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r243 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Apr '15

30 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-30 14:01:59 +0000 (Thu, 30 Apr 2015) New Revision: 243 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/243 Log: Add 4.4 changes detail page Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-04-30 13:57:47 UTC (rev 242) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-04-30 14:01:59 UTC (rev 243) @@ -53,7 +53,10 @@ L’exécution de cette équation permet de modifier la matrice ``result`` avec les autres paramètres de l’équation. Elle est appelée **à chaque pas de temps**. -**Attention: la matrice** ``result`` **n'est pas vide.** Par défaut, elle contient déjà les données de recrutement tel qu'ISIS-Fish le cal par défautcule (voir `PopulationMonitor#getRecruitment <http://www.isis-fish.org/xref/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonit…>`_ pour plus d'infos). Cela signifie qu'elle contient donc des données cohérentes même si l’équation de recrutement est vide. +**Attention: la matrice** ``result`` **n'est pas vide.** Par défaut, elle contient déjà les données +de recrutement tel qu'ISIS-Fish le calcule par défaut (voir +`PopulationMonitor#getRecruitment <http://www.isis-fish.org/xref/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonit…>`_ +pour plus d'infos). Cela signifie qu'elle contient donc des données cohérentes même si l’équation de recrutement est vide. Détail des paramètres ##################### @@ -63,12 +66,16 @@ pop: `Population <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/entities/Popula…>`_ population reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ - Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient les données certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction, cette map contient un `ReproductionData <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ + Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient les données + certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, + et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction, + cette map contient un `ReproductionData <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ result: `MatrixND <http://nuiton-matrix.nuiton.org/v/latest/nuiton-matrix/apidocs/index.html?o…>`_ La matrice de résultat à modifier -Exemple pour : reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_): -Si la période de reproduction s'étale de Janvier à Mars et le delta entre la période de reproduction et de recrutement de 8 moins, la ``Map`` ``reproductions`` contient respectivement: +*Exemple pour reproductions*: +Si la période de reproduction s'étale de Janvier à Mars et le delta entre la période de reproduction +et de recrutement de 8 moins, la ``Map`` ``reproductions`` contiendra respectivement: - en septembre: @@ -86,7 +93,10 @@ Dans le simulateur ################## -L’équation de recrutement est appelée depuis le simulateur (`DefaultSimulator <http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data/repository/entry/trunk/s…>`_). Vous pouvez donc vérifier le moment auquel elle est appelée pendant l’exécution de la simulation. En particulier, elle est appelée **après** les migrations de populations. +L’équation de recrutement est appelée depuis le simulateur +(`DefaultSimulator <http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data/repository/entry/trunk/s…>`_). +Vous pouvez donc vérifier le moment auquel elle est appelée pendant l’exécution de la simulation. +En particulier, elle est appelée **après** les migrations de populations. Et beaucoup d'autre bugs...

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r242 - in trunk/src/site: . rst rst/v4/user/changes
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Apr '15

30 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-30 13:57:47 +0000 (Thu, 30 Apr 2015) New Revision: 242 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/242 Log: Add 4.4 changes detail page Added: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/index.rst trunk/src/site/site_fr.xml Modified: trunk/src/site/rst/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/index.rst 2015-04-30 13:18:04 UTC (rev 241) +++ trunk/src/site/rst/index.rst 2015-04-30 13:57:47 UTC (rev 242) @@ -53,7 +53,7 @@ serveur - Possibilité de publier une région sur un serveur -Developpement +Développement ------------- Ce projet est un projet initié à la demande de l'Ifremer et financé par Copied: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst (from rev 227, trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-04-30 13:57:47 UTC (rev 242) @@ -0,0 +1,96 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2011 - 2015 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Changements v 4.4 +================= + +Cette page détaille les changements majeurs introduits dans la version 4.4. + +.. contents:: + +Recrutement +----------- + +Avant, la version 4.4, il n'était pas possible de contrôler la façon dont le +recrutement se faisait. + +La version 4.4 ajoute une nouvelle équation de recrutement, dans l'onglet recrutement d'une population +permettant de redéfinir la façon dont le recrutement peut s'effectuer. + + +La signature complète de cette équation est la suivante: + +.. class:: java + +:: + + public double compute(SimulationContext context, TimeStep step, + Population pop, ReproductionDataMap reproductions, MatrixND result) throws Exception { + + } + +L’exécution de cette équation permet de modifier la matrice ``result`` avec les autres paramètres de l’équation. Elle est appelée **à chaque pas de temps**. + +**Attention: la matrice** ``result`` **n'est pas vide.** Par défaut, elle contient déjà les données de recrutement tel qu'ISIS-Fish le cal par défautcule (voir `PopulationMonitor#getRecruitment <http://www.isis-fish.org/xref/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonit…>`_ pour plus d'infos). Cela signifie qu'elle contient donc des données cohérentes même si l’équation de recrutement est vide. + +Détail des paramètres +##################### + +context: `SimulationContext <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/simulator/Simul…>`_ + Context de simulation +pop: `Population <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/entities/Popula…>`_ + population +reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ + Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient les données certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction, cette map contient un `ReproductionData <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ +result: `MatrixND <http://nuiton-matrix.nuiton.org/v/latest/nuiton-matrix/apidocs/index.html?o…>`_ + La matrice de résultat à modifier + +Exemple pour : reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_): +Si la période de reproduction s'étale de Janvier à Mars et le delta entre la période de reproduction et de recrutement de 8 moins, la ``Map`` ``reproductions`` contient respectivement: + +- en septembre: + + * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier) +- en novembre: + + * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier) + * février : ReproductionData (avec reproduction en février) +- en décembre: + + * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier) + * février : ReproductionData (avec reproduction en février) + * mars : ReproductionData (avec reproduction en mars) + +Dans le simulateur +################## + +L’équation de recrutement est appelée depuis le simulateur (`DefaultSimulator <http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data/repository/entry/trunk/s…>`_). Vous pouvez donc vérifier le moment auquel elle est appelée pendant l’exécution de la simulation. En particulier, elle est appelée **après** les migrations de populations. + + +Et beaucoup d'autre bugs... +--------------------------- + +De nombreux autre bugs ont été corrigés. Plus de détail sur cette page : +http://forge.codelutin.com/projects/versions/645. Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-30 13:18:04 UTC (rev 241) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-30 13:57:47 UTC (rev 242) @@ -74,6 +74,7 @@ <menu name="ISIS-Fish Documentation"> <item name="Documentation" href="v4/index.html" /> <item name="Installation" href="v4/user/installation.html"/> + <item name="Changements 4.4" href="v4/user/changes/changements44.html"/> <item name="Manuel utilisateur" href="v4/user/usermanual.html" collapse="true"> <item name="Introduction" href="v4/user/usermanual/introduction.html"/> <item name="Interface utilisateur" href="v4/user/usermanual/GUI.html">

