[Isis-fish-commits] r3056 - in isis-fish/trunk/src/site: . rst rst/documentation rst/documentation/history rst/tools rst/v1 rst/v2

14 Jun 2010

Author: jcouteau
Date: 2010-06-14 13:28:45 +0000 (Mon, 14 Jun 2010)
New Revision: 3056

Log:
Finish wiki migration


Added:
   isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/
   isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst
Modified:
   isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst
   isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst
===================================================================

--- isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,66 @@
+Contacts/Assistance
+===================
+
+ISIS-Fish est un développement soutenu par l'Ifremer mais à pour but d'être le
+plus communautaire possible. Pour cela de nombreux outils ont été mis en place
+pour permettre de mieux communiquer et que cette communauté prenne une réelle
+existance.
+
+Liste de diffusion
+------------------
+
+Différentes listes de diffusion ont été mises en place. Chacune d'elle à un but
+précis.
+
+** Si vous avez un soucis lors de l'utilisation d'ISIS-Fish nous préférons que
+vous utilisiez ces listes plutôt que de nous envoyer des e-mails directement.
+Car votre question et la réponse qui lui est apportée peuvent intéresser
+d'autres personnes, et surtout de nombreuses personnes de ces listes peuvent
+vous aider.**
+
+Même si la langue la plus parlée sur ces listes est le français, **vous pouvez
+bien-sûr envoyer vos e-mails en anglais**.
+
+`Statistiques d utilisation des listes`_
+
+.. _Statistiques d utilisation des listes:: listStats.html
+
+Les listes pour les utilisateurs
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+ * `isis-fish-users at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users>`_
+   : Liste principale pour les utilisateurs d'ISIS-Fish (page d'inscription).
+ * `Archives de la liste utilisateurs <http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/>`_
+ * `isis-fish-data-commits at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-data-commits>`_
+   (lecture seule) : Liste recevant toutes les notifications de modification du
+   code source des scripts d'ISIS-Fish (page d'inscription).
+
+Les listes pour les développeurs
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+ * `isis-fish-devel at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel>`_
+   : Liste pour les concepteurs du logiciel (page d'inscription).
+ * `isis-fish-bugreport at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-bugreport>`_
+   (lecture seule): Liste recevant tous les ajouts dans l'outil de report de
+   bugs (page d'inscription).
+ * `isis-fish-commits at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-commits>`_
+   (lecture seule): Liste recevant toutes les notifications de modification du
+   code source d'ISIS-Fish (page d'inscription).
+
+Outils de suivis
+----------------
+
+Les outils de suivis permettent de garder les traces de demandes et de voir leur
+évolution dans le temps.
+
+Pour éviter le spam dans ces outils, vous devrez vous
+`créer un compte sur le labs <http://labs.libre-entreprise.org/account/register.php>`_
+avant de soumettre quelque chose. Cette inscription ne vous engage absolument à
+rien.
+
+ * `Report de bugs <http://labs.libre-entreprise.org/tracker?atid=113&group_id=8&func=browse>`_
+   : Il sert à la notification d'un problème lors de l'utilisation d'ISIS-Fish.
+ * `Demande d'amélioration <http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?atid=116&group_id=8&func=browse>`_
+   : Il sert à ajouter des idées d'amélioration ISIS-Fish.
+ * `Report de problèmes de traduction <http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?atid=438&group_id=8&func=browse>`_
+   : Il sert pour reporter les erreurs de traduction.

