March 2006 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.2.2
by Benjamin POUSSIN 07 Apr '06

07 Apr '06

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * correction calcul de migration (N en 2D ou lieu de 1D passe en arg) hilaire je pense que ca corrige le bug de jeudi dernier sur la matrice qui n'avait pas les bonnes semantiques. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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jrst pour tester la documentation rst
by Benjamin POUSSIN 28 Mar '06

28 Mar '06

Salut, voici le lien pour recuperer jrst (parser rst en java) https://labs.libre-entreprise.org/frs/download.php/445/jrst-0.6-uber.jar java -jar jrst-0.6-uber.jar --help java -jar jrst-0.6-uber.jar -o toto.html toto.rst -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Fwd: [Fwd: Re: [Isis-fish-devel] modele statique]]
by Dominique PELLETIER 23 Mar '06

23 Mar '06

Salut Benjamin, Voici le mail que j'avais envoyé Merci de ton aide Dominique -------- Message d'origine -------- Sujet: [Fwd: Re: [Isis-fish-devel] modele statique] Date: Thu, 23 Mar 2006 09:11:59 +0100 De: Youen VERMARD <Youen.Vermard(a)ifremer.fr> Société: IFREMER A: PELLETIER <Dominique.Pelletier(a)ifremer.fr> -------- Message d'origine -------- Sujet: Re: [Isis-fish-devel] modele statique Date: Wed, 15 Mar 2006 13:20:26 +0100 De: Benjamin POUSSIN <poussin(a)codelutin.com> Répondre-A: Liste pour les développeurs du simulateur <isis-fish-devel(a)lists.labs.libre-entreprise.org> Société: Code Lutin A: Liste pour les développeurs du simulateur <isis-fish-devel(a)lists.labs.libre-entreprise.org> Références: <44158F4E.6090909(a)ifremer.fr> <20060313172340.4497419b(a)cube.codelutin.home> <4415B492.1050101(a)ifremer.fr> On Mon, 13 Mar 2006 19:06:10 +0100 Dominique PELLETIER <Dominique.Pelletier(a)ifremer.fr> wrote: > Merci Benjamin, > > J'ai longuement hésité en effet à faire ce graphique autrement car je > sais o combien pratique est un logiciel dedié à celà, mais je pense > qu'on quand meme une qualite publi qu'on aurait pas sous Poseidon, en > plus que ma version provisoire a expiré (paix à son ame), et que c'etait > plus rapide de faire celà sous un logiciel que je connaissais. > > Tu suggères donc que je fasse disparaitre les fleches et que je figure > seulement des + aux extremites de chaque trait ou c'est pertinent ? En fait si tu veux un vrai schema (qui reprensante la realite de notre modele) il ne faut retirer aucun lien :). Et dans ce cas je te conseil juste d'utiliser poseidon et de masquer les champs. Si tu veux un schema qui soit juste un peu representatif et qui soit joli a l'oeil alors ta solution de reprendre avec un autre outil est pertinente, mais dans ce cas je le simplifierais peut-etre encore un peu plus. > Pour la navigabilité, que suggères-tu d'améliorer ? De la laisser > peux-tu m'envoyer le fichier jpeg du diagramme (çà me ferait gagner un > peu de temps en ces temps agités) Si tu parles du document la version image est pratiquement toujours dispo dans la bonne version sur le site: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/devel/IsisFishModel.png (si c le format qui te derange je pense que n'importe quelle outil de dessin doit etre capable de le sauver en jpeg) mais en insistant un peu je peux te l'envoyer en jpeg mais pas aujourd'hui. > L'objet du schéma est de présenter ISIS, du moins la représentation de > la pêcherie, sous une forme orientée-objet. C'est pour un article dans > Ecological Modelling, un journal qui montre beaucoup de modèles en > écologie au sens large. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii -- Dominique Pelletier Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique (EMH) IFREMER BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 FRANCE Senior scientist Department EMH IFREMER, Nantes, FRANCE E-mail: dpellet(a)ifremer.fr Tel: 33 2 40374164 Fax: 33 2 40374075 _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)lists.labs.libre-entreprise.org http://lists.labs.libre-entreprise.org/mailman/listinfo/isis-fish-devel

