February 2016 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

CR réunion ISIS-devel : futures évolutions
by Sigrid Lehuta 27 Apr '16

27 Apr '16

Hello, voici mes courtes notes sur les possibles évolutions d'ISIS en 2016. Merci de vos compléments et commentaires. Si besoin, prévoir une réunion téléphonique ou en chair et os pour peaufiner. - Dans les projets : j'ai oublié de mentionner que SMAC qui a un petit budget de maintenance ISIS-Fish (sole en Manche-est). On s'y interrogera sur la définition des zones... - Vérifier les valeurs par défaut d'ISIS fournir un tableau des valeurs à afficher pour shinter les paramètres - Mise en base de données (possiblement spatialisée) des paramètres et données utilisées pour la paramétrisation : Cela doit-il être inclus dans ISIS ? N'est ce pas exactement l'outil de partage de coselmar? - Repartir un job sur plusieurs machines (hors caparmor) - Script pour modifier la pêcherie : "main" utilise pour le remplissage ou la création des objets de la DB par programmation plutot que via l'interface - Production d'un rapport lisible des parametres de la DB : nouvel export preparer le template permet l'export des param pendant une simulation Ou (comme pas de necessary results) en dehors d'une simu. - Possibilité d importer les parametres d'une région ds une autre région : pour copier/coller des bouts de pecherie (une espèce ou toutes les espèces mais pas les infos spatialisées...) à partir du fichier d'export (cf au dessus) ? Problème lié au topia des objets aléatoirement attribués ?

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4.4 release ?
by Sigrid Lehuta 01 Mar '16

01 Mar '16

Bonjour, j'ai perdu le fil concernant la 4.4. Eric attends tu queje te donne le feu vert pour une release de la 4.4 ? Merci !

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Annualation : error dans equation de recruitment V4.4
by Sigrid Lehuta 12 Feb '16

12 Feb '16

J'ai trouvé mon erreur : La matrice de biomass est group x zone (et non zone x group) de plus je reccuperais le semantic de la dimension sommée pas futé... Désolée ! MatrixND biom = recruitmentInputs.get(0). getBiomass(); // zone x group biom = biom.sumOverDim(1); double ssb = 0; for (MatrixIterator i=biom.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; ssb += i.getValue()* group.getMaturityOgive(); } Le 12 février 2016 à 18:48, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > Salut, > > J'ai une erreur dans mes équations de recrutement (toutes neuves). > des que j utilise RecruitmentInputs le recruitment est 0. > Simu en PJ. > > L'equation compile et dans les tests précédents ça fonctionnait. > Voyez vous le probleme? > > Merci ! > > l'equation est la suivante > int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); > PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); > > // constant Rec > boolean constant = true; > double val = 19699.71 * 1000; // average 2008-2014 > > // recruitment TS 2008-2010 > //double [] TSRec ={21295,39186,48739}; // from nb at age WGNSSK 2012 > double [] TSRec ={19921,31058,10616,25227,11073,14271,25732}; // WGNSSK > 2015 (thousands) > > if(y<3){ > val = TSRec[y] * 1000; > > }else if(!constant){ > // get SSB > MatrixND biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass(); // zone x > group > biom = biom.sumOverDim(1); > double ssb = 0; > for (MatrixIterator i=biom.iterator(); i.hasNext();) { > i.next(); > Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); > PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; > ssb += i.getValue()* group.getMaturityOgive(); > } > //Ricker (Espece/StockRecruit/FitSR.r, update 2015) > double alpha = 8.45; > double beta = 1.26e-4; > double eps = 1; > if(context.getValue("Sigma") != null) eps = > (double)context.getValue("Sigma");// N(0,0.14) > val = alpha * ssb/1000 * Math.exp(-beta*ssb/1000) * 1000 *eps; > } > > for(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ > result.setValue(g0,z,val); > } > > return 0; >

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error dans equation de recruitment V4.4
by Sigrid Lehuta 12 Feb '16

