Author: tchemit Date: 2012-03-27 19:39:50 +0200 (Tue, 27 Mar 2012) New Revision: 416 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/416 Log: - use gz for all test datas - add progression in imports (counting all number of lines to import) - split ResultsImportService (too much imports in same service :() Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportService.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/biometrysample.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample_all.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transect.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transit.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/voyage.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/gearmetadatavalue.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operation.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operationmetadatavalue.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv.gz Removed: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/biometrysample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample_all.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transect.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transit.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/voyage.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/gearmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operation.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operationmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/missingEsdu.txt Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseIOUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AbstractImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportMode.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AbstractImportDataServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonData2ImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportServiceIT.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportServiceIT.java trunk/echobase-services/update-import-data-db.sh Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseIOUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseIOUtil.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseIOUtil.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -25,6 +25,7 @@ import org.apache.commons.collections.CollectionUtils; import org.apache.commons.io.FileUtils; +import org.apache.commons.io.IOUtils; import org.nuiton.util.ZipUtil; import java.io.BufferedReader; @@ -33,6 +34,8 @@ import java.io.FileReader; import java.io.FileWriter; import java.io.IOException; +import java.io.InputStreamReader; +import java.io.LineNumberReader; import java.util.Collection; /** @@ -43,7 +46,6 @@ */ public class EchoBaseIOUtil { - public static void compressZipFile(File zipFile, File directory) throws IOException { compressZipFile(zipFile, directory, true); } @@ -63,19 +65,17 @@ public static void copyFile(File destinationFile, Collection<File> filesToMerge) throws IOException { - if (CollectionUtils.isEmpty(filesToMerge)) { + if (!CollectionUtils.isEmpty(filesToMerge)) { - // nothing to copy - return; - } - if (filesToMerge.size() == 1) { + if (filesToMerge.size() == 1) { - // simple copy - FileUtils.copyFile(filesToMerge.iterator().next(), destinationFile); - } else { + // simple copy + FileUtils.copyFile(filesToMerge.iterator().next(), destinationFile); + } else { - // must merge all files - mergeFiles(destinationFile, filesToMerge); + // must merge all files + mergeFiles(destinationFile, filesToMerge); + } } } @@ -111,6 +111,30 @@ } } + public static int countLines(File file) { + int result = 0; + + LineNumberReader reader = null; + try { + reader = new LineNumberReader( + new InputStreamReader(FileUtils.openInputStream(file)) + ); + while (reader.readLine() != null) { + } + result = reader.getLineNumber(); + reader.close(); + + } catch (IOException e) { + throw new EchoBaseTechnicalException( + "Could not count lines of file " + file, e); + } finally { + if (reader != null) { + IOUtils.closeQuietly(reader); + } + } + return result; + } + protected EchoBaseIOUtil() { } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AbstractImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AbstractImportConfiguration.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AbstractImportConfiguration.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -23,6 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services.configurations; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseIOUtil; import fr.ifremer.echobase.InputFile; import java.io.File; @@ -48,4 +49,18 @@ } public abstract InputFile[] getInputFiles(); + + public long computeNbSteps() { + long result = 0; + for (InputFile inputFile : getInputFiles()) { + + if (inputFile.hasFile()) { + int currentLines = EchoBaseIOUtil.countLines( + inputFile.getFile()); + result += currentLines; + } + } + setNbSteps(result); + return result; + } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportMode.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportMode.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportMode.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -54,7 +54,7 @@ ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY(n_("echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndSizeCategory")), /** Import acoustic results by species and age category. */ - ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY(n_("echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndSizeCategory")); + ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY(n_("echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndAgeCategory")); private final String i18nKey; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportService.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -110,11 +110,11 @@ InputFile inputFile = configuration.getMoviesFile(); - CsvFileImportResult importResult = importMoviesFile(voyage, + CsvFileImportResult importResult = importMoviesFile(configuration, + voyage, vessel, esduCellType, elementaryCellType, - configuration, inputFile); addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); @@ -140,7 +140,7 @@ if (instrument.equals(acquisition.getAcousticInstrument())) { - // found a matching data acquisiotn from his acoustic instrument + // found a matching dataAcquisition from his acoustic instrument result = acquisition; break; } @@ -149,11 +149,11 @@ return result; } - private CsvFileImportResult importMoviesFile(Voyage voyage, + private CsvFileImportResult importMoviesFile(AcousticDataImportConfiguration configuration, + Voyage voyage, Vessel vessel, CellType esduCellType, CellType elementaryCellType, - AcousticDataImportConfiguration configuration, InputFile inputFile ) throws ImportException { @@ -195,10 +195,18 @@ Cell elementaryCell; int rowNumber = 0; + + configuration.incrementsProgression(); for (AcousticDataImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); rowNumber++; + if (rowNumber % 100 == 0) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Doing line " + rowNumber); + } + } if (dataProcessingId == null) { // compute once for all the common dataprocessing id used @@ -289,7 +297,10 @@ importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition); if (log.isDebugEnabled()) { - log.debug("[row " + rowNumber + "] New dataAquisition to use (number: " + importResult.getNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition) + ")"); + log.debug("[row " + rowNumber + + "] New dataAquisition to use (number: " + + importResult.getNumberCreated( + EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition) + ")"); } // create data processing @@ -303,10 +314,13 @@ ); if (log.isDebugEnabled()) { - log.debug("[row " + rowNumber + "] New dataProcessing to use (" + dataProcessing.getId() + ")"); + log.debug("[row " + rowNumber + + "] New dataProcessing to use (" + + dataProcessing.getId() + ")"); } - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.DataProcessing); + importResult.incrementsNumberCreated( + EchoBaseEntityEnum.DataProcessing); // add it to data acquisition dataAcquisition.addDataProcessing(dataProcessing); @@ -329,8 +343,10 @@ if (cellType == 4) { if (log.isDebugEnabled()) { - log.debug("[row " + rowNumber + "] Esdu cell (" + esduCellId + ")"); + log.debug("[row " + rowNumber + "] Esdu cell (" + + esduCellId + ")"); } + // this is a esdu cell row // create esdu cell @@ -368,7 +384,8 @@ String elementaryCellId = cellNum + (surface ? "S" : "B"); if (log.isDebugEnabled()) { - log.debug("[row " + rowNumber + "] elementary cell (" + elementaryCellId + ")"); + log.debug("[row " + rowNumber + "] elementary cell (" + + elementaryCellId + ")"); } // create the elementary cell @@ -410,19 +427,6 @@ String dataValue; - /* - "Latitude", OK - "Longitude", OK - "depth", OK - "timeStart" OK - "timeEnd", OK - "NASC", OK - Volume, OK - Surface», OK - NumberOfSamplesRecorded OK - NumberOfSamplesEchoIntegrated OK - - */ // create Latitude data dataValue = String.valueOf(row.getCellLatitude()); createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Latitude" + suffix, @@ -440,7 +444,6 @@ // create Time Start data dataValue = cellDateFormat.format(row.getCellDateStart()); -// createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Time" + suffix, createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "TimeStart", dataValue, importResult); @@ -489,19 +492,6 @@ DataDAO dao, CsvFileImportResult importResult) { - /* -Latitude OK -Longitude OK -depthStart (surface ou bottom) OK -depthEnd (surface ou bottom) OK -timeStart OK -timeEnd OK -NASC OK -Volume OK -Surface OK -NumberOfSamplesRecorded OK -NumberOfSamplesEchoIntegrated OK - */ String dataValue; String startMeta; String endMeta; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportService.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -113,6 +113,7 @@ if (configuration.getTotalSampleFile().hasFile()) { CsvFileImportResult totalSampleResult = importTotalSampleFile( + configuration, configuration.getTotalSampleFile(), operationMap, speciesMap, @@ -124,6 +125,7 @@ if (configuration.getSubSampleFile().hasFile()) { CsvFileImportResult subSampleResult = importSubSampleFile( + configuration, configuration.getSubSampleFile(), operationMap, speciesMap, @@ -136,6 +138,7 @@ if (configuration.getBiometrySampleFile().hasFile()) { CsvFileImportResult biometrySampleResult = importBiometrySampleFile( + configuration, configuration.getBiometrySampleFile(), operationMap, speciesMap); @@ -147,7 +150,8 @@ return result; } - private CsvFileImportResult importTotalSampleFile(InputFile inputFile, + private CsvFileImportResult importTotalSampleFile(CatchesDataImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, Map<String, Operation> operationMap, Map<String, Species> speciesMap, Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap) throws ImportException { @@ -192,8 +196,10 @@ Import<TotalSampleImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + configuration.incrementsProgression(); for (TotalSampleImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Operation operation = row.getOperation(); Species species = row.getSpecies(); @@ -306,7 +312,8 @@ } } - private CsvFileImportResult importSubSampleFile(InputFile inputFile, + private CsvFileImportResult importSubSampleFile(CatchesDataImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, Map<String, Operation> operationMap, Map<String, Species> speciesMap, Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap @@ -350,8 +357,10 @@ Import<SubSampleImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + configuration.incrementsProgression(); for (SubSampleImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Operation operation = row.getOperation(); Species species = row.getSpecies(); @@ -413,7 +422,8 @@ } } - private CsvFileImportResult importBiometrySampleFile(InputFile inputFile, + private CsvFileImportResult importBiometrySampleFile(CatchesDataImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, Map<String, Operation> operationMap, Map<String, Species> speciesMap ) throws ImportException { @@ -451,8 +461,10 @@ Import<BiometrySampleImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + configuration.incrementsProgression(); for (BiometrySampleImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Operation operation = row.getOperation(); Species species = row.getSpecies(); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportService.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -169,13 +169,17 @@ ImportModel<Voyage> csvModel = new VoyageImportModel(getCsvSeparator()); - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - Import<Voyage> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); Voyage newVoyage = null; Locale locale = getLocale(); + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { + Import<Voyage> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); for (Voyage voyage : importer) { + configuration.incrementsProgression(); + voyage.setMission(mission); voyage.setAreaOfOperation(areaOfOperation); voyage.setDescription(voyageDescription); @@ -236,8 +240,11 @@ try { Import<TransitImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); for (TransitImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Transit transit = row.getTransit(); transit.setRelatedActivity(relatedActivity); @@ -289,8 +296,11 @@ try { Import<TransectImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); for (TransectImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Transect transect = row.getTransect(); Date timeCoverageStart = transect.getTimeCoverageStart(); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportService.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -104,6 +104,7 @@ InputFile operationFile = configuration.getOperationFile(); CsvFileImportResult nbOperations = importOperationFile( + configuration, operationFile, voyage, vesselMap, @@ -118,12 +119,14 @@ InputFile operationMetadataFile = configuration.getOperationMetadataFile(); CsvFileImportResult nbOperationMetas = importOperationMetadataFile( + configuration, operationMetadataFile, vesselMap, operationMap); InputFile gearMetadataFile = configuration.getGearMetadataFile(); CsvFileImportResult nbGearMetas = importGearMetadataFile( + configuration, gearMetadataFile, vesselMap, gearMap, @@ -139,6 +142,7 @@ } protected CsvFileImportResult importOperationFile( + OperationImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, Voyage voyage, Map<String, Vessel> vesselMap, @@ -168,8 +172,10 @@ Import<OperationImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + configuration.incrementsProgression(); for (OperationImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Vessel vessel = row.getVessel(); Operation operation = row.getOperation(); @@ -197,6 +203,7 @@ } protected CsvFileImportResult importOperationMetadataFile( + OperationImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Operation> operationMap) throws ImportException { @@ -228,8 +235,10 @@ Import<OperationMetadataValueImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + configuration.incrementsProgression(); for (OperationMetadataValueImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Operation operation = row.getOperation(); OperationMetadataValue operationMetadataValueToCreate = @@ -249,6 +258,7 @@ } protected CsvFileImportResult importGearMetadataFile( + OperationImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Gear> gearMap, @@ -281,8 +291,10 @@ Import<GearMetadataValueImportModelRow> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + configuration.incrementsProgression(); for (GearMetadataValueImportModelRow row : importer) { + configuration.incrementsProgression(); Operation operation = row.getOperation(); GearMetadataValue gearMetadataValuetoCreate = Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,690 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import com.google.common.collect.Lists; +import com.google.common.collect.Maps; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; +import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.csv.EchoBaseImport; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Category; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.CategoryDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AgeCategory; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AgeCategoryDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataMetadata; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategoryDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategoryDAO; +import fr.ifremer.echobase.services.DecoratorService; +import fr.ifremer.echobase.services.ImportException; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModelRow; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; +import org.nuiton.util.csv.Import; +import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; +import org.nuiton.util.decorator.Decorator; + +import java.io.Reader; +import java.util.List; +import java.util.Locale; +import java.util.Map; +import java.util.regex.Matcher; +import java.util.regex.Pattern; + +import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; + +/** + * To import results attached to a voyage (but not cells). + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsEsduCellImportService extends AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> { + + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(ResultsEsduCellImportService.class); + + public static final Pattern REMOVE_DOUBLE_QUOTES_PATTERN = Pattern.compile("\"(.+)\""); + + @Override + protected String getImportLabel() { + return l_(getLocale(), ImportDataMode.Results.getI18nKey()); + } + + @Override + public List<CsvFileImportResult> startImport( + ResultsImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { + + ResultsImportMode importMode = configuration.getImportMode(); + + Map<String, Species> speciesMap = getEntitiesMap( + Species.class, + EchoBaseFunctions.SPECIES_BARACOUDA_CODE); + + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap = Maps.newTreeMap(); + sizeCategoryMap.putAll(getEntitiesMap( + SizeCategory.class, + EchoBaseFunctions.SIZE_CATEGORY_NAME)); + + Map<String, AgeCategory> ageCategoryMap = Maps.newTreeMap(); + ageCategoryMap.putAll(getEntitiesMap( + AgeCategory.class, + EchoBaseFunctions.AGE_CATEGORY_NAME)); + + Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap = getEntitiesMap( + DataMetadata.class, + EchoBaseFunctions.DATA_METADATA_NAME); + + // get selected voyage + Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, + configuration.getVoyageId()); + + // index all echotypes of thi voyage + Map<String, Echotype> echotypeMap = Maps.uniqueIndex( + voyage.getEchotype(), + EchoBaseFunctions.ECHOTYPE_NAME); + + InputFile inputFile; + CsvFileImportResult importResult; + + switch (importMode) { + + case ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE: { + + inputFile = configuration.getAcousticByEchotypeFile(); + + importResult = importAcousticByEchotypeFile( + configuration, + inputFile, + voyage, + echotypeMap, + dataMetadataMap + ); + + } + break; + + case ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES_CATEGORY: { + + inputFile = + configuration.getAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile(); + importResult = importAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile( + configuration, + inputFile, + voyage, + echotypeMap, + dataMetadataMap, + speciesMap, + sizeCategoryMap + ); + } + break; + + case ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY: { + + inputFile = + configuration.getAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile(); + importResult = importAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile( + configuration, + inputFile, + voyage, + dataMetadataMap, + speciesMap, + sizeCategoryMap + ); + } + break; + + case ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY: { + + inputFile = + configuration.getAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile(); + + importResult = importAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile( + configuration, + inputFile, + voyage, + dataMetadataMap, + speciesMap, + ageCategoryMap + ); + + } + break; + default: + throw new EchoBaseTechnicalException( + "Can not use this importMode " + importMode + + " for this service " + this); + } + + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); + return result; + } + + private CsvFileImportResult importAcousticByEchotypeFile( + ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Voyage voyage, + Map<String, Echotype> echotypeMap, + Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap) throws ImportException { + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of acoustic result by echotype from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + // first get header of file to detect which results to import + String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), + getCsvSeparator()); + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + List<DataMetadata> metas = getMetas( + AcousticResultByEchotypeImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, + dataMetadataMap, + header); + + CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); + + AcousticResultByEchotypeImportModel csvModel = new AcousticResultByEchotypeImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + echotypeMap, + voyage, + cellDAO, + metas); + + CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); + SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = + getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); + + String resultLabel = configuration.getResultLabel(); + + DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); + Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + Import<AcousticResultByEchotypeImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + int rowNumber = 0; + + configuration.incrementsProgression(); + for (AcousticResultByEchotypeImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + rowNumber++; + + Cell cell = row.getCell(); + + Category category = getResultCategory(categoryDAO, + speciesCategoryDAO, + row.getEchotype(), + null, + null, + null, + importResult); + + if (rowNumber % 100 == 0) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + + cell.getName() + " and category " + + categoryDecorator.toString(category)); + } + } + List<Result> results = row.getResult(); + + TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); + + for (Result result : results) { + + result.setCategory(category); + result.setResultLabel(resultLabel); + + Result resultCreated = create(dao, result); + + cell.addResult(resultCreated); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); + } + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + private CsvFileImportResult importAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile( + ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Voyage voyage, + Map<String, Echotype> echotypeMap, + Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, + Map<String, Species> speciesMap, + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap) throws ImportException { + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of acoustic result by echotype " + + "and species category from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + // first get header of file to detect which results to import + String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), + getCsvSeparator()); + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + List<DataMetadata> metas = + getMetas( + AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, + dataMetadataMap, + header); + + CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); + + SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = + getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); + + AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel csvModel = new AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + echotypeMap, + speciesMap, + sizeCategoryMap, + voyage, + cellDAO, + metas); + + CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); + + DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); + Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); + + String resultLabel = configuration.getResultLabel(); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + int rowNumber = 0; + + configuration.incrementsProgression(); + for (AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + rowNumber++; + + Cell cell = row.getCell(); + + Category category = getResultCategory(categoryDAO, + speciesCategoryDAO, + row.getEchotype(), + row.getSpecies(), + row.getSizeCategory(), + null, + importResult); + + if (rowNumber % 100 == 0) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + + cell.getName() + " and category " + + categoryDecorator.toString(category)); + } + } + + List<Result> results = row.getResult(); + + TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); + + for (Result result : results) { + + result.setCategory(category); + result.setResultLabel(resultLabel); + + Result resultCreated = create(dao, result); + + cell.addResult(resultCreated); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); + } + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + private CsvFileImportResult importAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile( + ResultsImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, + Voyage voyage, + Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, + Map<String, Species> speciesMap, + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap) throws ImportException { + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of acoustic result by speices and size category from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + // first get header of file to detect which results to import + String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), + getCsvSeparator()); + + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + List<DataMetadata> metas = + getMetas( + AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, + dataMetadataMap, + header); + + CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); + + SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = + getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); + + SizeCategoryDAO sizeCategoryDAO = + getDAO(SizeCategory.class, SizeCategoryDAO.class); + + AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel csvModel = new AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + speciesMap, + voyage, + cellDAO, + metas); + + CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); + + DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); + Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); + + String resultLabel = configuration.getResultLabel(); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + int rowNumber = 0; + + configuration.incrementsProgression(); + for (AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + rowNumber++; + + Cell cell = row.getCell(); + + String sizeCategoryName = row.getSizeCategory(); + + SizeCategory sizeCategory = + sizeCategoryMap.get(sizeCategoryName); + + if (sizeCategory == null) { + + // create a new sizeCategory + sizeCategory = create(sizeCategoryDAO); + sizeCategory.setName(sizeCategoryName); + sizeCategory.setMeaning(row.getSizeCategoryMeaning()); + importResult.incrementsNumberCreated( + EchoBaseEntityEnum.SizeCategory); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Creates a new SizeCategory " + sizeCategoryName); + } + sizeCategoryMap.put(sizeCategoryName, sizeCategory); + } + + Category category = getResultCategory(categoryDAO, + speciesCategoryDAO, + null, + row.getSpecies(), + sizeCategory, + null, + importResult); + + if (rowNumber % 100 == 0) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + + cell.getName() + " and category " + + categoryDecorator.toString(category)); + } + } + + List<Result> results = row.getResult(); + + TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); + + for (Result result : results) { + + result.setCategory(category); + result.setResultLabel(resultLabel); + + Result resultCreated = create(dao, result); + + cell.addResult(resultCreated); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); + } + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + private CsvFileImportResult importAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile( + ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Voyage voyage, + Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, + Map<String, Species> speciesMap, + Map<String, AgeCategory> ageCategoryMap) throws ImportException { + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of acoustic result by species and age category