Hello ça a encore planté...je me demande si ce n'est pas parce que j'ai ajouté des exports. Hier ça a fonctionné (sur 2 ans) en demandant uniquement SensitivityBiomassY3 et SensitivityCapturesWeightY1..pour l'AS que j'ai essayée sur 15 ans hier (et qui n'a pas fonctionné) j'avais ajouté les autres (Ref&RelativeRef)...et pour l'essai sur 2 ans aujourd'hui (qui a aussi plancé), pareil... c'est peut-être un des pbs non ? Pour la ReferenceSimulation, il faut bien mettre le nom uniquement non ? Quid du doc des AS ? Est-ce que vous l'avez ? Ci-joint le debug... Merci ! Delphine
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Hello ça a encore planté...je me demande si ce n'est pas parce que j'ai ajouté des exports. Hier ça a fonctionné (sur 2 ans) en demandant uniquement SensitivityBiomassY3 et SensitivityCapturesWeightY1..pour l'AS que j'ai essayée sur 15 ans hier (et qui n'a pas fonctionné) j'avais ajouté les autres (Ref&RelativeRef)...et pour l'essai sur 2 ans aujourd'hui (qui a aussi plancé), pareil... c'est peut-être un des pbs non ? Pour la ReferenceSimulation, il faut bien mettre le nom uniquement non ?
Oui, il faut mettre que le nom. Par contre, là il n'y avait que Y1 et Y3 ? En fait il ne calcule pas l'analyse ce qui est bizarre car il n'y a pas d'erreur. Je vais regarder plus en détail.
Quid du doc des AS ? Est-ce que vous l'avez ? Euh demain ?
Ci-joint le debug... Merci ! Delphine ------------------------------------------------------------------------
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Ouais...bizarre bizarre... bon je viens de voir les résultats d'un autre essai, tjrs sur 2 ans. Cette fois, je n'ai demandé que Biomass, CaptureWeight, et les Relative, mais pas les Reference, pour voir... ben ça fonctionne...là ça a marché... (debug en pièce jointe si jamais...) Grrrrrr Et quand on met le nom pour la Reference, faut-il le mettre comme indiqué ds le dossier export (par ex sim_sim_Essai Fstd_2009-12-07-18-48_2009-12-08-19-00) ou alors faut-il virer les tirets comme R aime bien ? C'est peut-être ça le pb ? Ok pour le doc demain ! Delph Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Hello ça a encore planté...je me demande si ce n'est pas parce que j'ai ajouté des exports. Hier ça a fonctionné (sur 2 ans) en demandant uniquement SensitivityBiomassY3 et SensitivityCapturesWeightY1..pour l'AS que j'ai essayée sur 15 ans hier (et qui n'a pas fonctionné) j'avais ajouté les autres (Ref&RelativeRef)...et pour l'essai sur 2 ans aujourd'hui (qui a aussi plancé), pareil... c'est peut-être un des pbs non ? Pour la ReferenceSimulation, il faut bien mettre le nom uniquement non ?
Oui, il faut mettre que le nom. Par contre, là il n'y avait que Y1 et Y3 ? En fait il ne calcule pas l'analyse ce qui est bizarre car il n'y a pas d'erreur. Je vais regarder plus en détail.
Quid du doc des AS ? Est-ce que vous l'avez ? Euh demain ?
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J'ai ré-essayé avec les exports "Reference" et ça ne fonctionne pas... je suppose que le bug vient de là ? Bon ben je vais lancer sur 15 ans mais uniquement sans les Ref.... On croise les doigts pour demain matin Delph Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Ouais...bizarre bizarre... bon je viens de voir les résultats d'un autre essai, tjrs sur 2 ans. Cette fois, je n'ai demandé que Biomass, CaptureWeight, et les Relative, mais pas les Reference, pour voir... ben ça fonctionne...là ça a marché... (debug en pièce jointe si jamais...) Grrrrrr Et quand on met le nom pour la Reference, faut-il le mettre comme indiqué ds le dossier export (par ex sim_sim_Essai Fstd_2009-12-07-18-48_2009-12-08-19-00) ou alors faut-il virer les tirets comme R aime bien ? C'est peut-être ça le pb ?