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r241 - trunk/src/site/resources/js
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Apr '15

30 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-30 13:18:04 +0000 (Thu, 30 Apr 2015) New Revision: 241 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/241 Log: Fix js apply hljs style Modified: trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js Modified: trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js =================================================================== --- trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-30 13:14:00 UTC (rev 240) +++ trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-30 13:18:04 UTC (rev 241) @@ -97,10 +97,8 @@ } function hlJava() { - $(document).ready(function() { - $('pre code').each(function(i, block) { - hljs.highlightBlock(block); - }); + $('.java').each(function(i, block) { + hljs.highlightBlock(block); }); }

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r240 - trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Apr '15

30 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-30 13:14:00 +0000 (Thu, 30 Apr 2015) New Revision: 240 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/240 Log: Oppan java style Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst 2015-04-29 16:10:35 UTC (rev 239) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst 2015-04-30 13:14:00 UTC (rev 240) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -45,8 +45,12 @@ Voici un exemple "pas à pas" pour le cas ou l'on voudrait modifier l'equation de mortalité naturelle dans un plan d'analyse par exemple. On veut remplacer provisoirement la valeur de la base par une autre. On crée un objet String -rempli avec l'autre valeur par exemple:: +rempli avec l'autre valeur par exemple +.. class:: java + +:: + String mortalitenaturelle = "if (groupe.getId() == 0) return 1.5; else return 0.2;" Se poser la question : "Dans la base de donnée où se trouve la mortalité naturelle ?" @@ -99,8 +103,12 @@ setNaturalDeathRate() parait être ce qu'on veut faire... mais la méthode setNaturalDeathRate prend en argument une equation, on ne peut -donc pas faire:: +donc pas faire +.. class:: java + +:: + pop.setNaturalDeathRate(mortalitenaturelle); puisque mortalitenaturelle n'est pas une equation mais un string. @@ -115,12 +123,20 @@ méthode .setContent(String ) qui prend en argument un string. Ca veut dire que si on a une equation, on peut lui changer sa valeur en utilisant cette methode avec un string en argument. -L'equation dont on veut changer la valeur on sait la récupérer:: +L'equation dont on veut changer la valeur on sait la récupérer +.. class:: java + +:: + Equation eqMortalite = pop.getNaturalDeathRate(); -L'objet eqMortalite est un objet equation:: +L'objet eqMortalite est un objet equation +.. class:: java + +:: + eqMortalite.setContent(mortalitenaturelle); et là on a le droit vu que mortalitenaturelle est un string et que la méthode @@ -128,8 +144,12 @@ et voilà c'est fait ! -remarque : on pourrait le faire en 1 ligne:: +remarque : on pourrait le faire en 1 ligne +.. class:: java + +:: + pop.getNaturalDeathRate().setContent(mortalitenaturelle); .. _Modele ISIS-Fish: ../isisFishModel.html

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r239 - trunk/src/site/resources/js
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 29 Apr '15

29 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-29 16:10:35 +0000 (Wed, 29 Apr 2015) New Revision: 239 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/239 Log: Fix js Modified: trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js Modified: trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js =================================================================== --- trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) +++ trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-29 16:10:35 UTC (rev 239) @@ -23,7 +23,7 @@ * #L% */ -function piwik(piwikEnabled) { +function piwik(metas) { var piwikEnabled = metas.attr('piwikEnabled'); if (piwikEnabled) { //Piwik Tracking Code

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r238 - in trunk: . src/site src/site/resources/js src/site/rst/v4 src/site/rst/v4/user src/site/rst/v4/user/changes
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 29 Apr '15