from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + // first get header of file to detect which results to import + String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), + getCsvSeparator()); + + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + List<DataMetadata> metas = + getMetas( + AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, + dataMetadataMap, + header); + + CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); + + SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = + getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); + + AgeCategoryDAO ageCategoryDAO = + getDAO(AgeCategory.class, AgeCategoryDAO.class); + + + AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel csvModel = new AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + speciesMap, + voyage, + cellDAO, + metas); + + CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); + + DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); + Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); + + String resultLabel = configuration.getResultLabel(); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + int rowNumber = 0; + + configuration.incrementsProgression(); + for (AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + rowNumber++; + + Cell cell = row.getCell(); + + String ageCategoryName = row.getAgeCategory(); + + AgeCategory ageCategory = + ageCategoryMap.get(ageCategoryName); + + if (ageCategory == null) { + + // create a new sizeCategory + ageCategory = create(ageCategoryDAO); + ageCategory.setName(row.getAgeCategory()); + ageCategory.setMeaning(row.getAgeCategoryMeaning()); + importResult.incrementsNumberCreated( + EchoBaseEntityEnum.AgeCategory); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Creates a new AgeCategory " + ageCategoryName); + } + ageCategoryMap.put(ageCategoryName, ageCategory); + } + + Category category = getResultCategory(categoryDAO, + speciesCategoryDAO, + null, + row.getSpecies(), + null, + ageCategory, + importResult); + + if (rowNumber % 100 == 0) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + + cell.getName() + " and category " + + categoryDecorator.toString(category)); + } + } + + List<Result> results = row.getResult(); + + TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); + + for (Result result : results) { + + result.setCategory(category); + result.setResultLabel(resultLabel); + + Result resultCreated = create(dao, result); + + cell.addResult(resultCreated); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); + } + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + protected List<DataMetadata> getMetas(String[] columnNamesToExclude, + Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, + String... headers) { + + List<String> metadataNames = Lists.newArrayList(headers); + for (String columnToExclude : columnNamesToExclude) { + metadataNames.remove(columnToExclude); + metadataNames.remove("\"" + columnToExclude + "\""); + } + + List<DataMetadata> result = Lists.newArrayList(); + + Locale locale = getLocale(); + + for (String metadataName : metadataNames) { + + Matcher matcher = REMOVE_DOUBLE_QUOTES_PATTERN.matcher(metadataName); + if (matcher.matches()) { + metadataName = matcher.group(1); + } + DataMetadata dataMetadata = dataMetadataMap.get(metadataName); + if (dataMetadata == null) { + throw new ImportRuntimeException( + l_(locale, "echobase.importError.dataMetadata.notFound", + metadataName, + dataMetadataMap.keySet())); + } + result.add(dataMetadata); + } + return result; + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportService.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -23,79 +23,14 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services.importdata; -import com.google.common.base.Predicate; -import com.google.common.collect.Iterables; -import com.google.common.collect.Lists; -import com.google.common.collect.Maps; -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; -import fr.ifremer.echobase.EchoBasePredicates; -import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; -import fr.ifremer.echobase.csv.EchoBaseImport; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Category; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.CategoryDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKeyDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.AgeCategory; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.AgeCategoryDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataMetadata; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategoryDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategoryDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; -import fr.ifremer.echobase.services.DecoratorService; import fr.ifremer.echobase.services.ImportException; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultByEchotypeImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthWeightKeyImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthWeightKeyImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapResultImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapResultImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellAssociationImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellAssociationImportModelRow; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionResultImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionResultImportModelRow; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import org.nuiton.util.csv.Import; -import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; -import org.nuiton.util.decorator.Decorator; -import java.io.Reader; -import java.util.Arrays; -import java.util.Collection; import java.util.List; -import java.util.Locale; -import java.util.Map; -import java.util.regex.Matcher; -import java.util.regex.Pattern; import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; @@ -107,10 +42,6 @@ */ public class ResultsImportService extends AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> { - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(ResultsImportService.class); - @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.Results.getI18nKey()); @@ -120,1070 +51,42 @@ public List<CsvFileImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); - ResultsImportMode importMode = configuration.getImportMode(); - Map<String, Species> speciesMap = getEntitiesMap( - Species.class, - EchoBaseFunctions.SPECIES_BARACOUDA_CODE); + AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> service; - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap = getEntitiesMap( - SizeCategory.class, - EchoBaseFunctions.SIZE_CATEGORY_NAME); - - Map<String, AgeCategory> ageCategoryMap = getEntitiesMap( - AgeCategory.class, - EchoBaseFunctions.AGE_CATEGORY_NAME); - - Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap = getEntitiesMap( - DataMetadata.class, - EchoBaseFunctions.DATA_METADATA_NAME); - - switch (importMode) { - case VOYAGE: { - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); + case VOYAGE: + service = getService(ResultsVoyageImportService.class); + break; - // authorize only the selected voyage to be imported - Map<String, Voyage> voyageMap = Maps.uniqueIndex(Arrays.asList( - voyage), EchoBaseFunctions.VOYAGE_NAME); + case ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE: + case ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES_CATEGORY: + case ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY: + case ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY: - InputFile inputFile = configuration.getLengthAgeKeyFile(); + service = getService(ResultsEsduCellImportService.class); + break; - if (inputFile.hasFile()) { + case REGION: - CsvFileImportResult importResult = importLenthAgeKey( - inputFile, - voyageMap, - speciesMap - ); - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } + service = getService(ResultsEsduCellImportService.class); + break; - inputFile = configuration.getLengthWeightKeyFile(); - if (inputFile.hasFile()) { + case MAP: - CsvFileImportResult importResult = importLenghtWeightKey( - inputFile, - voyageMap, - speciesMap - ); - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - - inputFile = configuration.getEchotypeFile(); - if (inputFile.hasFile()) { - - CsvFileImportResult importResult = importEchotypeFile( - inputFile, - voyageMap, - speciesMap - ); - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - } - break; - - case ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE: { - - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); - - InputFile inputFile = configuration.getAcousticByEchotypeFile(); - - if (inputFile.hasFile()) { - - CsvFileImportResult importResult = importAcousticByEchotypeFile( - inputFile, - voyage, - dataMetadataMap, - configuration.getResultLabel() - ); - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - } - break; - - case ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES_CATEGORY: { - - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); - - InputFile inputFile = - configuration.getAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile(); - - if (inputFile.hasFile()) { - - CsvFileImportResult importResult = importAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile( - inputFile, - voyage, - dataMetadataMap, - speciesMap, - sizeCategoryMap, - configuration.getResultLabel() - ); - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - } - break; - - case ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY: { - - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); - - InputFile inputFile = - configuration.getAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile(); - - if (inputFile.hasFile()) { - - CsvFileImportResult importResult = importAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile( - inputFile, - voyage, - dataMetadataMap, - speciesMap, - sizeCategoryMap, - configuration.getResultLabel() - ); - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - } - break; - - case ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY: { - - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); - - InputFile inputFile = - configuration.getAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile(); - - if (inputFile.hasFile()) { - - CsvFileImportResult importResult = importAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile( - inputFile, - voyage, - dataMetadataMap, - speciesMap, - ageCategoryMap, - configuration.getResultLabel() - ); - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - } - break; - - case REGION: { - - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); - - - InputFile inputFile = configuration.getRegionsFile(); - - if (inputFile.hasFile()) { - CsvFileImportResult importResult = importRegionsFile( - inputFile, voyage); - - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - inputFile = configuration.getRegionAssociationFile(); - if (inputFile.hasFile()) { - CsvFileImportResult importResult = importRegionAssociationFile( - inputFile, voyage); - - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - - inputFile = configuration.getRegionResultFile(); - if (inputFile.hasFile()) { - CsvFileImportResult importResult = importRegionResultFile( - inputFile, voyage, configuration.getResultLabel()); - - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - } - break; - case MAP: { - - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); - - InputFile inputFile = configuration.getMapsFile(); - if (inputFile.hasFile()) { - CsvFileImportResult importResult = importMapFile( - inputFile, voyage); - - addResultAndLog(result, inputFile, - importResult, user); - } - inputFile = configuration.getMapResultFile(); - if (inputFile.hasFile()) { - CsvFileImportResult importResult = importMapResultFile( - inputFile, voyage, configuration.getResultLabel()); - - addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - } - } - break; + service = getService(ResultsEsduCellImportService.class); + break; + default: + throw new EchoBaseTechnicalException( + "Can not treate import result of type " + importMode); } - return result; - } - protected CsvFileImportResult importRegionsFile(InputFile inputFile, Voyage voyage) throws ImportException { + List<CsvFileImportResult> result = service.startImport(configuration, + user); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of region from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - RegionCellImportModel csvModel = new RegionCellImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); - - CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<Cell> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (Cell row : importer) { - - //TODO - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Cell); - } - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected CsvFileImportResult importRegionAssociationFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage) throws ImportException { - RegionCellAssociationImportModel csvModel = new RegionCellAssociationImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of region cell association from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<RegionCellAssociationImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (RegionCellAssociationImportModelRow row : importer) { - - //TODO - - importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected CsvFileImportResult importRegionResultFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage, - String resultLabel) throws ImportException { - RegionResultImportModel csvModel = new RegionResultImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of region cell results from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<RegionResultImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (RegionResultImportModelRow row : importer) { - - //TODO - - importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected CsvFileImportResult importMapFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage) throws ImportException { - MapImportModel csvModel = new MapImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of Map cells from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - EchoBaseImport<MapImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (MapImportModelRow row : importer) { - - //TODO - - importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected CsvFileImportResult importMapResultFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage, - String