12 Feb '16

Salut, J'ai une erreur dans mes équations de recrutement (toutes neuves). des que j utilise RecruitmentInputs le recruitment est 0. Simu en PJ. L'equation compile et dans les tests précédents ça fonctionnait. Voyez vous le probleme? Merci ! l'equation est la suivante int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); // constant Rec boolean constant = true; double val = 19699.71 * 1000; // average 2008-2014 // recruitment TS 2008-2010 //double [] TSRec ={21295,39186,48739}; // from nb at age WGNSSK 2012 double [] TSRec ={19921,31058,10616,25227,11073,14271,25732}; // WGNSSK 2015 (thousands) if(y<3){ val = TSRec[y] * 1000; }else if(!constant){ // get SSB MatrixND biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass(); // zone x group biom = biom.sumOverDim(1); double ssb = 0; for (MatrixIterator i=biom.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; ssb += i.getValue()* group.getMaturityOgive(); } //Ricker (Espece/StockRecruit/FitSR.r, update 2015) double alpha = 8.45; double beta = 1.26e-4; double eps = 1; if(context.getValue("Sigma") != null) eps = (double)context.getValue("Sigma");// N(0,0.14) val = alpha * ssb/1000 * Math.exp(-beta*ssb/1000) * 1000 *eps; } for(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ result.setValue(g0,z,val); } return 0;

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site isis en anglais
by Sigrid Lehuta 11 Feb '16

11 Feb '16

Je crois que je ne peux pas modifier les pages en anglais du wiki. peux tu me donner les droits d'edition? (ou coller ça en haut du tableau dans la page anglaise de publication ? :-))) ) MERCI ! 2015 **Lehuta, S.**, Vermard, Y., Marchal, P. 2015. A spatial model of the mixed demersal fisheries in the Eastern Channel. In Marine Productivity: Perturbations and Resilience of Socio-ecosystems. Ceccaldi, H.J. et al. (Eds.). p.187-195. 2015 **Reecht, Y.**, Gasche L., Lehuta S., Vaz S., Smith R.J., Mahévas S., Marchal P. 2015. Toward a Dynamical Approach for Systematic Conservation Planning of Eastern English Channel Fisheries. In Marine Productivity: Perturbations and Resilience of Socio-ecosystems. Ceccaldi, H.J. et al. (Eds.). pp.175-185. http://archimer.ifremer.fr/doc/00293/40421/ 2013 **Gasche, L.**, Mahévas, S., et Marchal, P. 2013. Supporting fisheries management by means of complex models: can we point out isles of robustness in a sea of uncertainty ? Plos One, 8(10). http://archimer.ifremer.fr/doc/00166/27746/ 2013 **Lehuta, S.**, Mahévas, S., Le Floc’h, P. 2013. Simulation-based bio-economic indicators of management impact: assessing relevance and robustness for the pelagic fishery of the Bay of Biscay. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 70: 1741–1756. `Canadian Journal of Fisheries and Aquation Science < http://www.nrcresearchpress.com/journal/cjfas/>`_ 2013 **Lehuta, S.**, Petitgas, P., Mahévas, S., Vermard, Y., Huret, M, Uriarte, A and Record, N.R. 2013. Selection and validation of a complex fishery model using an uncertainty hierarchy. Fisheries Research, 143, 57-66. `Ici <http://archimer.ifremer.fr/doc/00148/25965/24150.pdf>`__ `Fisheries research <http://www.journals.elsevier.com/fisheries-research/>`_ 2013 **Thébaud,O.**, Doyen,L., Innes, J. , Macher, C., Planque, B., Lample, M., Mahévas, S., Quaas, M., Mullon, C. , Smith, T., et Vermard, Y.. (2013). Building ecological-economic models and scenarios of marine resource systems: workshop report. Marine Policy 2013 **Mahévas, S.**, Lehuta, S. Illustration d’une analyse de sensibilité pour l’utilisation d’un modèle complexe en gestion des pêches ». In Analyse de sensibilité et exploration de modèles - Applications aux modèles environnementaux. Quae. Ed.Robert Faivre, Bertrand Iooss,David Makowski, Stéphanie Mahévas, Hervé Monod. 2013 **Mahévas, S.**, Iooss, B. 2013. Grilles de sélection d’une méthode d’analyse de sensibilité globale ». In Analyse de sensibilité et exploration de modèles - Applications aux modèles environnementaux. Quae. Ed. Robert Faivre, Bertrand Iooss,David Makowski, Stéphanie Mahévas, Hervé Monod. 2013 **Iooss, B.**, Mahévas, S. 2013. Revue et objectifs des méthodes d’analyse de sensibilité globale. Dans Analyse de sensibilité et exploration de modèles - Applications aux modèles environnementaux. Quae. Ed. Robert Faivre, Bertrand Iooss, David Makowski, Stéphanie Mahévas, Hervé Monod. 2013 **R. Faivre, B. Iooss, S. Mahévas, D. Makowski, H. Monod,** editors. Analyse de sensibilité et exploration de modèles. Applications aux modèles environnementaux. Editions Quae, 2013.( http://www.quae.com/fr/r2142-analyse-de-sensibilite-et-exploration-de-model… ) 2012 **Deporte N.**, C.Ulrich, S. Mahévas, S.Demanèche, F. Bastardie. 2012. Regional me´tier definition: a comparative investigation of statistical methods using a workflow applied to internationalotter trawl fisheries in the North Sea.ICES Journal of Marine Science 69(2): 331-342 2011 **Mahévas, S** et al., (2011) « An investigation of human vs. technology-induced variation in catchability for a selection of European fishing fleets », Ices Journal Of Marine Science 68, no. 10 : 2252-2263.

