; import nc.ird.cantharella.web.utils.security.AuthRole; import nc.ird.cantharella.web.utils.security.AuthRoles; +import nc.ird.cantharella.web.utils.security.AuthSession; import org.apache.wicket.AttributeModifier; import org.apache.wicket.MarkupContainer; @@ -63,6 +67,7 @@ import org.apache.wicket.markup.html.list.ListItem; import org.apache.wicket.markup.html.list.ListView; import org.apache.wicket.model.IModel; +import org.apache.wicket.model.LoadableDetachableModel; import org.apache.wicket.model.Model; import org.apache.wicket.model.PropertyModel; import org.apache.wicket.spring.injection.annot.SpringBean; @@ -195,9 +200,32 @@ resultNotAccessibleCont.setOutputMarkupPlaceholderTag(true); provenanceTable.add(resultNotAccessibleCont); + // Model de liste des provenances + final LoadableDetachableModel<List<MoleculeProvenance>> listProvenanceModel = new LoadableDetachableModel<List<MoleculeProvenance>>() { + @Override + protected List<MoleculeProvenance> load() { + boolean isOneResultNotAccessible = false; + + List<MoleculeProvenance> listResults = new ArrayList<MoleculeProvenance>(); + + for (MoleculeProvenance res : moleculeModel.getObject().getProvenances()) { + // les résultats de type blanc ou témoin sont tjr accessibles + if (moleculeService.isMoleculeProvenanceAccessibleByUser(res, + ((AuthSession) getPage().getSession()).getUtilisateur())) { + listResults.add(res); + } else { + isOneResultNotAccessible = true; + } + } + // si une des provenances est non accessible, on rend visible le message d'avertissement + resultNotAccessibleCont.setVisibilityAllowed(isOneResultNotAccessible); + return listResults; + } + }; + // Contenu tableaux provenance - ListView<MoleculeProvenance> provenanceListView = new ListView<MoleculeProvenance>("Molecule.provenance.List", - new PropertyModel<List<MoleculeProvenance>>(moleculeModel, "provenances")) { + ListView<MoleculeProvenance> provenanceListView = new ListView<MoleculeProvenance>( + "Molecule.provenance.List", listProvenanceModel) { @Override protected void populateItem(ListItem<MoleculeProvenance> item) { if (item.getIndex() % 2 == 1) {

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r89 - in trunk: . cantharella.service
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 11 Feb '13

11 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-11 10:03:43 +0100 (Mon, 11 Feb 2013) New Revision: 89 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/89 Log: Poi version was not so useless Modified: trunk/cantharella.service/pom.xml trunk/pom.xml Modified: trunk/cantharella.service/pom.xml =================================================================== --- trunk/cantharella.service/pom.xml 2013-02-11 08:57:47 UTC (rev 88) +++ trunk/cantharella.service/pom.xml 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) @@ -178,7 +178,6 @@ <dependency> <groupId>org.apache.poi</groupId> <artifactId>poi</artifactId> - <version>${version.poi}</version> <scope>test</scope> </dependency> </dependencies> Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2013-02-11 08:57:47 UTC (rev 88) +++ trunk/pom.xml 2013-02-11 09:03:43 UTC (rev 89) @@ -450,6 +450,13 @@ <artifactId>mail</artifactId> <version>${version.mail}</version> </dependency> + + <dependency> + <groupId>org.apache.poi</groupId> + <artifactId>poi</artifactId> + <version>3.9</version> + <scope>test</scope> + </dependency> </dependencies> </dependencyManagement>

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r88 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 11 Feb '13

11 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-11 09:57:47 +0100 (Mon, 11 Feb 2013) New Revision: 88 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/88 Log: Remove useless property Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2013-02-11 08:47:19 UTC (rev 87) +++ trunk/pom.xml 2013-02-11 08:57:47 UTC (rev 88) @@ -128,8 +128,6 @@ <version.mail>1.4.6</version.mail> <version.cglib>2.2.2</version.cglib> - <version.poi>3.5-FINAL</version.poi> - <version.servlet-api>2.5</version.servlet-api> <version.wicket>1.5.9</version.wicket>

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r87 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 11 Feb '13

11 Feb '13

Author: echatellier Date: 2013-02-11 09:47:19 +0100 (Mon, 11 Feb 2013) New Revision: 87 Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/87 Log: Update javamail Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2013-02-11 06:40:16 UTC (rev 86) +++ trunk/pom.xml 2013-02-11 08:47:19 UTC (rev 87) @@ -125,7 +125,7 @@ <version.opencsv>2.3</version.opencsv> <version.javassist>3.8.0.GA</version.javassist> <version.spring>3.2.1.RELEASE</version.spring> - <version.mail>1.4.5</version.mail> + <version.mail>1.4.6</version.mail> <version.cglib>2.2.2</version.cglib> <version.poi>3.5-FINAL</version.poi>

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