Simplex calibration capturabilité
Bonjour, La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). Je vous envois le plan de simulation, le debug et le fichier excel contenant les captures observées. Merci !! Camille
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
Bonjour,
La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0] elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Merci pour votre réponse. Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code. Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
Bonjour,
La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
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Salut Camille, cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre. il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees. remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement... Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca. camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse. Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
Bonjour,
La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
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Merci Sigrid ! Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an. Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55. Je te renvoie le script du simplex et le fichier csv. camille Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille, cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
Bonjour,
La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
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Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille, cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
Bonjour,
La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
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Je vais essayer d'être plus claire. Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité. Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés. Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne. Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372. Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois. C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher... Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
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camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
Bonjour,
La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
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Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/ regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire. A+ camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
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Merci beaucoup Sigrid ! Je te dis si j'ai des questions sur le code (et non je veux calibrer sur les captures de toutes les stratégies. je vais changer la ligne 297 : merci !). Camille Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/**nuiton-matrix/nuiton-matrix/**apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/> regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années
sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le
script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à > simulation_0. > > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des > captures > > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice > 1,55 > ). > L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez > que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension. > > matriceDemarquement fait [1, 55] > alors que la coordonnées est [0] > > elle devrait ressembler a [0, 0] > ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension. > > -- > Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > ______________________________******_________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users@list.isis-****fi**sh.org <http://fish.org/><; > Isis-fish-users@list.**isis-**fish.org <http://isis-fish.org/><; > Isis-fish-users@list.**isis-fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>> > > > > > http://list.isis-fish.org/cgi-******bin/mailman/listinfo/isis-******<http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-****> > fish-users<http://list.isis-**fish.org/cgi-**bin/mailman/** > listinfo/isis-**fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users> > > > <http://list.isis-**fish.org/**cgi-bin/mailman/**<http://fish.org/cgi-bin/mailman/**> > listinfo/isis-fish-users<http:**//list.isis-fish.org/cgi-bin/** > mailman/listinfo/isis-fish-**users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users> > > > > > > > >
______________________________******_________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-****fi**sh.org <http://fish.org/> <
Isis-fish-users@list.isis-**fi**sh.org <http://fish.org/><; Isis-fish-users@list.**isis-fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>
http://list.isis-fish.org/cgi-******bin/mailman/listinfo/isis-******<http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-****> fish-users<http://list.isis-**fish.org/cgi-**bin/mailman/** listinfo/isis-**fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users>
<http://list.isis-**fish.org/**cgi-bin/mailman/**listinfo/** isis-fish-users<http://fish.org/cgi-bin/mailman/**listinfo/isis-fish-users> <http://list.**isis-fish.org/cgi-bin/mailman/** listinfo/isis-fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users>
______________________________****_________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-**fi**sh.org <http://fish.org/> < Isis-fish-users@list.isis-**fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>
http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-**** fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users> <http://list.isis-**fish.org/cgi-bin/mailman/**listinfo/isis-fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users>
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
J'ai bien compris ce que tu as changé dans la création de la matrice. Merci ! Et pour prendre toutes les stratégies j'ai juste enlevé la ligne 297 qui selectionnait la sous matrice donc normalement c'est bon. Encore merci ! A bientôt ! Camille Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/**nuiton-matrix/nuiton-matrix/**apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/> regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années
sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le
