February 2011 - Coser-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r712 - trunk/src/site/rst/user
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 16:08:53 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 712 Log: Rst format Modified: trunk/src/site/rst/user/controls.rst trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst Modified: trunk/src/site/rst/user/controls.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) +++ trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-08 16:08:53 UTC (rev 712) @@ -57,7 +57,7 @@ donnée sous forme de chaine de caractères. Par exemple, le champs ``survey`` est également accessible via le nom ``surveyAsString``. Le champs ``number`` (de type double) est également accessible sous le nom -``numberAsString` (de type chaine). +``numberAsString`` (de type chaine). Exemple ------- Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-08 16:08:53 UTC (rev 712) @@ -118,8 +118,8 @@ Rapport de modification ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -Le rapport des modifications, accessible via le bouton `Rapport des -modifications`, est généré sous forme de rapport HTML et doit normalement +Le rapport des modifications, accessible via le bouton ``Rapport des +modifications``, est généré sous forme de rapport HTML et doit normalement s'ouvrir dans un navigateur internet. Vous pouvez à partir de ce navigateur visualisé ou imprimer ce rapport. @@ -142,7 +142,7 @@ de vos corrections. Après la vérification des données, et si celle ci c'est terminée **sans erreurs** -le bouton `Valider le contrôle` devient actif et vous permet de valider. +le bouton ``Valider le contrôle`` devient actif et vous permet de valider. La validation de l'étape de contrôle est nécessaire pour pouvoir passer à l'`étape de sélection`_.

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r711 - in trunk/src/site: . resources/images resources/images/en resources/images/fr rst/user
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 15:55:16 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 711 Log: Update site layout (images) Added: trunk/src/site/resources/images/en/ trunk/src/site/resources/images/en/01-noproject.png trunk/src/site/resources/images/en/02-createproject.png trunk/src/site/resources/images/en/03-openproject.png trunk/src/site/resources/images/en/04-projectsummary.png trunk/src/site/resources/images/en/10-controlmain.png trunk/src/site/resources/images/en/11-controlmenu1.png trunk/src/site/resources/images/en/12-controlmenu2.png trunk/src/site/resources/images/en/13-controlgraphdiff.png trunk/src/site/resources/images/en/14-controlgraphlength.png trunk/src/site/resources/images/en/20-selectiondetail.png trunk/src/site/resources/images/en/21-selectionyears.png trunk/src/site/resources/images/en/22-selectionstrata.png trunk/src/site/resources/images/en/23-selectionspecies.png trunk/src/site/resources/images/en/24-selectionlists.png trunk/src/site/resources/images/en/25-selectionresults.png trunk/src/site/resources/images/en/26-selectionaddresult.png trunk/src/site/resources/images/en/27-selectionmenu0.png trunk/src/site/resources/images/en/28-selectionmenu1.png trunk/src/site/resources/images/en/90-configurationpath.png trunk/src/site/resources/images/en/91-configurationvalues.png trunk/src/site/resources/images/fr/ trunk/src/site/resources/images/fr/01-noproject.png trunk/src/site/resources/images/fr/02-createproject.png trunk/src/site/resources/images/fr/03-openproject.png trunk/src/site/resources/images/fr/04-projectsummary.png trunk/src/site/resources/images/fr/10-controlmain.png trunk/src/site/resources/images/fr/11-controlmenu1.png trunk/src/site/resources/images/fr/12-controlmenu2.png trunk/src/site/resources/images/fr/13-controlgraphdiff.png trunk/src/site/resources/images/fr/14-controlgraphlength.png trunk/src/site/resources/images/fr/20-selectiondetail.png trunk/src/site/resources/images/fr/21-selectionyears.png trunk/src/site/resources/images/fr/22-selectionstrata.png trunk/src/site/resources/images/fr/23-selectionspecies.png trunk/src/site/resources/images/fr/24-selectionlists.png trunk/src/site/resources/images/fr/25-selectionresults.png trunk/src/site/resources/images/fr/26-selectionaddresult.png trunk/src/site/resources/images/fr/27-selectionmenu0.png trunk/src/site/resources/images/fr/28-selectionmenu1.png trunk/src/site/resources/images/fr/90-configurationpath.png trunk/src/site/resources/images/fr/91-configurationvalues.png Removed: trunk/src/site/resources/images/01-noproject.png trunk/src/site/resources/images/02-createproject.png trunk/src/site/resources/images/03-openproject.png trunk/src/site/resources/images/04-projectsummary.png trunk/src/site/resources/images/10-controlmain.png trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png trunk/src/site/resources/images/20-selectiondetail.png trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png trunk/src/site/resources/images/21-selectionyears.png trunk/src/site/resources/images/22-selectionstrata.png trunk/src/site/resources/images/23-selectionspecies.png trunk/src/site/resources/images/24-selectionlists.png trunk/src/site/resources/images/25-selectionresults.png trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png trunk/src/site/resources/images/90-configurationpath.png trunk/src/site/resources/images/91-configurationvalues.png Modified: trunk/src/site/rst/user/configuration.rst trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Deleted: trunk/src/site/resources/images/01-noproject.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/02-createproject.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/03-openproject.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/04-projectsummary.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/10-controlmain.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/20-selectiondetail.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/21-selectionyears.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/22-selectionstrata.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/23-selectionspecies.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/24-selectionlists.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/25-selectionresults.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/90-configurationpath.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/91-configurationvalues.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/images/en/01-noproject.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/01-noproject.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/02-createproject.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/02-createproject.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/03-openproject.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/03-openproject.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/04-projectsummary.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/04-projectsummary.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/10-controlmain.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/10-controlmain.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/11-controlmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/11-controlmenu1.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/12-controlmenu2.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/12-controlmenu2.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/13-controlgraphdiff.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/13-controlgraphdiff.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/14-controlgraphlength.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/14-controlgraphlength.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/20-selectiondetail.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/20-selectiondetail.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/21-selectionyears.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/21-selectionyears.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/22-selectionstrata.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/22-selectionstrata.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/23-selectionspecies.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/23-selectionspecies.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/24-selectionlists.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/24-selectionlists.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/25-selectionresults.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/25-selectionresults.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/26-selectionaddresult.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/26-selectionaddresult.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/27-selectionmenu0.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/27-selectionmenu0.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/28-selectionmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/28-selectionmenu1.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/90-configurationpath.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/90-configurationpath.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/en/91-configurationvalues.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/en/91-configurationvalues.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/01-noproject.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/01-noproject.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/02-createproject.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/02-createproject.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/03-openproject.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/03-openproject.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/04-projectsummary.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/04-projectsummary.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/10-controlmain.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/10-controlmain.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/11-controlmenu1.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/12-controlmenu2.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/13-controlgraphdiff.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/14-controlgraphlength.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/20-selectiondetail.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/20-selectiondetail.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/21-selectionyears.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/21-selectionyears.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/22-selectionstrata.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/22-selectionstrata.