September 2006 - Nuiton-j2r-commits - mailman.cloud.codelutin.com

[LutinJ2R-commits] r10 - doc src/resources
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 08 Sep '06

08 Sep '06

Author: thimel Date: 2006-09-08 12:56:46 +0000 (Fri, 08 Sep 2006) New Revision: 10 Added: src/resources/JRI-sources.zip src/resources/jri.dll Removed: src/resources/JRI.zip Modified: doc/installation.rst Log: librairie compil?\195?\169e Windows Modified: doc/installation.rst =================================================================== --- doc/installation.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) +++ doc/installation.rst 2006-09-08 12:56:46 UTC (rev 10) @@ -70,9 +70,9 @@ Heureusement, la proc�dure est simple : -Les sources � compiler font partie de l'archive src/resources/JRI.zip +Les sources � compiler font partie de l'archive *JRI-sources.zip* (http://lutinj2r.labs.libre-entreprise.org/libsys/JRI-sources.zip) -Pour compiler la librairie, d�zippez dans un premier temps l'archive JRI.zip. Ensuite, exc�cutez le script nomm� "configure" de mani�re � pr�parer votre syst�me � la compilation. Enfin, effectuez la compilation � l'aide de la commande "make". +Pour compiler la librairie, d�zippez dans un premier temps l'archive *JRI-sources.zip*. Ensuite, exc�cutez le script nomm� "configure" de mani�re � pr�parer votre syst�me � la compilation. Enfin, effectuez la compilation � l'aide de la commande "make". La compilation effectu�e, un fichier a �t� g�n�r�, dont le nom est propre � la plateforme (libjri.so, jri.dll, ...). Il ne reste plus qu'� configurer le syst�me comme indiqu� � l'�tape suivante. Copied: src/resources/JRI-sources.zip (from rev 8, src/resources/JRI.zip) =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: src/resources/JRI-sources.zip ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Deleted: src/resources/JRI.zip =================================================================== (Binary files differ) Added: src/resources/jri.dll =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: src/resources/jri.dll ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream

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[LutinJ2R-commits] r9 - / doc site
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 07 Sep '06

