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Recherche: pb de gestion des droits
by Sylvain PETEK 10 Dec '12

10 Dec '12

Bonjour, Je me suis connecté avec mon compte Utilisateur avec lequel je n’ai pas les droits sur la campagne Salomon. J’ai fait une recherche avec le mot Agelas par exemple, le moteur m’a affiché tous les résultats de la Campagne Salomon … J’imagine que l’aspect « gestion des droits » fait partie des points qui sont en cours de développement… Bon WE, Sylvain <http://cantharella.ird.nc/> cid:image003.jpg@01CD89CA.344245D0 Dr Sylvain PETEK Porteur du projet & administrateur de Cantharella IRD BP529, 98713 PAPEETE – Tahiti – Polynésie Française ) +(689) 47 42 14 (GMT -11h) - 7 +(689) 42 95 55 <mailto:anneetsylvainpetek@free.fr> sylvain.petek(a)ird.fr <http://www.ird.fr/informatique-scientifique/projets/cantharella/> cid:image004.jpg@01CD89CA.344245D0 <http://forge.codelutin.com/projects/cantharella> images.jpg

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Recherche: message d'erreur qd utilisation de *
by Sylvain PETEK 10 Dec '12

10 Dec '12

Bonjour, Voilà qqs jours que je teste le moteur de recherche, il faut se "faire la main" avec l'utilisation des différents opérateurs AND OR + - , une petite bulle d'aide à côté du champ "Chercher" pourrait guider l'utilisateur pour une utilisation optimale, pour comprendre par exemple la nuance entre AND et +, qu'il est possible d'utiliser les parenthèses pour faire des recherches plus complexes etc... D'une manière générale, le moteur est particulièrement efficace, et permet d'afficher les données liées au mot clé recherché. J'ai utilisé * pour une recherche avec une partie d'un mot exemple petro*, ça marche très bien. Avec un nombre 41* les résultats obtenus sont forcément moins sélectifs. En plaçant * en premier ça me renvoie une erreur que ce soit avec mot *psidae ou avec un nombre *31, cf fichier ci-joint. Bonne journée, Sylvain <http://cantharella.ird.nc/> cid:image003.jpg@01CD89CA.344245D0 Dr Sylvain PETEK Porteur du projet & administrateur de Cantharella IRD BP529, 98713 PAPEETE – Tahiti – Polynésie Française ) +(689) 47 42 14 (GMT -11h) - 7 +(689) 42 95 55 <mailto:anneetsylvainpetek@free.fr> sylvain.petek(a)ird.fr <http://www.ird.fr/informatique-scientifique/projets/cantharella/> cid:image004.jpg@01CD89CA.344245D0 <http://forge.codelutin.com/projects/cantharella> images.jpg

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Re: [Cantharella-devel] Migration hibernate et mise à jour des dépendances
by adrien cheype 04 Dec '12

04 Dec '12

Retour rapide de ma part par rapport à ces mises à jour. - Aucune objection de ma part, bien au contraire. - Pour hibernate-template, c'était un choix de début de projet, mais vous avez raison son utilisation était n'était déjà pas conseillé pour la v.3. Nous n'avions jamais pris ensuite le temps de revenir dessus. - Bonne initiative également d'avoir supprimé la dépendance avec ICU. Nous nous étions posé la question quand à la compatibilité de notre licence avec celle de cette librairie qui semble plus restritive. - le fait qu'hibernate3-maven-plugin n'ait plus d'équivalent ne pose pas de problème puisque nous n'étions pas satisfaits de la génération automatique qu'il fournissait (certains NOT NULL manquants, etc.). Un script SQL d'installation de la base devait ainsi déjà être fourni. Je testerai votre classe de génération de schéma à mon retour de mission. Bonne journée, A. Cheype On Fri, 30 Nov 2012 15:24:49 +0100 Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> wrote: > Bonjour, > > Dans le cadre de l'évolution concernant le moteur de recherche > et l’utilisation de hibernate-search, je me suis poser la > question s'il ne serait pas préférable de d'abord mettre > à jour hibernate pour ensuite développer le code d'hibernate > search sur les solutions techniques d'aujourd'hui > (hibernate search 4.1 et lucene 4.0). > > J'ai donc pris un peu de temps pour migrer cantherella > sur hibernate 4.1.7 et cela a fonctionné avec quelques > difficultés: > - modification de configuration du pool (c3p0) > - suppression de spring hibernate template (déconseillé > sur hibernate 3, supprimé sur hibernate 4) > - hibernate 4.1.8 est incompatible avec la version utilisée de c3p0 > > Suite à la migration: > - le site tourne toujours correctement > - le plugin hibernate3-maven-plugin n'a pas d'équivalent > (un code de génération du schéma a été ajouté en test > unitaire : il n'est cependant pas exactement identique > en fonctionne sur les bases de données existantes) > > J'en ai profité pour mettre à jour toutes les autres > librairies du projet. Ce sont des mises à jour mineures > beaucoup moins importante qu'hibernate. > Un seul changement notable concernant les mise à jour > est celle vers commons-lang3 qui permet de supprimer > la dépendance sur ICU (suppression des accents d'une chaine). > > Le code de la migration hibernate et de la mise à jour > des dépendances n'est pas encore commité. Il le sera > seulement si n'y a pas d'objections et après la réunion > de mardi prochain où cela pourra être discuté. > > Cordialement, > Eric Chatellier. > > -- > Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > _______________________________________________ > Cantharella-devel mailing list > Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com > http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Migration hibernate et mise à jour des dépendances
by Eric Chatellier 30 Nov '12

