February 2011 - Coser-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r692 - in trunk: . coser-business coser-ui coser-web
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 7, 2011

Feb. 7, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-07 20:56:54 +0000 (Mon, 07 Feb 2011) New Revision: 692 Log: Next version will be 1.0 Modified: trunk/changelog.txt trunk/coser-business/pom.xml trunk/coser-ui/pom.xml trunk/coser-web/pom.xml trunk/pom.xml Modified: trunk/changelog.txt =================================================================== --- trunk/changelog.txt 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) +++ trunk/changelog.txt 2011-02-07 20:56:54 UTC (rev 692) @@ -1,8 +1,8 @@ Coser release notes =================== -1.0.0-rc1 ---------- +1.0-rc1 +------- * Display species in italic style in generated pdf meta file * Add application zone in chart title Modified: trunk/coser-business/pom.xml =================================================================== --- trunk/coser-business/pom.xml 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) +++ trunk/coser-business/pom.xml 2011-02-07 20:56:54 UTC (rev 692) @@ -6,7 +6,7 @@ <parent> <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> + <version>1.0-rc1-SNAPSHOT</version> </parent> <groupId>fr.ifremer.coser</groupId> Modified: trunk/coser-ui/pom.xml =================================================================== --- trunk/coser-ui/pom.xml 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) +++ trunk/coser-ui/pom.xml 2011-02-07 20:56:54 UTC (rev 692) @@ -6,7 +6,7 @@ <parent> <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> + <version>1.0-rc1-SNAPSHOT</version> </parent> <groupId>fr.ifremer.coser</groupId> Modified: trunk/coser-web/pom.xml =================================================================== --- trunk/coser-web/pom.xml 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) +++ trunk/coser-web/pom.xml 2011-02-07 20:56:54 UTC (rev 692) @@ -6,7 +6,7 @@ <parent> <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> + <version>1.0-rc1-SNAPSHOT</version> </parent> <groupId>fr.ifremer.coser</groupId> Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) +++ trunk/pom.xml 2011-02-07 20:56:54 UTC (rev 692) @@ -11,7 +11,7 @@ <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> + <version>1.0-rc1-SNAPSHOT</version> <packaging>pom</packaging> <modules>

1 0

r691 - in trunk: . src/site src/site/rst src/site/rst/user
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 7, 2011