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/23-selectionspecies.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/23-selectionspecies.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/24-selectionlists.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/24-selectionlists.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/25-selectionresults.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/25-selectionresults.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/26-selectionaddresult.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/27-selectionmenu0.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/28-selectionmenu1.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/90-configurationpath.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/90-configurationpath.png) =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/resources/images/fr/91-configurationvalues.png (from rev 698, trunk/src/site/resources/images/91-configurationvalues.png) =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/rst/user/configuration.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) +++ trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) @@ -34,7 +34,7 @@ Chemins ------- -.. image:: ../images/90-configurationpath.png +.. image:: ../images/fr/90-configurationpath.png Dans cette fenêtre, il est possible de configurer les options: @@ -59,7 +59,7 @@ Configuration de l'étape de contrôle ------------------------------------ -.. image:: ../images/91-configurationvalues.png +.. image:: ../images/fr/91-configurationvalues.png Cette fenêtre sert a ajusté certaines valeurs utilisé lors de l'étape de contrôle. Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) @@ -31,7 +31,7 @@ Une fois un projet chargé dans l'application, utilisez le menu *Données/Contrôle* pour accéder à l'interface de contrôle. -.. image:: ../images/10-controlmain.png +.. image:: ../images/fr/10-controlmain.png Vérification des données ------------------------ @@ -79,7 +79,7 @@ * de supprimer plusieurs lignes sélectionné * de chercher un motif et de le remplacer par un autre -.. image:: ../images/11-controlmenu1.png +.. image:: ../images/fr/11-controlmenu1.png Par exemple, dans le cas ou tous les nombres comporterais une virgule (,) au lieu d'un point (.), il est possible de remplacer un la virgule par un point @@ -98,7 +98,7 @@ des ``Nombre``s dans les fichiers captures et tailles par année. Une différence peut traduire une erreur dans les données d'origines. -.. image:: ../images/13-controlgraphdiff.png +.. image:: ../images/fr/13-controlgraphdiff.png Le bouton ``Strutures en taille`` affiche une interface un peu plus compliquée mais permettant de générer des graphiques sur des sous ensembles de données @@ -107,7 +107,7 @@ Il est par exemple possible d'afficher la structure en taille mais seulement pour une strate, ou seulement pour une espèce, de faire la somme... -.. image:: ../images/14-controlgraphlength.png +.. image:: ../images/fr/14-controlgraphlength.png Rapport @@ -129,7 +129,7 @@ Ce rapport est accessible par clic droit sur l'arbre des erreurs après vérification des erreurs sur les données. -.. image:: ../images/12-controlmenu2.png +.. image:: ../images/fr/12-controlmenu2.png Ca rapport contient les mêmes erreurs que celle affiché dans l'arbre et les graphiques de comparaison Captures/Tailles. Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) @@ -34,7 +34,7 @@ Pour se faire, il suffit d'afficher l'interface de création de projet depuis le menu *Fichier/Nouveau projet*. L'interface suivante s'affiche: -.. image:: ../images/02-createproject.png +.. image:: ../images/fr/02-createproject.png Cette interface doit contenir: @@ -59,7 +59,7 @@ (CSV, séparateur, nom des entêtes) puis crée le projet et affiche l'interface de résumé de projet : -.. image:: ../images/04-projectsummary.png +.. image:: ../images/fr/04-projectsummary.png Réouverture de projet --------------------- @@ -67,7 +67,7 @@ Pour ré-ouvrir un projet précédemment créé, il suffit de le sélectionner dans l'interface *Fichier/Ouvrir un projet* puis de cliquer sur `Ouvrir`: -.. image:: ../images/03-openproject.png +.. image:: ../images/fr/03-openproject.png Il est ensuite possible de passer aux étapes de contrôle_ ou de sélection_. Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) @@ -32,14 +32,14 @@ Pour ce faire, ré-ouvrez la sélection concernée via le menu *Données/Sélection/<nomdelaselection>* et sélectionnez le troisième onglet ``RSufi``. -.. image:: ../images/25-selectionresults.png +.. image:: ../images/fr/25-selectionresults.png Cette fois ci, c'est la seconde partie de l'interface qui nous intéresse. Elle récapitule la liste des résultats actuellement enregistré dans Coser. Pour ajouter un nouveau résultat, cliquez sur le bouton ``Ajouter un résultat``. -.. image:: ../images/26-selectionaddresult.png +.. image:: ../images/fr/26-selectionaddresult.png Un résultat est composé de : Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) @@ -41,11 +41,11 @@ Pour cela, utiliser le menu ``Sélections/Nouvelle sélection`` -.. image:: ../images/21-selectionmenu0.png +.. image:: ../images/fr/27-selectionmenu0.png **Note**: Ce menu n'est disponible que si l'étape de contrôle est été validée. -.. image:: ../images/20-selectiondetails.png +.. image:: ../images/fr/20-selectiondetail.png Le nom est obligatoire et ne doit contenir que des caractères alphanumériques. @@ -53,12 +53,12 @@ de la sélection. Les données des 4 tables seront restreinte aux années sélectionnées. -.. image:: ../images/21-selectionyears.png +.. image:: ../images/fr/21-selectionyears.png Il faut ensuite sélectionner les strates pour lesquelles on souhaite sélectionner des espèces. -.. image:: ../images/22-selectionstrata.png +.. image:: ../images/fr/22-selectionstrata.png Dans cette étape il est également possible d'afficher les données de l'effort d’échantillonnage est cliquant sur l’icône en forme de table. @@ -67,7 +67,7 @@ étape récapitule la liste de toutes les espèces disponible suite aux choix des années et des strates. -.. image:: ../images/23-selectionspecies.png +.. image:: ../images/fr/23-selectionspecies.png La liste ``Espèces filtrées`` correspond à la liste de toutes les espèces. Cette liste est filtrable par les types de la liste ``Filtrer par type``. @@ -81,7 +81,7 @@ * générer les graphiques de comparaison captures/tailles * etc... -.. image:: ../images/26-selectionmenu1.png +.. image:: ../images/fr/28-selectionmenu1.png Rapport @@ -99,7 +99,7 @@ Une fois la liste L1 définie, il faut sauvegarder la sélection pour que l'onglet ``Listes des espèces`` devienne actif. -.. image:: ../images/24-selectionlists.png +.. image:: ../images/fr/24-selectionlists.png Dans cet écran : @@ -129,7 +129,7 @@ Une fois les 4 listes définie et la sélection validée, le troisième onglet "RSUfi" devient actif. -.. image: ../images/25-selectionresults.png +.. image: ../images/fr/25-selectionresults.png Dans cet écran, vous pouvez exporter les fichiers nécessaires à l’exécution de RSufi. Attention cependant, Coser ne pilote pas RSUfi, il ne fait que Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) @@ -56,12 +56,22 @@ <menu name="Documentation"> <item name="Home" href="index.html"/> <item name="Launch" href="download.html" /> - <item name="User" href="user.html"> - <item name="Validation" href="user/validation.html" /> + <item name="User" href="user/configuration.html"> + <item name="Configuration" href="user/configuration.html" /> + <item name="Data table format" href="user/dataformat.html" /> + <item name="Project" href="user/guide_project.html" /> + <item name="Control" href="user/guide_control.html" /> + <item name="Selection" href="user/guide_selection.html" /> + <item name="RSufi result" href="user/guide_results.html" /> + <item name="FAQ" href="user/faq.html" /> </item> - <item name="Developer" href="developer.html"> + <item name="Avanced" href="user/guide_listcontrols.html"> + <item name="Controls list" href="user/guide_listcontrols.html" /> + <item name="Controls modification" href="user/controls.html" /> + </item> +  </menu> <menu ref="modules"/> Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-08 15:55:16 UTC (rev 711) @@ -65,7 +65,7 @@ <item name="Résultat RSufi" href="user/guide_results.html" /> <item name="FAQ" href="user/faq.html" /> </item> - <item name="Avancé" href="user/controls.html"> + <item name="Avancé" href="user/guide_listcontrols.html"> <item name="Liste des contrôles" href="user/guide_listcontrols.html" /> <item name="Modification des contrôles" href="user/controls.html" /> </item>

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r710 - trunk/coser-business/src/main/resources/i18n
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 15:12:31 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 710 Log: Fix i18n Modified: trunk/coser-business/src/main/resources/i18n/coser-business_en_GB.properties Modified: trunk/coser-business/src/main/resources/i18n/coser-business_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/coser-business/src/main/resources/i18n/coser-business_en_GB.properties 2011-02-08 15:01:20 UTC (rev 709) +++ trunk/coser-business/src/main/resources/i18n/coser-business_en_GB.properties 2011-02-08 15:12:31 UTC (rev 710) @@ -25,7 +25,7 @@ coser.business.category.reftax.species=Reftax (species) coser.business.category.strata=Strata coser.business.category.typeEspece=Species type code -coser.business.chart.compareCatchLengthNumberTitle=Comparison of numbers and length and catch (%s) +coser.business.chart.compareCatchLengthNumberTitle=Comparison of numbers in Catch and Length (%s) coser.business.command.deleteline.log=In file %s, line %s has been deleted coser.business.command.mergespecies.log=Species "%2$s" has been merged to "%1$s" coser.business.command.modifyfield.log=In file %s at line %s, field "%s" value as been modify from "%s" to "%s"

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r709 - trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/project
