Author: tchemit Date: 2012-03-01 23:47:17 +0100 (Thu, 01 Mar 2012) New Revision: 334 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/334 Log: - ne plus selectionner le navire pour les imports - imports next step Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transect.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/gearmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operation.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operationmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -49,6 +49,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.util.csv.Import; @@ -156,7 +157,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<AcousticDataImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); DataAcquisition dataAcquisition = null; DataProcessing dataProcessing = null; Cell esduCell = null; @@ -266,7 +267,7 @@ if (cellType == 4) { - if (log.isDebugEnabled() ) { + if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("Esdu cell (" + esduCellId + ")"); } // this is a esdu cell row Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -51,6 +51,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TotalSampleImportModel; @@ -63,6 +64,7 @@ import java.io.Reader; import java.util.Collection; import java.util.List; +import java.util.Locale; import java.util.Map; import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; @@ -93,11 +95,8 @@ Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, configuration.getVoyageId()); - Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, - configuration.getVesselId()); - // get all operation for this voyage and this vessel - Collection<Operation> operations = voyage.getOperations(vessel); + Collection<Operation> operations = voyage.getAllOperations(); // split them by operation Id Map<String, Operation> operationMap = Maps.uniqueIndex( @@ -191,9 +190,10 @@ Preconditions.checkNotNull(sampleDataTypeNoPerKg); Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + Locale locale = getLocale(); try { Import<TotalSampleImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (TotalSampleImportModelRow row : importer) { @@ -227,7 +227,7 @@ // can not have twice same sample throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", + l_(locale, "echobase.importError.duplicate.sample", operation.getId(), sampleType.getName(), species.getBaracoudaCode(), @@ -301,7 +301,7 @@ return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + throw new ImportException(locale, inputFile, e); } finally { closeReader(reader, inputFile); } @@ -345,13 +345,12 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<SubSampleImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (SubSampleImportModelRow row : importer) { Operation operation = row.getOperation(); - Species species = row.getSpecies(); SizeCategory sizeCategory = row.getSizeCategory(); SexCategory sexCategory = row.getSexCategory(); @@ -435,7 +434,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<BiometrySampleImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (BiometrySampleImportModelRow row : importer) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -42,8 +42,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.MissionDAO; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransitImportModel; @@ -58,6 +58,7 @@ import java.util.Arrays; import java.util.Date; import java.util.List; +import java.util.Locale; import java.util.Map; import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; @@ -82,51 +83,39 @@ List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); - CommonDataImportMode importMode = configuration.getImportMode(); + // get usable vessels + Map<String, Vessel> vesselMap = getEntitiesMap( + Vessel.class, EchoBaseFunctions.VESSEL_NAME); - Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, - configuration.getVesselId()); + InputFile transectFile = configuration.getTransectFile(); - switch (importMode) { + switch (configuration.getImportMode()) { case ALL: { - Mission mission = getEntityById(Mission.class, - configuration.getMissionId()); - AreaOfOperation areaOfOperation = - getEntityById(AreaOfOperation.class, - configuration.getAreaOfOperationId()); + InputFile voyageFile = configuration.getVoyageFile(); + InputFile transitFile = configuration.getTransitFile(); + CsvFileImportResult voyageResult = importVoyageFile( - configuration.getVoyageFile(), - mission, - areaOfOperation, - configuration); + voyageFile, configuration); CsvFileImportResult transitResult = importTransitFile( - configuration.getTransitFile(), - configuration); + transitFile, configuration); - CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( - configuration.getTransectFile(), - vessel, - configuration); + transectFile, vesselMap, configuration); - addResultAndLog(result, configuration.getVoyageFile(), voyageResult, user); - addResultAndLog(result, configuration.getTransitFile(), transitResult, user); - addResultAndLog(result, configuration.getTransectFile(), transectResult, user); - + addResultAndLog(result, voyageFile, voyageResult, user); + addResultAndLog(result, transitFile, transitResult, user); + addResultAndLog(result, transectFile, transectResult, user); } break; case TRANSECT: { - CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( - configuration.getTransectFile(), - vessel, - configuration); + transectFile, vesselMap, configuration); - addResultAndLog(result, configuration.getTransectFile(), transectResult, user); + addResultAndLog(result, transectFile, transectResult, user); } break; } @@ -159,10 +148,14 @@ protected CsvFileImportResult