New subject: [Isis-fish-users] Plan d'analyse Selectivité

7 Jul 2011

merci beaucoup !
A bientôt !
Camille

Le 7 juillet 2011 11:41, Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a
écrit :

> Tu n'es pas obligée mais c'est plus simple d'autant qu'il y a deja des
> exemples de scripts avec ce format.
> Pour l'instant tu n'as pas de nouvelles courbes de selectivite pour la
> langoustine. Donc deux choix
> tu recopies la courbe de la base les 7 fois; ou tu modifies le script pour
> que ça colle avec une matrice une colonne.
> Je prefererais la premiere solution car ensuite on aura des courbes de
> selectivite pour la langoustine.
> Voici un script à compiler et à tester.
> je t'ai mis le fichier matrix + un debut de fichier selectiviteMerlu. ce
> dernier est à finir de remplir + mettre les valeurs a1, b1 ....
> A+
>
> stephanie
>
> camille de la Vega a écrit :
>
>> Ok. Je ne pensais pas que j'avais besoin de passer par des fichiers .txt
>> obligatoirement.
>>
>> Et pour les sélectivités des langoustines, je n'ai pas de courbes de
>> sélectivité à tester pour l'instant. Si les sélectivités ne change pas,
>> est-il nécessaire de créer un fichier "selectivité langoustine" ? Si oui ça
>> veut dire que je mettrais 7 fois (si j'ai 7 courbes à tester pour le merlu)
>> la même equation de sélectivité langoustine dans le fichier "langoustine" ?
>>
>>
>>  Le 7 juillet 2011 11:01, Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr<mailto:
>> Stephanie.Mahevas@**ifremer.fr <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr>>> a écrit :
>>
>>
>>
>>    Bonjour Camille
>>
>>    ca ne me semble pas correct comme maniere d'ecrire le plan.
>>    Si tu vas à sur le site d'ISIS
>>    (http://isis-fish.labs.libre-**entreprise.org/wiki-moin/**
>> instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/**usermanual/tuto/PlanAnalyse?**
>> action=AttachFile&do=view&**target=Exemple_PlanAnalyse.**java<http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/usermanual/tuto/PlanAnalyse?action=AttachFile&do=view&target=Exemple_PlanAnalyse.java>
>>    <http://isis-fish.labs.libre-**entreprise.org/wiki-moin/**
>> instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/**usermanual/tuto/PlanAnalyse?**
>> action=AttachFile&do=view&**target=Exemple_PlanAnalyse.**java<http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/usermanual/tuto/PlanAnalyse?action=AttachFile&do=view&target=Exemple_PlanAnalyse.java>
>> >)
>>    tu verras comment proceder.
>>    1. il te faudrait deux fichiers de parametres :
>>    selectiviteLangoustine.txt et selectiviteMerlu.txt
>>    chacun de ces fichiers doit contenir autant de lignes qu'il y a de
>>    courbes à tester (et le meme nombre pour les 2 fichiers)
>>    1 = "equationselectivite1"
>>    2= "equationselectivite2"
>>    ...
>>    2. tu construis un fichier matrix.txt avec 2 colonnes
>>    (selectiviteLangoustine et selectiviteMerlu) et n lignes (le
>>    nombre de courbes à tester)
>>    1;1
>>    2;2
>>    ...
>>    n;n
>>    3. tu suis les instructions pour que dans la boucle tu reaffactes
>>    la courbe de selectivite pour chaque population et chaque engin
>>    concerné
>>
>>    je te prepare un essai de script
>>    stephanie
>>
>>    camille de la Vega a écrit :
>>
>>        Bonjour,
>>         Je voudrais faire un plan d'analyse pour faire plusieurs
>>        simulations à la suite avec chacune une sélectivité différente
>>        pour les engins "chalut". J'ai 7 sélectivités à tester. Je
>>        vous envoie mon script qui ne compile pas.
>>         Merci !!
>>         Camille
>>        ------------------------------**------------------------------**
>> ------------
>>
>>        ______________________________**_________________
>>        Isis-fish-users mailing list
>>        Isis-fish-users@list.isis-**fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>
>>        <mailto:Isis-fish-users@list.**isis-fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>>
>>
>>
>>        http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**
>> fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users>
>>
>>
>>    --     ..............................**..............................*
>> *..........
>>    Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr
>>    <mailto:Stephanie.Mahevas@**ifremer.fr <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr>>)
>>
>>