resultLabel) throws ImportException { - MapResultImportModel csvModel = new MapResultImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of Map cell results from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - EchoBaseImport<MapResultImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (MapResultImportModelRow row : importer) { - - //TODO - - importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected CsvFileImportResult importLenghtWeightKey(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of lenthWeightKey from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap = getEntitiesMap( - SizeCategory.class, - EchoBaseFunctions.SIZE_CATEGORY_NAME); - - LengthWeightKeyImportModel csvModel = new LengthWeightKeyImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), - voyageMap, - sizeCategoryMap, - speciesMap); - - LengthWeightKeyDAO dao = getDAO(LengthWeightKey.class, - LengthWeightKeyDAO.class); - - SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = - getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<LengthWeightKeyImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (LengthWeightKeyImportModelRow row : importer) { - - Voyage voyage = row.getVoyage(); - - LengthWeightKey lengthWeightKeyToCreate = - row.getLengthWeightKey(); - LengthWeightKey lengthWeightKey = create( - dao, lengthWeightKeyToCreate); - - //TODO should we import it ? - //lengthWeightKey.setMetadata(row.getMetadata()); - - Species species = row.getSpecies(); - SizeCategory sizeCategory = row.getSizeCategory(); - - // find speciesCategory - SpeciesCategory speciesCategory = getSpeciesCategory( - speciesCategoryDAO, - species, - sizeCategory, - null, - null, - importResult - ); - - lengthWeightKey.setSpeciesCategory(speciesCategory); - - // attach it to voyage - voyage.addLengthWeightKey(lengthWeightKey); - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected CsvFileImportResult importLenthAgeKey(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of lenthAgeKey from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - Map<String, Strata> strataMap = getEntitiesMap( - Strata.class, EchoBaseFunctions.STRATA_BY_NAME); - - LengthAgeKeyImportModel csvModel = new LengthAgeKeyImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), - voyageMap, - strataMap, - speciesMap); - - TopiaDAO<LengthAgeKey> dao = getDAO(LengthAgeKey.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<LengthAgeKeyImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (LengthAgeKeyImportModelRow row : importer) { - - Voyage voyage = row.getVoyage(); - - LengthAgeKey lengthAgeKeyToCreate = row.getLengthAgeKey(); - LengthAgeKey lengthAgeKey = create(dao, lengthAgeKeyToCreate); - - // attach it to voyage - voyage.addLengthAgeKey(lengthAgeKey); - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); - } - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - private CsvFileImportResult importEchotypeFile(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of echotype from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - Map<String, DepthStratum> depthStratumMap = getEntitiesMap( - DepthStratum.class, - EchoBaseFunctions.DEPTH_STRATUM_ID); - - EchotypeImportModel csvModel = new EchotypeImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), - voyageMap, - depthStratumMap, - speciesMap); - - TopiaDAO<Echotype> dao = getDAO(Echotype.class); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<EchotypeImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - for (EchotypeImportModelRow row : importer) { - - Voyage voyage = row.getVoyage(); - - Echotype rowEchotype = row.getEchotype(); - - String echotypeName = rowEchotype.getName(); - - // check if there is a echotype for the voyage and this name - Echotype echotype = null; - - if (!voyage.isEchotypeEmpty()) { - - Collection<Echotype> echotypes = voyage.getEchotype(); - Predicate<Echotype> predicate = - EchoBasePredicates.newEchotypeByNamePredicate( - echotypeName); - echotype = Iterables.find(echotypes, predicate, null); - - } - - if (echotype == null) { - - // creates it - echotype = create(dao, rowEchotype); - - // attach it to voyage - voyage.addEchotype(echotype); - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); - - } else { - - Species species = rowEchotype.getSpecies().iterator().next(); - Species existingSpecie = - echotype.getSpeciesByTopiaId(species.getTopiaId()); - - if (existingSpecie == null) { - - // add this species - echotype.addSpecies(species); - } - } - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - private CsvFileImportResult importAcousticByEchotypeFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage, - Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, - String resultLabel) throws ImportException { - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of acoustic result by echotype from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - // first get header of file to detect which results to import - String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), - getCsvSeparator()); - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - Map<String, Echotype> echotypeMap = Maps.uniqueIndex( - voyage.getEchotype(), - EchoBaseFunctions.ECHOTYPE_NAME); - - List<DataMetadata> metas = getMetas( - AcousticResultByEchotypeImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, - dataMetadataMap, - header); - - CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); - - AcousticResultByEchotypeImportModel csvModel = new AcousticResultByEchotypeImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), - echotypeMap, - voyage, - cellDAO, - metas); - - CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); - SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = - getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); - - DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); - Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<AcousticResultByEchotypeImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - int rowNumber = 0; - - for (AcousticResultByEchotypeImportModelRow row : importer) { - - rowNumber++; - - Cell cell = row.getCell(); - - Category category = getResultCategory(categoryDAO, - speciesCategoryDAO, - row.getEchotype(), - null, - null, - null, - importResult); - - if (rowNumber % 100 == 0) { - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + - cell.getName() + " and category " + - categoryDecorator.toString(category)); - } - } - List<Result> results = row.getResult(); - - TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); - - for (Result result : results) { - - result.setCategory(category); - result.setResultLabel(resultLabel); - - Result resultCreated = create(dao, result); - - cell.addResult(resultCreated); - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); - } - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - private CsvFileImportResult importAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage, - Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, - Map<String, Species> speciesMap, - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, - String resultLabel) throws ImportException { - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of acoustic result by echotype " + - "and species category from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - // first get header of file to detect which results to import - String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), - getCsvSeparator()); - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - Map<String, Echotype> echotypeMap = Maps.uniqueIndex( - voyage.getEchotype(), - EchoBaseFunctions.ECHOTYPE_NAME); - - - List<DataMetadata> metas = - getMetas( - AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, - dataMetadataMap, - header); - - CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); - - SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = - getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); - - AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel csvModel = new AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), - echotypeMap, - speciesMap, - sizeCategoryMap, - voyage, - cellDAO, - metas); - - CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); - - DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); - Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); - - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - EchoBaseImport<AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - int rowNumber = 0; - - for (AcousticResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModelRow row : importer) { - - rowNumber++; - - Cell cell = row.getCell(); - - Category category = getResultCategory(categoryDAO, - speciesCategoryDAO, - row.getEchotype(), - row.getSpecies(), - row.getSizeCategory(), - null, - importResult); - - if (rowNumber % 100 == 0) { - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + - cell.getName() + " and category " + - categoryDecorator.toString(category)); - } - } - - List<Result> results = row.getResult(); - - TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); - - for (Result result : results) { - - result.setCategory(category); - result.setResultLabel(resultLabel); - - Result resultCreated = create(dao, result); - - cell.addResult(resultCreated); - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); - } - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - private CsvFileImportResult importAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage, - Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, - Map<String, Species> speciesMap, - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, - String resultLabel) throws ImportException { - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of acoustic result by echotype from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - // first get header of file to detect which results to import - String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), - getCsvSeparator()); - - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - List<DataMetadata> metas = - getMetas( - AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, - dataMetadataMap, - header); - - CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); - - SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = - getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); - - SizeCategoryDAO sizeCategoryDAO = - getDAO(SizeCategory.class, SizeCategoryDAO.class); - - - AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel csvModel = new AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), - speciesMap, - voyage, - cellDAO, - metas); - - CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); - - DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); - Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); - - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - EchoBaseImport<AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - int rowNumber = 0; - - for (AcousticResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModelRow row : importer) { - - rowNumber++; - - Cell cell = row.getCell(); - - String sizeCategoryName = row.getSizeCategory(); - - SizeCategory sizeCategory = - sizeCategoryMap.get(sizeCategoryName); - - if (sizeCategory == null) { - - // create a new sizeCategory - sizeCategory = create(sizeCategoryDAO); - sizeCategory.setName(row.getSizeCategory()); - sizeCategory.setMeaning(row.getSizeCategoryMeaning()); - importResult.incrementsNumberCreated( - EchoBaseEntityEnum.SizeCategory); - } - - Category category = getResultCategory(categoryDAO, - speciesCategoryDAO, - null, - row.getSpecies(), - sizeCategory, - null, - importResult); - - if (rowNumber % 100 == 0) { - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + - cell.getName() + " and category " + - categoryDecorator.toString(category)); - } - } - - List<Result> results = row.getResult(); - - TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); - - for (Result result : results) { - - result.setCategory(category); - result.setResultLabel(resultLabel); - - Result resultCreated = create(dao, result); - - cell.addResult(resultCreated); - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); - } - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - private CsvFileImportResult importAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile(InputFile inputFile, - Voyage voyage, - Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, - Map<String, Species> speciesMap, - Map<String, AgeCategory> ageCategoryMap, - String resultLabel) throws ImportException { - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of acoustic result by echotype from file " + - inputFile.getFileName()); - } - - // first get header of file to detect which results to import - String[] header = EchoBaseImport.getHeader(inputFile.getFile(), - getCsvSeparator()); - - - CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( - inputFile.getFileName()); - - List<DataMetadata> metas = - getMetas( - AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel.COLUMN_NAMES_TO_EXCLUDE, - dataMetadataMap, - header); - - CellDAO cellDAO = (CellDAO) getDAO(Cell.class); - - SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = - getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); - - AgeCategoryDAO ageCategoryDAO = - getDAO(AgeCategory.class, AgeCategoryDAO.class); - - - AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel csvModel = new AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel( - serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), - speciesMap, - voyage, - cellDAO, - metas); - - CategoryDAO categoryDAO = (CategoryDAO) getDAO(Category.class); - - DecoratorService decoratorService = getService(DecoratorService.class); - Decorator<Category> categoryDecorator = decoratorService.getDecorator(getLocale(), Category.class, null); - - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - EchoBaseImport<AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModelRow> importer = - EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); - - int rowNumber = 0; - - for (AcousticResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModelRow row : importer) { - - rowNumber++; - - Cell cell = row.getCell(); - - String sizeCategoryName = row.getAgeCategory(); - - AgeCategory ageCategory = - ageCategoryMap.get(sizeCategoryName); - - if (ageCategory == null) { - - // create a new sizeCategory - ageCategory = create(ageCategoryDAO); - ageCategory.setName(row.getAgeCategory()); - ageCategory.setMeaning(row.getAgeCategoryMeaning()); - importResult.incrementsNumberCreated( - EchoBaseEntityEnum.AgeCategory); - } - - Category category = getResultCategory(categoryDAO, - speciesCategoryDAO, - null, - row.getSpecies(), - null, - ageCategory, - importResult); - - if (rowNumber % 100 == 0) { - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Treate row " + rowNumber + " for esdu cell " + - cell.getName() + " and category " + - categoryDecorator.toString(category)); - } - } - - List<Result> results = row.getResult(); - - TopiaDAO<Result> dao = getDAO(Result.class); - - for (Result result : results) { - - result.setCategory(category); - result.setResultLabel(resultLabel); - - Result resultCreated = create(dao, result); - - cell.addResult(resultCreated); - - importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Result); - } - } - - return importResult; - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected List<DataMetadata> getMetas(String[] columnNamesToExclude, - Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, - String... headers) { - - List<String> metadataNames = Lists.newArrayList(headers); - for (String columnToExclude : columnNamesToExclude) { - metadataNames.remove(columnToExclude); - metadataNames.remove("\"" + columnToExclude + "\""); - } - - List<DataMetadata> result = Lists.newArrayList(); - - Pattern removeDoubleQuotesPattern = Pattern.compile("\"(.