30 Nov '12

Bonjour, Dans le cadre de l'évolution concernant le moteur de recherche et l’utilisation de hibernate-search, je me suis poser la question s'il ne serait pas préférable de d'abord mettre à jour hibernate pour ensuite développer le code d'hibernate search sur les solutions techniques d'aujourd'hui (hibernate search 4.1 et lucene 4.0). J'ai donc pris un peu de temps pour migrer cantherella sur hibernate 4.1.7 et cela a fonctionné avec quelques difficultés: - modification de configuration du pool (c3p0) - suppression de spring hibernate template (déconseillé sur hibernate 3, supprimé sur hibernate 4) - hibernate 4.1.8 est incompatible avec la version utilisée de c3p0 Suite à la migration: - le site tourne toujours correctement - le plugin hibernate3-maven-plugin n'a pas d'équivalent (un code de génération du schéma a été ajouté en test unitaire : il n'est cependant pas exactement identique en fonctionne sur les bases de données existantes) J'en ai profité pour mettre à jour toutes les autres librairies du projet. Ce sont des mises à jour mineures beaucoup moins importante qu'hibernate. Un seul changement notable concernant les mise à jour est celle vers commons-lang3 qui permet de supprimer la dépendance sur ICU (suppression des accents d'une chaine). Le code de la migration hibernate et de la mise à jour des dépendances n'est pas encore commité. Il le sera seulement si n'y a pas d'objections et après la réunion de mardi prochain où cela pourra être discuté. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Correction des tests de cantharella
by adrien cheype 29 Nov '12

29 Nov '12

Bonjour, Je pensais qu'il fallait déclarer maven-jetty-plugin dans le pom.xml du projet cantharella.web pour pouvoir lancer jetty via maven. J'essaierai donc de lancer telle quelle la commande dès mon retour de mission/congés (mi-janvier). Bonne journée On Wed, 28 Nov 2012 18:26:09 +0100 Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> wrote: > Le 28/11/2012 18:04, adrien cheype a écrit : >> Bonjour, >> >> Merci pour ces ajouts, c'est un plus indéniable pour le projet de >>permettre >> l'installation automatique d'un environnement de développement. >> >> De la même manière, pour que le déploiement du serveur web soit >>automatique, >> je suggère qu'on ajoute maven-jetty-plugin à la configuration Maven. >>Ainsi, >> après avoir lancer un "mvn install", un nouveau développeur pourrait >>déployer >> l'application web via un simple "mvn jetty:run". >> Qu'en pensez-vous ? > C'est déjà ce que je fait (mvn jetty:run) pour lancer le module web > et cela fonctionne sans configuration. > > Que voudriez-vous configurer ? > > -- > Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > _______________________________________________ > Cantharella-devel mailing list > Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com > http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules
by Sylvain PETEK 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Je comprends que cela rajoute un degré de complexité supplémentaire. Votre proposition me convient parfaitement. Je vais créer le ticket correspondant. A bientôt, Sylvain -----Message d'origine----- De : cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com [mailto:cantharella-devel-bounces@list.forge.codelutin.com] De la part de Jean Couteau Envoyé : mercredi 28 novembre 2012 04:57 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules Bonjour, Le 22/11/2012 22:04, Sylvain PETEK a écrit : > Jai eu quelques échanges avec Nicolas BARTHES > <mailto:Nicolas.BARTHES@cefe.cnrs.fr> qui soccupe de > lEcochimiothèque du CNRS. > > Pour générer la chaîne *InChi* à partir du .mol, en ce qui le > concerne, il utilise lapplication gratuite disponible sur le site IUPAC : > http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html > ci-dessous ces explications: Une telle fonctionnalité serait du coup envisageable, mais elle pose plusieurs problèmes : - d'un point de vue déploiement, nous devenons dépendant de la plateforme - ce n'était pas prévu dans notre chiffrage Par contre, d'un point de vue licence, cela semble ok, l'applicatif permettant la conversion est sous une licence à priori plus permissive que la LGPLv2 et le code est publié sur SourceForge. Ce que je vous propose c'est de créer un ticket correspondant à cette fonctionnalité que nous mettrons sur la version 1.2. Si nous avons le temps et que nous réussissons à résoudre les problèmes de déploiement, nous essaierons de le réaliser pour la version 1.1. Nous pouvons en discuter lors de notre prochaine visio. Est-ce que cela vous conviendrait ? Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29

