Lire le fichier R.Data d'une analyse de sensibilité
Salut les ISISiens, petit souci. J'ai fait tourner une AS Morris et j'ai donc obtenu un R.Data. Cependant je n'arrive pas à le lire sous TinnR. Je ne comprends pas, je le load en donnant à R le chemin pour trouver le fichier R.Data. Ca semble fonctionner Par contre, qd je lance la commande as_AS_EtatInitial_201001051913_0.SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse (en enlevant bien les tirets entre les dates / heures, comme dit dans la page internet d'ISIS), ben là, il me répond que l'objet est introuvable... Comment ça se fait? Je suis sûre que ce n'est qu'un grossier oubli de qqch de ma part, mais bon... Merci Delph
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Par contre, qd je lance la commande as_AS_EtatInitial_201001051913_0.SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse (en enlevant bien les tirets entre les dates / heures, comme dit dans la page internet d'ISIS), ben là, il me répond que l'objet est introuvable...
Tu peux faire un ls() pour avoir la liste de tous tes objets, comme ça tu auras le nom exact :D.
j'avais fait le ls(), et il me dit bien que j'ai SensitivityBiomassY3...je crois qu'il bloque surtout au niveau du nom de la simu...pourtant, il faut bien enlever tous les "-", c'est ça ? Et les espaces ? (j'avais un espace ds le nom de ma simu (pas bien), je l'ai supprimé, c'est peut-être le pb ? Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Par contre, qd je lance la commande as_AS_EtatInitial_201001051913_0.SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse (en enlevant bien les tirets entre les dates / heures, comme dit dans la page internet d'ISIS), ben là, il me répond que l'objet est introuvable...
Tu peux faire un ls() pour avoir la liste de tous tes objets, comme ça tu auras le nom exact :D. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
j'avais fait le ls(), et il me dit bien que j'ai SensitivityBiomassY3...je crois qu'il bloque surtout au niveau du nom de la simu...pourtant, il faut bien enlever tous les "-", c'est ça ? Et les espaces ? (j'avais un espace ds le nom de ma simu (pas bien), je l'ai supprimé, c'est peut-être le pb ? Reprend le nom que tu as dans le ls(), il devrait être bon. Sinon, tu
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote: peux envoyer le Rdata ?
Hello je n'ai pas de nom de fichier qui apparaît dans le ls()...ci-joint le RData, ce sera plus simple certainement !! Merci delph Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
j'avais fait le ls(), et il me dit bien que j'ai SensitivityBiomassY3...je crois qu'il bloque surtout au niveau du nom de la simu...pourtant, il faut bien enlever tous les "-", c'est ça ? Et les espaces ? (j'avais un espace ds le nom de ma simu (pas bien), je l'ai supprimé, c'est peut-être le pb ? Reprend le nom que tu as dans le ls(), il devrait être bon. Sinon, tu peux envoyer le Rdata ?
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Version 2.9.2.... c'est louche.... Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Hello je n'ai pas de nom de fichier qui apparaît dans le ls()...ci-joint le RData, ce sera plus simple certainement !! Merci delph Je ne peux pas lire ton fichier, tu utilises quelle version de R ?
Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Pas de bonne raison que ça ne fonctionne pas alors mon RData ? Je viens de regarder les fichiers SensitivityBiomassY3 et SensitivityCaptureWeightY1, et je n'ai qu'une valeur dedans. C'est normal, non ? Il s'agit bien de la valeur prise par la variable la dernière année ou le dernier pas de temps ? Par contre, tantr que j'y suis, quelle est la différence entre BiomassReference, BiomassRelative, BiomassRelativeReference...y a-t-il un document expliquant cela ? Je ne l'ai pas trouvé.. Merci Delph Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Version 2.9.2....
c'est louche....
Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Hello je n'ai pas de nom de fichier qui apparaît dans le ls()...ci-joint le RData, ce sera plus simple certainement !! Merci delph Je ne peux pas lire ton fichier, tu utilises quelle version de R ?
Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Pas de bonne raison que ça ne fonctionne pas alors mon RData ? Je viens de regarder les fichiers SensitivityBiomassY3 et SensitivityCaptureWeightY1, et je n'ai qu'une valeur dedans. C'est normal, non ?