Feb. 7, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-07 17:32:07 +0000 (Mon, 07 Feb 2011) New Revision: 691 Log: Update site Added: trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst Modified: trunk/pom.xml trunk/src/site/rst/download.rst trunk/src/site/rst/index.rst trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst trunk/src/site/site_fr.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) +++ trunk/pom.xml 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -354,7 +354,7 @@ <dependency> <groupId>org.nuiton.jrst</groupId> <artifactId>doxia-module-jrst</artifactId> - <version>${jrstPluginVersion}</version> + <version>1.2-SNAPSHOT</version> </dependency> </dependencies> </plugin> Modified: trunk/src/site/rst/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) +++ trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -43,7 +43,7 @@ Téléchargement -------------- Vous pouvez également télécharger l'application pour la lancer localement : -`telecharger coser`_. +`télécharger coser`_. .. _cette page: coser-ui/jnlp-report.html -.. _telecharger coser: http://labs.libre-entreprise.org/frs/?group_id=164 +.. _télécharger coser: http://labs.libre-entreprise.org/frs/?group_id=164 Modified: trunk/src/site/rst/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/index.rst 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) +++ trunk/src/site/rst/index.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -31,7 +31,7 @@ Les résultats issus de RSufi sont ensuite enregistrés dans l'application coser en vue d'être sélectionné pour être publié sur le site : -http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/. +http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes. Fonctionnalités Modified: trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) +++ trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -43,11 +43,14 @@ captures ~~~~~~~~ -Entete francais:: +Test +++++ +En-tête francais:: + Campagne;Annee;Trait;Espece;Nombre;Poids -Entete anglais:: +En-tête anglais:: Survey;Year;Haul;Species;Number;Weight @@ -62,11 +65,11 @@ strates ~~~~~~~ -Entete francais:: +En-tête francais:: Campagne;Strate;Surface -Entete anglais:: +En-tête anglais:: Survey;Stratum;Surface @@ -81,11 +84,11 @@ tailles ~~~~~~~ -Entete francais:: +En-tête francais:: Campagne;Annee;Trait;Espece;Sexe;Maturite;Longueur;Nombre;Poids;Age -Entete anglais:: +En-tête anglais:: Survey;Year;Haul;Species;Sex;Maturity;Length;Number;Weight;Age @@ -100,11 +103,11 @@ traits ~~~~~~ -Entete francais:: +En-tête francais:: Campagne;Annee;Trait;Mois;Strate;SurfaceBalayee;Lat;Long;ProfMoy -Entete anglais:: +En-tête anglais:: Survey;Year;Haul;Month;Stratum;SweptSurface;Lat;Long;Depth Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -36,8 +36,8 @@ Vérification des données ------------------------ -Dans cette étape, la premiere action a effectuer est de lancer une vérification -globale des données en cliquant sur le bouton `Vérifier les données`. +Dans cette étape, la première action a effectuer est de lancer une vérification +globale des données en cliquant sur le bouton ``Vérifier les données``. Coser va entreprendre une longue séries de contrôles : @@ -48,9 +48,9 @@ À la fin des 10 étapes de vérification, un arbre de toutes les erreurs s'affiche avec toutes les erreurs détectées. -Pour plus de détails concernant les erreurs : `details des controles`_. +Pour plus de détails concernant les erreurs : `liste des contrôles`_. -.. details des controles: guides_controles.html +.. _liste des contrôles: guide_listcontrols.html Corrections des données ----------------------- @@ -60,8 +60,8 @@ Les lignes en rouge correspondent à des champs en erreurs. La partie droite détaille les messages d'erreurs. -Dans l'exemple, l'année est manquante, l'utilisateur peut l'ajouter à la main -et valider la modification. +Dans l'exemple précédant, l'année est manquante, l'utilisateur peut l'ajouter +à la main et valider la modification. Corrections de masse @@ -69,7 +69,7 @@ Dans le cas où une erreur concerne plusieurs lignes: - * soit l'erreur est due a une erreur d'export des 4 tables et il est + * soit l'erreur est dûe à une erreur d'export des 4 tables et il est préféreable de refaire l'export en amont, la correction se reverant impossible depuis coser * soit l'erreur est corrigeable @@ -90,17 +90,17 @@ --------- Coser est également capable de générer des graphiques pour faciliter -la prise de décision (notement concernant les warning détecter par la +la prise de décision (notement concernant les warning détectés par la vérification globale). -Le bouton `Comparaison Captures/Tailles` affiche une interface où un +Le bouton ``Comparaison Captures/Tailles`` affiche une interface où un graphique est générée pour chaque espèce. Les données correspondent à la somme -des `Nombres dans les fichiers captures et tailles par année. +des ``Nombre``s dans les fichiers captures et tailles par année. Une différence peut traduire une erreur dans les données d'origines. .. image:: ../images/13-controlgraphdiff.png -Le bouton `Strutures en taille` affiche une interface un peu plus compliquée +Le bouton ``Strutures en taille`` affiche une interface un peu plus compliquée mais permettant de générer des graphiques sur des sous ensembles de données sélectionnés. @@ -109,6 +109,42 @@ .. image:: ../images/14-controlgraphlength.png + Rapport ------- +Dans l'étape de contrôle, il est possible de générer deux rapports. + +Rapport de modification +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Le rapport des modifications, accessible via le bouton `Rapport des +modifications`, est généré sous forme de rapport HTML et doit normalement +s'ouvrir dans un nivigateur internet. Vous pouvez à partir de ce navigateur +visualisé ou imprimer ce rapport. + +Rapport de contrôle +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Ce rapport est accessible par clic droit sur l'arbre des erreurs après +vérification des erreurs sur les données. + +.. image:: ../images/12-controlmenu2.png + +Ca rapport contient les mêmes erreurs que celle affiché dans l'arbre et +les graphiques de comparaison Captures/Tailles. + + +Sauvegarde et validation +------------------------ + +Vous pouvez à tout moment sauvegarder l'état des données au fur et à mesure +de vos corrections. + +Àprès la vérification des données, et si celle ci c'est terminée **sans erreurs** +le bouton `Valider le contôle` devient actif et vous permet de valider. + +La validation de l'étape de contrôle est nécéssaire pour pouvoir passer +à l'`étape de sélection`_. + +.. _étape de sélection: guide_selection.html Added: trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_listcontrols.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -0,0 +1,206 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Liste des contrôles +=================== + +Cette page détaille la liste des contrôles effectué par Coser lors +de l'étape de vérification des erreurs. + +Captures +-------- + ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++============+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | +| Année | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Especes | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Nombre | Réel, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Poids | Réel, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | | +| également différent de 0 | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Espece" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification du nombre minimal d'observations dans table CAPTURES$Nombre | | +| par espèce par strate par année | Warning | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Strates +------- + ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++============+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Strate | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Surface | Réel, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Strate" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Tailles +------- + ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++============+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Année | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | | +| | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Espece | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Sexe | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Maturite | Champs obligatoire | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Longueur | Réel valide, vide | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Nombre | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Poids | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Age | Réel valide, vide ou NA | Fatal | ++------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | Erreur | +| également différent de 0 | | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | Erreur | +| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification du nombre minimal d'observation dans table TAILLES$Nombre par | Erreur | +| espèce par strate par année | | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Traits +------ + ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Champs | Vérification | Niveau | ++=================+================================================================+==========+ +| Campagne | Champs obligatoire | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Année | Champs composé de 4 chiffres