29 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-29 16:06:24 +0000 (Wed, 29 Apr 2015) New Revision: 238 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/238 Log: Use jrst snapshot and highlightjs to format java code Added: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst Removed: trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst Modified: trunk/pom.xml trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js trunk/src/site/rst/v4/index.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/pom.xml 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -138,7 +138,7 @@ <maven.jar.main.class>fr.ifremer.isisfish.IsisFish</maven.jar.main.class> <license.licenseName>gpl_v3</license.licenseName> <license.organizationName>Ifremer, Codelutin</license.organizationName> - + <jrstPluginVersion>2.2-SNAPSHOT</jrstPluginVersion> <siteDeployClassifier/> </properties> Modified: trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js =================================================================== --- trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -22,10 +22,8 @@ * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. * #L% */ -$(function () { - var metas = $('#projectMetas'); - +function piwik(piwikEnabled) { var piwikEnabled = metas.attr('piwikEnabled'); if (piwikEnabled) { //Piwik Tracking Code @@ -48,7 +46,9 @@ }); //Piwik Tracking Code } +} +function scmWebEditor(metas) { var scmwebeditorenabled = metas.attr('scmwebeditorenabled'); var scm = metas.attr('scm'); if (scmwebeditorenabled && scm.indexOf("/trunk") > -1) { @@ -94,4 +94,22 @@ var ul2 = $('#navcolumn'); ul2.append(html2); } +} + +function hlJava() { + $(document).ready(function() { + $('pre code').each(function(i, block) { + hljs.highlightBlock(block); + }); + }); +} + +$(function () { + + var metas = $('#projectMetas'); + piwik(metas); + scmWebEditor(metas); + + hlJava(); + }); Modified: trunk/src/site/rst/v4/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -32,6 +32,7 @@ * `Manuel utilisateur`_ * `Changements version 4.0`_ * `Migration 3.x vers 4.0`_ +* `Changements version 4.4`_ * `Tutoriaux`_ * `Manuel développeur`_ * `Documentation des APIs`_ @@ -48,6 +49,7 @@ .. _Documentation des APIs: user/API.html .. _Exemples de scripts ISIS: user/scripts.html .. _Exemples de scripts R: user/scriptsR.html -.. _Changements version 4.0: user/changements40.html -.. _Migration 3.x vers 4.0: user/migrationv3v4.html +.. _Changements version 4.0: user/changes/changements40.html +.. _Migration 3.x vers 4.0: user/changes/migrationv3v4.html +.. _Changements version 4.4: user/changes/changements44.html .. _Note aux utilisateurs de CAPARMOR: user/tutorials/utilCaparmor.html Deleted: trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -1,83 +0,0 @@ -.. - -.. * #%L -.. * IsisFish -.. * -.. * $Id$ -.. * $HeadURL$ -.. * %% -.. * Copyright (C) 2011 - 2014 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric -.. * %% -.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify -.. * it under the terms of the GNU General Public License as -.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the -.. * License, or (at your option) any later version. -.. * -.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, -.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -.. * GNU General Public License for more details. -.. * -.. * You should have received a copy of the GNU General Public -.. * License along with this program. If not, see -.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. -.. * #L% -.. - - -Changements v 4.0 -================= - -Cette page détaille les changements majeurs introduits dans la version 4.0. - -.. contents:: - -Nouvelles equations -------------------- - -De nouvelles equations font leur apparition dans les regions: - - * Ogive de maturité (sur les populations, remplace le groupe de maturite de la V3) - * Taux de reproduction (sur les population, remplace le taux de reproduction des groupes) - * Capturabilité (permet de remplir la matrice de capturabilité à partir d'une equation) - -Group screening ---------------- - -Le group screening a été ajouter pour permettre de faire evoluer un groupe -de facteur suivant les mêmes modalités. -Plus de détail sur le groupe screening sur `cette page <user/groupscreening.html>`_. - -Facteurs --------- - -La mise à facteur des parametres de regions a également et améliorée et completée. -Il est maintenant possible : - - * de mettre en facteur les règles - * de mettre en facteur les parametres de règles - * de définir une equation en facteur discret (impossible en V3) - * de mettre en facteur les populations de départ - -VCS Communauté --------------- - -A coté du VCS Officiel, apparait un nouveau dépôt de scripts le "VCS Communauté". - -Ce dépôt contiendra les scripts commité par utilisateurs et même commité par -certains utilisateurs sur ce dépôt. Les utilisateurs authentifiés pourrons -commiter les scripts qu'ils jugerons satisfaisants et les autres utilisateurs -pourrons récuperer ces scripts ce qui facilitera leur diffusion. - -Renommage des scripts ---------------------- - -Certains objects on été renommé pour apporter plus de clarté: - - * Date a été renommé en TimeStep (a cause de l'object java : java.util.Date) - * AnalysePlan a été renommé en SimulationPlan (pour distinguer des analyses de sensibilité) - * SensitivityCalculator a été renommé en SensitivityAnalysis - -Et beaucoup d'autre bugs... ---------------------------- - -De nombreux autre bugs ont été corrigés. Plus de détail sur cette page : -http://forge.codelutin.com/projects/versions/85. Copied: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst (from rev 227, trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -0,0 +1,83 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2011 - 2015 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Changements v 4.0 +================= + +Cette page détaille les changements majeurs introduits dans la version 4.0. + +.. contents:: + +Nouvelles equations +------------------- + +De nouvelles equations font leur apparition dans les regions: + + * Ogive de maturité (sur les populations, remplace le groupe de maturite de la V3) + * Taux de reproduction (sur les population, remplace le taux de reproduction des groupes) + * Capturabilité (permet de remplir la matrice de capturabilité à partir d'une equation) + +Group screening +--------------- + +Le group screening a été ajouter pour permettre de faire evoluer un groupe +de facteur suivant les mêmes modalités. +Plus de détail sur le groupe screening sur `cette page <user/groupscreening.html>`_. + +Facteurs +-------- + +La mise à facteur des parametres de regions a également et améliorée et completée. +Il est maintenant possible : + + * de mettre en facteur les règles + * de mettre en facteur les parametres de règles + * de définir une equation en facteur discret (impossible en V3) + * de mettre en facteur les populations de départ + +VCS Communauté +-------------- + +A coté du VCS Officiel, apparait un nouveau dépôt de scripts le "VCS Communauté". + +Ce dépôt contiendra les scripts commité par utilisateurs et même commité par +certains utilisateurs sur ce dépôt. Les utilisateurs authentifiés pourrons +commiter les scripts qu'ils jugerons satisfaisants et les autres utilisateurs +pourrons récuperer ces scripts ce qui facilitera leur diffusion. + +Renommage des scripts +--------------------- + +Certains objects on été renommé pour apporter plus de clarté: + + * Date a été renommé en TimeStep (a cause de l'object java : java.util.Date) + * AnalysePlan a été renommé en SimulationPlan (pour distinguer des analyses de sensibilité) + * SensitivityCalculator a été renommé en SensitivityAnalysis + +Et beaucoup d'autre bugs... +--------------------------- + +De nombreux autre bugs ont été corrigés. Plus de détail sur cette page : +http://forge.codelutin.com/projects/versions/85. Copied: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst (from rev 227, trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -0,0 +1,133 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id: index.rst 3124 2010-11-29 18:14:09Z chatellier $ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2011 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Migration 3.x vers 4.0 +====================== + +Le changement de version d'IsisFish directement vers la version 4 a été +conditionné par des modifications importantes du modèle de données ne pouvant +être automatisé et nécéssitant une intervention de l'utilisateur pendant +ou après la migration. + +Changements +----------- + +Liste des changements majeurs: + +Renommage de Date en TimeStep + L'object Date interne a IsisFish faisant conflit avec un autre object Date + disponible en Java, celui ci a été renommé en TimeStep. Hormis le renommage, + il contient les mêmes informations et s'utilise de la même façon. + +Renommage de AnalyzePlan en SimulationPlan + Pour mieux distinguer les plans d'analyses des plans d'analyse de sensibilité + les Plan d'analyse ont été renommés en plan de simulation. Les SensitivityCalulator + ont été renommé en SensitivityAnalysis. + +Suppression du groupe de maturité + Le groupe de maturité (définit sur une population parmit les groupes) a été + supprimé et remplacé par une nouvelle equation "Ogive de maturité". + +Suppresion du champ taux de reproduction + Le champ taux de reproduction d'un groupe de population a été supprimé et + est devenu une equation disponible sur la population. + + +Migration de base de données +---------------------------- + +Pour migrer les regions d'une version 3 à une version 4, il faut les exporter +dans la version 3 et les réimporter dans la version 4 (les versions 3 et 4 +peuvent être lancées en même temps). + +Lors de l'import, une migration de base de données vous sera demandé. + +.. image:: ../migrationdb.png + +Si, lors de cette migration, des equations ne compile plus, l'assistant demandera +la correction du contenu de l'equation. + +Exemple avec l'utilisation de ``Date`` qui doit être modifié en ``TimeStep``: + +.. image:: ../migrationequation.png + + +Migration des scripts (compilation) +----------------------------------- + +Les scripts personnalisé présent dans le dossier ``$HOME/isis-database-3`` doivent +être déplacé dans le dossier ``$HOME/isis-fish-4/isis-community-database``. + +Après avoir relancé IsisFish, dans l'onglet script, deux dépots de scripts sont +disponibles. Les scripts tout juste copié devraient apparaitre dans le dépôts +"VCS Communauté". + +Il est ensuite possible de compiler tout les scripts pour vérifier ceux qui +ne compilerait plus dans la nouvelle version d'IsisFish. +Pour cela utiliser la fonction "Verifier tous les scripts" disponible dans le +menu "code". + +Les erreurs qui sont suceptibles de se produire sont: + +cannot find symbol symbol : class Date + Peut etre corrigé en remplacant ``Date`` par ``TimeStep`` + +cannot find symbol symbol: class AnalyzePlanIndependent + Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlanIndependent par SimulationPlanIndependent + +cannot find symbol symbol: class AnalyzePlan + Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlan par SimulationPlan + +warning: [deprecation] getMonth() in java.util.Date has been deprecated + Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep + +cannot find symbol symbol : method next() + Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep + +cannot find symbol symbol : method setReproductionRate(double) + Cette méthod n'existe plus car ReproductionRate est maintenant une equation + de la population + +cannot find symbol symbol : method setMaturityGroup(PopulationGroup) + Cette méthod n'existe plus car le groupe de maturité a été remplacé par + l'equation d'Ogive de maturité + +**Attention à également changer la déclaration du package "package analyzeplan;" +ou "package sensitivitycalculator;" pour les plans de simulation et d'analyse +de sensibilité car cela ne cause pas d'erreur de compilation.** + +Migration des règles (paramètres) +--------------------------------- + +Si certaines regles manipulaient auparevent les parametres "groupe de maturite" +ou "taux de reproduction", il faut maintenant prendre en compte que ces +parametres sont maintenant devenus des équations situées sur la population et +non plus sur les groupes. + +Il est toujours possible de récupérer la valeur pour un groupe : +group.getMaturityOgive(); + +Par contre pour modifier une valeur, il faut utiliser la population : +pop.setMaturityOgiveEquation(equation); Deleted: trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -1,133 +0,0 @@ -.. - -.. * #%L -.. * IsisFish -.. * -.. * $Id: index.rst 3124 2010-11-29 18:14:09Z chatellier $ -.. * $HeadURL$ -.. * %% -.. * Copyright (C) 2011 - 2014 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric -.. * %% -.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify -.. * it under the terms of the GNU General Public License as -.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the -.. * License, or (at your option) any later version. -.. * -.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, -.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -.. * GNU General Public License for more details. -.. * -.. * You should have received a copy of the GNU General Public -.. * License along with this program. If not, see -.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. -.. * #L% -.. - - -Migration 3.x vers 4.0 -====================== - -Le changement de version d'IsisFish directement vers la version 4 a été -conditionné par des modifications importantes du modèle de données ne pouvant -être automatisé et nécéssitant une intervention de l'utilisateur pendant -ou après la migration. - -Changements ------------ - -Liste des changements majeurs: - -Renommage de Date en TimeStep - L'object Date interne a IsisFish faisant conflit avec un autre object Date - disponible en Java, celui ci a été renommé en TimeStep. Hormis le renommage, - il contient les mêmes informations et s'utilise de la même façon. - -Renommage de AnalyzePlan en SimulationPlan - Pour mieux distinguer les plans d'analyses des plans d'analyse de sensibilité - les Plan d'analyse ont été renommés en plan de simulation. Les SensitivityCalulator - ont été renommé en SensitivityAnalysis. - -Suppression du groupe de maturité - Le groupe de maturité (définit sur une population parmit les groupes) a été - supprimé et remplacé par une nouvelle equation "Ogive de maturité". - -Suppresion du champ taux de reproduction - Le champ taux de reproduction d'un groupe de population a été supprimé et - est devenu une equation disponible sur la population. - - -Migration de base de données ----------------------------- - -Pour migrer les regions d'une version 3 à une version 4, il faut les exporter -dans la version 3 et les réimporter dans la version 4 (les versions 3 et 4 -peuvent être lancées en même temps). - -Lors de l'import, une migration de base de données vous sera demandé. - -.. image:: ../migrationdb.png - -Si, lors de cette migration, des equations ne compile plus, l'assistant demandera -la correction du contenu de l'equation. - -Exemple avec l'utilisation de ``Date`` qui doit être modifié en ``TimeStep``: - -.. image:: ../migrationequation.png - - -Migration des scripts (compilation) ------------------------------------ - -Les scripts personnalisé présent dans le dossier ``$HOME/isis-database-3`` doivent -être déplacé dans le dossier ``$HOME/isis-fish-4/isis-community-database``. - -Après avoir relancé IsisFish, dans l'onglet script, deux dépots de scripts sont -disponibles. Les scripts tout juste copié devraient apparaitre dans le dépôts -"VCS Communauté". - -Il est ensuite possible de compiler tout les scripts pour vérifier ceux qui -ne compilerait plus dans la nouvelle version d'IsisFish. -Pour cela utiliser la fonction "Verifier tous les scripts" disponible dans le -menu "code". - -Les erreurs qui sont suceptibles de se produire sont: - -cannot find symbol symbol : class Date - Peut etre corrigé en remplacant ``Date`` par ``TimeStep`` - -cannot find symbol symbol: class AnalyzePlanIndependent - Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlanIndependent par SimulationPlanIndependent - -cannot find symbol symbol: class AnalyzePlan - Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlan par SimulationPlan - -warning: [deprecation] getMonth() in java.util.Date has been deprecated - Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep - -cannot find symbol symbol : method next() - Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep - -cannot find symbol symbol : method setReproductionRate(double) - Cette méthod n'existe plus car ReproductionRate est maintenant une equation - de la population - -cannot find symbol symbol : method setMaturityGroup(PopulationGroup) - Cette méthod n'existe plus car le groupe de maturité a été remplacé par - l'equation d'Ogive de maturité - -**Attention à également changer la déclaration du package "package analyzeplan;" -ou "package sensitivitycalculator;" pour les plans de simulation et d'analyse -de sensibilité car cela ne cause pas d'erreur de compilation.** - -Migration des règles (paramètres) ---------------------------------- - -Si certaines regles manipulaient auparevent les parametres "groupe de maturite" -ou "taux de reproduction", il faut maintenant prendre en compte que ces -parametres sont maintenant devenus des équations situées sur la population et -non plus sur les groupes. - -Il est toujours possible de récupérer la valeur pour un groupe : -group.getMaturityOgive(); - -Par contre pour modifier une valeur, il faut utiliser la population : -pop.setMaturityOgiveEquation(equation); Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -68,7 +68,9 @@ </menu> <footer> - <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.2.min.js"></script> + <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.3.min.js"></script> + <link rel="stylesheet" href="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/styles/default.min.c…" /> + <script src="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/highlight.min.js"></script> <script type="text/javascript" src="/js/maven-isisfish.js"></script> <div id='projectMetas' projectversion='${project.version}' Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -117,7 +117,9 @@ </menu> <footer> - <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.2.min.js"></script> + <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.3.min.js"></script> + <link rel="stylesheet" href="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/styles/default.min.c…" /> + <script src="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/highlight.min.js"></script> <script type="text/javascript" src="/js/maven-isisfish.js"></script> <div id='projectMetas' projectversion='${project.version}'

