April 2012 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Simulations qui s'arrêtent quand ça leur chante...
by Loic GASCHE May 3, 2012

May 3, 2012

Bonjour, J'ai lancé des AS sur caparmor, une sans règles de gestion, et l'autre avec une gestion par les TACS et la taille min. La première AS semble marcher sans soucis, mais il apparait que dans la seconde la plupart des simulations s'arrêtent au cours de la première année, mais pas forcément toujours au même moment. Ce qui est étrange est que certaines simulations arrivent bien à leur terme, et que dans ce cas là j'ai bien tous les résultats de la simulation, et ils semblent cohérents... Loïc

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Fwd: [CAPARMOR] service4 stuck if you are conncectecd, save your file and logout
by Loic GASCHE April 27, 2012

April 27, 2012

Bonjour, Apparemment il y a pas mal de soucis ces derniers temps sur CAPARMOR, et en particulier avec ce fameux "service4"... Qu'est-ce que c'est que ça, et surtout, est-ce que ca affecte les simus ISIS lancées sur Caparmor ? Loïc -------- Message original -------- Sujet: [CAPARMOR] service4 stuck if you are conncectecd, save your file and logout Date : Fri, 27 Apr 2012 16:09:18 +0200 De : PCIM <pcim(a)ifremer.fr> Pour : caparmor <caparmor(a)listes.ifremer.fr> dear caparmor user, service4 is stuck now, if you are conncectecd, save your file and logout! regards, tina

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calcul de la SSB ?
by Loic GASCHE April 27, 2012

April 27, 2012

Bonjour, j'ai rajouté dans mon modèle ISIS des ogives de maturité afin de pouvoir calculer une SSB. Elles se présentent de la manière suivante : double MOP7D = context.getValueAndCompute("Plaice7D.maturityOgiveEquation.MOP7D", 1.0); if (group == null) return 0; switch (group.getId()) { case 0: return MOP7D*0; case 1: return MOP7D*0; case 2: return MOP7D*0.15; case 3: return MOP7D*0.53; case 4: return MOP7D*0.96; case 5: return MOP7D*1; case 6: return MOP7D*1; case 7: return MOP7D*1; case 8: return MOP7D*1; case 9: return MOP7D*1; default: return 0; } Le soucis c'est que quand j'utilise le sensitivityexport de SSB fait par Jean (Sensitivity[...]Y2), je me retrouve tout le temps avec une SSB de 0. Je ne vois pas trop pourquoi j'obtiens tout le temps 0, je me dis que ça vient peut-être du group.getMaturityOgive() qui ne serait peut-être pas adapté à la façon dont est écrite mon ogive de maturité (il faudrait plutôt un getMaturityOgiveMatrix() ou un truc du genre ?). Pour savoir ce que fait getMaturityOgive() je suis allé voir dans PopulationgroupImpl du src de ISIS et j'ai trouvé ça : /* 160 * @see fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#getMaturityOgive() 161 */ 162 @Override 163 public double getMaturityOgive() { 164 double result = 0; 165 try { 166 Equation eq = getPopulation().getMaturityOgiveEquation(); 167 if (eq != null) { 168 result = eq.evaluate("group", this); 169 } 170 } catch (Exception eee) { 171 if (log.isWarnEnabled()) { 172 log.warn("Error in maturityOgive equation"); 173 } 174 if (log.isDebugEnabled()) { 175 log.debug("StackTrace", eee); 176 } 177 } 178 return result; 179 } donc je suis allé voir ce que fait getMaturityOgiveEquation() dans PopulationMaturityOgiveEquation, et j'ai eu ça cette fois : public interface PopulationMaturityOgiveEquation { 40 41 /** 42 * Compute maturity ogive. 43 * 44 * @param context simulation context 45 * @param group le groupe dont on souhaite avoir l'ogive de maturité 46 * @return l'ogive de maturite 47 * @throws Exception 48 */ 49 @Args({"context", "group"}) 50 public double compute(SimulationContext context, PopulationGroup group) throws Exception; 51 } et là je suis paumé car je ne vois pas du tout ce que ça fait (si ça fait un truc)... Donc en gros je ne vois toujours pas pourquoi le calcul de la SSb ne fonctionne pas dans mon cas.