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Re: [Cantharella-devel] Correction des tests de cantharella
by adrien cheype 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Merci pour ces ajouts, c'est un plus indéniable pour le projet de permettre l'installation automatique d'un environnement de développement. De la même manière, pour que le déploiement du serveur web soit automatique, je suggère qu'on ajoute maven-jetty-plugin à la configuration Maven. Ainsi, après avoir lancer un "mvn install", un nouveau développeur pourrait déployer l'application web via un simple "mvn jetty:run". Qu'en pensez-vous ? Adrien On Wed, 28 Nov 2012 16:07:57 +0100 Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> wrote: > Bonjour, > > Je me suis permis de modifier le passage des tests unitaires > pour qu'ils tournent sur une base embarquée java h2. > > Cela permet de rendre le projet totalement compilable par maven > (mvn install) y compris avec l’exécution des tests unitaires. > > Pour cela, j'ai du: > * ajouter des fichiers data.properties dans certains dossiers >"src/test/resources" > * ajouter une configuration dans DataContext : hbm2ddl pour >permettre l'auto > création du schema hibernate pendant les tests > * supprimer les fichiers "hibernate.cfg.xml" (il me semble qu'ils > n'étaient pas utilisés) > > Le build est maintenant monitoré par notre instance de jenkins: > http://jenkins.codelutin.com/jenkins/job/cantharella/ > et est, à l'heure actuelle, en succès. > > -- > Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > _______________________________________________ > Cantharella-devel mailing list > Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com > http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Correction des tests de cantharella
by Eric Chatellier 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Je me suis permis de modifier le passage des tests unitaires pour qu'ils tournent sur une base embarquée java h2. Cela permet de rendre le projet totalement compilable par maven (mvn install) y compris avec l’exécution des tests unitaires. Pour cela, j'ai du: * ajouter des fichiers data.properties dans certains dossiers "src/test/resources" * ajouter une configuration dans DataContext : hbm2ddl pour permettre l'auto création du schema hibernate pendant les tests * supprimer les fichiers "hibernate.cfg.xml" (il me semble qu'ils n'étaient pas utilisés) Le build est maintenant monitoré par notre instance de jenkins: http://jenkins.codelutin.com/jenkins/job/cantharella/ et est, à l'heure actuelle, en succès. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules
by Sylvain PETEK 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, J’ai eu quelques échanges avec Nicolas BARTHES <mailto:Nicolas.BARTHES@cefe.cnrs.fr> qui s’occupe de l’Ecochimiothèque du CNRS. Pour générer la chaîne InChi à partir du .mol, en ce qui le concerne, il utilise l’application gratuite disponible sur le site IUPAC : http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html ci-dessous ces explications: Du coup, pour générer le fichier inchi, on doit d’abord récupérer le inchi.exe (ou l’exécutable linux selon ton serveur) sur le site iupac que je t’ai indiqué précédemment et placer une copie dans l’arborescence de l’application web. Ensuite, on l’appelle comme ceci depuis le code php : _____ _____ //transcription de la structure en code Inchi via le programme cInChI-1 exec(REPINCHI." ".REPTEMP.$pt.".mol ".REPTEMP.$pt.".inchi /NoLabels"); //lecture du fichier output avec le code Inchi et stockage dans la variable inchi $inchi=file_get_contents($path.".inchi"); unlink(REPTEMP.$pt.".inchi"); $inchi=ereg_replace("\* Input_File: \"".REPTEMP.$pt.".mol\"\n","",$inchi); $inchi=ereg_replace("Structure: 1\n","",$inchi); $tabinchi=preg_split("[\n]",$inchi); _____ _____ REPINCHI est une variable définie en entête de chaque fichier et correspond au répertoire dans lequel est stocké l’exécutable InChi. REPTEMP est une variable qui définit le chemin du répertoire temporaire de travail. La génération de la chaine InChi se fait donc par : exec(chemin_vers_executable_inchi chemin_du_mol_d_entree/molecule.mol chemin_vers_inchi_de_sortie/molecule.inchi /NoLabels); Cela génère un fichier avec quelques entêtes et la chaine inchi correspondante au .mol d’entrée. Si tu veux ne récupérer que la chaine inchi pour la stocker dans ta base de donnée (plus simple à rappeler par la suite qu’un .inchi qui n’est autre qu’un fichier texte), tu peux utiliser la seconde partie du script qui récupère le contenu du fichier inchi créé, supprime ce fichier du répertoire temporaire, remplace les entêtes "\* Input_File: \" et "Structure: 1\n" pour ne conserver que la chaine inchi elle-même dans la première cellule de l’array $tabinchi ($tabinchi[0]). Bonne journée, Sylvain -----Message d'origine----- De : cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com [mailto:cantharella-devel-bounces@list.forge.codelutin.com] De la part de Benjamin POUSSIN Envoyé : mercredi 21 novembre 2012 08:27 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : Re: [Cantharella-devel] Formats d'enregistrement des molécules On Tue, 20 Nov 2012 14:26:19 -1000 "Sylvain PETEK" < <mailto:sylvain.petek@ird.fr> sylvain.petek(a)ird.fr> wrote: > A priori Chemdoodle Web est capable de générer le .mol et le .inchi, > serait-il possible d’enregistrer les molécules conjointement sous ces > 2 formats svp ? Bonjour, En fait Chemdoodle Web ne sait pas le faire. Il ne sait enregistrer qu'au format .mol et appel un service distant hébergé par la société pour tous les autres formats. Donc sauf à avoir un accord avec la société, nous ne pouvons que supporter le format .mol. Il serait aussi possible de réimplanter la sauvegarde sous un autre format, mais cela ne me parait pas pertinent pour l'instant (temps, coût, ...) -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: <mailto:poussin@codelutin.com> poussin(a)codelutin.com <http://www.codelutin.com> http://www.codelutin.com _______________________________________________ Cantharella-devel mailing list <mailto:Cantharella-devel@list.forge.codelutin.com> Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com <http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel> http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Formats d'enregistrement des molécules
by Sylvain PETEK 21 Nov '12