07 Sep '06

Author: thimel Date: 2006-09-07 17:53:48 +0000 (Thu, 07 Sep 2006) New Revision: 9 Added: doc/index.rst Modified: doc/etude.rst doc/installation.rst doc/module.rst pom.xml site/site.xml Log: Deploiement du site Modified: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/etude.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -2,12 +2,14 @@ Etude et comparaison des moyens d'acc�der � R en Java ===================================================== + .. contents:: Introduction ============ + Ce document a pour but de comparer les diff�rentes solutions envisageables pour l'utilisation de R en Java. @@ -37,6 +39,7 @@ R�sultats attendus ================== + Chacune des solutions a ses avantages et ses inconv�nients qui entreront dans la d�cision finale. Avant m�me de commencer, la nature m�me des solutions sugg�re certains r�sultats qu'il faudra v�rifier : @@ -55,21 +58,26 @@ Consid�rations techniques ========================= + R�seau ------ + Par d�faut, R n'int�gre aucune interface r�seau, et ne peut donc �tre utilis� � distance. Il existe une extension du nom de 'Rserve' permettant d'ajouter � R la possibilit� de recevoir et traiter des requ�tes TCP/IP, le rendant ainsi accessible � tous types de langages. + - Avantages : R non n�cessaire sur la machine cliente, d�l�gation des calculs � une machine tierce, appli 100% portable - Inconv�nient : Rserve � installer sur le serveur + JNI --- + L'utilisation de JNI implique la cr�ation d'une librairie d�pendante du syst�me. On perd donc un peu de la portabilit� du Java. @@ -82,12 +90,15 @@ D�roulement (protocole) des tests ================================= + Le but des tests est de faire ressortir le co�t de chacune des solutions de mani�re � d�terminer laquelle pourrait �tre la meilleure, mais surtout les conditions, s'il y en a, dans lesquelles telle ou telle solution est meilleure. + Deux types de tests ont �t� effectu�s. + - Le premier consiste � envoyer de tr�s petits calculs � R et ce beaucoup de fois de suite. On obtient donc une moyenne pour chacune des solutions ce qui permettra d'�valuer le co�t de chaque m�thode. @@ -108,63 +119,71 @@ R�sultats des tests =================== -Tous les temps sont mesur�s en milli-secondes : Test A - Calculs rapides ------------------------ +Les temps sont exprim�s en milli-secondes. + +------------+--------+--------+--------+--------+ -| | Java | Net | JNI | R | +| _ | Java | Net | JNI | R | +============+========+========+========+========+ -| Moyenne | | 241,06 | 233,56 | 230,83 | +| Moyenne | _ | 241,06 | 233,56 | 230,83 | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| Ecart-type | | 18,65 | 11,99 | | +| Ecart-type | _ | 18,65 | 11,99 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ Test B - Volumes importants --------------------------- +Les temps sont exprim�s en milli-secondes. + +------------+--------+--------+--------+--------+ -| | Java | Net | JNI | R | +| _ | Java | Net | JNI | R | +============+========+========+========+========+ -| 50 | 0,00 | 1,00 | 1,33 | | +| 50 | 0,00 | 1,00 | 1,33 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 500 | 0,00 | 3,00 | 1,33 | | +| 500 | 0,00 | 3,00 | 1,33 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 5000 | 1,00 | 13,00 | 3,33 | | +| 5000 | 1,00 | 13,00 | 3,33 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 50000 | 24,20 | 33,50 | 8,00 | | +| 50000 | 24,20 | 33,50 | 8,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 100000 | 60,20 | 118,00 | 79,00 | | +| 100000 | 60,20 | 118,00 | 79,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 200000 | 66,60 | 142,00 | 116,00 | | +| 200000 | 66,60 | 142,00 | 116,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 500000 | 89,00 | 330,00 | 189,00 | | +| 500000 | 89,00 | 330,00 | 189,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 1000000 | 94,00 | 620,00 | 282,00 | | +| 1000000 | 94,00 | 620,00 | 282,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ Test C - Temps d'initialisation ------------------------------- +Les temps sont exprim�s en milli-secondes. + +------------+--------+--------+--------+--------+ -| | Java | Net | JNI | R | +| _ | Java | Net | JNI | R | +============+========+========+========+========+ -| Init. | | 22,10 | 571,10 | | +| Init. | _ | 22,10 | 571,10 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ Exploitation des r�sultats ========================== + Les tests �tant effectu�s, il faut maintenant les interpr�ter et en tirer des conclusions. + Test A - Calculs rapides ------------------------ + Le premier test avait pour but d'isoler le co�t de chaque appel � R. La comparaison avec du Java pur n'avait ici aucun int�ret dans la mesure ou le but est de calculer le temps d'appel � R. @@ -183,15 +202,15 @@ exemple. Pour ce test, l'�cart-type �tait mesur� afin d'estimer la r�partition des -valeurs. -L'�cart-type nous permet ici de constater que la r�partition des valeurs avec -JNI est plus proche de la moyenne que par le r�seau. La solution r�seau est donc -plus sensible aux variations de temps. +valeurs. L'�cart-type nous permet ici de constater que la r�partition des +valeurs avec JNI est plus proche de la moyenne que par le r�seau. La solution +r�seau est donc plus sensible aux variations de temps. Test B - Volumes importants --------------------------- + La deuxi�me s�rie de tests veut mettre en valeur l'�volution des temps n�cessaires avec