+)\""); - - Locale locale = getLocale(); - - for (String metadataName : metadataNames) { - - Matcher matcher = removeDoubleQuotesPattern.matcher(metadataName); - if (matcher.matches()) { - metadataName = matcher.group(1); - } - DataMetadata dataMetadata = dataMetadataMap.get(metadataName); - if (dataMetadata == null) { - throw new ImportRuntimeException( - l_(locale, "echobase.importError.dataMetadata.notFound", - metadataName, - dataMetadataMap.keySet())); - } - result.add(dataMetadata); - } return result; } + } Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportService.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,177 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import com.google.common.collect.Lists; +import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.csv.EchoBaseImport; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.ImportException; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapResultImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapResultImportModelRow; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; + +import java.io.Reader; +import java.util.List; + +import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; + +/** + * To import map results attached to a voyage. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsMapCellImportService extends AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> { + + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(ResultsMapCellImportService.class); + + @Override + protected String getImportLabel() { + return l_(getLocale(), ImportDataMode.Results.getI18nKey()); + } + + @Override + public List<CsvFileImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { + + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + + // get selected voyage + Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, + configuration.getVoyageId()); + + InputFile inputFile = configuration.getMapsFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importMapFile( + configuration, + inputFile, voyage); + + addResultAndLog(result, inputFile, + importResult, user); + } + inputFile = configuration.getMapResultFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importMapResultFile( + configuration, + inputFile, voyage); + + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); + } + + return result; + } + + protected CsvFileImportResult importMapFile(ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Voyage voyage) throws ImportException { + MapImportModel csvModel = new MapImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of Map cells from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<MapImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); + for (MapImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + //TODO + + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + protected CsvFileImportResult importMapResultFile(ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Voyage voyage) throws ImportException { + MapResultImportModel csvModel = new MapResultImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of Map cell results from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + String resultLabel = configuration.getResultLabel(); + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<MapResultImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); + for (MapResultImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + //TODO + + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportService.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportService.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,175 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import com.google.common.collect.Lists; +import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.csv.EchoBaseImport; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.ImportException; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapResultImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.MapResultImportModelRow; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; + +import java.io.Reader; +import java.util.List; + +import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; + +/** + * To import regions results attached to a voyage. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsRegionCellImportService extends AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> { + + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(ResultsRegionCellImportService.class); + + @Override + protected String getImportLabel() { + return l_(getLocale(), ImportDataMode.Results.getI18nKey()); + } + + @Override + public List<CsvFileImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { + + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + + // get selected voyage + Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, configuration.getVoyageId()); + + InputFile inputFile = configuration.getMapsFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importMapFile( + configuration, + inputFile, voyage); + + addResultAndLog(result, inputFile, + importResult, user); + } + inputFile = configuration.getMapResultFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importMapResultFile( + configuration, + inputFile, voyage); + + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); + } + + return result; + } + + protected CsvFileImportResult importMapFile(ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Voyage voyage) throws ImportException { + MapImportModel csvModel = new MapImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of Map cells from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<MapImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); + for (MapImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + //TODO + + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + protected CsvFileImportResult importMapResultFile(ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Voyage voyage) throws ImportException { + MapResultImportModel csvModel = new MapResultImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of Map cell results from file " + + inputFile.getFileName()); + } + String resultLabel = configuration.getResultLabel(); + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<MapResultImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); + for (MapResultImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + //TODO + + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportService.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportService.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportService.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,366 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import com.google.common.base.Predicate; +import com.google.common.collect.Iterables; +import com.google.common.collect.Lists; +import com.google.common.collect.Maps; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; +import fr.ifremer.echobase.EchoBasePredicates; +import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.csv.EchoBaseImport; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKeyDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategoryDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; +import fr.ifremer.echobase.services.ImportException; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthWeightKeyImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthWeightKeyImportModelRow; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; +import org.nuiton.util.csv.Import; +import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; + +import java.io.Reader; +import java.util.Arrays; +import java.util.Collection; +import java.util.List; +import java.util.Map; + +import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; + +/** + * To import results attached to a voyage (but not cells). + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsVoyageImportService extends AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> { + + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(ResultsVoyageImportService.class); + + @Override + protected String getImportLabel() { + return l_(getLocale(), ImportDataMode.Results.getI18nKey()); + } + + @Override + public List<CsvFileImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { + + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + + Map<String, Species> speciesMap = getEntitiesMap( + Species.class, + EchoBaseFunctions.SPECIES_BARACOUDA_CODE); + + // get selected voyage + Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, + configuration.getVoyageId()); + + // authorize only the selected voyage to be imported + Map<String, Voyage> voyageMap = Maps.uniqueIndex(Arrays.asList( + voyage), EchoBaseFunctions.VOYAGE_NAME); + + InputFile inputFile = configuration.getLengthAgeKeyFile(); + + if (inputFile.hasFile()) { + + CsvFileImportResult importResult = importLenthAgeKey( + configuration, + inputFile, + voyageMap, + speciesMap + ); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); + } + + inputFile = configuration.getLengthWeightKeyFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + + CsvFileImportResult importResult = importLenghtWeightKey( + configuration, + inputFile, + voyageMap, + speciesMap + ); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); + } + + inputFile = configuration.getEchotypeFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + + CsvFileImportResult importResult = importEchotypeFile( + configuration, + inputFile, + voyageMap, + speciesMap + ); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); + } + + return result; + } + + protected CsvFileImportResult importLenghtWeightKey( + ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of lenthWeightKey from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap = getEntitiesMap( + SizeCategory.class, + EchoBaseFunctions.SIZE_CATEGORY_NAME); + + LengthWeightKeyImportModel csvModel = new LengthWeightKeyImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + voyageMap, + sizeCategoryMap, + speciesMap); + + LengthWeightKeyDAO dao = getDAO(LengthWeightKey.class, + LengthWeightKeyDAO.class); + + SpeciesCategoryDAO speciesCategoryDAO = + getDAO(SpeciesCategory.class, SpeciesCategoryDAO.class); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + + try { + Import<LengthWeightKeyImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); + for (LengthWeightKeyImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + Voyage voyage = row.getVoyage(); + + LengthWeightKey lengthWeightKeyToCreate = + row.getLengthWeightKey(); + LengthWeightKey lengthWeightKey = create( + dao, lengthWeightKeyToCreate); + + //TODO should we import it ? + //lengthWeightKey.setMetadata(row.getMetadata()); + + Species species = row.getSpecies(); + SizeCategory sizeCategory = row.getSizeCategory(); + + // find speciesCategory + SpeciesCategory speciesCategory = getSpeciesCategory( + speciesCategoryDAO, + species, + sizeCategory, + null, + null, + importResult + ); + + lengthWeightKey.setSpeciesCategory(speciesCategory); + + // attach it to voyage + voyage.addLengthWeightKey(lengthWeightKey); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + protected CsvFileImportResult importLenthAgeKey( + ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of lenthAgeKey from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + Map<String, Strata> strataMap = getEntitiesMap( + Strata.class, EchoBaseFunctions.STRATA_BY_NAME); + + LengthAgeKeyImportModel csvModel = new LengthAgeKeyImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + voyageMap, + strataMap, + speciesMap); + + TopiaDAO<LengthAgeKey> dao = getDAO(LengthAgeKey.class); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + Import<LengthAgeKeyImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); + + for (LengthAgeKeyImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + + Voyage voyage = row.getVoyage(); + + LengthAgeKey lengthAgeKeyToCreate = row.getLengthAgeKey(); + LengthAgeKey lengthAgeKey = create(dao, lengthAgeKeyToCreate); + + // attach it to voyage + voyage.addLengthAgeKey(lengthAgeKey); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); + } + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + private CsvFileImportResult importEchotypeFile( + ResultsImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of echotype from file " + + inputFile.getFileName()); + } + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + + Map<String, DepthStratum> depthStratumMap = getEntitiesMap( + DepthStratum.class, + EchoBaseFunctions.DEPTH_STRATUM_ID); + + EchotypeImportModel csvModel = new EchotypeImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + voyageMap, + depthStratumMap, + speciesMap); + + TopiaDAO<Echotype> dao = getDAO(Echotype.class); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + Import<EchotypeImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + configuration.incrementsProgression(); + + for (EchotypeImportModelRow row : importer) { + + configuration.incrementsProgression(); + + Voyage voyage = row.getVoyage(); + + Echotype rowEchotype = row.getEchotype(); + + String echotypeName = rowEchotype.getName(); + + // check if there is a echotype for the voyage and this name + Echotype echotype = null; + + if (!voyage.isEchotypeEmpty()) { + + Collection<Echotype> echotypes = voyage.getEchotype(); + Predicate<Echotype> predicate = + EchoBasePredicates.newEchotypeByNamePredicate( + echotypeName); + echotype = Iterables.find(echotypes, predicate, null); + + } + + if (echotype == null) { + + // creates it + echotype = create(dao, rowEchotype); + + // attach it to voyage + voyage.addEchotype(echotype); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + + } else { + + Species species = rowEchotype.getSpecies().iterator().next(); + Species existingSpecie = + echotype.getSpeciesByTopiaId(species.getTopiaId()); + + if (existingSpecie == null) { + + // add this species + echotype.addSpecies(species); + } + } + } + + return importResult; + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportService.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -1,5 +1,3 @@ -csv.import.error.missingMandatoryHeaders= -csv.import.error.unrecognizedHeaders= echobase.common.acousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile= echobase.common.acousticByEchotypeFile= echobase.common.acousticBySpeciesAndAgeCategoryFile= @@ -30,6 +28,7 @@ echobase.common.operationMetadataFile= echobase.common.resultsImportMode.acoustic.byEchotype= echobase.common.resultsImportMode.acoustic.byEchotypeAndSpeciesCategory= +echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndAgeCategory= echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndSizeCategory= echobase.common.resultsImportMode.map= echobase.common.resultsImportMode.region= Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -1,9 +1,7 @@ -csv.import.error.missingMandatoryHeaders= -csv.import.error.unrecognizedHeaders= echobase.common.acousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile=Fichier d'import echobase.common.acousticByEchotypeFile=Fichier d'import -echobase.common.acousticBySpeciesAndAgeCategoryFile= -echobase.common.acousticBySpeciesAndSizeCategoryFile= +echobase.common.acousticBySpeciesAndAgeCategoryFile=Fichier d'import +echobase.common.acousticBySpeciesAndSizeCategoryFile=Fichier d'import echobase.common.biometrySampleFile=Fichier BiometrySample echobase.common.cellMapResultFile=Fichier de résultats de cellules Carte echobase.common.cellMapsFile=Fichier des cellules Cartes @@ -30,7 +28,8 @@ echobase.common.operationMetadataFile=Fichier Méta-données opération echobase.common.resultsImportMode.acoustic.byEchotype=Import des résultats acoustiques par echotype echobase.common.resultsImportMode.acoustic.byEchotypeAndSpeciesCategory=Import des résultats acoustiques par echotype et catégorie d'espèce -echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndSizeCategory= +echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndAgeCategory=Import des résultats acoustiques par espèce et catégorie d'age +echobase.common.resultsImportMode.acoustic.bySpeciesAndSizeCategory=Import des résultats acoustiques par espèce et catégorie de taille echobase.common.resultsImportMode.map=Import des cellules de type Carte echobase.common.resultsImportMode.region=Import des cellules de type Région echobase.common.resultsImportMode.voyage=Import des résultats du voyage Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -30,7 +30,9 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUserImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ProgressionModel; import org.apache.commons.io.FileUtils; +import org.apache.commons.io.IOUtils; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.junit.Assert; @@ -41,10 +43,12 @@ import org.nuiton.util.StringUtil; import java.io.File; +import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.util.Arrays; import java.util.Set; +import java.util.zip.GZIPInputStream; /** * Nice test service support. @@ -79,24 +83,56 @@ return fakeServiceContext.getTestDir(); } + public void assertConfProgressionToEnd(ProgressionModel conf) { + Assert.assertEquals(100f, conf.getProgression(), 1); + } + protected void prepareInputFile(InputFile inputFile, String... path) throws IOException { String filename = path[path.length - 1]; String resourcePath = StringUtil.join(Arrays.asList(path), "/", true); - InputStream inputStream = - getClass().getResourceAsStream(resourcePath); - Preconditions.checkNotNull(inputStream, "Could not find resource at " + resourcePath); - File testDir = getTestDir(); - File newFile = new File(testDir, filename); - FileUtils.copyInputStreamToFile( - inputStream, - newFile - ); - inputFile.setFileName(filename); - inputFile.setFile(newFile); + InputStream inputStream = getClass().getResourceAsStream(resourcePath); + try { + Preconditions.checkNotNull(inputStream, + "Could not find resource at " + resourcePath); + File testDir = getTestDir(); - if (log.isDebugEnabled()) { - log.debug("Copy file to " + newFile); + File newFile; + + if (filename.endsWith(".gz")) { + + // gzipped file + + filename = filename.substring(0, filename.length() - 3); + newFile = new File(testDir, filename); + + FileOutputStream outputStream = FileUtils.openOutputStream(newFile); + try { + IOUtils.copy(new GZIPInputStream(inputStream), outputStream); + } finally { + outputStream.close(); + } + + } else { + + // non gzipped file + + newFile = new File(testDir, filename); + + FileUtils.copyInputStreamToFile( + inputStream, + newFile + ); + } + + inputFile.setFileName(filename); + inputFile.setFile(newFile); + + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("Copy file to " + newFile); + } + } finally { + inputStream.close(); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AbstractImportDataServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AbstractImportDataServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AbstractImportDataServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -23,6 +23,9 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services.importdata; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; @@ -39,8 +42,18 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseTestServiceSupport; +import fr.ifremer.echobase.services.ImportException; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AbstractImportConfiguration; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.junit.Assert; import org.nuiton.topia.TopiaException; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; +import org.nuiton.util.TimeLog; +import java.util.List; + /** * Abstrac import data test. * @@ -49,6 +62,12 @@ */ public abstract class AbstractImportDataServiceIT extends EchoBaseTestServiceSupport { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(AbstractImportDataServiceIT.class); + + public static final TimeLog TIME_LOG = new TimeLog(AbstractImportDataServiceIT.class); + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA = "/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"; public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA = "/import-data/echobase-0.3-commonData.h2.db.gz"; @@ -57,10 +76,12 @@ public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES = "/import-data/echobase-0.3-catches.h2.db.gz"; - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_ACOUSTIC = "/import-data/echobase-0.3-catches-and-acoustic.h2.db.gz"; + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_VOYAGE_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-catches-and-voyage-result.h2.db.gz"; - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_ACOUSTIC_AND_VOYAGE_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-catches-and-acoustic-and-voyage-result.h2.db.gz"; +// public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_ACOUSTIC = "/import-data/echobase-0.3-catches-and-acoustic.h2.db.gz"; +// public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_ACOUSTIC_AND_VOYAGE_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-catches-and-acoustic-and-voyage-result.h2.db.gz"; + public static final String VESSEL_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"; public static final String MISSION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"; @@ -113,9 +134,9 @@ public static final int NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES = 396990; - public static final int NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY = 8; + public static final int NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY = 68108; - public static final int NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY = 8; + public static final int NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY = 10021; public void assertImportCommonData() throws TopiaException { assertNbEntities(Voyage.class, NB_VOYAGE); @@ -141,10 +162,49 @@ assertNbEntities(Data.class, NB_DATA); } - public void assertImportVoyageResult() throws TopiaException { assertNbEntities(LengthAgeKey.class, NB_LENGTH_AGE_KEY); assertNbEntities(LengthWeightKey.class, NB_LENGTH_WEIGHT_KEY); assertNbEntities(Echotype.class, NB_ECHOTYPE); } + + protected <M extends AbstractImportConfiguration, S extends AbstractImportDataService<M>> + List<CsvFileImportResult> doImport(M conf, Class<S> serviceType, int nbResults) throws ImportException { + + long s0 = TimeLog.getTime(); + + long nbSteps = conf.computeNbSteps(); + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Nb lines to import " + nbSteps); + } + + TIME_LOG.log(s0, "prepareConfigurationSteps"); + + s0 = TimeLog.getTime(); + + S service = getService(serviceType); + + EchoBaseUser fakeUser = createFakeUser(); + + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, fakeUser); + + TIME_LOG.log(s0, "doImport"); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(nbResults, result.size()); + assertConfProgressionToEnd(conf); + + return result; + } + + protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao, + Object... properties) { + try { + E result = dao.create(properties); + return result; + } catch (TopiaException e) { + throw new EchoBaseTechnicalException("Could not create entity", e); + } + } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/AcousticDataImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -24,11 +24,14 @@ package fr.ifremer.echobase.services.importdata; import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; +import fr.ifremer.echobase.services.ImportException; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AbstractImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; import org.junit.Assert; @@ -84,16 +87,11 @@ conf.setSoundSpeedCalculationsME70("soundSpeedCalculationsME70"); conf.setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription("transceiverAcquisitionAbsorptionDescription"); - prepareInputFile(conf.getMoviesFile(), getImportPath("movies.csv")); + prepareInputFile(conf.getMoviesFile(), getImportPath("movies.csv.gz")); - AcousticDataImportService service = - getService(AcousticDataImportService.class); + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, AcousticDataImportService.class, 1); - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); assertCsvImportResult(importResult, DataAcquisition.class, NB_DATA_ACQUISITION); assertCsvImportResult(importResult, DataProcessing.class, NB_DATA_PROCESSING); @@ -103,4 +101,6 @@ assertImportAcousticDatas(); } + + } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesDataImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -28,7 +28,6 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.SampleData; import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; -import org.junit.Assert; import org.junit.Ignore; import org.junit.Test; @@ -64,20 +63,16 @@ conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), - getImportPath("totalsample.csv")); + getImportPath("totalsample.csv.gz")); prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), - getImportPath("subsample.csv")); + getImportPath("subsample.csv.gz")); prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), - getImportPath("biometrysample.csv")); + getImportPath("biometrysample.csv.gz")); - CatchesDataImportService service = - getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, - createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, CatchesDataImportService.class, 3); - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(3, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); CsvFileImportResult importResult; @@ -108,16 +103,11 @@ conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), - getImportPath("totalsample.csv")); + getImportPath("totalsample.csv.gz")); - CatchesDataImportService service = - getService(CatchesDataImportService.class); + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, CatchesDataImportService.class, 1); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, - createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, NB_SAMPLE_TOTAL); assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, NB_SAMPLE_DATA_TOTAL); @@ -137,16 +127,11 @@ conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), - getImportPath("subsample.csv")); + getImportPath("subsample.csv.gz")); - CatchesDataImportService service = - getService(CatchesDataImportService.class); + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, CatchesDataImportService.class, 1); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, - createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, NB_SAMPLE_UNSORTED); @@ -167,15 +152,11 @@ conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), - getImportPath("biometrysample.csv")); + getImportPath("biometrysample.csv.gz")); - CatchesDataImportService service = - getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, - createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, CatchesDataImportService.class, 1); - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, NB_SAMPLE_BIOMETRY); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonData2ImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonData2ImportServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonData2ImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -29,7 +29,6 @@ import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; -import