December 2008 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Lancement des simulations sur Caparmor
by Éric Chatellier 29 Jan '09

29 Jan '09

Bonjour, Voici la progression de cette fonctionnalité. Ce qui fonctionne: - connexion à caparmor par mot de passe - connexion a caparmor par clé publique - dépôt de la clé publique si elle existe et que la connexion par mot de passe fonctionne - envoie des simulations sur caparmor - lancement des simulations sur caparmor - affichage de la progression des simulation lancées Ce qui reste à faire: - pouvoir arrêter une simulation ? (ça parait pas simple) - récupérer les résultats de simulation - stockée une liste locale des simulations lancée à distance (cela permet d'arrêter et relancer isis et pouvoir continuer à afficher la progression et récupérer les résultats) - faire en sorte que le IsisFish distant renvoie le chemin vers ses propres data et que le IsisFish local récupère les simulations via ce chemin -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Problème de transaction hibernate (règle changement des paramètres contrôlabes)
by Éric Chatellier 18 Dec '08

18 Dec '08

Bonjour, Voici l'erreur qu'avait rencontré chirine. Erreur que j'arrive à reproduire avec les script originaux. chirine HUSSEIN a écrit : > ERROR [SimThread 2008-11-24-10-19] (SimulationHelper.java:505) localSimulateSameThread - Error during simulation > fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: org.codelutin.topia.TopiaException: org.hibernate.HibernateException: Found shared references to a collection: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.zone > at fr.ifremer.isisfish.entities.FisheryRegionImpl.getStrategy(FisheryRegionImpl.java:201) > at rules.ChangementParamControlablePresimu_Chirine.init(ChangementParamControlablePresimu_Chirine.java:144) > at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:113) > at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationHelper.localSimulateSameThread(SimulationHelper.java:475) > at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationHelper$SimThread.run(SimulationHelper.java:385) > Caused by: org.codelutin.topia.TopiaException: org.hibernate.HibernateException: Found shared references to a collection: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.zone > at org.codelutin.topia.persistence.hibernate.TopiaDAOHibernate.findAll(TopiaDAOHibernate.java:119) > at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyDAOAbstract.findAll(StrategyDAOAbstract.java:40) > at fr.ifremer.isisfish.entities.FisheryRegionImpl.getStrategy(FisheryRegionImpl.java:198) > ... 4 more > Caused by: org.hibernate.HibernateException: Found shared references to a collection: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.zone > at org.hibernate.engine.Collections.processReachableCollection(Collections.java:163) > at org.hibernate.event.def.FlushVisitor.processCollection(FlushVisitor.java:37) > at org.hibernate.event.def.AbstractVisitor.processValue(AbstractVisitor.java:101) > at org.hibernate.event.def.AbstractVisitor.processValue(AbstractVisitor.java:61) > at org.hibernate.event.def.AbstractVisitor.processEntityPropertyValues(AbstractVisitor.java:55) > at org.hibernate.event.def.DefaultFlushEntityEventListener.onFlushEntity(DefaultFlushEntityEventListener.java:138) > at org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.flushEntities(AbstractFlushingEventListener.java:196) > at org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.flushEverythingToExecutions(AbstractFlushingEventListener.java:76) > at org.hibernate.event.def.DefaultAutoFlushEventListener.onAutoFlush(DefaultAutoFlushEventListener.java:35) > at org.hibernate.impl.SessionImpl.autoFlushIfRequired(SessionImpl.java:969) > at org.hibernate.impl.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1562) > at org.hibernate.impl.CriteriaImpl.list(CriteriaImpl.java:283) > at org.codelutin.topia.persistence.hibernate.TopiaDAOHibernate.findAll(TopiaDAOHibernate.java:115) > ... 