November 2013 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

inactivité et calcul de l'effort nominal
by Stephanie MAHEVAS 30 Oct '14

30 Oct '14

Re je suis allée regarder les equation spour calculer l'effort nominal. Aujourd'hui il n'est pas calculé avec l'equation d'inactivité. Il est simplement calculé avec la durée de la marée et de la durée inter-marées et la duré du mois courant. Il me semble que si on a une équation d'inactivité qui retournerait un temps d'inactivité, il serait bien de schunter ce calcul automatique en prenant simplement la durée du mois - le temps d'inactivité retourné par l'équation. qu'en pensez-vous? Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Valeur de référence pour l'utilisation des distributions
by Eric Chatellier 14 Feb '14

14 Feb '14

Bonjour, Dans la version en cours de développement, les méthodes de distribution suivantes ont été introduite (pour définir les facteurs). Uniform% runif(reference, coefficient) Uniform Min/Max runif(min, max) Binomial rbinom(size, prob) Cauchy rcauchy(location, scale) ChiSquare rchisq(df, ncp) Exponential rexp(rate) F rf(df1, df2, ncp) Gamma rgamma(shape, rate, scale) Geometric rgeom(prob) HyperGeometric rhyper(m, n, k) LogNormal rlnorm(meanlog, sdlog) Dans un cas simple (double) la valeur du facteur prend le résultat de la méthode R: runif(30, 40) : 32 On peut donc utiliser directement le retour de R comme valeur à prendre en compte dans la simulation. Dans un cas plus complexe, pour uniform min/max par exemple, min et max peuvent être des matrices. Dans ce cas, on appelle runif avec (0 et 1) et on gère en retour la valeur de R et calculant la matrice résultante en fonction de min/max et le random R. Cela fonctionnait comme cela dans la version précédente d'Isis et c'est assez clair pour moi. Le problème est que pour les nouvelles distributions, un des paramètres peut-il être une matrice (dans ce cas, il faudrait substituer ce paramètre lors de l'appel a R par un double) ? Si oui lequel (pour chaque distribution) ? Si non, faut-il ajouter (pour Isis) une "valeur de référence" sur laquelle s'applique à chaque fois le résultat retourné par R ? (on calcule le random dans R et on multiple ce random par la valeur de référence). -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Gestion de la distribution dans les méthodes d'AS
by Eric Chatellier 22 Nov '13

22 Nov '13

Bonjour, J'ai un peu progressé dans la compréhension de l'utilisation de la distribution dans les méthodes d'AS. Il y a plusieurs cas: * soit la méthode prend en paramètres la distribution directement (Fast99) * soit des paramètres de la distribution peuvent être calculé avant par une distribution (Sobol) * soit la méthode gère elle même la distribution, non modifiable (LHS) * soit la distribution ne peut pas être gérée Voici en détail les problèmes rencontrés suivant les méthodes de calcul: Morris ------ Morris prend en paramètres deux vecteurs correspondant aux valeurs min et max de chaque facteur. Si les facteurs n'ont pas été défini en distribution uniforme avec des valeurs min et max, cela pose problème. Sobol ----- Sobol prend en paramètres 2 dataframe qui peuvent être défini manuellement suivant une méthode de distribution. C'est donc théoriquement possible. RandomLHS et OptimumLHS ----------------------- RandomLHS gère elle même une distribution uniforme entre 0 et 1. help(randmonLHS) : An ‘n’ by ‘k’ Latin Hypercube Sample matrix with values uniformly distributed on [0,1] Donc en faisant un produit en croix entre min et max, il est possible d'obtenir la valeur réelle du facteur. Mais dans le cas d'une distribution non uniforme, comment peut-on exploiter la valeur entre 0 et 1 ? ExpandGrid ---------- Pas de gestion de la distribution. RDOpimal -------- Pas de gestion de la distribution. Apparemment Sigrid avait bien aidé Jean sur ce script. RegularFraction --------------- Pas de gestion de la distribution. JavaExpandGrid et FrF2 ---------------------- JavaExpandGrid calcule manuellement les valeurs des facteurs. Donc a moins de refaire le calcul pour toutes les distributions possibles, autant supprimer cette méthode. FrF2 est la même méthode que RegularFraction. Stéphanie, tu aurais un moment pour rediscuter de ca ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Test performances
by Sigrid Lehuta 22 Nov '13