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,333 @@
+Liste des changements apportés à Isis-Fish (Version 3)
+======================================================
+
+isis-fish (3.3.0.3) chatellier 20100426
+  * Add new option to customize qsub options
+  * Update libs (log4j, junit)
+  * Fix first age use in group creation wizard
+
+isis-fish (3.3.0.2) chatellier 20100407
+  * Fix a NPE when reloading in process simulation
+  * Fix a migration problem on region with non null empty map list
+  * Fix a problem with failing region saves (was blocking all saving actions)
+
+isis-fish (3.3.0.1) chatellier 20100330
+  * Make java path configurable on cluster server (caparmor & noumea)
+
+isis-fish (3.3.0.0) chatellier 20100224
+  * Replace zone selection event from mouse click to correct valueChanged
+  * Fix a NullPointerException during region check
+  * Disable all list filtering functionalities (don't work anymore with a lot of simulations)
+
+isis-fish (3.3.0.0-rc1) chatellier 20100128
+  * Enable to add factors from tables (target factor equation, selectivity equation)
+  * Restore simulation control auto save features (usefull for remote simulation monitoring)
+  * Make all data storage isolated on simulation directory during a simulation
+  * Check if result is enabled by getNecessaryResult on SensitivityExport
+  * Use mexico export format for matrix
+  * Restore simulation tests at integration-test phase
+  * Add region factorisable value export (mexico)
+  * Improve simulation stopping algorithm (now faster)
+  * Locally save simulation zip to allow simulation restart even after isis shutdown
+  * In sensitivity analysis, upload only one zip to caparmor for all simulations
+  * Add option to control number of SSH thread to use
+  * Add split pane between queued and done simulations tables
+  * Add free space actions on caparmor configuration UI
+  * Remove "isis-export" directory
+  * Fix editor deactivation in input ui
+  * Remove deprecated method SimulationStorage#getFisheryRegion()
+  * Update to jfreechart 1.0.13 (major version)
+  * #1585 : Analyze plans are now reloaded before each simulation
+  * Editing sensitivity factors after simulation reload now works
+  * Add confirmation message before launching groups creation wizard
+  * #1914 : Fix metierSeasonInfo deletion
+  * Remove some deprecated unused UI classes
+  * Remove all GenericCell reference (now model based implementation)
+  * Add missing log category in simulation filter appender
+  * Add -m n option to qsub to not send email for each simulation
+  * Remove duplicated SSH key configuration, common configuration for VCS and caparmor
+  * Global VCS improvement (code, script UI, input UI)
+  * Update to svnkit 1.3.2
+  * Unification of error frames
+  * Add ".shp" extension to database map files list (database migration)
+  * Move codelutin librairies to nuiton.org (database migration)
+
+isis-fish (3.2.0.10) chatellier 20091112
+  * Increase default java memory for caparmor jobs (2Go)
+  * Fix a problem with dependant plans not blocked on current simulation
+
+isis-fish (3.2.0.9) chatellier 20091021
+  * Add file redirection in caparmor simulation launch scripts
+
+isis-fish (3.2.0.8) chatellier 20091020
+  * Fix compilation directory per simulation problem (aspect were defined before simulation context definition)
+
+isis-fish (3.2.0.7) chatellier 20090928
+  * Fix a missing hashCode() problem in month (cause problem in matrixND)
+  * Add time unit (seconds) in simulation summary
+  * Make compilation directory per simulation (caparmor concurrency problem)
+  * Fix plan generator was not closing database after finishing sub job
+  * Delete remote launcher result archive after use
+  * Modify analyze plans starting to take extra rules
+  * Set ssh key in autorized_keys when connected with password
+  * Isis now start with 1Go of allocated memory
+  * Fix strategies/population selection on old simulation reloading
+  * Always use logger for force writing in debug.txt file
+  * Instantiate simulation parameters objects only when needed (to work on caparmor)
+  * Add log in equation content
+  * Fix export names selection problem for current simulation
+  * Fix result names selection problem for current simulation
+  * Improve check region code (null object, invalid names...)
+  * Refactor storage modifications notification (done for regions)
+  * Fix a little trace util object for both Cache and Trace aspect
+  * Add aspect to get rule time (init/pre/post) in simulation summary
+
+isis-fish (3.2.0.6) chatellier 20090914
+  * Add message if scripts can't be compiled
+  * Restore local simulation launcher (not as default)
+  * Fix force parameter when adding result with composed names
+
+isis-fish (3.2.0.5) chatellier 20090904
+  * Fix export loaded too early (not in correct classloader)
+  * Move sensitivity exports to their own package
+  * Fix a date comparison problem (frequent in windows)
+  * Restore running status progress bar indeterminate state
+
+isis-fish (3.2.0.5-rc3) chatellier 20090827
+  * Fix a beansutils conversion problem for MatrixND
+
+isis-fish (3.2.0.5-rc2) chatellier 20090827
+  * Can copy openmap map to system clipboard
+  * Don't extract database for sensitivity analysis (excepted first)
+  * Add user script javadoc generation
+  * Move script import/export to Jaxx
+  * Fix nano time problem (not related to real date)
+  * @Doc annotation is now only field target
+  * Fix creation group assistant's labels
+  * Improve simulation summary
+  * #1905 : nom des labels pour somme par année
+
+isis-fish (3.2.0.5-rc1) chatellier 20090616
+  * Remove inprocess launcher (due to memory consumption)
+  * Readd tools.jar (isis don't need jdk anymore)
+  * Fix bug 1772 ( https://labs.libre-entreprise.org/tracker/index.php?func=detail&aid=1772&group_id=8&atid=113 )
+  * Fix bug 1900 ( https://labs.libre-entreprise.org/tracker/index.php?func=detail&aid=1900&group_id=8&atid=113 )
+  * Fix simulation plan subjob number : start at 0
+  * Fix bug, database migration asked twice
+  * Fix VCSSVN getRemoteStatus(), not showed added status file
+  * Rename "factors" package to "sensitivity"
+  * Add tests on each storage for testing template content compilation
+  * Add script templates based on freemarker template engine
+
+isis-fish (3.2.0.4) chatellier 20090508
+  * Add sensitivity analysis
+
+isis-fish (3.2.0.4-rc1) letellier 20080225
+  * Fix ask passphrase in svn+ssh mode
+  * Bugfix release
+
+isis-fish (3.2.0.3) chemit 20081218
+  * Change simulation monitoring to work better with SSH launcher
+  * Update XML-RPC launcher to xmlprc 3
+  * Add ssh simulation launcher
+  * Add Jaxx UI for all interfaces
+  * Remove SwixAT UI
+  * switch to lutinproject 3.3
+  * switch to topia-service 1.0.1
+  * switch to topia-persistence 2.1.1
+  * remove tools.jar (now isis need JDK !!!)
+
+isis-fish (3.2.0.2) chatellier 20081119
+  * fix missing lutinxml dependencies
+
+isis-fish (3.2.0.1) chemit 20081013
+  * all ui are now in src/main/java
+  * use maven 2 directory layout
+  * use org.codelutin:lutinproject 3.0
+  * passage to UTF-8
+
+isis-fish (3.2.0.0) poussin 20080902
+  * refactoring option and vcs
+  * refactoring simulation engin
+  * new launcher type (subprocess, caparmor ...) in progress
+  * modify script to use cell and not zone in some computation
+  * add TechnicalEfficiency equation
+  * add Inactivity equation support
+
+isis-fish (3.1.3) tchemit 20080319
+  * bug correction when migration failed, still launch application on a new database