l'augmentation du volume de donn�es. Inversement au pr�c�dent test, c'est la solution R pur qui n'a ici pas de sens @@ -230,9 +249,11 @@ souffre simplement de temps de transfert trop longs qui sont le reflet habituel de l'utilisation des r�seaux. + Test C - Temps d'initialisation ------------------------------- + Le temps d'initialisation repr�sente le temps n�cessaire � la premi�re utilisation de l'application avant de pouvoir acc�der � R. Il peut parraitre annodin, mais en r�alit� il peut s'av�rer primordial dans le choix de la @@ -243,9 +264,11 @@ l'initialisation du r�seau. Cette diff�rence peut s'av�rer cruciale si les calculs � effectuer sont petits et peu r�p�t�s. + Notes ----- + Certains faits n'apparaissent pas dans les chiffres pr�c�demment cit�s mais peuvent �galement faire pencher la balance. @@ -276,6 +299,7 @@ | duration: 326ms | +-----------------+ + La diff�rence entre le premier et le dernier test atteint quasiment la demi seconde soit plus de 150% du temps n�cessaire au final pour l'op�ration. @@ -283,11 +307,14 @@ R�capitulatif ------------- + Les tests effectu�s se sont montr�s r�v�lateurs. + Net ---- +~~~ + Cette solution s'est montr�e moins efficace que les autres. La diff�rence n'est pas pour autant dramatique puisque les temps restent tout � fait corrects. @@ -300,9 +327,11 @@ signifie que la solution perd de son inter�t seulement si quelques rares appels sont effectu�s. + JNI ---- +~~~ + La solution JNI a fait ses preuves sur les diff�rents tests. Il s'est av�r� que les temps d'appels �taient toujours inf�rieurs � la solution r�seau. @@ -312,9 +341,11 @@ initialisation de JNI s'av�re particuli�rement longue (une demi seconde) surtout si elle est compar�e � la solution r�seau. + Java ----- +~~~~ + La comparaison n'a que peu d'inter�t mais permet de faire ressortir la puissance de Java qui par le biais d'optimisations parvient � devancer R sur de nombreux calculs. @@ -324,9 +355,11 @@ fonctions plus optimis�es de R voire des librairies sp�cifiques, Java ne pourraient certainement plus rivaliser avec R. + Conclusion ========== + Les deux principales solutions �tudi�es (JNI et r�seau) ont toutes deux montr�s des avantages et inconv�nients et fait ressortir des cas dans lesquels elles sont pr�f�rables � l'autre. @@ -335,3 +368,4 @@ l'utilisateur avec la librairie LutinJ2R qui propose une interface unifi�e pour acc�der aux fonctionnalit�s de R permettant ainsi de choisir � la vol�e quelle solution utiliser. + Added: doc/index.rst =================================================================== --- doc/index.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/index.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -0,0 +1,7 @@ +======== +LutinJ2R +======== + + +La librairie LutinJ2R a pour but de fournir une passerrelle unifi�e d'acc�s � R. + Modified: doc/installation.rst =================================================================== --- doc/installation.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/installation.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -2,49 +2,69 @@ Installation ============ + Le pr�sent document a pour but de faciliter les diff�rentes installations n�cessaires en vue d'utiliser la librairie LutinJ2R. + .. contents:: Installation ============ + Premi�rement il est n�cessaire d'avoir R d'install� sur la machine qui devra effectuer les calculs R. Chaque solution a des particularit�s. + Solution r�seau --------------- + Il est possible d'utiliser R en local (machine locale) ou de confier les calculs � une tierce machine (machine distante). Que ce soit sur la machine locale ou distante, il faut installer R. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R : + +:: + http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:pa… La proc�dure suivante diff�re selon la plateforme : + Sous Linux ~~~~~~~~~~ + Il faut installer le serveur qui va r�ceptionner et traiter les requ�tes TCP/IP. Dans l'ordre, il faut : - - T�l�charger les sources de la version 0.4-3 (http://rosuda.org/Rserve/dist/Rserve_0.4-3.tar.gz) ou � defaut la derni�re disponible � l'adresse ; - - Se logguer en root ; - - Exc�cuter la commande "R CMD INSTALL Rserve_0.4-3.tar.gz". + +- T�l�charger les sources de la version 0.4-3 (http://rosuda.org/Rserve/dist/Rserve_0.4-3.tar.gz) ou � defaut la derni�re disponible � l'adresse ; +- Se logguer en root ; +- Exc�cuter la commande "R CMD INSTALL Rserve_0.4-3.tar.gz". + + A noter que l'�tape d'installation requiert un compilateur C/C++. Une intervention suppl�mentaire est peut-�tre donc n�cessaire ! + Sous Windows ~~~~~~~~~~~~ + Les �tapes � suivre : - - T�l�charger la version 0.4-3 pr�compil�e (http://rosuda.org/Rserve/dist/w32bin/0.4-3/2.3.1/Rserve.exe) ou � d�faut la derni�re disponible � l'adresse http://rosuda.org/Rserve/dist/rserve-win.html ; - - Il faut ensuite copier le fichier t�l�charg� dans le dossier 'bin' de l'installation de R. Par d�faut pour la version 2.3.1 de R, ce dossier est "C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin". + +- T�l�charger la version 0.4-3 pr�compil�e (http://rosuda.org/Rserve/dist/w32bin/0.4-3/2.3.1/Rserve.exe) ou � d�faut la derni�re disponible � l'adresse http://rosuda.org/Rserve/dist/rserve-win.html ; +- Il faut ensuite copier le fichier t�l�charg� dans le dossier 'bin' de l'installation de R. Par d�faut pour la version 2.3.1 de R, ce dossier est "C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin". + + Solution JNI ------------ + Il faut avant tout que R soit install�. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R : http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:pa… + Concr�tement R est pr�t. Cependant, si la plateforme ou l'architecture de la machine est particuli�re, il reste � compiler les sources natives (non-Java) du projet et cr�er une librairie adapt�e. @@ -56,12 +76,15 @@ La compilation effectu�e, un fichier a �t� g�n�r�, dont le nom est propre � la plateforme (libjri.so, jri.dll, ...). Il ne reste plus qu'� configurer le syst�me comme indiqu� � l'�tape suivante. + Configuration ============= + Solution r�seau --------------- + Il n'y a de configuration � faire que s'il s'agit d'une utilisation sur une machine distante. Dans le cas contraire, la configuration de la solution r�seau est termin�e. Dans le cas d'une machine distante, il faut autoriser les connections entrantes. Par d�faut, Rserve rejette ces connections. @@ -69,37 +92,62 @@ Pour contrer cela, il faut �diter un fichier de configuration. Sous Linux, il s'agit du fichier + +:: + /etc/Rserv.conf + + alors que sous Windows, il s'agit du fichier + +:: + Rserv.cfg - qui doit se trouver au m�me endroit que l'exc�cutable Rserve.exe. (Par d�faut : C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin) Si ce fichier n'existe pas, il faut le cr�er et ajouter la ligne suivante : + +:: + remote enable + Solution JNI ------------ + La librairie compil�e ou obtenue � l'�tape pr�c�dente doit �tre plac�e au bon endroit sur le syst�me pour pouvoir �tre utilis�e. Quelque soit la plateforme, il faut positionner des variables d'environnement. + - R_HOME : doit pointer sur le dossier d'installation de R (soit /usr/lib/R sous Linux ou C:\Program Files\R\R-2.3.1 sous Windows ou ...) - LD_LIBRARY_PATH : doit pointer sur le dossier lib contenu dans R_HOME (soit R_HOME/lib/ sous Linux ou R_HOME\lib sous Windows ou ...) Il faut ensuite copier la librairie (libjri.so ou jri.dll ou ...) dans le dossier LD_LIBRARY_PATH + D�marrage ========= + Cette �tape n'est n�cessaire que pour la solution r�seau. + Solution r�seau --------------- + La derni�re �tape de pr�paration est le lancement de Rserve. Sous Linux, tapez la commande : + +:: + R CMD Rserve Sous Windows, double-cliquez sur : + +:: + Rserve.exe dans le dossier d'installation de R (par d�faut : C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin) + Modified: doc/module.rst =================================================================== --- doc/module.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/module.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -2,96 +2,124 @@ Documentation du module ======================= + .. contents:: + La librairie LutinJ2R est une passerelle d'acc�s � R. Ceci sous-entend qu'� -l'utlisation, il n'est pas n�cessaire de se soucier de la technologie � employer +l'utilisation, il n'est pas n�cessaire de se soucier de la technologie � employer pour contacter R. Utilisation =========== + Principes --------- -Il n'est donc pas n�cessaire pour l'utilisateur de se soucier de la mani�re d'acc�der � R. Pour se faire, l'utilisateur ne s'adresse qu'� un proxy auquel il revient de d�terminer la technologie � employer. +Pour acc�der � R, l'utilisateur ne s'adresse qu'� un proxy auquel il revient de d�terminer la technologie � employer. + Ce proxy est repr�sent� par la classe *org.codelutin.j2r.RProxy*. La librairie LutinJ2R inclut plusieurs moyens d'acc�s � R. -Chacun de ses moyens est regroup� sous une interface commune qui d�finit la interactions possibles avec R : *org.codelutin.j2r.REngine*. +Chacun de ses moyens est regroup� sous une interface commune qui d�finit les interactions possibles avec R : *org.codelutin.j2r.REngine*. Le RProxy implante �galement cette interface, il s'utilise donc de la m�me mani�re. + Instanciation ------------- + La cr�ation du proxy est une simple instanciation. +:: + new RProxy(); + Dans la mesure o� la classe *RProxy* implante l'interface *REngine*, il est pr�f�rable de passer par cette interface : - | REngine engine; - | engine = new RProxy(); +:: + REngine engine; + engine = new RProxy(); + Note : En fonction des cas, il peut �tre n�cessaire de rajouter des import en d�but de classe : - | import org.codelutin.j2r.RProxy; - | import org.codelutin.j2r.REngine; +:: + import org.codelutin.j2r.RProxy; + import org.codelutin.j2r.REngine; + ou utiliser directement le nom complet des classes : - | org.codelutin.j2r.REngine engine; - | engine = new org.codelutin.j2r.RProxy(); +:: + org.codelutin.j2r.REngine engine; + engine = new org.codelutin.j2r.RProxy(); + Utilisation ----------- + Une fois que le proxy a �t� instanci�, il est alors possible d'utiliser R. Deux principales m�thodes sont � disposition : - - **Object eval(String expr)** : Cette m�thode prend une expression en param�tre sous forme de String, d�l�gue le calcul � R et renvoie le r�sultat. Le type de retour est d�termin� automatiquement et converti pour plus de simplicit�. Ainsi si le r�sultat est un tableau de double, l'objet de retour sera un double[]. - - **void voidEval(String expr)** : Cette m�thode est la m�me que la pr�c�dente � ceci pr�s qu'elle ne renvoie pas de r�sultat. Ceci permet d'�conomiser des temps de transfert et conversion lorsque ce n'est pas n�cessaire. Par exemple, lors d'une assignation *t<-0*, il n'est pas n�cessaire d'attendre de