Probleme de lancement d'analyse de sensibilite (sous 3.3.0.5)
Bonjour, Malheureusement, je crois qu'il va y avoir beaucoup de messages de ma part dans les prochains temps... Le site web fonctionne de nouveau et j'ai downloadé la version 3.3.0.5 qui fonctionne (je peux l'ouvrir et faire des simulations). Par contre quand j'essaye de faire une analyse de sensibilité simple (juste 2 tailles de maille de filet différentes pour tester), ISIS se ferme (même problème que la version 3.3.0.3 quand j'avais essayé de faire une analyse de sensibilité). Aucun fichier debug n'apparait. Peut-être j'oublie de sélectionner quelque chose. Ma démarche est la suivante : Dans l'onglet Paramètre : - Sélection d'une ancienne simulation - Je nomme mon analyse de sensibilité - J'ai un nombre d'année définie pour la simulation (5 ans) - J'ai une stratégie, une population et une règle (InterdictionEnginPreSimu : pas graballnet de mars a avril) sélectionnés - La matrice de population initiale et les paramètres de règles sont remplis Dans l'onglet Analyse de sensibilité : - je veux tester mon paramètre d'engin donc je lui donne 2 valeurs possible, 137 et 144. Je sauve et le facteur a modifier apparait a gauche sous le dossier « Facteurs » Dans l'onglet Méthode de la sensibilité : - je choisi une Méthode (SensitivityCalculatorJavaExpandGrid) , qui a une valeur par défaut de 2 - j'ajoute un export (SensitivitySpawningBiomassY2.java) et je sélectionne ma population Dans l'onglet Export des résultats: - je sélectionne tout Dans l'onglet Choix des résultats : - je sélectionne tout Dans l'onglet Paramètres avancés: - Je ne touche a rien Dans l'onglet Analyse des résultats : - ben vide pour l'instant mais j'aimerai bien le remplir... Je reviens a l'onglet Paramètres, je lance la simulation, ISIS réfléchi 1 seconde....et se ferme. Qu'est-ce-que je fais de faux ?! Merci d'avance ! Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre@utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************
Le 06/08/2010 07:52, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
Malheureusement, je crois qu’il va y avoir beaucoup de messages de ma part dans les prochains temps…
Le site web fonctionne de nouveau et j’ai downloadé la version 3.3.0.5 qui fonctionne (je peux l’ouvrir et faire des simulations). Par contre quand j’essaye de faire une analyse de sensibilité simple (juste 2 tailles de maille de filet différentes pour tester), ISIS se ferme (même problème que la version 3.3.0.3 quand j’avais essayé de faire une analyse de sensibilité). Aucun fichier debug n’apparait.
Peut-être j’oublie de sélectionner quelque chose. Ma démarche est la suivante :
Dans l’onglet Paramètre :
- Sélection d’une ancienne simulation
- Je nomme mon analyse de sensibilité
- J’ai un nombre d’année définie pour la simulation (5 ans)
- J’ai une stratégie, une population et une règle (InterdictionEnginPreSimu : pas graballnet de mars a avril) sélectionnés
- La matrice de population initiale et les paramètres de règles sont remplis
Dans l’onglet Analyse de sensibilité :
- je veux tester mon paramètre d’engin donc je lui donne 2 valeurs possible, 137 et 144. Je sauve et le facteur a modifier apparait a gauche sous le dossier « Facteurs »
Dans l’onglet Méthode de la sensibilité :
- je choisi une Méthode (SensitivityCalculatorJavaExpandGrid) , qui a une valeur par défaut de 2
- j’ajoute un export (SensitivitySpawningBiomassY2.java) et je sélectionne ma population
Dans l’onglet Export des résultats:
- je sélectionne tout
Dans l’onglet Choix des résultats :
- je sélectionne tout
Dans l’onglet Paramètres avancés:
- Je ne touche a rien
Dans l’onglet Analyse des résultats :
- ben vide pour l’instant mais j’aimerai bien le remplir…
Je reviens a l’onglet Paramètres, je lance la simulation, ISIS réfléchi 1 seconde….et se ferme.
Qu’est-ce-que je fais de faux ?! Merci d’avance !