obligatoires et 2 chiffres | Erreur | +| | facultatifs séparés par un point (trimestre) ex: 2002.25 | | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Traits | Composé de lettres et chiffres | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Mois | 2 chiffres | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Strates | Champs obligatoire | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| SurfaceBalayee | Champs obligatoire et réel valide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Lat | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Long | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| ProfMoy | Réel valide, vide ou NA | Erreur | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| SurfaceBalayee | Composé de au moins 3 décimales | Fatal | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Lat | Composé de au moins 4 décimales | Warning | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ +| Long | Composé de au moins 4 décimales | Warning | ++-----------------+----------------------------------------------------------------+----------+ + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Autres vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Si le Poids est un réel différent de 0, alors le Nombre doit être | | +| également différent de 0 | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Mois" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Coisement de fichier +-------------------- + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Vérification que le nom de campagne est le même dans les 4 tables | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| La liste des années doit être identique entre les fichiers Captures, | | +| tailles et Traits | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Verification des lignes dupliquées sur la clé "Campagne", "Annee", "Trait", | | +| "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification du nombre minimal d'observation dans table TAILLES$Nombre par | | +| espèce par strate par année | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Pour les poissons, le champs Longueur doit utiliser un pas entier ou un | | +| demi pas (par exemple: 4.0 ou 4.5, mais pas 4.25) | Warning | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification que pour chaque espèce présent dans un trait d'une année | | +| dans le fichier tailles (noté Annee/Trait/Espece) il y a une donnée | | +| dans le fichier captures (le contraire n'est pas vraie) | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérification que pour chaque trait présent une année (noté Annee/Trait) | | +| dans les fichiers tailles et capt il y a une donnée dans le fichier | | +| traits | Fatal | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ + +Croissement avec le reférentiel taxonomique +------------------------------------------- + ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Vérifications | Niveau | ++=============================================================================+==========+ +| Le champs Especes du fichier Captures doit correspondre à une espèce | | +| présente dans le référentiel taxonomique | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ +| Le champs Especes du fichier Taille doit correspondre à une espèce | | +| présente dans le référentiel taxonomique | Erreur | ++-----------------------------------------------------------------------------+----------+ Modified: trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -53,8 +53,8 @@ Validation ---------- -Après avoir cliqué sur le bouton `Créer le projet`, les 4 tables et le référentiel -taxonomique sont chargé en mémoire. +Après avoir cliqué sur le bouton ``Créer le projet``, les 4 tables et le +référentiel taxonomique sont chargés en mémoire. Le logiciel vérifie ensuite que les fichiers sont dans le format attendu (CSV, séparateur, nom des entetes) puis crée le projet et affiche l'interface de résumé de projet : Added: trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_results.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -0,0 +1,28 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Résultats RSufi +=============== + + Added: trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_selection.rst 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -0,0 +1,152 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Séléction +========= + +L'étape de sélection consiste a sélectionner les listes d'espèces suivante +en paramètres d'entrée de rsufi : + + * L1 : Liste des espèces sélectionnées + * L2 : Liste des espèces de L1 respectant un filtre d'occurrence/densité + * L3 : Liste des espèces de L2 avec des tailles pour toutes les années + * L4 : Liste des espèces de L3 avec des maturités + + +Création de la sélection +------------------------ + +La première étape consiste a définir les paramètres de la sélection pour Coser. + +Pour cela, utiliser le menu ``Selections/Nouvelle sélection`` + +.. image:: ../images/21-selectionmenu0.png + +**Note**: Ce menu n'est disponible que si l'étape de contrôle est été validée. + +.. image:: ../images/20-selectiondetails + +Le nom est obligatoire et ne doit contenir que des caratères alphanumériques. + +Il faut ensuite selectionner les années sur lesquelles porterons les données +de la sélection. Les données des 4 tables seront restreinte aux années +sélectionnées. + +.. image:: ../images/21-selectionyears.png + +Il faut ensuite sélectionner les strates pour lesquelles ont souhaite +sélectionner des especes. + +.. image:: ../images/22-selectionstrata.png + +Dans cette étape il est également possible d'afficher les données +de l'effort d'échantillonage est cliquant sur l'icone en forme de table. + +Arrive enfin l'étape de selection des espèces à inclure dans la liste L1. Cette +étape récapitule la liste de toutes les espèces disponible suite aux choix +des années et des strates. + +.. image:: ../images/23-selectionspecies.png + +La liste ``Espèces filtrées`` correspond à la liste de toutes les espèces. Cette +liste est filtrable par les types de la liste `Filtrer par type`. + +Pour ajouter une espèce dans la liste L1, il faut la sélectionner et cliquer +sur le bouton `flêche droite`. + +Les deux listes de cette étape comporte de menu contextuel permettant de : + + * fusionner des espèces + * générerer les graphiques de comparason captures/tailles + * etc... + +.. image:: ../images/26-selectionmenu1.png + + +Rapport +------- + +Il est possible de générer un rapport comportant toutes les informations de +la sélection est cliquant sur le bouton ``Rapport de sélection``. Ce rapport +est au format html et doit s'ouvrir dans votre navigateur pour être +visualiser et imprimer. + + +Listes des espèces +------------------ + +Une fois la liste L1 définie, il faut sauvegarder la sélection pour +que l'onglet ``Listes des espèces`` devienne actif. + +.. image:: ../images/24-selectionlists.png + +Dans cet écran : + + * La liste L1 correspond à la liste défini lors de l'étape précédente + * La liste L2 correspond à la liste des especes filtrées par le filtre + du pourcentage minimum d'occurrence et du nombre d'individu minimum + au km2 + * La liste L3 récapitule parmi les espèces sélectionnées de la liste L2, + celles qui ont des tailles pour toutes les années + * enfin la liste L4 récapitule, parmi les espèces sélectionnées de la + liste L3, celles qui ont des maturités. + +À noter: + + * seule les espèces **sélectionnée** (en surbrillance) sont prise en compte + * si vous modifier la sélection par defaut proposé par le logiciel, vous + devez justifier votre choix en renseignant un commentaire en dessous + de la liste concerné + +Une fois les 4 listes d'espèces définie, vous pouvez finaliser la selection +en la validant. Pour cela cliquer sur le bouton ``Valider la sélection``. + + +Export des données en entrée de RSUfi +------------------------------------- + +Une fois les 4 listes définie et la sélection validée, le troisième onglet +"RSUfi" devient actif. + +.. image: ../images/26-selectionresults.png + +Dans cet écran, vous pouvez exporter les fichiers nécessaires à l'execution +de RSufi. Attention cependant, Coser ne pilote pas RSUfi, il ne fait que +générer les fichiers nécéssaire à son execution. + +Le dossier généré contient: + + * les 4 tables de données (avec seulement les années selectionnées lors + de l'étape de sélection) + * un fichier détaillant les 4 listes d'especes (L1, L2, L3, l4) + * un fichier d'information relatif au projet + + +Resultat +-------- + +Une fois que RSufi a été executé avec les paramètres de votre sélection, +vous pouvez passer à l'étape d'`enregistrement des résultats`_. + +.. _enregistrement des résultats: guide_results.html Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-07 17:32:07 UTC (rev 691) @@ -60,15 +60,18 @@ <item name="Configuration" href="user/configuration.html" /> <item name="Format des tables" href="user/dataformat.html" /> <item name="Projet" href="user/guide_project.html" /> - <item name="Controle" href="user/guide_control.html" /> + <item name="Contrôle" href="user/guide_control.html" /> + <item name="Liste des contrôles" href="user/guide_listcontrols.html" /> + <item name="Sélection" href="user/guide_selection.html" /> + <item name="Résultat RSufi" href="user/guide_results.html" /> <item name="FAQ" href="user/faq.html" /> </item> - <item name="Avancé" href="user/controls.html"> +  </menu> <menu ref="modules"/>