script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à > simulation_0. > > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des > captures > > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice > 1,55 > ). > L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez > que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension. > > matriceDemarquement fait [1, 55] > alors que la coordonnées est [0] > > elle devrait ressembler a [0, 0] > ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension. > > -- > Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > ______________________________******_________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users@list.isis-****fi**sh.org <http://fish.org/><; > Isis-fish-users@list.**isis-**fish.org <http://isis-fish.org/><; > Isis-fish-users@list.**isis-fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>> > > > > > http://list.isis-fish.org/cgi-******bin/mailman/listinfo/isis-******<http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-****> > fish-users<http://list.isis-**fish.org/cgi-**bin/mailman/** > listinfo/isis-**fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users> > > > <http://list.isis-**fish.org/**cgi-bin/mailman/**<http://fish.org/cgi-bin/mailman/**> > listinfo/isis-fish-users<http:**//list.isis-fish.org/cgi-bin/** > mailman/listinfo/isis-fish-**users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users> > > > > > > > >
______________________________******_________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-****fi**sh.org <http://fish.org/> <
Isis-fish-users@list.isis-**fi**sh.org <http://fish.org/><; Isis-fish-users@list.**isis-fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>
http://list.isis-fish.org/cgi-******bin/mailman/listinfo/isis-******<http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-****> fish-users<http://list.isis-**fish.org/cgi-**bin/mailman/** listinfo/isis-**fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users>
<http://list.isis-**fish.org/**cgi-bin/mailman/**listinfo/** isis-fish-users<http://fish.org/cgi-bin/mailman/**listinfo/isis-fish-users> <http://list.**isis-fish.org/cgi-bin/mailman/** listinfo/isis-fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users>
______________________________****_________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-**fi**sh.org <http://fish.org/> < Isis-fish-users@list.isis-**fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>
http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-**** fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users> <http://list.isis-**fish.org/cgi-bin/mailman/**listinfo/isis-fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users>
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Re bonjour ! J'ai une question à propos de la méthode utilisée dans le script du simplex. La définition des trois paramètres lignes 55 à 60 : " //initial points of the simplex public Population param_Population = null; public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse //public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse " qu'est ce que ces points initiaux représentent exactement ? Qu'est ce qui est demandé comme valeurs pour ces paramètres ? Merci, Camille Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/**nuiton-matrix/nuiton-matrix/**apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/> regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années
sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le
script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à > simulation_0. > > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des > captures > > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice > 1,55 > ). > L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez > que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension. > > matriceDemarquement fait [1, 55] > alors que la coordonnées est [0] > > elle devrait ressembler a [0, 0] > ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension. > > -- > Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > ______________________________******_________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users@list.isis-****fi**sh.org <http://fish.org/><; > Isis-fish-users@list.**isis-**fish.org <http://isis-fish.org/><; > Isis-fish-users@list.**isis-fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>> > > > > > http://list.isis-fish.org/cgi-******bin/mailman/listinfo/isis-******<http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-****> > fish-users<http://list.isis-**fish.org/cgi-**bin/mailman/** > listinfo/isis-**fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users> > > > <http://list.isis-**fish.org/**cgi-bin/mailman/**<http://fish.org/cgi-bin/mailman/**> > listinfo/isis-fish-users<http:**//list.isis-fish.org/cgi-bin/** > mailman/listinfo/isis-fish-**users<http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users> > > > > > > > >
______________________________******_________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-****fi**sh.org <http://fish.org/> <
Isis-fish-users@list.isis-**fi**sh.org <http://fish.org/><; Isis-fish-users@list.**isis-fish.org<Isis-fish-users@list.isis-fish.org>
http://list.isis-fish.org/cgi-******bin/mailman/listinfo/isis-******<http://list.isis-fish.org/cgi-****bin/mailman/listinfo/isis-****> fish-users<http://list.isis-**fish.org/cgi-**bin/mailman/** listinfo/isis-**fish-users<http://list.isis-fish.org/cgi-**bin/mailman/listinfo/isis-**fish-users>
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Bonjour Camille il me semble qu'il faudrait que tu fasses tu approfondisses la methode du simplex avant de vouloir la programmer. Il y a pas mal (doux euphémisme) de bouquins sur le sujet et il suffit de taper algorithme du simplexe dans google pour avoir des pdf compréhensibles sur le sujet. Pour résumer il s'agit d'un algorithme d'optimisation d'un critere (ici la somme des différences au carré entre les captures simulées et celles observées) sur un parametre à plusieurs dimensions (ici la capturabilité à deux dimensions : capturabilité des juvéniles et capturabilité des matures). Donc tu choisis des valeurs initiales pour chacune des dimensions de ton parametres et le code calcule ton critere pour chaque valeur initiale. Tu identifies la valeur initiale qui minimise le critere. Il y a plein d'autres valeurs possibles pour chacune des dimension. tu vas donc en essayer d'autres. l'algorithme du simplex te les choisit automatiquement en s'inspirant des valeurs initiales testées et des valeurs de critères obtenus.... DONC LES VALEURS INITIALES SONT des valeurs possibles des capturabilités que tu cherches M1 = (valeur1 de capturabilité juvéniles,valeur1 de capturabilité matures) ect .... stephanie camille de la Vega a écrit :
Re bonjour !