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r237 - in trunk/src/site: en/rst rst rst/v4/user/usermanual
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 28 Apr '15

28 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-28 14:07:49 +0000 (Tue, 28 Apr 2015) New Revision: 237 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/237 Log: Fix misc Removed: trunk/src/site/en/rst/v3/ Modified: trunk/src/site/rst/license.rst trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/introduction.rst Modified: trunk/src/site/rst/license.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/license.rst 2015-04-24 14:49:54 UTC (rev 236) +++ trunk/src/site/rst/license.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2014 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/introduction.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/introduction.rst 2015-04-24 14:49:54 UTC (rev 236) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/introduction.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -93,15 +93,15 @@ Bon à savoir avant de se lancer... ---------------------------------- - * Malgré l'attention qui a été portée à la convivialité et à l'intuitivité du logiciel supportant le modèle, ISIS-Fish reste avant tout un modèle. A ce titre la lecture et la compréhension des équations et des hypothèses sous-jacentes est un préalable obligatoire à la paramétrisation. N'hésitez pas à demander des clarifications à leur sujet par le biais de la mailing-list en cas de besoin. +* Malgré l'attention qui a été portée à la convivialité et à l'intuitivité du logiciel supportant le modèle, ISIS-Fish reste avant tout un modèle. A ce titre la lecture et la compréhension des équations et des hypothèses sous-jacentes est un préalable obligatoire à la paramétrisation. N'hésitez pas à demander des clarifications à leur sujet par le biais de la mailing-list en cas de besoin. - * La saisie d'un certain nombre de paramètres d'ISIS-Fish, ainsi que la création de règles de gestion et plans d'analyse nécessitent la connaissance du language JAVA. Nous pensons que des connaissances de base de ce language sont nécessaires à la bonne utilisation du logiciel. Des tutoriaux pour les plans d'expériences sont disponibles sur ce site ainsi qu'un lien vers les tutoriaux JAVA. +* La saisie d'un certain nombre de paramètres d'ISIS-Fish, ainsi que la création de règles de gestion et plans d'analyse nécessitent la connaissance du language JAVA. Nous pensons que des connaissances de base de ce language sont nécessaires à la bonne utilisation du logiciel. Des tutoriaux pour les plans d'expériences sont disponibles sur ce site ainsi qu'un lien vers les tutoriaux JAVA. - * Les méthodes liées aux différents objets d'ISIS-Fish sont documentées dans les API JAVA et les API ISIS-Fish pour les objets spécifiques à ISIS. La maitrise de l'utilisation de ces pages est nécessaire pour l'utilisation du logiciel. +* Les méthodes liées aux différents objets d'ISIS-Fish sont documentées dans les API JAVA et les API ISIS-Fish pour les objets spécifiques à ISIS. La maitrise de l'utilisation de ces pages est nécessaire pour l'utilisation du logiciel. - * ISIS-Fish est un outil collaboratif, nous vous invitons donc à échanger par le biais du wiki et des mailing-lists, vos questions, reflexions et scripts au bénéfice de tous les utilisateurs. +* ISIS-Fish est un outil collaboratif, nous vous invitons donc à échanger par le biais du wiki et des mailing-lists, vos questions, reflexions et scripts au bénéfice de tous les utilisateurs. - * Enfin, nous mettons en garde les futurs utilisateurs qu'au vu des points mentionnés plus hauts et de la complexité du modèle ISIS-Fish, la paramétrisation est une étape nécessitant un temps important qui ne doit pas être sous-estimé. +* Enfin, nous mettons en garde les futurs utilisateurs qu'au vu des points mentionnés plus hauts et de la complexité du modèle ISIS-Fish, la paramétrisation est une étape nécessitant un temps important qui ne doit pas être sous-estimé. Description du modèle ---------------------