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Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
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Oui, il faut mettre que le nom. Par contre, là il n'y avait que Y1 et Y3 ? En fait il ne calcule pas l'analyse ce qui est bizarre car il n'y a pas d'erreur. Je vais regarder plus en détail.
Quid du doc des AS ? Est-ce que vous l'avez ? Euh demain ?
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Salut Delphine Les exports avec Reference correspondent à un ratio du Y de ta simu avec le Y d'une simu de reference. Par exemple BiomassReference = Biomasse (fin de simu)/Biomasse (fin de la simu de reference). Dans l'interface d'export pour cet export, tu dois specifier la pop et la simulation de reference. Cela signifie qu'il faut avoir deja avoir fait tourner une simulation (par exemple avec les valeurs nominales (valeur moyenne ou valeur de reference) de ton AS Tu peux aussi voir a quoi correspond l'export en allant dans l'interface des scripts (avant dernier bouton sur la gauche) dans le repertoire Sensitivity Export, tu as le code de tous les exports (mais c'est pas toujours facile à lire...) a+ stephanie Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
J'ai ré-essayé avec les exports "Reference" et ça ne fonctionne pas... je suppose que le bug vient de là ? Bon ben je vais lancer sur 15 ans mais uniquement sans les Ref.... On croise les doigts pour demain matin Delph
Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Ouais...bizarre bizarre... bon je viens de voir les résultats d'un autre essai, tjrs sur 2 ans. Cette fois, je n'ai demandé que Biomass, CaptureWeight, et les Relative, mais pas les Reference, pour voir... ben ça fonctionne...là ça a marché... (debug en pièce jointe si jamais...) Grrrrrr Et quand on met le nom pour la Reference, faut-il le mettre comme indiqué ds le dossier export (par ex sim_sim_Essai Fstd_2009-12-07-18-48_2009-12-08-19-00) ou alors faut-il virer les tirets comme R aime bien ? C'est peut-être ça le pb ?
Ok pour le doc demain ! Delph
Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Hello ça a encore planté...je me demande si ce n'est pas parce que j'ai ajouté des exports. Hier ça a fonctionné (sur 2 ans) en demandant uniquement SensitivityBiomassY3 et SensitivityCapturesWeightY1..pour l'AS que j'ai essayée sur 15 ans hier (et qui n'a pas fonctionné) j'avais ajouté les autres (Ref&RelativeRef)...et pour l'essai sur 2 ans aujourd'hui (qui a aussi plancé), pareil... c'est peut-être un des pbs non ? Pour la ReferenceSimulation, il faut bien mettre le nom uniquement non ?
Oui, il faut mettre que le nom. Par contre, là il n'y avait que Y1 et Y3 ? En fait il ne calcule pas l'analyse ce qui est bizarre car il n'y a pas d'erreur. Je vais regarder plus en détail.
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-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
J'ai ré-essayé avec les exports "Reference" et ça ne fonctionne pas... je suppose que le bug vient de là ? Bon ben je vais lancer sur 15 ans mais uniquement sans les Ref.... On croise les doigts pour demain matin Delph
Delphine, on a trouvé le(s) problème(s) avec les simulations de référence. Tu lances tout sur Caparmor non ? Sauf que sur Caparmor, ta simulation de référence n'existe plus (elle est supprimée une fois récupérée). Donc il arrive pas à calculer l'export et donc ça plante après à l'analyse (et tu as pas de résultat car il n'enregistre pas l'analyse du coup). Idem, si en local tu fais des analyses de références en parallèle (si ton processeur à plusieurs coeurs il fera des simulations en parallèle), il est possible que lors des exports, il y ai des accès concurrents à la base de donnée et du coup un plantage. En gros c'est un gros bug qui nous avait échappé au tests car ils avaient été effectué en local avec un seul coeur. On regarde comment modifier ça et comment rendre les export avec référence possibles sur caparmor et en local multi-coeur.
Bonour tout le monde, merci bcp pour toutes ces infos. Stéphanie, merci pour les docs, je regarde ça, je pense que ça va beaucoup m'aider ! Et ok pour l'histoire de l'AS avec Ref. En effet je fais tout tourner sur Caparmor (maintenant qu'il y a un super calculateur, on ne va pas s'en priver)...ah oui...mince...ça supprime tout automatiquement...mince mince. J'attends alors avec impatience l'avancement de correction du bug ! Delph Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
J'ai ré-essayé avec les exports "Reference" et ça ne fonctionne pas... je suppose que le bug vient de là ? Bon ben je vais lancer sur 15 ans mais uniquement sans les Ref.... On croise les doigts pour demain matin Delph
Delphine, on a trouvé le(s) problème(s) avec les simulations de référence.
