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r1511 - trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 19 Jan '14

19 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-19 14:15:24 +0100 (Sun, 19 Jan 2014) New Revision: 1511 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1511 Log: refs #4135: [EXPORT GENERIQUE] demande d'?\195?\169volutions Modified: trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/AccidentalCatchExportModel.java trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/CatchExportModel.java trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/IndividualObservationExportModel.java trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/MarineLitterExportModel.java Modified: trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/AccidentalCatchExportModel.java =================================================================== --- trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/AccidentalCatchExportModel.java 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) +++ trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/AccidentalCatchExportModel.java 2014-01-19 13:15:24 UTC (rev 1511) @@ -77,7 +77,7 @@ newColumnForExport("Code_station", FishingOperation.PROPERTY_STATION_NUMBER); newColumnForExport("Id_Operation", FishingOperation.PROPERTY_FISHING_OPERATION_NUMBER, TuttiCsvUtil.INTEGER); newColumnForExport("Poche", FishingOperation.PROPERTY_MULTIRIG_AGGREGATION); - newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); +// newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); newColumnForExport("BatchId", AccidentalCatchExportRow.PROPERTY_BATCH_ID, TuttiCsvUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newColumnForExport("ReferenceTaxonId", AccidentalBatch.PROPERTY_SPECIES + "." + Species.PROPERTY_REFERENCE_TAXON_ID, TuttiCsvUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/CatchExportModel.java =================================================================== --- trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/CatchExportModel.java 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) +++ trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/CatchExportModel.java 2014-01-19 13:15:24 UTC (rev 1511) @@ -71,12 +71,11 @@ newColumnForExport("Code_station", FishingOperation.PROPERTY_STATION_NUMBER); newColumnForExport("Id_Operation", FishingOperation.PROPERTY_FISHING_OPERATION_NUMBER, TuttiCsvUtil.INTEGER); newColumnForExport("Poche", FishingOperation.PROPERTY_MULTIRIG_AGGREGATION); - newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); +// newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); newColumnForExport("Code_Taxon", SpeciesBatch.PROPERTY_SPECIES + "." + Species.PROPERTY_REFERENCE_TAXON_ID, TuttiCsvUtil.INTEGER); newColumnForExport("Code_Espece_Campagne", SpeciesBatch.PROPERTY_SPECIES + "." + Species.PROPERTY_SURVEY_CODE); newColumnForExport("Nom_scientifique", SpeciesBatch.PROPERTY_SPECIES + "." + Species.PROPERTY_NAME); newColumnForExport("Commentaire", SpeciesBatch.PROPERTY_COMMENT); - //FIXME Use me newColumnForExport("Coef_Final_Elevation", CatchExportRow.FINAL_RAISING_FACTOR); for (SampleCategoryModelEntry entry : sampleCategoryModel.getCategory()) { addSampleCategory(entry.getCanonicalLabel(), entry.getOrder()); @@ -95,6 +94,7 @@ newColumnForExport("Poids_Reference", CatchExportRow.REFERENCE_WEIGHT, TuttiCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newColumnForExport("Coef_Elev_Espece_Capture", CatchExportRow.RAISING_FACTOR, TuttiCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + newColumnForExport("Coef_Final_Elevation", CatchExportRow.FINAL_RAISING_FACTOR, TuttiCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); } public void prepareRows(PersistenceService persistenceService, Modified: trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/IndividualObservationExportModel.java =================================================================== --- trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/IndividualObservationExportModel.java 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) +++ trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/IndividualObservationExportModel.java 2014-01-19 13:15:24 UTC (rev 1511) @@ -49,24 +49,16 @@ */ public class IndividualObservationExportModel extends TuttiCsvUtil.AbstractTuttiExportModel<IndividualObservationExportRow> { -// protected final Caracteristic caracteristicSample; -// -// protected final Caracteristic caracteristicOtolithe; - protected final Caracteristic caracteristicWeight; protected final Caracteristic caracteristicPmfmId; public IndividualObservationExportModel( char separator, -// Caracteristic caracteristicSample, -// Caracteristic caracteristicOtolithe, Caracteristic caracteristicWeight, Caracteristic caracteristicPmfmId) { super(separator); -// this.caracteristicSample = caracteristicSample; -// this.caracteristicOtolithe = caracteristicOtolithe; this.caracteristicWeight = caracteristicWeight; this.caracteristicPmfmId = caracteristicPmfmId; @@ -77,7 +69,7 @@ newColumnForExport("Code_station", FishingOperation.PROPERTY_STATION_NUMBER); newColumnForExport("Id_Operation", FishingOperation.PROPERTY_FISHING_OPERATION_NUMBER, TuttiCsvUtil.INTEGER); newColumnForExport("Poche", FishingOperation.PROPERTY_MULTIRIG_AGGREGATION); - newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); +// newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); newColumnForExport("BatchId", IndividualObservationExportRow.PROPERTY_BATCH_ID, TuttiCsvUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newColumnForExport("ReferenceTaxonId", IndividualObservationBatch.PROPERTY_SPECIES + "." + Species.PROPERTY_REFERENCE_TAXON_ID, TuttiCsvUtil.PRIMITIVE_INTEGER); @@ -98,20 +90,6 @@ if (CollectionUtils.isNotEmpty(observations)) { for (IndividualObservationBatch child : observations) { -// addCaracteristicRow(rows, -// cruise, -// operation, -// child, -// caracteristicSample, -// child.getSamplingCode()); -// -// addCaracteristicRow(rows, -// cruise, -// operation, -// child, -// caracteristicOtolithe, -// child.getCalcifiedPieceSamplingCode()); - addCaracteristicRow(rows, cruise, operation, Modified: trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/MarineLitterExportModel.java =================================================================== --- trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/MarineLitterExportModel.java 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) +++ trunk/tutti-service/src/main/java/fr/ifremer/tutti/service/export/generic/MarineLitterExportModel.java 2014-01-19 13:15:24 UTC (rev 1511) @@ -54,7 +54,7 @@ newColumnForExport("Code_station", FishingOperation.PROPERTY_STATION_NUMBER); newColumnForExport("Id_Operation", FishingOperation.PROPERTY_FISHING_OPERATION_NUMBER, TuttiCsvUtil.INTEGER); newColumnForExport("Poche", FishingOperation.PROPERTY_MULTIRIG_AGGREGATION); - newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); +// newColumnForExport("Navire", Cruise.PROPERTY_VESSEL, TuttiCsvUtil.VESSEL_VALUE_FORMATTER); newColumnForExport("MarineLitterCategory", MarineLitterBatch.PROPERTY_MARINE_LITTER_CATEGORY, TuttiCsvUtil.CARACTERISTIC_VALUE_FORMATTER); newColumnForExport("MarineLitterSizeCategory", MarineLitterBatch.PROPERTY_MARINE_LITTER_SIZE_CATEGORY, TuttiCsvUtil.CARACTERISTIC_VALUE_FORMATTER);

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r1510 - in trunk/tutti-ui-swing/src/main/help: export fr
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 19 Jan '14