Bonjour, Vous n'avez sans doute pas R ou R n'est pas configuré pour Isis. La configuration est expliquée dans la faq : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c... -- Éric<chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
Re-bonjour, Il semblerait le programme eclipse (équivalent de NetBeans) pose quelques problèmes, en particulier perturbe l'accès de ISIS a java. J'ai JDE6 et JDK6 sur l'ordi. Jusqu'à présent, je ne pouvais démarrer ISIS qu'en utilisant le "isis-fish.jar" mais pas le "go.bat" (il ne se passait rien). Le go.bat a été modifie (voir go_bat.txt attache) pour le dirige vers JRE6 et je peux lancer ISIS du go.bat, mais plus du isis-fish.jar (le programme s'allume et s'éteint de suite)... Ce qui me fait penser qu'il y a encore un hic quelque part. J'ai viré eclipse mais ca n'a pas résolu le fait que ca ne démarre plus avec isis-fish.jar Mes problèmes de lancement d'analyse de sensibilité ne sont pas complètement résolus non plus. J'ai obtenu la version R 2.9.2 (j'en avais une autre sur l'ordinateur), elle est maintenant en défaut et configurée comme sur dans la FAQ. Si je lance une analyse de sensibilité avec 2 valeurs différentes pour la taille de filet par exemple: - les 2 simulations démarrent simultanément mais la première finit avant la seconde et du coup, la seconde simulation s'arrête aussi, sans avoir fini. - Les 2 simulations (la terminée et la seconde non finie) apparaissent toute les 2 dans le menu déroulant de la fenêtre "Résultats" mais sont vides et je ne peux visualiser aucun résultat. - Je ne peux pas me débarrasser de ces simulations (même celle qui est officiellement terminée, elle ne bascule pas sur le bas de l'écran). Si j'essaye de les arrêter en appuyant sur le bouton "Arrêter la simulation", elles s'affichent comme arrêtées mais restent quand même dans la partie supérieure de l'écran. Si j'éteins et redémarre ISIS, les simulations sont toujours la, sans Etat, ISIS semble garder ces simulations en mémoire et les accumuler. Je dois les supprimer manuellement dans la fenêtre "Résultats". J'ai attache le debug (qui me parait très long...) Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Friday, 6 August 2010 5:33 PM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Probleme de lancement d'analyse de sensibilite (sous 3.3.0.5) Le 06/08/2010 07:52, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
Malheureusement, je crois qu'il va y avoir beaucoup de messages de ma part dans les prochains temps.
Le site web fonctionne de nouveau et j'ai downloadé la version 3.3.0.5 qui fonctionne (je peux l'ouvrir et faire des simulations). Par contre quand j'essaye de faire une analyse de sensibilité simple (juste 2 tailles de maille de filet différentes pour tester), ISIS se ferme (même problème que la version 3.3.0.3 quand j'avais essayé de faire une analyse de sensibilité). Aucun fichier debug n'apparait.
Peut-être j'oublie de sélectionner quelque chose. Ma démarche est la suivante :
Dans l'onglet Paramètre :
- Sélection d'une ancienne simulation
- Je nomme mon analyse de sensibilité
- J'ai un nombre d'année définie pour la simulation (5 ans)
- J'ai une stratégie, une population et une règle (InterdictionEnginPreSimu : pas graballnet de mars a avril) sélectionnés
- La matrice de population initiale et les paramètres de règles sont remplis
Dans l'onglet Analyse de sensibilité :
- je veux tester mon paramètre d'engin donc je lui donne 2 valeurs possible, 137 et 144. Je sauve et le facteur a modifier apparait a gauche sous le dossier « Facteurs »
Dans l'onglet Méthode de la sensibilité :
- je choisi une Méthode (SensitivityCalculatorJavaExpandGrid) , qui a une valeur par défaut de 2
- j'ajoute un export (SensitivitySpawningBiomassY2.java) et je sélectionne ma population
Dans l'onglet Export des résultats:
- je sélectionne tout
Dans l'onglet Choix des résultats :
- je sélectionne tout
Dans l'onglet Paramètres avancés:
- Je ne touche a rien
Dans l'onglet Analyse des résultats :
- ben vide pour l'instant mais j'aimerai bien le remplir.
Je reviens a l'onglet Paramètres, je lance la simulation, ISIS réfléchi 1 seconde..et se ferme.
Qu'est-ce-que je fais de faux ?! Merci d'avance !
