March 2009 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Probleme ISIS
by Benjamin POUSSIN 30 Mar '09

30 Mar '09

Salut, Apres quelques tests voici une petite liste de corrections a faire: Script ====== - probleme avec l'evaluation d'un script, car il appelle check avant l'evaluation pour que le script soit compile. Et ne fait l'execution que si check renvoie null, or, il renvoie "ok" si tout est bon, donc il ne fait jamais l'evaluation. Le mieux est d'avoir une vrai methode check qui retour null si tout est bon, et le message d'erreur de compilation sinon. Utilisee pour faire le check qui affiche "ok" et le check pre evaluation. (j'ai fait une petite modif pour que ca marche pour l'instant) Sensitivity =========== - mise en facteur migration, meme modele pour tous les facteurs :(, lorsqu'on modifie 1 ca modifie tout - probleme de mise en facteur des matrices, lorsqu'on selectionne discret, et qu'on modifie une valeur, cela modifie la matrice dans toutes les autres onglets - probleme de rechargement d'ancienne simulation (pas de chargement de la region dans l'onglet facteur) - probleme de factorisation des equations, il doit y avoir 1 facteur par parametre de l'equation et on doit pouvoir le reediter (et savoir ce que l'on reedite)(il faut sans doute pouvoir aussi reediter l'equation (par contre est-ce global ou local ?) - dans l'onglet facteur, les cartes ne devrait pas etre modifiable (ex: zone) - dans l'editeur de zone de la factorisation, il manque un JScrollPane - le facteur Age/longueur de MetaPopulation est un seul facteur (mutuellement exclusif) et non pas deux facteurs - dans la boite de dialogue de saisie des facteurs, le composant 'commentaires' prend beaucoup trop de placement par rapport au composant d'edition (problematique pour les composants d'edition important ex: pop->zone), et il y a beaucoup trop de place perdu entre le nom du facteur et le reste (espace vide) - lors de la factorisation d'une matrice, si on choisit continu, il y a un composant valeur qui reste vde (a quoi sert-il ?) - dans metier 'range of values' doit etre modifiable; par contre paramatre controlable de l'engin n'est pas modifiable mais est utilise pour savoir comment est gere 'range of values' - les saisons (pop et metier) ne sont pas utilisable en facteur - strategie->caracteristique: utiliser equation d'inactivite n'est pas factorisable Saisie ====== - Dans la saisie classique pop->zone, il ne faut pas afficher toutes les zones dans les 2 dernieres listes, mais seulement les zones selectionnees de la premiere liste - certaine zone commentaire doivent manquer de JScollPane (ex: metier->Saison/zones) Simulation ========== - une simulation avec la meme base sur 2 ans an subprocess prend 3 min. Une simulation en inprocess sur seulement 1an prend 4 min :( et mange la memoire et ne semble pas la liberer - si on utilise les stats on a une exception et pas de stat :( (division par 0) INFO [Thread-211] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TestRendu_2009-03-23-08-27] (SimulationControl.java:174) setText - Simulation terminée INFO [Thread-211] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TestRendu_2009-03-23-08-27] (InProcessSimulatorLauncher.java:444) localSimulateSameThread - Simulation time: 126.561 INFO [Thread-211] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) run - dans un sous processus>Exception in thread "SimThread sim_TestRendu_2009-03-23-08-27" java.lang.ArithmeticException: / by zero INFO [Thread-211] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Trace.printStatisticAndClear(Trace.java:168) INFO [Thread-211] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.aspect.Trace.printStatistiqueAndClear(Trace.java:105) INFO [Thread-211] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:449) INFO [Thread-211] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:237) Rendu des resultats =================== - Impossible d'ouvrir un rendu de resultat des simulations recuperes sur le labs ou d'une simulation faite localement, voici l'exception: DEBUG [AWT-EventQueue-0] (SimulationStorage.java:307) getParameter - Loading properties from : /usr/local/src/PROJET/lutin/isis-fish-data-trunk/simulations/as_Complet_simple_2009-03-20-14-58_0/parameters.properties DEBUG [AWT-EventQueue-0] (SimulationParameter.java:527) getRegion - La région Golfe de Gascogne a déjà été initialisée 03-23 08:21:38 jdbc[3]: Connection not closed DEBUG [AWT-EventQueue-0] (SimulationParameter.java:527) getRegion - La région Golfe de Gascogne a déjà été initialisée INFO [AWT-EventQueue-0] (ExportHelper.java:142) populateExport - DEBUG: set export param: export.0.parameter.pop = nephrops(fr.ifremer.isisfish.entities.Population#1223471368770#0.3058878391043739) DEBUG [AWT-EventQueue-0] (SimulationParameter.java:527) getRegion - La région Golfe de Gascogne a déjà été initialisée 03-23 08:21:39 jdbc[4]: SQLException ERROR [AWT-EventQueue-0] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Hexadecimal string contains non-hex character: matrixCatchRatePerStrategyMet nephrops; SQL statement: select distinct resultimpl0_.name as col_0_0_ from result resultimpl0_ order by resultimpl0_.name [90004-109] WARN [AWT-EventQueue-0] (ResultStorage.java:371) getResultName - Can't get result name org.codelutin.topia.TopiaException: Error during query execution: Select distinct name from fr.ifremer.isisfish.entities.Result order by name at org.codelutin.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:859) at fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage.getResultName(ResultStorage.java:364) at fr.ifremer.isisfish.ui.result.ResultEdit.loadResume(ResultEdit.java:258) at fr.ifremer.isisfish.ui.result.ResultEdit.setSimulation(ResultEdit.java:225) at fr.ifremer.isisfish.ui.result.ResultEdit.<init>(ResultEdit.java:90) at fr.ifremer.isisfish.ui.result.ResultView.on_openWindowButton_clicked(ResultView.java:139) at fr.ifremer.isisfish.ui.result.ResultViewUI$3.mouseClicked(ResultViewUI.java:320) at java.awt.AWTEventMulticaster.mouseClicked(AWTEventMulticaster.java:253) at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6137) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3265) at java.awt.Component.processEvent(Component.java:5899) at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2030) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4501) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2088) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4331) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4303) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:3976) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:3897) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2074) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2458) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4331) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:599) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:284) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:184) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:174) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Caused by: org.hibernate.exception.GenericJDBCException: could not execute query at org.hibernate.exception.SQLStateConverter.handledNonSpecificException(SQLStateConverter.java:126) at org.hibernate.exception.SQLStateConverter.convert(SQLStateConverter.java:114) at org.hibernate.exception.JDBCExceptionHelper.convert(JDBCExceptionHelper.java:66) at org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2231) at org.hibernate.loader.Loader.listIgnoreQueryCache(Loader.java:2125) at org.hibernate.loader.Loader.list(Loader.java:2120) at org.hibernate.loader.hql.QueryLoader.list(QueryLoader.java:401) at org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.list(QueryTranslatorImpl.java:361) at org.hibernate.engine.query.HQLQueryPlan.performList(HQLQueryPlan.java:196) at org.hibernate.impl.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1148) at org.hibernate.impl.QueryImpl.list(QueryImpl.java:102) at org.codelutin.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:855) ... 27 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Hexadecimal string contains non-hex character: matrixCatchRatePerStrategyMet nephrops; SQL statement: select distinct resultimpl0_.name as col_0_0_ from result resultimpl0_ order by resultimpl0_.name [90004-109] at org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:107) at org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:118) at org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:77) at org.h2.util.ByteUtils.getHexDigit(ByteUtils.java:99) at org.h2.util.ByteUtils.convertStringToBytes(ByteUtils.java:85) at org.h2.value.Value.convertTo(Value.java:754) at org.h2.value.ValueLob.convertTo(ValueLob.java:441) at org.h2.value.Value.getBytes(Value.java:386) at org.h2.value.ValueLob.getBytes(ValueLob.java:574) at org.h2.value.ValueLob.hashCode(ValueLob.java:603) at org.h2.value.ValueArray.hashCode(ValueArray.java:43) at org.h2.util.ValueHashMap.getIndex(ValueHashMap.java:54) at org.h2.util.ValueHashMap.put(ValueHashMap.java:65) at org.h2.result.LocalResult.addRow(LocalResult.java:262) at org.h2.command.dml.Select.queryFlat(Select.java:501) at org.h2.command.dml.Select.queryWithoutCache(Select.java:560) at org.h2.command.dml.Query.query(Query.java:233) at org.h2.command.CommandContainer.query(CommandContainer.java:81) at org.h2.command.Command.executeQueryLocal(Command.java:141) at org.h2.command.Command.executeQuery(Command.java:122) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeQuery(JdbcPreparedStatement.java:98) at org.hibernate.jdbc.AbstractBatcher.getResultSet(AbstractBatcher.java:208) at org.hibernate.loader.Loader.getResultSet(Loader.java:1808) at org.hibernate.loader.Loader.doQuery(Loader.java:697) at org.hibernate.loader.Loader.doQueryAndInitializeNonLazyCollections(Loader.java:259) at org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2228) ... 35 more -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Temps de simulation
by Éric Chatellier 27 Mar '09