19 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-19 13:58:20 +0100 (Sun, 19 Jan 2014) New Revision: 1510 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1510 Log: refs #3939: [SPECS] Fournir la documentation sur le format g?\195?\169n?\195?\169rique Added: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/exportCruise-example.zip Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/accidentalCatch.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/catch.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/individualObservation.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/marineLitter.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/operation.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/parameter.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/species.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/survey.csv trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/genericExport.html Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/accidentalCatch.csv =================================================================== --- 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100;A;1;1;278970;100007;11183;Brissopsis atlantica;;101;10.0; +Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;BatchId;ReferenceTaxonId;ReferenceTaxonName;Commentaire;CaracteristicId;CaracteristicValue +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;31;4098;Abralia;commentaire capture accidentelle;1393;Rejet mort; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;31;4098;Abralia;commentaire capture accidentelle;196;Femelle; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;31;4098;Abralia;commentaire capture accidentelle;220;12.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;31;4098;Abralia;commentaire capture accidentelle;1433;323; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;31;4098;Abralia;commentaire capture accidentelle;323;1.0; Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/catch.csv =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/catch.csv 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/catch.csv 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -1,7 +1,9 @@ -Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Numero_Trait;Poche;Navire;Taxon;Nom_scientifique;Commentaire;V_HV;Num_Ordre_V_HV_H2;Tot_V_HV;Ech_V_HV;Type_Volume_Poids_V_HV;Unite_Volume_Poids_V_HV;Class_Tri_;Num_Ordre_Class_Tri__H2;Tot_Class_Tri_;Ech_Class_Tri_;Type_Volume_Poids_Class_Tri_;Unite_Volume_Poids_Class_Tri_;Sexe;Num_Ordre_Sexe_H2;Tot_Sexe;Ech_Sexe;Type_Volume_Poids_Sexe;Unite_Volume_Poids_Sexe;Maturité;Num_Ordre_Maturité_H2;Tot_Maturité;Ech_Maturité;Type_Volume_Poids_Maturité;Unite_Volume_Poids_Maturité;Age;Num_Ordre_Age_H2;Tot_Age;Ech_Age;Type_Volume_Poids_Age;Unite_Volume_Poids_Age;Code_Longueur;Libelle_Longueur;Taille;NumOrdre_Taille_H2;Poids_Classe_Taille;Unite_Taille;Precision_Mesure;Nbr;Poids_Reference;Coef_Elev_Espece_Capture -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;495;Abralia veranyi;|Commentaire Espèce Très gros;Vrac;1;;;Poids;kg;TG - Très gros;1;50.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;299;Longueur céphalothoracique (LC) - individu - céphalothorax - Mesure au mm par un observateur;10.0;1;10.0;mm;1.0;3;10.0;6.4942336; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;495;Abralia veranyi;|Commentaire Espèce Très gros;Vrac;1;;;Poids;kg;TG - Très gros;1;50.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;299;Longueur céphalothoracique (LC) - individu - céphalothorax - Mesure au mm par un observateur;11.0;2;3.0;mm;1.0;2;3.0;21.647446; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;495;Abralia veranyi;|;Vrac;1;;;Poids;kg;G - Gros;2;10.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;;10.0;6.4942336; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;495;Abralia veranyi;;Hors Vrac;1;5.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;1;5.0;1.0; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;4626;Adamsia carciniopados;Commentaires benthos|;Vrac;1;;;Poids;kg;TG - Très gros;1;0.5;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;;0.5;1.5153213; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;4626;Adamsia carciniopados;Commentaires benthos|;Vrac;1;;;Poids;kg;G - Gros;2;0.2;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;;0.2;3.7883031; +Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;Code_Taxon;Code_Espece_Campagne;Nom_scientifique;Commentaire;V_HV;Num_Ordre_V_HV_H2;Tot_V_HV;Ech_V_HV;Type_Volume_Poids_V_HV;Unite_Volume_Poids_V_HV;Class_Tri_;Num_Ordre_Class_Tri__H2;Tot_Class_Tri_;Ech_Class_Tri_;Type_Volume_Poids_Class_Tri_;Unite_Volume_Poids_Class_Tri_;Sexe;Num_Ordre_Sexe_H2;Tot_Sexe;Ech_Sexe;Type_Volume_Poids_Sexe;Unite_Volume_Poids_Sexe;Maturité;Num_Ordre_Maturité_H2;Tot_Maturité;Ech_Maturité;Type_Volume_Poids_Maturité;Unite_Volume_Poids_Maturité;Age;Num_Ordre_Age_H2;Tot_Age;Ech_Age;Type_Volume_Poids_Age;Unite_Volume_Poids_Age;Code_Longueur;Libelle_Longueur;Taille;NumOrdre_Taille_H2;Poids_Classe_Taille;Unite_Taille;Precision_Mesure;Nbr;Poids_Reference;Coef_Elev_Espece_Capture;Coef_Final_Elevation +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;1749;;Ammodytes tobianus;Commentaire V|;Vrac;1;;;Poids;kg;TG - Très gros;1;20.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;;20.0;4.5;0.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;1749;;Ammodytes tobianus;Commentaire V|Commentaire V/G|;Vrac;1;;;Poids;kg;G - Gros;2;70.0;;Poids;kg;Male;1;67.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;323;Largeur céphalothoracique (LAC) - individu - céphalothorax - Mesure au mm par un observateur;10.0;1;10.0;mm;1.0;12;10.0;9.0;0.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;1749;;Ammodytes tobianus;Commentaire V|Commentaire V/G|;Vrac;1;;;Poids;kg;G - Gros;2;70.0;;Poids;kg;Male;1;67.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;323;Largeur céphalothoracique (LAC) - individu - céphalothorax - Mesure au mm par un observateur;11.0;2;12.0;mm;1.0;2;12.0;7.5;0.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;1749;;Ammodytes tobianus;Commentaire V|Commentaire V/G|;Vrac;1;;;Poids;kg;G - Gros;2;70.0;;Poids;kg;Male;1;67.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;323;Largeur céphalothoracique (LAC) - individu - céphalothorax - Mesure au mm par un observateur;12.0;3;12.0;mm;1.0;3;12.0;7.5;0.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;1749;;Ammodytes tobianus;Commentaire V|Commentaire V/G|Commentaire V/G/F;Vrac;1;;;Poids;kg;G - Gros;2;70.0;;Poids;kg;Femelle;2;3.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;12;3.0;30.0;0.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;1938;;Agonus cataphractus;|;Vrac;2;;;Poids;kg;G - Gros;1;10.0;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;2;10.0;1.0;0.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;4622;;Abietinaria abietina;commentaire benthos V|commentaire benthos V/G;Vrac;1;;;Poids;kg;G - Gros;1;0.5;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;;0.5;1.4;0.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;4622;;Abietinaria abietina;commentaire benthos V|commentaire benthos V/M;Vrac;1;;;Poids;kg;M - Moyen;2;0.2;;Poids;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;NA;;;;;kg;;;;;;;;1;0.2;3.5;0.0; Added: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/exportCruise-example.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/exportCruise-example.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/individualObservation.csv =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/individualObservation.csv 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/individualObservation.csv 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -1,17 +1,12 @@ -Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Numero_Trait;Poche;Navire;BatchId;ReferenceTaxonId;ReferenceTaxonName;Commentaire;CaracteristicId;CaracteristicValue -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100001;495;Abralia veranyi;;1433;299; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100001;495;Abralia veranyi;;299;10.0; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100001;495;Abralia veranyi;;198;TG - Très gros; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100002;495;Abralia veranyi;;1433;299; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100002;495;Abralia veranyi;;299;10.0; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100002;495;Abralia veranyi;;198;TG - Très gros; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100003;495;Abralia veranyi;;1433;299; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100003;495;Abralia veranyi;;299;10.0; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100003;495;Abralia veranyi;;198;TG - Très gros; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100004;495;Abralia veranyi;;1433;299; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100004;495;Abralia veranyi;;299;11.0; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100004;495;Abralia veranyi;;198;TG - Très gros; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100005;495;Abralia veranyi;;1433;299; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100005;495;Abralia veranyi;;299;11.0; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100005;495;Abralia veranyi;;198;TG - Très gros; -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;100006;495;Abralia veranyi;;220;5.0; +Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;BatchId;ReferenceTaxonId;ReferenceTaxonName;Commentaire;CaracteristicId;CaracteristicValue +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;29;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 1;220;0.09; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;29;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 1;1433;299; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;29;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 1;299;2.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;29;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 1;198;G - Gros; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;29;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 1;196;UNK - Indetermine; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;29;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 1;1435;1; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;30;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 2;220;0.02; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;30;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 2;1433;299; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;30;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 2;299;2.0; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;30;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 2;198;G - Gros; +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;30;1938;Agonus cataphractus;commentaire observation individuelle 2;1435;2; Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/marineLitter.csv =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/marineLitter.csv 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/marineLitter.csv 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -1,2 +1,2 @@ -Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Numero_Trait;Poche;Navire;MarineLitterCategory;MarineLitterSizeCategory;Number;Weight;Commentaire -2014;Export Générique;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;A;1;1;278970;"L3d Objets métalliques de grande taille - Barils, pièces de machinerie, appareils électriques, etc.";A: <5*5 cm= 25 cm2;2;10.0;Grille pains; +Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;MarineLitterCategory;MarineLitterSizeCategory;Number;Weight;Commentaire +2014;Campagne CGFS;;OTT 15/21.2;A;1;1;"L3d Objets métalliques de grande taille - Barils, pièces de machinerie, appareils électriques, etc.";A: <5*5 cm= 25 cm2;12;20.0;commentaire macro-dechet; Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/operation.csv =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/operation.csv 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/operation.csv 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -1,2 +1,2 @@ -Annee;Serie;Serie_Partielle;Code_Station;Numero_Trait;Poche;Engin;Navire;DateDeb_Op;LatDeb;LongDeb;DateFin_Op;LatFin;LongFin;Duree;Strate;Sous-Strate;Localite;Validite_OP;Rectiligne;Distance;Ouv_Verticale;Ouv_Horizontale_Ailes;Ouv_Horizontale_Panneaux;Saisisseur;NavireAssocie;Commentaire;Poids_Total;Poids_Total_Calcule;Poids_Total_Vrac;Poids_Total_Vrac_Calcule;Poids_Total_HorsVrac;Poids_Total_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Non_Trie;Poids_Total_Non_Trie_Calcule;Poids_Total_Tremis;Poids_Total_Tremis_Calcule;Poids_Total_Carroussel;Poids_Total_Carroussel_Calcule;Poids_Total_Espece;Poids_Total_Espece_Calcule;Poids_Total_Espece_Vrac;Poids_Total_Espece_Vrac_Calcule;Poids_Total_Espece_Vrac_Trie;Poids_Total_Espece_Vrac_Trie_Calcule;Poids_Total_Espece_HorsVrac;Poids_Total_Espece_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Espece_Inerte_Trie;Poids_Total_Espece_Inerte_Trie_Calcule;Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie;Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie_Calcule;Poids_Total_Benthos;Poids_Total_Benthos_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vrac;Poids_Total_Benthos_Vrac_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie;Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie_Calcule;Poids_Total_Benthos_HorsVrac;Poids_Total_Benthos_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie;Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie;Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie_Calcule;Poids_Total_Macro_Dechet;Poids_Total_Macro_Dechet_Calcule -2014;Export Générique;1;A;1;1;SENSOR Micrel/NKE TPS 100;278970;17/01/2014 00:00:00;41.3;1.5;17/01/2014 01:00:00;41.3;1.6;60;Strate 1D;NA;Localité 1D1;Y;Y;8363.0;NA;NA;NA;Ching-Maria VILLANUEVA|Joel VIGNEAU;005-07 (nat.) - NAVIRE OFIMER|FRA000868095 - THALASSA;;70.7;Y;60.7;Y;5.0;Y;5.0;N;;?;;?;65.0;Y;60.0;Y;60.0;Y;5.0;Y;0.0;Y;0.0;Y;0.7;Y;0.7;Y;0.7;Y;0.0;Y;0.0;Y;0.0;Y;10.0;Y; +Annee;Serie;Serie_Partielle;Code_Station;Id_Operation;Poche;Engin;Navire;DateDeb_Op;LatDeb;LongDeb;DateFin_Op;LatFin;LongFin;Duree;Strate;Sous-Strate;Localite;Validite_OP;Rectiligne;Distance;Saisisseur;NavireAssocie;Commentaire;Poids_Total;Poids_Total_Calcule;Poids_Total_Vrac;Poids_Total_Vrac_Calcule;Poids_Total_HorsVrac;Poids_Total_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Non_Trie;Poids_Total_Non_Trie_Calcule;Poids_Total_Tremis;Poids_Total_Tremis_Calcule;Poids_Total_Carroussel;Poids_Total_Carroussel_Calcule;Poids_Total_Espece;Poids_Total_Espece_Calcule;Poids_Total_Espece_Vrac;Poids_Total_Espece_Vrac_Calcule;Poids_Total_Espece_Vrac_Trie;Poids_Total_Espece_Vrac_Trie_Calcule;Poids_Total_Espece_HorsVrac;Poids_Total_Espece_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Espece_Inerte_Trie;Poids_Total_Espece_Inerte_Trie_Calcule;Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie;Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie_Calcule;Poids_Total_Benthos;Poids_Total_Benthos_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vrac;Poids_Total_Benthos_Vrac_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie;Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie_Calcule;Poids_Total_Benthos_HorsVrac;Poids_Total_Benthos_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie;Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie;Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie_Calcule;Poids_Total_Macro_Dechet;Poids_Total_Macro_Dechet_Calcule +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;OTT 15/21.2;854508;19/01/2014 00:00:00;45.1;0.45;19/01/2014 01:00:00;45.1;0.49;60;Strate 1D;NA;Localité 1D2;Y;Y;3143.0;Claire VOLNY-ANNE|Celine VIGNOT;000 (nat.) - NAVIRE OFIMER|FRA000385795 - THALIA;commentaire Trait;100.7;Y;100.7;Y;0.0;Y;0.0;Y;-9.0;?;-9.0;?;100.0;Y;100.0;Y;100.0;Y;0.0;Y;0.0;Y;0.0;Y;0.72;Y;0.72;Y;0.72;Y;0.0;Y;0.02;N;0.0;Y;20.0;Y; Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/parameter.csv =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/parameter.csv 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/parameter.csv 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -1,8 +1,19 @@ -Annee;Serie;Serie_Partielle;Code_station;Numero_Trait;Poche;Code_PMFM;Libelle_PMFm;Valeur -2014;Export Générique;1;A;1;1;833;Ouverture verticale (chalut ou drague) - opération - totale - Instrument de bord;2.0; -2014;Export Générique;1;A;1;1;828;Ouverture Horizontale aux pointes d'ailes - opération - totale - Instrument de bord;3.0; -2014;Export Générique;1;A;1;1;905;Longueur d'un bras - engin - bras - Inconnue;5.0; -2014;Export Générique;1;A;1;1;826;Longueur des funes - opération - totale - Instrument de bord;6.0; -2014;Export Générique;1;A;1;1;863;"Température - masse d'eau, eau brute - Fond début de pêche - Instrument de bord";10.0; -2014;Export Générique;1;A;1;1;862;"Température - masse d'eau, eau brute - Fond fin de pêche - Instrument de bord";9.0; -2014;Export Générique;1;A;1;1;173;"Profondeur fond - masse d'eau, eau brute - totale - Inconnue";100.0; +Annee;Serie;Serie_Partielle;Code_station;Id_Operation;Poche;Code_PMFM;Libelle_PMFm;Valeur +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;828;Ouverture Horizontale aux pointes d'ailes - opération - totale - Instrument de bord;12.