November 2012 - Cantharella-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Migration hibernate et mise à jour des dépendances
by Eric Chatellier 30 Nov '12

30 Nov '12

Bonjour, Dans le cadre de l'évolution concernant le moteur de recherche et l’utilisation de hibernate-search, je me suis poser la question s'il ne serait pas préférable de d'abord mettre à jour hibernate pour ensuite développer le code d'hibernate search sur les solutions techniques d'aujourd'hui (hibernate search 4.1 et lucene 4.0). J'ai donc pris un peu de temps pour migrer cantherella sur hibernate 4.1.7 et cela a fonctionné avec quelques difficultés: - modification de configuration du pool (c3p0) - suppression de spring hibernate template (déconseillé sur hibernate 3, supprimé sur hibernate 4) - hibernate 4.1.8 est incompatible avec la version utilisée de c3p0 Suite à la migration: - le site tourne toujours correctement - le plugin hibernate3-maven-plugin n'a pas d'équivalent (un code de génération du schéma a été ajouté en test unitaire : il n'est cependant pas exactement identique en fonctionne sur les bases de données existantes) J'en ai profité pour mettre à jour toutes les autres librairies du projet. Ce sont des mises à jour mineures beaucoup moins importante qu'hibernate. Un seul changement notable concernant les mise à jour est celle vers commons-lang3 qui permet de supprimer la dépendance sur ICU (suppression des accents d'une chaine). Le code de la migration hibernate et de la mise à jour des dépendances n'est pas encore commité. Il le sera seulement si n'y a pas d'objections et après la réunion de mardi prochain où cela pourra être discuté. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Correction des tests de cantharella
by adrien cheype 29 Nov '12

29 Nov '12

Bonjour, Je pensais qu'il fallait déclarer maven-jetty-plugin dans le pom.xml du projet cantharella.web pour pouvoir lancer jetty via maven. J'essaierai donc de lancer telle quelle la commande dès mon retour de mission/congés (mi-janvier). Bonne journée On Wed, 28 Nov 2012 18:26:09 +0100 Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> wrote: > Le 28/11/2012 18:04, adrien cheype a écrit : >> Bonjour, >> >> Merci pour ces ajouts, c'est un plus indéniable pour le projet de >>permettre >> l'installation automatique d'un environnement de développement. >> >> De la même manière, pour que le déploiement du serveur web soit >>automatique, >> je suggère qu'on ajoute maven-jetty-plugin à la configuration Maven. >>Ainsi, >> après avoir lancer un "mvn install", un nouveau développeur pourrait >>déployer >> l'application web via un simple "mvn jetty:run". >> Qu'en pensez-vous ? > C'est déjà ce que je fait (mvn jetty:run) pour lancer le module web > et cela fonctionne sans configuration. > > Que voudriez-vous configurer ? > > -- > Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > _______________________________________________ > Cantharella-devel mailing list > Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com > http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules
by Sylvain PETEK 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Je comprends que cela rajoute un degré de complexité supplémentaire. Votre proposition me convient parfaitement. Je vais créer le ticket correspondant. A bientôt, Sylvain -----Message d'origine----- De : cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com [mailto:cantharella-devel-bounces@list.forge.codelutin.com] De la part de Jean Couteau Envoyé : mercredi 28 novembre 2012 04:57 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules Bonjour, Le 22/11/2012 22:04, Sylvain PETEK a écrit : > Jai eu quelques échanges avec Nicolas BARTHES > <mailto:Nicolas.BARTHES@cefe.cnrs.fr> qui soccupe de > lEcochimiothèque du CNRS. > > Pour générer la chaîne *InChi* à partir du .mol, en ce qui le > concerne, il utilise lapplication gratuite disponible sur le site IUPAC : > http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html > ci-dessous ces explications: Une telle fonctionnalité serait du coup envisageable, mais elle pose plusieurs problèmes : - d'un point de vue déploiement, nous devenons dépendant de la plateforme - ce n'était pas prévu dans notre chiffrage Par contre, d'un point de vue licence, cela semble ok, l'applicatif permettant la conversion est sous une licence à priori plus permissive que la LGPLv2 et le code est publié sur SourceForge. Ce que je vous propose c'est de créer un ticket correspondant à cette fonctionnalité que nous mettrons sur la version 1.2. Si nous avons le temps et que nous réussissons à résoudre les problèmes de déploiement, nous essaierons de le réaliser pour la version 1.1. Nous pouvons en discuter lors de notre prochaine visio. Est-ce que cela vous conviendrait ? Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29