+  * bug correction changing local database in configuration ui has no effect on next launch
+  * bug correction if no svn connexion, application could not start
+  * use commandline 0.4 (improve init and user options)
+  * improve i18n loading (lutinutil)
+  * refactor init and vcs init
+  * bug correction #1605 add annotation on scripts for contextual help
+  * bug correction #1617 Non prise en compte du changement de base locale
+  * add new ui for configuration
+  * bug correction #1601 Exception et erreur apres une simulation
+  * bug correction #1602 Gros probleme de mise a jour de database entre v3.0 vers 3.1 perte des pecheries
+  * bug i18n (loose some translate while using Isis-Fish from  a jar)
+
+isis-fish (3.0.22) poussin 20071107
+  * bug correction when launch many simulation with AnalysePlan (OutOfMemory)
+    now we don't use cglib but javassist
+
+ver-3.0.21 poussin 20071107
+  * bug correction in ResultDatastore, bad database used to get result during simulation
+  * add call to close method on SimulationStorage for in memory database
+  * bug correction when launch many simulation with AnalysePlan (OutOfMemory)
+
+ver-3.0.20 poussin 20071102
+  * add clean temp directory simulation preparation
+  * add IsisFish version number in parameter
+  * add getPopulations method in PopulationMonitor
+  * bug correction #1592 in totalFishingMortality during reduction of matrix
+  * bug correction #1583 about too many file open
+  * bug in export script template
+  * bug correction in rule Cantonnement
+  * modify database simulation usage, now we use in memory database for
+    data, and file storage for result, to separate result and data. This
+    improve performance (70%).
+  * bug switch to h2 database version 1.0.60, this prevent rollback exception
+    during simulation
+
+ver-3.0.19 poussin 200706??
+  * bug in cache for String and number in parameter
+  * bug RuleMonitor add Rule as parameter
+  * add extraRules field in SimulationParameter to permit Analyse Plan to
+    add rules in parameter
+
+ver-3.0.18 poussin 20070525
+  * bug go.bat have correct DOS end of line
+  * improve build-release.sh to send email to user and devel list after deploy
+  * bug correction in delete simulation, remove close context at begin of
+    clear method
+  * bug permit simulation without SimulationControl
+  * bug in queue model test if no more simulation to prevent Index Out of
+    bound Exception
+
+ver-3.0.17 poussin 20070524
+  * add support for filename in export
+
+ver-3.0.16 poussin 20070521
+  * add ssj jar to have random library
+  * add support to auto upgrade database (topia migration service)
+  * bug force reload parameter in thread simulation to prevent class cast
+    exception because same class is loaded in two different classloader
+
+ver-3.0.15 poussin 20070406
+  * change database lock_mode to permit read with out lock
+  * change database version to 1.0.20070304
+  * bug end line in equation editor
+
+ver-3.0.14 poussin 20070402
+  * add beforeOrEquals and afterOrEquals methods to Date and Month
+
+ver-3.0.13 poussin 20070330
+  * add simulation information support
+  * change aspect deployment classloader (not used Agent)
+  * bug in cache aspect when used without trace aspect
+  * add checkout maven file option
+  * change MatrixPanel context menu
+  * bug in datastore closeContext (nullify storage)
+  * bug in datastore getStorage (if closed create new)
+
+ver-3.0.12 poussin 20070320
+  * bug in cache, help garbage with clear on collection
+  * add on matrix sumOverDim(dim, start, nb)
+  * change statistic is not used by default
+
+ver-3.0.11 poussin 200703??
+  * add result support in analyse plan
+  * bug in AnalysePlanContext values access
+
+ver-3.0.10 poussin 20060305
+  * Analyse Plan implementation
+  * feature #1531 date automaticaly added to simulation id
+  * bug in Range value inversion of integer and real
+  * bug #1492 matrix index error for result matrix
+  * bug #1493 simulation, region deletion
+  * bug #1495 view population number with one population
+  * bug #1496 simulation, region order
+  * bug #1528 in min size in wizard class creation
+  * bug #1535 save/cancel button activation/desactivation
+  * bug #1536 simulation queue
+
+ver-3.0.9 poussin 20060208
+  * add equation editor with syntaxe checking on all equation
+  * implement Region checking mecanisme
+
+ver-3.0.8 poussin 20060205
+  * force checkout of directory not checkouted at startup
+
+ver-3.0.7 poussin 20060125
+  * add import region and rename menu
+  * bug in update script
+
+ver-3.0.6 poussin 20060125
+  * add support for user prompt update file at startup
+  * bug saisons (bad converter init)
+  * simulation thread completely rewriten
+  * first version of systray
+  * region copy
+  * bug tree refresh after delete region
+  * cvs synchronisation menu
+  * test de non regression
+  * bug in exports
+  * bug in rules
+
+ver-3.0.5 poussin 20061020
+  * add support for delete prompt message and delete cascade prompt message
+
+ver-3.0.4 (poussin 20061017)
+  * improve cache key computation (use string), (gain 80%)
+
+ver-3.0.3 (poussin 20061016)
+  * bug in getMonth if date is negative
+  * bug in message error during equation compilation, now we show the
+    equation type
+
+ver-3.0.2 (poussin 20061013)
+  * add import from isis-fish v2
+  * change rules from region to root
+  * improve equation frame editor (equation documentation)
+
+ver-3.0.1 (poussin 20060926)
+  * bug selection cell (selected in list -> note selected in map)
+  * add extension to file for model equation
+  * improve refresh in input
+  * add argument force to ResultStorage.addResult method
+  * bug put new Population in right Species when more than one Species (tree problem)
+  * bug put new Rule script in right region (tree problem)
+  * add firstNull='true' for gear values types
+  * bug when load gear with no values (null)
+  * change method call: Input.CommitRegionInCVS -> Input.commitRegionInCVS
+  * add Equation model editor
+  * bug in script editor, don't used translated String for script type
+  * bug in script editor, menu save/delete/deleteCVS work now
+  * change use for(int i...) in GravityModel and SiMatrix for matrix access
+    (gain factor 4 on matrix access and 65% on simulation)
+  * change use Soft cache in ResultStorage (gain 10%)
+  * improve ResultStorage keep in memory all result available to prevent unecessary
+    query on database. Useful with Soft cache.
+  * change use commons-collection in Cache aspect (prevent garbage bug in HashMapMultiKey)
+  * bug in tools.jar search pattern for Windows
+  * bug when create SetOfVessels in Effort description Add button
+    was always grey
+  * add getNecessaryResult in Rule to know result necessary for this rule
+    and activate it automaticaly
+  * improve all results are now optionnal
+  * add compute and add as result discard weight if necessary
+  * add TACweight in DemoRegion
+  * add result MATRIX_NO_ACTIVITY
+  * bug can set rule parameter
+  * bug rule parameter can be saved and restored
+  * improve when TopiaContext is used to read, error if another try to write
+    (lock table timeout).
+  * bug many correction in persistence (lock problem, load cycle problem)
+
+ver-3.0.0
+  * Utililsation de DoubleBigVector par defaut pour les Matrix
+    (gain facteur entre 2 et 8 suivant parcours (Iterator, Semantic, Index)
+  * Suppression de tous les scripts utilisation de Java et compilation
+    (gain facteur 1000 pour l'eval des equations donc 91% sur la simulation)