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Format des exports dans la version 4.4
by Eric Chatellier 11 Feb '16

11 Feb '16

Bonjour, Actuellement, dans les versions <= 4.3, les fichier d'export csv sont regroupé par population. Par exemple: nephrops;0;zone L21E7;0;100000.0 nephrops;0;zone L21E8;0;100000.0 nephrops;0;zone L22E6;0;100000.0 nephrops;0;zone L22E7;0;100000.0 nephrops;1;zone L21E7;0;100000.0 nephrops;1;zone L21E8;0;100000.0 nephrops;1;zone L22E6;0;100000.0 nephrops;1;zone L22E7;0;100000.0 pop2;0;zone L23E5;0;100000.0 pop2;0;zone L23E6;0;100000.0 pop2;0;zone L23E7;0;100000.0 pop2;0;zone L24E5;0;100000.0 pop2;1;zone L23E5;0;100000.0 pop2;1;zone L23E6;0;100000.0 pop2;1;zone L23E7;0;100000.0 pop2;1;zone L24E5;0;100000.0 Dans la version 4.4, peut-on: * regrouper les exports par pas de temps ? * changer l'ordre des colonnes pour que le pas de temps soit la première ? * ajouter des entetes pour faire des vrais fichier CSV ? Par exemple: step;population;zone;group;value 0;nephrops;zone L21E7;0;100000.0 0;nephrops;zone L21E8;0;100000.0 0;nephrops;zone L22E6;0;100000.0 0;nephrops;zone L22E7;0;100000.0 0;pop2;zone L23E5;0;100000.0 0;pop2;zone L23E6;0;100000.0 0;pop2;zone L23E7;0;100000.0 0;pop2;zone L24E5;0;100000.0 1;nephrops;zone L21E7;0;100000.0 1;nephrops;zone L21E8;0;100000.0 1;nephrops;zone L22E6;0;100000.0 1;nephrops;zone L22E7;0;100000.0 1;pop2;zone L23E5;0;100000.0 1;pop2;zone L23E6;0;100000.0 1;pop2;zone L23E7;0;100000.0 1;pop2;zone L24E5;0;100000.0 -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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