Tu lances tout sur Caparmor non ? Sauf que sur Caparmor, ta simulation de référence n'existe plus (elle est supprimée une fois récupérée). Donc il arrive pas à calculer l'export et donc ça plante après à l'analyse (et tu as pas de résultat car il n'enregistre pas l'analyse du coup).
Idem, si en local tu fais des analyses de références en parallèle (si ton processeur à plusieurs coeurs il fera des simulations en parallèle), il est possible que lors des exports, il y ai des accès concurrents à la base de donnée et du coup un plantage.
En gros c'est un gros bug qui nous avait échappé au tests car ils avaient été effectué en local avec un seul coeur. On regarde comment modifier ça et comment rendre les export avec référence possibles sur caparmor et en local multi-coeur. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
en fouillant j'ai trouve ce fichier qui n'est pas complet mais pourrait t'aider pour la manipulation dans R. je te file aussi un fichier qui m'a permis de controler 5 ou 6 plans différents. C'est du brute de fonderie donc surement pas très clair mais tu verras les objets à aller chercher pour faire des graphes. A+ stephanie Jean Couteau a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Hello ça a encore planté...je me demande si ce n'est pas parce que j'ai ajouté des exports. Hier ça a fonctionné (sur 2 ans) en demandant uniquement SensitivityBiomassY3 et SensitivityCapturesWeightY1..pour l'AS que j'ai essayée sur 15 ans hier (et qui n'a pas fonctionné) j'avais ajouté les autres (Ref&RelativeRef)...et pour l'essai sur 2 ans aujourd'hui (qui a aussi plancé), pareil... c'est peut-être un des pbs non ? Pour la ReferenceSimulation, il faut bien mettre le nom uniquement non ?
Oui, il faut mettre que le nom. Par contre, là il n'y avait que Y1 et Y3 ? En fait il ne calcule pas l'analyse ce qui est bizarre car il n'y a pas d'erreur. Je vais regarder plus en détail.
Quid du doc des AS ? Est-ce que vous l'avez ? Euh demain ?
Ci-joint le debug... Merci ! Delphine ------------------------------------------------------------------------
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# --- relance faite debut decembre load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_SOBOL1500_2009-12-07-16-56.RData") print(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result) plot(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result, ylim=c(-3,4), main="Sobol Y5 - SS regle") #test coef calcules par anova temp= as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule fmla=as.formula(paste("temp[,10]~(",paste(names(temp)[1:5],collapse="+"),")^2")) fmla2=as.formula(paste("temp[,10]~",paste(names(temp)[1:5],collapse="+"))) test=lm(fmla,data=temp) plot(summary(test)$coefficient[1:5,2]) # as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result$S #valeurs de Y pour chaque plan plot(as_FAST1500_200912041731_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="FAST") plot(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="SOBOL") plot(as_morris_7mod_ss_regles_200908271523_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="MORRIS") plot(as_RANDOM1500_200912041709_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="LHS") plot(as_complet_2mod_ss_regles_200908271524_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="COMPLET") plot(as_factfract5_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="FACTFRACT5") #valeur des x pour chaque plan (5 facteurs continus) for (i in 1:5) plot(as_FAST1500_200912041731_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_morris_7mod_ss_regles_200908271523_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_RANDOM1500_200912041709_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_complet_2mod_ss_regles_200908271524_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_factfract5_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i])
Stephanie MAHEVAS wrote:
en fouillant j'ai trouve ce fichier qui n'est pas complet mais pourrait t'aider pour la manipulation dans R. je te file aussi un fichier qui m'a permis de controler 5 ou 6 plans différents. C'est du brute de fonderie donc surement pas très clair mais tu verras les objets à aller chercher pour faire des graphes. A+ stephanie
C'est justement ce que j'allais envoyer :D Dans ma mémoire c'était plus complet par contre :(. Je vais rajouter la définition des différent Y et le mettre sur le wiki.
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