27 Mar '09

Bonjour Stéphanie, Le problème des énormes durées de simulation et de l'occupation mémoire a été résolu. (merci benjamin ;) ) Par exemple, la simulation de "Galfe de Gascogne" prend 1m20s pour 10 ans. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-user] Re : Problème de connexion au serveur vcs
by Éric Chatellier 26 Mar '09

26 Mar '09

Éric Chatellier a écrit : > chirine HUSSEIN a écrit : > >> je pense il n'y a rien >> >> et voila le fichier d'error. >> >> merci bien >> >> >> > Il y a bien une erreur : > WARN [main] (SVNHelper.java:197) findTypeRepo - > org.codelutin.vcs.VCSException: org.tmatesoft.svn.core.SVNException: > svn: Malformed network data > > Mais je ne la comprend pas bien :( > J'ai trouvé un article sur http://blog.maxdunn.com/articles/2006/12/07/svn-malformed-network-data-erro… Je pense que cela ne fonctionne plus depuis que le labs a été mis à jour. En gros le svnkit-1.1.3 (dans isis-3.1.3) ne fonctionne pas avec svnserve (1.4.x) du labs. >> chirine >> >> -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] Petit souci dans l'équation du modèle de croissance inverse ?
by Sigrid LEHUTA 19 Mar '09

