March 2019 - Echobase-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Echobase-devel] requête echotypes
by Jean Couteau March 13, 2019

March 13, 2019

Mathieu, je suis bon sur l'acoustique. J'ai "juste" un problème de données sur le D8 dans ma base qui n'a pas d'espèces associées (ce qui est interdit par le CIEM). J'ai des soucis sur 2 marées dans le biotic (marées 44 et 69), mais ça me semble être également des soucis de données (je me rappelle pourtant pas en avoir eu la dernière fois, mais je me trompe sûrement). Concernant la colonne "id", c'est un entier, le problème vient sûrement de là. Cela devrait peut-être être une chaîne de caractères. Jean On Tue, 5 Mar 2019 19:34:49 +0100 Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> wrote: > oui je pense que ça doit fonctionner comme ça. > > > Je vais quand même vérifier que les sizecategory s'importent bien > dans la table echotypes car ce n'est pas normal qu'il n'y ait que des > "zéros" dans la colonne "id" > > > A+ > > > M > > > Le 05/03/2019 à 14:19, Jean Couteau a écrit : > > re, > > > > j'ai l'impression qu'on se fait des noeuds au cerveau pour rien. > > > > Quand on avait échangé au début, tu m'avais dis qu'il fallait mettre > > <SpeciesCategory>sizeCategory.name</SpeciesCategory> (en tout cas > > c'est ce que je faisait dans le code) > > > > donc si echotype.id = sizeCategory.name, on n'a pas besoin de > > récupérer la speciesCategory. > > > > Sinon j'ai un code qui fonctionne, mais je voudrais valider ça avec > > toi. > > > > Hésite pas à m'appeler. > > > > Jean > > > > On Tue, 5 Mar 2019 12:13:01 +0100 > > Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> wrote: > > > >> re, > >> > >> > >> Je n'arrive pas à faire la requête complète. J'ai ça : > >> > >> > >> SELECT voyage.name voyage, echotype.name echotype, > >> species.baracoudacode species, sizecategory.name sizeCategory, > >> depthstratum.id depthStratum FROM public.echotype_species > >> echotype_species, public.echotype echotype, public.species species, > >> public.speciescategory speciescategory, public.voyage voyage, > >> public.sizecategory sizecategory, public.depthstratum depthstratum > >> WHERE echotype_species.echotype = echotype.topiaid AND > >> echotype_species.species = species.topiaid AND > >> speciescategory.species = species.topiaid AND echotype.voyage = > >> voyage.topiaid AND speciescategory.sizecategory = > >> sizecategory.topiaid AND echotype.depthstratum = > >> depthstratum.topiaid > >> > >> > >> mais il manque le lien entre echotype.id et sizecategory.name. > >> Quand je le fais dans libreoffice base j'ai une erreur? > >> > >> > >> Peux tu me dire comment modifier la requête pour avoir seulement > >> les speciescategory dont la sizecategory est égale à echotype.id? > >> (bien tordu effectivement ;-)) > >> > >> > >> Merci > >> > >> > >> Mathieu > > _______________________________________________ > > Echobase-devel mailing list > > Echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com > > http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/echobase-devel

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Re: [Echobase-devel] requête echotypes
by Jean Couteau March 5, 2019

March 5, 2019

re, j'ai l'impression qu'on se fait des noeuds au cerveau pour rien. Quand on avait échangé au début, tu m'avais dis qu'il fallait mettre <SpeciesCategory>sizeCategory.name</SpeciesCategory> (en tout cas c'est ce que je faisait dans le code) donc si echotype.id = sizeCategory.name, on n'a pas besoin de récupérer la speciesCategory. Sinon j'ai un code qui fonctionne, mais je voudrais valider ça avec toi. Hésite pas à m'appeler. Jean On Tue, 5 Mar 2019 12:13:01 +0100 Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> wrote: > re, > > > Je n'arrive pas à faire la requête complète. J'ai ça : > > > SELECT voyage.name voyage, echotype.name echotype, > species.baracoudacode species, sizecategory.name sizeCategory, > depthstratum.id depthStratum FROM public.echotype_species > echotype_species, public.echotype echotype, public.species species, > public.speciescategory speciescategory, public.voyage voyage, > public.sizecategory sizecategory, public.depthstratum depthstratum > WHERE echotype_species.echotype = echotype.topiaid AND > echotype_species.species = species.topiaid AND > speciescategory.species = species.topiaid AND echotype.voyage = > voyage.topiaid AND speciescategory.sizecategory = > sizecategory.topiaid AND echotype.depthstratum = depthstratum.topiaid > > > mais il manque le lien entre echotype.id et sizecategory.name. Quand > je le fais dans libreoffice base j'ai une erreur? > > > Peux tu me dire comment modifier la requête pour avoir seulement les > speciescategory dont la sizecategory est égale à echotype.id? (bien > tordu effectivement ;-)) > > > Merci > > > Mathieu

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Re: [Echobase-devel] Implementing Echotype
by Jean Couteau March 4, 2019

March 4, 2019

On Fri, 1 Mar 2019 14:55:51 +0100 Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> wrote: > Tu as trouvé la solution pour les "CodeTypes"? Oui, je pense en passant l'URL de la ref en https. > > Concernant le problème avec les AC_Stratum vocabulary, il faudrait > convertir les valeurs qui ne sont pas dans le vocabulaire comme ça : > > ‘SURFS’ = 'SURF' > ‘CLASF’ = 'CLAS' > 'CLASD’ ='CLAS' > ‘SURFM’ = 'SURF' > > peut on le contourner en complétant la table "VocabularyCIEM"? Exactement. Du coup, je ne pense pas qu'il faille forcer ça en dur dans le code. Jean

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Re: [Echobase-devel] Echotypes dans BD CIEM
by Jean Couteau March 1, 2019

March 1, 2019

Salut Mathieu, On Wed, 27 Feb 2019 15:36:20 +0100 Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> wrote: > La base CIEM a (enfin) été mise à jour avec les échotypes, tu peux > donc tester les imports complets. > > La documentation a aussi été mise à jours sur leur site. Super, je fait mes tests avec Pelgas 2015. > > J'ai pas mal retravaillé sur les imports biotiques de PELGAS. J'ai > importé et validé les 10 premières années dans la base en PJ. J'y ai > aussi mis à jour les espèces à exporter vers la base CIEM dans la > table "species". Je testerai avec ces données quand ce sera ok sur pelgas 2015. Actuellement, j'identifie 2 problématiques : - Sur acoustique, - The element 'Vocabulary' has invalid child element 'EchoType'. - Sur biotic : - The element 'Haul' has invalid child element 'DepthStratum'. List of possible elements expected: 'StartLatitude'. - The value of the 'CodeType' attribute does not equal its fixed value. sur quelques lignes comme : <Code ID="SHIPC_35HT" CodeType="http://acoustic.ices.dk/Services/Schema/XML/SHIPC.xml">35HT</Code> Il faut que je paufine avec la doc, mais ça me semble être plus que du détail. Jean

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