package analyseplans;
import static org.codelutin.i18n.I18n._;
import org.apache.commons.logging.Log;
import org.apache.commons.logging.LogFactory;
import scripts.ResultName;
import java.io.*;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.Writer;
import java.util.*;
import java.util.Arrays;
import java.util.Collection;
import java.util.Collections;
import java.util.HashMap;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.Properties;
import org.codelutin.math.matrix.*;
import org.codelutin.util.*;
import org.codelutin.topia.*;
import fr.ifremer.isisfish.*;
import fr.ifremer.isisfish.types.*;
import fr.ifremer.isisfish.rule.Rule;
import fr.ifremer.isisfish.rule.RuleHelper;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
/*
* PlanAnalyse.java
*
* Created: 6 juin 2007
*
* @author sl
* @version $Revision: 3.1.3 $
*
* Last update: $Date: 2008/12/01 09:29:18 $
* by : $Author: sl $
*/
/**
* Le principe est d'avoir dans un repertoire un fichier matrix.txt et un
* fichier par parametre. Si le parametre s'appelle tac, le fichier sera tac.txt
*
* Les fichiers pour les parametres de type double sont de la forme
*
* -1=0.8
* 1=1.2
*
*
* Les fichiers pour les parametres de type String sont de la forme
*
* -1=L'equation ecrite sur une seul ligne
* 1=une autre equation toujours sur une ligne
*
*
* Les fichiers pour les parametres de type Rule sont de la forme
*
-1=Cantonnement
rule.-1.parameter.gear=fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#11690286646709\#0.5814158398678262
rule.-1.parameter.zone=fr.ifremer.isisfish.entities.Zone\#11690286645767\#0.37798185123822536
rule.-1.parameter.beginDate=0
rule.-1.parameter.endDate=119
rule.-1.parameter.enginSelectivite=false
rule.-1.parameter.beginMonth=8
rule.-1.parameter.endMonth=11
1=Cantonnement
rule.1.parameter.gear=fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#11690286646709\#0.5814158398678262
rule.1.parameter.zone=fr.ifremer.isisfish.entities.Zone\#11690286645767\#0.37798185123822536
rule.1.parameter.beginDate=0
rule.1.parameter.endDate=119
rule.1.parameter.enginSelectivite=false
rule.1.parameter.beginMonth=3
rule.1.parameter.endMonth=11
*
*/
public class PlanAnalyse implements AnalysePlan {
/** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
static private Log log = LogFactory.getLog(PlanAnalyse.class);
/// On rentre ici le nom des fichiers ��� lire c'est ��� dire ceux contenant la matrice d'exp���rience et
/// pour chaque param���tre les valeurs du param���tres correspondant ��� chaque modalit���
/// Les param���tres ��� modifier sont ici les bornes des classes de longueur (growth), ///la capturabilit���, la selectivit��� et les param���tres de l'AMP.
static private final String MATRIX = "matrix"; /// Le fichier est donc matrix.txt
static private final String CATCHABILITY = "capturabilite";
static private final String NATURALDEATHRATE = "mortalitenaturelle";
/// Ici figure les param���tres du plan qui apparaitront dans l'interface de lancement de simulation et
/// qu on peut ���ventuellement modifier avant de lancer le plan :
public int param_parameterNumber = 4; /// ce param���tre n'est normalement pas modifi���
public int param_first = 0; /// on utilise ce param���tre pour indiquer ��� quelle ligne
/// de la matrice on doit commencer ��� faire tourner les simulations au cas o��� on ait d��� interompre le plan
public int param_simulationNumber = 16;/// ce param���tre n'est normalement pas modifi���
public String param_directory = "Analyse_sensibilite"; /// Il s'agit du chemin vers le dossier
///contenant les fichier de matrice et param���tres, par d���faut le repertoire du go.bat
/// donc dans ce cas c'est le dossier Exemple_repertory qui est dans le dossier contenant le go.bat
/// D���claration de la matrice d'exp���rience
private MatrixND matrix = null;
/// Non utilis��� pour ce script mais ��� ne pas effacer
public String [] necessaryResult = {
// put here all necessary result for this rule
// example:
// ResultName.MATRIX_BIOMASS,
// ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
};
public String[] getNecessaryResult() {
return this.necessaryResult;
}
/**
* Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan.
