Bastien Preuss a écrit :
Merci Sigrid pour ces explications!
Une dernière chose pour être sure: à propos de q1 et q2: se sont deux valeurs de capturabilité différentes, qui correspondent à des classes et/ou zones différentes? oui exactement Ou est-ce réellement une décomposition de la capturabilité q (avec un truc du genre q = q1 * q2; mais ça ne me parait pas très intéressant à faire cette décomposition dans ce cas...).
Ce genre de décomposition peut servir pour réduire le nombre de coeff a estimer mais tu aurais q2 = 5*q1 Par exemple, si tu veux estimer 3 coeff de capturabilité (q0, q1, q2) mais que tu as seulement la possibilité de faire un simplex a 2 variables. Tu peux supposer que q1 = 100*q2 pour des raisons biologiques. Et du coup tu te ramenes a un probleme a deux inconnues.
Je n'ai pas bien saisi dans le modèle à quoi correspondait réellement q1 et q2
ca c est toi qui le décide : mettons que tu as 3 classes et 2 saisons. Tu ne peux pas estimer les 6 parametres. mais tu te doutes que la capturabilité du groupe 0 est tres différente de celle des groupes 1 à 2 (parce qu ils se cachent dans le corail par exemple et pas les autres). Et tu sais aussi que l'hiver ils sont plus difficiles a attrapés (parce qu ils sont plus visqueux par exemple ;-) et ils sont disons 2 fois plus visqueux) et que les ages 3 sont 3 fois plus faciles a attraper que les ages 2. Du coup tu decides que ta matrice de capturabilité sera de cette forme : hiver ete Age 0 q1 / 2 q1 Age 1 q2 / 2 q2 Age 2 q2 *3/2 q2 * 3 ca ca se specifie dans le code de capturabilité dans la méthode changeDB. Attention quand meme d etre sur de ne pas confondre la capturabilité avec d autres facteurs (ciblage selectivité... ) quand tu fais ce genre d hypotheses. C'est plus clair ? Bonne nuit !
Merci.
Bastien
-----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid LEHUTA Envoyé : mardi 9 mars 2010 19:45 À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Calibration
Hello Bastien,
Oui oui t as bien compris !
Lors de la calibration de la capturabilité dans ISIS, il y a q1 et q2 comme facteurs (c’est donc un simplexe à 2 facteurs ; avec trois couples de facteurs, initialisés avec M1, M2 et M3), c’est bien cela ?
Yep ! comme tu l as vu dans le walters c est geometrique donc attention a former un joli triangle de depart avec une distance pertinente entre les points initiaux : si c est trop grand il risque de partir rapidement en negatif, si c est trop petit c est moins grave mais plus long.... L ideal c est de tester plusieurs simplex initiaux pour verifier qu on est dans tombé dans des minimums locaux.
Par contre, je ne suis pas sure de bien comprendre à quoi correspondent q1 et q2… ? C’est une décomposition de la capturabilité q ?
Oui c est ca. En fait, dans isis, la capturabilité peut dependre de la classe et de la saison. Ca fait potentiellement bcp de valeurs à estimer. pour des probleme d identifiabilité et de pertinence on a fait des hypotheses, on imagine que certaines valeurs sont identiques et on essaie de garder seulement quelques (2 ou 3) coeff a estimer. Il existe je crois des simplexes de plus grande dimenssion et aussi d autres methodes de calibration qui permettent d estimer un plus grands nombre de parametres (algo genetiques par ex) mais il faut les coder.
Dans le script, la fonction objectif, c’est bien le critère ? c'est-à-dire le carré de l’écart entre observé et simulé (ligne 328) ? Mais pourquoi crit + (obs-simu)^2 ?
Oui c est une betise de l appeler critere c est bien la fonction objectif. Premiere chose, il n y a aucune obligation a calibrer sur les captures et encore moins sur les captures par age, c est selon la pertinence les données dispo... ensuite on a choisit comme fonction la somme sur les dates et les ages de : captures observées - captures simulees on a donc d abord creer la matrice captures simulées par age et dates (les captures observees sont au meme format): ensuite avec le matrix iterator on se promene dans la matrice et a chaque case on calcule (obs-sim)^2 et on l ajoute au total deja calculé (crit). Comme ca on a la valeur de la fonction objectif sur toute la duree de simulation et toutes les classes ... on pourrait choisir de ponderer aussi des dates ou des classes... Ca repond a ta question ?
A++
Merci.
Bastien
Bastien Preuss
Doctorant (PhD Student)
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