Bonjour, Vous n'avez sans doute pas R ou R n'est pas configuré pour Isis. La configuration est expliquée dans la faq : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c... -- Éric<chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Le 10/08/2010 06:08, Jessica Andre a écrit :
Re-bonjour,
Il semblerait le programme eclipse (équivalent de NetBeans) pose quelques problèmes, en particulier perturbe l'accès de ISIS a java. J'ai JDE6 et JDK6 sur l'ordi. Jusqu'à présent, je ne pouvais démarrer ISIS qu'en utilisant le "isis-fish.jar" mais pas le "go.bat" (il ne se passait rien). Le go.bat a été modifie (voir go_bat.txt attache) pour le dirige vers JRE6 et je peux lancer ISIS du go.bat, mais plus du isis-fish.jar (le programme s'allume et s'éteint de suite)... Ce qui me fait penser qu'il y a encore un hic quelque part. J'ai viré eclipse mais ca n'a pas résolu le fait que ca ne démarre plus avec isis-fish.jar
Si tu lances isis avec le isis-fish.jar, tu ne pourras pas faire d'analyses de sensibilité. Le go.bat est là pour donner des informations sur la configuration R et java, qui sont différentes sur Windows et Linux. Sinon, tu pourrais me dire ce que donnes la commande java -version ? Le problème n'est pas eclipse mais la version de java par défaut d'après moi.
Mes problèmes de lancement d'analyse de sensibilité ne sont pas complètement résolus non plus. J'ai obtenu la version R 2.9.2 (j'en avais une autre sur l'ordinateur), elle est maintenant en défaut et configurée comme sur dans la FAQ. Si je lance une analyse de sensibilité avec 2 valeurs différentes pour la taille de filet par exemple:
- les 2 simulations démarrent simultanément mais la première finit avant la seconde et du coup, la seconde simulation s'arrête aussi, sans avoir fini.
Les deux simulations sont terminées d'après le debug.
- Les 2 simulations (la terminée et la seconde non finie) apparaissent toute les 2 dans le menu déroulant de la fenêtre "Résultats" mais sont vides et je ne peux visualiser aucun résultat. - Je ne peux pas me débarrasser de ces simulations (même celle qui est officiellement terminée, elle ne bascule pas sur le bas de l'écran). Si j'essaye de les arrêter en appuyant sur le bouton "Arrêter la simulation", elles s'affichent comme arrêtées mais restent quand même dans la partie supérieure de l'écran. Si j'éteins et redémarre ISIS, les simulations sont toujours la, sans Etat, ISIS semble garder ces simulations en mémoire et les accumuler. Je dois les supprimer manuellement dans la fenêtre "Résultats".
Le problème semble ne pas venir de l'analyse de sensibilité mais des simulations elles-mêmes. A priori il n'arrive pas à les relire. Peux-tu essayer de relancer la même analyse de sensibilité sur 1 année (pour aller plus vite) et nous dire ce qui se passe ? Je viens de faire exactement la même chose que toi sur la base Golphe de Gascogne sans problèmes. Jean
Salut Jean, Java -version donne "1.3.1_01" Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition (build 1.3.1_01) Jave HotSpot(TM) Client VM (build 1.3.1_01, mixed mode) J'ai changé (ou plutôt Klaas, notre modélisateur résident, a changé...) la version java défaut sur 1.6 J'ai relance la simulation sur une année seulement, et c'est pareil, la première simulation se termine en Décembre (mais je peux pas visualiser les résultats), la seconde s'arrête en Septembre. Le debug est en PJ. Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Jean Couteau Sent: Tuesday, 10 August 2010 7:08 PM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Probleme de lancement d'analyse de sensibilite (sous 3.3.0.5) Le 10/08/2010 06:08, Jessica Andre a écrit :
Re-bonjour,
Il semblerait le programme eclipse (équivalent de NetBeans) pose quelques problèmes, en particulier perturbe l'accès de ISIS a java. J'ai JDE6 et JDK6 sur l'ordi. Jusqu'à présent, je ne pouvais démarrer ISIS qu'en utilisant le "isis-fish.jar" mais pas le "go.bat" (il ne se passait rien). Le go.bat a été modifie (voir go_bat.txt attache) pour le dirige vers JRE6 et je peux lancer ISIS du go.bat, mais plus du isis-fish.jar (le programme s'allume et s'éteint de suite)... Ce qui me fait penser qu'il y a encore un hic quelque part. J'ai viré eclipse mais ca n'a pas résolu le fait que ca ne démarre plus avec isis-fish.jar
Si tu lances isis avec le isis-fish.jar, tu ne pourras pas faire d'analyses de sensibilité. Le go.bat est là pour donner des informations sur la configuration R et java, qui sont différentes sur Windows et Linux. Sinon, tu pourrais me dire ce que donnes la commande java -version ? Le problème n'est pas eclipse mais la version de java par défaut d'après moi.