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Re: [Cantharella-devel] Correction des tests de cantharella
by adrien cheype 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Merci pour ces ajouts, c'est un plus indéniable pour le projet de permettre l'installation automatique d'un environnement de développement. De la même manière, pour que le déploiement du serveur web soit automatique, je suggère qu'on ajoute maven-jetty-plugin à la configuration Maven. Ainsi, après avoir lancer un "mvn install", un nouveau développeur pourrait déployer l'application web via un simple "mvn jetty:run". Qu'en pensez-vous ? Adrien On Wed, 28 Nov 2012 16:07:57 +0100 Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> wrote: > Bonjour, > > Je me suis permis de modifier le passage des tests unitaires > pour qu'ils tournent sur une base embarquée java h2. > > Cela permet de rendre le projet totalement compilable par maven > (mvn install) y compris avec l’exécution des tests unitaires. > > Pour cela, j'ai du: > * ajouter des fichiers data.properties dans certains dossiers >"src/test/resources" > * ajouter une configuration dans DataContext : hbm2ddl pour >permettre l'auto > création du schema hibernate pendant les tests > * supprimer les fichiers "hibernate.cfg.xml" (il me semble qu'ils > n'étaient pas utilisés) > > Le build est maintenant monitoré par notre instance de jenkins: > http://jenkins.codelutin.com/jenkins/job/cantharella/ > et est, à l'heure actuelle, en succès. > > -- > Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > _______________________________________________ > Cantharella-devel mailing list > Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com > http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Correction des tests de cantharella
by Eric Chatellier 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Je me suis permis de modifier le passage des tests unitaires pour qu'ils tournent sur une base embarquée java h2. Cela permet de rendre le projet totalement compilable par maven (mvn install) y compris avec l’exécution des tests unitaires. Pour cela, j'ai du: * ajouter des fichiers data.properties dans certains dossiers "src/test/resources" * ajouter une configuration dans DataContext : hbm2ddl pour permettre l'auto création du schema hibernate pendant les tests * supprimer les fichiers "hibernate.cfg.xml" (il me semble qu'ils n'étaient pas utilisés) Le build est maintenant monitoré par notre instance de jenkins: http://jenkins.codelutin.com/jenkins/job/cantharella/ et est, à l'heure actuelle, en succès. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules
by Sylvain PETEK 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, J’ai eu quelques échanges avec Nicolas BARTHES <mailto:Nicolas.BARTHES@cefe.cnrs.fr> qui s’occupe de l’Ecochimiothèque du CNRS. Pour générer la chaîne InChi à partir du .mol, en ce qui le concerne, il utilise l’application gratuite disponible sur le site IUPAC : http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html ci-dessous ces explications: Du coup, pour générer le fichier inchi, on doit d’abord récupérer le inchi.exe (ou l’exécutable linux selon ton serveur) sur le site iupac que je t’ai indiqué précédemment et placer une copie dans l’arborescence de l’application web. Ensuite, on l’appelle comme ceci depuis le code php : _____ _____ //transcription de la structure en code Inchi via le programme cInChI-1 exec(REPINCHI." ".REPTEMP.$pt.".mol ".REPTEMP.$pt.".inchi /NoLabels"); //lecture du fichier output avec le code Inchi et stockage dans la variable inchi $inchi=file_get_contents($path.".inchi"); unlink(REPTEMP.$pt.".inchi"); $inchi=ereg_replace("\* Input_File: \"".REPTEMP.$pt.".mol\"\n","",$inchi); $inchi=ereg_replace("Structure: 1\n","",$inchi); $tabinchi=preg_split("[\n]",$inchi); _____ _____ REPINCHI est une variable définie en entête de chaque fichier et correspond au répertoire dans lequel est stocké l’exécutable InChi. REPTEMP est une variable qui définit le chemin du répertoire temporaire de travail. La génération de la chaine InChi se fait donc par : exec(chemin_vers_executable_inchi chemin_du_mol_d_entree/molecule.mol chemin_vers_inchi_de_sortie/molecule.inchi /NoLabels); Cela génère un fichier avec quelques entêtes et la chaine inchi correspondante au .mol d’entrée. Si tu veux ne récupérer que la chaine inchi pour la stocker dans ta base de donnée (plus simple à rappeler par la suite qu’un .inchi qui n’est autre qu’un fichier texte), tu peux utiliser la seconde partie du script qui récupère le contenu du fichier inchi créé, supprime ce fichier du répertoire temporaire, remplace les entêtes "\* Input_File: \" et "Structure: 1\n" pour ne conserver que la chaine inchi elle-même dans la première cellule de l’array $tabinchi ($tabinchi[0]). Bonne journée, Sylvain -----Message d'origine----- De : cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com [mailto:cantharella-devel-bounces@list.forge.codelutin.com] De la part de Benjamin POUSSIN Envoyé : mercredi 21 novembre 2012 08:27 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules On Tue, 20 Nov 2012 14:26:19 -1000 "Sylvain PETEK" < <mailto:sylvain.petek@ird.fr> sylvain.petek(a)ird.fr> wrote: > A priori Chemdoodle Web est capable de générer le .mol et le .inchi, > serait-il possible d’enregistrer les molécules conjointement sous ces > 2 formats svp ? Bonjour, En fait Chemdoodle Web ne sait pas le faire. Il ne sait enregistrer qu'au format .mol et appel un service distant hébergé par la société pour tous les autres formats. Donc sauf à avoir un accord avec la société, nous ne pouvons que supporter le format .mol. Il serait aussi possible de réimplanter la sauvegarde sous un autre format, mais cela ne me parait pas pertinent pour l'instant (temps, coût, ...) -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: <mailto:poussin@codelutin.com> poussin(a)codelutin.com <http://www.codelutin.com> http://www.codelutin.com _______________________________________________ Cantharella-devel mailing list <mailto:Cantharella-devel@list.forge.codelutin.com> Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com <http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel> http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Formats d'enregistrement des molécules
by Sylvain PETEK 21 Nov '12