importVoyageFile( InputFile inputFile, - Mission mission, - AreaOfOperation areaOfOperation, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { + Mission mission = getEntityById(Mission.class, + configuration.getMissionId()); + AreaOfOperation areaOfOperation = + getEntityById(AreaOfOperation.class, + configuration.getAreaOfOperationId()); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -174,10 +167,10 @@ ImportModel<Voyage> csvModel = new VoyageImportModel(getCsvSeparator()); - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - Import<Voyage> importer = Import.newImport(csvModel, reader); + Import<Voyage> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); Voyage newVoyage = null; + Locale locale = getLocale(); try { for (Voyage voyage : importer) { @@ -193,7 +186,7 @@ // this means a voyage file with more than one row not possible... throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime")); + l_(locale, "echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime")); } importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Voyage); @@ -201,7 +194,7 @@ if (newVoyage == null) { throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.no.voyage.imported")); + l_(locale, "echobase.importError.no.voyage.imported")); } // push back to id of the voyage in configuration for next imports @@ -209,7 +202,7 @@ return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + throw new ImportException(locale, inputFile, e); } finally { closeReader(reader, inputFile); } @@ -240,7 +233,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<TransitImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (TransitImportModelRow row : importer) { Transit transit = row.getTransit(); @@ -253,7 +246,6 @@ importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Transit); } - return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); @@ -264,7 +256,7 @@ private CsvFileImportResult importTransectFile( InputFile inputFile, - Vessel vessel, + Map<String, Vessel> vesselMap, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( @@ -285,14 +277,16 @@ String binUnitsPingAxis = configuration.getTransectBinUnitsPingAxis(); TransectImportModel csvModel = - new TransectImportModel(getCsvSeparator(), voyageMap); + new TransectImportModel(getCsvSeparator(), + voyageMap, + vesselMap); TransectDAO dao = getDAO(Transect.class, TransectDAO.class); Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<TransectImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (TransectImportModelRow row : importer) { Transect transect = row.getTransect(); @@ -308,7 +302,6 @@ voyage.getName(), timeCoverageStart, timeCoverageEnd)); } - transect.setVessel(vessel); transect.setDatum(datum); transect.setLicence(license); transect.setGeospatialVerticalPositive( Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -45,6 +45,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.OperationImportModel; @@ -57,7 +58,6 @@ import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; import java.io.Reader; -import java.util.Arrays; import java.util.Collection; import java.util.Date; import java.util.List; @@ -93,50 +93,46 @@ Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, configuration.getVoyageId()); - // get selected vessel - Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, - configuration.getVesselId()); - - // authorize only to use this vessel in import files + // get usable vessels from the voyage by their name Map<String, Vessel> vesselMap = Maps.uniqueIndex( - Arrays.asList(vessel), EchoBaseFunctions.VESSEL_NAME); + voyage.getAllVessels(), EchoBaseFunctions.VESSEL_NAME); - // get all gears by their casino gear name + // get usable gears by their casino gear name Map<String, Gear> gearMap = getEntitiesMap( Gear.class, EchoBaseFunctions.GEAR_CASINO_GEAR_NAME); + InputFile operationFile = configuration.getOperationFile(); CsvFileImportResult nbOperations = importOperationFile( - configuration.getOperationFile(), + operationFile, voyage, vesselMap, gearMap); // get all operation for this voyage and this vessel - Collection<Operation> operations = voyage.getOperations(vessel); + Collection<Operation> operations = voyage.getAllOperations(); // split them by operation Id Map<String, Operation> operationMap = Maps.uniqueIndex( operations, EchoBaseFunctions.OPERATION_ID); + InputFile operationMetadataFile = configuration.getOperationMetadataFile(); CsvFileImportResult nbOperationMetas = importOperationMetadataFile( - configuration.getOperationMetadataFile(), + operationMetadataFile, vesselMap, operationMap); + InputFile gearMetadataFile = configuration.getGearMetadataFile(); CsvFileImportResult nbGearMetas = importGearMetadataFile( - configuration.getGearMetadataFile(), + gearMetadataFile, vesselMap, gearMap, operationMap); - addResultAndLog(result, configuration.getOperationFile(), - nbOperations, user); + addResultAndLog(result, operationFile, nbOperations, user); - addResultAndLog(result, configuration.getOperationMetadataFile(), - nbOperationMetas, user); + addResultAndLog(result, operationMetadataFile, nbOperationMetas, user); - addResultAndLog(result, configuration.getGearMetadataFile(), - nbGearMetas, user); + addResultAndLog(result, gearMetadataFile, nbGearMetas, user); return result; } @@ -169,7 +165,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<OperationImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (OperationImportModelRow row : importer) { @@ -229,7 +225,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<OperationMetadataValueImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (OperationMetadataValueImportModelRow