Mes problèmes de lancement d'analyse de sensibilité ne sont pas complètement résolus non plus. J'ai obtenu la version R 2.9.2 (j'en avais une autre sur l'ordinateur), elle est maintenant en défaut et configurée comme sur dans la FAQ. Si je lance une analyse de sensibilité avec 2 valeurs différentes pour la taille de filet par exemple:
- les 2 simulations démarrent simultanément mais la première finit avant la seconde et du coup, la seconde simulation s'arrête aussi, sans avoir fini.
Les deux simulations sont terminées d'après le debug.
- Les 2 simulations (la terminée et la seconde non finie) apparaissent toute les 2 dans le menu déroulant de la fenêtre "Résultats" mais sont vides et je ne peux visualiser aucun résultat. - Je ne peux pas me débarrasser de ces simulations (même celle qui est officiellement terminée, elle ne bascule pas sur le bas de l'écran). Si j'essaye de les arrêter en appuyant sur le bouton "Arrêter la simulation", elles s'affichent comme arrêtées mais restent quand même dans la partie supérieure de l'écran. Si j'éteins et redémarre ISIS, les simulations sont toujours la, sans Etat, ISIS semble garder ces simulations en mémoire et les accumuler. Je dois les supprimer manuellement dans la fenêtre "Résultats".
Le problème semble ne pas venir de l'analyse de sensibilité mais des simulations elles-mêmes. A priori il n'arrive pas à les relire. Peux-tu essayer de relancer la même analyse de sensibilité sur 1 année (pour aller plus vite) et nous dire ce qui se passe ? Je viens de faire exactement la même chose que toi sur la base Golphe de Gascogne sans problèmes. Jean _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Le 11/08/2010 03:39, Jessica Andre a écrit :
Salut Jean,
Java -version donne "1.3.1_01" Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition (build 1.3.1_01) Jave HotSpot(TM) Client VM (build 1.3.1_01, mixed mode)
J'ai changé (ou plutôt Klaas, notre modélisateur résident, a changé...) la version java défaut sur 1.6
J'ai relance la simulation sur une année seulement, et c'est pareil, la première simulation se termine en Décembre (mais je peux pas visualiser les résultats), la seconde s'arrête en Septembre. Le debug est en PJ.
Merci d'avance!
Ok, donc a priori, je pense que le compilateur 1.3 a du mettre son grain de sel là dedans. Peux-tu vider le répertoire isis-build avant de lancer isis et regarder si toute ta région s'affiche bien dans l'éditeur de région (tu as bien toutes les zones d'affichées,...) ? Si tu lances une simu seule, arrives-tu à voir les résultats ? Peux-tu m'envoyer ta région que j'essaie ici ? Jean
Salut, J'ai vidé le répertoire isis-build avant de lancer isis et la région s'affiche bien, avec toutes mes zones. J'ai relance une analyse de sensibilité sur 1 an, et ca marche maintenant, les simulations se terminent et je peux les visualiser dans les résultats. C'est pas trop mal pour un lundi matin... Merci! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Jean Couteau Sent: Saturday, 14 August 2010 1:20 AM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Probleme de lancement d'analyse de sensibilite (sous 3.3.0.5) Le 11/08/2010 03:39, Jessica Andre a écrit :
Salut Jean,
Java -version donne "1.3.1_01" Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition (build 1.3.1_01) Jave HotSpot(TM) Client VM (build 1.3.1_01, mixed mode)
J'ai changé (ou plutôt Klaas, notre modélisateur résident, a changé...) la version java défaut sur 1.6
J'ai relance la simulation sur une année seulement, et c'est pareil, la première simulation se termine en Décembre (mais je peux pas visualiser les résultats), la seconde s'arrête en Septembre. Le debug est en PJ.
Merci d'avance!
Ok, donc a priori, je pense que le compilateur 1.3 a du mettre son grain de sel là dedans. Peux-tu vider le répertoire isis-build avant de lancer isis et regarder si toute ta région s'affiche bien dans l'éditeur de région (tu as bien toutes les zones d'affichées,...) ? Si tu lances une simu seule, arrives-tu à voir les résultats ? Peux-tu m'envoyer ta région que j'essaie ici ? Jean _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
participants (3)
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Eric Chatellier -
Jean Couteau -
Jessica Andre