Bonjour Sarah Je ne suis pas sure d'avoir valider. Dans le doute, je te renvoie un mail et je te propose de se retrouver là : https://meet.jit.si/Point_ISIS-fish_divers <https://meet.jit.si/Point_ISIS-fish_divers> Bonne soirée Stephanie Le 02/07/2024 à 11:02, Sarah Bordage a écrit :
Bonjour Stéphanie,
Aucun soucis. Je suis disponible le 10/07 à 11h.
Bonne journée,
Sarah
On 02/07/2024 10:37, Stephanie MAHEVAS wrote:
Bonjour Sarah
je m'excuse pour mon manque de réactivité.
J'avais fait les simulations des tests en parallèle de la restitution d'un projet et j'avoue ne pas avoir tout bien analysé. Mon souvenir est qu'il y avait des différences entre les résultats mais que je n'ai pas pris le temps d'approfondir face aux autre urgences du moment.
Je veux bien que l'on se fixe une date pour reprendre ces résultats, histoire que je me bloque 2 heures dans mon agenda et que l'on echange à la suite.
Serais-tu disponible le 10/07 de 11h à 12h ?
merci
bonne journée
Stephanie
Le 28/06/2024 à 15:09, Sarah Bordage a écrit :
Bonjour Stéphanie et Sigrid,
Je reviens vers vous à propos de l'accélération des temps de calcul, sujet sur lequel nous avions échangé il y a quelques temps.
Avez-vous pu tester si avec la nouvelle version : 1) les temps de simulations étaient améliorés et, 2) les résultats obtenus étaient toujours corrects ?
Si besoin, la version de test est toujours disponible ici : https://forge.codelutin.com/attachments/download/8212/isis-fish-4.4.8.2-SNAP....
Très bon week-end,
Sarah
On 19/03/2024 14:50, Stephanie MAHEVAS wrote:
Bonjour Sarah
Merci. Pour info les simus ont tourné. Des que je trouve 5 minutes je fais les comparaisons anvciennes/nouvelles simu :)
a+
Stephnaie
Le 18/03/2024 à 11:17, Sarah Bordage a écrit :
Bonjour,
Merci Stéphanie pour ton retour, et désolée pour le bug sur tes simulations. Normalement c'est corrigé, je viens de mettre à jour la version de test 4.4.8.2 : https://forge.codelutin.com/attachments/download/8212/isis-fish-4.4.8.2-SNAP...
Bonne journée,
Sarah
On 14/03/2024 11:23, Stephanie MAHEVAS wrote:
Bonjour
j'ai testé hier la 4.4.8.2-optim et j'ai eu un souci des le lancement des anciennes simu. J'ai plein d'error qui apparaissent et les simus plantent à t=0
le debug, la region et les simu sont là : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=9370b5da-b66f-4ac2-91aa-18da1e1ba7cf
Stéphanie Le 05/03/2024 à 14:02, Sarah Bordage a écrit : > > Bonjour, > > Merci Sigrid pour ton retour. > > La version à tester est à disposition sur la forge : > https://forge.codelutin.com/attachments/8181 > (isis-fish-4.4.8.2-SNAPSHOT-optimisationmatrix) > > Belle journée, > > Sarah > > On 04/03/2024 13:52, Sigrid LEHUTA wrote: >> >> Bonjour Sarah, >> >> merci beaucoup pour cette proposition et ces explications très >> claires. Ca me parait très prometteur. Et en effet, je doute >> qu'une précision à 10^-15 soit nécessaire. Il faudra tout de >> même réfléchir aux grandeurs pour lesquelles cela pourrait >> l'être (Steph ? à première vue tant que l'effort est en >> jours/heures et les captures en kg (même ne tonnes), on ne >> devrait jamais avoir besoin de ce niveau de précision). Mais en >> effet ça se teste. >> >> Je serais volontaire pour essayer et cela tombe à pic car nous >> évaluons en ce moment la faisabilité d'une région très "grosse" >> pour voir jusqu'où il est raisonnable de pousser les >> développements. Cela pourra faire un bon test. >> >> Sigrid >> >> >> Le 04/03/2024 à 11:25, Sarah Bordage a écrit : >>> >>> Bonjour à toutes et tous, >>> >>> Suite aux retours de la dernière journée utilisateurs, nous >>> travaillons sur l'optimisation des temps de simulation sur >>> ISIS-Fish et nous avons un développement qui mériterait >>> validation. >>> >>> Nous somme partis d'une simulation de 12 mois sur Defipel pour >>> analyser les temps de calculs. Sur cette simulation test, il >>> s'est avéré que 80% du temps de calcul était dédié au calcul >>> de la matrice de mortalité par pêche par la méthode >>> 'SiMatrix.totalFishingMortality()'. Cette méthode prend