19 Mar '09

Salut, je suis pas une experte en fonction de Von Bertalanffy, mais je trouve comme toi. Mais il se peut qu'on se plante toutes les deux (qqn sait ?)... si c est pas le cas ca serait peut être prudent de le corriger dans DemoRegion, pour les versions suivantes, j'ai crée un feature request. Sigrid Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : > Salut Sigrid, > > je voulais ton avis sur un petit quelque chose de ISIS. > > pour le modèle de croissance inverse, j'ai recopié sans trop vérifier > le modèle qu'il y avait sur DemoRegion, qui était le même que celui de > Virginie (qui a bossé sur la langouste). > > Petit souci, j'ai vérifié les âges pour les longueurs en utilisant le > modèle de VBertalanffy, et je ne tombais pas sur les mm valeurs que > celles calculées par ISIS. Alors je me suis dit, souci ! > > En vérifiant, il me semble qu'il y a un petit pb de + et - ! Sur le > modèle DemoRegion, il y a : > > return ((-t0-((1/K)*Math.log((1-(length/Linf)))))*12) > > En fait, j'ai refait les calculs sur papier, et normalement, il ne > faut pas mettre (-t0), mais (tO)...puisque dans l'équation de base > c'est e(-K(t - t0)) > > il me semble, si tu peux vérifier de ton côté...en tous cas, > maintenant, ça me donne les valeurs que j'avais trouvées en calculant > à part... > > Dis-moi ce que tu en penses..je me suis peut-être plantée, c'est vite > fait d'oublier le + ou le - !! > > A bientôt > Delphine > > > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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modifier la base de données dans une regle et questions liées...
by Sigrid LEHUTA 10 Mar '09

10 Mar '09

Bonjour, je rencontre un problème pour modifier les valeurs contenues dans la base de données au cours d'une simulation. En effet pour modifier l'équation de mortalité naturelle à chaque pas de temps j'ai crée une règle de gestion, mais je m aperçois en l écrivant que ca n'est pas clair pour moi la manière d'accéder aux objets et leur sens, les objets qu'il faut effectivement modifier et en plus je n'arrive pas a faire ce que je veux :-( en gros on a le topia context et les objets DAO, qui permettent l acces a la dase de donnees et on a aussi les objets reccuperes a partir de Si Matrix... c'est ceux là qu on modifie en general dans les regles et les objets monitor... et je sais pas bien lequel s utilise quand... :-/ L'autre question liée, c est le fait que certaines méthodes modifient directement l'objet et d autres le copie et ne modifie que la copie et là encore ça n'est pas clair lesquelles font quoi Serait il possible d'avoir une explication là dessus s il vous plait ? peut être même un genre de cours un de ces 4... ? Merci d avance Sigrid voici mon script : TopiaContext db = context.getDB(); PopulationDAO popDao = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); Population pop = popDao.findByName(param_pop.getName()); Equation eqm = pop.getNaturalDeathRate(); String [] mortality = new String[]{ M1+ Mgir +M2+ Mroch +M3+ Mlc +M4+ Mlo +M5+ Mnor +M6}; String mort = (String) mortality[0]; System.out.println("mortalité script = " + mort); eqm.setContent(mort); System.out.println("mortalité eq apres = " + eqm.getContent()); les 2 print donnent la bonne valeur mais les résultats de simulation montrent que la modif n a pas eu lieu ... -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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affecter les valeurs d'une matrice à une autre...
by Sigrid LEHUTA 03 Mar '09

03 Mar '09

Bonjour, J'ai une question à priori toute bête : je veux attribuer à la matrice eff la valeur d'une autre matrice de même taille matEffInit0 j'ai fait eff.paste(new int[2], matEffInit0); mais ça ne doit pas s'écrire comme ça parce que ça marche pas... :-( j ai essayé eff = matEffInit0; marche pas non plus :-( voici le contexte : dans un plan d'analyse je souhaite modifier à chaque nouvelle simu les effectifs initiaux j'ai chargé mes différentes matrices d'effectifs initiaux matEffInit0, matEffInit1.... et en préSimulation je reccupere eff la matrice d'effectifs initiaux dans les paramètres de simulation MatrixND eff = nextSimulation.getParameter( ).getNumberOf(anchois); puis if(simulationNumber == 0) eff.paste(origin,matEffInit0); ... Est ce que qqn peut m'indiquer comment faire s'il vous plait ? Merci d'avance ! Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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Corruption de base de données région
by Éric Chatellier 02 Mar '09

02 Mar '09

Bonjour sigrid. Nous cherchons une solution a votre pb de région qui ne fonctionne plus depuis le passage à isis 3.2.0.4. Avez vous une copie de cette région "avant" de l'avoir lancée avec ce nouveau isis ? Merci -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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