J'ai une question à propos de la méthode utilisée dans le script du simplex. La définition des trois paramètres lignes 55 à 60 : " //initial points of the simplex public Population param_Population = null; public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse //public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse
"
qu'est ce que ces points initiaux représentent exactement ? Qu'est ce qui est demandé comme valeurs pour ces paramètres ?
Merci,
Camille
Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/ regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com>> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com>> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com <mailto:chatellier@codelutin.com>> a écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com <mailto:chatellier@codelutin.com>> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com <http://www.codelutin.com/>
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-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Bonjour ! Le code marche pour un simplex à 3 dimentions et je voudrais maintenant le faire pour 4 dimension. J'ai modifié les paramètres initiaux et la partie dans le "while" pour que les nouveaux sommets soient calculer avec les 3 q1,q2 et q3. Je n'arrive pas à compiler. La variable q3 n'est pas bien définie. Camille Le 23 juin 2011 14:29, Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
Bonjour Camille
il me semble qu'il faudrait que tu fasses tu approfondisses la methode du simplex avant de vouloir la programmer. Il y a pas mal (doux euphémisme) de bouquins sur le sujet et il suffit de taper algorithme du simplexe dans google pour avoir des pdf compréhensibles sur le sujet.
Pour résumer il s'agit d'un algorithme d'optimisation d'un critere (ici la somme des différences au carré entre les captures simulées et celles observées) sur un parametre à plusieurs dimensions (ici la capturabilité à deux dimensions : capturabilité des juvéniles et capturabilité des matures). Donc tu choisis des valeurs initiales pour chacune des dimensions de ton parametres et le code calcule ton critere pour chaque valeur initiale. Tu identifies la valeur initiale qui minimise le critere. Il y a plein d'autres valeurs possibles pour chacune des dimension. tu vas donc en essayer d'autres. l'algorithme du simplex te les choisit automatiquement en s'inspirant des valeurs initiales testées et des valeurs de critères obtenus....
DONC LES VALEURS INITIALES SONT des valeurs possibles des capturabilités que tu cherches M1 = (valeur1 de capturabilité juvéniles,valeur1 de capturabilité matures) ect .... stephanie
camille de la Vega a écrit :
Re bonjour !
J'ai une question à propos de la méthode utilisée dans le script du simplex. La définition des trois paramètres lignes 55 à 60 : " //initial points of the simplex public Population param_Population = null; public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse //public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse
" qu'est ce que ces points initiaux représentent exactement ? Qu'est ce qui est demandé comme valeurs pour ces paramètres ? Merci, Camille
Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto: Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/**nuiton-matrix/nuiton-matrix/**apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/> regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com**>> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr<Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com**>> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com <mailto:chatellier@codelutin.**com<chatellier@codelutin.com>>> a
écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com <mailto:chatellier@codelutin.**com<chatellier@codelutin.com>>>
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Rectification ; en fait c'est bon j'ai pas besoin du simplex à 4 dimensions ! Le 23 juin 2011 14:29, Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
Bonjour Camille
il me semble qu'il faudrait que tu fasses tu approfondisses la methode du simplex avant de vouloir la programmer. Il y a pas mal (doux euphémisme) de bouquins sur le sujet et il suffit de taper algorithme du simplexe dans google pour avoir des pdf compréhensibles sur le sujet.
Pour résumer il s'agit d'un algorithme d'optimisation d'un critere (ici la somme des différences au carré entre les captures simulées et celles observées) sur un parametre à plusieurs dimensions (ici la capturabilité à deux dimensions : capturabilité des juvéniles et capturabilité des matures). Donc tu choisis des valeurs initiales pour chacune des dimensions de ton parametres et le code calcule ton critere pour chaque valeur initiale. Tu identifies la valeur initiale qui minimise le critere. Il y a plein d'autres valeurs possibles pour chacune des dimension. tu vas donc en essayer d'autres. l'algorithme du simplex te les choisit automatiquement en s'inspirant des valeurs initiales testées et des valeurs de critères obtenus....