* @return L'aide ou la description du plan
*/
public String getDescription() throws Exception {
return _("r�alise les exp�riences d'un plan complet pour 2 parametres et 2 modalit�s");
}
/**
* Appel��� au d���marrage de la simulation, cette m���thode permet d'initialiser
* des valeurs
* @param simulation La simulation pour lequel on utilise ce plan
*/
public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception {
/// Cr���ation de la matrice d'exp���rience et chargement :
File dir = new File(param_directory);
File csvFile = new File(dir, MATRIX + ".txt");
log.info("CSV file is : " + csvFile.getAbsolutePath());
if(!csvFile.exists()) {
log.warn("File doesn't exists");
}
matrix = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{param_simulationNumber, param_parameterNumber});
matrix.importCSV(new FileReader(csvFile), new int[]{0,0});
matrix.setSemantics(1, Arrays.asList(new String[]{CATCHABILITY, NATURALDEATHRATE}));
System.out.println("matrice d exp :"+matrix);
/// System.out.println("amp 0 : "+ matrix.getValue(0,AMP));
/// ajout des regles qui sont modifi���es par le plan
/// context.getParam().addExtraRules("Cantonnement");
}
/// Cr���ation des m���thodes qui r���ccup���re dans la matrice la modalit��� du param���tre pour l'exp���rience en cours
/// Les arguments des m���thodes sont le nom du fichier et le num���ro de la simulation
/// (On d���termine l'exp���rience en cours et donc la ligne de la matrice en sommant le num���ro de la simulation et le param_first)
/// pour un double
/**
* @param name le nom de l'element a recuperer
* @param simulation le numero de la simulation
* @return
*/
private double getDouble(String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
int ligne = simulation + param_first;
int mod = (int)matrix.getValue(ligne, name);
System.out.println("double : mod et ligne : "+ mod+" "+ligne);
double result = Double.parseDouble(prop.getProperty(""+mod));
System.out.println("result : "+ result);
return result;
}
/// pour une liste de doubles
/**
* @param name le nom de l'element a recuperer
* @param simulation le numero de la simulation
* @return
*/
private double [] getList(String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
int ligne = simulation + param_first;
int mod = (int)matrix.getValue(ligne, name);
System.out.println("list : mod et ligne : "+ mod+" "+ligne);
double [] result = StringUtil.toArrayDouble(prop.getProperty(""+mod).split(";")); // ""+ ca construit une chaine de caractere
return result;
System.out.println("result : "+ result);
}
/// pour une chaine de characteres (equation)
/**
* @param name le nom de l'element a recuperer
* @param simulation le numero de la simulation
* @return
*/
private String getString(String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
int ligne = simulation + param_first;
int mod = (int)matrix.getValue(ligne , name);
String result = prop.getProperty(""+mod);
return result;
}
/// pour les param���tres d'une r���gle de gestion
/**
* @param name le nom de l'element a recuperer
* @param simulation le numero de la simulation
* @return
*/
private Rule getRule(RegionStorage regionStorage, String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name+".txt"))));
int ligne = simulation + param_first;
int mod = (int)matrix.getValue(ligne , name);
String ruleName = prop.getProperty(""+mod);
RuleStorage ruleStorage = RuleStorage.getRule(ruleName);
Rule rule = ruleStorage.getNewRuleInstance();
RuleHelper.populateRule(mod, regionStorage, rule, prop);
return rule;
}
/**
* Call before each simulation
* @param context plan context
* @param nextSimulation storage used for next simulation
* @return true if we must do next simulation, false to stop plan
* @throws Exception
*/
public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception {
int simNum = context.getNumber();
if (simNum + param_first < param_simulationNumber) { /// On v���rifie qu'il reste des exp���riences ��� faire
/// On utilise les m���thodes cr���es pour r���cup���rer les valeurs des modalit���s pour l'exp���rience en cours
// double [] croissance = getList (VBGF, simNum);
double capturabilite = getDouble (CATCHABILITY, simNum);
//String selectivity = getString (SELECTIVITY, simNum);
String mortalitenaturelle = getString(NATURALDEATHRATE, simNum);
//Rule amp = getRule(context.getParam().getRegion(), AMP, simNum);
/// On peut afficher des informations dans les logs
// nextSimulation.getInformation().addInformation("Growth ("+context.getNumber()+")= " + croissance);
// nextSimulation.getInformation().addInformation("Selectivity ("+context.getNumber()+")= " + selectivity);
/// Il faut maintenant modifier la valeur des param���tres dans la base de donn���es et les param���tres des r���gle de la simulation
/// modif les parametres des regles de gestion :
// on enleve la regle de la simulation pass��� (elle est stoqu���e sous le nom LastAMP)
// List paramRules = nextSimulation.getParameter().getRules();
// paramRules.remove(context.getValue("lastAMP"));
// on nomme la regle que l'on va ajouter LastAMP (pour pouvoir la retrouver a la simulation suivante)
// context.setValue("lastAMP", amp);
// on ajoute la regle ��� la simulation
// paramRules.add(amp);
/// modif les parametres dans la base de donn���es :
TopiaContext tx = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();
/// On r���cup���re les objets ISIS a modifier dans la base de donn���es
PopulationDAO popDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(tx);
Population pop = popDAO.findByName("test population");
List groups = pop.getPopulationGroup();
GearDAO gearDAO = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(tx);
List gears = gearDAO.findAll();
///modif borne des classes de taille
/// On remplace les bornes par les ���l���ments de la liste
// for (PopulationGroup group : groups) {
// System.out.println("group:"+group.getId());
// group.setMinLength(croissance[group.getId()]) ;
// group.setMaxLength(croissance[group.getId()+1]) ;
// System.out.println("min:"+croissance[group.getId()]+" max:"+croissance[group.getId()+1]);
// }
/// modif la capturabilit���
/// On modifie la valeur de la base en la multipliant par la valeur contenue dans la modalit���
MatrixND c = pop.getCapturability();
for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();){
i.next();
i.setValue(i.getValue()* capturabilite);
System.out.println("cat "+capturabilite);
}
/// modif la mortalit�� naturelle
/// On remplace l'equation existante par une autre equation
MatrixND mn = pop.getNaturalDeathRate();
for (MatrixIterator i = mn.iterator(); i.hasNext();) {
i.next();
i.setValue(i.getValue()*mortalitenaturelle);
System.out.println("cat" +mortalitenaturelle);
}
// for (Gear gear : gears) {
// NaturalDeathRate sel = gear.getPopulationNaturalDeathRate(pop);
// Equation eq = sel.getEquation();
// eq.setContent(mortalitenaturelle);
//System.out.println(mortalitenaturelle);
// }
/// modif selectivit���
/// On remplace l'equation existante par une autre equation
// for (Gear gear : gears) {
// Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop);
// Equation eq = sel.getEquation();
// eq.setContent(selectivity);
//System.out.println(selectivity);
// }
tx.commitTransaction();
return true;
} else {
return false;
}
}
/**
* Call after each simulation
* @param context plan context
* @param nextSimulation storage used for next simulation
* @return true if we must do next simulation, false to stop plan
* @throws Exception
*/
public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage lastSimulation) throws Exception {
return true;
}
}