November 2011 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Morris dit NaN
by Loic GASCHE Nov. 18, 2011

Nov. 18, 2011

Bonjour, j'ai lancé la même AS sous isis V3 puis sous isis V4, en utilisant la méthode de Morris. Avec la V3 tout se passe bien et les sorties de la méthode de Morris (mu, mu.star et sigma) sont bien calculées. Par contre avec la V4, j'obtiens des NaN pour mu, mu.star et sigma. A première vue, cela vient du fait que la matrice a$ee vaut NaN et que c'est cette dernière qui est utilisée pour les calculs de la méthode de Morris. Mais je ne sais pas pourquoi cette matrice vaut NaN avec la V4, donc si quelqu'un a une idée... Loïc

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problème ISIS sur serveur linux : can't get scenarios from calculator
by Loic GASCHE Nov. 17, 2011

Nov. 17, 2011

Coucou, Lors du lancement d'ISIS 4.0.0.0 beta2 (64 bits) sur un serveur linux 64 bits, j'obtiens un message d'erreur lors du lancement de l'analyse de sensibilité (fichier joint : bug.txt). J'ai installé R 2.13 64 bits et le package sensitivity J'ai positionné la variable R_HOME qui pointe sur le bon endroit. J'ai aussi mis à jour java : java version "1.6.0_20" OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.9.10) (fedora-55.1.9.10.fc14-x86_64) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 19.0-b09, mixed mode) Je ne sais pas s'il faut installer autre chose. Je joins aussi le fichier debug.txt. Quelqu'un aurait une idée, stp ? Merci Moâ Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator Level: SEVERE Stack Trace: Can't get scenarios from calculator fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) R evaluation failed fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:206) sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) R initialisation failed, please check your installation org.nuiton.j2r.RProxy.<init>(RProxy.java:67) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:155) sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) INFO [main] (IsisFish.java:118) main - Starting Isis-Fish 4.0.0.0 with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:119) main - Date: 17/11/11 15:39 INFO [main] (IsisFish.java:120) main - Java version: 1.6.0_20-b20, OpenJDK 64-Bit Server VM INFO [main] (IsisFish.java:121) main - System arch: amd64 INFO [main] (IsisFish.java:122) main - R_HOME: /usr/lib64/R, R.type: jni INFO [main] (IsisFish.java:123) main - PATH: /usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/home3/nantes/perso/lgasche/bin:/home3/nantes/perso/lgasche/bin INFO [main] (IsisFish.java:317) initVCS - Check state of local repository: /home3/nantes/perso/lgasche/isis-fish-4/isis-database INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:231) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (IsisFish.java:473) initCommunityVCS - Local repository exists but it's not valide for current vcs: svn INFO [main] (IsisFish.java:481) initCommunityVCS - Rename data directory to /home3/nantes/perso/lgasche/isis-fish-4/isis-community-database-2011-39-17-15-39-36 INFO [main] (IsisFish.java:499) initCommunityVCS - Local repository don't exist INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.isis-fish.org/svn/isis-fish-community WARN [main] (VCSSVN.java:236) isConnected - Impossible de se connecter au serveur, passage en mode déconnecté : http://svn.isis-fish.org/svn/isis-fish-community/ org.tmatesoft.svn.core.SVNException: svn: Could not open the requested SVN filesystem svn: OPTIONS of '/svn/isis-fish-community': 500 Internal Server Error (http://svn.isis-fish.org) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:64) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:51) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:634) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:277) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:265) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.exchangeCapabilities(DAVConnection.java:516) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.open(DAVConnection.java:98) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.openConnection(DAVRepository.java:1000) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.getLatestRevision(DAVRepository.java:179) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getRevisionNumber(SVNBasicClient.java:482) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getLocations(SVNBasicClient.java:876) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.createRepository(SVNBasicClient.java:534) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1283) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1064) at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.isConnected(VCSSVN.java:226) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initCommunityVCS(IsisFish.java:501) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:142) INFO [main] (IsisFish.java:151) main - after init done in 10.804. INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 6 thread for dans un sous processus INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for sur le serveur Caparmor INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for dans le même processus INFO [main] (IsisTray.java:117) getInstance - Use system tray: fr.ifremer.isisfish.IsisTray$AWTSystemTray INFO [Thread-8] (CronService.java:84) run - Starting 1 registered services INFO [AWT-EventQueue-0] (RegionStorage.java:241) getRegion - Try to open region CHANNEL(/home3/nantes/perso/lgasche/isis-fish-4/isis-database/regions/CHANNEL) INFO [AWT-EventQueue-0] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for CHANNEL INFO [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:119) initOnJNI - Trying to initialize the R Proxy over JNI ERROR [AWT-EventQueue-0] (RJniEngine.java:88) init - Cannot find jri library, make sure it is correctly installed ERROR [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:101) init - Initialization of R over JNI failed, trying with Network INFO [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:136) initOnNet - Trying to initialize the R Proxy with Network INFO [AWT-EventQueue-0] (RNetEngine.java:127) init - Trying to connect to the Rserve on '127.0.0.1:6311' ERROR [AWT-EventQueue-0] (RNetEngine.java:133) init - Unable to establish a connection to the R server. Maybe you forgot to start it. Try using the command "R CMD Rserve". FATAL [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:197) init - The initializing of R failed. ERROR [AWT-EventQueue-0] (AbstractSensitivityAnalysis.java:204) setIsisFactorsR - R evaluation failed org.nuiton.j2r.RException: R initialisation failed, please check your installation at org.nuiton.j2r.RProxy.<init>(RProxy.java:67) at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:155) at sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) at $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) at java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) at java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:1121) launchSimulation - Can't start simulation fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) at $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) at java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) at java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) Caused by: fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.SensitivityException: R evaluation failed at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:206) at sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) ... 46 more Caused by: org.nuiton.j2r.RException: R initialisation failed, please check your installation at org.nuiton.j2r.RProxy.<init>(RProxy.java:67) at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:155) ... 48 more