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 15:01:20 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 709 Log: Fix fill attributes Modified: trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/project/ProjectCreationView.jaxx Modified: trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/project/ProjectCreationView.jaxx =================================================================== --- trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/project/ProjectCreationView.jaxx 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) +++ trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/project/ProjectCreationView.jaxx 2011-02-08 15:01:20 UTC (rev 709) @@ -92,7 +92,7 @@ onInsertUpdate='getProject().setCatchFile(projectCatchFile.getText())' onRemoveUpdate='getProject().setCatchFile(projectCatchFile.getText())' /> </cell> - <cell> + <cell fill="horizontal"> <JButton id="projectCapturesSelectButton" text="coser.ui.common.selectFile" onActionPerformed="getHandler().selectInputFile(this, projectCatchFile)" /> </cell> @@ -107,7 +107,7 @@ onInsertUpdate='getProject().setStrataFile(projectStrataFile.getText())' onRemoveUpdate='getProject().setStrataFile(projectStrataFile.getText())' /> </cell> - <cell> + <cell fill="horizontal"> <JButton id="projectStratesFileSelectButton" text="coser.ui.common.selectFile" onActionPerformed="getHandler().selectInputFile(this, projectStrataFile)" /> </cell> @@ -122,7 +122,7 @@ onInsertUpdate='getProject().setLengthFile(projectLengthFile.getText())' onRemoveUpdate='getProject().setLengthFile(projectLengthFile.getText())' /> </cell> - <cell> + <cell fill="horizontal"> <JButton id="projectSizeFileSelectButton" text="coser.ui.common.selectFile" onActionPerformed="getHandler().selectInputFile(this, projectLengthFile)" /> </cell> @@ -137,7 +137,7 @@ onInsertUpdate='getProject().setHaulFile(projectHaulFile.getText())' onRemoveUpdate='getProject().setHaulFile(projectHaulFile.getText())' /> </cell> - <cell> + <cell fill="horizontal"> <JButton id="projectTraitsFileSelectButton" text="coser.ui.common.selectFile" onActionPerformed="getHandler().selectInputFile(this, projectHaulFile)" /> </cell>

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r708 - in trunk/src/site/rst: . user
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 14:57:38 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 708 Log: Corrections des fautes Modified: trunk/src/site/rst/index.rst trunk/src/site/rst/user/configuration.rst trunk/src/site/rst/user/controls.rst trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst trunk/src/site/rst/user/faq.rst trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst Modified: trunk/src/site/rst/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/index.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/index.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -38,10 +38,10 @@ =============== * gestion des 4 fichiers de données (captures, strates, tailles, traits). - * controle des erreurs sur le format des données - * controle en lien avec le référentiel taxonomique (reftax) + * contrôle des erreurs sur le format des données + * contrôle en lien avec le référentiel taxonomique (reftax) * historisation des modifications * rapport de modification * génération de graphique - * selection des listes d'especes pour RSUfi (L1, L2, L3, L4) + * sélection des listes d’espèces pour RSUfi (L1, L2, L3, L4) * enregistrement des résultats RSUfi Modified: trunk/src/site/rst/user/configuration.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -45,7 +45,7 @@ Emplacement du fichier référentiel taxonomique. coser.reference.typeSpecies - Emplacement du fichier contenant les codes des types d'especes. + Emplacement du fichier contenant les codes des types d’espèces. coser.web.frontend Adresse du site web SIH indice campagne (utilisé par les administrateurs @@ -68,15 +68,15 @@ Nombre minimal d'individu observé. coser.control.diffcatchlength - Pourcentage de differences accepté entre la somme des nombres d'individu + Pourcentage de différences accepté entre la somme des nombres d'individu capturé dans le fichier capture et la même somme dans le fichier taille. coser.control.typeFish - Nom du type d'espece qui correspond aux poissons. Utilisé par certains - contrôle pour exclure certaines especes. + Nom du type d’espèce qui correspond aux poissons. Utilisé par certains + contrôle pour exclure certaines espèces. coser.selection.occurrenceFilter - Pourcentage par defaut de l'occurence minimum utilisé par le filtre de + Pourcentage par défaut de l’occurrence minimum utilisé par le filtre de l'étape de sélection coser.selection.densityFilter Modified: trunk/src/site/rst/user/controls.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -32,10 +32,10 @@ Cette interface est composé d'un arbre avec la liste des 4 fichiers (captures, tailles, traits, strates) et pour chacun d'eux, les niveaux des erreurs -detectable. +détectable. -A chaque niveau, un fichier XML décrivant les controles peut être associés -pour les décrires. +A chaque niveau, un fichier XML décrivant les contrôles peut être associés +pour les décrire. Documentation ------------- @@ -54,9 +54,9 @@ est un double java). Pour chaque champs, il y a également un autre champs correspondant à sa -donnée sous forme de chaine de caracteres. Par exemple, le champs ``survey`` est +donnée sous forme de chaine de caractères. Par exemple, le champs ``survey`` est également accessible via le nom ``surveyAsString``. -Le champs ``number`` (de type double) est egalement accessible sous le nom +Le champs ``number`` (de type double) est également accessible sous le nom ``numberAsString` (de type chaine). Exemple Modified: trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -32,7 +32,7 @@ * tailles * traits -Chaque table doit être formatté suivant le format CSV en utilisant le séparateur +Chaque table doit être formaté suivant le format CSV en utilisant le séparateur ';' (point-virgule) et comporter des noms de colonne définit (anglais ou français) **dans le même ordre**. @@ -43,7 +43,7 @@ captures ~~~~~~~~ -En-tête francais:: +En-tête français:: Campagne;Annee;Trait;Espece;Nombre;Poids @@ -62,7 +62,7 @@ strates ~~~~~~~ -En-tête francais:: +En-tête français:: Campagne;Strate;Surface @@ -81,7 +81,7 @@ tailles ~~~~~~~ -En-tête francais:: +En-tête français:: Campagne;Annee;Trait;Espece;Sexe;Maturite;Longueur;Nombre;Poids;Age @@ -100,7 +100,7 @@ traits ~~~~~~ -En-tête francais:: +En-tête français:: Campagne;Annee;Trait;Mois;Strate;SurfaceBalayee;Lat;Long;ProfMoy Modified: trunk/src/site/rst/user/faq.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/faq.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/faq.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -31,4 +31,18 @@ --------------------------------------------------------------------------------------------------- Si le détail de l'erreur cite une erreur de certificats, essayez de mettre à -jour java avant de recommencer. +jour Java avant de recommencer. + + +L'application refuse de se lancer ou bloque lors du chargement ou la vérification des données +--------------------------------------------------------------------------------------------- + +Il s'agit certainement d'une erreur mémoire. Par défaut, Coser se lance en +utilisant 1Go de mémoire. Cependant, si une telle quantité de mémoire n'est pas +disponible, l'application ne se lancera pas. Si la mémoire est trop faible +et n'arrivera pas a traiter toutes les données. + +Il est possible de configurer la mémoire utilisée en modifiant les scripts +coser.bat (windows) et coser (linux) ou le fichier launch.jnlp (webstart). + +Dans ces scripts, il suffit ensuite d'ajuster la quantité de mémoire à utiliser. Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -25,11 +25,11 @@ Contrôle ======== -L'étape de contrôle consite à détecter les erreurs présentes sur les 4 tables -de données et enventuellement à les corriger si c'est possible. +L'étape de contrôle consiste à détecter les erreurs présentes sur les 4 tables +de données et éventuellement à les corriger si c'est possible. Une fois un projet chargé dans l'application, utilisez le menu *Données/Contrôle* -pour acceder à l'interface de contrôle. +pour accéder à l'interface de contrôle. .. image:: ../images/10-controlmain.png @@ -43,7 +43,7 @@ * ligne par ligne sur les 4 tables de données * vérification par croisement de fichiers - * vérification par croissement avec le referentiel taxonomique + * vérification par croisement avec le référentiel taxonomique À la fin des 10 étapes de vérification, un arbre de toutes les erreurs s'affiche avec toutes les erreurs détectées. @@ -69,8 +69,8 @@ Dans le cas où une erreur concerne plusieurs lignes: - * soit l'erreur est dûe à une erreur d'export des 4 tables et il est - préféreable de refaire l'export en amont, la correction se reverant impossible + * soit l'erreur est due à une erreur d'export des 4 tables et il est + préférable de refaire l'export en amont, la correction se révérant impossible depuis coser * soit l'erreur est corrigeable @@ -90,7 +90,7 @@ --------- Coser est également capable de générer des graphiques pour faciliter -la prise de décision (notement concernant les warning détectés par la +la prise de décision (notamment concernant les warning détectés par la vérification globale). Le bouton ``Comparaison Captures/Tailles`` affiche une interface où un @@ -104,8 +104,8 @@ mais permettant de générer des graphiques sur des sous ensembles de données sélectionnés. -Il est par exemple possible d'afficher la struture en taille mais seulement -pour une strate, ou seulement pour une espece, de faire la somme... +Il est par exemple possible d'afficher la structure en taille mais seulement +pour une strate, ou seulement pour une espèce, de faire la somme... .. image:: ../images/14-controlgraphlength.png @@ -120,7 +120,7 @@ Le rapport des modifications, accessible via le bouton `Rapport des modifications`, est généré sous forme de rapport HTML et doit normalement -s'ouvrir dans un nivigateur internet. Vous pouvez à partir de ce navigateur +s'ouvrir dans un navigateur internet. Vous pouvez à partir de ce navigateur visualisé ou imprimer ce rapport. Rapport de contrôle @@ -141,10 +141,10 @@ Vous pouvez à tout moment sauvegarder l'état des données au fur et à mesure de vos corrections. -Àprès la vérification des données, et si celle ci c'est terminée **sans erreurs** -le bouton `Valider le contôle` devient actif et vous permet de valider. +Après la vérification des données, et si celle ci c'est terminée **sans erreurs** +le bouton `Valider le contrôle` devient actif et vous permet de valider. -La validation de l'étape de contrôle est nécéssaire pour pouvoir passer +La validation de l'étape de contrôle est nécessaire pour pouvoir passer à l'`étape de sélection`_. .. _étape de sélection: guide_selection.html Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -37,7 +37,7 @@ | Campagne | Champs obligatoire | Erreur | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | -| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | +| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ @@ -54,7 +54,7 @@ | Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | | | également différent de 0 | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| Vérification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | | "Espece" | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ | Vérification du nombre