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;965;Ouverture verticale (chalut ou drague) - engin - totale - Inconnue;3.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;855;Sonde - opération - Début de pêche - Instrument de bord;4.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;826;Longueur de fune - opération - totale - Instrument de bord;33.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;854;Sonde - opération - Fin de pêche - Instrument de bord;3.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;194;"Etat de la mer - masse d'eau, eau brute - totale - Observation par un observateur";"0 - calme, vagues absentes"; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;230;Vitesse du vent - air - totale - Inconnue;12.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;847;"Salinité - masse d'eau, eau brute - Fond début de pêche - Instrument de bord";34.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;848;"Salinité - masse d'eau, eau brute - Fond fin de pêche - Instrument de bord";44.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;849;"Salinité moyenne - masse d'eau, eau brute - Fond total - Instrument de bord";4.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;850;"Salinité - masse d'eau, eau brute - Surface mise à l'eau - Instrument de bord";4.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;851;"Salinité - masse d'eau, eau brute - Surface sortie de l'eau - Instrument de bord";4.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;862;"Température - masse d'eau, eau brute - Fond fin de pêche - Instrument de bord";3.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;863;"Température - masse d'eau, eau brute - Fond début de pêche - Instrument de bord";55.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;881;"Température moyenne - masse d'eau, eau brute - Fond total - Instrument de bord";5.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;882;"Température - masse d'eau, eau brute - Surface mise à l'eau - Instrument de bord";5.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;883;"Température - masse d'eau, eau brute - Surface sortie de l'eau - Instrument de bord";5.0; +2014;Campagne CGFS;;A;1;1;821;Direction vent - air - totale - Instrument de bord;33.0; Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/species.csv =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/species.csv 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/species.csv 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -1,4 +1,5 @@ Id;Code_Rubin;Nom Scientifique;Code campagne -495;ABRLVER;Abralia veranyi;ABRAVER; -4626;ADAMCAR;Adamsia carciniopados;; -11183;;Brissopsis atlantica;; +1749;AMMOTOB;Ammodytes tobianus;AMMOTOB; +1938;AGONCAT;Agonus cataphractus;AGONCAT; +4098;ABRL;Abralia;; +4622;ABIEABI;Abietinaria abietina;; Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/survey.csv =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/survey.csv 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/export/survey.csv 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -1,2 +1,2 @@ Annee;Serie;Serie_Partielle;Navire;Pays;Zone_Etude;Campagne;Id_Sismer;Date_Deb_Campagne;Port_Deb_Campagne;Date_Fin_Campagne;Port_Fin_Campagne;Chef_Mission;Resp_Salle_Tri;Commentaire -2014;Export Générique;1;278970;FRA;CGFS - Manche Est / Sud Mer du Nord;Export Générique_2014_1;;14/01/2014 00:00:00;La Barbotière (Gujan-Mestras);29/01/2014 00:00:00;Etang de Palo;Adrian LEVREL|Alain BISEAU;Alain BISEAU|Alain TETARD;; +2014;Campagne CGFS;;854508;FRA;CGFS - Manche Est / Sud Mer du Nord;Campagne CGFS_2014;;19/01/2014 00:00:00;La Barbotière (Gujan-Mestras);25/01/2014 00:00:00;La Barbotière (Gujan-Mestras);- Testeur Ifremer;Adrian LEVREL;; Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/genericExport.html =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/genericExport.html 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/genericExport.html 2014-01-19 12:58:20 UTC (rev 1510) @@ -64,6 +64,8 @@ ├── parameter.csv ├── species.csv └── survey.csv</pre> + <p>Vous pouvez télécharger <a href="../export/exportCruise-example.zip" target="export">un exemple d'export générique.</a></p> + <h2>Fichier accidentalCatch.csv</h2> <p> Ce fichier contient les <strong>Captures accidentelles</strong>. @@ -89,10 +91,9 @@ <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> <tr><td>Code_station</td><td>Opération</td><td>Code station</td><td></td></tr> - <tr><td>Numero_Trait</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> + <tr><td>Id_Operation</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> <tr><td>Poche</td><td>Opération</td><td>Numéro de pôche</td><td></td></tr> - <tr class='danger'><td>Navire</td><td>Opération</td><td>Navire</td><td><strong>A supprimer?</strong></td></tr> - <tr class='active'><td>BatchId</td><td>Opération > Capture</td><td>Numéro de lôt de capture</td><td>Id technique non visible à l'écran</td></tr> + <tr class='active'><td>BatchId</td><td>Opération > Capture</td><td>Numéro de lôt de capture</td><td>Id du lot capture</td></tr> <tr><td>ReferenceTaxonId</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> <tr><td>ReferenceTaxonName</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> <tr><td>Commentaire</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Commentaire</td><td></td></tr> @@ -101,7 +102,14 @@ </tbody> </table> - <p><strong>(1)</strong> On retrouve aussi les caractéristiques définies dans le protocole > Caractéristiques > Observations individuelles qui sont des colonnes du tableau</p> + <p><strong>(1)</strong> On retrouve en plus les caractéristiques définies directement dans le tableau :</p> + <ul> + <li>Tableau > Sexe</li> + <li>Tableau > Poids observé</li> + <li>Tableau > Taille</li> + <li>Tableau > Classe de taille</li> + <li>Tableau > Mort ou vivant</li> + </ul> <h2>Fichier catch.csv</h2> <p> Ce fichier contient les données des <strong>Captures espèces et benthos</strong>. @@ -127,36 +135,62 @@ <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> <tr><td>Code_station</td><td>Opération</td><td>Code station</td><td></td></tr> - <tr><td>Numero_Trait</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> + <tr><td>Id_Operation</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> <tr><td>Poche</td><td>Opération</td><td>Numéro de pôche</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> - <tr class='danger'><td>Navire</td><td>Opération</td><td>Navire</td><td><strong>A supprimer?</strong></td></tr> - <tr><td>Taxon</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> + <tr><td>Code_Taxon</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> + <tr><td>Code_Espece_Campagne</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> <tr><td>Nom_scientifique</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> - <tr><td>Commentaire</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Commentaire</td><td></td></tr> - <tr><td>V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Poids Vrac</td><td></td></tr> - <tr><td>Num_Ordre_V_HV_H2</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Numéro ordre du lot</td><td></td></tr> - <tr><td>Tot_V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Vrac (sur le lôt père)</td><td></td></tr> + <tr><td>Commentaire</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Commentaire</td><td>Les commentaires séparés par des <strong>|</strong>; en partant du lôt père jusqu'au lot feuille</td></tr> + <tr><td>V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Poids Vrac</td><td>Valeur: <strong>Vrac</strong> ou <strong>Hors Vrac</strong></td></tr> + <tr class='active'><td>Num_Ordre_V_HV_H2</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Numéro ordre du lot</td><td>(rankOrder)</td></tr> + <tr><td>Tot_V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Vrac / Hors Vrac</td><td></td></tr> <tr><td>Ech_V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Tableau > Poids sous échantillonné</td><td></td></tr> - <tr><td>Type_Volume_Poids_V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>TODO</td><td></td></tr> - <tr><td>Unite_Volume_Poids_V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>TODO</td><td></td></tr> + <tr class='active'><td>Type_Volume_Poids_V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td></td><td>Poids ou volume (toujours <strong>Poids</strong>)</td></tr> + <tr class='active'><td>Unite_Volume_Poids_V_HV</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td></td><td>Unité de poids (toujours <strong>kg</strong>)</td></tr> <tr><td>(1)</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Catégorisations</td><td></td></tr> - <tr><td>Code_Longueur</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>TODO</td><td></td></tr> - <tr><td>Libelle_Longueur</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>TODO</td><td></td></tr> - <tr><td>Taille</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>TODO</td><td></td></tr> - <tr><td>NumOrdre_Taille_H2</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>TODO</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Classe_Taille</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Poids</td><td></td></tr> - <tr><td>Unite_Taille</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Classe de taille</td><td></td></tr> - <tr><td>Precision_Mesure</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Précision</td><td></td></tr> - <tr><td>Nbr</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Nombre d'individus</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Reference</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Poids de référence</td><td></td></tr> - <tr><td>Coef_Elev_Espece_Capture</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>coefficient d'élévation à la capture totale</td><td></td></tr> + <tr><td>Code_Longueur</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Type de mesure</td><td></td></tr> + <tr><td>Libelle_Longueur</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Type de mesure</td><td></td></tr> + <tr><td>Taille</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Tableau > Taille</td><td></td></tr> + <tr class='active'><td>NumOrdre_Taille_H2</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Numéro ordre du lot</td><td>(rankOrder)</td></tr> + <tr><td>Poids_Classe_Taille</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Tableau > Poids observé</td><td></td></tr> + <tr><td>Unite_Taille</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Type de mesure</td><td></td></tr> + <tr><td>Precision_Mesure</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Type de mesure</td><td></td></tr> + <tr><td>Nbr</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations</td><td>Tableau > Nombre</td><td></td></tr> + <tr class='active'><td>Poids_Reference</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Poids de référence</td><td>Poids utilisé pour faire l'élévation</td></tr> + <tr class='active'><td>Coef_Elev_Espece_Capture</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Coefficient d'élévation à la capture totale</td><td>Valeur calculée</td></tr> + <tr class='danger'><td>Coef_Final_Elevation</td><td>Opération > Captures > Espèces ou Benthos</td><td>Coefficient d'élévation par catégorie à la capture totale</td><td>Valeur calculée à définir</td></tr> </tbody> </table> - + <p><strong>(1)</strong> Comme pour <strong>V_HV</strong>; pour chaque catégorisation <strong>XXX</strong> on aura 6 colonnes :</p> + <dl> + <dt>XXX</dt> + <dd> + Valeur de la catégorisation (i.e valeur de la catartéristique) (<strong>NA</strong> si cette catégorisation n'est pas utilisée) + </dd> + <dt>Num_Ordre_XXX</dt> + <dd> + La position du lot (technique) + </dd> + <dt>Tot_XXX</dt> + <dd> + Tableau > XXX + <br/> + Le poids total pour tous les lots de cette catégorie + </dd> + <dt>Ech_XXX</dt> + <dd>Tableau > Poids sous échantillonné + <br/> + Le poids échantillon de enregistre les modifications faites dans les différents champs. + </dd> + <dt>Type_Volume_Poids_XXX</dt> + <dd>Poids ou volume (toujours <strong>Poids</strong>)</dd> + <dt>Unite_Volume_Poids_XXX</dt> + <dd>Unité de poids (toujours <strong>kg</strong>)</dd> + </dl> <h2>Fichier gearCaracteristics.csv</h2> <p> - Ce fichier contient les données de <strong>mises en oeuvre de l'engin</strong>. + Ce fichier contient les caractéristiques des engins d'une campagne. </p> <h3>Entête du fichier</h3> <pre> @@ -177,10 +211,10 @@ <tr><td>Annee</td><td>Campagne</td><td>Date de début</td><td>format YYYY</td></tr> <tr><td>Serie</td><td>Campagne</td><td>Série</td><td></td></tr> <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> - <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> - <tr><td>Code_PMFM</td><td>Opération > Mise en oeuvre de l'engin</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> - <tr><td>Libelle_PMFM</td><td>Opération > Mise en oeuvre de l'engin</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> - <tr><td>Valeur</td><td>Opération > Mise en oeuvre de l'engin</td><td>Tableau > Valeur</td><td></td></tr> + <tr><td>Engin</td><td>Campagne</td><td>Engin</td><td></td></tr> + <tr><td>Code_PMFM</td><td>Campagne > Engin</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> + <tr><td>Libelle_PMFM</td><td>Campagne > Engin</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> + <tr><td>Valeur</td><td>Campagne > Engin</td><td>Tableau > Valeur</td><td></td></tr> </tbody> </table> @@ -209,19 +243,20 @@ <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> <tr><td>Code_station</td><td>Opération</td><td>Code station</td><td></td></tr> - <tr><td>Numero_Trait</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> + <tr><td>Id_Operation</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> <tr><td>Poche</td><td>Opération</td><td>Numéro de pôche</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> - <tr class='danger'><td>Navire</td><td>Opération</td><td>Navire</td><td><strong>A supprimer?