org.junit.Assert; import org.junit.Test; import java.util.Iterator; @@ -47,6 +46,10 @@ return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA); } + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "commonData", filename}; + } + @Test public void doImport() throws Exception { @@ -64,20 +67,18 @@ conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); - prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); + prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv.gz")); conf.setImportMode(CommonDataImportMode.TRANSECT); - CommonDataImportService service = - getService(CommonDataImportService.class); - // let's delete every transects for (Transit transit : getEntities(Transit.class)) { transit.clearTransect(); } - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, CommonDataImportService.class, 1); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, NB_TRANSECT); @@ -85,8 +86,4 @@ assertImportCommonData(); } - protected String[] getImportPath(String filename) { - return new String[]{"/import-data", "commonData", filename}; - } - } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CommonDataImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -30,7 +30,6 @@ import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; -import org.junit.Assert; import org.junit.Test; import java.util.Iterator; @@ -50,6 +49,10 @@ IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA); } + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "commonData", filename}; + } + @Test public void doImport() throws Exception { @@ -71,20 +74,15 @@ conf.setTransitRelatedActivity("transitRelatedActivity"); conf.setVoyageDescription("voyageDescription"); - prepareInputFile(conf.getVoyageFile(), getImportPath("voyage.csv")); - prepareInputFile(conf.getTransitFile(), getImportPath("transit.csv")); - prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); + prepareInputFile(conf.getVoyageFile(), getImportPath("voyage.csv.gz")); + prepareInputFile(conf.getTransitFile(), getImportPath("transit.csv.gz")); + prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv.gz")); conf.setImportMode(CommonDataImportMode.ALL); - CommonDataImportService service = - getService(CommonDataImportService.class); + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, CommonDataImportService.class, 3); - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(3, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, NB_VOYAGE); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, NB_TRANSIT); @@ -93,8 +91,4 @@ assertImportCommonData(); } - protected String[] getImportPath(String filename) { - return new String[]{"/import-data", "commonData", filename}; - } - } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/OperationImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -29,7 +29,6 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; -import org.junit.Assert; import org.junit.Test; import java.util.Iterator; @@ -66,19 +65,15 @@ conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getOperationFile(), - getImportPath("operation.csv")); + getImportPath("operation.csv.gz")); prepareInputFile(conf.getOperationMetadataFile(), - getImportPath("operationmetadatavalue.csv")); + getImportPath("operationmetadatavalue.csv.gz")); prepareInputFile(conf.getGearMetadataFile(), - getImportPath("gearmetadatavalue.csv")); + getImportPath("gearmetadatavalue.csv.gz")); - OperationImportService service = - getService(OperationImportService.class); + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, OperationImportService.class, 3); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(3, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, NB_OPERATION); assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, NB_OPERATION_METADATAVALUE); Copied: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportServiceIT.java (from rev 410, trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduImportServiceIT.java) =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportServiceIT.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,346 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import com.google.common.collect.Collections2; +import com.google.common.collect.Sets; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; +import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.csv.AbstractImportModel; +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.csv.EchoBaseImport; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AgeCategory; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataMetadata; +import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.junit.Test; +import org.nuiton.topia.TopiaException; + +import java.io.File; +import java.io.Reader; +import java.util.List; +import java.util.Set; +import java.util.regex.Matcher; + +/** + * Test import of esdu results. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsEsduCellImportServiceIT extends AbstractImportDataServiceIT { + + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(ResultsEsduCellImportServiceIT.class); + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext( + IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_VOYAGE_RESULT); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "result", filename}; + } + + @Test + public void doImportEsduResultByEchotype() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + assertImportVoyageResult(); + + assertNoEntities(Result.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setResultLabel("resultLabel"); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE); + + prepareInputFile(conf.getAcousticByEchotypeFile(), + getImportPath("acousticResultByEchotype.csv.gz")); + + addMissingEsduCells(conf.getVoyageId(), + conf.getAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile() + ); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsEsduCellImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE); + } + + @Test + public void doImportEsduResultByEchotypeAndSpecies() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + assertImportVoyageResult(); + + assertNoEntities(Result.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setResultLabel("resultLabel"); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES_CATEGORY); + + prepareInputFile(conf.getAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile(), + getImportPath("acousticResultByEchotypeAndSpeciesCategory.csv.gz")); + + addMissingEsduCells(conf.getVoyageId(), + conf.getAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile() + ); + + //TODO Remove this when referentiel is ok + create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "SigmaSp"); + create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "RegionID"); + create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "pondBiomass"); + create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "pondAbundance"); + + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsEsduCellImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES); + } + + @Test + public void doImportEsduResultBySpeciesAndSizeCategory() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + assertImportVoyageResult(); + + assertNoEntities(Result.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setResultLabel("resultLabel"); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY); + + prepareInputFile(conf.getAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile(), + getImportPath("acousticResultBySpeciesAndSizeCategory.csv.gz")); + + addMissingEsduCells(conf.getVoyageId(), + conf.getAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile() + ); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsEsduCellImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, + NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY); + } + + @Test + public void doImportEsduResultBySpeciesAndAgeCategory() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + assertImportVoyageResult(); + + assertNoEntities(Result.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setResultLabel("resultLabel"); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY); + + prepareInputFile(conf.getAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile(), + getImportPath("acousticResultBySpeciesAndAgeCategory.csv.gz")); + + addMissingEsduCells(conf.getVoyageId(), + conf.getAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile() + ); + + //TODO Remove this when referentiel is ok + create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "N"); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsEsduCellImportService.class, 1); + + CsvFileImportResult actual = result.get(0); + assertCsvImportResult(actual, Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY); + assertCsvImportResult(actual, AgeCategory.class, 10); + } + + protected void addMissingEsduCells(String voyageId, + InputFile inputFile) throws TopiaException { + + ResultsImportService service = + getService(ResultsImportService.class); + Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, voyageId); + Transit transit; + Transect transect; + DataAcquisition dataAcquisition; + DataProcessing dataProcessing; + + if (voyage.isTransitEmpty()) { + + // create a fake transit + transit = create(getDAO(Transit.class)); + voyage.addTransit(transit); + } else { + transit = voyage.getTransit().get(0); + } + + if (transit.isTransectEmpty()) { + + // create a fake transect + transect = create(getDAO(Transect.class)); + transit.addTransect(transect); + } else { + transect = transit.getTransect().get(0); + } + + if (transect.isDataAcquisitionEmpty()) { + + // create a fake dataAcquisition + dataAcquisition = create(getDAO(DataAcquisition.class)); + transect.addDataAcquisition(dataAcquisition); + } else { + dataAcquisition = transect.getDataAcquisition().iterator().next(); + } + + if (dataAcquisition.isDataProcessingEmpty()) { + + // creates a fake dataProcessing + dataProcessing = create(getDAO(DataProcessing.class)); + dataAcquisition.addDataProcessing(dataProcessing); + } else { + dataProcessing = dataAcquisition.getDataProcessing().iterator().next(); + } + + CellDAO dao = (CellDAO) getDAO(Cell.class); + + Set<String> cellsNames; + + if (dataProcessing.isCellEmpty()) { + cellsNames = Sets.newHashSet(); + } else { + cellsNames = Sets.newHashSet(Collections2.transform( + dataProcessing.getCell(), EchoBaseFunctions.CELL_BY_NAME)); + } + + ResultEdsuImportMockImportModel csvModel = new ResultEdsuImportMockImportModel( + serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + inputFile.getFile()); + + Reader reader = service.getInputFileReader(inputFile); + try { + EchoBaseImport<ResultEdsuImportMockImportModelRow> importer = + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); + + for (ResultEdsuImportMockImportModelRow row : importer) { + + String esduCellId = row.getName(); + + if (!cellsNames.contains(esduCellId)) { + + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("Adding missing esdu cell with name " + + esduCellId); + } + + Cell cell = dao.create(Cell.PROPERTY_NAME, esduCellId); + dataProcessing.addCell(cell); + cellsNames.add(esduCellId); + } + } + + flushTransaction(); + } finally { + + + service.closeReader(reader, inputFile); + } + } + + public static class ResultEdsuImportMockImportModel extends AbstractImportModel<ResultEdsuImportMockImportModelRow> { + + public ResultEdsuImportMockImportModel(char separator, File file) { + super(separator); + + newMandatoryColumn("name"); + + String[] header = EchoBaseImport.getHeader(file, separator); + + for (String columnHeader : header) { + + if (!"name".equals(columnHeader) && + !"\"name\"".equals(columnHeader)) { + Matcher matcher = ResultsEsduCellImportService.REMOVE_DOUBLE_QUOTES_PATTERN.matcher(columnHeader); + if (matcher.matches()) { + newIgnoredColumn(matcher.group(1)); + } else { + newIgnoredColumn(columnHeader); + } + } + } + } + + @Override + public ResultEdsuImportMockImportModelRow newEmptyInstance() { + return new ResultEdsuImportMockImportModelRow(); + } + + } + + public static class ResultEdsuImportMockImportModelRow { + + protected String name; + + public String getName() { + return name; + } + + public void setName(String name) { + this.name = name; + } + } +} \ No newline at end of file Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportServiceIT.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduImportServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -1,336 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services.importdata; - -import com.google.common.base.Preconditions; -import com.google.common.collect.ImmutableMap; -import com.google.common.collect.Maps; -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; -import fr.ifremer.echobase.csv.CellValueParser; -import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataMetadata; -import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; -import org.apache.commons.io.IOUtils; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.junit.Assert; -import org.junit.Ignore; -import org.junit.Test; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.util.StringUtil; - -import java.io.IOException; -import java.io.InputStream; -import java.text.ParseException; -import java.util.Arrays; -import java.util.List; - -/** - * Test import of esdu results. - * - * @author tchemit <chemit@codelutin.com> - * @since 0.3 - */ -public class ResultsEsduImportServiceIT extends AbstractImportDataServiceIT { - - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(ResultsEsduImportServiceIT.class); - - protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext( - IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_ACOUSTIC_AND_VOYAGE_RESULT); - } - - protected String[] getImportPath(String filename) { - return new String[]{"/import-data", "result", filename}; - } - - @Test - public void doImportEsduResultByEchotype() throws Exception { - - assertImportCommonData(); - assertImportOperations(); - assertImportAcousticDatas(); - assertImportVoyageResult(); - - assertNoEntities(Result.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setResultLabel("resultLabel"); - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE); - - prepareInputFile(conf.getAcousticByEchotypeFile(), - getImportPath("acousticResultByEchotype.csv")); - - //TODO Remove this when acoustic data will be ok - addMissingEsduCells(conf); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE); - } - - @Ignore - @Test - public void doImportEsduResultByEchotypeAndSpecies() throws Exception { - - assertImportCommonData(); - assertImportOperations(); - assertImportAcousticDatas(); - assertImportVoyageResult(); - - assertNoEntities(Result.