minimal d'observations dans table CAPTURES$Nombre | | @@ -77,7 +77,7 @@ +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ | Autres vérifications | Niveau | +=============================================================================+==========+ -| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Strate" | Erreur | +| Vérification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Strate" | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ Tailles @@ -89,7 +89,7 @@ | Campagne | Champs obligatoire | Erreur | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | Année | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | -| | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | +| | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ @@ -105,7 +105,7 @@ +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | Poids | Réel valide, vide ou NA | Erreur | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ -| Age | Réel valide, vide ou NA | Fatal | +| Age | Réel valide, vide ou NA | Fatal | +------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ @@ -114,11 +114,11 @@ | Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | Erreur | | également différent de 0 | | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | Erreur | -| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | | +| Vérification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | Erreur | +| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ | Vérification du nombre minimal d'observation dans table TAILLES$Nombre par | Erreur | -| espèce par strate par année | | +| espèce par strate par année | | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ Traits @@ -130,7 +130,7 @@ | Campagne | Champs obligatoire | Erreur | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | -| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | +| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ @@ -146,11 +146,11 @@ +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | ProfMoy | Réel valide, vide ou NA | Erreur | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ -| SurfaceBalayee | Composé de au moins 3 décimales | Fatal | +| SurfaceBalayee | Composé de au moins 3 décimales | Fatal | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ -| Lat | Composé de au moins 4 décimales | Warning | +| Lat | Composé de au moins 4 décimales | Warning | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ -| Long | Composé de au moins 4 décimales | Warning | +| Long | Composé de au moins 4 décimales | Warning | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ @@ -159,12 +159,12 @@ | Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | | | également différent de 0 | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | -| "Mois" | Erreur | +| Vérification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Mois" | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -Coisement de fichier --------------------- +Croisement de fichier +--------------------- +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ | Vérifications | Niveau | @@ -174,16 +174,16 @@ | La liste des années doit être identique entre les fichiers Captures, | | | tailles et Traits | Fatal | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | -| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | Erreur | +| Vérification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ | Vérification du nombre minimal d'observation dans table TAILLES$Nombre par | | -| espèce par strate par année | Erreur | +| espèce par strate par année | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Pour les poissons, le champs Longueur doit utiliser un pas entier ou un | | +| Pour les poissons, le champs Longueur doit utiliser un pas entier ou un | | | demi pas (par exemple: 4.0 ou 4.5, mais pas 4.25) | Warning | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Vérification que pour chaque espèce présent dans un trait d'une année | | +| Vérification que pour chaque espèce présent dans un trait d'une année | | | dans le fichier tailles (noté Annee/Trait/Espece) il y a une donnée | | | dans le fichier captures (le contraire n'est pas vraie) | Fatal | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ @@ -192,15 +192,15 @@ | traits | Fatal | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -Croissement avec le reférentiel taxonomique -------------------------------------------- +Croisement avec le référentiel taxonomique +------------------------------------------ +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ | Vérifications | Niveau | +=============================================================================+==========+ -| Le champs Especes du fichier Captures doit correspondre à une espèce | | +| Le champs Especes du fichier Captures doit correspondre à une espèce | | | présente dans le référentiel taxonomique | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Le champs Especes du fichier Taille doit correspondre à une espèce | | +| Le champs Especes du fichier Taille doit correspondre à une espèce | | | présente dans le référentiel taxonomique | Erreur | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -25,7 +25,7 @@ Projet ====== -La permière action a effectuer pour traiter les 4 tables de données est de +La première action a effectuer pour traiter les 4 tables de données est de créer un projet en y renseignant ses paramètres (y compris les 4 tables). Configuration @@ -38,7 +38,7 @@ Cette interface doit contenir: - * le nom du projet (les caracteres autre que les lettres et chiffres + * le nom du projet (les caractères autre que les lettres et chiffres sont interdit) * le nom de l'auteur (obligatoire) * les fichiers csv correspondant aux 4 tables (obligatoire) @@ -46,7 +46,7 @@ pour affiché la zone d'application sur la carte du monde * un commentaire -Il est egalement possible d'utiliser pour ce projet seulement un autre +Il est également possible d'utiliser pour ce projet seulement un autre fichier de référence taxonomique que celui présent dans la configuration par défaut du logiciel. Il sera utilisé uniquement par ce projet. @@ -56,7 +56,7 @@ Après avoir cliqué sur le bouton ``Créer le projet``, les 4 tables et le référentiel taxonomique sont chargés en mémoire. Le logiciel vérifie ensuite que les fichiers sont dans le format attendu -(CSV, séparateur, nom des entetes) puis crée le projet et affiche l'interface +(CSV, séparateur, nom des entêtes) puis crée le projet et affiche l'interface de résumé de projet : .. image:: ../images/04-projectsummary.png @@ -64,12 +64,12 @@ Réouverture de projet --------------------- -Pour réouvrir un projet précédamment créé, il suffit de le sélectionner +Pour ré-ouvrir un projet précédemment créé, il suffit de le sélectionner dans l'interface *Fichier/Ouvrir un projet* puis de cliquer sur `Ouvrir`: .. image:: ../images/03-openproject.png -Il est ensuite possible de passer aux étapes de controle_ ou de selection_. +Il est ensuite possible de passer aux étapes de contrôle_ ou de sélection_. -.. _controle: guide_control.html -.. _selection: guide_selection.html +.. _contrôle: guide_control.html +.. _sélection: guide_selection.html Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -27,14 +27,14 @@ Un fois que les données de votre sélection ont été utilisées pour faire tourner RSufi, celui ci vous fournit des résultats qu'il est possible -d'ajouter dans la liste des résultats d'une selection. +d'ajouter dans la liste des résultats d'une sélection. -Pour ce faire, réouvrez la sélection concernée via le menu *Données/Sélection/<nomdelaselection>* +Pour ce faire, ré-ouvrez la sélection concernée via le menu *Données/Sélection/<nomdelaselection>* et sélectionnez le troisième onglet ``RSufi``. .. image:: ../images/25-selectionresults.png -Cette fois ci, c'est la seconde partie de l'interface qui nous interesse. Elle +Cette fois ci, c'est la seconde partie de l'interface qui nous intéresse. Elle récapitule la liste des résultats actuellement enregistré dans Coser. Pour ajouter un nouveau résultat, cliquez sur le bouton ``Ajouter un résultat``. @@ -44,7 +44,7 @@ Un résultat est composé de : * un nom unique parmi les résultats de la sélection (obligatoire et composé - uniquement de caracteres alphanumériques) + uniquement de caractères alphanumériques) * la version de rsufi avec laquelle le résultat a été obtenu (obligatoire) * la date d'ajout du résultat (obligatoire) * le fichier de données ``estcomind`̀ (obligatoire) @@ -58,10 +58,9 @@ les cartes de distribution) * publiable (utilisé par les administrateurs pour différencier les résultats publiable des autres résultats) - * autre fichier (fichier supplémentaire devant être concervé par Coser) + * autre fichier (fichier supplémentaire devant être conservé par Coser) -Une fois le résultat paramètré sans erreur, cliquer sur ``Ajouter le résultat`` -pour valider l'action. Ce resultat pourra ensuite être sélectionné par les +Une fois le résultat paramétré sans erreur, cliquer sur ``Ajouter le résultat`` +pour valider l'action. Ce résultat pourra ensuite être sélectionné par les administrateur de Coser en vue d'être publié sur le site internet : http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/ - Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst 2011-02-08 14:57:38 UTC (rev 708) @@ -22,11 +22,11 @@ .. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. .. * #L% .. - -Séléction +Sélection ========= L'étape de sélection consiste a sélectionner les listes d'espèces suivante -en paramètres d'entrée de rsufi : +en paramètres d'entrée de RSufi : * L1 : Liste des espèces sélectionnées * L2 : Liste des espèces de L1 respectant un filtre d'occurrence/densité @@ -39,7 +39,7 @@ La première étape consiste a définir les paramètres de la sélection pour Coser. -Pour cela, utiliser le menu ``Selections/Nouvelle sélection`` +Pour cela, utiliser le menu ``Sélections/Nouvelle sélection`` .. image:: ../images/21-selectionmenu0.png @@ -47,9 +47,9 @@ .. image:: ../images/20-selectiondetails.png -Le nom est obligatoire et ne doit contenir que des caratères alphanumériques. +Le nom est obligatoire et ne doit contenir que des caractères alphanumériques. -Il faut ensuite selectionner les années sur lesquelles porterons les données +Il faut ensuite sélectionner les années sur lesquelles porterons les données de la sélection. Les données des 4 tables seront restreinte aux années sélectionnées. @@ -61,7 +61,7 @@ .. image:: ../images/22-selectionstrata.png Dans cette étape il est également possible d'afficher les données -de l'effort d'échantillonage est cliquant sur l'icone en forme de table. +de l'effort d’échantillonnage est cliquant sur l’icône en forme de table. Arrive enfin l'étape de sélection des espèces à inclure dans la liste L1. Cette étape récapitule la liste de toutes les espèces disponible suite aux choix @@ -73,12 +73,12 @@ liste est filtrable par les types de la liste ``Filtrer par type``. Pour ajouter une espèce dans la liste L1, il faut la sélectionner et cliquer -sur le bouton ``flêche droite``. +sur le bouton ``flèche droite``. Les deux listes de cette étape comporte de menu contextuel permettant de : * fusionner des espèces - * générerer les graphiques de comparason captures/tailles + * générer les graphiques de comparaison captures/tailles * etc... .. image:: ../images/26-selectionmenu1.png @@ -104,7 +104,7 @@ Dans cet écran : * La liste L1 correspond à la liste défini lors de l'étape précédente - * La liste L2 correspond à la liste des especes filtrées par le filtre + * La liste L2 correspond à la liste des espèces filtrées par le filtre du pourcentage minimum d'occurrence et du nombre d'individu minimum au km2 * La liste L3 récapitule parmi les espèces sélectionnées de la liste L2, @@ -115,11 +115,11 @@ À noter: * seule les espèces **sélectionnée** (en surbrillance) sont prise en compte - * si vous modifier la sélection par defaut proposé par le logiciel, vous + * si vous modifier la sélection par défaut proposé par le logiciel, vous devez justifier votre choix en renseignant un commentaire en dessous de la liste concernée -Une fois les 4 listes d'espèces définie, vous pouvez finaliser la selection +Une fois les 4 listes d'espèces définie, vous pouvez finaliser la sélection en la validant. Pour cela cliquer sur le bouton ``Valider la sélection``. @@ -131,22 +131,22 @@ .. image: ../images/25-selectionresults.png -Dans cet écran, vous pouvez exporter les fichiers nécessaires à l'execution +Dans cet écran, vous pouvez exporter les fichiers nécessaires à l’exécution de RSufi. Attention cependant, Coser ne pilote pas RSUfi, il ne fait que -générer les fichiers nécéssaire à son execution. +générer les fichiers nécessaire à son exécution. Le dossier généré contient: - * les 4 tables de données (avec seulement les années selectionnées lors + * les 4 tables de données (avec seulement les années sélectionnées lors de l'étape de sélection) - * un fichier détaillant les 4 listes d'especes (L1, L2, L3, l4) + * un fichier détaillant les 4 listes d’espèces (L1, L2, L3, l4) * un fichier d'information relatif au projet -Resultat +Résultat -------- -Une fois que RSufi a été executé avec les paramètres de votre sélection, +Une fois que RSufi a été exécute avec les paramètres de votre sélection, vous pouvez passer à l'étape d'`enregistrement des résultats`_. .. _enregistrement des résultats: guide_results.html

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r707 - in trunk/coser-ui: . src/main/assembly src/main/resources/icons
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 14:40:11 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 707 Log: Add coser ico and fix assembly Added: trunk/coser-ui/src/main/resources/icons/coser.ico Modified: trunk/coser-ui/pom.xml trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml Modified: trunk/coser-ui/pom.xml =================================================================== --- trunk/coser-ui/pom.xml 2011-02-08 14:22:47 UTC (rev 706) +++ trunk/coser-ui/pom.xml 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) @@ -246,6 +246,7 @@ <goal>launch4j</goal> </goals> <configuration> + <icon>src/main/resources/icons/coser.ico</icon> <dontWrapJar>true</dontWrapJar> <headerType>gui</headerType> <outfile>target/coser.exe</outfile> Modified: trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml =================================================================== --- trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml 2011-02-08 14:22:47 UTC (rev 706) +++ trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml 2011-02-08 14:40:11 UTC (rev 707) @@ -51,8 +51,10 @@ <source>target/coser.exe</source> </file> <file> + <source>src/main/assembly/coser.bat</source> + </file> + <file> <source>src/main/assembly/coser</source> - <source>src/main/assembly/coser.bat</source> <fileMode>0755</fileMode> </file> </files> Added: trunk/coser-ui/src/main/resources/icons/coser.ico =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/coser-ui/src/main/resources/icons/coser.ico ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream

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r706 - trunk/coser-ui/src/main/jnlp
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 14:22:47 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 706 Log: Increase memory 1024M Modified: trunk/coser-ui/src/main/jnlp/coser-jnlp.vm Modified: trunk/coser-ui/src/main/jnlp/coser-jnlp.vm =================================================================== --- trunk/coser-ui/src/main/jnlp/coser-jnlp.vm 2011-02-08 14:17:52 UTC (rev 705) +++ trunk/coser-ui/src/main/jnlp/coser-jnlp.vm 2011-02-08 14:22:47 UTC (rev 706) @@ -18,7 +18,7 @@ </security> #end <resources> - <j2se version="$j2seVersion" max-heap-size="512m"/> + <j2se version="$j2seVersion" max-heap-size="1024m"/> $dependencies $extensions </resources>

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r705 - trunk/coser-ui/src/main/assembly
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 14:17:52 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 705 Log: Add windows bat script Added: trunk/coser-ui/src/main/assembly/coser.bat Modified: trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml Modified: trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml =================================================================== --- trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) +++ trunk/coser-ui/src/main/assembly/bin.xml 2011-02-08 14:17:52 UTC (rev 705) @@ -52,6 +52,7 @@ </file> <file> <source>src/main/assembly/coser</source> + <source>src/main/assembly/coser.bat</source> <fileMode>0755</fileMode> </file> </files> Added: trunk/coser-ui/src/main/assembly/coser.bat =================================================================== --- trunk/coser-ui/src/main/assembly/coser.bat (rev 0) +++ trunk/coser-ui/src/main/assembly/coser.bat 2011-02-08 14:17:52 UTC (rev 705) @@ -0,0 +1 @@ +java -Xms1024M -jar coser.jar $* Property changes on: trunk/coser-ui/src/main/assembly/coser.bat ___________________________________________________________________ Added: svn:executable + *

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r704 - in trunk: . src/site src/site/rst src/site/rst/en src/site/rst/en/user src/site/rst/user
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 14:00:41 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 704 Log: Update coser en doc Added: trunk/src/site/rst/en/user/ trunk/src/site/rst/en/user/configuration.rst trunk/src/site/rst/en/user/controls.rst trunk/src/site/rst/en/user/dataformat.rst trunk/src/site/rst/en/user/faq.rst trunk/src/site/rst/en/user/guide_control.rst trunk/src/site/rst/en/user/guide_listcontrols.rst trunk/src/site/rst/en/user/guide_project.rst trunk/src/site/rst/en/user/guide_results.rst trunk/src/site/rst/en/user/guide_selection.rst Modified: trunk/changelog.txt trunk/src/site/rst/download.rst trunk/src/site/rst/en/download.rst trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Modified: trunk/changelog.txt =================================================================== --- trunk/changelog.txt 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/changelog.txt 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -4,6 +4,7 @@ 1.0-rc1 ------- + * Add control view default split pane size * Display only filename when a create project error is detected * Increase heap memory to 1024M * Display species in italic style in generated pdf meta file Modified: trunk/src/site/rst/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -30,7 +30,7 @@ Une installation de Java version 6 est requise pour pouvoir executer Coser. Vous pouvez le télécharger depuis cette adresse -http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html . +http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html. Préférez la version la plus récente disponible et au moins la version 1.6.0_20. Modified: trunk/src/site/rst/en/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/download.rst 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/src/site/rst/en/download.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -23,10 +23,26 @@ .. * #L% .. - Launch -========= +====== +Prerequisites +------------- + +To run Coser, you need a Java 6 installation. You can download it at this address: +http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html + +Prefer last available version, and at least the 1.6.0_20 version. + +Online launch +------------- + You can launch application directly from this website with Java WebStart from `this page`_. +Download +-------- + +You can also download Coser to run it locally. `Download coser`_. + .. _this page: ../coser-ui/en/jnlp-report.html - +.. _Download coser: http://labs.libre-entreprise.org/frs/?group_id=164 Added: trunk/src/site/rst/en/user/configuration.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/configuration.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/configuration.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,76 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Configuration +============= + +Before using Coser, it need to be configured, especially about files not provided +with coser. + +A wizard is available with the menu *Options/Configuration* + +Paths +----- + +.. image:: ../images/90-configurationpath.png + +In this wizard, you can define following options: + +coser.projects.directory + Coser projects location directory. + +coser.reference.species + Taxonomy reference file location. + +coser.reference.typeSpecies + Species types code file location. + +coser.web.frontend + SIH indice campagne website address (used by administrator to publish results). + +coser.web.zones.file + Application zone file location (used to affect zone to rsufi results). + +Control step configuration +-------------------------- + +.. image:: ../images/91-configurationvalues.png + +In this view, you can define configuration values used during control step : + +coser.control.nobsmin + Minimum individual observation count. + +coser.control.diffcatchlength + Percentage of acceptable difference between the total numbers of individual + captured in the capture file and the same amount in lenght file. + +coser.control.typeFish + Fish species type code name. Used by some controls to exclude some species. + +coser.selection.occurrenceFilter + Default percentage used in mimimum occurrence field filter in selection step. + +coser.selection.densityFilter + Default percentage used in mimimum density field filter in selection step. Added: trunk/src/site/rst/en/user/controls.