</strong></td></tr> <tr><td>BatchId</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Id technique</td><td></td></tr> <tr><td>ReferenceTaxonId</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> <tr><td>ReferenceTaxonName</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Espèce</td><td></td></tr> <tr><td>Commentaire</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Commentaire</td><td></td></tr> - <tr><td>CaracteristicId</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> - <tr><td>CaracteristicValue</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Valeur</td><td></td></tr> + <tr><td>CaracteristicId</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Autre Caractéristiques > Tableau > Caractéristique</td><td>(1)</td></tr> + <tr><td>CaracteristicValue</td><td>Opération > Observations individuelles</td><td>Tableau > Autre Caractéristiques > Tableau > Valeur</td><td>(1)</td></tr> </tbody> </table> + <p><strong>(1)</strong> On retrouve aussi les caractéristiques communes définies dans le protocole, affichées dans + des colonnes du tableau avanat <i>Autres caractéristiques</i></p> <h2>Fichier marineLitter.csv</h2> <p> Ce fichier contient les données de <strong>Macro dechêts</strong>. @@ -247,10 +282,9 @@ <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> <tr><td>Code_station</td><td>Opération</td><td>Code station</td><td></td></tr> - <tr><td>Numero_Trait</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> + <tr><td>Id_Operation</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> <tr><td>Poche</td><td>Opération</td><td>Numéro de pôche</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> - <tr class='danger'><td>Navire</td><td>Opération</td><td>Navire</td><td><strong>A supprimer?</strong></td></tr> <tr><td>MarineLitterCategory</td><td>Opération > Macro-déchet</td><td>Tableau > Catégorie</td><td></td></tr> <tr><td>MarineLitterSizeCategory</td><td>Opération > Macro-déchet</td><td>Tableau > Catégorie de taille</td><td></td></tr> <tr><td>Number</td><td>Opération > Macro-déchet</td><td>Tableau > Nombre</td><td></td></tr> @@ -284,73 +318,74 @@ <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> <tr><td>Code_station</td><td>Opération</td><td>Code station</td><td></td></tr> - <tr><td>Numero_Trait</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> + <tr><td>Id_Operation</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> <tr><td>Poche</td><td>Opération</td><td>Numéro de pôche</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> <tr><td>Navire</td><td>Opération</td><td>Navire</td><td></td></tr> - <tr><td>DateDeb_Op</td><td>Opération</td><td>Date début</td><td></td></tr> - <tr><td>LatDeb</td><td>Opération</td><td>Latitude début</td><td></td></tr> - <tr><td>LongDeb</td><td>Opération</td><td>Longitude début</td><td></td></tr> - <tr><td>DateFin_Op</td><td>Opération</td><td>Date fin</td><td></td></tr> - <tr><td>LatFin</td><td>Opération</td><td>Latitude fin</td><td></td></tr> - <tr><td>LongFin</td><td>Opération</td><td>Longitude fin</td><td></td></tr> - <tr><td>Duree</td><td>Opération</td><td>Durée du trait</td><td></td></tr> - <tr><td>Strate</td><td>Opération</td><td>Strate</td><td></td></tr> - <tr><td>Sous-Strate</td><td>Opération</td><td>Sous strate</td><td></td></tr> - <tr><td>Localite</td><td>Opération</td><td>Localité</td><td></td></tr> + <tr><td>DateDeb_Op</td><td>Opération</td><td>Date début</td><td>format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss</td></tr> + <tr><td>LatDeb</td><td>Opération</td><td>Latitude début</td><td>format DD</td></tr> + <tr><td>LongDeb</td><td>Opération</td><td>Longitude début</td><td>format DD</td></tr> + <tr><td>DateFin_Op</td><td>Opération</td><td>Date fin</td><td>format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss</td></tr> + <tr><td>LatFin</td><td>Opération</td><td>Latitude fin</td><td>format DD</td></tr> + <tr><td>LongFin</td><td>Opération</td><td>Longitude fin</td><td>format DD</td></tr> + <tr><td>Duree</td><td>Opération</td><td>Durée du trait</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Strate</td><td>Opération</td><td>Strate</td><td>(1)</td></tr> + <tr><td>Sous-Strate</td><td>Opération</td><td>Sous strate</td><td>(1)</td></tr> + <tr><td>Localite</td><td>Opération</td><td>Localité</td><td>(1)</td></tr> <tr><td>Validite_OP</td><td>Opération</td><td>Opération valide</td><td></td></tr> <tr><td>Rectiligne</td><td>Opération</td><td>Opération rectiligne</td><td></td></tr> <tr><td>Distance</td><td>Opération</td><td>Distance</td><td></td></tr> - <tr><td>Ouv_Verticale</td><td>Opération</td><td></td><td>TODO A supprimer car c'est une caractéristique du trait</td></tr> - <tr><td>Ouv_Horizontale_Ailes</td><td>Opération</td><td></td><td>TODO A supprimer car c'est une caractéristique du trait</td></tr> - <tr><td>Ouv_Horizontale_Panneaux</td><td>Opération</td><td></td><td>TODO A supprimer car c'est une caractéristique du trait</td></tr> - <tr><td>Saisisseur</td><td>Opération</td><td>Saisisseur</td><td></td></tr> - <tr><td>NavireAssocie</td><td>Opération</td><td>Navire associé</td><td></td></tr> + <tr><td>Saisisseur</td><td>Opération</td><td>Saisisseur</td><td>(2)</td></tr> + <tr><td>NavireAssocie</td><td>Opération</td><td>Navire associé</td><td>(2)</td></tr> <tr><td>Commentaire</td><td>Opération</td><td>Commentaire</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total capture</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Vrac</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Vrac</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Vrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Vrac calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_HorsVrac</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Hors Vrac</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_HorsVrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Hors Vrac calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Non_Trie</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Non trié</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Non_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Non trié calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Tremis</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Trémis</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Tremis_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Trémis calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Carroussel</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Carroussel</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Carroussel_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Carroussel calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac_Trie</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac trié</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac trié calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_HorsVrac</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Hors Vrac</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_HorsVrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Hors Vrac calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Inerte_Trie</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total interte trié</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Inerte_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total interte trié calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total no détaillé trié</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total no détaillé trié calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac trié</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac trié calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_HorsVrac</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Hors Vrac</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_HorsVrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Hors Vrac calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total interte trié</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total interte trié calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total no détaillé trié</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total no détaillé trié calculé</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Macro_Dechet</td><td>Opération > Capture > Macro déchêt</td><td>Poids total</td><td></td></tr> - <tr><td>Poids_Total_Macro_Dechet_Calcule</td><td>Opération > Capture > Macro déchêt</td><td>Poids total calculé</td><td></td></tr> + <tr><td>Poids_Total</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total capture</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Vrac</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Vrac</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Vrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Vrac calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_HorsVrac</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Hors Vrac</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_HorsVrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Hors Vrac calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Non_Trie</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Non trié</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Non_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Non trié calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Tremis</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Trémis</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Tremis_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Trémis calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Carroussel</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Carroussel</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Carroussel_Calcule</td><td>Opération > Capture > Résumé</td><td>Poids total Carroussel calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac_Trie</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac trié</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Vrac_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Vrac trié calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_HorsVrac</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Hors Vrac</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_HorsVrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total Hors Vrac calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Inerte_Trie</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total interte trié</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Inerte_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total interte trié calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total non détaillé trié</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Espèce</td><td>Poids total non détaillé trié calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac trié</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Vrac trié calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_HorsVrac</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Hors Vrac</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_HorsVrac_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total Hors Vrac calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total interte trié</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total interte trié calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total non détaillé trié</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie_Calcule</td><td>Opération > Capture > Benthos</td><td>Poids total non détaillé trié calculé</td><td>(4)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Macro_Dechet</td><td>Opération > Capture > Macro déchêt</td><td>Poids total</td><td>(3)</td></tr> + <tr><td>Poids_Total_Macro_Dechet_Calcule</td><td>Opération > Capture > Macro déchêt</td><td>Poids total calculé</td><td>(4)</td></tr> </tbody> </table> + <p><strong>(1)</strong> : <strong>NA</strong> si pas de valeur</p> + <p><strong>(2)</strong> : Valeurs séparées par des <strong>|</strong></p> + <p><strong>(3)</strong> : <strong>-9</strong> si pas de valeur</p> + <p><strong>(4)</strong> : <strong>Y</strong> si valeur calculée, <strong>N</strong> si valeur observée</p> <h2>Fichier parameter.csv</h2> <p> - Ce fichier contient les des <strong>Caractéristiques du trait</strong>. + Ce fichier contient tous les <strong>Caractéristiques du trait</strong>. </p> <h3>Entête du fichier</h3> <pre>Annee;Serie;Serie_Partielle;Code_station;Numero_Trait;Poche;Code_PMFM;Libelle_PMFm;Valeur</pre> @@ -372,18 +407,24 @@ <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> <tr><td>Engin</td><td>Opération</td><td>Engin</td><td></td></tr> <tr><td>Code_station</td><td>Opération</td><td>Code station</td><td></td></tr> - <tr><td>Numero_Trait</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> + <tr><td>Id_Operation</td><td>Opération</td><td>Numéro de trait</td><td></td></tr> <tr><td>Poche</td><td>Opération</td><td>Numéro de pôche</td><td></td></tr> - <tr><td>Code_PMFM</td><td>Code du pmfm</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> - <tr><td>Libelle_PMFm</td><td>Libellé du psfm</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> - <tr><td>Valeur</td><td>Valeur</td><td>Tableau > Valeur</td><td></td></tr> + <tr><td>Code_PMFM</td><td>Opération > Mise en oeuvre de l'engin (ou Autres paramètres)</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> + <tr><td>Libelle_PMFm</td><td>Opération > Mise en oeuvre de l'engin (ou Autres paramètres)</td><td>Tableau > Caractéristique</td><td></td></tr> + <tr><td>Valeur</td><td>Opération > Mise en oeuvre de l'engin (ou Autres paramètres)</td><td>Tableau > Valeur</td><td></td></tr> </tbody> </table> <h2>Fichier species.csv</h2> <p> - Ce fichier contient l'ensemble des espèces rencontrées dans les captures du trait. + Ce fichier contient l'ensemble des espèces rencontrées dans les captures du trait, à savoir : </p> + <ul> + <li>Capture espèces</li> + <li>Capture benthos</li> + <li>Capture accidentelles</li> + <li>Observations individuelles</li> + </ul> <h3>Entête du fichier</h3> <pre>Id;Code_Rubin;Nom Scientifique;Code campagne</pre> <h3>Exemple</h3> @@ -393,16 +434,14 @@ <thead> <tr> <th>Nom de colonne</th> - <th>Ecran</th> - <th>Champs</th> <th>Commentaire</th> </tr> </thead> <tbody> - <tr><td>Id</td><td>Identifiant du taxon</td><td></td><td></td></tr> - <tr><td>Code_Rubin</td><td>RefTaxon</td><td></td><td></td></tr> - <tr><td>Nom Scientifique</td><td></td><td></td><td></td></tr> - <tr><td>Code campagne</td><td>Code campagne renseigné dans le protocole</td><td></td><td></td></tr> + <tr><td>Id</td><td>Identifiant du taxon</td></tr> + <tr><td>Code_Rubin</td><td>RefTaxon</td></tr> + <tr><td>Nom Scientifique</td><td>Nom scientifique</td></tr> + <tr><td>Code campagne</td><td>Code campagne renseigné dans le protocole</td></tr> </tbody> </table> @@ -430,10 +469,10 @@ <tr><td>Serie</td><td>Campagne</td><td>Série</td><td></td></tr> <tr><td>Serie_Partielle</td><td>Campagne</td><td>Série partielle</td><td></td></tr> <tr><td>Navire</td><td>Campagne</td><td>Navire</td><td>Code</td></tr> - <tr><td>Pays</td><td>Campagne</td><td>Pays</td><td>Provient de la configuration</td></tr> + <tr><td>Pays</td><td>Configuration > Application</td><td>Id du pays à utiliser (export)</td><td></td></tr> <tr><td>Zone_Etude</td><td>Série de Campagne</td><td>Zone</td><td></td></tr> <tr><td>Campagne</td><td>Campagne</td><td>Nom</td><td></td></tr> - <tr><td>Id_Sismer</td><td>Campagne</td><td>TODO</td><td></td></tr> + <tr><td>Id_Sismer</td><td>Campagne</td><td></td><td>Vide pour le moment (voir http://forge.codelutin.com/issues/2877)</td></tr> <tr><td>Date_Deb_Campagne</td><td>Campagne</td><td>Date de début</td><td>format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss</td></tr> <tr><td>Port_Deb_Campagne</td><td>Campagne</td><td>Port de départ</td><td></td></tr> <tr><td>Date_Fin_Campagne</td><td>Campagne</td><td>Date de fin</td><td>format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss</td></tr>