1 0

r690 - trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 7, 2011

Feb. 7, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-07 09:57:54 +0000 (Mon, 07 Feb 2011) New Revision: 690 Log: Fix javadoc Modified: trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java Modified: trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java =================================================================== --- trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java 2011-02-07 09:55:22 UTC (rev 689) +++ trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java 2011-02-07 09:57:54 UTC (rev 690) @@ -555,7 +555,7 @@ /** * Detecte des différences entre les nombres dans captures - * et les nombres dand taille. + * et les nombres dans taille. * * @param control data container * @param progress progress

1 0

r689 - trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 7, 2011

Feb. 7, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-07 09:55:22 +0000 (Mon, 07 Feb 2011) New Revision: 689 Log: Fix javadoc Modified: trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java Modified: trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java =================================================================== --- trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) +++ trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/ControlService.java 2011-02-07 09:55:22 UTC (rev 689) @@ -387,7 +387,7 @@ * Vérifier l'unicité sur : "Campagne", "Strate" * * TAILLES - * Vérifier l'unicité sur : Campagne", "Annee", "Trait", "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" + * Vérifier l'unicité sur : "Campagne", "Annee", "Trait", "Espece", "Sexe", "Maturite", "Longueur" * * TRAITS * Vérifier l'unicité sur : "Campagne", "Annee", "Trait", "Mois" @@ -462,7 +462,6 @@ /** * Alerte si Somme(CAPTURES$Nombre par CAPTURES$Annee|Strate|Espece) < nobsmin. - * Erreur si CAPT$Nombre n'est pas 0 si le poids dans CAPT$Poids>0 * * @param control control * @param progress progress monitor