row : importer) { @@ -282,7 +278,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<GearMetadataValueImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (GearMetadataValueImportModelRow row : importer) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -48,6 +48,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModel; @@ -111,41 +112,38 @@ Species.class, EchoBaseFunctions.SPECIES_BARACOUDA_CODE); - if (configuration.getLengthAgeKeyFile().hasFile()) { + InputFile inputFile = configuration.getLengthAgeKeyFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importLenthAgeKey( - configuration.getLengthAgeKeyFile(), + inputFile, voyageMap, speciesMap ); - - - addResultAndLog(result, configuration.getLengthAgeKeyFile(), - importResult, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); } - if (configuration.getLengthWeightKeyFile().hasFile()) { + inputFile = configuration.getLengthWeightKeyFile(); + if (inputFile.hasFile()) { CsvFileImportResult importResult = importLenghtWeightKey( - configuration.getLengthWeightKeyFile(), + inputFile, voyageMap, speciesMap ); - - addResultAndLog(result, configuration.getLengthWeightKeyFile(), - importResult, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); } - if (configuration.getEchotypeFile().hasFile()) { + inputFile = configuration.getEchotypeFile(); + if (inputFile.hasFile()) { CsvFileImportResult importResult = importEchotypeFile( - configuration.getEchotypeFile(), + inputFile, voyageMap, speciesMap ); - - addResultAndLog(result, configuration.getEchotypeFile(), - importResult, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); } break; @@ -205,7 +203,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<Cell> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (Cell row : importer) { @@ -238,7 +236,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<RegionCellAssociationImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (RegionCellAssociationImportModelRow row : importer) { @@ -286,7 +284,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<LengthWeightKeyImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (LengthWeightKeyImportModelRow row : importer) { @@ -352,7 +350,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<LengthAgeKeyImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (LengthAgeKeyImportModelRow row : importer) { @@ -401,7 +399,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<EchotypeImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (EchotypeImportModelRow row : importer) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -42,9 +42,6 @@ /** Selected voyage id where to import datas. */ protected String voyageId; - /** Selected vessel id to find out transect where to import datas. */ - protected String vesselId; - /** Sample file to import. */ protected final InputFile totalSampleFile; @@ -71,14 +68,6 @@ this.voyageId = voyageId; } - public String getVesselId() { - return vesselId; - } - - public void setVesselId(String vesselId) { - this.vesselId = vesselId; - } - public InputFile getTotalSampleFile() { return totalSampleFile; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -51,9 +51,6 @@ /** Selected area of operation to use for voyage. */ protected String areaOfOperationId; - /** Selected vessel to use for transect. */ - protected String vesselId; - /** Manual description of voyage. */ protected String voyageDescription; @@ -114,14 +111,6 @@ this.areaOfOperationId = areaOfOperationId; } - public String getVesselId() { - return vesselId; - } - - public void setVesselId(String vesselId) { - this.vesselId = vesselId; - } - public String getVoyageId() { return voyageId; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -42,9 +42,6 @@ /** Selected voyage id where to import datas. */ protected String voyageId; - /** Selected vessel to use for transect. */ - protected String vesselId; - /** operation file to import. */ protected final InputFile operationFile; @@ -71,14 +68,6 @@ this.voyageId = voyageId; } - public String getVesselId() { - return vesselId; - } - - public void setVesselId(String vesselId) { - this.vesselId = vesselId; - } - public InputFile getOperationFile() { return operationFile; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -45,9 +45,9 @@ super(separator); newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer");//A newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset");//B - newForeignKeyColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById);//C + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname");//C newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndident");//D - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId");//E + newForeignKeyColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById); ;//E newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName");//F // newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_CHANNEL_NAME);//F newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\dataType");//G Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -120,6 +120,19 @@ }; + public static final ValueParser<Integer> NA_TO_INTEGER_PARSER = new IntegerParserFormatter(null, true) { + + @Override + protected Integer parseNoneEmptyValue(String value) { + Integer result = null; + if (!"NA".equals(value)) { + result = super.parseNoneEmptyValue(value); + } + return result; + } + + }; + public static class AssociationValueParserFormatter<E extends TopiaEntity> implements ValueParserFormatter<Collection<E>> { protected final Class<E> entityType; Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -0,0 +1,115 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.csv; + +import org.nuiton.util.StringUtil; +import org.nuiton.util.csv.Import; +import org.nuiton.util.csv.ImportModel; +import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; +import org.nuiton.util.csv.ImportableColumn; + +import java.io.InputStream; +import java.io.Reader; +import java.util.ArrayList; +import java.util.LinkedList; +import java.util.List; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +/** + * This extends of the {@link Import} offers to allow case on header names. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class EchoBaseImport<E> extends Import<E> { + + public static <E> EchoBaseImport<E> newImport(ImportModel<E> model, + InputStream inputStream) { + return new EchoBaseImport<E>(model, inputStream); + } + + public static <E> EchoBaseImport<E> newImport(ImportModel<E> model, + Reader reader) { + return new EchoBaseImport<E>(model, reader); + } + + public EchoBaseImport(ImportModel<E> importModel, InputStream inputStream) { + super(importModel, inputStream); + } + + public EchoBaseImport(ImportModel<E> importModel, Reader reader) { + super(importModel, reader); + } + + @Override + protected void checkAllMandatoryHeadersArePresent(String[] headers) { + + List<String> csvHeaders = new ArrayList<String>(); + for (String header : headers) { + csvHeaders.add(header.toLowerCase()); + } +// Collections.addAll(csvHeaders, headers); + + List<String> mandatoryHeadersNames = new ArrayList<String>(); + for (ImportableColumn<E, ?> field : getAllMandatoryHeaders()) { +// mandatoryHeadersNames.add(field.getHeaderName()); + mandatoryHeadersNames.add(field.getHeaderName().toLowerCase()); + } + mandatoryHeadersNames.removeAll(csvHeaders); + + if (!mandatoryHeadersNames.isEmpty()) { + String validationMessage = + _("csv.import.error.missingMandatoryHeaders", + StringUtil.join(mandatoryHeadersNames, ", ", true)); + throw new ImportRuntimeException(validationMessage); + } + } + + @Override + protected void checkHeaderNamesAreAllKnown(String[] headers) { + List<String> csvHeaders = new ArrayList<String>(); + for (String header : headers) { + csvHeaders.add(header.toLowerCase()); + } +// Collections.addAll(csvHeaders, headers); + + for (ImportableColumn<E, ?> field : model.getColumnsForImport()) { + csvHeaders.remove(field.getHeaderName().toLowerCase()); +// csvHeaders.remove(field.getHeaderName()); + } + if (!csvHeaders.isEmpty()) { + List<String> validHeaderNames = new LinkedList<String>(); + for (ImportableColumn<E, ?> importableColumn : + model.getColumnsForImport()) { + validHeaderNames.add(importableColumn.getHeaderName()); + } + String validationMessage = + _("csv.import.error.unrecognizedHeaders", + StringUtil.join(csvHeaders, ", ", true), + StringUtil.join(validHeaderNames, ", ", true)); + throw new ImportRuntimeException(validationMessage); + } + } +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -76,7 +76,7 @@ newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_NUMBER_AT_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_WEIGHT_AT_LENGTH, CsvModelUtil.FLOAT); + newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_WEIGHT_AT_LENGTH, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_LENGTH_CLASS); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -61,11 +61,11 @@ newForeignKeyColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); + newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.NA_TO_INTEGER_PARSER); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_LENGTH, CsvModelUtil.FLOAT); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_WEIGHT, CsvModelUtil.FLOAT); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_NO_PER_KG, CsvModelUtil.FLOAT); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_LENGTH, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_WEIGHT, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_NO_PER_KG, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SORTED_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -25,6 +25,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import java.util.Map; @@ -37,12 +38,17 @@ public class TransectImportModel extends CsvModelUtil.AbstractImportModel<TransectImportModelRow> { public TransectImportModel(char separator, - Map<String, Voyage> voyageMap) { + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Vessel> vesselMap) { super(separator); newForeignKeyColumn( "voyageName", TransectImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); + newForeignKeyColumn( + "vesselName", Transect.PROPERTY_VESSEL, + Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); + newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TITLE); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TRANSECT_ABSTRACT); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_STRATUM); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -26,6 +26,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.TransectImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import java.io.Serializable; import java.util.Date; @@ -117,4 +118,8 @@ public void setStratum(String stratum) { transect.setStratum(stratum); } + + public void setVessel(Vessel vessel) { + transect.setVessel(vessel); + } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -1,3 +1,5 @@ +csv.import.error.missingMandatoryHeaders= +csv.import.error.unrecognizedHeaders= echobase.common.associationFile= echobase.common.biometrySampleFile= echobase.common.cellPositionReference.end= Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -1,3 +1,5 @@ +csv.import.error.missingMandatoryHeaders= +csv.import.error.unrecognizedHeaders= echobase.common.associationFile=Fichier d'associations de cellules echobase.common.biometrySampleFile=Fichier BiometrySample echobase.common.cellPositionReference.end=Fin Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -27,11 +27,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -50,7 +46,8 @@ public class AcousticDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -61,19 +58,18 @@ @Test public void doImport() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); - assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); - assertNbEntities(Cell.class, 0); - assertNbEntities(Data.