DONC LES VALEURS INITIALES SONT des valeurs possibles des capturabilités que tu cherches M1 = (valeur1 de capturabilité juvéniles,valeur1 de capturabilité matures) ect .... stephanie
camille de la Vega a écrit :
Re bonjour !
J'ai une question à propos de la méthode utilisée dans le script du simplex. La définition des trois paramètres lignes 55 à 60 : " //initial points of the simplex public Population param_Population = null; public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse //public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse
" qu'est ce que ces points initiaux représentent exactement ? Qu'est ce qui est demandé comme valeurs pour ces paramètres ? Merci, Camille
Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto: Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/**nuiton-matrix/nuiton-matrix/**apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/> regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com**>> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr<Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com**>> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com <mailto:chatellier@codelutin.**com<chatellier@codelutin.com>>> a
écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com <mailto:chatellier@codelutin.**com<chatellier@codelutin.com>>>
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Salut Camille, qu est ce aue tu appelles dimension 3 et 4 ? si c est ce que je comprends le simplex cprogramme ne le fait pas non plus en 3D... Quoting camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com>:
Rectification ; en fait c'est bon j'ai pas besoin du simplex à 4 dimensions !
Le 23 juin 2011 14:29, Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
Bonjour Camille
il me semble qu'il faudrait que tu fasses tu approfondisses la methode du simplex avant de vouloir la programmer. Il y a pas mal (doux euphémisme) de bouquins sur le sujet et il suffit de taper algorithme du simplexe dans google pour avoir des pdf compréhensibles sur le sujet.
Pour résumer il s'agit d'un algorithme d'optimisation d'un critere (ici la somme des différences au carré entre les captures simulées et celles observées) sur un parametre à plusieurs dimensions (ici la capturabilité à deux dimensions : capturabilité des juvéniles et capturabilité des matures). Donc tu choisis des valeurs initiales pour chacune des dimensions de ton parametres et le code calcule ton critere pour chaque valeur initiale. Tu identifies la valeur initiale qui minimise le critere. Il y a plein d'autres valeurs possibles pour chacune des dimension. tu vas donc en essayer d'autres. l'algorithme du simplex te les choisit automatiquement en s'inspirant des valeurs initiales testées et des valeurs de critères obtenus....
DONC LES VALEURS INITIALES SONT des valeurs possibles des capturabilités que tu cherches M1 = (valeur1 de capturabilité juvéniles,valeur1 de capturabilité matures) ect .... stephanie
camille de la Vega a écrit :
Re bonjour !
J'ai une question à propos de la méthode utilisée dans le script du simplex. La définition des trois paramètres lignes 55 à 60 : " //initial points of the simplex public Population param_Population = null; public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse //public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse
" qu'est ce que ces points initiaux représentent exactement ? Qu'est ce qui est demandé comme valeurs pour ces paramètres ? Merci, Camille
Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto: Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices :
http://maven-site.nuiton.org/**nuiton-matrix/nuiton-matrix/**apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/> regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com**>> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr
<mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr<Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com**>> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com
<mailto:chatellier@codelutin.**com<chatellier@codelutin.com>>> a
écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com
<mailto:chatellier@codelutin.**com<chatellier@codelutin.com>>>
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Salut Sigrid ! Oui c'est ce que je me suis dit. Mais finalement je vais utilisé que deux paramètres donc c'est bon je peux utiliser celui là. Merci en tout cas ! Camille Le 28 juin 2011 16:53, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr> a écrit :
Salut Camille, qu est ce aue tu appelles dimension 3 et 4 ? si c est ce que je comprends le simplex cprogramme ne le fait pas non plus en 3D...
Quoting camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com>:
Rectification ; en fait c'est bon j'ai pas besoin du simplex à 4
dimensions !
Le 23 juin 2011 14:29, Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
Bonjour Camille
il me semble qu'il faudrait que tu fasses tu approfondisses la methode du simplex avant de vouloir la programmer. Il y a pas mal (doux euphémisme) de bouquins sur le sujet et il suffit de taper algorithme du simplexe dans google pour avoir des pdf compréhensibles sur le sujet.