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/controls.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/controls.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,93 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Contrôles +========= + +Coser dispose d'un interface permettant de personnaliser les contrôles. + +Cependant, leurs personnalisation est très technique et est réservé aux +utilisateurs expérimentée. + +Cette interface est composé d'un arbre avec la liste des 4 fichiers (captures, +tailles, traits, strates) et pour chacun d'eux, les niveaux des erreurs +detectable. + +A chaque niveau, un fichier XML décrivant les controles peut être associés +pour les décrires. + +Documentation +------------- + +Les fichiers XML sont basé sur une syntaxe utilisé par le framework Java XWork. + +La documentation de cette syntaxe peut être trouvé à cette adresse : +http://struts.apache.org/2.x/docs/validation.html + + +Champs +------ + +Pour chaque fichier, les champs sont accessible par leur nom anglais +(``survey``, ``stratum``...) dans leur type relatif (par exemple, ``number`` +est un double java). + +Pour chaque champs, il y a également un autre champs correspondant à sa +donnée sous forme de chaine de caracteres. Par exemple, le champs ``survey`` est +également accessible via le nom ``surveyAsString``. +Le champs ``number`` (de type double) est egalement accessible sous le nom +``numberAsString` (de type chaine). + +Exemple +------- + +Exemple du fichier de validation strate (niveau erreur) :: + + <validators> + <field name="survey"> + <field-validator type="requiredstring"> + <param name="trim">true</param> + <message>Missing survey name</message> + </field-validator> + </field> + <field name="stratum"> + <field-validator type="requiredstring"> + <param name="trim">true</param> + <message>Missing stratum name</message> + </field-validator> + </field> + <field name="surfaceAsString"> + <field-validator type="checkDouble"> + <param name="notAvailable">NA</param> + <message>surface attribute is not a valid double</message> + </field-validator> + </field> + </validators> + + +Dans cet exemple: + + * le champs ``survey`` est obligatoire (requiredstring) + * le champs ``surfaceAsString`` doit être un réel valide (la valeur NA étant + autorisée) Added: trunk/src/site/rst/en/user/dataformat.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/dataformat.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/dataformat.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,115 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Tables file format +================== + +Coser needs 4 tables by project : + + * catchs + * stratas + * lengths + * hauls + +Each table must be formatted using CSV file format with ';' (semicolon) +separator and begin with predefined CSV headers (english or french) +**respecting header order**. + +Tables details +-------------- + +catchs +~~~~~~ + +French headers:: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Nombre;Poids + +English headers:: + + Survey;Year;Haul;Species;Number;Weight + +Sample (catchs.csv):: + + Survey;Year;Haul;Species;Number;Weight + EVHOE_TOT;1997;B1008;ALLO;160.00;0.47 + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOLAT;1.00;0.01 + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOTHO;1.00;0.03 + + +stratas +~~~~~~~ + +French headers:: + + Campagne;Strate;Surface + +English headers:: + + Survey;Stratum;Surface + +Sample (stratas.csv):: + + Survey;Stratum;Surface + EVHOE_TOT;Gn1;8201.69199214 + EVHOE_TOT;Gn2;11771.068813 + EVHOE_TOT;Gn3;17327.206597099997 + + +length +~~~~~~ + +French headers:: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Sexe;Maturite;Longueur;Nombre;Poids;Age + +English headers:: + + Survey;Year;Haul;Species;Sex;Maturity;Length;Number;Weight;Age + +Sample (length.csv):: + + Survey;Year;Haul;Species;Sex;Maturity;Length;Number;Weight;Age + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOLAT;i;NA;11.00;1.00;;NA + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOTHO;i;NA;13.00;1.00;;NA + EVHOE_TOT;1997;B1008;BOOPBOO;i;NA;14.00;1.00;0.02;NA + + +hauls +~~~~~ + +French headers:: + + Campagne;Annee;Trait;Mois;Strate;SurfaceBalayee;Lat;Long;ProfMoy + +English headers:: + + Survey;Year;Haul;Month;Stratum;SweptSurface;Lat;Long;Depth + +Sample (hauls.csv):: + + Survey;Year;Haul;Month;Stratum;SweptSurface;Lat;Long;Depth + EVHOE_TOT;1997;B1008;10;Gs2;0.06;43.75;-1.50;45.50 + EVHOE_TOT;1997;B1010;10;Gs1;0.06;43.81;-1.45;31.00 + EVHOE_TOT;1997;B1012;10;Gs3;0.06;43.89;-1.73;115.00 Added: trunk/src/site/rst/en/user/faq.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/faq.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/faq.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,34 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Foire aux questions +=================== + +.. contents:: + +Au lancement de l'application JavaWebStart le message "Impossible de lancer l'application" apparaît +--------------------------------------------------------------------------------------------------- + +Si le détail de l'erreur cite une erreur de certificats, essayez de mettre à +jour java avant de recommencer. Added: trunk/src/site/rst/en/user/guide_control.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/guide_control.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/guide_control.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,147 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Control step +============ + +The control step goal is to detect errors on the 4 data tables +and possibly correct them if possible. + +.. image:: ../images/10-controlmain.png + +Data check +---------- + +During this step, the first action to do is launching global check, by clicking +on ``Check data`` button. + +Coser will check: + + * line by line errors on 4 tables + * + * vérification par croissement avec le referentiel taxonomique + +À la fin des 10 étapes de vérification, un arbre de toutes les erreurs +s'affiche avec toutes les erreurs détectées. + +Pour plus de détails concernant les erreurs : `liste des contrôles`_. + +.. _liste des contrôles: guide_listcontrols.html + +Corrections des données +----------------------- + +Lors de la sélection d'une erreur, Coser affiche la ligne concernée par l'erreur +vous permettant d'apporter une correction. +Les lignes en rouge correspondent à des champs en erreurs. La partie droite +détaille les messages d'erreurs. + +Dans l'exemple précédant, l'année est manquante, l'utilisateur peut l'ajouter +à la main et valider la modification. + + +Corrections de masse +-------------------- + +Dans le cas où une erreur concerne plusieurs lignes: + + * soit l'erreur est dûe à une erreur d'export des 4 tables et il est + préféreable de refaire l'export en amont, la correction se reverant impossible + depuis coser + * soit l'erreur est corrigeable + +Le tableau affichant toute les données comporte un menu contextuel permettant: + + * de supprimer plusieurs lignes sélectionné + * de chercher un motif et de le remplacer par un autre + +.. image:: ../images/11-controlmenu1.png + +Par exemple, dans le cas ou tous les nombres comporterais une virgule (,) au +lieu d'un point (.), il est possible de remplacer un la virgule par un point +pour toutes les lignes sur une colonne en une seule opération. + + +Graphique +--------- + +Coser est également capable de générer des graphiques pour faciliter +la prise de décision (notement concernant les warning détectés par la +vérification globale). + +Le bouton ``Comparaison Captures/Tailles`` affiche une interface où un +graphique est générée pour chaque espèce. Les données correspondent à la somme +des ``Nombre``s dans les fichiers captures et tailles par année. +Une différence peut traduire une erreur dans les données d'origines. + +.. image:: ../images/13-controlgraphdiff.png + +Le bouton ``Strutures en taille`` affiche une interface un peu plus compliquée +mais permettant de générer des graphiques sur des sous ensembles de données +sélectionnés. + +Il est par exemple possible d'afficher la struture en taille mais seulement +pour une strate, ou seulement pour une espece, de faire la somme... + +.. image:: ../images/14-controlgraphlength.png + + +Rapport +------- + +Dans l'étape de contrôle, il est possible de générer deux rapports. + +Rapport de modification +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Le rapport des modifications, accessible via le bouton `Rapport des +modifications`, est généré sous forme de rapport HTML et doit normalement +s'ouvrir dans un nivigateur internet. Vous pouvez à partir de ce navigateur +visualisé ou imprimer ce rapport. + +Rapport de contrôle +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Ce rapport est accessible par clic droit sur l'arbre des erreurs après +vérification des erreurs sur les données. + +.. image:: ../images/12-controlmenu2.png + +Ca rapport contient les mêmes erreurs que celle affiché dans l'arbre et +les graphiques de comparaison Captures/Tailles. + + +Sauvegarde et validation +------------------------ + +Vous pouvez à tout moment sauvegarder l'état des données au fur et à mesure +de vos corrections. + +Àprès la vérification des données, et si celle ci c'est terminée **sans erreurs** +le bouton `Valider le contôle` devient actif et vous permet de valider. + +La validation de l'étape de contrôle est nécéssaire pour pouvoir passer +à l'`étape de sélection`_. + +.. _étape de sélection: guide_selection.html Added: trunk/src/site/rst/en/user/guide_listcontrols.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/guide_listcontrols.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/guide_listcontrols.