21 Nov '12

Bonjour, Depuis notre dernière réunion, jai eu loccasion davoir qqs échanges avec dautres collègues qui utilisent un éditeur de molécules (Chemaxon) au niveau de leur SI (Chimiothèque nationale, écochimiothèque). Comme je vous lavez indiqué, jai eu la confirmation quils enregistrent eux aussi leurs molécules au format .mol qui est le plus universel. Cependant, ils enregistrent également la chaîne de caractère InChi (identifiant unique de la molécule dessinée - http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html) , format proposé par lIUPAC, qui permet de faire une recherche par structure par la suite. A priori Chemdoodle Web est capable de générer le .mol et le .inchi, serait-il possible denregistrer les molécules conjointement sous ces 2 formats svp ? Par avance merci, Sylvain _____ Sylvain PETEK Chargé de Recherche UMR 241 Ecosystèmes Insulaires Océaniens Etude Intégrée des Métabolites Secondaires Institut de recherche pour le développement BP529 98713 Papeete Polynésie française Tél. : +689 47 42 14 Fax : +689 42 95 55 <mailto:sylvain.petek@ird.fr> sylvain.petek(a)ird.fr <http://www.ird.fr/> www.ird.fr <http://www.pomare.org> www.pomare.org <http://cantharella.ird.nc/> cantharella.ird.nc