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,124 @@
+Historique du projet ISIS-Fish
+==============================
+
+Prototype 1998-2000
+-------------------
+
+Un prototype du logiciel ISIS-Fish a été développé entre 1998 et 2000
+d'après le modèle conceptuel élaboré par Pelletier et al. (2001)
+
+Versions 1.0 et 1.5 (2000-2003)
+-------------------------------
+
+ISIS-Fish 1.0 est une boite à outil générique spatialement explicite
+pour l'évaluation de l'impact de mesure de gestion sur la dynamique
+des pêcheries (Mahévas et Pelletier 2004, Version 1.0 et Pelletier et
+Mahévas 2005, Version 1.5). Le logiciel permet d'évaluer l'impact de
+mesures de gestion sur la dynamique de pêcheries complexes. Le modèles
+de simulation est générique afin de pouvoir être utilisé dans
+différents types de pêcheries. Les connaissances existantes au sujet
+de chaque pêcheries sont stockées dans une base de données inclue dans
+le logiciel, et peut être facilement modifiable. Cela inclue les
+paramètres de description de chaque population, de chaque activité de
+pêche, des mesures de gestion ainsi que des résultats de la dynamique
+des flottilles. Le modèle d'exploitation est spatialement explicite et
+couple la dynamique de chaque population, chaque flottille et chaque
+mesure de gestion. Le modèle est définit avec un pas de temps
+mensuel. Les variations spatiales et saisonnière de la capturabilité,
+les migration saisonnières, les processus de reproduction et de
+recrutement sont les principales entités du modèle de dynamique de
+population structurée en age.
+
+Les interactions biologiques ne sont pas modélisées dans ISIS-Fish
+dans la mesure où le modèle se focalise plus sur des problèmes
+relatifs aux pêcheries complexes. Le modèle de dynamique de flottille
+décrit la réponse des pêcheurs à la disponibilité des ressources et
+aux mesures de gestion introduites pour réguler l'activité de pêche.
+
+Le logiciel permet une certaine flexibilité pour plusieurs hypothèses
+du modèle. Ainsi les mesures de gestion ainsi que le comportement des
+pêcheurs à ces mesures peuvent être codés à travers d'un langage
+Scipt. L'outil de simulation permet ainsi de comparer l'impact de
+mesures de gestion conventionnelles comme le contrôle des captures et
+de l'effort, et d'autres mesures telles que les Aires Marines
+Protégées (AMP).
+
+Les versions 1.0 et 1.5 du logiciel n'incluent pas pas de variables
+économiques. Il n'est donc par conséquence pas possible de définir de
+réaction des pêcheurs en fonction de certaines conditions économiques.
+
+Pour de plus ample détails sur le logiciel, vous pouvez vous reporter
+aux articles Mahévas et Pelletier (2004) et Pelletier et Mahévas
+(2005). Le premier détaille les différents aspects du modèle et les
+choix de développement du logiciel pour la version 1.0. le second se
+focalise plus sur les capacités du logiciel à évaluer les effets
+d'AMPs, basé sur une revue des différents modèle de simulation
+existants et la version 1.5 d'ISIS-Fish.
+
+Techniquement cette version était basé sur des EJBs et une base de
+données distantes ce qui impliquait une utilisation connectée.
+
+Version 2.0 (2004-2005)
+-----------------------
+
+La seconde version d'ISIS-Fish (ISIS-Fish 2.0) complète les versions
+précédentes en y ajoutant des variables économiques et des processus
+qui déterminent la dynamique des flottilles. Cela a conduit à
+redéfinir les différents composants des flottilles (Figure 1). Les
+bateaux sont caractérisés par leurs capacités techniques afin de
+prendre en compte les coûts de transport, et ils sont liés à un port
+d'attache pour calculer le temps de trajet et les coûts
+correspondants. Chaque bateau appartient à un ensemble de bateaux
+définit par une liste de métiers possibles avec une description des
+paramètres d'effort, des définitions concernant l'équipage et les
+coûts associés, les coûts concernant l'entretient des engins de pêche
+et la maintenance du bateau ainsi que les autres frais
+d'exploitation. Les stratégies sont des sub-groupes de bateaux
+partageant les mêmes caractéristiques (appartenant au même set of
+vessels) et ayant une même répartition de leur effort sur les
+différents métier chaque mois. Les équations permettant de calculer la
+mortalité par pêche par espèce, par classe, par zone et par métier
+ainsi que les équations permettant de calculer les coûts et revenus
+sont détaillés dans le chapitre 15-Equations.
+
+La réponse des pêcheurs aux règles de gestion, aux fluctuations de
+stocks et aux conditions économiques peuvent avoir des incidences sur
+la réallocation de l'effort de pêche. La plupart des équations
+contrôlant la dynamique des flottilles sont ainsi modifiables grâce à
+un éditeur de langage script en sélectionnant des modèles prédéfinis
+ou en créant son propre modèle. Parmi les modèles préalablement
+écrits, on retrouve plusieurs modèles de gravité dont les coefficients
+sont calculé soit à partir des captures ou des débarquements
+précédentes en valeur ou en poids. Voir Chapitre 15-Modèles de
+gravité.
+
+.. Schéma : Description des objets dans la version 2.0 d'ISIS-Fish
+
+Cette version utilise une base de données embarqués et n'utilise plus
+les EJBs.
+
+Version 3.0 (depuis 2006)
+-------------------------
+
+Cette version est une refonte complète de la persistence. Chaque
+région a maintenant un répertoire particulier dans lequel on y trouve
+une base de données embarquée, les simulations qui se rapportent à cette
+région ont eux aussi leur propre répertoire incluant l'image de la
+base de données à l'instant de la simulation, les résultats de la
+simulation, les exports qui ont été fait, les scripts qui a permit la
+simulation et les paramètres de la simulation. De cette façon tous les
+éléments ayant permis l'obtention des résultats sont conservés et la
+simulation peut-être réjouée (fonctionnalité non encore implantée).
+
+Le moteur de simulation à lui aussi été revu pour permettre un suivi
+plus simple et centralisé des différentes simulations en cours. Cette
+réécriture à tenu compte de l'analyse faite durant le projet Mexico sur
+les plans d'expérience.
+
+Une analyse des performances de la version 2 à permit une optimisation
+des calculs. Durant cette analyse il est resortie que les languages de
+script était beaucoup plus lent que le Java (entre 1000 et 10000
+fois). Tous les scripts et équations sont dans cette version écrits en
+Java et compilés au besoin. L'utilisation du Java a aussi permis
+d'ajouter des fonctionnalités lors de la saisie comme la vérification
+du code écrit et l'indication des erreurs avec leur numéro de ligne.

