#!/bin/bash
#PBS -N ISIS_WestMed2022_calibr
#PBS -q mpi
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -l select=4:ncpus=28:mpiprocs=14:mem=100g
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -o debugPBS.log

# ATTENTION: j’utilise BASH pour créer des raccourcis en tant que fonctions,
# tandis que CSH ne permet pas de les créer.
# Donc ce script ne peut pas être réécrire pour CSH

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# aller dans le bon dossier
cd $PBS_O_WORKDIR

# exécutable ISIS
export ISIS_BIN=$HOME/Programs/isis-fish-4.4.7.2/isis-fish-4.4.7.2.jar

# simulation blanche de base (must be an absolute path)
export SIMUL_FILE=$PBS_O_WORKDIR/mySimul.zip

# nom simulation
export SIMUL_NAME=mySimul

# endroit où sauvegardés les exports de la simul (pour utiliser dans R)
export SIMUL_PATH=$DATAWORK/myISISdb/isis-database/simulations/$SIMUL_NAME

# shortcut to call ISIS from R
myIsis () {
	rm -rf $SIMUL_PATH # supprimer simulation précédent
	java -Xmx1024M -jar $ISIS_BIN --simulateWithSimulation $SIMUL_NAME $SIMUL_FILE
}

export -f myIsis
rm -rf RUN_$SIMUL_NAME

###############################################################################

echo job id: $PBS_JOBID
echo job name: $PBS_JOBNAME
yes '' | sed 2q

echo job submitted: $(qstat -f $PBS_JOBID | grep qtime) $(date +'%Z')
echo job started: $(qstat -f $PBS_JOBID | grep stime) $(date +'%Z')
echo current dir: $(pwd)
echo originating queue: $PBS_O_QUEUE
echo executing queue: $PBS_QUEUE
echo current machine: $PBS_O_HOST
echo how many cores: $NCPUS
yes '' | sed 2q

. /usr/share/Modules/3.2.10/init/sh
module purge
module load R
module list

# repo de Nicolas avec des mises à jour régulières
export R_LIBS_USER=/home1/datawork/nbarrier/libs/R/lib

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# shortcut to call R from PBS
myR () {
	mpiexec -np $NCPUS /appli/R/3.6.3-intel-cc-17.0.2.174/lib64/R/library/snow/RMPISNOW $@
}

time myR --no-restore --no-save -q -f calibr_run.R >& debugR.log
# shouldn’t use --vanilla because errors don’t stop execution