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r236 - in trunk/src/site/rst: . v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 24 Apr '15

24 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-24 14:49:54 +0000 (Fri, 24 Apr 2015) New Revision: 236 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/236 Log: Resize images and add link Modified: trunk/src/site/rst/news.rst trunk/src/site/rst/v4/user/isisFishModel.rst Modified: trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/news.rst 2015-04-24 14:36:43 UTC (rev 235) +++ trunk/src/site/rst/news.rst 2015-04-24 14:49:54 UTC (rev 236) @@ -26,12 +26,16 @@ ========================================= Les évènements autour du projet ISIS-Fish ========================================= + 2015 ---- - *13 mars 2015* : **Journée du Pole de Calcul Intensif pour la Mer**, Brest, `PCIM`_ - *29-30 janvier 2015* : **Formation modélisation de dynamique de pêcherie et analyse de sensibilité, M2 REA Agrocampus-Ouest** -.. image:: images/Agro.JPG + .. image:: images/Agro.JPG + :height: 290px + :width: 389px + :target: images/Agro.JPG 2014 ---- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/isisFishModel.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/isisFishModel.rst 2015-04-24 14:36:43 UTC (rev 235) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/isisFishModel.rst 2015-04-24 14:49:54 UTC (rev 236) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2014 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Eric Chatellier .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -25,6 +25,6 @@ Le modèle de données ==================== -(clic droit > afficher pour agrandir) .. image:: ../../images/IsisFishModel.png + :target: ../../images/IsisFishModel.png

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r235 - trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 24 Apr '15

24 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-24 14:36:43 +0000 (Fri, 24 Apr 2015) New Revision: 235 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/235 Log: Readd deleted image Added: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/modelesFr.jpg Added: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/modelesFr.jpg =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/modelesFr.jpg ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + image/jpeg

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r234 - in trunk/src: . main main/resources site site/resources/downloads site/resources/v4/user/usermanual site/rst site/rst/v4 site/rst/v4/devel site/rst/v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 24 Apr '15