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,17 @@
+Historique
+==========
+
+Isis-FISH a beaucoup évolué depuis le début du développement,
+l'`historique <history/history.html>`_ vous rappelle l'histoire du simulateur.
+Vous pouvez consulter le `journal des modifications <history/changelog.html>`_
+de la version actuellement maintenue.
+
+Anciennes versions
+------------------
+
+Vous trouverez ici les informations des anciennes versions du simulateur.
+
+ * `Version 1 <v1/changelog.html>`_
+ * `Version 2 <v2/index.html>`_
+
+ 
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,285 @@
+Licence du projet
+=================
+
+::
+
+		    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+		       Version 2, June 1991
+
+ Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
+ 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+			    Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+ freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+ License is intended to guarantee your freedom to share and change free
+ software--to make sure the software is free for all its users.  This
+ General Public License applies to most of the Free Software
+ Foundation's software and to any other program whose authors commit to
+ using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
+ the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
+ your programs, too.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
+ price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
+ have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
+ this service if you wish), that you receive source code or can get it
+ if you want it, that you can change the software or use pieces of it
+ in new free programs; and that you know you can do these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+ anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
+ These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
+ distribute copies of the software, or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of such a program, whether
+ gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
+ you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
+ source code.  And you must show them these terms so they know their
+ rights.
+
+  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
+ (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
+ distribute and/or modify the software.
+
+  Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
+ that everyone understands that there is no warranty for this free
+ software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
+ want its recipients to know that what they have is not the original, so
+ that any problems introduced by others will not reflect on the original
+ authors' reputations.
+
+  Finally, any free program is threatened constantly by software
+ patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
+ program will individually obtain patent licenses, in effect making the
+ program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
+ patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+ modification follow.
+
+		    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License applies to any program or other work which contains
+ a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
+ under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
+ refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
+ means either the Program or any derivative work under copyright law:
+ that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
+ either verbatim or with modifications and/or translated into another
+ language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
+ the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
+
+ Activities other than copying, distribution and modification are not
+ covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+ running the Program is not restricted, and the output from the Program
+ is covered only if its contents constitute a work based on the
+ Program (independent of having been made by running the Program).
+ Whether that is true depends on what the Program does.
+
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
+ source code as you receive it, in any medium, provided that you
+ conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
+ copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
+ notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
+ and give any other recipients of the Program a copy of this License
+ along with the Program.
+
+ You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
+ you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
+
+  2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
+ of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
+ distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+ above, provided that you also meet all of these conditions:
+
+    a) You must cause the modified files to carry prominent notices
+    stating that you changed the files and the date of any change.
+
+    b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
+    whole or in part contains or is derived from the Program or any
+    part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
+    parties under the terms of this License.
+
+    c) If the modified program normally reads commands interactively
+    when run, you must cause it, when started running for such
+    interactive use in the most ordinary way, to print or display an
+    announcement including an appropriate copyright notice and a
+    notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
+    a warranty) and that users may redistribute the program under
+    these conditions, and telling the user how to view a copy of this
+    License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
+    does not normally print such an announcement, your work based on
+    the Program is not required to print an announcement.)
+
+ These requirements apply to the modified work as a whole.  If
+ identifiable sections of that work are not derived from the Program,
+ and can be reasonably considered independent and separate works in
+ themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
+ sections when you distribute them as separate works.  But when you
+ distribute the same sections as part of a whole which is a work based
+ on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
+ this License, whose permissions for other licensees extend to the
+ entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
+
+ Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
+ your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
+ exercise the right to control the distribution of derivative or
+ collective works based on the Program.
+
+ In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
+ with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
+ a storage or distribution medium does not bring the other work under
+ the scope of this License.
+
+  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
+ under Section 2) in object code or executable form under the terms of
+ Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
+
+    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
+    source code, which must be distributed under the terms of Sections
+    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
+
+    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
+    years, to give any third party, for a charge no more than your
+    cost of physically performing source distribution, a complete
+    machine-readable copy of the corresponding source code, to be
+    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
+    customarily used for software interchange; or,
+
+    c) Accompany it with the information you received as to the offer
+    to distribute corresponding source code.  (This alternative is
+    allowed only for noncommercial distribution and only if you
+    received the program in object code or executable form with such
+    an offer, in accord with Subsection b above.)
+
+ The source code for a work means the preferred form of the work for
+ making modifications to it.  For an executable work, complete source
+ code means all the source code for all modules it contains, plus any
+ associated interface definition files, plus the scripts used to
+ control compilation and installation of the executable.  However, as a
+ special exception, the source code distributed need not include
+ anything that is normally distributed (in either source or binary
+ form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
+ operating system on which the executable runs, unless that component
+ itself accompanies the executable.
+
+ If distribution of executable or object code is made by offering
+ access to copy from a designated place, then offering equivalent
+ access to copy the source code from the same place counts as
+ distribution of the source code, even though third parties are not
+ compelled to copy the source along with the object code.
+
+  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
+ except as expressly provided under this License.  Any attempt
+ otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
+ void, and will automatically terminate your rights under this License.
+ However, parties who have received copies, or rights, from you under
+ this License will not have their licenses terminated so long as such
+ parties remain in full compliance.
+
+  5. You are not required to accept this License, since you have not
+ signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+ distribute the Program or its derivative works.  These actions are
+ prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+ modifying or distributing the Program (or any work based on the
+ Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+ all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+ the Program or works based on it.
+
+  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
+ Program), the recipient automatically receives a license from the
+ original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
+ these terms and conditions.  You may not impose any further
+ restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+ You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
+ this License.
+
+  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+ infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+ conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+ otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+ excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+ distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+ License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+ may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
+ license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
+ all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+ the only way you could satisfy both it and this License would be to
+ refrain entirely from distribution of the Program.
+
+ If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
+ any particular circumstance, the balance of the section is intended to
+ apply and the section as a whole is intended to apply in other
+ circumstances.
+
+ It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+ patents or other property right claims or to contest validity of any
+ such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+ integrity of the free software distribution system, which is
+ implemented by public license practices.  Many people have made
+ generous contributions to the wide range of software distributed
+ through that system in reliance on consistent application of that
+ system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+ to distribute software through any other system and a licensee cannot
+ impose that choice.
+
+ This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+ be a consequence of the rest of this License.
+
+  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
+ certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+ original copyright holder who places the Program under this License
+ may add an explicit geographical distribution limitation excluding
+ those countries, so that distribution is permitted only in or among
+countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
+the limitation as if written in the body of this License.
+
+  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
+ of the General Public License from time to time.  Such new versions will
+ be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
+ address new problems or concerns.
+
+ Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
+ specifies a version number of this License which applies to it and "any
+ later version", you have the option of following the terms and conditions
+ either of that version or of any later version published by the Free
+ Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
+ this License, you may choose any version ever published by the Free Software
+ Foundation.
+
+  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
+ programs whose distribution conditions are different, write to the author
+ to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
+ Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
+ make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
+ of preserving the free status of all derivatives of our free software and
+ of promoting the sharing and reuse of software generally.
+
+			    NO WARRANTY
+
+  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
+ FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
+ OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
+ PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
+ OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
+ MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
+ TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
+ PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
+ REPAIR OR CORRECTION.
+
+  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
+ WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
+ REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
+ INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
+ OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
+ TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
+ YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
+ PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
+ POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
+
+		     END OF TERMS AND CONDITIONS