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Fonctionnement du bouton "Filtrer" dans l'interface d'AS ?
by Loic GASCHE Nov. 10, 2011

Nov. 10, 2011

Bonjour, Commençant à avoir pas mal de simulations dans mes dossiers ISIS et faisant en ce moment pas mal de passages de la V3 à la V4, j'ai de plus en plus de mal à retrouver mes simulations lorsque je souhaite en charger une ancienne pour la refaire tourner. J'ai vu qu'il y a un bouton "filtrer" dans le premier onglet de l'interface d'AS à côté de la liste déroulante de choix de la simulation à charger, mais dans la V3 comme dans la V4 il est inutilisable. Serait-il possible de rendre ce bouton fonctionnel afin de pouvoir sélectionner comment sont triées les anciennes simulations et faire des recherches dans cette liste ? Loïc

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ISIS saute une simulation ?
by Loic GASCHE Nov. 9, 2011

Nov. 9, 2011

Bonjour, J'ai lancé deux AS ce matin et aucune des deux ne s'est terminée car à chaque fois ISIS à fait toutes les simulations sauf une (la troisième pour ma première AS et la huitième pour ma seconde AS). Après vérification, le dossier correspondant à chacune de ces simulations est vide. J'avais déjà eu un problème similaire avec ISIS V3, mais Steph m'avait dit que ce genre de soucis ne provenait pas d'ISIS. J'ai quand même jeté un coup d'œil rapide au débug et ma simulation plantée y apparaît (vers la ligne 20070) avec des [WARN] et un [ERROR], donc je pense qu'il serait bon que quelqu'un d'autre y jette un œil. Le debug compressé faisant plus de 25Mo, je crois qu'il faut passer par un serveur de code lutin pour pouvoir le transmettre ? Comment le trouver ? Steph m'a aussi indiqué qu'il est possible de relancer une simulation qui a planté lors d'une AS, afin de ne pas avoir à tout refaire tourner... Comment faire ça ? Merci d'avance. Loïc

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ISIS V4, la suite
by Loic GASCHE Nov. 8, 2011

