July 2007 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

erreur gravité
by Hilaire DROUINEAU July 18, 2007

July 18, 2007

Salut Benjamin, J'avais encore une erreur dans mon script de gravité. Du coup dans graviteCPUE.java, il faut qu'à la ligne 214 tu remplaces : double facteur = param * nombreop * nombregear / 24.0; par double facteur = param * nombreop * nombregear*strMetier.getGear().getStandardisationFactor() 24.0; Encore désolé. (J'en profite pour m'excuser par avance pour les prochaines 500 erreurs qu'on va trouver ;-) ) A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 42 12 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr/emh **********************************************************************

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sequences des operations a date=0
by Stephanie MAHEVAS July 11, 2007

July 11, 2007

Salut je viens de m'apercevoir que les choses ne se passaient pas exactement comme voulu a date = 0. Intuitivement pour chaque population on mettait les effectifs initiaux dans la zone et dans le groupe ou ils seront à t+epsilon. Or dans default.simulator, a date =0, il n'y a pas de croissance (ca c'est ok) mais il y a les migrations (incluant emigrations et immigrations), or ca c'etait ce que l'on avait prevu. Ca n'a aucune incidence pour les especes qui ne se deplacent pas en janvier et encore moins pour les sedentaires. J'en ai discute avec Hilaire (heureusement pour sa vieille appli, il etait conscient de ca et il avait mis des effectifs initiaux en coherence avec le default.simulator). On est arrive a la conclusion suivante : pour avoir des vecteurs d'abondance qui soient comparables entre les annees et que cela soit intuitif pour l'utilisateur (soit croissance + migration, soit rien), on propose de mettre le standard suivant: 1/ croissance et migration a date = 0 (ie enlever le si date=0 {CA=Id } else {CA =CA} et mettre uniquement CA= CA (quelque soit date) dans le default.simulator) 2/ mettre un gros warning dans l'interface en aide contextuelle "Les effectifs initaiux sont les effectifs initiaux en fin decembre avant croissance et migration du mois de janvier". (CE DERNIER MESSAGE EST A RAJOUTER DANS LE MANUEL-COMMENT LANCER UNE SIMULATION) Dominique ca te convient? a+ stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Erreur dans la regle TACpoids
by Sigrid LEHUTA July 5, 2007

July 5, 2007

Salut Benjamin, (Prends ton courage a deux mains,) je reviens sur l erreur que j ai eu ya quelques semaines pour la regle TACpoids le message d erreur suit une nouvelle erreur arrive : Caused by: java.lang.NullPointerException at rules.TACpoids.postAction(TACpoids.java:276) qui concerne cette ligne de commande discard = popMon.getCatch(pop).copy(); Sinon on a des questions : 1) est ce que forbiddenMetier est testé dans chaque regle implicitement ou faut il le tester dans chaque regle ? Maintenant si on rentre en detail dans la regle saurais tu nous dire 2) a quoi sert aimedMetiers ? cela ne suffit il pas d avoir "forbiddenMetier" ? 3)En preAction quand on reporte l effort, on teste si le metier n est pas non activité (!metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActiviy")) qu est ce qui se passe si l utilisateur l a appelé "au port" ou "farniente" ?? il faudrait le mettre dans le manuel... d ailleurs la c est ecrit "nonActiviy" et "nonActivie", est ce volontaire ??? 4) En post action, on efface la matrice discard a)il y a donc un ordre a respecter dans les regle de gestion : taille min avant TAC (puisqu on ne vide pas discards dans taille min) Mais les survies sont affectées 2 fois ??!!! b)peux tu me confirmer que getCatch contient les captures pour le mois de tous les metiers et donc on ne peut pas avoir les rejets par metiers... - si oui c est dommage... - si non alors a chaque nouvelle boucle on efface les rejets du metier precedant et finallement discard ne contient que le dernier metier et la variable "affectation" ne sert a rien ! on a vu d autres erreurs je t enverrai la nouvelle regle pour la mettre sur le serveur Merci d avance Sigrid premiere erreur : Exception: org.codelutin.topia.TopiaException: Error during query execution: select distinct(metierSeasonInfo.metier) from fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecieswhere species=? and primaryCatch=true at org.codelutin.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:819) at rules.TACpoids.preAction(TACpoids.java:146) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:180) at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationHelper.localSimulateSameThread(SimulationHelper.java:464) at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationHelper$SimThread.run(SimulationHelper.java:369) Caused by: org.hibernate.hql.ast.QuerySyntaxException: unexpected token: = near line 1, column 102 [select distinct(metierSeasonInfo.metier) from fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecieswhere species=? and primaryCatch=true] at org.hibernate.hql.ast.QuerySyntaxException.convert(QuerySyntaxException.java:31) at org.hibernate.hql.ast.QuerySyntaxException.convert(QuerySyntaxException.java:24) at org.hibernate.hql.ast.ErrorCounter.throwQueryException(ErrorCounter.java:59) at org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.parse(QueryTranslatorImpl.java:253) at org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.doCompile(QueryTranslatorImpl.java:156) at org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.compile(QueryTranslatorImpl.java:110) at org.hibernate.engine.query.HQLQueryPlan.<init>(HQLQueryPlan.java:77) at org.hibernate.engine.query.HQLQueryPlan.<init>(HQLQueryPlan.java:56) at org.hibernate.engine.query.QueryPlanCache.getHQLQueryPlan(QueryPlanCache.java:71) at org.hibernate.impl.AbstractSessionImpl.getHQLQueryPlan(AbstractSessionImpl.java:133) at org.hibernate.impl.AbstractSessionImpl.createQuery(AbstractSessionImpl.java:112) at org.hibernate.impl.SessionImpl.createQuery(SessionImpl.java:1612) at org.codelutin.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:810) ... 4 more -- Sigrid LEHUTA stagiaire Master 2 Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMer, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03

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optimisation
by Stephanie MAHEVAS July 5, 2007

July 5, 2007

Benjamin le probleme vient bien du nombre d'appel de fishingMortality. Les optimisations d'Hilaire permettent d'eviter plus de 2 millions de d'appels pour la base langoustine et 1 million pour la base Anchois. Mais je pense que l'on peut encore ameliorer ca. Pour l'instant, a chaque date, pour chaque (pop,group,zone), pour chaque str*metier, on appelle (dans catchRatePerStrategyMet) (nbstr*nbmetier +1) fois fishingMortality pour le calcul de fishingMortality et celui de totalFishingMortality. Ne pourrait-on pas faire le calcul de fishingMortality pour l'ensemble des (str,metier) à l'exterieur de la methode catchRatePerStrategyMet, les mettre dans une matrice matrixFishingMortalityStrMet et passer cette matrice en argument de catchRatePerStrategyMet. Dans la methode catchRatePerStrategyMet, on aurait alors la fishingMortality du str et metier courants et il faudrait sommer sur les elements de la matrice matrixFishingMortalityStrMet pour avoir totalFishingMortality ? peux-tu confimer et le faire? autre besoin, pourrait-on sauvegarder ce total fishingMortality par date*group*zone? (on manquait d'exports!!!!) merci stephanie ..................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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wiki pour FAQ
by Stephanie MAHEVAS July 5, 2007

July 5, 2007

Benjamin pmwiki c'est le wiki que l'on va utiliser pour la FAQ R ifremer http://www.pmwiki.org/ stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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