Author: echatellier Date: 2015-04-24 14:26:49 +0000 (Fri, 24 Apr 2015) New Revision: 234 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/234 Log: Update site Added: trunk/src/main/ trunk/src/main/resources/ trunk/src/main/resources/architecture.odg trunk/src/main/resources/architecture.png trunk/src/site/resources/downloads/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip Removed: trunk/src/site/rst/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/mainWindow.png trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst trunk/src/site/rst/v4/index.rst trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Added: trunk/src/main/resources/architecture.odg =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/main/resources/architecture.odg ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/vnd.oasis.opendocument.graphics Added: trunk/src/main/resources/architecture.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/main/resources/architecture.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + image/png Copied: trunk/src/site/resources/downloads/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip (from rev 227, trunk/src/site/rst/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip) =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/mainWindow.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/rst/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -34,59 +34,68 @@ - Le moteur de simulation +Les données et leurs persistences +--------------------------------- + .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modules.png Le domaine est d'abord décrit (modélisé) en UML. A partir de cette modélisation un générateur de code est utilisé pour la création de toutes -les classes représentant le métier. Seul les méthodes métiers ne sont pas -généré, elles sont alors écrites en héritant des classes générées. Dans -Isis-FISH le code des méthodes représente 15% du code des classes métiers et -des classes de persistence. +les classes représentant le métier. Seules les méthodes métiers ne sont pas +générées, elles sont alors écrites en héritant des classes générées. Dans +ISIS-Fish le code des méthodes représente 15% du code des classes métiers et +des classes de persistance. .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-legend.png .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modelisation.png -La persistence s'appuie sur ToPIA qui permet d'abstraire l'application des -librairie de persistence choisie. Actuellement nous utilisons Hibernate -comme OMR et H2 comme base de données embarquée. +La persistance s'appuie sur ToPIA qui permet d'abstraire l'application des +librairie de persistance choisie. Actuellement nous utilisons +`Hibernate <http://hibernate.org/orm/>`_ comme OMR et +`H2 <http://www.h2database.com/>`_ comme base de données embarquée. Des librairies ont été écrites pour la gestion des fichiers textes tel que les scripts. Toutes les données peuvent être synchronisées avec un serveur (Région, Simulation, Script) pour cela nous utilisons une librairie SVN -Java. +Java (`svnkit <http://svnkit.com/>`_). .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-persistence.png -Les intefaces utilisateurs s'appuie sur la librairie Java Swing. Pour +Les interfaces utilisateurs +--------------------------- + +Les interfaces utilisateurs s'appuient sur la librairie Java Swing. Pour simplifier l'écriture et la maintenance ainsi que pour avoir un découpage propre entre le code des interfaces et le code métier nous utilisons la librairie Jaxx qui nous permet de décrire les interfaces utilisateur en XML. L'avantage est qu'il est possible d'utiliser des fichiers CSS pour modifier -l'aspect de l'interface. Au paravant nous utilisions la librairie SwiXAT, +l'aspect de l'interface. Auparavant nous utilisions la librairie SwiXAT, l'avantage de Jaxx sur SwiXAT est qu'il est compilé et produit des fichiers Java directement réutilisable dans du code traditionnel. De nombreux composants graphiques sont utilisés dans les interfaces. -La plupart des interfaces utilisateurs ne sont pas spécifique Isis-FISH et -pourrait facilement réutilisé dans d'autre projet de simulateur. Seul les -interfaces de saisie des données du modèle métier sont spécifiques, ainsi -qu'un petit nombre d'onglet du lanceur de simulation. +La plupart des interfaces utilisateurs ne sont pas spécifiques ISIS-Fish et +pourraient facilement être réutilisées dans d'autres projets de simulateur. +Seules les interfaces de saisie des données du modèle métier sont spécifiques, +ainsi qu'un petit nombre d'onglets du lanceur de simulation. .