22 Nov '13

Hello, à la dernière réunion on avait prévu de refaire un point sur les performances d'isis. Maintenant que la fuite mémoire est colmatée ca devrait etre pas mal. Voici la Base Manche Ouest avec une simu (7 pops, 17 strategies, ~40 métiers et plein de zones) à faire tourner en simulateur par cellule, que du bonheur! à priori 20min /3ans Sigrid Pour info: avec la nouvelle version, 1 plan de simulation, 1 règle de gestion, 1 pop et sur 3 ans , j'ai fait 82 simus en 7h20, soit 5'36'' par simu, plutot satisfaisant! SavedMixChannelSpat_BioSolPleSce_FisAll_221013.zip<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFza1lScmFNSVlJZHM/edit?usp=drive_…> sim_TestPerfBaseChannel_2013-11-22-09-39.zip<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzOGNhdWVUajNkeGc/edit?usp=drive_…>

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Re: [Isis-fish-devel] ***UNCHECKED*** ***UNCHECKED*** Re: Fuite mémoire identifiée (Re: Base ISIS)
by Eric Chatellier 19 Nov '13

19 Nov '13

Le 19/11/2013 08:50, Loic GASCHE a écrit : > Salut Eric, Salut, > > La suite des aventures de ISIS 4.2.1.2 : > > J'ai fait tourner une simu avec une zone = une cellule pour tous les groupes > de benthos + toutes les stratégies de pêche. Ca a tourné sur mon PC en 6 > heures environ. > > Par contre je me rends compte que je n'ai aucun résultat, que ce soit dans > ceux accessibles par l'interface ISIS ou des les exports en csv. > > J'ai le message d'erreur suivant en voulant ouvrir ma simu dans ISIS : > Map failed > sun.nio.ch.FileChannelImpl.map0(Native Method) > sun.nio.ch.FileChannelImpl.map(Unknown Source) > C'est malheureusement un problème connu. Le fichier de résultat est tellement gros je pense, que windows refuse qu'on l'ouvre :(. Tu peux essayer en modifiant la configuration de "mapped.result.matrix.vector.class" de "org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector" à "org.nuiton.math.matrix.DoubleBigMappedVector" pour voir si cela change quelque chose ? (pas besoin de relancer une simulation, tu peux essayer d'ouvrir directement les résultats de la dernière simulation). -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Fuite mémoire identifiée (Re: Base ISIS)
by Eric Chatellier 18 Nov '13

18 Nov '13

Le 18/11/2013 12:57, Loic GASCHE a écrit : > Salut Eric, > > J'ai fait le test avec une base un chouia différente de celle d'avant, mais à > priori ça marche super bien ! J'ai modifié l'implémentation du cache d'IsisFish qui semble être la cause du problème de mémoire. Maintenant la mémoire est correctement libérée entre les pas de temps et le temps de simulation à l'air relativement linéaire. > > 55 minutes pour faire tourner une simu avec toutes les flottilles de pêche. Je l'ai fait tournée pendant 44 ans (en 2h50) avec 1Go et elle aurait pu encore continuer. J'aimerais bien faire encore quelques tests la dessus. Tu veux que je t'installe une version de test sur caparmor ? -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] HelpDesk Nv3 / n°=190608 : Utilisation ponctuelle de beaucoup de RAM sur caparmor
by Eric Chatellier 18 Nov '13

18 Nov '13

Bonjour, Nous n'utilisons actuellement aucune directive particuliere pour PBS. Voici un de nos script: #!/bin/csh cd "/home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.2.1" setenv R_HOME /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R setenv LD_LIBRARY_PATH ${R_HOME}/lib /home3/caparmor/poussin/jdk7x64/bin/java -Djava.library.path=jri64 -DR.type=jni -Xmx6000M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron false --simulateRemotelly "sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-preparation.zip" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-result.zip" >& "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-output.txt" rm -rf "$HOME/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58" Cordialement, Eric Chatellier. Le 18/11/2013 10:16, Denis Croizé-Fillon a écrit : > > Bonjour, > > > Pourriez vous me fournir les directives PBS qui sont en entête de votre > script. La limite mémoire est peut-être à ce niveau là car chaque noeud > dispose de 24 Go de mémoire. Vous pouvez donc accéder à 23 Go et quelques au > mieux. > > Denis -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Utilisation ponctuelle de beaucoup de RAM sur caparmor
by Eric Chatellier 15 Nov '13

15 Nov '13

Bonjour, Pour un besoin ponctuel, nous aurions souhaiter utiliser une importante quantité de RAM pour des jobs sur caparmor. Idéalement 6Go. Il semble que caparmor refuse au delà de 2 ou 3Go. Est-il possible d'utiliser ponctuellement plus de ram ? Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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