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setResultLabel("resultLabel"); - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES_CATEGORY); - - prepareInputFile(conf.getAcousticByEchotypeAndSpeciesCategoryFile(), - getImportPath("acousticResultByEchotypeAndSpeciesCategory.csv")); - - //TODO Remove this when acoustic data will be ok - addMissingEsduCells(conf); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - service.create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "SigmaSp"); - service.create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "RegionID"); - service.create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "pondBiomass"); - service.create(getDAO(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata), DataMetadata.PROPERTY_NAME, "pondAbundance"); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES); - } - - @Ignore - @Test - public void doImportEsduResultBySpeciesAndsizeCategory() throws Exception { - - assertImportCommonData(); - assertImportOperations(); - assertImportAcousticDatas(); - assertImportVoyageResult(); - - assertNoEntities(Result.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setResultLabel("resultLabel"); - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY); - - prepareInputFile(conf.getAcousticBySpeciesAndSizeCategoryFile(), - getImportPath("acousticResultBySpeciesAndSizeCategory.csv")); - - //TODO Remove this when acoustic data will be ok - addMissingEsduCells(conf); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_SIZE_CATEGORY); - } - - @Ignore - @Test - public void doImportEsduResultBySpeciesAndAgeCategory() throws Exception { - - assertImportCommonData(); - assertImportOperations(); - assertImportAcousticDatas(); - assertImportVoyageResult(); - - assertNoEntities(Result.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setResultLabel("resultLabel"); - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.ACOUSTIC_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY); - - prepareInputFile(conf.getAcousticBySpeciesAndAgeCategoryFile(), - getImportPath("acousticResultBySpeciesAndAgeCategory.csv")); - - //TODO Remove this when acoustic data will be ok - addMissingEsduCells(conf); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_SPECIES_AND_AGE_CATEGORY); - } - - @Ignore - @Test - public void doImportRegion() throws Exception { - - //TODO - - assertImportCommonData(); - assertImportOperations(); - assertImportAcousticDatas(); - assertImportVoyageResult(); - - assertNoEntities(Result.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setResultLabel("resultLabel"); - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.REGION); - - prepareInputFile(conf.getRegionsFile(), - getImportPath("regions.csv")); - prepareInputFile(conf.getRegionAssociationFile(), - getImportPath("regionAssociations.csv")); - prepareInputFile(conf.getRegionsFile(), - getImportPath("regionResults.csv")); - - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES); - } - - @Ignore - @Test - public void doImportMap() throws Exception { - - //TODO - - assertImportCommonData(); - assertImportOperations(); - assertImportAcousticDatas(); - assertImportVoyageResult(); - - assertNoEntities(Result.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setResultLabel("resultLabel"); - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.MAP); - - prepareInputFile(conf.getAcousticByEchotypeFile(), - getImportPath("acousticResultByEchotypeAndSpecies.csv")); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES); - } - - protected void addMissingEsduCells(ResultsImportConfiguration conf) throws IOException, ParseException, TopiaException { - - String resourcePath = StringUtil.join(Arrays.asList(getImportPath("missingEsdu.txt")), "/", true); - List<String> lines; - InputStream inputStream = getClass().getResourceAsStream(resourcePath); - try { - Preconditions.checkNotNull(inputStream, "Could not find resource at " + resourcePath); - lines = IOUtils.readLines(inputStream); - } finally { - inputStream.close(); - } - - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, conf.getVoyageId()); - Transit transit = voyage.getTransit().get(0); - Transect transect = transit.getTransect().get(0); - DataAcquisition dataAcquisition = transect.getDataAcquisition().iterator().next(); - DataProcessing dataProcessing = dataAcquisition.getDataProcessing().iterator().next(); - - CellDAO dao = (CellDAO) getDAO(Cell.class); - - ImmutableMap<String, Cell> cellsMap = - Maps.uniqueIndex(dataProcessing.getCell(), - EchoBaseFunctions.CELL_BY_NAME); - - for (String line : lines) { - String esduCellId = CellValueParser.reformatDate(line); - if (!cellsMap.containsKey(esduCellId)) { - - if (log.isWarnEnabled()) { - log.warn("Adding missing esdu cell with name " + esduCellId); - } - } - Cell cell = dao.create(Cell.PROPERTY_NAME, esduCellId); - dataProcessing.addCell(cell); - } - - flushTransaction(); - } -} \ No newline at end of file Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportServiceIT.java 2012-03-27 16:18:54 UTC (rev 415) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -1,176 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services.importdata; - -import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; -import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; -import org.junit.Assert; -import org.junit.Ignore; -import org.junit.Test; - -import java.util.List; - -/** - * Tests {@link ResultsImportService}. - * - * @author tchemit <chemit@codelutin.com> - * @since 0.3 - */ -public class ResultsImportServiceIT extends AbstractImportDataServiceIT { - - protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext( - IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_ACOUSTIC); - } - - protected String[] getImportPath(String filename) { - return new String[]{"/import-data", "result", filename}; - } - - @Test - public void doImportResultByVoyage() throws Exception { - assertImportCommonData(); - assertNoEntities(LengthAgeKey.class); - assertNoEntities(LengthWeightKey.class); - assertNoEntities(Echotype.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); - - prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), - getImportPath("lengthAgeKey.csv")); - prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), - getImportPath("lengthWeightKey.csv")); - prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv")); - - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(3, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, - NB_LENGTH_AGE_KEY); - assertCsvImportResult(result.get(1), LengthWeightKey.class, - NB_LENGTH_WEIGHT_KEY); - assertCsvImportResult(result.get(2), Echotype.class, - NB_ECHOTYPE); - - } - - @Ignore - @Test - public void doImportLengthAgeKey() throws Exception { - - assertImportCommonData(); - assertNoEntities(LengthAgeKey.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); - - prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), - getImportPath("lengthAgeKey.csv")); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, - NB_LENGTH_AGE_KEY); - } - - @Ignore - @Test - public void doImportLengthWeightKey() throws Exception { - - assertImportCommonData(); - assertNoEntities(LengthWeightKey.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); - - prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), - getImportPath("lengthWeightKey.csv")); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, - NB_LENGTH_WEIGHT_KEY); - } - - @Ignore - @Test - public void doImportEchotype() throws Exception { - - assertImportCommonData(); - assertNoEntities(Echotype.class); - - ResultsImportConfiguration conf = - new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setVoyageId(getVoyageId()); - conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); - - prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv")); - - ResultsImportService service = - getService(ResultsImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = - service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, - NB_ECHOTYPE); - } - -} Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportServiceIT.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsMapCellImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,59 @@ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import org.junit.Ignore; +import org.junit.Test; + +import java.util.List; + +/** + * To test the {@link ResultsMapCellImportService} service. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsMapCellImportServiceIT extends AbstractImportDataServiceIT { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext( + IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_VOYAGE_RESULT); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "result", filename}; + } + + @Ignore + @Test + public void doImportMap() throws Exception { + + //TODO + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + assertImportVoyageResult(); + + assertNoEntities(Result.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setResultLabel("resultLabel"); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.MAP); + + prepareInputFile(conf.getMapsFile(), getImportPath("maps.csv.gz")); + prepareInputFile(conf.getMapResultFile(), getImportPath("mapResult.csv.gz")); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsMapCellImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES); + } + +} \ No newline at end of file Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportServiceIT.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsRegionCellImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,63 @@ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import org.junit.Ignore; +import org.junit.Test; + +import java.util.List; + +/** + * To test the {@link ResultsRegionCellImportService} service. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsRegionCellImportServiceIT extends AbstractImportDataServiceIT { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext( + IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES_AND_VOYAGE_RESULT); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "result", filename}; + } + + @Ignore + @Test + public void doImportRegion() throws Exception { + + //TODO + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + assertImportVoyageResult(); + + assertNoEntities(Result.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setResultLabel("resultLabel"); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.REGION); + + prepareInputFile(conf.getRegionsFile(), + getImportPath("regions.csv.gz")); + prepareInputFile(conf.getRegionAssociationFile(), + getImportPath("regionAssociations.csv.gz")); + prepareInputFile(conf.getRegionsFile(), + getImportPath("regionResults.csv.gz")); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsRegionCellImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), Result.class, NB_ESDU_RESULT_BY_ECHOTYPE_AND_SPECIES); + } + +} \ No newline at end of file Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportServiceIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportServiceIT.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsVoyageImportServiceIT.java 2012-03-27 17:39:50 UTC (rev 416) @@ -0,0 +1,144 @@ +package fr.ifremer.echobase.services.importdata; + +import fr.ifremer.echobase.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.services.FakeEchoBaseServiceContext; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import org.junit.Ignore; +import org.junit.Test; + +import java.util.List; + +/** + * To test the {@link ResultsVoyageImportService} service. + * + * @author tchemit <chemit@codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsVoyageImportServiceIT extends AbstractImportDataServiceIT { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_CATCHES); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "result", filename}; + } + + @Test + public void doImportResultByVoyage() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + + assertNoEntities(LengthAgeKey.class); + assertNoEntities(LengthWeightKey.class); + assertNoEntities(Echotype.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), + getImportPath("lengthAgeKey.csv.gz")); + prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), + getImportPath("lengthWeightKey.csv.gz")); + prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv.gz")); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsVoyageImportService.class, 3); + + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, + NB_LENGTH_AGE_KEY); + assertCsvImportResult(result.get(1), LengthWeightKey.class, + NB_LENGTH_WEIGHT_KEY); + assertCsvImportResult(result.get(2), Echotype.class, + NB_ECHOTYPE); + + } + + @Ignore + @Test + public void doImportLengthAgeKey() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + + assertNoEntities(LengthAgeKey.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), + getImportPath("lengthAgeKey.csv.gz")); + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsVoyageImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, + NB_LENGTH_AGE_KEY); + } + + @Ignore + @Test + public void doImportLengthWeightKey() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + + assertNoEntities(LengthWeightKey.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), + getImportPath("lengthWeightKey.csv.gz")); + + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsVoyageImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, + NB_LENGTH_WEIGHT_KEY); + } + + @Ignore + @Test + public void doImportEchotype() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertImportSampleDatas(); + + assertNoEntities(Echotype.class); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv.gz")); + + + List<CsvFileImportResult> result = doImport( + conf, ResultsVoyageImportService.class, 1); + + assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, NB_ECHOTYPE); + } + +} \ No newline at end of file Deleted: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/biometrysample.csv =================================================================== --- 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