1 0

r688 - in trunk/src/site: . resources resources/icons resources/images rst rst/devel rst/en rst/user
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 4, 2011

Feb. 4, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-04 17:40:52 +0000 (Fri, 04 Feb 2011) New Revision: 688 Log: Update site Added: trunk/src/site/resources/icons/ trunk/src/site/resources/icons/logo100.png trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png trunk/src/site/rst/devel/directory.rst trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst Removed: trunk/src/site/resources/images/Sans titre.xcf trunk/src/site/rst/directory.rst Modified: trunk/src/site/resources/images/01-noproject.png trunk/src/site/resources/images/02-createproject.png trunk/src/site/resources/images/03-openproject.png trunk/src/site/resources/images/04-projectsummary.png trunk/src/site/resources/images/10-controlmain.png trunk/src/site/resources/images/20-selectiondetail.png trunk/src/site/resources/images/21-selectionyears.png trunk/src/site/resources/images/22-selectionstrata.png trunk/src/site/resources/images/23-selectionspecies.png trunk/src/site/resources/images/24-selectionlists.png trunk/src/site/resources/images/25-selectionresults.png trunk/src/site/resources/images/90-configurationpath.png trunk/src/site/resources/images/91-configurationvalues.png trunk/src/site/rst/devel/struts.rst trunk/src/site/rst/download.rst trunk/src/site/rst/en/download.rst trunk/src/site/rst/en/index.rst trunk/src/site/rst/user/configuration.rst trunk/src/site/rst/user/controls.rst trunk/src/site/rst/user/faq.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Added: trunk/src/site/resources/icons/logo100.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/icons/logo100.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/01-noproject.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/02-createproject.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/03-openproject.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/04-projectsummary.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/10-controlmain.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/20-selectiondetail.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/21-selectionyears.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/22-selectionstrata.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/23-selectionspecies.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/24-selectionlists.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/25-selectionresults.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/90-configurationpath.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/91-configurationvalues.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/Sans titre.xcf =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/rst/devel/directory.rst (from rev 651, trunk/src/site/rst/directory.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/rst/devel/directory.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/devel/directory.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,80 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Organisation des dossiers des projets Coser +------------------------------------------- + +Structure de répertoires :: + + testProject/ + ├── project.properties + ├── modification.properties + ├── reftaxSpecies.csv + ├── original/ + │ ├── catch.csv + │ ├── haul.csv + │ ├── length.csv + │ └── strata.csv + ├── control/ + │ ├── catch_co.csv + │ ├── haul_co.csv + │ ├── length_co.csv + │ └── strata_co.csv + └── selections/ + ├── selection1/ + │ ├── catch_se.csv + │ ├── haul_se.csv + │ ├── length_se.csv + │ ├── strata_se.csv + │ ├── lists.properties + │ ├── runrufi1/ + │ └── runrufi2/ + └── selection2/ + ├── catch_se.csv + ├── haul_se.csv + ├── length_se.csv + ├── strata_se.csv + ├── lists.properties + └── runrufi1/ + ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| Nom | Description | ++=========================+===================================================+ +| project.properties | Configuration générale du projet | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| modification.properties | Configuration générale du projet | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| reftaxSpecies.csv | Configuration générale du projet | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| original/ | Dossier contenant les fichiers données originaux | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| | Dossier contenant les fichiers données après | +| control/ | validation | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| selections/ | Contient un dossier par selection | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| lists.properties | Contient les information de la sélection (4listes)| ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| runrufi1/ | Dossier contenant les resultat d'un run RSufi | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ \ No newline at end of file Modified: trunk/src/site/rst/devel/struts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/devel/struts.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/devel/struts.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Deleted: trunk/src/site/rst/directory.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/directory.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/directory.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -1,80 +0,0 @@ -.. - -.. * #%L -.. * Coser -.. * -.. * $Id$ -.. * $HeadURL$ -.. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin -.. * %% -.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify -.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as -.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the -.. * License, or (at your option) any later version. -.. * -.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, -.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -.. * GNU General Lesser Public License for more details. -.. * -.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public -.. * License along with this program. If not, see -.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. -.. * #L% -.. - -Organisation des dossiers des projets Coser -------------------------------------------- - -Structure de répertoires :: - - testProject/ - ├── project.properties - ├── modification.properties - ├── reftaxSpecies.csv - ├── original/ - │ ├── catch.csv - │ ├── haul.csv - │ ├── length.csv - │ └── strata.csv - ├── control/ - │ ├── catch_co.csv - │ ├── haul_co.csv - │ ├── length_co.csv - │ └── strata_co.csv - └── selections/ - ├── selection1/ - │ ├── catch_se.csv - │ ├── haul_se.csv - │ ├── length_se.csv - │ ├── strata_se.csv - │ ├── lists.properties - │ ├── runrufi1/ - │ └── runrufi2/ - └── selection2/ - ├── catch_se.csv - ├── haul_se.csv - ├── length_se.csv - ├── strata_se.csv - ├── lists.properties - └── runrufi1/ - -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| Nom | Description | -+=========================+===================================================+ -| project.properties | Configuration générale du projet | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| modification.properties | Configuration générale du projet | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| reftaxSpecies.csv | Configuration générale du projet | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| original/ | Dossier contenant les fichiers données originaux | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| | Dossier contenant les fichiers données après | -| control/ | validation | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| selections/ | Contient un dossier par selection | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| lists.properties | Contient les information de la sélection (4listes)| -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| runrufi1/ | Dossier contenant les resultat d'un run RSufi | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ \ No newline at end of file Modified: trunk/src/site/rst/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -25,6 +25,16 @@ Lancement ========= +Prérequis +--------- + +Une installation de Java version 6 est requise pour pouvoir executer Coser. +Vous pouvez le télécharger depuis cette adresse +http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html . + +Préférez la version la plus récente disponible et au moins la version +1.6.0_20. + Lancement en ligne ------------------ Vous pouvez lancer l'application directement en ligne (JavaWebStart) depuis @@ -33,7 +43,7 @@ Téléchargement -------------- Vous pouvez également télécharger l'application pour la lancer localement : -`télécharger coser`_. +`telecharger coser`_. .. _cette page: coser-ui/jnlp-report.html -.. _télécharger coser: http://labs.libre-entreprise.org/frs/?group_id=164 +.. _telecharger coser: http://labs.libre-entreprise.org/frs/?group_id=164 Modified: trunk/src/site/rst/en/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/download.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/en/download.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Modified: trunk/src/site/rst/en/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/index.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/en/index.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Modified: trunk/src/site/rst/user/configuration.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -25,5 +25,60 @@ Configuration ============= -Source : http://struts.apache.org/2.x/docs/validation.html +Avant d'utiliser Coser, il faut le configurer, notament conernant les +fichier non fournit avec coser. +Un assistant de configuration est disponible depuis le menu +*Options/Configuration* + +Chemins +------- + +.. image:: ../images/90-configurationpath.png + +Dans cette fenêtre, il est possible de configurer les options: + +coser.projects.directory + Dossier où sont stocké les projets de Coser. + +coser.reference.species + Emplacement du fichier référentiel taxonomique. + +coser.reference.typeSpecies + Emplacement du fichier contenant les codes des types d'especes. + +coser.web.frontend + Adresse du site web SIH indice campagne (utilisé par les administrateurs + pour la publication des résultats). + +coser.web.zones.file + Emplacement du fichier définissant la liste des zones d'applications auxquelles + sont affectés les résultats. + + +Configuration de l'étape de contrôle +------------------------------------ + +.. image:: ../images/91-configurationvalues.png + +Cette fenêtre sert a ajusté certaines valeurs utilisé lors de l'étape de +contrôle. + +coser.control.nobsmin + Nombre minimal d'individu observé. + +coser.control.diffcatchlength + Pourcentage de differences accepté entre la somme des nombres d'individu + capturé dans le fichier capture et la même somme dans le fichier taille. + +coser.control.typeFish + Nom du type d'espece qui correspond aux poissons. Utilisé par certains + contrôle pour exclure certaines especes. + +coser.selection.occurrenceFilter + Pourcentage par defaut de l'occurence minimum utilisé par le filtre de + l'étape de sélection + +coser.selection.densityFilter + Pourcentage par défaut de la densité utilisé par le filtre de l'étape + de sélection Modified: trunk/src/site/rst/user/controls.