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-interface.png +Le moteur de simulation +----------------------- -Le simulateur est lui aussi non spécifique Isis-FISH. Tout le code -spécifique Isis-FISH est en faite écrit en Script (Java) et modifiable via +Le simulateur est lui aussi non spécifique ISIS-Fish. Tout le code +spécifique ISIS-Fish est en fait écrit en Script (Java) et modifiable via les interfaces de saisie des scripts de l'application. -Les autres composants peuvent être directement réutilisé. +Les autres composants peuvent être directement réutilisés. .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-simulateur.png Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Eric Chatellier .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -23,8 +23,8 @@ .. * #L% .. - -============== -Plan d'analyse -============== +===================== +Mexico-Plan d'analyse +===================== .. image:: ../../images/devel/AnalysePlanMexico.png Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -26,9 +26,9 @@ Architecture des résultats ========================== -Depuis la version 4.1.1.2 le stockage des résultats de simulation ne se font +En version 4.1.x.x, le stockage des résultats de simulation ne se faisait plus dans la base de données mais dans un fichier binaire. Les performances -et l'utilisation mémoire en sont grandement améliorées. +et l'utilisation mémoire en étaient grandement améliorées. Les résultats sont des informations empilées au fur et à mesure du temps. Il n'y a aucune modification des résultats une fois ceux-ci enregistré. @@ -80,3 +80,11 @@ informations dont il a besoin pour se recharger en mettant toujours un mark particulier avant d'enregistrer ces informations. +Problème +-------- + +Ce mécanisme utilisant les fichiers mappés, Windows n'arrivait pas toujours à +effectuer l'adressage mémoire de ce fichier. +De plus, suite à l'utilisation des matrices creuse, et de grands volumes de +données, les matrices sont maintenants stockées en fichier textes dans un +stockages optimisé pour les matrices. Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -27,9 +27,9 @@ ========================= * `Architecture globale`_ -* `Architecture Mexico-Plan d analyse`_ +* `Architecture Mexico-Plan d'analyse`_ * `Architecture des résultats`_ .. _Architecture globale: architecture.html -.. _Architecture Mexico-Plan d analyse: architectureMexico.html +.. _Architecture Mexico-Plan d'analyse: architectureMexico.html .. _Architecture des résultats: architectureResult.html \ No newline at end of file Modified: trunk/src/site/rst/v4/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -33,7 +33,7 @@ * `Changements version 4.0`_ * `Migration 3.x vers 4.0`_ * `Tutoriaux`_ -* `Manuel developpeur`_ +* `Manuel développeur`_ * `Documentation des APIs`_ * `Exemples de scripts ISIS`_ * `Exemples de scripts R`_ @@ -44,7 +44,7 @@ .. _Manuel utilisateur: user/usermanual.html .. _Tutoriaux: user/tutorials.html .. _FAQ: user/FAQ.html -.. _Manuel developpeur: devel/index.html +.. _Manuel développeur: devel/index.html .. _Documentation des APIs: user/API.html .. _Exemples de scripts ISIS: user/scripts.html .. _Exemples de scripts R: user/scriptsR.html Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -33,15 +33,15 @@ La numérotation suit le schéma suivant: - * un premier numéro qui donne la version majeur d'Isis si on a 3.1.3 la version - est 3, si on a 4.0.0 la version est 4. - * le deuxième donne la version de base de données dans cette version majeur. si - on a 3.1.3 cela veut dire qu'on est a la version 1 des données et dans 4.0.0 - qu'on est à la version 0. - * le troisième numéro représente la version des scripts - (isis-fish-4/isis-database) à utiliser - * le dernier numéro représente la version mineur dans 3.1.3.1 le numéro mineur - est 1 +* un premier numéro qui donne la version majeur d'Isis si on