24 Apr '15

Author: echatellier Date: 2015-04-24 14:26:49 +0000 (Fri, 24 Apr 2015) New Revision: 234 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/234 Log: Update site Added: trunk/src/main/ trunk/src/main/resources/ trunk/src/main/resources/architecture.odg trunk/src/main/resources/architecture.png trunk/src/site/resources/downloads/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip Removed: trunk/src/site/rst/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/mainWindow.png trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst trunk/src/site/rst/v4/index.rst trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Added: trunk/src/main/resources/architecture.odg =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/main/resources/architecture.odg ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/vnd.oasis.opendocument.graphics Added: trunk/src/main/resources/architecture.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/main/resources/architecture.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + image/png Copied: trunk/src/site/resources/downloads/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip (from rev 227, trunk/src/site/rst/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip) =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/mainWindow.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/rst/RegionGolfeGascognePelagique300710.zip =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/architecture.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -34,59 +34,68 @@ - Le moteur de simulation +Les données et leurs persistences +--------------------------------- + .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modules.png Le domaine est d'abord décrit (modélisé) en UML. A partir de cette modélisation un générateur de code est utilisé pour la création de toutes -les classes représentant le métier. Seul les méthodes métiers ne sont pas -généré, elles sont alors écrites en héritant des classes générées. Dans -Isis-FISH le code des méthodes représente 15% du code des classes métiers et -des classes de persistence. +les classes représentant le métier. Seules les méthodes métiers ne sont pas +générées, elles sont alors écrites en héritant des classes générées. Dans +ISIS-Fish le code des méthodes représente 15% du code des classes métiers et +des classes de persistance. .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-legend.png .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modelisation.png -La persistence s'appuie sur ToPIA qui permet d'abstraire l'application des -librairie de persistence choisie. Actuellement nous utilisons Hibernate -comme OMR et H2 comme base de données embarquée. +La persistance s'appuie sur ToPIA qui permet d'abstraire l'application des +librairie de persistance choisie. Actuellement nous utilisons +`Hibernate <http://hibernate.org/orm/>`_ comme OMR et +`H2 <http://www.h2database.com/>`_ comme base de données embarquée. Des librairies ont été écrites pour la gestion des fichiers textes tel que les scripts. Toutes les données peuvent être synchronisées avec un serveur (Région, Simulation, Script) pour cela nous utilisons une librairie SVN -Java. +Java (`svnkit <http://svnkit.com/>`_). .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-persistence.png -Les intefaces utilisateurs s'appuie sur la librairie Java Swing. Pour +Les interfaces utilisateurs +--------------------------- + +Les interfaces utilisateurs s'appuient sur la librairie Java Swing. Pour simplifier l'écriture et la maintenance ainsi que pour avoir un découpage propre entre le code des interfaces et le code métier nous utilisons la librairie Jaxx qui nous permet de décrire les interfaces utilisateur en XML. L'avantage est qu'il est possible d'utiliser des fichiers CSS pour modifier -l'aspect de l'interface. Au paravant nous utilisions la librairie SwiXAT, +l'aspect de l'interface. Auparavant nous utilisions la librairie SwiXAT, l'avantage de Jaxx sur SwiXAT est qu'il est compilé et produit des fichiers Java directement réutilisable dans du code traditionnel. De nombreux composants graphiques sont utilisés dans les interfaces. -La plupart des interfaces utilisateurs ne sont pas spécifique Isis-FISH et -pourrait facilement réutilisé dans d'autre projet de simulateur. Seul les -interfaces de saisie des données du modèle métier sont spécifiques, ainsi -qu'un petit nombre d'onglet du lanceur de simulation. +La plupart des interfaces utilisateurs ne sont pas spécifiques ISIS-Fish et +pourraient facilement être réutilisées dans d'autres projets de simulateur. +Seules les interfaces de saisie des données du modèle métier sont spécifiques, +ainsi qu'un petit nombre d'onglets du lanceur de simulation. .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-interface.png +Le moteur de simulation +----------------------- -Le simulateur est lui aussi non spécifique Isis-FISH. Tout le code -spécifique Isis-FISH est en faite écrit en Script (Java) et modifiable via +Le simulateur est lui aussi non spécifique ISIS-Fish. Tout le code +spécifique ISIS-Fish est en fait écrit en Script (Java) et modifiable via les interfaces de saisie des scripts de l'application. -Les autres composants peuvent être directement réutilisé. +Les autres composants peuvent être directement réutilisés. .. image:: ../../images/devel/isis-architecture-simulateur.png Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureMexico.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Eric Chatellier .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -23,8 +23,8 @@ .. * #L% .. - -============== -Plan d'analyse -============== +===================== +Mexico-Plan d'analyse +===================== .. image:: ../../images/devel/AnalysePlanMexico.png Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/architectureResult.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -26,9 +26,9 @@ Architecture des résultats ========================== -Depuis la version 4.1.1.2 le stockage des résultats de simulation ne se font +En version 4.1.x.x, le stockage des résultats de simulation ne se faisait plus dans la base de données mais dans un fichier binaire. Les performances -et l'utilisation mémoire en sont grandement améliorées. +et l'utilisation mémoire en étaient grandement améliorées. Les résultats sont des informations empilées au fur et à mesure du temps. Il n'y a aucune modification des résultats une fois ceux-ci enregistré. @@ -80,3 +80,11 @@ informations dont il a besoin pour se recharger en mettant toujours un mark particulier avant d'enregistrer ces informations. +Problème +-------- + +Ce mécanisme utilisant les fichiers mappés, Windows n'arrivait pas toujours à +effectuer l'adressage mémoire de ce fichier. +De plus, suite à l'utilisation des matrices creuse, et de grands volumes de +données, les matrices sont maintenants stockées en fichier textes dans un +stockages optimisé pour les matrices. Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -27,9 +27,9 @@ ========================= * `Architecture globale`_ -* `Architecture Mexico-Plan d analyse`_ +* `Architecture Mexico-Plan d'analyse`_ * `Architecture des résultats`_ .. _Architecture globale: architecture.html -.. _Architecture Mexico-Plan d analyse: architectureMexico.html +.. _Architecture Mexico-Plan d'analyse: architectureMexico.html .. _Architecture des résultats: architectureResult.html \ No newline at end of file Modified: trunk/src/site/rst/v4/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -33,7 +33,7 @@ * `Changements version 4.0`_ * `Migration 3.x vers 4.0`_ * `Tutoriaux`_ -* `Manuel developpeur`_ +* `Manuel développeur`_ * `Documentation des APIs`_ * `Exemples de scripts ISIS`_ * `Exemples de scripts R`_ @@ -44,7 +44,7 @@ .. _Manuel utilisateur: user/usermanual.html .. _Tutoriaux: user/tutorials.html .. _FAQ: user/FAQ.html -.. _Manuel developpeur: devel/index.html +.. _Manuel développeur: devel/index.html .. _Documentation des APIs: user/API.html .. _Exemples de scripts ISIS: user/scripts.html .. _Exemples de scripts R: user/scriptsR.html Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -33,15 +33,15 @@ La numérotation suit le schéma suivant: - * un premier numéro qui donne la version majeur d'Isis si on a 3.1.3 la version - est 3, si on a 4.0.0 la version est 4. - * le deuxième donne la version de base de données dans cette version majeur. si - on a 3.1.3 cela veut dire qu'on est a la version 1 des données et dans 4.0.0 - qu'on est à la version 0. - * le troisième numéro représente la version des scripts - (isis-fish-4/isis-database) à utiliser - * le dernier numéro représente la version mineur dans 3.1.3.1 le numéro mineur - est 1 +* un premier numéro qui donne la