Oui oui c'est normal
Il s'agit bien de la valeur prise par la variable la dernière année ou le dernier pas de temps ? Par contre, tantr que j'y suis, quelle est la différence entre BiomassReference, BiomassRelative, BiomassRelativeReference...y a-t-il un document expliquant cela ? Je ne l'ai pas trouvé.. J'étais persuadé de l'avoir mis sur le wiki mais a priori non. J'ai pas le document sous la main, je te l'envoie et je le met sur le wiki dès que je l'ai. Brièvement :
quand tu as un nom qui contient relative, c'est un rapport entre la dernière année et la première ou le dernier pas de temps et le dernier pas de temps de la première année. quand tu as un nom qui contient référence, c'est un rapport avec une simulation de référence (que tu as du faire avant de lancer l'AS et que tu renseignes dans les paramètres de l'AS) (bien sur ça compare la même chose donc BiomassRelativeReference est un rapport entre le rapport de biomasse du dernier pas de temps et du dernier pas de temps de la première année pour la simulation de l'AS et la même mesure pour la simulation de référence). C'est compréhensible ?
Version 2.9.2....
c'est louche....
Effectivement, j'ai exactement la même version mais R me met : load("as_AS_Etat initial_2010-01-05-19-13.RData") Erreur dans load("as_AS_Etat initial_2010-01-05-19-13.RData") : ReadItem : type inconnu 127, peut-être écrit avec une version ultérieure de R ?
Jean Couteau wrote:
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Il s'agit bien de la valeur prise par la variable la dernière année ou le dernier pas de temps ? Par contre, tantr que j'y suis, quelle est la différence entre BiomassReference, BiomassRelative, BiomassRelativeReference...y a-t-il un document expliquant cela ? Je ne l'ai pas trouvé.. J'étais persuadé de l'avoir mis sur le wiki mais a priori non. J'ai pas le document sous la main, je te l'envoie et je le met sur le wiki dès que je l'ai.
Sinon sur le site de Mexico : http://www.reseau-mexico.fr/node/84
OK j'attends le doc avec impatience ! merci pour les explications, c'est plus clair par contre, ça ne règle tjrs pas mon pb de RData...bizarre bizarre..bon, j'essaye de l'ouvrir sur l'ordi où j'ai fait tourner les simus, on verra ce que ça donne.... La suite au prochain épisode... Delph Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Pas de bonne raison que ça ne fonctionne pas alors mon RData ? Je viens de regarder les fichiers SensitivityBiomassY3 et SensitivityCaptureWeightY1, et je n'ai qu'une valeur dedans. C'est normal, non ?
Oui oui c'est normal
Il s'agit bien de la valeur prise par la variable la dernière année ou le dernier pas de temps ? Par contre, tantr que j'y suis, quelle est la différence entre BiomassReference, BiomassRelative, BiomassRelativeReference...y a-t-il un document expliquant cela ? Je ne l'ai pas trouvé.. J'étais persuadé de l'avoir mis sur le wiki mais a priori non. J'ai pas le document sous la main, je te l'envoie et je le met sur le wiki dès que je l'ai. Brièvement :
quand tu as un nom qui contient relative, c'est un rapport entre la dernière année et la première ou le dernier pas de temps et le dernier pas de temps de la première année.
quand tu as un nom qui contient référence, c'est un rapport avec une simulation de référence (que tu as du faire avant de lancer l'AS et que tu renseignes dans les paramètres de l'AS) (bien sur ça compare la même chose donc BiomassRelativeReference est un rapport entre le rapport de biomasse du dernier pas de temps et du dernier pas de temps de la première année pour la simulation de l'AS et la même mesure pour la simulation de référence).
C'est compréhensible ?
Version 2.9.2....
c'est louche....
Effectivement, j'ai exactement la même version mais R me met :
load("as_AS_Etat initial_2010-01-05-19-13.RData") Erreur dans load("as_AS_Etat initial_2010-01-05-19-13.RData") : ReadItem : type inconnu 127, peut-être écrit avec une version ultérieure de R ? _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Non, ça ne fonctionne tjrs pas...c'est ennuyeux tout de même ! Chez moi, il trouve le chemin du fichier, par contre, c'est lorsque je lui ajoute .SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse qu'il chipote...il me marque : "symbole inattendu..." Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
OK j'attends le doc avec impatience ! merci pour les explications, c'est plus clair par contre, ça ne règle tjrs pas mon pb de RData...bizarre bizarre..bon, j'essaye de l'ouvrir sur l'ordi où j'ai fait tourner les simus, on verra ce que ça donne.... La suite au prochain épisode... Delph
Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Pas de bonne raison que ça ne fonctionne pas alors mon RData ? Je viens de regarder les fichiers SensitivityBiomassY3 et SensitivityCaptureWeightY1, et je n'ai qu'une valeur dedans. C'est normal, non ?