6 more > INFO [SimThread 2008-11-24-10-19] (SimulationHelper.java:574) localSimulateSameThread - Simulation time: 1.848 > --- Cache Statistiques --- > Total call: 9 > Cache used: 1 > Cache usage: 11% > -------------------- > > Exception in thread "SimThread 2008-11-24-10-19" fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationException: Error during simulation > at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationHelper.localSimulateSameThread(SimulationHelper.java:507) > at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationHelper$SimThread.run(SimulationHelper.java:385) > Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: org.codelutin.topia.TopiaException: org.hibernate.HibernateException: Found shared references to a collection: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.zone > at fr.ifremer.isisfish.entities.FisheryRegionImpl.getStrategy(FisheryRegionImpl.java:201) > at rules.ChangementParamControlablePresimu_Chirine.init(ChangementParamControlablePresimu_Chirine.java:144) > at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:113) > at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationHelper.localSimulateSameThread(SimulationHelper.java:475) > ... 1 more > Caused by: org.codelutin.topia.TopiaException: org.hibernate.HibernateException: Found shared references to a collection: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.zone > at org.codelutin.topia.persistence.hibernate.TopiaDAOHibernate.findAll(TopiaDAOHibernate.java:119) > at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyDAOAbstract.findAll(StrategyDAOAbstract.java:40) > at fr.ifremer.isisfish.entities.FisheryRegionImpl.getStrategy(FisheryRegionImpl.java:198) > ... 4 more > Caused by: org.hibernate.HibernateException: Found shared references to a collection: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.zone > at org.hibernate.engine.Collections.processReachableCollection(Collections.java:163) > at org.hibernate.event.def.FlushVisitor.processCollection(FlushVisitor.java:37) > at org.hibernate.event.def.AbstractVisitor.processValue(AbstractVisitor.java:101) > at org.hibernate.event.def.AbstractVisitor.processValue(AbstractVisitor.java:61) > at org.hibernate.event.def.AbstractVisitor.processEntityPropertyValues(AbstractVisitor.java:55) > at org.hibernate.event.def.DefaultFlushEntityEventListener.onFlushEntity(DefaultFlushEntityEventListener.java:138) > at org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.flushEntities(AbstractFlushingEventListener.java:196) > at org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.flushEverythingToExecutions(AbstractFlushingEventListener.java:76) > at org.hibernate.event.def.DefaultAutoFlushEventListener.onAutoFlush(DefaultAutoFlushEventListener.java:35) > at org.hibernate.impl.SessionImpl.autoFlushIfRequired(SessionImpl.java:969) > at org.hibernate.impl.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1562) > at org.hibernate.impl.CriteriaImpl.list(CriteriaImpl.java:283) > at org.codelutin.topia.persistence.hibernate.TopiaDAOHibernate.findAll(TopiaDAOHibernate.java:115) > ... 6 more > INFO [Simulation Thread local] (SimulationDoneQueueModel.java:92) simulationWillBeRemoved - in done model for 2008-11-24-10-19 pos 0 L'erreur vient je pense d'un conflit d'entité hibernate issue de 2 transaction différentes. Les paramètres d'une règles sont récupérer dans une première transaction. La règle est exécutée dans une autre (init(SimulationContext)). Il faudrait peut-être que les paramètres et l'exécution soit dans la même transaction. (actuellement, ce n'est pas simple). Donc, si dans la méthode init() on charge un objet qui a le même topiaId qu'un des paramètres, il y a une exception. J'ai testé, juste avant l'appel à init() de mettre les topiaId des tous les paramètres à null, ça fonctionne. C'est pas une solution, mais c'est l'astuce la plus rapide... -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Base de données V2 d'Isis
by Éric Chatellier 18 Dec '08

18 Dec '08

Bonjour, Stéphanie ou Sigrid, auriez-vous une base de données xml de la version 2 d'Isis Fish ? Je doit tester que cette fonctionnalité fonctionne toujours, mais je ne trouve pas de base. Merci. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] liaison Isis -- Mexico et SimExplorer
by Benjamin POUSSIN 11 Dec '08