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r1509 - trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 19 Jan '14

19 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-19 13:57:12 +0100 (Sun, 19 Jan 2014) New Revision: 1509 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1509 Log: fixes #4154: [REFERENTIEL] Probl?\195?\168me si des esp?\195?\168ces sont supprim?\195?\169s Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java 2014-01-18 23:08:52 UTC (rev 1508) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java 2014-01-19 12:57:12 UTC (rev 1509) @@ -84,6 +84,7 @@ import java.io.File; import java.io.IOException; import java.util.Collection; +import java.util.Iterator; import java.util.List; import java.util.Map; import java.util.concurrent.Callable; @@ -168,8 +169,6 @@ try { V result = call.call(); return result; - } catch (ApplicationTechnicalException e) { - throw e; } catch (RuntimeException e) { throw e; } catch (Exception e) { @@ -644,7 +643,39 @@ @Override public TuttiProtocol getProtocol(String id) { - return protocolService.getProtocol(id); + TuttiProtocol protocol = protocolService.getProtocol(id); + + // sanity it (remove all bad species and benthos) + // see http://forge.codelutin.com/issues/4154 + List<Species> allReferentSpecies = getAllReferentSpecies(); + + Map<String, Species> map = TuttiEntities.splitByTaxonId(allReferentSpecies); + + Iterator<SpeciesProtocol> iterator = protocol.getSpecies().iterator(); + while (iterator.hasNext()) { + SpeciesProtocol speciesProtocol = iterator.next(); + String taxonId = String.valueOf(speciesProtocol.getSpeciesReferenceTaxonId()); + Species species = map.get(taxonId); + if (species == null) { + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("Could not find protocol species " + taxonId + " (" + speciesProtocol.getSpeciesSurveyCode() + ") in referential."); + } + iterator.remove(); + } + } + iterator = protocol.getBenthos().iterator(); + while (iterator.hasNext()) { + SpeciesProtocol speciesProtocol = iterator.next(); + String taxonId = String.valueOf(speciesProtocol.getSpeciesReferenceTaxonId()); + Species species = map.get(taxonId); + if (species == null) { + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("Could not find protocol benthos " + taxonId + " (" + speciesProtocol.getSpeciesSurveyCode() + ") in referential."); + } + iterator.remove(); + } + } + return protocol; } //------------------------------------------------------------------------//