Oui oui c'est normal
Il s'agit bien de la valeur prise par la variable la dernière année ou le dernier pas de temps ? Par contre, tantr que j'y suis, quelle est la différence entre BiomassReference, BiomassRelative, BiomassRelativeReference...y a-t-il un document expliquant cela ? Je ne l'ai pas trouvé.. J'étais persuadé de l'avoir mis sur le wiki mais a priori non. J'ai pas le document sous la main, je te l'envoie et je le met sur le wiki dès que je l'ai. Brièvement :
quand tu as un nom qui contient relative, c'est un rapport entre la dernière année et la première ou le dernier pas de temps et le dernier pas de temps de la première année.
quand tu as un nom qui contient référence, c'est un rapport avec une simulation de référence (que tu as du faire avant de lancer l'AS et que tu renseignes dans les paramètres de l'AS) (bien sur ça compare la même chose donc BiomassRelativeReference est un rapport entre le rapport de biomasse du dernier pas de temps et du dernier pas de temps de la première année pour la simulation de l'AS et la même mesure pour la simulation de référence).
C'est compréhensible ?
Version 2.9.2....
c'est louche....
Effectivement, j'ai exactement la même version mais R me met :
load("as_AS_Etat initial_2010-01-05-19-13.RData") Erreur dans load("as_AS_Etat initial_2010-01-05-19-13.RData") : ReadItem : type inconnu 127, peut-être écrit avec une version ultérieure de R ? _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Non, ça ne fonctionne tjrs pas...c'est ennuyeux tout de même ! Chez moi, il trouve le chemin du fichier, par contre, c'est lorsque je lui ajoute .SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse qu'il chipote...il me marque : "symbole inattendu..."
Qu'est-ce que tu fais exactement ? moi mon load() ne passe déjà pas :( ça a été testé sur une version 2.9.2 et 2.10.1, même problème. Il y a un espace dans le nom du coup on a renommé le RData pour essayer sans espace, ça marche toujours pas. Si tu peux l'ouvrir, tu peux essayer de le réenregistrer sous un autre nom sans espace et nous renvoyer le fichier qu'on essaie ? Jean
bon ce que je vais faire c'est essayer de relancer une AS en faisant bien attention de ne pas mettre d'espace dans le nom, ça m'apprendra ! Je vais en faire une sur un court terme, pour avoir les résultats rapidement, et vérifier si ça fonctionne.. A plus ! Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Non, ça ne fonctionne tjrs pas...c'est ennuyeux tout de même ! Chez moi, il trouve le chemin du fichier, par contre, c'est lorsque je lui ajoute .SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse qu'il chipote...il me marque : "symbole inattendu..."
Qu'est-ce que tu fais exactement ?
moi mon load() ne passe déjà pas :( ça a été testé sur une version 2.9.2 et 2.10.1, même problème. Il y a un espace dans le nom du coup on a renommé le RData pour essayer sans espace, ça marche toujours pas.
Si tu peux l'ouvrir, tu peux essayer de le réenregistrer sous un autre nom sans espace et nous renvoyer le fichier qu'on essaie ?
Jean _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Bon ben c'était bien un pb d'espace dans le nom de l'analyse.....je l'ai relancée et ça fonctionne ! Grrrrr Bonne soirée Delph Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Non, ça ne fonctionne tjrs pas...c'est ennuyeux tout de même ! Chez moi, il trouve le chemin du fichier, par contre, c'est lorsque je lui ajoute .SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse qu'il chipote...il me marque : "symbole inattendu..."
Qu'est-ce que tu fais exactement ?
moi mon load() ne passe déjà pas :( ça a été testé sur une version 2.9.2 et 2.10.1, même problème. Il y a un espace dans le nom du coup on a renommé le RData pour essayer sans espace, ça marche toujours pas.
Si tu peux l'ouvrir, tu peux essayer de le réenregistrer sous un autre nom sans espace et nous renvoyer le fichier qu'on essaie ?
Jean _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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