r�sultat. Cette fonctionnalit� est surtout utile pour la solution r�seau qui souffre de temps de transfert longs. +- **Object eval(String expr)** : Cette m�thode prend une expression en param�tre sous forme de String, d�l�gue le calcul � R et renvoie le r�sultat. Le type de retour est d�termin� automatiquement et converti pour plus de simplicit�. Ainsi si le r�sultat est un tableau de double, l'objet de retour sera un double[]. +- **void voidEval(String expr)** : Cette m�thode est la m�me que la pr�c�dente � ceci pr�s qu'elle ne renvoie pas de r�sultat. Ceci permet d'�conomiser des temps de transfert et conversion lorsque ce n'est pas n�cessaire. Par exemple, lors d'une assignation *t<-0*, il n'est pas n�cessaire d'attendre de r�sultat. Cette fonctionnalit� est surtout utile pour la solution r�seau qui souffre de temps de transfert longs. + A noter que ces deux m�thodes sont suceptibles de lever des exceptions de type *org.codelutin.j2r.RException* si un traitement a �chou�. Le mode d'utilisation est donc : - | engine.voidEval("t<-sin(0)"); - | double d = (Double)engine.eval("t"); +:: + engine.voidEval("t<-sin(0)"); + double d = (Double)engine.eval("t"); + Param�trage =========== + Par d�faut, le proxy essaye de se connecter en r�seau sur la machine locale. N�anmoins il peut �tre n�cessaire de changer de technologie ou encore d'utiliser une machine distante. -Le param�trage se fait par le biais d'une option au niveau de la JVM. Les options de la JVM permettent de positionner des param�tres qui ne sont pas directement li�s � l'application mais plut�t � son environnement d'�x�cution, comme la quantit� de m�moire allou�e, ... +Le param�trage se fait par le biais d'une option au niveau de la JVM. Les options de la JVM permettent de positionner des param�tres qui ne sont pas directement li�s � l'application mais plut�t � son environnement d'�x�cution, comme la quantit� de m�moire allou�e, ... + Choix de la technologie ----------------------- + Pour informer l'application du type de technologie � utiliser, il faut rajouter l'option *R.type* : - | **-DR.type=net** : pour une utilisation par le r�seau. - | **-DR.type=jni** : pour une utilisation pas JNI. +:: + -DR.type=net : pour une utilisation par le r�seau. + -DR.type=jni : pour une utilisation pas JNI. + La d�tection de la technologie � employer est ensuite faite au niveau du *RProxy*. + Param�tres suppl�mentaires -------------------------- -Aucun param�tre suppl�mentaire ne peut �tre utile � JNI, cette section concerne donc la solution r�seau. +Aucun param�tre suppl�mentaire ne peut �tre utile � JNI, cette section concerne donc la solution r�seau. + Par d�faut, la solution r�seau s'adresse � la machine locale (127.0.0.1) et sur le port par d�faut (6311), mais il est possible de sp�cifier une autre adresse de machine ou un autre port. L'option de JVM peut �tre suffix� des mani�res suivantes : - | **-DR.type=net://192.168.99.122** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* sur le port par d�faut. - | **-DR.type=net://:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine locale sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* suppl�mentaires. - | **-DR.type=net://192.168.99.122:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* et sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* entre l'adresse et le port. - \ No newline at end of file +:: + + -DR.type=net://192.168.99.122 : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* sur le port par d�faut. + -DR.type=net://:9999 : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine locale sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* suppl�mentaires. + -DR.type=net://192.168.99.122:9999 : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* et sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* entre l'adresse et le port. + Modified: pom.xml =================================================================== --- pom.xml 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ pom.xml 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -1,58 +1,116 @@ <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> -<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" - xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd"> +<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" + xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" + xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd"> -  - <modelVersion>4.0.0</modelVersion> - -  - <parent> - <groupId>lutinlib</groupId> - <artifactId>lutinproject</artifactId> - <version>2.0</version> - </parent> - -  - <artifactId>lutinj2r</artifactId> - <name>Lutin Java-2-R library</name> - -  - <packaging>jar</packaging> - -  - <version>0.1</version> - 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${reports} + <menu name="Survol"> + <item href="/etude.html" name="Etude"></item> + </menu> <menu name="Utilisateur"> - <item href="http://lutinbuilder.labs.libre-entreprise.org/maven2/lutinlib/lutinutil/" name="Téléchargement"/> + <item href="installation.html" name="Installation"/> + <item href="module.html" name="Utilisation"/> </menu> - <menu name="Developpeur"> - <item name="Todo" href="Todo.html"/> + <menu name="T�l�chargement"> + <item href="http://lutinbuilder.labs.libre-entreprise.org/maven2/lutinlib/lutinj2r/" name="Librairies Java"/> + <item href="/libsys/" name="Librairies Syst�me"/> </menu> + ${reports} + </body> </project>