version majeur d'Isis si on a 3.1.3 la version + est 3, si on a 4.0.0 la version est 4. +* le deuxième donne la version de base de données dans cette version majeur. si + on a 3.1.3 cela veut dire qu'on est a la version 1 des données et dans 4.0.0 + qu'on est à la version 0. +* le troisième numéro représente la version des scripts + (isis-fish-4/isis-database) à utiliser +* le dernier numéro représente la version mineur dans 3.1.3.1 le numéro mineur + est 1 Lorsque l'on a déjà IsisFish en place on peut utiliser n'importe quelle version d'Isis du moment que le numéro majeur, de base et de script sont les mêmes que @@ -213,14 +213,14 @@ trip types : - * durée de marée en heures - * temps minimal entre deux marées : inutilisé +* durée de marée en heures +* temps minimal entre deux marées : inutilisé vessel type - * durée max de marée : inutilisée - * vitesse en km/h - * intervalle d activité : inutilisé +* durée max de marée : inutilisée +* vitesse en km/h +* intervalle d activité : inutilisé Entrer le mois d'application d'une règle de gestion dans l'interface de lancement de Simulation ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -359,16 +359,16 @@ Impact de la taille d'une AMP si l'amp est incluse dans la zone pop - * Si une seule zone pop Zpop - * Si Zg incluse dans Zpop - * Si le métier impactant la pop est distribué sur Zmet=Zpop - * Si le métier réalloue son effort sur la zone restante : Zmet-Zg=Z1, +* Si une seule zone pop Zpop +* Si Zg incluse dans Zpop +* Si le métier impactant la pop est distribué sur Zmet=Zpop +* Si le métier réalloue son effort sur la zone restante : Zmet-Zg=Z1:: -N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-F(met)/(F(met)+M/12)exp(-F(met)+M/12)*N(Zpop,t), N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z1/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z2/Zpop, + N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-F(met)/(F(met)+M/12)exp(-F(met)+M/12)*N(Zpop,t), N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z1/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z2/Zpop, - * Si Zg grandit (par exemple nZg=kZg), F(met) ne change pas, les effectifs +* Si Zg grandit (par exemple nZg=kZg), F(met) ne change pas, les effectifs:: -N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-{F(met)/(F(met)+M/12)*exp(-F(met)+M/12)}* N(Zpop,t) N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*[Zpop-kZg]/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*kZg/Zpop, + N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-{F(met)/(F(met)+M/12)*exp(-F(met)+M/12)}* N(Zpop,t) N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*[Zpop-kZg]/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*kZg/Zpop, **ie qu’avec une modélisation de la zone de distribution de la pop en une seule zone (ie pas d’hétérogénéité entre la partie de la zone pop dans l’amp et l’autre), un changement de taille de la zone ne peut pas avoir d’impact** @@ -389,8 +389,8 @@ capture CR(str, met, grp) sont calculés indépendamment pour chaque zone pop mais identiques, on a donc - * zone pop 1 : E -> F -> CR - * zone pop 2 : E -> F -> CR +* zone pop 1 : E -> F -> CR +* zone pop 2 : E -> F -> CR et les captures seront B1*CR + B2*CR = (B1+B2)*CR @@ -427,12 +427,10 @@ Lors d'une simulation, le premier pas de temps est particulier, et tous les événements se déroulant habituellement en janvier n'arrivent pas forcement : - * la migration a lieu - * le changement de classe n'a pas lieu - * le recrutement a lieu +* la migration a lieu +* le changement de classe n'a pas lieu +* le recrutement a lieu -FIXME ca sera modifié ??? - :-( Attention en entrant les effectifs initiaux et les résultats de janvier de l'année 0 ne sont pas comparables à ceux des autres années de simulation. @@ -461,12 +459,12 @@ L'erreur la plus probable provient d'une configuration incomplète de R pour ISIS-Fish. -Vous devez avoir la version 2.9.0 de R. +Vous devez avoir la version 3.1.0 de R. Pour Windows, vous devez configurer deux variables d'environnements : - * `R_HOME` à C:\Program Files\R\R-2.9.2 - * `PATH` doit contenir : `%R_HOME%\bin` +* `R_HOME` à C:\Program Files\R\R-3.1.0 +* `PATH` doit contenir : `%R_HOME%\bin` Trucs et astuces ---------------- @@ -490,7 +488,7 @@ En java, tout est typé. Ce qui est fait dans l'opération précédente, c'est une division euclidienne, 41 et 1000 étant des entiers. Pour avoir le résultat d'une -division "classique", il faudrait faire 41.0/1000.O, les deux nombres étant des +division "classique", il faudrait faire 41.0/1000.0, les deux nombres étant des nombres à virgule (que ce soit double ou float), le résultat sera un nombre à virgule (double ou float). @@ -498,7 +496,7 @@ plus grande précision. Par exemple, une opération entre deux entiers donnera un entier, entre deux doubles un double, mais entre un entier et un double, le résultat sera un double. Vous pouvez avoir plus d'info par ici : -http://www.siteduzero.com/tutoriel-3-10276-les-variables-et-les-operateurs.html#ss_part_2 +http://openclassrooms.com/courses/apprenez-a-programmer-en-java/les-variables-et-les-operateurs Comment je fait une exponentielle (ou tout autre fonction mathématique "évoluée") ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2014 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -30,11 +30,11 @@ --------------- Afin de pouvoir faire tourner ISIS-Fish sur votre machine, il est -nécessaire d'avoir au moins la version *1.7* de Java d'installée. Il est +nécessaire d'avoir au moins la version *1.8* de Java d'installée. Il est possible de connaître la version actuellement installée sur votre ordinateur en tapant dans une commande DOS : «java -version». Si vous aboutissez à un message d'erreur, cela signifie que Java n'est pas -installé. Si la version installée est antérieure à la version 1.7 ou +installé. Si la version installée est antérieure à la version 1.8 ou que Java n'est pas installé, vous devez télécharger la dernière version de Java SE Development Kit (JDK). Ceci peut se faire directement à cette adresse : http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html @@ -69,14 +69,14 @@ Par défaut ISIS-Fish peut allouer au maximum 1Go de Ram pour son utilisation. Si votre région contient de très nombreux métiers, stratégies et populations vous pouvez devoir augmenter cette valeur -pour cela éditez le fichier *isis-fish.bat* ou *isis-fish.sh* suivant votre +pour cela éditez le fichier *isisfish.bat* ou *isisfish.sh* suivant votre plateforme (Windows, Unix/Linux). Par défaut les fichiers de lancement redirigent les sorties vers un fichier ``debug.txt``. Si jamais un problème se produit durant l'utilisation d'ISIS-Fish ce fichier peut vous permettre de comprendre plus simplement le problème. Si vous faites appel aux mailing-lists pour -demander de l'aide, il vous sera demander de joindre ce fichier à votre demande. +demander de l'aide, il vous sera demandé de joindre ce fichier à votre demande. Lancer ISIS-Fish sous windows ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -92,7 +92,7 @@ compréhensible. Si vous ne pouvez comprendre ce message, envoyez le sur la liste utilisateur (voir partie Contact-Assistance_ ) -.. _Contact-Assistance: ../contact.html +.. _Contact-Assistance: ../../contact.html Lancer ISIS-Fish sous Unix/Linux ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -100,14 +100,14 @@ Placez-vous dans le répertoire contenant le fichier isis-fish.sh et exécutez le avec:: - ./isis-fish.sh + ./isisfish.sh Option de la ligne de commande ------------------------------ Il est possible de passer des paramètres à la ligne de commande par exemple:: - ./isis-fish.sh --help + ./isisfish.sh --help l'option ``--help`` permet d'afficher la liste des options disponibles Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -38,6 +38,8 @@ <src>images/ifremer.png</src> </bannerRight> + <poweredBy /> + <body> <breadcrumbs> Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-24 14:26:34 UTC (rev 233) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-24 14:26:49 UTC (rev 234) @@ -38,6 +38,8 @@ <src>images/ifremer.png</src> </bannerRight> + <poweredBy /> + <body> <breadcrumbs> @@ -72,8 +74,6 @@ <menu name="ISIS-Fish Documentation"> <item name="Documentation" href="v4/index.html" /> <item name="Installation" href="v4/user/installation.html"/> - <item name="Changements" href="v4/user/changements40.html"/> - <item name="Migration" href="v4/user/migrationv3v4.html"/> <item name="Manuel utilisateur" href="v4/user/usermanual.html" collapse="true"> <item name="Introduction" href="v4/user/usermanual/introduction.html"/> <item name="Interface utilisateur" href="v4/user/usermanual/GUI.html">

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