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Fwd: scp on service4
by Loic GASCHE April 27, 2012

April 27, 2012

Salut les lutins, J'ai eu un coup de fil de Tina qui s'occupe de Caparmor; je n'ai pas tout compris, mais il semblerait que j'utilise un dossier pour faire tourner ISIS sur Caparmor qui n'est pas le bon, et ça pourrait créer des problèmes. Elle m'a fait un mail pour me donner les détails, sauf que je ne comprends pas ce que ça veut dire et ce que je suis sensé faire avec ça... Ca vous parle à vous ? Loïc -------- Message original -------- Sujet: scp on service4 Date : Wed, 25 Apr 2012 17:24:06 +0200 De : Tina.Odaka(a)ifremer.fr Pour : lgasche(a)ifremer.fr Copie à : dcroizef <dcroizef(a)ifremer.fr> lgasche 10940 14.3 0.0 23460 1908 ? Rs 15:20 0:00 csh -c scp -t "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-as_AS1_modele_complet_28params_50pcts_Morris_100chaines_FishingMortality_2012-04-25-16-06_268-prescript.bsh" lgasche 10985 11.8 0.0 23464 1952 ? Rs 15:20 0:00 csh -c scp -f -r "isis-fish4/isis-database/simulations/as_AS1_modele_complet_28params_50pcts_Morris_100chaines_Biomasse_2012-04-25-16-04_323/control"

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification April 26, 2012

April 26, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Update to topia 2.6.9 Issue: 823. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to openmap 5.0 Issue: 650. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to hibernate 3.6.10.Final Issue: 824. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to h2 1.3.166 Issue: 821. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to swingx 1.6.3 Issue: 826. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to nuiton-utils 2.4.7 Issue: 822. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Habitats : Ajout de variables pour repérer les influences sur la dynamique de flottille. Issue: 434. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Update to jsch 0.1.48 Issue: 825. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Tester R sur caparmor Issue: 733. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Nettoyage des RData des AS Issue: 736. Thanks to Jean Couteau. Resolved by jcouteau. o Fix UI simulation list reloading Issue: 919. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o NPE when updating jobs list table Issue: 1166. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Sensitivity export that use Maturity ogive doesn't work since 4.0 Issue: 1165. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Changes: o Update to freemarker 2.3.19 Issue: 914. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to commons-math3-3.0 Issue: 944. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to rsyntaxtextarea 2.0.2 Issue: 1167. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.1.0.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/363 Have fun! -IsisFish team

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Création et remplissage de méthode / matrice ?
by Loic GASCHE April 24, 2012

April 24, 2012

Bonjour, J'ai dans mes debugs le message suivant : L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:janvier 0 in [Plaice7D, Sole7D] Si je comprends bien cela veut dire que je ne mets pas les bonnes choses aux bons endroits dans ma matrice de résultats (tfmMatrix) ? Cela m'amène à m'interroger sur l'articulation entre : - La phase de création de la méthode : ex : public MatrixND TotalFishingMortality (TimeStep step, ResultStorage resManager)throws TopiaException { - La phase de création de la matrice de résultats : ex : MatrixND tfmMatrix = MatrixFactory.getInstance().create( ResultName.MATRIX_TOTAL_FISHING_MORTALITY, new List[]{populations}, //, new String[]{n_("Populations")}); //, - La phase de remplissage de cette matrice : ex : tfmMatrix.setValue(pop, Fpop); Première question : Pourquoi n'avons nous pas mis "Population pop" dans les arguments de public MatrixND TotalfishingMortality(...) mais faisons nous une boucle sur les populations après ? Est-ce équivalent à mettre "Population pop" dans les arguments et enlever la boucle sur les populations ? Faut-il mieux faire l'un que l'autre ? Deuxième question : Quand on crée la matrice de résultats et qu'on dit quelles sont ses dimensions (new List[]{...}), quelles sont les règles à respecter sur ce qu'on met dans List[]{} (à part le fait que ça doit être des listes) ? Par exemple si je veux mes résultats par population et par timestep, est-ce qu'il suffit de mettre List[]{populations, Liste_des_timesteps}? Si oui comment faire pour obtenir une liste des timesteps (ou des années) de ma simulation ? Si non que faut-il faire ? Est-ce lié aux arguments qu'on met dans public MatrixND TotalfishingMortality(...) ? Par exemple si j'y mets Population pop et Timestep step alors mes résultats seront forcément par pop et par Timestep donc il n'y a pas besoin de le demander dans List[]{} ? Troisième question : A l'etape de remplissage de la matrice on fait bien setValue(objet d'une liste 1, objet d'une liste 2, etc., valeur ) ? Par exemple tfmMatrix.setValue(pop, Fpop); si on veut remplir par population et que pop désigne une population de la liste populations ? Et si on veut remplir par population et Timestep, faut-il rajouter "step" dans setvalue() ? Ou alors est-ce que comme à la question d'avant il n'y a pas besoin de le faire car timestep est un des paramètres d'entrée ? Voilà, j'espère que ce n'est pas trop confus... Loïc