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Modele statique
by Dominique PELLETIER 22 Mar '06

22 Mar '06

Salut Benjamin, Tu penseras à répondre à mon mail concernant le diagramme de classes? Merci d 'avance Dominique -- Dominique Pelletier Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique (EMH) IFREMER BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 FRANCE Senior scientist Department EMH IFREMER, Nantes, FRANCE E-mail: dpellet(a)ifremer.fr Tel: 33 2 40374164 Fax: 33 2 40374075

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question pour l'équation de repro
by Hilaire DROUINEAU 22 Mar '06

22 Mar '06

Salut Benjamin, après vérification, la mortalité naturelle spatialisée marche. Juste une question: pour la classe prérecrutée, la zone que tu envoies, c'est la zone de reproduction ou la zone de recrutement? Ah et une petite dernière tant qu'à faire: C'est bizarre que le simulateur gueule pas quand on teste if (classe==-1) et que l'on a un objet de type ClassePopulation, non? A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.2.1
by Benjamin POUSSIN 21 Mar '06

21 Mar '06

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * ajout du parametre 'zone' dans l'equation de mortalité -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Probleme pour avoir des mortailites Naturelle par zone
by Benjamin POUSSIN 20 Mar '06

20 Mar '06

Bonjour, Je ne vais pas pouvoir le faire tout seul :( Pour l'instant on a une equation pour la mortalité naturelle mais elle ne depand pas des zones. Pour la classe des naissances, il ne semple pas y avoir de probleme je pense y arriver seul, mais pour les autres on a besoin de la mort. nat. dans public float totalCatchRate(Date date, ClassePopulation classe, Secteur zonePop) qui retourne un float et pas une matrice, et donc je ne sais pas comment faire :( le code actuellement est le suivant (un peu simplifié) public float totalCatchRate(Date date, ClassePopulation classe, Secteur zonePop) { float F = totalFishingMortality(date, classe, zonePop); float M = classe.getMortaliteNaturelle()/(float)Mois.nbMois; double result = F/(F+M) * (1 - Math.exp(-(F+M))); return (float)result; } Je ne vois pas comment faire apparaitre de la spacialisation la dedans :( idem pour public float survivalRate(Date date, ClassePopulation classe, Secteur zonePop){ float F = totalFishingMortality(date, classe, zonePop); float M = classe.getMortaliteNaturelle()/(float)Mois.nbMois; float result = (float)Math.exp(-(F+M)); return result; } -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Reproduction
by Stephanie MAHEVAS 20 Mar '06

20 Mar '06

Bonjour Benjamin il faudrait que pour la saison de reproduction, on puisse definir un vecteur de distribution de la reproduction qui depende de la zone de reproduction. Peux-tu rajouter cette facilite dans la version 2.1.1 ou la 3.0? Ce vecteur pourrait aussi dependre de la classe d'age, et du coup il serait surement plus facile de le definir en mode equation. Qu'en penses-tu? quelle serait la solution? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.2.0
by Benjamin POUSSIN 16 Mar '06

16 Mar '06

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * mapping reproduction/recrutement avec un coefficient * modif traduction de 'er mois' en '{0}er mois' idem pour 'ème mois' meme procedure que pour le passage en 2.1.0, il faut sauver sa base, effacer le repertoire de la base, et reimporter sa base. j'ai regarder pourquoi le schema n'est pas modifier automatiquement, mais dans le code, il est dit qu'il doit le faire :( -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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(sans objet)
by Hilaire.Drouineau＠ifremer.fr 16 Mar '06

16 Mar '06

Salut, J'ai essayé rapidement la nouvelle version hier soir, pour moi le problème est le même: impossible de modifier la base. Bonne journée Hilaire

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