21 Nov '12

Bonjour, Depuis notre dernière réunion, jai eu loccasion davoir qqs échanges avec dautres collègues qui utilisent un éditeur de molécules (Chemaxon) au niveau de leur SI (Chimiothèque nationale, écochimiothèque). Comme je vous lavez indiqué, jai eu la confirmation quils enregistrent eux aussi leurs molécules au format .mol qui est le plus universel. Cependant, ils enregistrent également la chaîne de caractère InChi (identifiant unique de la molécule dessinée - http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html) , format proposé par lIUPAC, qui permet de faire une recherche par structure par la suite. A priori Chemdoodle Web est capable de générer le .mol et le .inchi, serait-il possible denregistrer les molécules conjointement sous ces 2 formats svp ? Par avance merci, Sylvain _____ Sylvain PETEK Chargé de Recherche UMR 241 Ecosystèmes Insulaires Océaniens Etude Intégrée des Métabolites Secondaires Institut de recherche pour le développement BP529 98713 Papeete Polynésie française Tél. : +689 47 42 14 Fax : +689 42 95 55 <mailto:sylvain.petek@ird.fr> sylvain.petek(a)ird.fr <http://www.ird.fr/> www.ird.fr <http://www.pomare.org> www.pomare.org <http://cantharella.ird.nc/> cantharella.ird.nc

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