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Lazy exception sur les many-to-one dans Topia
by Eric Chatellier April 23, 2012

April 23, 2012

Bonjour, Depuis une version récente de isis, il semble y avoir un bug de lazy avec des équations pendant les exports. <many-to-one name="maturityOgiveEquation" /> J'ai l'impression que ca fonctionnait avant, maintenant, ca renvoie un proxy javassist sur une equation, et lorsqu'on y accède, il n'y a plus de session et ca cause une erreur :( Je n'ai pas trop envie de mettre des tagvalue lazy = false sur toutes les equations, mais je ne voit pas trop d'autres solution. (car cette solution fonctionne). Ce qui m'embête, c'est que cela ne faisait pas ca avant... Regression topia? hibernate ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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message d'erreur au lancement d'ISIS
by Loic GASCHE April 23, 2012

April 23, 2012

Bonjour, J'ai parfois depuis hier après-midi le message suivant au lancement d'ISIS, dans la fenêtre de commande qui apparaît quand on clique sur le .bat : [Script] Isis is starting... Le processus ne peut pas accéder au fichier car ce fichier est utilisé par un autre processus. ISIS est bien fermé, donc je ne vois pas trop ce qui pourrait utiliser le fichier. Le seul truc que j'ai fait c'est du ménage dans les simulations contenues dans isis database que j'ai mises sur un autre disque car je n'en ai plus besoin pour le moment. Ca peut venir de là ? Après un redémarrage ça marche, donc ce n'est pas un gros problème. Mais c'est bizarre quand même. Loïc

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Message d'erreur en cours d'AS
by Loic GASCHE April 20, 2012

April 20, 2012

Bonjour, Je fais tourner de petites AS afin de tester le script de calcul de Ftot et les scripts d'exports qui vont avec. Ca tourne et à priori les résultats sont cohérents, mais pendant les AS j'ai les messages d'erreur en PJ qui apparaissent dans des boites... et je n'arrive pas à voir d'où vient le soucis. Je crois que java.lang.NullPointerException veut dire qu'il cherche un élément qui n'existe pas ? Et java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 25677, Size: 1842 veut dire qu'on veut chercher la valeur numero 25677 d'un vecteur (ou d'une matrice ?) alors que ce (cette) dernier(e) n'est que de taille 1842 ? Mais comment savoir quelle est la cause du problème ? Loïc

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Matrice catchPerStrategy fausse et qui change en fonction du groupe étudié
by Loic GASCHE April 18, 2012

April 18, 2012

Bonjour, Dans notre tentative de script de calcul de F, nous avions rajouté le bout de code suivant pour faire en sorte que catchPerStrategy soit bien recalculé tous les ans et pas juste ressorti du cache à chaque fois. MatrixND catchPerStrategy = null; for (TimeStep loopstep = new TimeStep(step.getYear() * 12); !loopstep.equals(step); loopstep=loopstep.next()){ // On fait cette boucle pour contourner les aspects de cache qui font que les résultats ne sont pas récupérés //s'ils ont déjà été calculés une fois (même s'ils ont changé depuis) MatrixND catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); //log.info("catchPerStrategyTemp = " + catchPerStrategyTemp + "Year=" + step.getYear()); if (catchPerStrategy == null){ catchPerStrategy = catchPerStrategyTemp; } else { catchPerStrategy = catchPerStrategy.add(catchPerStrategyTemp); // Pour avoir la somme des captures sur les 12 mois } } Ce code se trouve au début de la boucle sur les groupes d'âge de la population sur laquelle on travaille. Ce ne semble pas nécessaire à priori puisque la matrice contient normalement les résultats pour tous les groupes d'âge, et on extrait juste les captures pour le groupe sur lequel on est entrain de boucler. Mais si on sort ce code de la boucle sur les groupes ça ne compile plus... Le problème est que les captures données par catchPerStrategy ne correspondent d'aucune manière à celles données par matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop, alors que ce sont les résultats de cette matrice par an qu'on veut... Encore plus étrange, si on regarde les logs de la simulation, on voit que le contenu de catchPerStrategy change à chaque fois que l'on boucle sur un groupe différent, alors que ces résultats ne devraient changer que d'année en année, ce que je n'arrive pas à expliquer (le code rajouté ne prend nulle part le groupe d'âge en paramètre). Voilà, je ne comprends pas trop d'où peut venir l'erreur. Help ? Loïc

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