a 3.1.3 la version + est 3, si on a 4.0.0 la version est 4. +* le deuxième donne la version de base de données dans cette version majeur. si + on a 3.1.3 cela veut dire qu'on est a la version 1 des données et dans 4.0.0 + qu'on est à la version 0. +* le troisième numéro représente la version des scripts + (isis-fish-4/isis-database) à utiliser +* le dernier numéro représente la version mineur dans 3.1.3.1 le numéro mineur + est 1 Lorsque l'on a déjà IsisFish en place on peut utiliser n'importe quelle version d'Isis du moment que le numéro majeur, de base et de script sont les mêmes que @@ -213,14 +213,14 @@ trip types : - * durée de marée en heures - * temps minimal entre deux marées : inutilisé +* durée de marée en heures +* temps minimal entre deux marées : inutilisé vessel type - * durée max de marée : inutilisée - * vitesse en km/h - * intervalle d activité : inutilisé +* durée max de marée : inutilisée +* vitesse en km/h +* intervalle d activité : inutilisé Entrer le mois d'application d'une règle de gestion dans l'interface de lancement de Simulation ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -359,16 +359,16 @@ Impact de la taille d'une AMP si l'amp est incluse dans la zone pop - * Si une seule zone pop Zpop - * Si Zg incluse dans Zpop - * Si le métier impactant la pop est distribué sur Zmet=Zpop - * Si le métier réalloue son effort sur la zone restante : Zmet-Zg=Z1, +* Si une seule zone pop Zpop +* Si Zg incluse dans Zpop +* Si le métier impactant la pop est distribué sur Zmet=Zpop +* Si le métier réalloue son effort sur la zone restante : Zmet-Zg=Z1:: -N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-F(met)/(F(met)+M/12)exp(-F(met)+M/12)*N(Zpop,t), N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z1/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z2/Zpop, + N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-F(met)/(F(met)+M/12)exp(-F(met)+M/12)*N(Zpop,t), N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z1/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z2/Zpop, - * Si Zg grandit (par exemple nZg=kZg), F(met) ne change pas, les effectifs +* Si Zg grandit (par exemple nZg=kZg), F(met) ne change pas, les effectifs:: -N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-{F(met)/(F(met)+M/12)*exp(-F(met)+M/12)}* N(Zpop,t) N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*[Zpop-kZg]/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*kZg/Zpop, + N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-{F(met)/(F(met)+M/12)*exp(-F(met)+M/12)}* N(Zpop,t) N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*[Zpop-kZg]/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*kZg/Zpop, **ie qu’avec une modélisation de la zone de distribution de la pop en une seule zone (ie pas d’hétérogénéité entre la partie de la zone pop dans l’amp et l’autre), un changement de taille de la zone ne peut pas avoir d’impact** @@ -389,8 +389,8 @@ capture CR(str, met, grp) sont calculés indépendamment pour chaque zone pop mais identiques, on a donc - * zone pop 1 : E -> F -> CR - * zone pop 2 : E -> F -> CR +* zone pop 1 : E -> F -> CR +* zone pop 2 : E -> F -> CR et les captures seront B1*CR + B2*CR = (B1+B2)*CR @@ -427,12 +427,10 @@ Lors d'une simulation, le premier pas de temps est particulier, et tous les événements se déroulant habituellement en janvier n'arrivent pas forcement : - * la migration a lieu - * le changement de classe n'a pas lieu - * le recrutement a lieu +* la migration a lieu +* le changement de classe n'a pas lieu +* le recrutement a lieu -FIXME ca sera modifié ??? - :-( Attention en entrant les effectifs initiaux et les résultats de janvier de l'année 0 ne sont pas comparables à ceux des autres années de simulation. @@ -461,12 +459,12 @@ L'erreur la plus probable provient d'une configuration incomplète de R pour ISIS-Fish. -Vous devez avoir la version 2.9.0 de R. +Vous devez avoir la version 3.1.0 de R. Pour Windows, vous devez configurer deux variables d'environnements : - * `R_HOME` à C:\Program Files\R\R-2.9.2 - * `PATH` doit contenir : `%R_HOME%\bin` +* `R_HOME` à C:\Program Files\R\R-3.1.0 +* `PATH` doit contenir : `%R_HOME%\bin` Trucs et astuces ---------------- @@ -490,7 +488,7 @@ En java, tout est typé. Ce qui est