Retrouver les fichiers d'export des simus sous Caparmor
Bonjour tout le monde, je n'arrive pas à retrouver les résultats des simus quand je les lance sur Caparmor, sauf si je les sauve manuellement en cvs à partir de la fenêtre de résultats. Lorsque je les fait en local, pas de soucis, les fichiers csv se mettent dans isis-export (comme défini dans l'onglet export de résultats), par contre, lorsque je les lance avec Caparmor, je ne retrouve pas ces fichiers. Dois-je ajouter également une ligne dans les scripts d'export scp -r drocklin at caparmor:isis-fish-3.2.0/Résultats/cygdrive/c/ISIS-FISH/retourCaparmor comme Sigrid l'a signalé la dernière fois ? Merci, Delph
Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Bonjour tout le monde,
je n'arrive pas à retrouver les résultats des simus quand je les lance sur Caparmor, sauf si je les sauve manuellement en cvs à partir de la fenêtre de résultats. Lorsque je les fait en local, pas de soucis, les fichiers csv se mettent dans isis-export (comme défini dans l'onglet export de résultats), par contre, lorsque je les lance avec Caparmor, je ne retrouve pas ces fichiers. Normalement, le isis installé sur caparmor fait les simulations et les exports en fin de simulation. Il les enregistre dans le dossier "resultExports" de la simulation.
Puis votre Isis recupere les simulations et copie les exports du dossier "simulations/sim_<identidiant>/resultExports" vers le dossier "isis-export/sim_<identidiant>" Avez vous des exports dans le dossier "resultExports" ?
Dois-je ajouter également une ligne dans les scripts d'export scp -r drocklin at caparmor:isis-fish-3.2.0/Résultats/cygdrive/c/ISIS-FISH/retourCaparmor comme Sigrid l'a signalé la dernière fois ? Je ne connaît pas ce script d'export. Normalement il n'y a pas besoin de se connecter en ssh pour récupérer les résultats.
-- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
Bonjour Eric, bonjour à tous, et bien justement je n'ai pas de dossier resultExports dans mon dossier "simulations", mais juste un dossier "Exports" dans lesquels ne se trouvent que les fichiers .class et .java....et aucun csv. Je ne retrouve pas non plus ma simu dans le dossier isis-export, elle n'apparaît pas. J'ai l'impression qu'il n'y a que les simus que j'ai faites tourner en sous-processus. Merci Delph Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Bonjour tout le monde,
je n'arrive pas à retrouver les résultats des simus quand je les lance sur Caparmor, sauf si je les sauve manuellement en cvs à partir de la fenêtre de résultats. Lorsque je les fait en local, pas de soucis, les fichiers csv se mettent dans isis-export (comme défini dans l'onglet export de résultats), par contre, lorsque je les lance avec Caparmor, je ne retrouve pas ces fichiers. Normalement, le isis installé sur caparmor fait les simulations et les exports en fin de simulation. Il les enregistre dans le dossier "resultExports" de la simulation.
Puis votre Isis recupere les simulations et copie les exports du dossier "simulations/sim_<identidiant>/resultExports" vers le dossier "isis-export/sim_<identidiant>"
Avez vous des exports dans le dossier "resultExports" ?
Dois-je ajouter également une ligne dans les scripts d'export scp -r drocklin at caparmor:isis-fish-3.2.0/Résultats/cygdrive/c/ISIS-FISH/retourCaparmor comme Sigrid l'a signalé la dernière fois ? Je ne connaît pas ce script d'export. Normalement il n'y a pas besoin de se connecter en ssh pour récupérer les résultats.
-- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
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Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Bonjour Eric, bonjour à tous,
et bien justement je n'ai pas de dossier resultExports dans mon dossier "simulations", mais juste un dossier "Exports" dans lesquels ne se trouvent que les fichiers .class et .java....et aucun csv. Je ne retrouve pas non plus ma simu dans le dossier isis-export, elle n'apparaît pas. J'ai l'impression qu'il n'y a que les simus que j'ai faites tourner en sous-processus. En fait, il y a une erreur mémoire à la fin de la simulation (lorsqu'il essaye de fermer la base de données résultat):
Exception in thread "SimThread sim_sim_Sans r�gles de gestion_2009-11-10-15-47_2009-11-10-17-35" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at org.codelutin.math.matrix.BasicMatrix.linearToCoordinates(BasicMatrix.java:188) at org.codelutin.math.matrix.BasicMatrix$BasicMatrixIteratorImpl.getCoordinates(BasicMatrix.java:328) at org.codelutin.math.matrix.MatrixIteratorImpl.getCoordinates(MatrixIteratorImpl.java:59) at org.codelutin.math.matrix.AbstractMatrixND.equalsValues(AbstractMatrixND.java:411) at org.codelutin.math.matrix.AbstractMatrixND.equals(AbstractMatrixND.java:366) at org.codelutin.math.matrix.AbstractMatrixND.equals(AbstractMatrixND.java:358) at fr.ifremer.isisfish.types.hibernate.MatrixType.equals(MatrixType.java:328) at org.hibernate.type.CompositeCustomType.isEqual(CompositeCustomType.java:175) at org.hibernate.type.AbstractType.isSame(AbstractType.java:128) at org.hibernate.type.AbstractType.isDirty(AbstractType.java:94) at org.hibernate.type.CompositeCustomType.isDirty(CompositeCustomType.java:291) at org.hibernate.type.TypeFactory.findDirty(TypeFactory.java:619) at org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.findDirty(AbstractEntityPersister.java:3151) at org.hibernate.event.def.DefaultFlushEntityEventListener.dirtyCheck(DefaultFlushEntityEventListener.java:501) at org.hibernate.event.def.DefaultFlushEntityEventListener.isUpdateNecessary(DefaultFlushEntityEventListener.java:227) at org.hibernate.event.def.DefaultFlushEntityEventListener.onFlushEntity(DefaultFlushEntityEventListener.java:150) at org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.flushEntities(AbstractFlushingEventListener.java:219) at org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.flushEverythingToExecutions(AbstractFlushingEventListener.java:99) at org.hibernate.event.def.DefaultFlushEventListener.onFlush(DefaultFlushEventListener.java:49) at org.hibernate.impl.SessionImpl.flush(SessionImpl.java:1027) at org.codelutin.topia.framework.TopiaContextImpl.commitTransaction(TopiaContextImpl.java:721) at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext.closeDBResult(SimulationContext.java:134) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:438) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) Je fait des essais en modifiant les options de lancement des simulations. -- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
Eric Chatellier a écrit :
Je fait des essais en modifiant les options de lancement des simulations.
J'ai augmenté la mémoire à 2Go pour tous les jobs tournant sur caparmor. (ce qui correspond à la limite pour le jdk version 32bits). -- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
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