>>    IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique)  Tel: (33) 2
>>    40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75          o   \ o /  _ o         __|
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> ..............................**..............................**..........
>
>
> 0 = "Math.exp(a1+b1*group.getLength())/(1+Math.exp((a1)+b1*
> group.getLength()))"
> 1= "Math.exp(a2+b2*group.getLength())/(1+Math.exp((a2)+b2*
> group.getLength())); "
>
> A COMPLETER
>
> 0;0
> 1;1
> 2;2
> 3;3
> 4;4
> 5;5
> 6;6
> /*
>  * Copyright (C) 2011 Camille
>  *
>  * This program is free software; you can redistribute it and/or
>  * modify it under the terms of the GNU General Public License
>  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
>  * of the License, or (at your option) any later version.
>  *
>  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
>  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
>  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
>  * GNU General Public License for more details.
>  *
>  * You should have received a copy of the GNU General Public License
>  * along with this program; if not, write to the Free Software
>  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307,
> USA.
>  */
>
> package analyseplans;
>
> import static org.nuiton.i18n.I18n._;
>
> import org.apache.commons.logging.Log;
> import org.apache.commons.logging.LogFactory;
>
> import scripts.ResultName;
>
> import java.io.Writer;
> import org.nuiton.math.matrix.*;
> import org.nuiton.util.*;
> import org.nuiton.topia.*;
>
> import fr.ifremer.isisfish.util.Doc;
> import fr.ifremer.isisfish.*;
> import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
> import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
> import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
> import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan;
> import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext;
> import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter;
> import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
> import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
>
> /**
>  * SELECTIVITY.java
>  *
>  * Created: 27 juin 2011
>  *
>  * @author Camille <user.name@vcs.hostName>
>  * @version $Revision: 1545 $
>  * Last update: $Date: 27 juin 2011 $
>  * by : $Author: Camille $
>  */
> public class SELECTIVITY implements AnalysePlan {
>
>    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
>    private static Log log = LogFactory.getLog(SELECTIVITY.class);
>
>    static private final String MATRIXSELECTIVITE = "matrixSelectivite"; ///
> Le fichier est donc matrixSelectivite.txt
>    static private final String SELECTIVITYMERLU = "selectivityMerlu";
>    static private final String SELECTIVITYLANGOUSTINE =
> "selectivityLangoustine";
>
>        int param_parameterNumber = 2;
>        public int param_first = 0;
>        public param_simulationNumber = 7;  //nombre de courbes de
> selectivite a  tester
>    public String param_directory = ""; //repertoir ou sont ranges les
> fichiers
> matrixSelectivite.txt,selectivityMerlu.txt,selectivityLangoustine.txt
>
>    public String [] necessaryResult = {
>            // put here all necessary result for this rule
>            // example:
>            // ResultName.MATRIX_BIOMASS,
>            // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
>    };
>
>    @Override
>    public String[] getNecessaryResult() {
>        return this.necessaryResult;
>    }
>
>    /**
>     * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan.
>     * @return L''aide ou la description du plan
>     */
>    @Override
>    public String getDescription() throws Exception {
>        // TODO change descrition
>        return _("TODO SELECTIVITY description plan");
>    }
>
>    /**
>     * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet
> d''initialiser
>     * des valeurs
>     * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle
>     */
>    @Override
>    public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception {
>        File dir = new File(param_directory);
>
>        matrix = MatrixFactory.getInstance().create(new
> int[]{param_simulationNumber, param_parameterNumber});
>        matrix.importCSV(new FileReader(new File(dir, MATRIXSELECTIVITE +
> ".txt")), new int[]{0,0});
>        matrix.setSemantics(1, Arrays.asList(new String[]{SELECTIVITYMERLU,
