April 2015 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

V4.4
by Sigrid Lehuta 26 May '15

26 May '15

Je teste la V4.4. - à l ouverture il crée un nouveau isis-fish-4 : isis-fish-4-rc c'est normal ? - J'ai voulu tester la nouvelle équation de recruitment mais je suis un peu perdue, il faudrait de la documentation. ou un petit exemple. - Finalement est-elle appelée à chaque pas de temps ou seulement a t repro + delta + etalement recruitment ? getRepro() renvoit la matrice de repro - une verif me dit que la matrice repro a subi l'étalement du recruitment ainsi que la mortalite du groupe null et la migration vers les zones de recruitment. peux tu confirmer ? - la matrice reproduction est donc [step, zoneRecru] ? - si on veut la modifier est il necessaire d utiliser un iterator? ou une boucle est elle implicite? - A t on accès a ses semantics (zoneRecru, comme on avait la liste zoneRepro ds l equation de repro) ou doit on les reccuperer ? Merci

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Modification du site Isis
by Eric Chatellier 23 Apr '15

23 Apr '15

Bonjour, En faisant des mise à jour de contenu, j'ai trouvé que la partie "contenu" du site était trop petite. Je vais agrandir la partie blanche centrale en la laissant de taille fixe quand même (car en agrandissement dynamique, cela risque de ne pas avoir un super rendu). Si vous voulez que j'apporte d'autres modificiation au site, n'hésitez pas. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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changement reproduction/recrutement
by Stephanie MAHEVAS 22 Apr '15

22 Apr '15

Bonjour, Nous avons repéré une incohérence dans la description de la dynamique de pop (point déjà soulevé par Sigrid il y a 6 mois à peu près - pour Benjamin) Si la population est structuree en age: La méthode getRecruitment (de populationMonitor) applique changement de classe et migration aux naissances (groupe=null) jusqu'a date_naissance + delta(getMonthGapBetweenReproRecrutement). Cela sous-entend que la classe 0 est = à age 0. Ce qui n'est pas toujours le cas. Pour y remédier, on propose de distinguer dans l'interface reproduction, deux cas : cas 1=reproduction cas2=stock/recrutement *cas 1:reproduction* l'equation renvoie un nombre d'oeufs, qui vont grandir et mourir jusqu'à entrer dans la classe 0 si pop en age : delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee et croissance comme deja implementee (MAIS PAS DE MIGRATION car c'est deja dans la matrice de correspondance repro/recru) si pop en longueur: il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) et pas de croissance(pas de changement de classe), ni de migration. *cas 2:stock/recrutement * l'equation renvoie un nombre de recrues en age: delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee en longueur il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) Mortalité naturelle doit etre forcée à 0 Pas de migration, pas de changement de classe Donc il faut 1.ajouter un flag dans l'interface Repro (qui devrait s'appeler Repro/Recru) pour sélectionner cas1 ou cas 2 2.ajouter une aide pour le calcul de delta 3.modifier le code de getRecruitment selon algo ci-dessous *si cas 1, supprimer migration *si cas 2, supprimer migration et changement de classe 4.dans simulateur si cas 2 : forcer Mortalite naturelle du groupe null à 0 Stephanie et Sigrid -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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commit de fichiers
by Stephanie MAHEVAS 16 Apr '15

16 Apr '15

Bonjour Loic a modifie resultname, defaultsimulator, simatrix, exports pour ajouter des exports qui seraient utiles à tout le monde. Serait-il possible qu'un Lutin les verifie et fasse un commit pour tout le monde? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Optimisation des calculs matriciels via du code natif
by Benjamin POUSSIN 10 Apr '15

10 Apr '15

Salut, Je viens de trouver cette librairie qui permet d'utiliser en Java les spécificités de certain processeur (MMX, SS2,SS3, ..). Mais on passe par du code Natif (donc on perd en portabilité). Mais elle semble assez bien faite pour que ce soit totalement transparent pour les plate-formes supportées http://www.yeppp.info Nos matrices pleines sont au final des tableaux de double (double[]) et c'est justement sur les tableaux qu'on peut faire les optimisations. Par exemple multiplier par un scalaire toute la matrice au lieu de devoir le faire via N opérations si la matrice a N cellules, via cette librairie on le fait via 1 instruction processeur. Les méthodes utilisables dans notre cas: - addition d'un scalaire - soustraction d'un scalaire - multiplication d'un scalaire - division par un scalaire - addition de deux tableaux* - soustraction de deux tableaux* - division de deux tableaux* - multiplication de deux tableaux* - la somme de toutes les cellules du tableau* Mais toutes ces méthodes ne sont pas encore optimisé (seulement celle avec des *). Donc l'idée sera de faire un test pour voir le gain qu'on pourrait en tirer et si c'est positif, surveiller l'évolution de cette librairie -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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