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r1508 - trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 18 Jan '14

18 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-19 00:08:52 +0100 (Sun, 19 Jan 2014) New Revision: 1508 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1508 Log: fix npe Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java 2014-01-18 22:47:12 UTC (rev 1507) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java 2014-01-18 23:08:52 UTC (rev 1508) @@ -493,6 +493,11 @@ if (CollectionUtils.isNotEmpty(speciesProtocols)) { for (SpeciesProtocol speciesProtocol : speciesProtocols) { Integer taxonId = speciesProtocol.getSpeciesReferenceTaxonId(); + + if (taxonId == null) { + + continue; + } String taxonIdStr = String.valueOf(taxonId); // remove all synonyms from available synonym list

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r1507 - trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 18 Jan '14

18 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-18 23:47:12 +0100 (Sat, 18 Jan 2014) New Revision: 1507 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1507 Log: refs #4150: [AIDE] Manque aide pour Action + ou - sur l'?\195?\169cran Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/editFishingOperation.html Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/editFishingOperation.html =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/editFishingOperation.html 2014-01-18 22:41:26 UTC (rev 1506) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/help/fr/editFishingOperation.html 2014-01-18 22:47:12 UTC (rev 1507) @@ -149,6 +149,14 @@ <h3>Description des actions<a name="traitActions"></a></h3> <dl> + <dt>+</dt> + <dd> + Pour créer un nouveau trait. + </dd> + <dt>-</dt> + <dd> + Pour supprimer le trait sélectionné. + </dd> <dt>Réinitialiser</dt> <dd> si des valeurs ont été modifiées et avant enregistrement, permet de

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r1506 - in trunk/tutti-ui-swing/src/main: java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action resources/i18n
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 18 Jan '14

18 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-18 23:41:26 +0100 (Sat, 18 Jan 2014) New Revision: 1506 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1506 Log: refs #4145: [PROTOCOLE] erreur apr?\195?\168s import protocole (d'avant 3.0), changement nom, et enregistrement. Urgent car bloque cr?\195?\169ation protocole Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java 2014-01-18 18:26:45 UTC (rev 1505) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java 2014-01-18 22:41:26 UTC (rev 1506) @@ -310,7 +310,7 @@ if (log.isInfoEnabled()) { log.info("Clean benthos and Import"); } - TuttiProtocols.removeBadSpecies(badBenthos.keySet(), protocol.getSpecies()); + TuttiProtocols.removeBadSpecies(badBenthos.keySet(), protocol.getBenthos()); break; default: Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties 2014-01-18 18:26:45 UTC (rev 1505) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties 2014-01-18 22:41:26 UTC (rev 1506) @@ -64,8 +64,8 @@ tutti.common.askBeforeEditProtocolBenthos.title=Des espèces (benthos) non reconnues dans le protocole tutti.common.askBeforeEditProtocolSpecies.title=Des espèces non reconnues dans le protocole tutti.common.askBeforeImportProtocol.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Importer</strong> pour importer le protocole en conservant les catégories non connues (elle ne seront pas affichées)</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les catégories non compatibles dans le protocole importé</li></ul> -tutti.common.askBeforeImportProtocolBenthos.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les catégories non compatibles dans le protocole importé</li></ul> -tutti.common.askBeforeImportProtocolSpecies.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les catégories non compatibles dans le protocole importé</li></ul> +tutti.common.askBeforeImportProtocolBenthos.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les benthos non connues</li></ul> +tutti.common.askBeforeImportProtocolSpecies.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les espèces non connues</li></ul> tutti.common.askBeforeUpdate.help=Que voulez-vous faire ?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas effectuer la mise à jour</li><li><strong>OK</strong> pour lancer la mise à jour</li></ul> tutti.common.cancel=Annuler tutti.common.cancel.mnemonic=A

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r1505 - trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/operation/catches
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 18 Jan '14

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Author: tchemit Date: 2014-01-18 19:26:45 +0100 (Sat, 18 Jan 2014) New Revision: 1505 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1505 Log: fixes #4151: [CAPTURE] Mauvais focus suite ?\195?\160 une ?\195?\169l?\195?\169vation de poids Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/operation/catches/EditCatchesUIHandler.java Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/operation/catches/EditCatchesUIHandler.java =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/operation/catches/EditCatchesUIHandler.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/operation/catches/EditCatchesUIHandler.java 2014-01-18 18:26:45 UTC (rev 1505) @@ -140,7 +140,16 @@ @Override protected JComponent getComponentToFocus() { - return getUI().getCatchTotalWeightField(); + JComponent result; + if (getModel().getCatchTotalComputedWeight() != null) { + // if there is a computed value, never focus inside the component + // see http://forge.codelutin.com/issues/4151 + result = null; + } else { + + result = getUI().getCatchTotalWeightField(); + } + return result; } @Override

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r1504 - in trunk/tutti-persistence/src/main: java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task java/fr/ifremer/tutti/persistence java/fr/ifremer/tutti/persistence/service resources/META-INF/services
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 18 Jan '14