> SELECTIVITYLANGOUSTINE}));
>                System.out.println(matrix);
>    }
>
>
>
>
>        /**
>     * @param name le nom de l'element a recuperer
>     * @param simulation le numero de la simulation
>     * @return
>     */
>    private String getString(String name, int simulation) throws Exception {
>        File dir = new File(param_directory);
>        Properties prop = new Properties();
>        prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name +
> ".txt"))));
>                int ligne = simulation + param_first;
>        int mod = (int)matrix.getValue(ligne , name);
>        String result = prop.getProperty(""+mod);
>        return result;
>    }
>
>    /**
>     * Call before each simulation.
>     *
>     * @param context plan context
>     * @param nextSimulation storage used for next simulation
>     * @return true if we must do next simulation, false to stop plan
>     * @throws Exception
>     */
>
>
> // partie ou on decide si on refait une simulation ou si on s'arrete.
>    public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context,
> SimulationStorage nextSimulation) throws Exception {
>             int simNum =
> nextSimulation.getParameter().getAnalysePlanNumber();
>         if (simNum + param_first < param_simulationNumber) {
>             String selectivityMerlu  = getString (SELECTIVITYMERLU,
> simNum);
>                         String selectivityLangoustine  = getString
> (SELECTIVITYLANGOUSTINE, simNum);
>
>
> nextSimulation.getInformation().addInformation("Selectivity Merlu
> ("+context.getNumber()+")= " + selectivityMerlu);
>
> nextSimulation.getInformation().addInformation("Selectivity Langoustine
> ("+context.getNumber()+")= " + selectivityLangoustine);
>
>                        /// modif les parametres dans la base de données :
>                        TopiaContext tx =
> nextSimulation.getStorage().beginTransaction();
>            /// On récupère les objets ISIS a modifier dans la base de
> données
>                        PopulationDAO popDAO =
> IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(tx);
>                        Population popMerlu =
> popDAO.findByName("merluccius");
>                        Population popLangoustine =
> popDAO.findByName("nephrops");
>                        GearDAO gearDAO = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(tx);
>
>                        Gear gearChalutSimple = GearDAO.findByName("chalut
> simple");
>                        Gear gearChalutJumeau = GearDAO.findByName("Chalut
> jumeau");
>
>                        Selectivity selMerlu =
> gearChalutSimple.getPopulationSelectivity(popMerlu);
>                        Equation eqMerlu = selMerlu.getEquation();
>            eqMerlu.setContent(selectivityMerlu);
>                        Selectivity selLangoustine =
> gearChalutSimple.getPopulationSelectivity(popLangoustine);
>                        Equation eqLangoustine =
> selLangoustine.getEquation();
>            eqLangoustine.setContent(selectivityLangoustine);
>
>                        Selectivity selMerlu =
> gearChalutJumeau.getPopulationSelectivity(popMerlu);
>                        Equation eqMerlu = selMerlu.getEquation();
>            eqMerlu.setContent(selectivityMerlu);
>                        Selectivity selLangoustine =
> gearChalutJumeau.getPopulationSelectivity(popLangoustine);
>                        Equation eqLangoustine =
> selLangoustine.getEquation();
>            eqLangoustine.setContent(selectivityLangoustine);
>
>
>                        tx.commitTransaction();
>            return true;
>        } else {
>            return false;
>        }
>  }
>
>
>
>    /**
>     * Call after each simulation.
>     *
>     * @param context plan context
>     * @param lastSimulation storage used for simulation
>     * @return true if we must do next simulation, false to stop plan
>     * @throws Exception
>     */
>    @Override
>    public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context,
>            SimulationStorage lastSimulation) throws Exception {
>       return true;
>    }
>
> _______________________________________________
> Isis-fish-users mailing list
> Isis-fish-users@list.isis-fish.org
> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
>
>

Plan d'analyse Selectivité

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