fait dans l'opération précédente, c'est une division euclidienne, 41 et 1000 étant des entiers. Pour avoir le résultat d'une -division "classique", il faudrait faire 41.0/1000.O, les deux nombres étant des +division "classique", il faudrait faire 41.0/1000.0, les deux nombres étant des nombres à virgule (que ce soit double ou float), le résultat sera un nombre à virgule (double ou float). @@ -498,7 +496,7 @@ plus grande précision. Par exemple, une opération entre deux entiers donnera un entier, entre deux doubles un double, mais entre un entier et un double, le résultat sera un double. Vous pouvez avoir plus d'info par ici : -http://www.siteduzero.com/tutoriel-3-10276-les-variables-et-les-operateurs.h... +http://openclassrooms.com/courses/apprenez-a-programmer-en-java/les-variable... Comment je fait une exponentielle (ou tout autre fonction mathématique "évoluée") ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2014 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -30,11 +30,11 @@ --------------- Afin de pouvoir faire tourner ISIS-Fish sur votre machine, il est -nécessaire d'avoir au moins la version *1.7* de Java d'installée. Il est +nécessaire d'avoir au moins la version *1.8* de Java d'installée. Il est possible de connaître la version actuellement installée sur votre ordinateur en tapant dans une commande DOS : «java -version». Si vous aboutissez à un message d'erreur, cela signifie que Java n'est pas -installé. Si la version installée est antérieure à la version 1.7 ou +installé. Si la version installée est antérieure à la version 1.8 ou que Java n'est pas installé, vous devez télécharger la dernière version de Java SE Development Kit (JDK). Ceci peut se faire directement à cette adresse : http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html @@ -69,14 +69,14 @@ Par défaut ISIS-Fish peut allouer au maximum 1Go de Ram pour son utilisation. Si votre région contient de très nombreux métiers, stratégies et populations vous pouvez devoir augmenter cette valeur -pour cela éditez le fichier *isis-fish.bat* ou *isis-fish.sh* suivant votre +pour cela éditez le fichier *isisfish.bat* ou *isisfish.sh* suivant votre plateforme (Windows, Unix/Linux). Par défaut les fichiers de lancement redirigent les sorties vers un fichier ``debug.txt``. Si jamais un problème se produit durant l'utilisation d'ISIS-Fish ce fichier peut vous permettre de comprendre plus simplement le problème. Si vous faites appel aux mailing-lists pour -demander de l'aide, il vous sera demander de joindre ce fichier à votre demande. +demander de l'aide, il vous sera demandé de joindre ce fichier à votre demande. Lancer ISIS-Fish sous windows ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -92,7 +92,7 @@ compréhensible. Si vous ne pouvez comprendre ce message, envoyez le sur la liste utilisateur (voir partie Contact-Assistance_ ) -.. _Contact-Assistance: ../contact.html +.. _Contact-Assistance: ../../contact.html Lancer ISIS-Fish sous Unix/Linux ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -100,14 +100,14 @@ Placez-vous dans le répertoire contenant le fichier isis-fish.sh et exécutez le avec:: - ./isis-fish.sh + ./isisfish.sh Option de la ligne de commande ------------------------------ Il est possible de passer des paramètres à la ligne de commande par exemple:: - ./isis-fish.sh --help + ./isisfish.sh --help l'option ``--help`` permet d'afficher la liste des options disponibles Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -38,6 +38,8 @@ <src>images/ifremer.png</src> </bannerRight> + <poweredBy /> + <body> <breadcrumbs> Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -38,6 +38,8 @@ <src>images/ifremer.png</src> </bannerRight> + <poweredBy /> + <body> <breadcrumbs> @@ -72,8 +74,6 @@ <menu name="ISIS-Fish Documentation"> <item name="Documentation" href="v4/index.html" /> <item name="Installation" href="v4/user/installation.html"/> - <item name="Changements" href="v4/user/changements40.html"/> - <item name="Migration" href="v4/user/migrationv3v4.html"/> <item name="Manuel utilisateur" href="v4/user/usermanual.html" collapse="true"> <item name="Introduction" href="v4/user/usermanual/introduction.html"/> <item name="Interface utilisateur" href="v4/user/usermanual/GUI.html">