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,206 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Liste des contrôles +=================== + +Cette page détaille la liste des contrôles effectué par Coser lors +de l'étape de vérification des erreurs. + +Captures +-------- + ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++============+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | +| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Especes | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Nombre | Réel, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Poids | Réel, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | | +| également différent de 0 | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Espece" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification du nombre minimal d'observations dans table CAPTURES$Nombre | | +| par espèce par strate par année | Warning | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Strates +------- + ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++============+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Strate | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Surface | Réel, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Strate" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Tailles +------- + ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++============+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Année | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | +| | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Espece | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Sexe | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Maturite | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Longueur | Réel valide, vide | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Nombre | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Poids | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Age | Réel valide, vide ou NA | Fatal | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | Erreur | +| également différent de 0 | | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | Erreur | +| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification du nombre minimal d'observation dans table TAILLES$Nombre par | Erreur | +| espèce par strate par année | | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Traits +------ + ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++=================+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | +| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Mois | 2 chiffres | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Strates | Champs obligatoire | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| SurfaceBalayee | Champs obligatoire et réel valide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Lat | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Long | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| ProfMoy | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| SurfaceBalayee | Composé de au moins 3 décimales | Fatal | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Lat | Composé de au moins 4 décimales | Warning | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Long | Composé de au moins 4 décimales | Warning | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | | +| également différent de 0 | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Mois" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Coisement de fichier +-------------------- + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Vérification que le nom de campagne est le même dans les 4 tables | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| La liste des années doit être identique entre les fichiers Captures, | | +| tailles et Traits | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification du nombre minimal d'observation dans table TAILLES$Nombre par | | +| espèce par strate par année | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Pour les poissons, le champs Longueur doit utiliser un pas entier ou un | | +| demi pas (par exemple: 4.0 ou 4.5, mais pas 4.25) | Warning | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification que pour chaque espèce présent dans un trait d'une année | | +| dans le fichier tailles (noté Annee/Trait/Espece) il y a une donnée | | +| dans le fichier captures (le contraire n'est pas vraie) | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification que pour chaque trait présent une année (noté Annee/Trait) | | +| dans les fichiers tailles et capt il y a une donnée dans le fichier | | +| traits | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Croissement avec le reférentiel taxonomique +------------------------------------------- + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Le champs Especes du fichier Captures doit correspondre à une espèce | | +| présente dans le référentiel taxonomique | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Le champs Especes du fichier Taille doit correspondre à une espèce | | +| présente dans le référentiel taxonomique | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ Added: trunk/src/site/rst/en/user/guide_project.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/guide_project.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/guide_project.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,75 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Projet +====== + +La permière action a effectuer pour traiter les 4 tables de données est de +créer un projet en y renseignant ses paramètres (y compris les 4 tables). + +Configuration +------------- + +Pour se faire, il suffit d'afficher l'interface de création de projet depuis +le menu *Fichier/Nouveau projet*. L'interface suivante s'affiche: + +.. image:: ../images/02-createproject.png + +Cette interface doit contenir: + + * le nom du projet (les caracteres autre que les lettres et chiffres + sont interdit) + * le nom de l'auteur (obligatoire) + * les fichiers csv correspondant aux 4 tables (obligatoire) + * les cartes aux format shapes (*.shp) utilisé dans l'étape de sélection + pour affiché la zone d'application sur la carte du monde + * un commentaire + +Il est egalement possible d'utiliser pour ce projet seulement un autre +fichier de référence taxonomique que celui présent dans la configuration +par défaut du logiciel. Il sera utilisé uniquement par ce projet. + +Validation +---------- + +Après avoir cliqué sur le bouton ``Créer le projet``, les 4 tables et le +référentiel taxonomique sont chargés en mémoire. +Le logiciel vérifie ensuite que les fichiers sont dans le format attendu +(CSV, séparateur, nom des entetes) puis crée le projet et affiche l'interface +de résumé de projet : + +.. image:: ../images/04-projectsummary.png + +Réouverture de projet +--------------------- + +Pour réouvrir un projet précédamment créé, il suffit de le sélectionner +dans l'interface *Fichier/Ouvrir un projet* puis de cliquer sur `Ouvrir`: + +.. image:: ../images/03-openproject.png + +Il est ensuite possible de passer aux étapes de controle_ ou de selection_. + +.. _controle: guide_control.html +.. _selection: guide_selection.html Added: trunk/src/site/rst/en/user/guide_results.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/guide_results.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/guide_results.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,67 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Résultats RSufi +=============== + +Un fois que les données de votre sélection ont été utilisées pour faire +tourner RSufi, celui ci vous fournit des résultats qu'il est possible +d'ajouter dans la liste des résultats d'une selection. + +Pour ce faire, réouvrez la sélection concernée via le menu *Données/Sélection/<nomdelaselection>* +et sélectionnez le troisième onglet ``RSufi``. + +.. image:: ../images/25-selectionresults.png + +Cette fois ci, c'est la seconde partie de l'interface qui nous interesse. Elle +récapitule la liste des résultats actuellement enregistré dans Coser. + +Pour ajouter un nouveau résultat, cliquez sur le bouton ``Ajouter un résultat``. + +.. image:: ../images/26-selectionaddresult.png + +Un résultat est composé de : + + * un nom unique parmi les résultats de la sélection (obligatoire et composé + uniquement de caracteres alphanumériques) + * la version de rsufi avec laquelle le résultat a été obtenu (obligatoire) + * la date d'ajout du résultat (obligatoire) + * le fichier de données ``estcomind`̀ (obligatoire) + * le fichier de données ``estpopind`` (obligatoire) + +À cela s'ajoute des options facultatives : + + * la zone d'application (utilisé lors de la publication de résultat sur + le site internet pour placé un résultat dans un zone définie) + * le répertoire de cartes (utilisé par le site internet pour afficher + les cartes de distribution) + * publiable (utilisé par les administrateurs pour différencier les résultats + publiable des autres résultats) + * autre fichier (fichier supplémentaire devant être concervé par Coser) + +Une fois le résultat paramètré sans erreur, cliquer sur ``Ajouter le résultat`` +pour valider l'action. Ce resultat pourra ensuite être sélectionné par les +administrateur de Coser en vue d'être publié sur le site internet : +http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/ + Added: trunk/src/site/rst/en/user/guide_selection.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/user/guide_selection.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/en/user/guide_selection.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -0,0 +1,152 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Séléction +========= + +L'étape de sélection consiste a sélectionner les listes d'espèces suivante +en paramètres d'entrée de rsufi : + + * L1 : Liste des espèces sélectionnées + * L2 : Liste des espèces de L1 respectant un filtre d'occurrence/densité + * L3 : Liste des espèces de L2 avec des tailles pour toutes les années + * L4 : Liste des espèces de L3 avec des maturités + + +Création de la sélection +------------------------ + +La première étape consiste a définir les paramètres de la sélection pour Coser. + +Pour cela, utiliser le menu ``Selections/Nouvelle sélection`` + +.. image:: ../images/21-selectionmenu0.png + +**Note**: Ce menu n'est disponible que si l'étape de contrôle est été validée. + +.. image:: ../images/20-selectiondetails.png + +Le nom est obligatoire et ne doit contenir que des caratères alphanumériques. + +Il faut ensuite selectionner les années sur lesquelles porterons les données +de la sélection. Les données des 4 tables seront restreinte aux années +sélectionnées. + +.. image:: ../images/21-selectionyears.png + +Il faut ensuite sélectionner les strates pour lesquelles on souhaite +sélectionner des espèces. + +.. image:: ../images/22-selectionstrata.png + +Dans cette étape il est également possible d'afficher les données +de l'effort d'échantillonage est cliquant sur l'icone en forme de table. + +Arrive enfin l'étape de sélection des espèces à inclure dans la liste L1. Cette +étape récapitule la liste de toutes les espèces disponible suite aux choix +des années et des strates. + +.. image:: ../images/23-selectionspecies.png + +La liste ``Espèces filtrées`` correspond à la liste de toutes les espèces. Cette +liste est filtrable par les types de la liste ``Filtrer par type``. + +Pour ajouter une espèce dans la liste L1, il faut la sélectionner et cliquer +sur le bouton ``flêche droite``. + +Les deux listes de cette étape comporte de menu contextuel permettant de : + + * fusionner des espèces + * générerer les graphiques de comparason captures/tailles + * etc... + +.. image:: ../images/26-selectionmenu1.png + + +Rapport +------- + +Il est possible de générer un rapport comportant toutes les informations de +la sélection est cliquant sur le bouton ``Rapport de sélection``. Ce rapport +est au format html et doit s'ouvrir dans votre navigateur pour être +visualisé et imprimé. + + +Listes des espèces +------------------ + +Une fois la liste L1 définie, il faut sauvegarder la sélection pour +que l'onglet ``Listes des espèces`` devienne actif. + +.. image:: ../images/24-selectionlists.png + +Dans cet écran : + + * La liste L1 correspond à la liste défini lors de l'étape précédente + * La liste L2 correspond à la liste des especes filtrées par le filtre + du pourcentage minimum d'occurrence et du nombre d'individu minimum + au km2 + * La liste L3 récapitule parmi les espèces sélectionnées de la liste L2, + celles qui ont des tailles pour toutes les années + * enfin la liste L4 récapitule, parmi les espèces sélectionnées de la + liste L3, celles qui ont des maturités. + +À noter: + + * seule les espèces **sélectionnée** (en surbrillance) sont prise en compte + * si vous modifier la sélection par defaut proposé par le logiciel, vous + devez justifier votre choix en renseignant un commentaire en dessous + de la liste concernée + +Une fois les 4 listes d'espèces définie, vous pouvez finaliser la selection +en la validant. Pour cela cliquer sur le bouton ``Valider la sélection``. + + +Export des données en entrée de RSUfi +------------------------------------- + +Une fois les 4 listes définie et la sélection validée, le troisième onglet +"RSUfi" devient actif. + +.. image: ../images/25-selectionresults.png + +Dans cet écran, vous pouvez exporter les fichiers nécessaires à l'execution +de RSufi. Attention cependant, Coser ne pilote pas RSUfi, il ne fait que +générer les fichiers nécéssaire à son execution. + +Le dossier généré contient: + + * les 4 tables de données (avec seulement les années selectionnées lors + de l'étape de sélection) + * un fichier détaillant les 4 listes d'especes (L1, L2, L3, l4) + * un fichier d'information relatif au projet + + +Resultat +-------- + +Une fois que RSufi a été executé avec les paramètres de votre sélection, +vous pouvez passer à l'étape d'`enregistrement des résultats`_. + +.. _enregistrement des résultats: guide_results.html Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -129,8 +129,8 @@ +=================+================================================================+==========+ | Campagne | Champs obligatoire | Erreur | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ -| Année | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | Erreur | -| | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | | +| | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | +| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ | Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | +-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ @@ -187,7 +187,7 @@ | dans le fichier tailles (noté Annee/Trait/Espece) il y a une donnée | | | dans le fichier captures (le contraire n'est pas vraie) | Fatal | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ -| Vérification que pour chaque trait présent une année (noté Annee/Trait) | | +| Vérification que pour chaque trait présent une année (noté Annee/Trait) | | | dans les fichiers tailles et capt il y a une donnée dans le fichier | | | traits | Fatal | +-----------------------------------------------------------------------------+----------+ Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -25,4 +25,43 @@ Résultats RSufi =============== +Un fois que les données de votre sélection ont été utilisées pour faire +tourner RSufi, celui ci vous fournit des résultats qu'il est possible +d'ajouter dans la liste des résultats d'une selection. +Pour ce faire, réouvrez la sélection concernée via le menu *Données/Sélection/<nomdelaselection>* +et sélectionnez le troisième onglet ``RSufi``. + +.. image:: ../images/25-selectionresults.png + +Cette fois ci, c'est la seconde partie de l'interface qui nous interesse. Elle +récapitule la liste des résultats actuellement enregistré dans Coser. + +Pour ajouter un nouveau résultat, cliquez sur le bouton ``Ajouter un résultat``. + +.. image:: ../images/26-selectionaddresult.png + +Un résultat est composé de : + + * un nom unique parmi les résultats de la sélection (obligatoire et composé + uniquement de caracteres alphanumériques) + * la version de rsufi avec laquelle le résultat a été obtenu (obligatoire) + * la date d'ajout du résultat (obligatoire) + * le fichier de données ``estcomind`̀ (obligatoire) + * le fichier de données ``estpopind`` (obligatoire) + +À cela s'ajoute des options facultatives : + + * la zone d'application (utilisé lors de la publication de résultat sur + le site internet pour placé un résultat dans un zone définie) + * le répertoire de cartes (utilisé par le site internet pour afficher + les cartes de distribution) + * publiable (utilisé par les administrateurs pour différencier les résultats + publiable des autres résultats) + * autre fichier (fichier supplémentaire devant être concervé par Coser) + +Une fois le résultat paramètré sans erreur, cliquer sur ``Ajouter le résultat`` +pour valider l'action. Ce resultat pourra ensuite être sélectionné par les +administrateur de Coser en vue d'être publié sur le site internet : +http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/ + Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -45,7 +45,7 @@ **Note**: Ce menu n'est disponible que si l'étape de contrôle est été validée. -.. image:: ../images/20-selectiondetails +.. image:: ../images/20-selectiondetails.png Le nom est obligatoire et ne doit contenir que des caratères alphanumériques. @@ -55,25 +55,25 @@ .. image:: ../images/21-selectionyears.png -Il faut ensuite sélectionner les strates pour lesquelles ont souhaite -sélectionner des especes. +Il faut ensuite sélectionner les strates pour lesquelles on souhaite +sélectionner des espèces. .. image:: ../images/22-selectionstrata.png Dans cette étape il est également possible d'afficher les données de l'effort d'échantillonage est cliquant sur l'icone en forme de table. -Arrive enfin l'étape de selection des espèces à inclure dans la liste L1. Cette +Arrive enfin l'étape de sélection des espèces à inclure dans la liste L1. Cette étape récapitule la liste de toutes les espèces disponible suite aux choix des années et des strates. .. image:: ../images/23-selectionspecies.png La liste ``Espèces filtrées`` correspond à la liste de toutes les espèces. Cette -liste est filtrable par les types de la liste `Filtrer par type`. +liste est filtrable par les types de la liste ``Filtrer par type``. Pour ajouter une espèce dans la liste L1, il faut la sélectionner et cliquer -sur le bouton `flêche droite`. +sur le bouton ``flêche droite``. Les deux listes de cette étape comporte de menu contextuel permettant de : @@ -90,7 +90,7 @@ Il est possible de générer un rapport comportant toutes les informations de la sélection est cliquant sur le bouton ``Rapport de sélection``. Ce rapport est au format html et doit s'ouvrir dans votre navigateur pour être -visualiser et imprimer. +visualisé et imprimé. Listes des espèces @@ -117,7 +117,7 @@ * seule les espèces **sélectionnée** (en surbrillance) sont prise en compte * si vous modifier la sélection par defaut proposé par le logiciel, vous devez justifier votre choix en renseignant un commentaire en dessous - de la liste concerné + de la liste concernée Une fois les 4 listes d'espèces définie, vous pouvez finaliser la selection en la validant. Pour cela cliquer sur le bouton ``Valider la sélection``. @@ -129,7 +129,7 @@ Une fois les 4 listes définie et la sélection validée, le troisième onglet "RSUfi" devient actif. -.. image: ../images/26-selectionresults.png +.. image: ../images/25-selectionresults.png Dans cet écran, vous pouvez exporter les fichiers nécessaires à l'execution de RSufi. Attention cependant, Coser ne pilote pas RSUfi, il ne fait que Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -25,7 +25,7 @@ --> <project name="${project.name}"> - + <bannerLeft> <src>/icons/logo100.png</src> <href>index.html</href> Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-08 14:00:41 UTC (rev 704) @@ -61,15 +61,15 @@ <item name="Format des tables" href="user/dataformat.html" /> <item name="Projet" href="user/guide_project.html" /> <item name="Contrôle" href="user/guide_control.html" /> - <item name="Liste des contrôles" href="user/guide_listcontrols.html" /> <item name="Sélection" href="user/guide_selection.html" /> <item name="Résultat RSufi" href="user/guide_results.html" /> <item name="FAQ" href="user/faq.html" /> </item> -  </menu>

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r703 - trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/control
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 8, 2011

Feb. 8, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-08 13:04:48 +0000 (Tue, 08 Feb 2011) New Revision: 703 Log: Add default split pane size Modified: trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/control/ControlView.jaxx Modified: trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/control/ControlView.jaxx =================================================================== --- trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/control/ControlView.jaxx 2011-02-08 12:57:00 UTC (rev 702) +++ trunk/coser-ui/src/main/java/fr/ifremer/coser/ui/control/ControlView.jaxx 2011-02-08 13:04:48 UTC (rev 703) @@ -71,7 +71,7 @@ </row> <row> <cell fill="both" weightx="1" weighty="1" columns="2"> - <JSplitPane name="splitpaneDataDetails" orientation="{JSplitPane.VERTICAL_SPLIT}"> + <JSplitPane name="splitpaneDataDetails" orientation="{JSplitPane.VERTICAL_SPLIT}" resizeWeight="0.3"> <CardLayout id="controlTablesLayout" /> <JPanel id="controlTablesPanel" layout="{controlTablesLayout}"> <JScrollPane constraints="Category.CATCH.toString()"> @@ -100,8 +100,8 @@ </JScrollPane> </JPanel> - <JSplitPane name="splitpaneDetail" orientation="{JSplitPane.VERTICAL_SPLIT}"> - <JSplitPane name="splitpaneDataDetailError"> + <JSplitPane name="splitpaneDetail" orientation="{JSplitPane.VERTICAL_SPLIT}" resizeWeight="0.5"> + <JSplitPane name="splitpaneDataDetailError" resizeWeight="0.5"> <JScrollPane id="editionScrollPane"> <Table> <row> @@ -153,7 +153,7 @@ </JScrollPane> </JSplitPane> - <JSplitPane name="splitpaneGlobalErrorComment"> + <JSplitPane name="splitpaneGlobalErrorComment" resizeWeight="0.5"> <JScrollPane> <GlobalControlErrorModel id="globalControlErrorModel" /> <JXTreeTable id='globalControlErrorTable' treeTableModel="{globalControlErrorModel}"

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