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Added: trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,116 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Format des tables +================= + +Coser a besoin de 4 tables par projet : + + * captures + * strates + * tailles + * traits + +Chaque table doit être formatté suivant le format CSV en utilisant le séparateur +';' (point-virgule) et comporter des noms de colonne définit (anglais ou français) +**dans le même ordre**. + + +Détails des 4 tables +-------------------- + +captures +~~~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Nombre;Poids + +Entete anglais:: + + Survey;Year;Haul;Species;Number;Weight + +Exemple (captures.csv):: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Nombre;Poids + EVHOE_TOT;1997;B1008;ALLO;160.00;0.47 + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOLAT;1.00;0.01 + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOTHO;1.00;0.03 + + +strates +~~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Strate;Surface + +Entete anglais:: + + Survey;Stratum;Surface + +Exemple (strates.csv):: + + Campagne;Strate;Surface + EVHOE_TOT;Gn1;8201.69199214 + EVHOE_TOT;Gn2;11771.068813 + EVHOE_TOT;Gn3;17327.206597099997 + + +tailles +~~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Sexe;Maturite;Longueur;Nombre;Poids;Age + +Entete anglais:: + + Survey;Year;Haul;Species;Sex;Maturity;Length;Number;Weight;Age + +Exemple (tailles.csv):: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Sexe;Maturite;Longueur;Nombre;Poids;Age + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOLAT;i;NA;11.00;1.00;;NA + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOTHO;i;NA;13.00;1.00;;NA + EVHOE_TOT;1997;B1008;BOOPBOO;i;NA;14.00;1.00;0.02;NA + + +traits +~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Annee;Trait;Mois;Strate;SurfaceBalayee;Lat;Long;ProfMoy + +Entete anglais:: + + Survey;Year;Haul;Month;Stratum;SweptSurface;Lat;Long;Depth + +Exemple (traits.csv):: + + Campagne;Annee;Trait;Mois;Strate;SurfaceBalayee;Lat;Long;ProfMoy + EVHOE_TOT;1997;B1008;10;Gs2;0.06;43.75;-1.50;45.50 + EVHOE_TOT;1997;B1010;10;Gs1;0.06;43.81;-1.45;31.00 + EVHOE_TOT;1997;B1012;10;Gs3;0.06;43.89;-1.73;115.00 Modified: trunk/src/site/rst/user/faq.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/faq.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/user/faq.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 -2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -27,6 +27,7 @@ .. contents:: -Au lancement de l'application JavaWebStart le message "Impossible de lancer l'application" apparait +Au lancement de l'application JavaWebStart le message "Impossible de lancer l'application" apparaît --------------------------------------------------------------------------------------------------- +Essayer de mettre à jour Java dans sa dernière version. Added: trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,114 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Contrôle +======== + +L'étape de contrôle consite à détecter les erreurs présentes sur les 4 tables +de données et enventuellement à les corriger si c'est possible. + +Une fois un projet chargé dans l'application, utilisez le menu *Données/Contrôle* +pour acceder à l'interface de contrôle. + +.. image:: ../images/10-controlmain.png + +Vérification des données +------------------------ + +Dans cette étape, la premiere action a effectuer est de lancer une vérification +globale des données en cliquant sur le bouton `Vérifier les données`. + +Coser va entreprendre une longue séries de contrôles : + + * ligne par ligne sur les 4 tables de données + * vérification par croisement de fichiers + * vérification par croissement avec le referentiel taxonomique + +À la fin des 10 étapes de vérification, un arbre de toutes les erreurs +s'affiche avec toutes les erreurs détectées. + +Pour plus de détails concernant les erreurs : `details des controles`_. + +.. details des controles: guides_controles.html + +Corrections des données +----------------------- + +Lors de la sélection d'une erreur, Coser affiche la ligne concernée par l'erreur +vous permettant d'apporter une correction. +Les lignes en rouge correspondent à des champs en erreurs. La partie droite +détaille les messages d'erreurs. + +Dans l'exemple, l'année est manquante, l'utilisateur peut l'ajouter à la main +et valider la modification. + + +Corrections de masse +-------------------- + +Dans le cas où une erreur concerne plusieurs lignes: + + * soit l'erreur est due a une erreur d'export des 4 tables et il est + préféreable de refaire l'export en amont, la correction se reverant impossible + depuis coser + * soit l'erreur est corrigeable + +Le tableau affichant toute les données comporte un menu contextuel permettant: + + * de supprimer plusieurs lignes sélectionné + * de chercher un motif et de le remplacer par un autre + +.. image:: ../images/11-controlmenu1.png + +Par exemple, dans le cas ou tous les nombres comporterais une virgule (,) au +lieu d'un point (.), il est possible de remplacer un la virgule par un point +pour toutes les lignes sur une colonne en une seule opération. + + +Graphique +--------- + +Coser est également capable de générer des graphiques pour faciliter +la prise de décision (notement concernant les warning détecter par la +vérification globale). + +Le bouton `Comparaison Captures/Tailles` affiche une interface où un +graphique est générée pour chaque espèce. Les données correspondent à la somme +des `Nombres dans les fichiers captures et tailles par année. +Une différence peut traduire une erreur dans les données d'origines. + +.. image:: ../images/13-controlgraphdiff.png + +Le bouton `Strutures en taille` affiche une interface un peu plus compliquée +mais permettant de générer des graphiques sur des sous ensembles de données +sélectionnés. + +Il est par exemple possible d'afficher la struture en taille mais seulement +pour une strate, ou seulement pour une espece, de faire la somme... + +.. image:: ../images/14-controlgraphlength.png + +Rapport +------- + Added: trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,75 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Projet +====== + +La permière action a effectuer pour traiter les 4 tables de données est de +créer un projet en y renseignant ses paramètres (y compris les 4 tables). + +Configuration +------------- + +Pour se faire, il suffit d'afficher l'interface de création de projet depuis +le menu *Fichier/Nouveau projet*. L'interface suivante s'affiche: + +.. image:: ../images/02-createproject.png + +Cette interface doit contenir: + + * le nom du projet (les caracteres autre que les lettres et chiffres + sont interdit) + * le nom de l'auteur (obligatoire) + * les fichiers csv correspondant aux 4 tables (obligatoire) + * les cartes aux format shapes (*.shp) utilisé dans l'étape de sélection + pour affiché la zone d'application sur la carte du monde + * un commentaire + +Il est egalement possible d'utiliser pour ce projet seulement un autre +fichier de référence taxonomique que celui présent dans la configuration +par défaut du logiciel. Il sera utilisé uniquement par ce projet. + +Validation +---------- + +Après avoir cliqué sur le bouton `Créer le projet`, les 4 tables et le référentiel +taxonomique sont chargé en mémoire. +Le logiciel vérifie ensuite que les fichiers sont dans le format attendu +(CSV, séparateur, nom des entetes) puis crée le projet et affiche l'interface +de résumé de projet : + +.. image:: ../images/04-projectsummary.png + +Réouverture de projet +--------------------- + +Pour réouvrir un projet précédamment créé, il suffit de le sélectionner +dans l'interface *Fichier/Ouvrir un projet* puis de cliquer sur `Ouvrir`: + +.. image:: ../images/03-openproject.png + +Il est ensuite possible de passer aux étapes de controle_ ou de selection_. + +.. _controle: guide_control.html +.. _selection: guide_selection.html Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -6,7 +6,7 @@ $Id$ $HeadURL$ %% - Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric + Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric %% This program is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -27,7 +27,7 @@ <project name="${project.name}"> <bannerLeft> - <name>${project.name}</name> + <src>/icons/logo100.png</src> <href>index.html</href> </bannerLeft> @@ -37,9 +37,9 @@ </bannerRight> <poweredBy> - <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/logos/maven-feather.png"/> - <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/jrst-logo.png"/> - <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/restructuredtext-logo.png"/> + <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="/images/logos/maven-feather.png"/> + <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="/images/jrst-logo.png"/> + <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="/images/restructuredtext-logo.png"/> </poweredBy> <body> @@ -60,7 +60,7 @@ <item name="Validation" href="user/validation.html" /> </item> <item name="Developer" href="developer.html"> - <item name="Coser Project layout" href="directory.html" /> + <item name="Coser Project layout" href="devel/directory.html" /> </item> </menu> Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -6,7 +6,7 @@ $Id$ $HeadURL$ %% - Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric + Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric %% This program is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -27,7 +27,7 @@ <project name="${project.name}"> <bannerLeft> - <name>${project.name}</name> + <src>/icons/logo100.png</src> <href>index.html</href> </bannerLeft> @@ -37,9 +37,9 @@ </bannerRight> <poweredBy> - <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/logos/maven-feather.png"/> - <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/jrst-logo.png"/> - <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/restructuredtext-logo.png"/> + <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="/images/logos/maven-feather.png"/> + <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="/images/jrst-logo.png"/> + <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="/images/restructuredtext-logo.png"/> </poweredBy> <body> @@ -56,15 +56,18 @@ <menu name="Documentation"> <item name="Accueil" href="index.html" /> <item name="Lancement" href="download.html" /> - <item name="Utilisateur" href="user.html"> + <item name="Utilisateur" href="user/configuration.html"> <item name="Configuration" href="user/configuration.html" /> + <item name="Format des tables" href="user/dataformat.html" /> <item name="Projet" href="user/guide_project.html" /> - <item name="Control" href="user/guide_project.html" /> - <item name="Controles" href="user/controls.html" /> + <item name="Controle" href="user/guide_control.html" /> <item name="FAQ" href="user/faq.html" /> </item> + <item name="Avancé" href="user/controls.html"> + <item name="Contrôles" href="user/controls.html" /> + </item> <item name="Développeur" href="developer.html"> - <item name="Coser Project layout" href="directory.html" /> + <item name="Coser Project layout" href="devel/directory.html" /> </item> </menu>