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Re: [Cantharella-devel] [Cantharella] Réunion de démarrage
by Adrien Cheype 12 Nov '12

12 Nov '12

Bonjour, En effet, la commande que je vous ai donné récupère un dépôt vide. Désolé, je n'étais pas aller jusqu'au bout de la procédure. La documentation de sourceforge n'est pas claire à ce niveau car il y a une double documentation : celle pour le système "classique" et celle pour le système "2.0 Beta" (liens commençant par "sourceforge.net/p"). Etant donné que nous utilisons ce dernier système pour le projet Cantharella, la commande est légèrement différente : rsync -av svn.code.sf.net::p/cantharella/code/* . Avec cette commande, vous ne devriez pas rencontrer de problèmes pour récupérer les 14 révisions. Vous trouverez plus d'informations ici (documentation plus dur à trouver que l'autre documentation traitant du même sujet) : https://sourceforge.net/p/forge/documentation/rsync/ Bonne journée, Adrien Le 10/11/2012 05:26, Benjamin POUSSIN a écrit : > On Fri, 09 Nov 2012 17:17:06 +1100 > Adrien Cheype<adrien.cheype(a)ird.fr> wrote: > >>> Nous avons déjà effectué quelques commits sur le projet après la >>> migration de svn. Tenez-vous particulièrement aux 14 commits effectués >>> sur sourceforge ? (Sachant que le svn sourceforge reste disponible) >> Oui, il serait préférable de les intégrer, ces commits traduisent >> certaines évolutions importantes et à terme nous allons supprimer le svn >> de sourceforge et rediriger vers votre forge. >> J'ai fait attention de vous prévenir le plus tôt possible afin d'éviter >> qu'il n'y ait d'autres commits sur le SVN de votre forge. Le plus simple >> serait d'importer les anciens commits de sourceforge (avec la procédure >> que je vous ai fourni) puis de factoriser les 5 commits qui ont été >> effectués par Tony Chemit en un seul. Une simple copie de la version >> actuelle suffira. > Bonjour, > > Le problème est que la procédure décrite ne permet que de récupérer le > repository en r0 c'est a dire lorsqu'il était vide :(. > > les fichiers récupérer par la commande rsync: > > 8 ./locks > 44 ./hooks > 0 ./db/txn-protorevs > 0 ./db/transactions > 4 ./db/revs/0 > 4 ./db/revs > 4 ./db/revprops/0 > 4 ./db/revprops > 40 ./db > 12 ./conf > 112 . > > Sauf erreur de notre part, nous ne pouvons pas avec cette procédure > récupérer le svn de SF :( > -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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Re: [Cantharella-devel] [Cantharella] Réunion de démarrage
by Adrien Cheype 09 Nov '12