un >>> tableau de (stratégie, métier, classe, zone) et retourne une >>> matrice de taille #classes x #zones, obtenue en faisant la >>> somme sur les stratégies et sur les métiers des données d'entrée. >>> >>> Avec Benjamin, nous avons amélioré l'algorithme en charge de >>> sommer un tableau le long d'un axe, ce qui a divisé par ~2.8 >>> le temps de calcul de la simulation test. >>> >>> Souhaiteriez-vous tester cette nouvelle version ? Nous >>> aimerions en particulier vérifier que les résultats sont >>> toujours les mêmes, à epsilon près. >>> >>> En effet, nous sommes ici sur un problème d'arithmétique sur >>> des nombres à virgules flottantes (en double précision dans le >>> cas d'ISIS). Pour rappel, les nombres flottants sont des >>> représentations de nombres réels, équivalentes à une notation >>> scientifique en base 2. Ces nombres ont un nombre limité de >>> chiffres significatifs (environ 16 sur des type "double"). Il >>> s'en suit qu'un nombre réel pour lequel il n'existe pas de >>> représentation à virgule flottante est approximé. Cette >>> approximation ne peut être égale à la valeur réelle qu'"à un >>> certain epsilon près". >>> >>> Lorsque des opérations arithmétiques sont effectuées sur des >>> flottants, des erreurs d'approximations peuvent s'accumuler. >>> De plus, contrairement au corps des réels, l'addition sur les >>> flottants n'est pas associative : (a + b) + c n'est pas >>> nécessairement égal à a + (b + c). Le nouvel algorithme >>> n'effectuant pas les additions dans les même ordre qu'avant, >>> et les résultats obtenus peuvent varier. >>> >>> Sur mes tests, la différence *relative* entre la précédente et >>> la nouvelle implantation sont de l'ordre de 10^(-15), ce qui >>> me semble acceptable, étant donnée la précision limitée des >>> flottants de type `double`. Il est impossible de dire que >>> l'une des deux implantations donne des résultats plus corrects >>> que l'autre, étant donnée la précision limitée des flottants >>> de type `double`. Cependant, je souhaiterais savoir si sur de >>> vraies simulations, les différences d'approximation sont >>> également raisonnables. >>> >>> Si certain(e)s sont intéressé(e)s pour tester ce >>> développement, nous mettrons à disposition une pré-release de >>> cette nouvelle version d'ISIS. >>> >>> En vous souhaitant une belle semaine, >>> >>> Sarah Bordage >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> Isis-fish-devel mailing list >>> Isis-fish-devel@list.isis-fish.org >>> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel >> -- >> Sigrid LEHUTA >> ~ ><> ~ >> Fisheries modeller >> IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) >> Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea >> Member of l'Association Française d'Halieutique >> >> IFREMER, Centre Atlantique >> Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 >> 44311 Nantes Cedex 03, France >> Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) >> >> https://halgo.ifremer.fr/en >> https://www.umr-decod.fr/en >> https://www.association-francaise-halieutique.fr/ >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-devel mailing list >> Isis-fish-devel@list.isis-fish.org >> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel > -- > Sarah Bordage > Code Lutin > > _______________________________________________ > Isis-fish-devel mailing list > Isis-fish-devel@list.isis-fish.org > https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/
Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33
o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel -- Sarah Bordage Code Lutin
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/
Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33
o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- Sarah Bordage Code Lutin
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/
Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33
o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- Sarah Bordage Code Lutin
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................