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Author: tchemit Date: 2014-01-18 16:14:32 +0100 (Sat, 18 Jan 2014) New Revision: 1504 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1504 Log: fixes #4149: [TECH] Mise ?\195?\160 jour de r?\195?\169f?\195?\169rentiel - Erreur sur les donn?\195?\169es suite ?\195?\160 la mise ?\195?\160 jour Added: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityService.java trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityServiceImpl.java trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTask.java trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselFeatures.java trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod.java trunk/tutti-persistence/src/main/resources/META-INF/services/fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task.DatabaseSanityTask Removed: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceService.java trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceServiceImpl.java Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/TuttiPersistenceServiceLocator.java Added: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityService.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityService.java (rev 0) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityService.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -0,0 +1,41 @@ +package fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity; + +/* + * #%L + * Tutti :: Persistence + * $Id$ + * $HeadURL:$ + * %% + * Copyright (C) 2012 - 2014 Ifremer + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. + * #L% + */ + +import org.springframework.transaction.annotation.Transactional; + +/** + * To check that a base is sane and try to clean it if possible. + * <p/> + * Created on 1/18/14. + * + * @author Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 3.0.1 + */ +@Transactional(readOnly = false) +public interface DatabaseSanityService { + + void sanity(); +} Property changes on: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityService.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision Added: svn:eol-style + native Added: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityServiceImpl.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityServiceImpl.java (rev 0) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityServiceImpl.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -0,0 +1,79 @@ +package fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity; + +/* + * #%L + * Tutti :: Persistence + * $Id$ + * $HeadURL:$ + * %% + * Copyright (C) 2012 - 2014 Ifremer + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. + * #L% + */ + +import com.google.common.collect.Sets; +import fr.ifremer.adagio.core.service.technical.CacheService; +import fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task.DatabaseSanityTask; +import org.hibernate.SessionFactory; +import org.hibernate.classic.Session; +import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired; +import org.springframework.stereotype.Service; + +import javax.annotation.Resource; +import java.util.ServiceLoader; +import java.util.Set; + +/** + * Default implementation of the {@link DatabaseSanityService}. + * <p/> + * Created on 1/18/14. + * + * @author Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 3.0.1 + */ +@Service("databaseSanityService") +public class DatabaseSanityServiceImpl implements DatabaseSanityService { + + /** + * Session factory. + */ + @Autowired + protected SessionFactory sessionFactory; + + /** + * Cache service. + */ + @Resource(name = "cacheService") + protected CacheService cacheService; + + @Override + public void sanity() { + + Session currentSession = sessionFactory.getCurrentSession(); + + Set<String> cacheIds = Sets.newHashSet(); + + for (DatabaseSanityTask checker : ServiceLoader.load(DatabaseSanityTask.class)) { + Set<String> ids = checker.sanity(currentSession); + cacheIds.addAll(ids); + } + + // clear caches + for (String cacheId : cacheIds) { + cacheService.clearCache(cacheId); + } + } +} Property changes on: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/DatabaseSanityServiceImpl.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision Added: svn:eol-style + native Added: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTask.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTask.java (rev 0) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTask.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -0,0 +1,46 @@ +package fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task; + +/* + * #%L + * Tutti :: Persistence + * $Id$ + * $HeadURL:$ + * %% + * Copyright (C) 2012 - 2014 Ifremer + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. + * #L% + */ + +import org.hibernate.classic.Session; + +import java.util.Set; + +/** + * Created on 1/18/14. + * + * @author Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 3.0.1 + */ +public interface DatabaseSanityTask { + + /** + * Sanity the database and return the set of cache id to refresh. + * + * @param currentSession database session + * @return the set of cache ids to clean. + */ + Set<String> sanity(Session currentSession); +} Property changes on: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTask.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision Added: svn:eol-style + native Added: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselFeatures.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselFeatures.java (rev 0) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselFeatures.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -0,0 +1,99 @@ +package fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task; + +/* + * #%L + * Tutti :: Persistence + * $Id$ + * $HeadURL:$ + * %% + * Copyright (C) 2012 - 2014 Ifremer + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. + * #L% + */ + +import com.google.common.collect.Lists; +import com.google.common.collect.Sets; +import fr.ifremer.adagio.core.dao.data.vessel.feature.physical.VesselFeaturesImpl; +import org.apache.commons.collections.CollectionUtils; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.hibernate.FlushMode; +import org.hibernate.Query; +import org.hibernate.classic.Session; + +import java.util.List; +import java.util.Set; + +/** + * Check and clean vessel features. + * <p/> + * Created on 1/18/14. + * + * @author Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 3.0.1 + */ +public class DatabaseSanityTaskVesselFeatures implements DatabaseSanityTask { + + /** Logger. */ + private static final Log log = LogFactory.getLog(DatabaseSanityTaskVesselFeatures.class); + + @Override + public Set<String> sanity(Session currentSession) { + + Set<String> cacheIds = Sets.newHashSet(); + + // get all VESSEL_FEATURES with more than one unclosed period + + Query query = currentSession.createQuery("SELECT vessel.code FROM " + VesselFeaturesImpl.class.getName() + " WHERE endDateTime IS NULL GROUP BY vessel.code HAVING COUNT(id)>1"); + List<String> vesselCodes = query.list(); + + if (CollectionUtils.isEmpty(vesselCodes)) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("vesselFeatures are sane"); + } + return cacheIds; + } + + for (String vesselCode : vesselCodes) { + + // Get all features having a null endDatetime + Query query1 = currentSession.createQuery("SELECT id FROM " + VesselFeaturesImpl.class.getName() + " WHERE endDateTime IS NULL AND vessel.code = :vesselCode ORDER BY startDateTime DESC"); + query1.setString("vesselCode", vesselCode); + + List<Integer> vesselFeaturesIds = Lists.<Integer>newArrayList(query1.list()); + + // remove first id (this one will stay on db) + vesselFeaturesIds.remove(0); + + // remove all others ids + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info(String.format("Remove %d bad vesselFeature with vessel: %s", + vesselFeaturesIds.size(), vesselCode)); + } + currentSession.createQuery("DELETE FROM " + VesselFeaturesImpl.class.getName() + " WHERE id in :id"). + setParameterList("id", vesselFeaturesIds).executeUpdate(); + } + + currentSession.setFlushMode(FlushMode.COMMIT); + currentSession.flush(); + + // clean vessel caches + cacheIds.add("fishingVessels"); + cacheIds.add("vesselByCode"); + + return cacheIds; + } +} Property changes on: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselFeatures.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision Added: svn:eol-style + native Added: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod.java (rev 0) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -0,0 +1,105 @@ +package fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task; + +/* + * #%L + * Tutti :: Persistence + * $Id$ + * $HeadURL:$ + * %% + * Copyright (C) 2012 - 2014 Ifremer + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. + * #L% + */ + +import com.google.common.collect.Lists; +import com.google.common.collect.Sets; +import fr.ifremer.adagio.core.dao.data.vessel.VesselRegistrationPeriod; +import fr.ifremer.adagio.core.dao.data.vessel.VesselRegistrationPeriodImpl; +import fr.ifremer.adagio.core.service.technical.CacheService; +import org.apache.commons.collections.CollectionUtils; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.hibernate.FlushMode; +import org.hibernate.Query; +import org.hibernate.classic.Session; + +import java.util.List; +import java.util.Set; + +/** + * Check that vessel registration periods are sane. + * <p/> + * Created on 1/18/14. + * + * @author Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 3.0.1 + */ +public class DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod implements DatabaseSanityTask { + + /** Logger. */ + private static final Log log = LogFactory.getLog(DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod.class); + + @Override + public Set<String> sanity(Session currentSession) { + + Set<String> cacheIds = Sets.newHashSet(); + + // get all VESSEL_REGISTRATION_PERIOD with more than one unclosed period + Query query = currentSession.createQuery( + "SELECT vesselRegistrationPeriodPk.vessel.code FROM " + + VesselRegistrationPeriodImpl.class.getName() + " WHERE endDateTime IS NULL GROUP BY vesselRegistrationPeriodPk.vessel.code HAVING COUNT(*)>1"); + List<String> vesselCodes = query.list(); + + if (CollectionUtils.isEmpty(vesselCodes)) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("vesselRegistrationPeriods are sane"); + } + return cacheIds ; + } + + for (String vesselCode : vesselCodes) { + + // Get all features having a null endDatetime + Query query1 = currentSession.createQuery( + "SELECT vesselRegistrationPeriodPk FROM " + VesselRegistrationPeriodImpl.class.getName() + + " WHERE endDateTime IS NULL AND vesselRegistrationPeriodPk.vessel.code = :vesselCode ORDER BY vesselRegistrationPeriodPk.startDateTime DESC") + .setString("vesselCode", vesselCode); + + List<VesselRegistrationPeriod> vesselRegistrationPeriods = Lists.<VesselRegistrationPeriod>newArrayList(query1.list()); + + // remove first id (this one will stay on db) + vesselRegistrationPeriods.remove(0); + + // remove all others ids + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn(String.format("Remove %d bad VesselRegistrationPeriod for vessel: %s", + vesselRegistrationPeriods.size(), vesselCode)); + } + currentSession.createQuery("DELETE FROM " + VesselRegistrationPeriodImpl.class.getName() + " WHERE vesselRegistrationPeriodPk in :vesselRegistrationPeriodPk"). + setParameterList("vesselRegistrationPeriodPk", vesselRegistrationPeriods).executeUpdate(); + } + + currentSession.setFlushMode(FlushMode.COMMIT); + currentSession.flush(); + + // clean vessel caches + // clean vessel caches + cacheIds.add("fishingVessels"); + cacheIds.add("vesselByCode"); + + return cacheIds; + } +} Property changes on: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/adagio/core/service/technical/sanity/task/DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/TuttiPersistenceImpl.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -30,6 +30,7 @@ import fr.ifremer.adagio.core.dao.technical.DatabaseSchemaUpdateException; import fr.ifremer.adagio.core.dao.technical.VersionNotFoundException; import fr.ifremer.adagio.core.service.technical.CacheService; +import fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.DatabaseSanityService; import fr.ifremer.shared.application.ApplicationTechnicalException; import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.CaracteristicMap; import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.TuttiEntities; @@ -64,7 +65,6 @@ import fr.ifremer.tutti.persistence.service.BenthosBatchPersistenceService; import fr.ifremer.tutti.persistence.service.CatchBatchPersistenceService; import fr.ifremer.tutti.persistence.service.CruisePersistenceService; -import fr.ifremer.tutti.persistence.service.DatabaseCheckPersistenceService; import fr.ifremer.tutti.persistence.service.FishingOperationPersistenceService; import fr.ifremer.tutti.persistence.service.IndividualObservationBatchPersistenceService; import fr.ifremer.tutti.persistence.service.MarineLitterBatchPersistenceService; @@ -137,7 +137,7 @@ protected AttachmentPersistenceService attachmentService; @Autowired - protected DatabaseCheckPersistenceService databaseCheckPersistenceService; + protected DatabaseSanityService databaseSanityService; @Autowired protected CacheService cacheService; @@ -228,7 +228,6 @@ individualObservationBatchService.init(); protocolService.init(); attachmentService.init(); - databaseCheckPersistenceService.init(); TuttiEnumerationFile enumerationFile = getEnumerationFile(); @@ -236,8 +235,8 @@ if (CHECK) { - // check database is sane - databaseCheckPersistenceService.check(); + // sanity database + databaseSanityService.sanity(); } } @@ -265,7 +264,6 @@ individualObservationBatchService.close(); protocolService.close(); attachmentService.close(); - databaseCheckPersistenceService.close(); TuttiPersistenceServiceLocator.close(); } } Deleted: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceService.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceService.java 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceService.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -1,44 +0,0 @@ -package fr.ifremer.tutti.persistence.service; - -/* - * #%L - * Tutti :: Persistence - * $Id$ - * $HeadURL:$ - * %% - * Copyright (C) 2012 - 2014 Ifremer - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU General Public License as - * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the - * License, or (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU General Public - * License along with this program. If not, see - * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. - * #L% - */ - -import fr.ifremer.tutti.persistence.TuttiPersistenceServiceImplementor; -import org.springframework.transaction.annotation.Transactional; - -/** - * To fix some errors in db. - * - * Created on 1/15/14. - * - * @author Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 3.0 - */ -@Transactional(readOnly = true) -public interface DatabaseCheckPersistenceService extends TuttiPersistenceServiceImplementor { - - @Transactional(readOnly = false) - public void check(); - -} Deleted: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceServiceImpl.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceServiceImpl.java 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/DatabaseCheckPersistenceServiceImpl.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -1,98 +0,0 @@ -package fr.ifremer.tutti.persistence.service; - -/* - * #%L - * Tutti :: Persistence - * $Id$ - * $HeadURL:$ - * %% - * Copyright (C) 2012 - 2014 Ifremer - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU General Public License as - * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the - * License, or (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU General Public - * License along with this program. If not, see - * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. - * #L% - */ - -import com.google.common.collect.Lists; -import fr.ifremer.adagio.core.dao.data.vessel.feature.physical.VesselFeaturesImpl; -import org.apache.commons.collections.CollectionUtils; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.hibernate.FlushMode; -import org.hibernate.Query; -import org.hibernate.classic.Session; -import org.springframework.stereotype.Service; - -import java.util.List; - -/** - * To fix some errors in db. - * <p/> - * Created on 1/15/14. - * - * @author Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 3.0 - */ -@Service("databaseCheckPersistenceService") -public class DatabaseCheckPersistenceServiceImpl extends AbstractPersistenceService - implements DatabaseCheckPersistenceService { - - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(DatabaseCheckPersistenceServiceImpl.class); - - @Override - public void check() { - checkVesselFeatures(); - } - - public void checkVesselFeatures() { - - // get all VESSEL_FEATURES with more than one unclosed period - Session currentSession = getCurrentSession(); - - Query query = currentSession.createQuery("SELECT vessel.code FROM " + VesselFeaturesImpl.class.getName() + " WHERE endDateTime IS NULL GROUP BY vessel.code HAVING COUNT(id)>1"); - List<String> vesselCodes = query.list(); - - if (CollectionUtils.isEmpty(vesselCodes)) { - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("vesselFeatures are sane"); - } - return; - } - - for (String vesselCode : vesselCodes) { - - // Get all features having a null endDatetime - Query query1 = currentSession.createQuery("SELECT id FROM " + VesselFeaturesImpl.class.getName() + " WHERE endDateTime IS NULL AND vessel.code = :vesselCode ORDER BY startDateTime DESC"); - query1.setString("vesselCode", vesselCode); - - List<Integer> vesselFeaturesIds = Lists.<Integer>newArrayList(query1.list()); - - // remove first id (this one will stay on db) - vesselFeaturesIds.remove(0); - - // remove all others ids - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Remove vesselFeature with id: " + vesselFeaturesIds); - } - currentSession.createQuery("DELETE FROM " + VesselFeaturesImpl.class.getName() + " WHERE id in :id"). - setParameterList("id", vesselFeaturesIds).executeUpdate(); - } - - getCurrentSession().setFlushMode(FlushMode.COMMIT); - getCurrentSession().flush(); - } - -} Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/TuttiPersistenceServiceLocator.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/TuttiPersistenceServiceLocator.java 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/service/TuttiPersistenceServiceLocator.java 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -25,6 +25,7 @@ */ import fr.ifremer.adagio.core.service.ServiceLocator; +import fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.DatabaseSanityService; import fr.ifremer.adagio.core.service.technical.synchro.ReferentialSynchroService; import fr.ifremer.tutti.persistence.TuttiPersistence; import fr.ifremer.tutti.persistence.TuttiPersistenceServiceImplementor; @@ -122,6 +123,13 @@ return service; } + //TODO Move this to adagio + public static DatabaseSanityService getDatabaseSanityService() { + DatabaseSanityService service = instance().getService( + "databaseSanityService", DatabaseSanityService.class); + return service; + } + public static AttachmentPersistenceService getAttachmentPersistenceService() { return getPersistenceService("attachmentPersistenceService", AttachmentPersistenceService.class); Added: trunk/tutti-persistence/src/main/resources/META-INF/services/fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task.DatabaseSanityTask =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/resources/META-INF/services/fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task.DatabaseSanityTask (rev 0) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/resources/META-INF/services/fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task.DatabaseSanityTask 2014-01-18 15:14:32 UTC (rev 1504) @@ -0,0 +1,2 @@ +fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task.DatabaseSanityTaskVesselFeatures +fr.ifremer.adagio.core.service.technical.sanity.task.DatabaseSanityTaskVesselRegistrationPeriod \ No newline at end of file