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(DataAcquisition.class, + DataProcessing.class, + Cell.class, + Data.class); + AcousticDataImportConfiguration conf = new AcousticDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setVesselId(ImportDataConstants.VESSEL_ID); conf.setAcousticDensityUnit("acousticDensityUnit"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionER60("acquisitionSoftwareVersionER60"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionME70("acquisitionSoftwareVersionME70"); @@ -112,10 +108,12 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); - assertCsvImportResult(importResult, DataAcquisition.class, 61, 0, 61); - assertCsvImportResult(importResult, DataProcessing.class, 183, 0, 183); - assertCsvImportResult(importResult, Cell.class, 427, 0, 427); - assertCsvImportResult(importResult, Data.class, 427, 0, 427); + assertCsvImportResult(importResult, DataAcquisition.class, ImportDataConstants.NB_DATA_ACQUISITION); + assertCsvImportResult(importResult, DataProcessing.class, ImportDataConstants.NB_DATA_PROCESSING); + assertCsvImportResult(importResult, Cell.class, ImportDataConstants.NB_CELL); + assertCsvImportResult(importResult, Data.class, ImportDataConstants.NB_DATA); + + assertImportAcousticDatas(); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -23,13 +23,8 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Sample; import fr.ifremer.echobase.entities.data.SampleData; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -49,7 +44,8 @@ public class CatchesDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -57,57 +53,94 @@ } @Test - public void doImportTotalSample() throws Exception { + public void doImportAllSamples() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), getImportPath("totalsample.csv")); + prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), + getImportPath("subsample.csv")); +// prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), +// getImportPath("biometrysample.csv")); CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); //FIXME : Il reste des NA //FIXME : remove this when db will have such data - service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAX"); - service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CENT-NIR"); + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAC"); List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); +// Assert.assertEquals(3, result.size()); + Assert.assertEquals(2, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult; + + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_TOTAL, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_TOTAL, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA); + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_UNSORTED, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA); +// importResult = iterator.next(); +// assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, NB_SAMPLE_BIOMETRY, 0, NB_SAMPLE); +// assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY, 0, NB_SAMPLE_DATA); + + assertImportSampleDatas(); + } + + @Ignore + @Test + public void doImportTotalSample() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); + + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + + prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), + getImportPath("totalsample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 800, 0, 800); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1198, 0, 1198); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_TOTAL); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_TOTAL); } + @Ignore @Test public void doImportSubSample() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), getImportPath("subsample.csv")); @@ -115,6 +148,10 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); + //FIXME : Il reste des NA + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAC"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); @@ -122,26 +159,22 @@ Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 399); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 5042); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_UNSORTED); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED); } @Ignore @Test public void doImportBiometrySample() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), getImportPath("biometrysample.csv")); @@ -155,8 +188,8 @@ Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 619, 0, 4680); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_BIOMETRY); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -25,7 +25,6 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -44,7 +43,8 @@ public class CommonDataImportService2Test extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } @Test @@ -52,20 +52,17 @@ // import with mode transect - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertImportCommonData(); CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); + conf.setAreaOfOperationId(ImportDataConstants.AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); @@ -74,15 +71,18 @@ CommonDataImportService service = getService(CommonDataImportService.class); + // let's delete every transects + for (Transit transit : getEntities(Transit.class)) { + transit.clearTransect(); + } List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 362); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, + ImportDataConstants.NB_TRANSECT); - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 362); + assertImportCommonData(); } protected String[] getImportPath(String filename) { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -43,9 +43,10 @@ */ public class CommonDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { - + @Override protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA); } @Test @@ -53,24 +54,21 @@ // no data in db - assertNbEntities(Voyage.class, 0); - assertNbEntities(Transit.class, 0); - assertNbEntities(Transect.class, 0); + assertNoEntities(Voyage.class, Transit.class, Transect.class); // import with mode all (voyage / transit / transect) CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); + conf.setAreaOfOperationId(ImportDataConstants.AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setMissionId(MISSION_ID); + conf.setMissionId(ImportDataConstants.MISSION_ID); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); conf.setTransitRelatedActivity("transitRelatedActivity"); conf.setVoyageDescription("voyageDescription"); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getVoyageFile(), getImportPath("voyage.csv")); prepareInputFile(conf.getTransitFile(), getImportPath("transit.csv")); @@ -87,9 +85,11 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, 1, 0, 1); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, 3, 0, 3); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 181); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, ImportDataConstants.NB_VOYAGE); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, ImportDataConstants.NB_TRANSIT); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, ImportDataConstants.NB_TRANSECT); + + assertImportCommonData(); } protected String[] getImportPath(String filename) { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -28,6 +28,18 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUserImpl; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Sample; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.SampleData; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.apache.commons.logging.Log; @@ -53,20 +65,6 @@ */ public abstract class EchoBaseTestServiceSupport extends EchoBaseServiceSupport { - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA = "/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"; - - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"; - - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"; - - public static final String VOYAGE_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329522708879#0.8413295564795277"; - - public static final String VESSEL_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"; - - public static final String MISSION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"; - - public static final String AREA_OF_OPERATION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"; - /** Logger. */ private static final Log log = LogFactory.getLog(EchoBaseTestServiceSupport.class); @@ -115,6 +113,17 @@ protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvFileImportResult actual, Class<E> entityType, + int numberCreated) throws TopiaException { + assertCsvImportResult(actual, + entityType, + numberCreated, + 0, + numberCreated); + + } + + protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvFileImportResult actual, + Class<E> entityType, int numberCreated, int numberUpdated, int nbCount) throws TopiaException { @@ -132,4 +141,40 @@ long count = getDAO(entityType).count(); Assert.assertEquals(count, expectedNumber); } + + public void assertNoEntities(Class<?>... classes) throws TopiaException { + for (Class<?> aClass : classes) { + assertNbEntities((Class<? extends TopiaEntity>) aClass, 0); + } + } + + public void assertImportCommonData() throws TopiaException { + assertNbEntities(Voyage.class, ImportDataConstants.NB_VOYAGE); + assertNbEntities(Transit.class, ImportDataConstants.NB_TRANSIT); + assertNbEntities(Transect.class, ImportDataConstants.NB_TRANSECT); + } + + public void assertImportOperations() throws TopiaException { + assertNbEntities(Operation.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION); + assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION_METADATAVALUE); + assertNbEntities(GearMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_GEAR_METADATAVALUE); + } + + public void assertImportSampleDatas() throws TopiaException { + assertNbEntities(Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE); + assertNbEntities(SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA); + } + + public void assertImportAcousticDatas() throws TopiaException { + assertNbEntities(DataAcquisition.class, ImportDataConstants.NB_DATA_ACQUISITION); + assertNbEntities(DataProcessing.class, ImportDataConstants.NB_DATA_PROCESSING); + assertNbEntities(Cell.class, ImportDataConstants.NB_CELL); + assertNbEntities(Data.class, ImportDataConstants.NB_DATA); + } + + protected String getVoyageId() { + Voyage voyage = getEntities(Voyage.class).get(0); + Preconditions.checkNotNull(voyage); + return voyage.getTopiaId(); + } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -45,13 +45,13 @@ protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { return new FakeEchoBaseServiceContext( - IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } @Test public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); + conf.setVoyageIds(new String[]{getVoyageId()}); File workingDirectory = new File(getTestDir(), "work-dir"); FileUtil.createDirectoryIfNecessary(workingDirectory); @@ -71,8 +71,10 @@ @Test public void replicateVoyageEntity() throws Exception { + String voyageId = getVoyageId(); + // create new H2 dataBase in target/voyageId - TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, VOYAGE_ID); + TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, voyageId); File testBaseDir = new File(getTestDir(), "replicated"); @@ -80,7 +82,7 @@ getService(EmbeddedApplicationService.class); EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); + conf.setVoyageIds(new String[]{voyageId}); TopiaContext rootContextDest = service.createH2Batabase(conf, testBaseDir, false); @@ -90,7 +92,7 @@ try { transactionDest = rootContextDest.beginTransaction(); VoyageDAO voyageDAO = EchoBaseDAOHelper.getVoyageDAO(transactionDest); - Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(VOYAGE_ID); + Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(voyageId); // assert voyage is in new base Assert.assertNotNull(voyageReplicated); Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -0,0 +1,90 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +/** + * constants for import data tests. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ImportDataConstants { + + protected ImportDataConstants() { + } + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA = "/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"; + + public static final String VESSEL_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"; + + public static final String MISSION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"; + + public static final String AREA_OF_OPERATION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"; + + public static final int NB_VOYAGE = 1; + + public static final int NB_TRANSIT = 3; + + public static final int NB_TRANSECT = 251; + + public static final int NB_OPERATION = 131; + + public static final int NB_OPERATION_METADATAVALUE = 393; + + public static final int NB_GEAR_METADATAVALUE = 917; + + public static final int NB_SAMPLE_TOTAL = 1232; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA_TOTAL = 1834; + + public static final int NB_SAMPLE_UNSORTED = 605; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED = 8057; + + public static final int NB_SAMPLE_BIOMETRY = 0; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY = 0; + + public static final int NB_SAMPLE = NB_SAMPLE_TOTAL + NB_SAMPLE_UNSORTED + NB_SAMPLE_BIOMETRY; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA = NB_SAMPLE_DATA_TOTAL + NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED + NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY; + + public static final int NB_DATA_ACQUISITION = 61; + + public static final int NB_DATA_PROCESSING = 183; + + public static final int NB_CELL = 427; + + public static final int NB_DATA = 427; + + public static final int NB_LENGTH_AGE_KEY = 404; + + public static final int NB_LENGTH_WEIGHT_KEY = 7; + + public static final int NB_ECHOTYPE = 8; +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -23,15 +23,11 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Gear; import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; @@ -49,7 +45,8 @@ public class OperationImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -59,18 +56,16 @@ @Test public void doImport() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 0); - assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 0); - assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(Operation.class, + OperationMetadataValue.class, + GearMetadataValue.class); + OperationImportConfiguration conf = new OperationImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getOperationFile(), getImportPath("operation.csv")); @@ -84,6 +79,7 @@ //FIXME : Encore des chalut mal nommé Chalut aa/bb au lieu de aaxbb //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Gear.class), Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, "PS"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "AverageSpeed"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "VesselHeading"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftHeading"); @@ -94,12 +90,10 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, 61, 0, 61); - assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, 183, 0, 183); - assertCsvImportResult(iterator.next(), GearMetadataValue.class, 427, 0, 427); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION); + assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION_METADATAVALUE); + assertCsvImportResult(iterator.next(), GearMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_GEAR_METADATAVALUE); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 183); - assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 427); + assertImportOperations(); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -23,13 +23,9 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -48,7 +44,7 @@ protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { return new FakeEchoBaseServiceContext( - IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -58,15 +54,13 @@ @Test public void doImportLengthAgeKey() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(LengthAgeKey.