11 Dec '08

On Wed, 10 Dec 2008 16:54:03 +0100 "thierry.faure" <thierry.faure(a)cemagref.fr> wrote: > Benjamin POUSSIN a écrit : > > On Wed, 10 Dec 2008 15:01:28 +0100 > > "thierry.faure" <thierry.faure(a)cemagref.fr> wrote: > > > > > >> Bonjour Benjamin > >> Apres discussion avec Stephanie le jeudi aprem > >> on a convenu la chose suivante > >> - si tu fais l'export des entrees et sorties d' Isis au format Mexico > >> - nous de notre coté on fais l'import/export au format Mexico > >> > >> Donc à partir de cela on pourra visualiser l'arbre des entrées/sorties > >> dans SimExplorer > >> et faire le plan > >> > >> Qu'est ce que tu en penses? > >> > > > > Je ne comprend pas bien, tu veux dire qu'on a plus qu'a faire des > > import/export et vous faites toute le reste ? > > > > C-a-d que les interfaces de selection des facteurs, et de leur valeur > > possible sera a la charge de simexplorer ? En gros la partie dont on > > avait discuter a montpellier et que nous devions developpe, n'est > > peut-etre plus a faire ? > > > > > oui c'est bien cela > SimExplorer a partir des entres/sorties en xml : > - affiche sous forme d'arbre > - permet de sélectionner les facteurs et leurs domaines > - choisir les plans > - définir les traitements de sortie : si nécessaire > - lance les simus > >> Et quand penses tu pouvoir faire cela? > >> > > > > On est en train de finaliser une version ISIS stable (la derniere > > version avait un peu trop de bug :(. Et ensuite on fait les > > imports/exports. > > > > J'espere que vers le 15 janvier nous aurons tout ca de fini, teste, et > > fonctionnelle. > > > ok super > Ca nous va > > Il faudra qu'on discute sans doute un peu du format d'export d'une > > pecherie (description complete) car pour l'instant nous n'avons pas de > > format XML Mexico pour cela. > > > avec qui? l'ifremer ou nous? Plutot vous bien sur :). Avez-vous deja un format qui pourrait reservir pour Mexico ? Pour tout ce qui est Equation, matrice et saison (intervalle) comment pensez-vous faire pour l'edition dans SimExplorer ? -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Re: [Isis-fish-devel] liaison Isis -- Mexico et SimExplorer
by Benjamin POUSSIN 10 Dec '08

10 Dec '08

On Wed, 10 Dec 2008 15:01:28 +0100 "thierry.faure" <thierry.faure(a)cemagref.fr> wrote: > Bonjour Benjamin > Apres discussion avec Stephanie le jeudi aprem > on a convenu la chose suivante > - si tu fais l'export des entrees et sorties d' Isis au format Mexico > - nous de notre coté on fais l'import/export au format Mexico > > Donc à partir de cela on pourra visualiser l'arbre des entrées/sorties > dans SimExplorer > et faire le plan > > Qu'est ce que tu en penses? Je ne comprend pas bien, tu veux dire qu'on a plus qu'a faire des import/export et vous faites toute le reste ? C-a-d que les interfaces de selection des facteurs, et de leur valeur possible sera a la charge de simexplorer ? En gros la partie dont on avait discuter a montpellier et que nous devions developpe, n'est peut-etre plus a faire ? > Et quand penses tu pouvoir faire cela? On est en train de finaliser une version ISIS stable (la derniere version avait un peu trop de bug :(. Et ensuite on fait les imports/exports. J'espere que vers le 15 janvier nous aurons tout ca de fini, teste, et fonctionnelle. Il faudra qu'on discute sans doute un peu du format d'export d'une pecherie (description complete) car pour l'instant nous n'avons pas de format XML Mexico pour cela. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Créer une List<Date> allant de 0 à 59
by Sigrid LEHUTA 09 Dec '08