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[LutinJ2R-commits] r8 - doc src/resources
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 07 Sep '06

07 Sep '06

Author: thimel Date: 2006-09-07 00:26:13 +0000 (Thu, 07 Sep 2006) New Revision: 8 Added: src/resources/JRI.zip Modified: doc/etude.rst doc/installation.rst doc/module.rst Log: - doc 100% - sources pour compilation des librairies syst?\195?\168me Modified: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-09-01 10:42:50 UTC (rev 7) +++ doc/etude.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) @@ -4,6 +4,7 @@ .. contents:: + Introduction ============ Modified: doc/installation.rst =================================================================== --- doc/installation.rst 2006-09-01 10:42:50 UTC (rev 7) +++ doc/installation.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) @@ -6,6 +6,7 @@ .. contents:: + Installation ============ @@ -47,11 +48,14 @@ Concr�tement R est pr�t. Cependant, si la plateforme ou l'architecture de la machine est particuli�re, il reste � compiler les sources natives (non-Java) du projet et cr�er une librairie adapt�e. -Heureusement, la proc�dure est simple +Heureusement, la proc�dure est simple : -XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX +Les sources � compiler font partie de l'archive src/resources/JRI.zip +Pour compiler la librairie, d�zippez dans un premier temps l'archive JRI.zip. Ensuite, exc�cutez le script nomm� "configure" de mani�re � pr�parer votre syst�me � la compilation. Enfin, effectuez la compilation � l'aide de la commande "make". +La compilation effectu�e, un fichier a �t� g�n�r�, dont le nom est propre � la plateforme (libjri.so, jri.dll, ...). Il ne reste plus qu'� configurer le syst�me comme indiqu� � l'�tape suivante. + Configuration ============= Modified: doc/module.rst =================================================================== --- doc/module.rst 2006-09-01 10:42:50 UTC (rev 7) +++ doc/module.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) @@ -8,6 +8,7 @@ l'utlisation, il n'est pas n�cessaire de se soucier de la technologie � employer pour contacter R. + Utilisation =========== Added: src/resources/JRI.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: src/resources/JRI.zip ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream

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[LutinJ2R-commits] r7 - src/test/org/codelutin/j2r
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 01 Sep '06

01 Sep '06

Author: thimel Date: 2006-09-01 10:42:50 +0000 (Fri, 01 Sep 2006) New Revision: 7 Modified: src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java Log: Amelioration des tests Modified: src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) +++ src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-09-01 10:42:50 UTC (rev 7) @@ -43,11 +43,13 @@ private static Log log = LogFactory.getLog(JNITest.class); private REngine engine; + private String savedRType; @Override protected void setUp() throws Exception { LutinTimer init = new LutinTimer(); init.startTiming(); + savedRType = System.getProperty("R.type", ""); System.setProperty("R.type", "jni"); if (engine == null) { engine = new RProxy(); @@ -60,10 +62,14 @@ @Override protected void tearDown() throws Exception { engine.terminate(); + System.setProperty("R.type", savedRType); } public void testDouble() throws Exception { assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); + engine.voidEval("t<-sin(0)"); + double d = (Double)engine.eval("t"); + assertEquals(0.0, d); } public void testIntArray() throws Exception { Modified: src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) +++ src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-09-01 10:42:50 UTC (rev 7) @@ -50,12 +50,14 @@ private static Log log = LogFactory.getLog(NetTest.class); private REngine engine; + private String savedRType; @Override protected void setUp() throws Exception { LutinTimer init = new LutinTimer(); init.startTiming(); -// System.setProperty("R.type", "net://192.168.99.122:6312"); + savedRType = System.getProperty("R.type", ""); + System.setProperty("R.type", "net://:6311"); if (engine == null) { engine = new RProxy(); } @@ -64,8 +66,17 @@ } } + @Override + protected void tearDown() throws Exception { + engine.terminate(); + System.setProperty("R.type", savedRType); + } + public void testDouble() throws Exception { assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); + engine.voidEval("t<-sin(0)"); + double d = (Double)engine.eval("t"); + assertEquals(0.0, d); } public void testIntArray() throws Exception {

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[LutinJ2R-commits] r6 - doc src/java/org/codelutin/j2r/net
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 01 Sep '06