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r1503 - in trunk: tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/entities/protocol tutti-persistence/src/main/resources/i18n tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 18 Jan '14

18 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-18 16:13:52 +0100 (Sat, 18 Jan 2014) New Revision: 1503 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1503 Log: fixes #4145: [PROTOCOLE] erreur apr?\195?\168s import protocole (d'avant 3.0), changement nom, et enregistrement. Urgent car bloque cr?\195?\169ation protocole Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/entities/protocol/TuttiProtocols.java trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_en_GB.properties trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_fr_FR.properties trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_en_GB.properties trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/entities/protocol/TuttiProtocols.java =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/entities/protocol/TuttiProtocols.java 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/java/fr/ifremer/tutti/persistence/entities/protocol/TuttiProtocols.java 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) @@ -52,7 +52,9 @@ import java.io.BufferedWriter; import java.io.File; import java.io.Reader; +import java.util.Iterator; import java.util.List; +import java.util.Map; import java.util.Set; import static org.nuiton.i18n.I18n._; @@ -195,6 +197,16 @@ } } + public static void removeBadSpecies(Set<Integer> speciesIds, List<SpeciesProtocol> protocol) { + Iterator<SpeciesProtocol> iterator = protocol.iterator(); + while (iterator.hasNext()) { + SpeciesProtocol next = iterator.next(); + if (speciesIds.contains(next.getSpeciesReferenceTaxonId())) { + iterator.remove(); + } + } + } + public static String getBadCategoriesMessage(Set<Integer> badCategories, Decorator<Caracteristic> decorator, TuttiPersistence persistenceService) { @@ -217,6 +229,26 @@ return message; } + public static String getBadSpeciesMessage(Map<Integer, String> badSpecies) { + List<String> badCategoriesStr = Lists.newArrayList(); + + for (Map.Entry<Integer, String> id : badSpecies.entrySet()) { + badCategoriesStr.add("<li>" + id.getKey() + " : " + (id.getValue() == null ? "" : id.getValue()) + "</li>"); + } + String message = _("tutti.persistence.error.protocol.species.not.found", Joiner.on("").join(badCategoriesStr)); + return message; + } + + public static String getBadBenthosMessage(Map<Integer, String> badSpecies) { + List<String> badCategoriesStr = Lists.newArrayList(); + + for (Map.Entry<Integer, String> id : badSpecies.entrySet()) { + badCategoriesStr.add("<li>" + id.getKey() + " : " + (id.getValue() == null ? "" : id.getValue()) + "</li>"); + } + String message = _("tutti.persistence.error.protocol.benthos.not.found", Joiner.on("").join(badCategoriesStr)); + return message; + } + protected static TuttiProtocol fromTuttiProtocol1(TuttiEnumerationFile enumeration, TuttiProtocol1 tuttiProtocol1) { TuttiProtocol result = newTuttiProtocol(); Binder<TuttiProtocol1, TuttiProtocol> binder = BinderFactory.newBinder(TuttiProtocol1.class, TuttiProtocol.class); Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_en_GB.properties 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_en_GB.properties 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) @@ -95,7 +95,9 @@ tutti.persistence.dbMetadata.instanciation.error= tutti.persistence.error.caracteristic.notFound= tutti.persistence.error.no.convertor= +tutti.persistence.error.protocol.benthos.not.found= tutti.persistence.error.protocol.categories.not.compatible= +tutti.persistence.error.protocol.species.not.found= tutti.persistence.loader.error= tutti.persistence.protocol.delete.error= tutti.persistence.protocol.fromFile.error= Modified: trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_fr_FR.properties 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) +++ trunk/tutti-persistence/src/main/resources/i18n/tutti-persistence_fr_FR.properties 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) @@ -95,7 +95,9 @@ tutti.persistence.dbMetadata.instanciation.error=Erreur lors de l'initialisation des metadata de la base de données par la connexion %s tutti.persistence.error.caracteristic.notFound=Caractéristique inconnue tutti.persistence.error.no.convertor=Impossible de convertir en modèle de catégorie le type %s avec la valeur %s +tutti.persistence.error.protocol.benthos.not.found=Le protocole utilise des benthos non connus dans le référentiel \: <ul>%s</ul> tutti.persistence.error.protocol.categories.not.compatible=Le protocole utilise des catégories non connues par la configuration des catégorisations \: <ul>%s</ul> +tutti.persistence.error.protocol.species.not.found=Le protocole utilise des espèces non connues dans le référentiel \: <ul>%s</ul> tutti.persistence.loader.error=Erreur de conversion du dossier %s en URL tutti.persistence.protocol.delete.error=Erreur lors de la suppression du protocole %1s (fichier %2s) tutti.persistence.protocol.fromFile.error=Erreur lors de l'import du protocole du fichier %s Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/action/ImportProtocolAction.java 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) @@ -25,15 +25,20 @@ */ import com.google.common.base.Preconditions; +import com.google.common.collect.Maps; import com.google.common.collect.Sets; +import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.TuttiEntities; import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.data.SampleCategoryModel; +import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.protocol.SpeciesProtocol; import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.protocol.TuttiProtocol; import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.protocol.TuttiProtocols; import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.referential.Caracteristic; +import fr.ifremer.tutti.persistence.entities.referential.Species; import fr.ifremer.tutti.service.protocol.ProtocolImportExportService; import fr.ifremer.tutti.ui.swing.TuttiScreen; import fr.ifremer.tutti.ui.swing.content.MainUIHandler; import fr.ifremer.tutti.ui.swing.util.AbstractTuttiUIHandler; +import jaxx.runtime.JAXXUtil; import jaxx.runtime.context.JAXXContextEntryDef; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -41,6 +46,7 @@ import javax.swing.JOptionPane; import javax.swing.UIManager; import java.io.File; +import java.util.Map; import java.util.Set; import static org.nuiton.i18n.I18n._; @@ -57,7 +63,8 @@ private static final Log log = LogFactory.getLog(ImportProtocolAction.class); - public static final JAXXContextEntryDef<TuttiProtocol> IMPORT_PROTOCOL_ENTRY = new JAXXContextEntryDef<TuttiProtocol>("importProtocol", TuttiProtocol.class); + public static final JAXXContextEntryDef<TuttiProtocol> IMPORT_PROTOCOL_ENTRY = + JAXXUtil.newContextEntryDef("importProtocol", TuttiProtocol.class); protected TuttiProtocol protocol; @@ -101,66 +108,30 @@ protocol.setId((String) null); sendMessage(_("tutti.importProtocol.action.success", protocol.getName())); + } + if (doAction) { + // check that protocol is compatible with sample category model - SampleCategoryModel sampleCategoryModel = - getDataContext().getSampleCategoryModel(); + doAction = cleanCategories(protocol); - Set<Integer> badCategories = Sets.newHashSet(); + } - TuttiProtocols.checkSampleCategories(sampleCategoryModel, - protocol, - badCategories); + if (doAction) { - if (!badCategories.isEmpty()) { + Map<String, Species> allReferentSpeciesByTaxonId = TuttiEntities.splitByTaxonId( + getDataContext().getReferentSpecies()); - // detect some bad categories - if (log.isWarnEnabled()) { - log.warn("There is some bad categories: " + badCategories); - } + // clean species + doAction = cleanSpecies(allReferentSpeciesByTaxonId, protocol); - String message = TuttiProtocols.getBadCategoriesMessage( - badCategories, - getDecorator(Caracteristic.class, null), - getContext().getPersistenceService()); + if (doAction) { - String htmlMessage = String.format( - AbstractTuttiUIHandler.CONFIRMATION_FORMAT, - message, - _("tutti.common.askBeforeImportProtocol.help")); - int response = JOptionPane.showOptionDialog( - getContext().getActionUI(), - htmlMessage, - _("tutti.common.askBeforeEditProtocol.title"), - JOptionPane.YES_NO_OPTION, - JOptionPane.WARNING_MESSAGE, - UIManager.getIcon("warning"), - new Object[]{_("tutti.option.cleanAndImport"), _("tutti.option.import"), _("tutti.option.cancel")}, - _("tutti.option.cancel") - ); - - switch (response) { - case 0: - // clean and import - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Clean and Import"); - } - TuttiProtocols.removeBadCategories(sampleCategoryModel, - protocol); - break; - case 1: - // import with no clean - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Import with no cleaning"); - } - break; - default: - - // cancel - doAction = false; - } + // clean benthos + doAction = cleanBenthos(allReferentSpeciesByTaxonId, protocol); } } + return doAction; } @@ -177,4 +148,176 @@ getContext().setProtocolId(null); super.doAction(); } + + protected boolean cleanCategories(TuttiProtocol protocol) { + + boolean doAction = true; + SampleCategoryModel sampleCategoryModel = + getDataContext().getSampleCategoryModel(); + + Set<Integer> badCategories = Sets.newHashSet(); + + TuttiProtocols.checkSampleCategories(sampleCategoryModel, + protocol, + badCategories); + + if (!badCategories.isEmpty()) { + + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("There is some bad categories: " + badCategories); + } + + String message = TuttiProtocols.getBadCategoriesMessage( + badCategories, + getDecorator(Caracteristic.class, null), + getContext().getPersistenceService()); + + String htmlMessage = String.format( + AbstractTuttiUIHandler.CONFIRMATION_FORMAT, + message, + _("tutti.common.askBeforeImportProtocol.help")); + int response = JOptionPane.showOptionDialog( + getContext().getActionUI(), + htmlMessage, + _("tutti.common.askBeforeEditProtocol.title"), + JOptionPane.YES_NO_OPTION, + JOptionPane.WARNING_MESSAGE, + UIManager.getIcon("warning"), + new Object[]{_("tutti.option.cleanAndImport"), _("tutti.option.import"), _("tutti.option.cancel")}, + _("tutti.option.cancel") + ); + + switch (response) { + case 0: + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Clean and Import"); + } + TuttiProtocols.removeBadCategories(sampleCategoryModel, + protocol); + break; + case 1: + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Import with no cleaning"); + } + break; + default: + + // cancel + doAction = false; + } + } + return doAction; + } + + + protected boolean cleanSpecies(Map<String, Species> allReferentSpeciesByTaxonId, TuttiProtocol protocol) { + + boolean doAction = true; + + Map<Integer, String> badSpecies = Maps.newLinkedHashMap(); + + for (SpeciesProtocol speciesProtocol : protocol.getSpecies()) { + Integer taxonId = speciesProtocol.getSpeciesReferenceTaxonId(); + if (!allReferentSpeciesByTaxonId.containsKey(String.valueOf(taxonId))) { + + badSpecies.put(taxonId, speciesProtocol.getSpeciesSurveyCode()); + } + } + + if (!badSpecies.isEmpty()) { + + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("There is some bad species: " + badSpecies); + } + + String message = TuttiProtocols.getBadSpeciesMessage(badSpecies); + + String htmlMessage = String.format( + AbstractTuttiUIHandler.CONFIRMATION_FORMAT, + message, + _("tutti.common.askBeforeImportProtocolSpecies.help")); + + int response = JOptionPane.showOptionDialog( + getContext().getActionUI(), + htmlMessage, + _("tutti.common.askBeforeEditProtocolSpecies.title"), + JOptionPane.YES_NO_OPTION, + JOptionPane.WARNING_MESSAGE, + UIManager.getIcon("warning"), + new Object[]{_("tutti.option.cleanAndImport"), _("tutti.option.cancel")}, + _("tutti.option.cancel") + ); + + switch (response) { + case 0: + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Clean species and Import"); + } + TuttiProtocols.removeBadSpecies(badSpecies.keySet(), + protocol.getSpecies()); + break; + default: + + // cancel + doAction = false; + } + } + return doAction; + } + + protected boolean cleanBenthos(Map<String, Species> allReferentSpeciesByTaxonId, TuttiProtocol protocol) { + + boolean doAction = true; + + Map<Integer, String> badBenthos = Maps.newLinkedHashMap(); + + for (SpeciesProtocol speciesProtocol : protocol.getBenthos()) { + Integer taxonId = speciesProtocol.getSpeciesReferenceTaxonId(); + if (!allReferentSpeciesByTaxonId.containsKey(String.valueOf(taxonId))) { + + badBenthos.put(taxonId, speciesProtocol.getSpeciesSurveyCode()); + } + } + + if (!badBenthos.isEmpty()) { + + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("There is some bad benthos: " + badBenthos); + } + + String message = TuttiProtocols.getBadBenthosMessage(badBenthos); + + String htmlMessage = String.format( + AbstractTuttiUIHandler.CONFIRMATION_FORMAT, + message, + _("tutti.common.askBeforeImportProtocolBenthos.help")); + + int response = JOptionPane.showOptionDialog( + getContext().getActionUI(), + htmlMessage, + _("tutti.common.askBeforeEditProtocolBenthos.title"), + JOptionPane.YES_NO_OPTION, + JOptionPane.WARNING_MESSAGE, + UIManager.getIcon("warning"), + new Object[]{_("tutti.option.cleanAndImport"), _("tutti.option.cancel")}, + _("tutti.option.cancel") + ); + + switch (response) { + case 0: + + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Clean benthos and Import"); + } + TuttiProtocols.removeBadSpecies(badBenthos.keySet(), protocol.getSpecies()); + break; + default: + + // cancel + doAction = false; + } + } + return doAction; + } } Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/java/fr/ifremer/tutti/ui/swing/content/protocol/EditProtocolUIHandler.java 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) @@ -502,6 +502,8 @@ // get species referent taxon Species species = allReferentSpeciesByTaxonId.get(taxonIdStr); + // make sure it exists + Preconditions.checkNotNull(species, "Espèce inconnue : "+taxonIdStr); speciesSet.add(species); EditProtocolSpeciesRowModel row = EditProtocolSpeciesTableModel.newRow(sampleCategoryModel); Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_en_GB.properties 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_en_GB.properties 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) @@ -68,7 +68,11 @@ tutti.common.askBeforeCloneProtocol.help= tutti.common.askBeforeEditProtocol.help= tutti.common.askBeforeEditProtocol.title= +tutti.common.askBeforeEditProtocolBenthos.title= +tutti.common.askBeforeEditProtocolSpecies.title= tutti.common.askBeforeImportProtocol.help= +tutti.common.askBeforeImportProtocolBenthos.help= +tutti.common.askBeforeImportProtocolSpecies.help= tutti.common.askBeforeUpdate.help= tutti.common.cancel= tutti.common.cancel.mnemonic= Modified: trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) +++ trunk/tutti-ui-swing/src/main/resources/i18n/tutti-ui-swing_fr_FR.properties 2014-01-18 15:13:52 UTC (rev 1503) @@ -61,7 +61,11 @@ tutti.common.askBeforeCloneProtocol.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas cloner le protocole</li><li><strong>Cloner</strong> pour cloner le protocole en conservant les catégories non connues (elle ne seront pas affichées)</li><li><strong>Nettoyer et Cloner</strong> pour supprimer les catégories non compatibles dans le protocole cloné</li></ul> tutti.common.askBeforeEditProtocol.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas éditer le protocole</li><li><strong>Éditer</strong> pour éditer le protocole en conservant les catégories non connues (elle ne seront pas affichées)</li><li><strong>Nettoyer et Éditer</strong> pour supprimer les catégories non compatibles et éditer le protocole</li></ul> tutti.common.askBeforeEditProtocol.title=Catégories non compatibles détectées dans le protocole +tutti.common.askBeforeEditProtocolBenthos.title=Des espèces (benthos) non reconnues dans le protocole +tutti.common.askBeforeEditProtocolSpecies.title=Des espèces non reconnues dans le protocole tutti.common.askBeforeImportProtocol.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Importer</strong> pour importer le protocole en conservant les catégories non connues (elle ne seront pas affichées)</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les catégories non compatibles dans le protocole importé</li></ul> +tutti.common.askBeforeImportProtocolBenthos.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les catégories non compatibles dans le protocole importé</li></ul> +tutti.common.askBeforeImportProtocolSpecies.help=Que voulez-vous faire?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas importer le protocole</li><li><strong>Nettoyer et Importer</strong> pour supprimer les catégories non compatibles dans le protocole importé</li></ul> tutti.common.askBeforeUpdate.help=Que voulez-vous faire ?<ul><li><strong>Annuler</strong> pour ne pas effectuer la mise à jour</li><li><strong>OK</strong> pour lancer la mise à jour</li></ul> tutti.common.cancel=Annuler tutti.common.cancel.mnemonic=A

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r1502 - trunk
by tchemit＠users.forge.codelutin.com 18 Jan '14

18 Jan '14

Author: tchemit Date: 2014-01-18 01:01:01 +0100 (Sat, 18 Jan 2014) New Revision: 1502 Url: http://forge.codelutin.com/projects/tutti/repository/revisions/1502 Log: update jre version Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2014-01-17 16:31:44 UTC (rev 1501) +++ trunk/pom.xml 2014-01-18 00:01:01 UTC (rev 1502) @@ -157,7 +157,7 @@ <license.licenseName>gpl_v3</license.licenseName>  - <jreVersion>1.7.45</jreVersion> + <jreVersion>1.7.51</jreVersion> </properties>

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