09 Dec '08

Bonjour, J'ai une question de syntaxe JAVA Dans mon script je souhaite créer une matrice de format Metiers x Date j'ai reccupere ma liste de Metier qui s appelle metiers et je souhaiterais creer une liste de Date (ou integer) qui s'appellerait dates et qui irait de 0 à 59 pour apres faire comme ca : matEffortSpanish = MatrixFactory.getInstance().create( "matEffortSpanish", new List[]{metiers,dates}, new String[]{"Metiers","Dates"}); est ce que je suis obligee de faire un for ? et d'ajouter les elements un à un ? ca serait qqch comme ca ? : for (int i=0; i < 60; i++) { dates.add(new Date (i)); } ou est ce qu'il existe un truc pratique ? ou encore je faire un truc hybride avec un liste d'objets pour la dimension 1 de la matrice et seulement la dimension de la dimension 2 ? Merci d'avance Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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[Mexio] Les choses a developper et fonctionnement global
by Benjamin POUSSIN 05 Dec '08

05 Dec '08

Bonjour, Voici ce qui va devoir etre fait pour faire fonctionner isis avec mexico. Le but est aussi de fournir des outils reutilisable hors isis (par mexico, simexplorer, ...). - pouvoir exporter toute une pecherie sous un format XML (ce format n'existe pas dans les schemas actuels Mexico, mais on peut sans doute reutiliser le schema de description des facteurs). - developper une interface graphique (Java) capable de presenter ce fichier XML pour que l'utilisateur puisse selectionner l'ensemble des facteurs et les valeurs qu'il souhaite qu'il puisse prendre - en sortie on a donc un nouveau fichier XML pret a etre utilise par R-Mexico (travail fait par eric R.) - developpement d'un bout de code R, capable d'appeler Isis avec en parametre un fichier XML Mexico de scenario (pas trop dur normalement) - developpement d'un bout de code R (le code en C existe deja), qui sache transformer un fichier XML de resultat Mexico en dataframe R. Le developpement de l'interface graphique se basera uniquement sur les informations XML et ne sera donc pas dependante d'ISIS. On utilisera des xpath (JXpath) dans le XML pour savoir qu'elle est la donnee isis representee par ce facteur. Il y aura peut-etre un probleme de representation. Car il serait bon d'avoir un arbre pour que l'utilisateur dans le context Isis, voit quelque chose comme ca: region | +-- maille | +-- m1 | +-- m2 +-- zone | +-- z1 | +-- z2 +-- metapop | +-- name | +-- id scientique | +-- pop | +-- name | +-- grow equation | +-- .... ... Alors qu'on a seulement un ensemble de facteur sans lien entre eux a la queue leu leu. Peut-etre qu'en utilisant et analysant les XPath on pourrait recreer cette arbre ? Sinon, peut-etre faudrait-il structure le XML pour pouvoir conserver cet arbre ? L'interface graphique utilisera tous les composants de saisie existant dans ISIS pour permettre a l'utilisateur de rentrer des valeurs facilement (equation, matrice, ...) Cette application ne devra pas avoir de dependance vers Isis mais que vers des librairie (ce qui est deja le cas pour les matrices), il faudra donc mettre certains composants dans des librairies. (cela pour facilite la reutilisation par d'autres applications) Dans un premier temps le developpement se fera de toute facon dans isis (pour un gain de temps au depart), on sortira l'application ensuite. L'application permettra aussi de choisir la methode de generation de plan (methode R) et le simulateur a utiliser (par defaut le simulateur sera celui indique dans le fichier XML initial genere par isis). En resume: - definition d'un schema XML - *developpement de l'export d'une pecherie sous ce format - developpement d'une appli java - *developpement d'un bout de R pour lancer ISIS - developpement d'un bout de R pour transformer les resultats Mexico en dataframe Seules les taches avec des * sont faites specifiquement pour ISIS -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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