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(LengthAgeKey.class); ResultsImportConfiguration conf = new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), @@ -75,29 +69,25 @@ ResultsImportService service = getService(ResultsImportService.class); - //FIXME : remove this when db will have such data - service.create(getDAO(Strata.class), Strata.PROPERTY_NAME, "ALL"); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, 404, 0, 404); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, + ImportDataConstants.NB_LENGTH_AGE_KEY); } @Test public void doImportLengthWeightKey() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(LengthWeightKey.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(LengthWeightKey.class); ResultsImportConfiguration conf = new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), @@ -111,21 +101,20 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, 7, 0, 7); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, + ImportDataConstants.NB_LENGTH_WEIGHT_KEY); } @Test public void doImportEchotype() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Echotype.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(Echotype.class); ResultsImportConfiguration conf = new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv")); @@ -138,7 +127,8 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, 8, 0, 8); + assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, + ImportDataConstants.NB_ECHOTYPE); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -1,2547 +1,4062 @@ -"operationID";"subHaul";"baracoudacode";"sizeCategory";"sexCategory";"sampleWeight";"numberSampled";"lengthClass";"numberAtLength";"weightAtLength";"units";"round" -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;120;7;0.08;0;5 -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;125;18;0.24;0;5 -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;130;36;0.52;0;5 -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;135;42;0.67;0;5 -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;140;43;0.74;0;5 -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;145;32;0.64;0;5 -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;150;16;0.37;0;5 -"P0372";1;"ENGR-ENC";"0";"N";3.37;198;155;4;0.09;0;5 -"P0372";1;"LOPH-BUD";"0";"N";"4.0e-03";2;5;1;"2.22042663011981e-03";1;1 -"P0372";1;"LOPH-BUD";"0";"N";"4.0e-03";2;6;1;"2.0e-03";1;1 -"P0372";1;"MOLA-MOL";"0";"N";12.12;3;39;1;0;1;1 -"P0372";1;"MOLA-MOL";"0";"N";12.12;3;40;2;0;1;1 -"P0377";1;"BOOP-BOO";"0";"N";0.52;3;23;1;0.11;1;1 -"P0377";1;"BOOP-BOO";"0";"N";0.52;3;24;1;0.13;1;1 -"P0377";1;"BOOP-BOO";"0";"N";0.52;3;29;1;0.25;1;1 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II";"P0545";"CLAS";"30/05/2011 16:59:20";44.26752465;-1.53255675;44.2664178;-1.56542;"30/05/2011 17:39:30";44.2686315;-1.4996935;"76x70" "THALASSA II";"P0553";"CLAS";"31/05/2011 16:00:50";44.27961675;-1.58057055;44.252785;-1.5739693;"31/05/2011 16:48:07";44.3064485;-1.5871718;"76x70" -"THALASSA II";"P0554";"CLAS";"31/05/2011 17:28:44";44.2998278;-1.540415;44.3192688;-1.5419232;"31/05/2011 18:03:21";44.2803868;-1.5389068;"76x70" +"Arlequin2 / la colombine";"P5001";"SURF";"27/04/2011 09:10:00";43.73308333335;-1.56533333335;43.7055;-1.5896666667;"27/04/2011 10:39:00";43.7606666667;-1.541;"PTM" +"Arlequin2 / la colombine";"P5002";"SURF";"27/04/2011 15:13:00";43.8640833333;-2.02183333335;43.8708333333;-2.0301666667;"27/04/2011 16:33:00";43.8573333333;-2.0135;"PTM" +"Arlequin2 / la colombine";"P5003";"SURF";"27/04/2011 17:51:00";43.8825;-2.1353333333;43.8628333333;-2.1308333333;"27/04/2011 18:39:00";43.9021666667;-2.1398333333;"PTM" +"Arlequin2 / la colombine";"P5004";"SURF";"28/04/2011 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+Planning +-------- + +- import nouvelles données +- valider les imports déjà réalisés +- valider le référentiel définitif + +Référentiels manquants +---------------------- + +- Gear.PROPERTY_NAME "PS" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "AverageSpeed" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "VesselHeading" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "DriftHeading" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "DriftSpeed" +- Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE "CARI-DAC" + +Pour le référentiel Strata on devrait utiliser une foreign key vers DepthStratum ? + +Import nouvelles données +------------------------ + +Import Common datas +=================== + +Ok n'utilise plus un vessel saisi par l'utilisateur. + +Import Operations +================= + +Input : +- voyage + +Operation +_________ + +OperationMetaDataValue +______________________ + +GearMetaDataValue +_________________ + +Import Samples +============== + +- voyage + +- fichier Sample Total +- fichier SampleData Sub + +Import Acoustic data +==================== + + +Import résultats +================ + +mode 1: import au niveau du voyage + - sélection voyage + - fichier echotype + - relations taille-poids + - relations taille-age + +Chaque import est indépendant et optionnel. + +OK réalisé. + +mode 2: import des régions et résultats + - sélection voyage + - fichier définition des régions + - fichier association des cellules + - fichier résultats + +mode 3: import des résultats cellules esdu + - sélection voyage + - sélection navire + - fichier résultats + + on retrouvera les transits via les plages temporelles + +Action +------ + +- Tony + +- Mathieu + + +Prochaine réunion : + + - ? \ No newline at end of file Property changes on: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native