1 0

r687 - in trunk: . coser-business coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services coser-ui coser-web
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 4, 2011

Feb. 4, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-04 14:20:13 +0000 (Fri, 04 Feb 2011) New Revision: 687 Log: Display species in italic style in generated pdf meta file Move to version 1.0.0-rc1 Modified: trunk/changelog.txt trunk/coser-business/pom.xml trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java trunk/coser-ui/pom.xml trunk/coser-web/pom.xml trunk/pom.xml Modified: trunk/changelog.txt =================================================================== --- trunk/changelog.txt 2011-02-04 13:57:49 UTC (rev 686) +++ trunk/changelog.txt 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) @@ -1,9 +1,10 @@ Coser release notes =================== -1.0.0-beta4 ------------ +1.0.0-rc1 +--------- + * Display species in italic style in generated pdf meta file * Add application zone in chart title * Add context support in application config for deploiement * Autoselection next selection accordion after validation Modified: trunk/coser-business/pom.xml =================================================================== --- trunk/coser-business/pom.xml 2011-02-04 13:57:49 UTC (rev 686) +++ trunk/coser-business/pom.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) @@ -6,7 +6,7 @@ <parent> <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-beta4-SNAPSHOT</version> + <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> </parent> <groupId>fr.ifremer.coser</groupId> Modified: trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java =================================================================== --- trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java 2011-02-04 13:57:49 UTC (rev 686) +++ trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) @@ -2010,16 +2010,25 @@ // chargement du reftax et des code types especes pour connaitre // le type des especes de poissons // parcourt du fichier des types de données - Map<String, Integer> refTaxSpecies = new HashMap<String, Integer>(); + Map<String, Integer> refTaxSpeciesNumSys = new HashMap<String, Integer>(); + Map<String, String> refTaxSpeciesName = new HashMap<String, String>(); Iterator<String[]> itReftax = project.getRefTaxSpecies().iterator(true); while (itReftax.hasNext() ) { String[] tuple = itReftax.next(); // "C_Perm","NumSys","NivSys","C_VALIDE","L_VALIDE","AA_VALIDE","C_TxP\u00E8re","Taxa" - String specyName = tuple[3]; + String speciesCode = tuple[3]; Integer iNumSys = Integer.valueOf(tuple[1]); - refTaxSpecies.put(specyName, iNumSys); + refTaxSpeciesNumSys.put(speciesCode, iNumSys); + + // fix html entities bug + String speciesSciName = StringEscapeUtils.escapeXml(tuple[4]); + String speciesAuthor = StringEscapeUtils.escapeXml(tuple[5]); + + // TODO little hack for italic species + refTaxSpeciesName.put(speciesCode, "<span style='font-style:italic'>" + speciesSciName + "</span> " + speciesAuthor); } + /* plus demandé, mais on ne sais jamais Map<String, Integer[]> specyTypes = new HashMap<String, Integer[]>(); Iterator<String[]> itTypeSpecies = project.getTypeEspeces().iterator(true); while (itTypeSpecies.hasNext()) { @@ -2030,7 +2039,7 @@ Integer iMinNumSys = Integer.valueOf(tuple[2]); Integer iMaxNumSys = Integer.valueOf(tuple[3]); specyTypes.put(specyTypeCode, new Integer[]{iMinNumSys, iMaxNumSys}); - } + }*/ // le fichier estpopind File estComIndFile = new File(resultDirectory, rsufiResult.getEstComIndName()); @@ -2090,13 +2099,11 @@ for (String speciesCode : selectionSpeciesList) { // get species full name - String speciesName = projectService.getSpeciesDisplayName(project, speciesCode); - - // fix html entities bug - speciesName = StringEscapeUtils.escapeXml(speciesName); - + String speciesName = refTaxSpeciesName.get(speciesCode); + + /* plus demandé, mais on ne sait jamais // recupere le code type de l'espece, "m", "c", "p" ... - Integer speciesNumSys = refTaxSpecies.get(speciesCode); + Integer speciesNumSys = refTaxSpeciesNumSys.get(speciesCode); for (Map.Entry<String, Integer[]> speciesTypeEntry : specyTypes.entrySet()) { String speciesTypeCode = speciesTypeEntry.getKey(); Integer[] bound = speciesTypeEntry.getValue(); @@ -2106,7 +2113,7 @@ break; } } - // end code type espece + // end code type espece*/ speciesList.add(speciesName); } Modified: trunk/coser-ui/pom.xml =================================================================== --- trunk/coser-ui/pom.xml 2011-02-04 13:57:49 UTC (rev 686) +++ trunk/coser-ui/pom.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) @@ -6,7 +6,7 @@ <parent> <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-beta4-SNAPSHOT</version> + <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> </parent> <groupId>fr.ifremer.coser</groupId> Modified: trunk/coser-web/pom.xml =================================================================== --- trunk/coser-web/pom.xml 2011-02-04 13:57:49 UTC (rev 686) +++ trunk/coser-web/pom.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) @@ -6,7 +6,7 @@ <parent> <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-beta4-SNAPSHOT</version> + <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> </parent> <groupId>fr.ifremer.coser</groupId> Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2011-02-04 13:57:49 UTC (rev 686) +++ trunk/pom.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) @@ -11,7 +11,7 @@ <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>coser</artifactId> - <version>1.0.0-beta4-SNAPSHOT</version> + <version>1.0.0-rc1-SNAPSHOT</version> <packaging>pom</packaging> <modules>

1 0

r686 - trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/actions
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 4, 2011

Feb. 4, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-04 13:57:49 +0000 (Fri, 04 Feb 2011) New Revision: 686 Log: Check config password as sha1 encoded Modified: trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/actions/UploadResultAction.java Modified: trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/actions/UploadResultAction.java =================================================================== --- trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/actions/UploadResultAction.java 2011-02-04 13:43:58 UTC (rev 685) +++ trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/actions/UploadResultAction.java 2011-02-04 13:57:49 UTC (rev 686) @@ -102,8 +102,7 @@ } else { - String configSha1Password = StringUtil.encodeSHA1(config.getAdminPassword()); - if (config.getAdminLogin().equals(login) && configSha1Password.equals(sha1Password)) { + if (config.getAdminLogin().equals(login) && equalsSHA1Password(config, sha1Password)) { if (resultFile != null) { WebService webService = ServiceFactory.getWebService(); try { @@ -130,4 +129,28 @@ return INPUT; } + + /** + * Check if sha1 password equals to config password. + * + * Config password can be plain or sha1 encoded. + * + * @param config config + * @param sha1Password sha1 to check + * @return equality + */ + protected boolean equalsSHA1Password(CoserWebConfig config, String sha1Password) { + + // first test sha1 equality + String configSha1Password = config.getAdminPassword(); + boolean result = configSha1Password.equals(sha1Password); + + // second test to encode sha1 of plain password + if (!result) { + configSha1Password = StringUtil.encodeSHA1(configSha1Password); + result = configSha1Password.equals(sha1Password); + } + + return result; + } }