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,80 @@
+Statistiques des listes de diffusion
+====================================
+
+Liste users nombre de mail
+--------------------------
+
+ * 2003: 0
+ * 2004: 0
+ * 2005: 850
+ * 2006: 755
+ * 2007: 1185
+ * 2008: 1035
+ * 2009: 1183
+
+Total pour la liste users: 5008
+
+Liste devel nombre de mail
+--------------------------
+
+ * 2003: 12
+ * 2004: 92
+ * 2005: 848
+ * 2006: 524
+ * 2007: 652
+ * 2008: 344
+ * 2009: 613
+
+Total pour la liste devel: 3085
+
+Liste bugreport nombre de mail
+------------------------------
+
+ * 2003: 0
+ * 2004: 0
+ * 2005: 90
+ * 2006: 54
+ * 2007: 102
+ * 2008: 52
+ * 2009: 626
+
+Total pour la liste bugreport: 924
+
+Liste commits nombre de mail
+----------------------------
+
+ * 2003: 0
+ * 2004: 0
+ * 2005: 0
+ * 2006: 0
+ * 2007: 2
+ * 2008: 956
+ * 2009: 1702
+
+Total pour la liste commits: 2660
+
+Liste data-commits nombre de mail
+---------------------------------
+
+ * 2003: 0
+ * 2004: 0
+ * 2005: 0
+ * 2006: 0
+ * 2007: 16
+ * 2008: 92
+ * 2009: 224
+
+Total pour la liste data-commits: 332
+
+Total par année
+---------------
+
+ * 2003: 12
+ * 2004: 92
+ * 2005: 1788
+ * 2006: 1333
+ * 2007: 1957
+ * 2008: 2479
+ * 2009: 4348
+
+Total : 12009
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,14 @@
+Autres utilitaires
+==================
+
+* `Eclipse <http://www.eclipse.org>`_ (licence cpl) logiciel libre pour editer
+  les fichiers et plus particulièrement programmer en java
+  + `Utilisation-Installation de Eclipse <tools/eclipse.html>`_
+* `Notepad++ <http://notepad-plus.sourceforge.net/fr/site.htm>`_ (licence gpl)
+  logiciel libre pour editer les fichiers et plus particulièrement programmer en
+  java
+* `Netbeans <http://www.netbeans.org/>`_ (licence gpl) logiciel libre pour
+  éditer les fichiers et plus particulièrement programmer en java
+
+  + `Utilisation-Installation de Netbeans <tools/netbeans.html`_
+  
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,77 @@
+Publications
+============
+
+Articles
+--------
+
+=====  ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============================================================================================  ===========================================================
+Année  Publication                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               Téléchargement                                                                                  Publication originale
+=====  ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============================================================================================  ===========================================================
+2009   **Pelletier, D.** , Mahévas, S., Drouineau, H., Vermard, Y., Thebaud, O., Guyader,O. & Poussin, B., 2009. 'Evaluation of the bioeconomic sustainability of multi-species multi-fleet fisheries under a wide range of policy options using ISIS-Fish.' **Ecological Modelling**  220 (7): pp. 1013-1033.                                                                                                                                                   `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierEtAlEcologicalModelling.pdf>`_      `sciencedirect <http://www.sciencedirect.com/>`_
+2008   **Kraus, G.** , Pelletier, D., Dubreuil, J., Moellmann, C., Hinrichsen, H., Bastardie, F., Vermard,Y. & Mahévas, S. , 2008. 'A model-based evaluation of Marine Protected Areas as fishery management tool for a stock facing strong environmental variability - the example of Eastern Baltic cod (Gadus morhua callarias L.).' **ICES Journal of Marine Science** 66: pp. 109-121.                                                                      `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/KrausEtAlEcologicalModelling.pdf>`_          `sciencedirect <http://www.sciencedirect.com/>`_
+2006   **Drouineau, H.** , S. Mahévas, D. Pelletier, B. Beliaeff. 'Assessing the impact of different management options using ISIS-Fish: the French Merluccius merluccius ? Nephrops norvegicus mixed fishery of the Bay of Biscay.' **Aquat. Living Resour.** 19, 15?29                                                                                                                                                                                         `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/DrouineauEtAl2006.pdf>`_                     `ALR <http://www.alr-journal.org/>`_
+2005   **Pelletier, D.** & S. Mahévas. 'Fisheries simulation models for evaluating the impact of management policies, with emphasis on marine protected areas.' **Fish and Fisheries** ; 6 (4) : 307-349.                                                                                                                                                                                                                                                        `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierMahevas2005FishAndFisheries.pdf>`_  `Fish and Fisheries <http://www.blackwellpublishing.com/>`_
+2004   **Mahévas, S.** & D. Pelletier, 2004. 'ISIS-Fish, a generic and spatially-explicit simulation tool for evaluating the impact of management measures on fisheries dynamics.' **Ecological Modelling** 171, 65-84.                                                                                                                                                                                                                                          `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/MahevasEtAlEcologicalModelling.pdf>`_        `sciencedirect <http://www.sciencedirect.com/>`_
+2001   **Pelletier, D.** , S. Mahévas, B. Poussin, J. Bayon, P. André and J.C. Royer. 2001. 'A conceptual model for evaluating the impact of spatial management measures on the dynamics of a mixed fishery', pp. 53-66 In : G. H. Kruse, N. Bez, T. Booth, M. Dorn, S. Hills, R. Lipcius, D. Pelletier, C. Roy, S. Smith, & D. Witherell (eds), Spatial Processes and Management of Marine Populations. University of Alaska Sea Grant, AK-SG-00-04, Fairbanks  `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierEtAl2001.pdf>`_
+=====  ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============================================================================================  ===========================================================
+
+Posters
+-------
+
+=====  =========================================================================================================================================================================================================================================================================  =================================================================================
+Année  Publication                                                                                                                                                                                                                                                                Téléchargement
+=====  =========================================================================================================================================================================================================================================================================  =================================================================================
+2009   Rocklin D., Pelletier D., Mouillot D., Tomasini JA., Culioli JM. Simulating management scenarios for the spiny lobster fishery in a Mediterranean MPA using ISIS-Fish. Oral communication - International Marine Conservation Congress, Washington DC, 19-24 May
+2009   Rocklin D., Pelletier D., Mouillot D., Tomasini JA., Culioli JM. Des modèles et des indicateurs pour optimiser la gestion des stocks de langoustes dans une aire marine protégée par simulation de scénarios avec ISIS-Fish. Poster - Forum AFH, Brest, 30 juin-2 juillet
+2008   Vermard, Y., Lehuta, S., Mahevas, S., Thebaud, O., Marchal, P., Gascuel, D., Including dynamic fishermen behaviour in a fisheries simulation model to assess the impact of environmental changes.                                                                          `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/Poster_Vermard_et_al.pdf>`_
+2005   D. Pelletier, S. Mahévas, M. Jarraya, M. Capoulade, H. Drouineau, Y. Vermard, F. Bastardie, 2005, Investigating the consequences of Marine Protected Areas upon fish populations and fisheries through ISIS-Fish, a generic simulation tool.                               `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierEtAl2005IMPAC1.pdf>`_
+2005   Stéphanie Mahévas, Dominique Pelletier, Hilaire Drouineau, Paul Marchal, Olivier Guyader, Olivier Thebaud, Raul Prellezo, Marina Santurtún , Ane Iriondo, Simulating with ISIS-Fish the dynamics of a North-East Atlantic mixed fishery subject to spatial closures.       `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/MahevasEtAl2005NAAFE.pdf>`_
+2004   Drouineau, H., S. Mahévas, D. Pelletier, & B. Beliaeff, 2004. Assessing the impact of marine protected areas on the hake-nephrops fishery of the Bay of Biscay using ISIS-Fish. ICES CM 2004/Y:09.                                                                         `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/CiemIcesCM-2004-Y09.pdf>`_
+2004   D. Pelletier & S. Mahévas, 2004. Evaluating the dynamics of mixed fisheries in response to policy options: Match and mismatch between data resolution, model requirements and model objectives. 4th World Fisheries Congress, May 2-6, Vancouver, Canada.
+2002   D. Pelletier & S. Mahévas, 2002. Modélisation de la dynamique de pêcherie complexe Intégration des informations pour la pêcherie du Plateau Celtique. Colloque du Défi Golfe de Gascogne, Brest, 11-13 décembre.
+2001   Mahévas S., D. Pelletier, 2001. Impact de zones marines protégées sur la dynamique d'une pêcherie complexe. Actes du Cinquième Forum Halieumétrique, Lorient, 26-28 juin 2001, p. 215.
+2001   D. Pelletier & S. Mahévas, 2001. Comparing the impact of Total Allowable Catches and Marine Protected Areas upon the dynamics of a mixed fishery. Conférence Scientifique Annuelle du CIEM, Oslo, ICES CM 2001/N:13, 11 p.
+2000   D. Pelletier, S. Mahévas et B. Poussin 2000. Un outil de simulation pour explorer l'impact de mesures de gestion sur la dynamique d'une pêcherie complexe. Réunion annuelle de l'ART4/PNEC, Paris, 14-15 décembre.
+2000   B. Poussin, S. Mahévas, et D. Pelletier, 2000. Utilisation d'un générateur d'infrastructure EJB pour le développement d'un simulateur de pêcherie complexe et multi-spécifique. Colloque Objets, Composants et Modèles 2000, 18 mai 2000, Nantes.
+=====  =========================================================================================================================================================================================================================================================================  =================================================================================
+
+Rapports
+--------
+
+=====  ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============
+Année  Publication                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   Téléchargement
+=====  ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============
+2003   Pelletier, D. 2003. Dynamique spatiale et saisonnière de pêcheries démersales et benthiques : Caractérisation, modélisation, et conséquences pour la gestion par Zones Marines Protégées. Mémoire d'Habilitation à diriger les recherches, Université de Montpellier II. 281 p.
+2001   Mahévas, S., & D. Pelletier. 2001. Un outil de simulation pour explorer l'impact de mesures de gestion sur la dynamique d'une pêcherie complexe. Ecole de printemps COREV,Hyères, mai 2001.
+2000   Pelletier, D., S. Mahévas, 2000. Selecting appropriate mathematical and computer tools for developing integrated models : the example of the dynamics of a mixed fishery, Groupe de travail «Integrated modelling and assessment» et «Complex, adaptive, hierarchical systems», Ecosummit 2000, Integrating the Sciences (International Society for Ecological Modelling), 18-22 juin 2000, Halifax, Canada.
+=====  ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============
+
+Rapports de stage
+-----------------
+
+=====  =======================================================================  =================================================================================  ==============================================================================================================================================================================================  ==============
+Année  Etudiant                                                                 Diplôme                                                                            Titre                                                                                                                                                                                           Téléchargement
+=====  =======================================================================  =================================================================================  ==============================================================================================================================================================================================  ==============
+2006   CAVE M.                                                                  Master Sciences halieutiques et aquacoles - Agrocampus Rennes                      Validation d?un modèle bioéconomique de la pêcherie de langoustine du Golfe de Gascogne
+2006   FARGIER L.                                                               Master 2                                                                           Modélisation de la pêcherie de sar dans la réserve de Bonafacio
+2006   LEHUTA S.                                                                Master 1                                                                           Simuler la dynamique de la pêcherie pélagique anchois du Golfe de Gascogne
+2006   SAVE V.                                                                  Master 2                                                                           Evaluation de scénarios de restauration de la langouste en mer d'Iroise
+2005   CAPOULADE M.                                                             Master de l'Université de Perpignan                                                Modélisation de la dynamique de la population de sar commun (Diplodus sargus) autour de la réserve de Banyuls
+2005   PREUSS B.                                                                Master de l'Ecole Normale Supérieure de Paris                                      Analyse de scénarios de gestion pour la pêcherie démerso-benthique du Plateau Celtique
+2004   DROUINEAU H.                                                             DAA de l'Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, spécialité halieutique  Évaluation de l'impact de différentes réglementations sur la pêcherie mixte merlu-langoustine de la Grande Vasière, à l'aide du simulateur ISIS-Fish
+2003   VOISIN P.                                                                DEA de Sciences de l'Environnement Marin, Université de Marseille                  Etude des conséquences de l'allocation spatiale de l'effort de pêche sur la qualité des indices d'abondance issus des captures commerciales - Le cas de la pêcherie chalutière de mer Celtique
+2000   BALABAN A., BOUWYN P., LACROIX L., MARCHAND R., MAURANGE L., VINCENT G.  Projet de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes                          Contribution à l'analyse informatique des règles de gestion dans le simulateur de pêcherie complexe
+2000   QUILLON M.                                                               Stage de DESS « Compétence complémentaire en Informatique » (Univ. Grenoble)       Développement des interfaces et étude de l'ergonomie du logiciel de simulation de pêcherie complexe
+1999   CERISIER F., LETETREL V., MEAT G., SAKHO M.                              Projet de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes                          Contribution à l'analyse informatique des entités d'un modèle de pêcherie complexe.
+1999   MEAT G.                                                                  Stage de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes                           Contribution au développement des interfaces homme-machine d'un simulateur de pêcherie complexe
+1999   POUSSIN B.                                                               Stage de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes                           Développement d'un prototype de simulateur de pêcherie complexe. (Poussin et al. 2000; Pelletier et al. 2001)
+=====  =======================================================================  =================================================================================  ==============================================================================================================================================================================================  ==============
+
+Autres
+------
+
+=====  ===============================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============
+Année  Publication                                                                                                                                                                                                                                                                      Téléchargement
+=====  ===============================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============
+2003   Pelletier, D. 2003. Dynamique spatiale et saisonnière de pêcheries démersales et benthiques : Caractérisation, modélisation, et conséquences pour la gestion par Zones Marines Protégées. Mémoire d'Habilitation à diriger les recherches, Université de Montpellier II. 281 p.
+=====  ===============================================================================================================================================================================================================================================================================  ==============