Nov. 8, 2011

Bonjour, Avant de me remettre aux AS, j'ai un petit soucis avec les simulations. En effet, en faisant deux simulations identiques avec la V4 et la V3, il semble que ISIS V3 est beaucoup plus "optimiste" que ISIS V4 pour la sole de 7D. En effet, et uniquement pour la sole de 7D, les valeurs prédites au cours de la simulation pour cette population varient assez fortement entre la V3 et la V4, avec même des tendances différentes. J'ai aussi essayé de prendre la simulation créée dans la V3 pour la faire tourner avec la V4 et de prendre celle créée dans la V4 pour la faire tourner dans la V3; les résultats sont les mêmes que précédemment : les simulations qui tournent sous la V3 pour la sole de 7D sont beaucoup plus optimistes que celles faites avec la V4. Une idée de la cause de ce soucis ? Loïc

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Gestion des ressources Isis et site internet
by Eric Chatellier Nov. 7, 2011

Nov. 7, 2011

Bonjour, Voici l'organisation des différentes ressources IsisFish (existante et à venir) pour la gestion des sources, données et site web. Existant -------- Projet redmine : Isis-fish http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish Projet redmine : Isis-fish-data (sous projet de Isis-fish) http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data Depot : isis-fish-community http://svn.isis-fish.org/svn/isis-fish-community L'authentification est actuellement gérée par l'inscription modérée à la liste : http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-community-scri… A venir ------- La reflexion est ici de gérer le site web (modifiable par les utilisateurs), et d'unifier la gestion de autorisation des utilisateurs. Idée ==== Créer un (troisième) projet "isis-fish-community" qui contiendrait: - un module "community-scripts" - un module "community-site" (rst... + scmwebeditor) - une authentification commune pour les deux modules (ceux qui ont le droit de faire des scripts ont le droit de modifier le site ?) Javadoc: - il faudrait trouver une astuce pour que la javadoc (du projet isis-fish) se retrouve sur le site généré par community-site Adresse: Le site serait déployé sur l'adresse : http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish-community/community-site vu que c'est on peut long, on pourrais faire la remplacer par une plus courte: http://www.isis-fish.org/ -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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ISIS V4, c'est parti !
by Loic GASCHE Nov. 3, 2011

Nov. 3, 2011

Bonjour, J'ai voulu faire tourner deux petites AS identiques avec la V3 et la V4 pour pouvoir comparer les sorties. J'ai rempli toutes les cases en parallèle, donc je ne pense pas avoir oublié quelque chose. L'analyse de sensibilité tourne sans soucis avec la V3 et ne se lance pas et me fait apparaitre un message d'erreur dans une boite avec la V4. Pour essayer de me prémunir dans un premier temps contre un éventuel problème de compatibilité ISIS/Java/R j'ai utilisé la méthode JavaExpandGrid (mais ça ne marche pas dans la V4 avec n'importe quelle méthode en fait) J'avais lancé les deux versions de ISIS en 32bits. Le R_HOME pointe vers R 2.9.2 pour ISIS V3. J'ai essayé de le modifier pour le faire pointer vers R 2.13.0 (en 32 ou 64 bits) pour utiliser la V4, mais cela n'a rien changé : l' AS ne se lance pas. première question : la version 2.13.0 de R est-elle suffisante pour faire tourner la V4 (ou faut-il une 2.13.? plus récente). deuxième question : peut-on avoir deux R_HOME, un pour la V3 et un pour la V4 ? J'ai Java en version 1.6.0_27 en 32bits et en 64bits, je crois que ça c'est OK pour ISIS ? En gros : je soupçonne fortement que mon problème de lancement d'AS vient d'un oubli stupide de ma part, mais je ne trouve pas lequel... Help ? Une dernière observation : dans le .bat servant à lancer ISIS V3, j'ai un chemin indiquant où se trouve Java, et je ne l'ai pas dans le .bat de la V4. Est-ce un problème ? Voilà, je retourne me plonger dans tout ça... Merci d'avance ! Loïc isisfish.error.errorpane.title Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator Level: SEVERE Stack Trace: Can't get scenarios from calculator fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:374) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:637) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) 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fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:637) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) 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