Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration
Re! Si je comprends bien j'ai 2 options: 1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non? 2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as envoyé. J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur: cannot find symbol symbol : class Metier location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder = new int[4]; J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela est-il dû? J'ai dû rater quelque chose! De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour les comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il s'agisse du même métier. Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta@ifremer.fr Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04 À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration Re-hello, En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais si tu veux quand meme les extraire, d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs noms par exemple : List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1) int[] indexMetagarder = new int[4]; for(Metier m : listmet){ if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] = listmet.indexOf(m); else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] = listmet.indexOf(m); etc... } ensuite extraire la sous matrice: MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy(); A++ Bastien Preuss <Bastien.Preuss@ird.fr> a écrit :
Bonjour,
Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration.
Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne capturent pas lespèce en cours de calibration.
La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, mais le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! :
/////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289
/////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface
/////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow :
/////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas
/////*** b = indice of the first object considered
/////*** c = number of object to keep after b, b included
//MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5
Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés les métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil ne soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ?
Merci de votre aide.
Bastien
Bastien Preuss
Doctorant (PhD Student)
IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie
101 Promenade Roger Laroque
BP A5
98848 Noumea cedex
New-Caledonia
Tel: (+687) 260 723
P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Hello, je pense que je n'avais pas compris ce que tu fais. Quelle est ta fonction objectif? somme sur les pas de temps ((CatchObs(t) - CatchSimule(t))^2) ou somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t, metier) - CatchSimule (t,metier))^2) ? l option 2, n'est ce pas? desolee j ai ete longue a la comprenette. Dans ce cas en effet, il faut s assurer que les metiers correspondent. le plus propre c est de creer les "semantics" pour ta matrice de debarquements observes. semantics c'est les coordonnées en termes d'objet plutot qu'en terme d'indice. par ex pour aller chercher la valeur dans la matrice a la premiere ligne deuxieme colonne qui correspond a la date d et au metier m au lieu de faire mamatrice[1,2] tu lui donne les objets en indices: mamatrice[Date d,Metier m]. // Dans init // reccup la liste des metiers List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); // creer la liste des metiers de ton fichier de debarq observes // tu rentres la liste de tes metiers dans l ordre de ton fichier d'import String[] metiersNomsNous = new String[]{"Espagnols", "BolincheProfil2lan", "BolincheProfil2nord","Autre"}; List<Metier> metiersNous = new ArrayList<Metier>(); for(String metiersNomCurrent : metiersNomsNous){ for (Metier met : metiers){ if(met.getName().equals(metiersNomCurrent)){ metiersNous.add(met); }}} //creer la liste des dates //si par ex tes simu ont 60 pas de temps (60 trimestres,60 mois...) List<Date> dates = new ArrayList <Date>(); for (int i=0; i < 60; i++) { dates.add(new Date (i)); } // creation de la matrice en specifiant ses semantics plutot que sa taille MatrixND matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create( new List[]{dates,metiersNous}); matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new int []{0,0}); // Puis dans la partie ou tu compares : for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){ g.next(); Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); double obs = matrixDebarquement.getValue(sem); //etc.. } si tu ne veux pas t embeter avec les metiers qui ne capturent rien, ne les mets pas dans ta matrice d import. Puis on va faire la boucle sur les elements de matrixDebarquement plutot que sur les elements de L,comme ca tu n as pas besoin d'extraire de L les metiers qui ne capturent pas. for ( MatrixIterator g = matrixDebarquement.iterator(); g.hasNext();){ g.next(); Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); double obs = g.getValue(); double sim = L.getValue(sem); etc.. } Enfin pour l erreur ajoute cette ligne aux imports en debut de script import fr.ifremer.isisfish.entities.*; Bon courage Bastien Preuss <Bastien.Preuss@ird.fr> a écrit :
Re!
Si je comprends bien j'ai 2 options:
1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non?
2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as envoyé.
J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur: cannot find symbol symbol : class Metier location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder = new int[4];
J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela est-il dû? J'ai dû rater quelque chose!
De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour les comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il s'agisse du même métier.
Merci.
Bastien
-----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta@ifremer.fr Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04 À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration
Re-hello,
En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais si tu veux quand meme les extraire,
d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs noms par exemple : List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1) int[] indexMetagarder = new int[4]; for(Metier m : listmet){ if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] = listmet.indexOf(m); else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] = listmet.indexOf(m); etc... }
ensuite extraire la sous matrice: MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy();
A++
Bastien Preuss <Bastien.Preuss@ird.fr> a écrit :
Bonjour,
Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration.
Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne capturent pas lespèce en cours de calibration.
La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, mais le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! :
/////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289
/////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface
/////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow :
/////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas
/////*** b = indice of the first object considered
/////*** c = number of object to keep after b, b included
//MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5
Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés les métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil ne soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ?
Merci de votre aide.
Bastien
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