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,13 @@
+Projets de recherche liés à ISIS-Fish
+=====================================
+
+=====================  ==============================================================================================================================  ============================================  ======================================================================================  ===========  =========
+Nom                    Projet                                                                                                                          Rôle dans le projet                           Financement                                                                             Année début  Année fin
+=====================  ==============================================================================================================================  ============================================  ======================================================================================  ===========  =========
+UNCOVER                Evaluer l'impact de changements biologiques pour mettre en place des plans de restauration                                      partenaire                                    EU - VIth PCRD- FP6-2004-SSP-4 (Priority 8.1.B.1.3 Task 2)                              2006         2008
+EFIMAS                 Operational evaluation tools for fisheries management options                                                                   partenaire                                    EU FP6 n° SSP8-CT-2003-502516                                                           2004         2007
+PROTECT                Potential of marine protected areas for marine environmental PROTECTion                                                         coordination d'une tâche sur la modélisation  EU FP6 n° SSP8-CT-2004-513670                                                           2004         2007
+Liteau-AMP             Développement d'outils diagnostics et exploratoires d'aide à la décision pour évaluer la performance d'Aires Marines Protégées  dirigeant                                     Lit'eau 2 (MEDD)                                                                        2004         2006
+ISIS-Fish development  Développement d'un outil de simulation de pêcherie complexe avec l'Université de Nantes, COGITEC et Code Lutin                  responsable de projet                         IFREMER n° 99/210448, 99/210500, 01/210676, 02/210898, 03/210136, 04/210316, PNEC/ART4  1998         2006
+TECTAC                 TEChnological developments and TACtical adaptations of important EU fleets                                                      partenaire                                    European Union n°Q5RS-2002-01291                                                        2002         2005
+=====================  ==============================================================================================================================  ============================================  ======================================================================================  ===========  =========

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,95 @@
+==============================================================
+Utilisation d'un outil externe d'édition des scripts (Eclipse)
+==============================================================
+
+Documentation non à jour (préférez l'utilisation de [[v3/usermanual/netbeanseditor|Netbeans]])
+==============================================================================================
+
+Ce document montre comment éditer les scripts (Java) avec un editeur
+externe. Dans ce document nous nous baserons sur l'éditeur Eclipse mais tout
+autre éditeur fonctionne.
+
+
+Pré-requis
+==========
+
+Il faut avoir les programmes suivant installés et fonctionnels:
+
+- Une connection Internet durant l'utilisation de maven
+- Eclipse http://www.eclipse.org
+- Maven http://maven.apache.org
+
+
+Création d'un projet Eclipse
+============================
+
+Grâce à Maven nous allons pouvoir créer les fichiers nécessaires à un
+projet Eclipse.
+
+Lancer la commande::
+
+  mvn scm:checkout -DconnectionUrl=scm:cvs:pserver:anonymous:@cvs.labs.libre-entreprise.org:/cvsroot/isis-fish:isis-fish-data
+
+Vous avez alors un répertoire target/checkout dans lequel vous trouvez
+les fichiers:
+
+- pom.xml
+- profiles.xml
+
+vous les déplacez dans votre répertoire de data (sans doute
+$HOME/isis-database-3) et vous pouvez effacer le répertoire target et
+ce qu'il contient.
+
+Dans votre répertoire de data (sans doute $HOME/isis-database-3) lancer la
+commande::
+
+  mvn eclipse:eclipse
+
+puis forcé la récupération des librairies avec::
+
+  mvn compile
+
+Import du projet dans Eclipse
+=============================
+
+- Allez dans le menu File->Import...
+- Sélectionnez General/Existing Projects into Workspace
+- Sélectionnez le répertoire de data
+- Cliquez sur Finish
+
+Il faut ensuite créer une variable M2_REPO qui pointe sur
+$HOME/.m2/repository. Pour cela suivre le chemin suivant::
+
+  Project -> properties -> Java build path -> Libraries -> Add Variable
+
+Lancement d'isis
+================
+
+Il faut maintenant lancer isis avec l'option debug en premier argument::
+
+  # sous Unix
+  ./go.sh debug
+  # sous Windows
+  go.bat debug
+
+
+Debuggage dans Eclipse
+======================
+
+- Allez dans le menu Run->Debug...
+- Cliquez avec le bouton droit sur "Remote Java Application"
+- Cliquez sur New
+
+Dans l'onglet Connect:
+
+- Donnez un nom pour le projet: isis-fish
+- Modifier le port pour le mettre à 38000
+
+Dans l'onglet Source
+
+- Ajouter le nouveau projet
+
+Maintenant cliqué sur Debug en bas de la fenêtre, Eclipse doit se connecter
+à Isis. Il vous faut maintenant poser des points d'arret dans votre code
+pour qu'Eclipse arrete l'execution et que vous puissiez faire du pas a pas à
+partir de ces lignes.
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,131 @@
+Comment débugger avec NetBeans ?
+================================
+
+Ce tutoriel explique comment installer, configurer et utiliser une plateforme de
+développement java utilisant le JDK (Kit de développement Java), Maven 2
+(Logiciel de gestion et d'automatisation pour les projets Java) et NetBeans
+(Environnement de développement intégré).
+
+Installation du JDK
+-------------------
+
+Le JDK est l'environnement dans lequel le code Java est compilé afin que la JVM
+(machine virtuelle de Java) puisse l'interpréter.
+
+Pour acquérir la dernière version du JDK il faut se rendre sur la page de
+téléchargement de Sun et télécharger la version propre à son système
+d'exploitation (Plateform) : http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp
+
+Pour Windows
+~~~~~~~~~~~~
+
+Il faut exécuter le fichier d'installation et l'installer dans le répertoire
+désiré.
+
+Pour Linux
+~~~~~~~~~~
+
+Il faut l'exécuter et l'installer dans le répertoire désiré::
+
+  sh jdk-6<version>-linux-i586.bin
+
+
+Reste plus qu'à renseigner les variables d'environnements. Pour que cela soit
+valable à chaque démarrage, il faut éditer le fichier ~/.bashrc et ajouter à la
+fin les lignes suivantes::
+
+  JAVA_HOME=chemin_ou_se_trouve_jdk
+  export JAVA_HOME
+  PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
+  export PATH
+
+Installation de Maven
+---------------------
+
+Maven est utilisé dans de nombreux projet Java pour gérer et automatiser les
+dépendances.
+
+Pour acquérir la dernière version de Maven il faut se rendre sur la page de
+téléchargement d'Apache : http://maven.apache.org/download.html
+
+Pour Windows
+~~~~~~~~~~~~
+
+Préférez la version zipée et dézipez le vers le répertoire désiré.
+
+Il faut ensuite renseigner les variables d'environnements : Cliquez sur
+Démarrer > Panneau de configuration > Système > Parametres avancés > Variables
+d'environnements et renseignez la variable PATH avec
+chemin_ou_se_trouve_maven\bin et créez la variable M2_HOME et renseignez avec la
+valeur : le chemin_ou_se_trouve_maven (pas le chemin du bin).
+
+Pour Linux
+~~~~~~~~~~
+
+Préférez la version tar.gz et décompressez le avec la commande::
+
+  tar-zxvf apache-maven-<version>-bin.tar.gz
+
+Déplacez le répertoire vers le dossier désiré::
+
+  mv apache-maven chemin_ou_se_trouve_maven
+
+Reste là aussi à renseigner les variables d'environnements en éditant le fichier
+~/.bashrc et rajoutez à la fin les lignes suivantes::
+
+  M2_HOME=chemin_ou_se_trouve_maven
+  export M2_HOME
+  M2=$M2_HOME/bin
+  export M2
+  PATH=$PATH:$M2
+  export PATH
+
+Installation de NetBeans
+------------------------
+
+Téléchargez la dernière version de NetBeans Web & Java EE correspondante à votre
+Système d'exploitation (Plateform) sur http://www.netbeans.org.
+
+Pour Windows
+~~~~~~~~~~~~
+
+Exécutez le .exe téléchargé et installez le dans le répertoire désiré.
+
+Pour Linux
+~~~~~~~~~~
+
+Il faut l'exécuter et l'installer dans le répertoire désiré::
+
+  sh netbeans-<version>-javaee-linux.sh
+
+Configuration de NetBeans
+-------------------------
+
+Une fois NetBeans lancé, on va le configurer pour qu'il utilise le maven
+installé. Pour cela, allez dans le menu Tools > Options, dans l'onglet
+"Miscellaneous" cliquez sur l'onglet Maven. Renseignez le répertoire où Maven
+est installé (External Maven Home) et cochez l'option "Always use external Maven
+for building projects", confirmez.
+
+Importation d'un projet depuis un dépôt Subversion (SVN)
+--------------------------------------------------------
+
+Cliquez sur le menu Versionning > Subversion > Checkout, renseignez le
+Repository URL, par exemple, pour isis-fish en anonyme il faudra renseigner::
+
+  svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data
+
+Choisissez la version désirée et spécifiez où le projet va être installé.
+
+Débuggage du projet
+-------------------
+
+En règle général, le débuggage du projet est intéressant qu'à partir d'un
+certain moment dans l'exécution du projet. Pour sélectionner le moment à partir
+duquel on veut que le projet s'arrête pour nous laisser le temps d'observer les
+comportements et l'état du programme, il faut se rendre dans les sources à
+l'endroit approprié et double cliquer dans la marge de l'éditeur. La ligne
+devrait devenir rouge et un carré rouge devrait apparaitre. Cela signifie que le
+programme, lors de son exécution en mode debug va s'arrêter à ce point d'arrêt.
+On peut en ajouter autant que souhaité. Il suffit de cliquer sur l'icone "Debug
+Main Project" (ctrl F5) pour lancer l'exécution du programme en mode debug.

Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst	2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -1,3 +1,16 @@
+Version 1
+=========
+
+Cette version n'est plus maintenue depuis 2004
+
+Téléchargement
+--------------
+
+Cette version n'est plus disponible en téléchargement.
+
+Information sur les changement de cette version
+-----------------------------------------------
+
 ver-1-5RC2 (20040202)
   * bouton radio (spacialise/non spacialise) a la place de la case a coche
     matrice simple.

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -0,0 +1,218 @@
+Version 2
+=========
+
+Cette version n'est plus maintenue depuis 2006
+
+Documentation
+-------------
+
+`FAQ <users/FAQ.html>`_
+  Foire aux questions
+
+`Langage ECMAScript <users/ECMAScript.html>`_
+  Tutorial sur le langage ECMAScript
+
+`Editeur ECMAScript <users/ECMAScriptEditor.html>`_
+  Documentation sur l'utilisateur de l'éditeur de ISIS-Fish
+
+`Règles de gestion <users/Rules.html>`_
+  Documentation sur les règles de gestion et leur interface
+
+`Lanceur de simulations <users/SimulationLauncher.html>`_
+  Documentation sur l'interface de lancement de simulation
+
+`Documentation d'Hilaire <users/ScriptHilaire.html>`_
+  Document écrit et maintenu par Hilaire qui aide à la prise en main de tous les
+  aspects avancés d'ISIS-Fish
+
+Téléchargement
+--------------
+
+Cette version n'est plus disponible en téléchargement.
+
+Information sur les changement de cette version
+-----------------------------------------------
+
+ver-2.3.2 (20060727)
+  * correction de grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet qui ne tenait    pas compte du prix
+
+ver-2.3.1 (20060727)
+  * modification des equations economique qui contenait des erreurs
+
+ver-2.3.0 (20060623)
+  * passage en equation de `EspecesCapturables`
+
+ver-2.2.6 (20060605)
+  * sauvegarde des simulations directement dans un fichier compressé    sans passé par une représentation DOM pour une utilisation moindre    de la mémoire
+  * getMailleSecteur retourne une liste vide si la zone pour lequelle    on souhaite les mailles est null. Ca evite une Exception.
+  * ajout d'un log warning si un metier n'a pas de zone pour un mois    donné
+
+ver-2.2.5 (20060601)
+  * sauvegarde des simulations avant la sauvegarde des resultats (si la    sauvegarde des resultats echoue on conserve les parametres de lancement)
+  * matrix ajout d'un ascenseur horizontal, ajout d'un menu contextuel    (copier/coller, export/import cvs)
+  * correction bug introduit par l'optimisation (fishingMortality trop    souvent recupérée dans le cache, car par de discremination sur le metier)
+
+ver-2.2.4 (20060523)
+  * optimization de `HashMapMultiKey`, Matrix (checkPos, checkDim), `SiMatrice2`
+  * utilisation de LRUMapMultiKey a la place de `HashMapMultiKey`
+  * suppression de tous les caches autres que LRU
+  * correction memory leak dans les Optimisations (il provenait de la modification    du hashCode des `MultiKey` au cours du temps, les maps ne trouvaient plus les    objet a supprimer)
+  * ajout du support de la base de données h2
+
+ver-2.2.3 (20060512)
+  * correction mauvaise selection de mail pour les zones et les ports
+
+ver-2.2.2 (20060327)
+  * correction calcul de migration (N en 2D ou lieu de 1D passe en arg)
+
+ver-2.2.1 (20060320)
+  * ajout du parametre zone dans l'equation de mortalité
+
+ver-2.2.0 (20060315)
+  * mapping reproduction/recrutement avec un coefficient
+  * modif traduction de 'er mois' en '{0}er mois' idem pour 'ème mois'
+
+ver-2.1.1 (20060306)
+  * On force l'encoding des fichiers en ISO-8859-1 partout
+  * ajout de try{}catch lors du chargement des combo de formules, utile    lorsque la formule n'est pas correct (mauvais encodage)
+  * ajout de I18n pour le wizard
+
+ver-2.1.0 (20060303)
+  * Passage de la mortalite naturelle en equation
+  * Possibilite de definir les migrations en equation
+  * modification du modele pour supporter ces fonctionnalités
+
+ver-2.0.27 (20060302)
+  * correction d'optimisation pour `EffortPerStrMet` (bis)    (suppression des methodes non optimisees)    (autres petites corrections pour des manques de parametres d'opti)
+
+ver-2.0.26 (20060223)
+  * correction d'optimisation pour `EffortPerStrMet`
+  * support des \n pour les traductions
+
+ver-2.0.25 (20060124)
+  * ajout de chaine a traduire
+  * ajout du jar client R dans le all
+
+ver-2.0.24 (20051125)
+  * correction bug dans lancement simulation    pour plusieurs fois la meme regle avec param different
+
+ver-2.0.23 (20051123)
+  * ajout de mot a traduire (arbre de saisie)
+  * modification de la boucle matriceCatchRatePerStrategyMet    pour ne faire que les metiers de la strategie
+
+ver-2.0.22 (20051117)
+  * ajout pour chaque annee de simulation la memoire restant,    les stats du cache et les stats d'appels de methodes
+  * correction cache, il libere les references
+  * ajout d'un yield en fin de chaque methode d'optimisation    pour permettre au autre thread de travailler
+  * config de ShiftOne a 20000 objet par defaut
+
+ver-2.0.21 (20051115)
+  * suppression de l'optimisation pour certain calcul, il ne faisait pas    gagner de temps et il consommait de la mémoire pour rien.
+  * La fenêtre de log n'affiche plus que les 100 premières lignes de log    et les 200 dernières, cela évite de manger beaucoup de mémoire pour    les logs (la consomation semble etre stable dans les 200Mo)
+
+ver-2.0.20 (20051114)
+  * Inversion de la demande d'optimisation si false alors on la fait pas    plus sur que de detecter true
+  * ajout lors du demarrage de l'affichage des variables d'environnement    et des options de lancement.
+
+ver-2.0.19 (20051111)
+  * correction des optimisations, ajout de dependance sur date.getMois()    pour toutes les methodes qui utilisent un argument date
+  * amelioration de le liberation du cache
+
+ver-2.0.18 (20051107)
+  * correction des resultats pour que les captures en poids et nombre    se fasse avec les effectifs de au meme moment
+
+ver-2.0.17 (20051102)
+  * correction: La matrice créer pour le stockage des resultats n'etait pas    utilisée
+
+ver-2.0.16 (20051025)
+  * Ajout de l'option -DOptimization=[true|false] qui permet de desactiver    les optimisations totalement. (Permet de verifier que les optimisations    ne modifient pas les resultats)
+
+ver-2.0.15 (20051025)
+  * Toutes les matrices misent en résultat sont copiées.
+
+ver-2.0.14 (20051021)
+  * Correction probleme passage de matrice de changement d'age    de non spacialise a spacialise
+
+ver-2.0.13 (20051020)
+  * Correction probleme de dimension pour les pop en longueur dans la    matrice de changement d'age
+
+ver-2.0.12 (20051013)
+  * utilisation de la nouvelle implantation de matrice (val par defaut)    Si seulement 1/4 des elements de la matrice differe de la valeur par    defaut alors les performances sont meilleurs
+
+ver-2.0.11 (20051005)
+  * passage de toutes les matrices en float pour prendre 2 fois moins de    place
+  * amelioration de la liberation du cache de calcul
+  * ajout d'une condition pour les logs de `SiMatrice2`
+  * ajout de l'exception lors de log de probleme grave dans ifremerdb.xml
+
+ver-2.0.10 (20050923)
+  * ajout du cache Hard qui est le meme qu'avant
+  * suppression des l'anciennes stat des optimisations
+  * ajout du support de l'option -DCallAnalyze=[true|false]
+  * essai de non recalcule de Population.getMatriceZone
+  * tous les logs de `SiMatrice` & co en /*#...#*/
+  * modification du calcul de loopOver, on calcule sur les    metiers des `SetOfVessels` des Strategies
+
+ver-2.0.9 (20050915)
+  * ajout de 3 caches different pour l'optimisation des caculs    les caches sont selectionnable au lancement d'isis
+  * ajout de la possibilité de faire les boucles Str/Met que sur    les metiers de la strategie dans `SiMatrice`. Cette fontion    est selectionnable au lancement d'isis
+
+ver-2.0.8 (20050???)
+  * selection plus fine des elements selectionnable dans une combobox
+
+ver-2.0.7 (20050613)
+  * ajout dans le `LogMonitor` des `StackTraces`
+  * ajout d'une règle pour avoir les résultats économiques
+  * Amélioration des matrices Eco (ajout d'un nom à la matrice et au    dimension, traitement special si pas d'effort)
+  * Lors de la sauvegarde des resultats l'export n'est vraiment fait que    lorsqu'il y a au moins une méthode d'export selectionnée
+  * Ajout d'un cache pour le XMLEncoderDecoder
+  * On ne fait plus le Changement de classe si la `MetaPop` est en longueur
+
+ver-2.0.6 (20050603)
+  * correction bug#459, bug#460, mauvaise sauvegarde des correspondances    s'il n'y avait qu'une zone repro et une zone recru (mapping toujours    vide)
+  * ajout dans lutinutil de la method utilisé par le serveur de simulation    pour supprimer recursivement un repertoire
+  * ajout du numero de version de isis dans les logs au lancement
+
+ver-2.0.5 (20050525)
+  * correction du l'email d'envoi du bugreport pour le `LogMonitor`
+  * ajout dans la status bar de la fenetre de log, l'utilisation memoire et    une horloge
+  * correction pour les collections dans l'equation de reproduction
+  * correction du modele de données pour mettre des cardinalitées 0-1, la on    il faut (corrige le probleme de creation d'objet)
+  * correction de la boite de dialog a propos
+
+ver-2.0.4 (20050518)
+  * Utilisation de `SecteurSimpleFactory` pour l'affichage des Secteurs dans l'arbre
+  * Modification de l'évaluation de la reproduction, utilisation de la    méthode demandée par Stéphanie et Hilaire (comme la version qui avait    été intégrée dans l'ancienne version du simulateur)
+  * ajout d'une fenêtre montrant les logs directements dans l'application
+  * ajout de l'attribut mapfiles dans Region
+  * ajout support de l'utilisation de carte utilisateur (sur filesystem)
+  * si le script de pre-simulation n'est pas selectionné il n'est pas pris    en compte
+  * Message pour avertir que les données vont etre upgrade
+  * Arret du logiciel si les données sont trop recente pour la version    d'isis utilisé
+  * dans les equations de croissance ajout de la variable classe de type    `ClassePopulation`
+  * fermeture bug #444
+
+ver-2.0.3 (20050429)
+  * Remplacement pour `Strategie->StrategyMonthInfo->numberOfTrips` du spinner    par un JLabel car il n'est pas modifiable (calculé)
+  * Amélioration table de saisie du mapping repro->recru
+  * Amélioration de la recherche des dépendances entre objets lors d'une    suppression.
+  * fermeture bug #425, #434, #437, #438
+
+ver-2.0.2 (20050414)
+  * correction du bug de selection de maille sur la carte (fonctionne mais    pas pour les mailles tres petites)
+
+ver-2.0.1 (20050408)
+  * correction erreurs de simulation
+  * correction erreurs de representation des matrices dans le rendu des résultats
+  * permet de supprimer des métiers de `MetierEffortDescription` dans    `SetOfVessels`
+
+ver-2-RC1 (20040326)
+  * Secteur pour le nombre total de secteur retourne 1 et non 0, pour etre    coherent avec le getAllSecteur dans lequel il s'ajoute lui meme.
+  * ajout sur Metier des methodes getValeurParamControlableAsString et    getValeurParamControlableAsNumber
+  * modification de l'interface de Selectivite dans Engin, pour mettre une    modification plus simple des equations
+  * modification de toutes l'interface de lancement des simulations
+  * amelioration de l'interface de creation de script d'enchainement de    simulation. Si aucun editeur n'existe alors ne propose que les scripts
+  * dans le tableau de population les longueurs min et max sont affichées si    les classes sont en longueur
+  * correction d'une erreur lors de la creation de la matrice de changement    de classe pour une population en longueur n'ayant qu'un secteur de pop
+  * amelioration du fichier java web start pour permettre d'avoir l'aide    avec le javahelp
+  * amelioration du jar standalone pour avoir l'aide dedans
\ No newline at end of file

Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml	2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055)
+++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml	2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056)
@@ -40,17 +40,17 @@
         <item name="Exemples de scripts ISIS" href="documentation/scripts.html"/>
         <item name="Exemples de scripts R" href="documentation/scriptsR.html"/>
       </item>
-      <item name="Publications" href=""/>
-      <item name="Projets de recherche" href=""/>
-      <item name="Historique" href="">
-        <item name="Le projet" href=""/>
-        <item name="Journal des modifications" href=""/>
-        <item name="Version 1" href=""/>
-        <item name="Version 2" href=""/>
+      <item name="Publications" href="publications.html"/>
+      <item name="Projets de recherche" href="research.html"/>
+      <item name="Historique" href="history.html">
+        <item name="Le projet" href="history/history.html"/>
+        <item name="Journal des modifications" href="history/changelog.html"/>
+        <item name="Version 1" href="v1/changelog.html"/>
+        <item name="Version 2" href="v2/index.html"/>
       </item>
-      <item name="Autres utilitaires" href=""/>
-      <item name="License" href=""/>
-      <item name="Contact/Assistance" href=""/>
+      <item name="Autres utilitaires" href="othertools.html"/>
+      <item name="License" href="license.html"/>
+      <item name="Contact/Assistance" href="contact.html"/>
     </menu>
 
     <!--menu name="Survol">

    

[Isis-fish-commits] r3056 - in isis-fish/trunk/src/site: . rst rst/documentation rst/documentation/history rst/tools rst/v1 rst/v2

jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org