1 0

r685 - in trunk: . coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 4, 2011

Feb. 4, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-04 13:43:58 +0000 (Fri, 04 Feb 2011) New Revision: 685 Log: Add application zone in chart title Modified: trunk/changelog.txt trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/PublicationService.java trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java Modified: trunk/changelog.txt =================================================================== --- trunk/changelog.txt 2011-02-04 13:33:27 UTC (rev 684) +++ trunk/changelog.txt 2011-02-04 13:43:58 UTC (rev 685) @@ -4,6 +4,8 @@ 1.0.0-beta4 ----------- + * Add application zone in chart title + * Add context support in application config for deploiement * Autoselection next selection accordion after validation * Global i18n changes * Add info about context menu Modified: trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/PublicationService.java =================================================================== --- trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/PublicationService.java 2011-02-04 13:33:27 UTC (rev 684) +++ trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/PublicationService.java 2011-02-04 13:43:58 UTC (rev 685) @@ -657,18 +657,20 @@ * @param resultDirectory result directory * @param rsufiResult rsufiresult * @param indicator indicator + * @param zoneDisplayName zone full name * @param indicatorName indicatorName localized * @param unit data unit * @return generated graph image (temp file) * @throws CoserBusinessException */ public File getRsufiResultComChart(Project project, File resultDirectory, - RSufiResult rsufiResult, String indicator, String indicatorName, String unit) throws CoserBusinessException { + RSufiResult rsufiResult, String indicator, + String zoneDisplayName, String indicatorName, String unit) throws CoserBusinessException { File result = null; // get graph title - String title = projectService.getProjectSurveyName(resultDirectory, rsufiResult); + String title = zoneDisplayName; title += " - " + indicatorName; // le fichier estcomind @@ -776,18 +778,20 @@ * @param rsufiResult rsufi result * @param species species * @param indicator indicator + * @param zoneDisplayName zone full name * @param indicatorName indicatorName localized * @param unit data unit * @return generated image file (temp file) * @throws CoserBusinessException */ public File getRsufiResultPopChart(Project project, File resultDirectory, - RSufiResult rsufiResult, String species, String indicator, String indicatorName, String unit) throws CoserBusinessException { + RSufiResult rsufiResult, String species, String indicator, + String zoneDisplayName, String indicatorName, String unit) throws CoserBusinessException { File result = null; // get graph title - String title = projectService.getProjectSurveyName(resultDirectory, rsufiResult); + String title = zoneDisplayName; title += " - " + indicatorName; title += " - " + projectService.getSpeciesDisplayName(project, species); Modified: trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java =================================================================== --- trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java 2011-02-04 13:33:27 UTC (rev 684) +++ trunk/coser-business/src/main/java/fr/ifremer/coser/services/WebService.java 2011-02-04 13:43:58 UTC (rev 685) @@ -73,7 +73,6 @@ import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody; import org.apache.http.impl.client.DefaultHttpClient; import org.nuiton.util.FileUtil; -import org.nuiton.util.Resource; import org.nuiton.util.StringUtil; import org.nuiton.util.ZipUtil; import org.w3c.dom.Document; @@ -1549,14 +1548,16 @@ Project project = projectService.openProject(projectFile.getName(), projectsDirectory); String indicatorName = (String)getIndicatorsMap().get(indicator, locale); String unit = (String)getIndicatorsMap().get(indicator, "unit"); - + + String zoneDisplayName = getZoneFullName(zone); + if (species == null) { // title = surveyName - indicateur - result = publicationService.getRsufiResultComChart(project, resultFile, rsufiResult, indicator, indicatorName, unit); + result = publicationService.getRsufiResultComChart(project, resultFile, rsufiResult, indicator, zoneDisplayName, indicatorName, unit); } else { // title = surveyName - indicateur - species - result = publicationService.getRsufiResultPopChart(project, resultFile, rsufiResult, species, indicator, indicatorName, unit); + result = publicationService.getRsufiResultPopChart(project, resultFile, rsufiResult, species, indicator, zoneDisplayName, indicatorName, unit); } break; }

1 0

r684 - trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 4, 2011

Feb. 4, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-04 13:33:27 +0000 (Fri, 04 Feb 2011) New Revision: 684 Log: Add context name for multiple deployment Modified: trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java Modified: trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java =================================================================== --- trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java 2011-02-04 13:31:04 UTC (rev 683) +++ trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java 2011-02-04 13:33:27 UTC (rev 684) @@ -85,7 +85,7 @@ /** Context name for multiple deployment. */ CONTEXT_NAME(APP_NAME, null, "coser"), - CONFIG_FILE(CONFIG_FILE_NAME, _("coser.config.config.file.description"), "coserweb.properties"), + CONFIG_FILE(CONTEXT_NAME.defaultValue + "." + CONFIG_FILE_NAME, _("coser.config.config.file.description"), "coserweb.properties"), APPLICATION_VERSION("coser.application.version", _("coser.config.application.version.description"), null), ADMIN_EMAIL("coser.admin.email", _("coser.config.config.file.description"), "harmonie at ifremer.fr"), ADMIN_LOGIN("coser.admin.login", _("coser.config.admin.login.description"), null),

1 0

r683 - trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org Feb. 4, 2011

Feb. 4, 2011

Author: chatellier Date: 2011-02-04 13:31:04 +0000 (Fri, 04 Feb 2011) New Revision: 683 Log: Add context name for multiple deployment Modified: trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java Modified: trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java =================================================================== --- trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java 2011-02-04 11:55:41 UTC (rev 682) +++ trunk/coser-web/src/main/java/fr/ifremer/coser/web/CoserWebConfig.java 2011-02-04 13:31:04 UTC (rev 683) @@ -83,6 +83,8 @@ public enum CoserWebOption { + /** Context name for multiple deployment. */ + CONTEXT_NAME(APP_NAME, null, "coser"), CONFIG_FILE(CONFIG_FILE_NAME, _("coser.config.config.file.description"), "coserweb.properties"), APPLICATION_VERSION("coser.application.version", _("coser.config.application.version.description"), null), ADMIN_EMAIL("coser.admin.email", _("coser.config.config.file.description"), "harmonie at ifremer.fr"),

1 0