09 Nov '12

Bonjour, Mes réponses dans le texte. Le 09/11/2012 04:36, Jean Couteau a écrit : >> Par contre, en regardant de plus près, j'ai remarqué que vous aviez >> récupérés sur votre dépôt SVN seulement la dernière version du SVN de >> Sourceforge. Serait-il possible que vous récupéreriez les commits >> précédents ? > Nous avons déjà effectué quelques commits sur le projet après la > migration de svn. Tenez-vous particulièrement aux 14 commits effectués > sur sourceforge ? (Sachant que le svn sourceforge reste disponible) Oui, il serait préférable de les intégrer, ces commits traduisent certaines évolutions importantes et à terme nous allons supprimer le svn de sourceforge et rediriger vers votre forge. J'ai fait attention de vous prévenir le plus tôt possible afin d'éviter qu'il n'y ait d'autres commits sur le SVN de votre forge. Le plus simple serait d'importer les anciens commits de sourceforge (avec la procédure que je vous ai fourni) puis de factoriser les 5 commits qui ont été effectués par Tony Chemit en un seul. Une simple copie de la version actuelle suffira. > >> Autre détail, les nouveaux tickets d'évolution sont renseignés pour la >> v1. Serait-il possible de garder les mêmes numéros de versions ? C'est à >> dire de laisser les anciens tickets sur la v1 (version actuelle), et que >> les évolutions soient dispatchées entre la v1.1 (actuelle prestation) et >> la v1.2 (future prestation avec fonctionnalités non retenues). > Concernant les versions, je me pose plusieurs questions. Le trunk était > en version 1.0 (il devrait être en version snapshot), et aucun tag n'est > présent sur le svn. > > Nous proposons de faire une release (et donc un tag) 1.0 qui fixe > cantharella dans sa version actuelle. Nous passons ensuite le trunk en > version 1.1-SNAPSHOT et nous effectuons la prestation sur cette version. > A la fin de la prestation, nous faisons une release 1.1, le trunk passe > alors en version 1.2-SNAPSHOT (et nous avons un tag 1.1). > > Les tickets de la version actuelle qui sont clos restent sur la version > 1.0. Les tickets non clos passent sur la version 1.2, les tickets de la > prestation que nous réalisons passent sur la version 1.1. Si des tickets > sont corrigés, nous les passeront sur la version 1.1. > > A la fin de la prestation, resteront sur la version 1.2 (développements > à effectuer), les tickets de bugs non résolus. > > Je ne sais pas si je suis clair dans mes explications. Dans le cas > contraire, je vous propose d'en reparler lors de notre visio de la > semaine prochaine. Vos explications sont très claires. Ok pour suivre cette démarche, elle se base en plus sur des bonnes pratiques de versioning. Bonne journée, A. Cheype -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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Re: [Cantharella-devel] Utilisation d'hibernate Search pour la recherche
by Adrien Cheype 09 Nov '12

09 Nov '12

Re-bonjour, Parfait si vous avez pu vérifier qu'Hibernate Search est le meilleur candidat pour nos besoins. Concernant le choix entre la mise en place par annotations sur les entités ou par programmation, je serais plus d'avis à utiliser les annotations. En effet, le projet Cantharella est déjà très orienté annotation. Que ce soit pour Hibernate ou pour Spring, nous avons toujours essayé de les privilégier et de minimiser au maximum les fichiers de configuration XML (avec aussi un effort de passer par de la configuration par programmation lorsque les annotations ne sont pas possibles). L'utilisation par annotation étant par ailleurs le mode de fonctionnement par défaut d'Hibernate Search, il serait dommage de ne pas en bénéficier. Je comprends bien toutefois l'argument de vouloir centraliser dans une ou plusieurs classes l'ensemble du code se rapportant à Hibernate Search pour des raisons de modularité. C'est souvent l'inconvénient de ces systèmes d'annotations centrés DAO, cependant en contre partie ils ont l'avantage d'offrir une vision claire de l'ensemble des contraintes et fonctionnalités liées au modèle. Actuellement, les classes DAO comportent déjà des annotations d'hibernate/JPA (Hibernate Annotation, Hibernate Validation, javax.persistence) ou même d'autres annotations personnalisées pour des validations métiers. Le fait de rajouter d'autres annotations pour préciser les champs à indexer ne me pose donc pas plus de problème que cela. Les requêtes pourront par contre être factorisées dans des classes à part (par exemple, une classe pour chaque entité) dans un package spécialisé de la couche DAO. Cette question mérite certainement d'être discutée plus amplement. Peut-être pourrions-nous aborder ce point à la prochaine réunion ? Bonne journée, Adrien Le 09/11/2012 05:34, Benjamin POUSSIN a écrit : > Bonjour, > > Il semble que la solution Hibernate Search conviendrait à notre besoin > pour la recherche. > > On peut la mettre en place soit par des annotations sur les entités > soit par programmation. > > Je propose de la mettre en place par programmation, pour que tout le > travail soit à un seul endroit (une classe) et ainsi permettre de > facilement la retirer pour mettre une autre solution si besoin ou > mettre à jour la solution si le modèle évolue sans devoir reprendre > chaque classe d'entité une par une. > > Est-ce que cette solution convient à tout le monde ? > -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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