01 Sep '06

Author: thimel Date: 2006-09-01 10:41:55 +0000 (Fri, 01 Sep 2006) New Revision: 6 Added: doc/module.rst Modified: doc/etude.rst doc/installation.rst src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java Log: - Doc 98% - Amelioration de la detection des params Modified: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ doc/etude.rst 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -1,3 +1,9 @@ +===================================================== +Etude et comparaison des moyens d'acc�der � R en Java +===================================================== + +.. contents:: + Introduction ============ Modified: doc/installation.rst =================================================================== --- doc/installation.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ doc/installation.rst 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -1,3 +1,7 @@ +============ +Installation +============ + Le pr�sent document a pour but de faciliter les diff�rentes installations n�cessaires en vue d'utiliser la librairie LutinJ2R. .. contents:: Added: doc/module.rst =================================================================== --- doc/module.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ doc/module.rst 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -0,0 +1,96 @@ +======================= +Documentation du module +======================= + +.. contents:: + +La librairie LutinJ2R est une passerelle d'acc�s � R. Ceci sous-entend qu'� +l'utlisation, il n'est pas n�cessaire de se soucier de la technologie � employer +pour contacter R. + +Utilisation +=========== + +Principes +--------- + +Il n'est donc pas n�cessaire pour l'utilisateur de se soucier de la mani�re d'acc�der � R. Pour se faire, l'utilisateur ne s'adresse qu'� un proxy auquel il revient de d�terminer la technologie � employer. + +Ce proxy est repr�sent� par la classe *org.codelutin.j2r.RProxy*. La librairie LutinJ2R inclut plusieurs moyens d'acc�s � R. +Chacun de ses moyens est regroup� sous une interface commune qui d�finit la interactions possibles avec R : *org.codelutin.j2r.REngine*. + +Le RProxy implante �galement cette interface, il s'utilise donc de la m�me mani�re. + +Instanciation +------------- + +La cr�ation du proxy est une simple instanciation. + + new RProxy(); + +Dans la mesure o� la classe *RProxy* implante l'interface *REngine*, il est pr�f�rable de passer par cette interface : + + | REngine engine; + | engine = new RProxy(); + +Note : + +En fonction des cas, il peut �tre n�cessaire de rajouter des import en d�but de classe : + + | import org.codelutin.j2r.RProxy; + | import org.codelutin.j2r.REngine; + +ou utiliser directement le nom complet des classes : + + | org.codelutin.j2r.REngine engine; + | engine = new org.codelutin.j2r.RProxy(); + + +Utilisation +----------- + +Une fois que le proxy a �t� instanci�, il est alors possible d'utiliser R. + +Deux principales m�thodes sont � disposition : + + - **Object eval(String expr)** : Cette m�thode prend une expression en param�tre sous forme de String, d�l�gue le calcul � R et renvoie le r�sultat. Le type de retour est d�termin� automatiquement et converti pour plus de simplicit�. Ainsi si le r�sultat est un tableau de double, l'objet de retour sera un double[]. + - **void voidEval(String expr)** : Cette m�thode est la m�me que la pr�c�dente � ceci pr�s qu'elle ne renvoie pas de r�sultat. Ceci permet d'�conomiser des temps de transfert et conversion lorsque ce n'est pas n�cessaire. Par exemple, lors d'une assignation *t<-0*, il n'est pas n�cessaire d'attendre de r�sultat. Cette fonctionnalit� est surtout utile pour la solution r�seau qui souffre de temps de transfert longs. + +A noter que ces deux m�thodes sont suceptibles de lever des exceptions de type *org.codelutin.j2r.RException* si un traitement a �chou�. + +Le mode d'utilisation est donc : + + | engine.voidEval("t<-sin(0)"); + | double d = (Double)engine.eval("t"); + + +Param�trage +=========== + +Par d�faut, le proxy essaye de se connecter en r�seau sur la machine locale. N�anmoins il peut �tre n�cessaire de changer de technologie ou encore d'utiliser une machine distante. + +Le param�trage se fait par le biais d'une option au niveau de la JVM. Les options de la JVM permettent de positionner des param�tres qui ne sont pas directement li�s � l'application mais plut�t � son environnement d'�x�cution, comme la quantit� de m�moire allou�e, ... + +Choix de la technologie +----------------------- + +Pour informer l'application du type de technologie � utiliser, il faut rajouter l'option *R.type* : + + | **-DR.type=net** : pour une utilisation par le r�seau. + | **-DR.type=jni** : pour une utilisation pas JNI. + +La d�tection de la technologie � employer est ensuite faite au niveau du *RProxy*. + +Param�tres suppl�mentaires +-------------------------- + +Aucun param�tre suppl�mentaire ne peut �tre utile � JNI, cette section concerne donc la solution r�seau. + +Par d�faut, la solution r�seau s'adresse � la machine locale (127.0.0.1) et sur le port par d�faut (6311), mais il est possible de sp�cifier une autre adresse de machine ou un autre port. + +L'option de JVM peut �tre suffix� des mani�res suivantes : + + | **-DR.type=net://192.168.99.122** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* sur le port par d�faut. + | **-DR.type=net://:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine locale sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* suppl�mentaires. + | **-DR.type=net://192.168.99.122:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* et sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* entre l'adresse et le port. + \ No newline at end of file Modified: src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -53,6 +53,7 @@ public class RNetEngine implements REngine { public static final int DEFAULT_PORT = 6311; + public static final String DEFAULT_HOST = "127.0.0.1"; private Log log = LogFactory.getLog(RNetEngine.class); @@ -64,7 +65,7 @@ public boolean init() { String typeProp = System.getProperty("R.type", "net"); int urlPos = typeProp.indexOf("net://"); - String host = "127.0.0.1"; + String host = null; String portAsString = null; if (urlPos != -1) { String url = typeProp.substring(urlPos + 6); @@ -76,6 +77,9 @@ host = url; } } + if (host == null || "".equals(host)) { + host = DEFAULT_HOST; + } int port = DEFAULT_PORT; if (portAsString != null) { try {

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