Pour résumer il s'agit d'un algorithme d'optimisation d'un critere (ici la somme des différences au carré entre les captures simulées et celles observées) sur un parametre à plusieurs dimensions (ici la capturabilité à deux dimensions : capturabilité des juvéniles et capturabilité des matures). Donc tu choisis des valeurs initiales pour chacune des dimensions de ton parametres et le code calcule ton critere pour chaque valeur initiale. Tu identifies la valeur initiale qui minimise le critere. Il y a plein d'autres valeurs possibles pour chacune des dimension. tu vas donc en essayer d'autres. l'algorithme du simplex te les choisit automatiquement en s'inspirant des valeurs initiales testées et des valeurs de critères obtenus....
DONC LES VALEURS INITIALES SONT des valeurs possibles des capturabilités que tu cherches M1 = (valeur1 de capturabilité juvéniles,valeur1 de capturabilité matures) ect .... stephanie
camille de la Vega a écrit :
Re bonjour !
J'ai une question à propos de la méthode utilisée dans le script du simplex. La définition des trois paramètres lignes 55 à 60 : " //initial points of the simplex public Population param_Population = null; public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse //public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse
" qu'est ce que ces points initiaux représentent exactement ? Qu'est ce qui est demandé comme valeurs pour ces paramètres ? Merci, Camille
Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto: Sigrid.Lehuta@ifremer.**fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a écrit :
Camille, voici le script dont tu as besoin (normalement ;-). Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre la difference, sinon demande moi. voici le lien vers l'API des matrices : http://maven-site.nuiton.org/****nuiton-matrix/nuiton-matrix/*** *apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/**nuiton-matrix/nuiton-matrix/**apidocs/> <http://maven-site.**nuiton.org/nuiton-matrix/**nuiton-matrix/apidocs/<http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/>>
regarde matrixFactory methode create() autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ? sinon je t ai mis le bon code en commentaire.
A+
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com****>> a écrit :
Je vais essayer d'être plus claire.
Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer l'effort de pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.
Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.
Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui soient égale aux captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003. Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes observées sur ces 3 années par classe de taille. Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités jusqu'à ce que l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes valeurs de captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures observées entre 2001 et 2003 en moyenne.
Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité différente. Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les tailles en dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et une pour les immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id serait 21. Je pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.
Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes. Avec la ligne qui correspond à une année. Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec chaque ligne qui correspond à un mois.
C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne sont pas bon après la première simulation ? Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs de captures observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a qu'une ligne dans le fichier excel ça va pas marcher...
Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.****fr <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>>> a
écrit :
Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai des captures
observées par classes de taille sur 3 années (2001 à 2003) et je veux que le simplex ajuste les capturabilités par classe de taille pour retrouver les mêmes captures quand je simule sur 1 an.
pas sur de comprendre ...
Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette les trois années sans les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.
Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu veux/dois faire ! quand tu sais, on modifiera le code en consequence.
Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.****fr< Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>**>>
a écrit :
Salut Camille,
cf les mails récents de Bastien. J imagine que ta matrice de captures observées (ton fichier csv) n'a qu une dimension (captures / groupes?, tu as 55 groupes!!!). Néanmoins ton code java crée une matrice a 2 dimensions [1,55]. (lignes 105-106) Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de debarquements simules comme il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup quand tu boucles sur les deux a la fois les coordonnées de l une ne sont pas compatibles avec celle de l autre.
il faut que tu modifies dans l init la dimension de ta matrice de debarquements observés quand tu la crees.
remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais 55 pas de temps car sinon tu ne sommes pas ta matrice de débarquements observés correctement...
Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu est ce que sur quoi tu calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie tout ca.
camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com <mailto:cam.delavega@gmail.com****>> a écrit :
Merci pour votre réponse.
Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je ne vois pas dans le script ou est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas ou je dois rectifier le code.
Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com <mailto:chatellier@codelutin.****com< chatellier@codelutin.com>**>>
a
écrit :
Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :
> Bonjour, > > La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. > D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures > observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). L'erreur veut dire que l'élément que vous demandez que la matrice n'est pas demandé avec le bon nombre de dimension.
matriceDemarquement fait [1, 55] alors que la coordonnées est [0]
elle devrait ressembler a [0, 0] ou matrice dimension devrait n'avoir qu'une seule dimension.
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Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ..............................****............................** ..**..........
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participants (4)
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camille de la Vega -
Eric Chatellier -
Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr -
Stephanie MAHEVAS