August 2012 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Gestion de la distribution dans les méthodes d'AS
by Eric Chatellier 22 Nov '13

22 Nov '13

Bonjour, J'ai un peu progressé dans la compréhension de l'utilisation de la distribution dans les méthodes d'AS. Il y a plusieurs cas: * soit la méthode prend en paramètres la distribution directement (Fast99) * soit des paramètres de la distribution peuvent être calculé avant par une distribution (Sobol) * soit la méthode gère elle même la distribution, non modifiable (LHS) * soit la distribution ne peut pas être gérée Voici en détail les problèmes rencontrés suivant les méthodes de calcul: Morris ------ Morris prend en paramètres deux vecteurs correspondant aux valeurs min et max de chaque facteur. Si les facteurs n'ont pas été défini en distribution uniforme avec des valeurs min et max, cela pose problème. Sobol ----- Sobol prend en paramètres 2 dataframe qui peuvent être défini manuellement suivant une méthode de distribution. C'est donc théoriquement possible. RandomLHS et OptimumLHS ----------------------- RandomLHS gère elle même une distribution uniforme entre 0 et 1. help(randmonLHS) : An ‘n’ by ‘k’ Latin Hypercube Sample matrix with values uniformly distributed on [0,1] Donc en faisant un produit en croix entre min et max, il est possible d'obtenir la valeur réelle du facteur. Mais dans le cas d'une distribution non uniforme, comment peut-on exploiter la valeur entre 0 et 1 ? ExpandGrid ---------- Pas de gestion de la distribution. RDOpimal -------- Pas de gestion de la distribution. Apparemment Sigrid avait bien aidé Jean sur ce script. RegularFraction --------------- Pas de gestion de la distribution. JavaExpandGrid et FrF2 ---------------------- JavaExpandGrid calcule manuellement les valeurs des facteurs. Donc a moins de refaire le calcul pour toutes les distributions possibles, autant supprimer cette méthode. FrF2 est la même méthode que RegularFraction. Stéphanie, tu aurais un moment pour rediscuter de ca ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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variables par defaut dans populations
by Stephanie MAHEVAS 25 Sep '12

25 Sep '12

Eric, serait-il possible que par défault lorsque l'on crée une population il y ait deux variables par defaut AgeMin et AgeMax initialisées par defaut à l'age min de la pop et l'age max de la pop (et 0 si les pop sont structurées en longueur)? Ca permettrait de rendre generique le SiMatrix crée par Loic... Merci Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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combinaison de TAC et ogive de tri
by Stephanie MAHEVAS 31 Aug '12

31 Aug '12

Eric, j'ai des problemes de compil dans la postaction des deux regles suivantes. pourrais-tu regarder et m'expliquer? merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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CR Réunion IsisFish du 27/08/12
by Eric Chatellier 29 Aug '12

29 Aug '12

=============================== CR Réunion IsisFish du 27/08/12 =============================== Présents : Stéphanie, Jean, Eric. Paramètrescontinus: par défaut en distributionuniforme %. Avantage : fonctionnepour toutes les méthodes. Les paramètresdiscrets n'ont pas de distribution Quantile function = distribution inverse pour passer de [0,1] à la distribution. Gestion de la distribution dans les méthodes d'AS ================================================= Passage en revue des méthodes d'AS pour étudier le support de la distribution. Morris ------ Message d'erreur si tous les paramètres ne sont pas continus et bornés. Sobol ----- Message d'erreur si tous les facteurs ne sont pas continus Utiliser Sobol2002 Stephanie doit vérifier si on peut pas accepter des discrets. LHS (Random, Optimum) --------------------- Message d'erreur si tous les paramètres ne sont pas continus Besoin d'appliquer la fonction inverse de distribution sur le retour de la méthode LHS pour prendre en compte la distribution. Rajouter une méthode RandomLHSFiltrée (en plus de RandomLHS) qui enlève les lignes en double. Garder le nombre de lignes stockées dans une variable dans le RData. Fast ---- Message d'erreur si tous les facteurs ne sont pas continus regularFractions ---------------- Voir si on utilise pas le package de Hervé. Envoyer un mail sur ML Mexico. Fonctionne que sur discret. Si continu, besoin de discrétisation. Il faudrait peut-être faire ça en R et proposer à Hervé si il ne le fait pas déjà dans son package. En attendant une vrai release sur CRAN du package d'Hervé, on utilise la fonction. expandGrid ---------- Renommer en regularExpandGrid. Afficher un message d'erreur si tous les paramètres ne sont pas bornés. Créer un nouveau script randomExpandGrid qui prend la distribution (utiliser d.... pour le tirage) JavaExpandGrid -------------- A supprimer FrF2 ---- A supprimer RDOptimal --------- Basé sur l'expandGrid donc idem ExpandGrid Tous ---- Renommer les classes pour ne pas avoir SensitivityCalculatorR en préfixe. A vérifier la raison du préfixe. Propriétés distribution ======================= Dans l'API d'ISIS-Fish, configurer chaque distribution pour déterminer: * si les paramètres sont bornésou pas. * si les paramètres doivent être continusou pas Divers ====== A faire : * Permettre d'exporter/importer l'arbre des facteurs (Mexico ?) pour les advanced users. * Il y a déjà les méthodes pour. Rajouter les boutons. Memory leak: ------------ Eric fait une release dans l'aprèm pour : * corriger le problème de mémoire récemment corrigé * optimiser l'utilisationdu cache Isis * supprimerla base sur Caparmor quand AS pour Steph. Manuel ====== Rajouter : Dire qu'on fait anova pour les méthodes ....., pour modifier il faut aller taper dans le RData. Envisager une traduction du manuel en anglais -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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récupérer un log depuis FonctionObjectif_Baranov ?
by Loic GASCHE 27 Aug '12

27 Aug '12

Encore une question pour Eric ! Dans mes logs de simulation il apparait que le Fgroup calculé est identique d'un groupe à l'autre. Pourtant les valeurs introduites dans l'équation de Baranov sont bien différentes d'un groupe à l'autre, et il y a convergence de ff (ou fu tel qu'il est nommé dans fmin) vers une valeur très faible. Le soucis est que tous les fu (sur toutes les pops et tous les groupes) prennent la même valeur à la même itération, ce que je ne m'explique pas... Je voulais donc mettre des logs à plusieurs endroits de FonctionObjectif_Baranov pour tenter de comprendre pourquoi. Le problème est que les logs que je demande dans "public double optimize(double xx) {" n'apparaissent pas dans le log de la simulation. Est-ce normal ? public class FonctionObjectif_Baranov extends FonctionObjectif { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ private static Log log = LogFactory.getLog(FonctionObjectif_Baranov.class); protected double C, M, N; public FonctionObjectif_Baranov(double C, double M, double N) { this.C = C; this.M = M; this.N = N; log.info("C= " + C); log.info("M= " + M); log.info("N= " + N); } // add your method here public double optimize(double xx) { double ff; ff = Math.pow((C - (xx/(xx+M))*(1-Math.exp(-(xx+M)))*N),2); log.info("Cbis= " + C); log.info("Mbis= " + M); log.info("Nbis= " + N); log.info("ff= " + ff); log.info("xx= " + xx); return ff; } }

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[ANN] - IsisFish 4.1.1.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification 27 Aug '12

27 Aug '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Add annotation to not cache method or class call Issue: 1411. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Fuite mémoire depuis la version 3.2 Issue: 390. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Can't create SimulationPlan Issue: 1406. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o ConverterUtil#getConverter must be cached to return only one instance instead of one for each call Issue: 1415. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to delete sensitivity analysis result Issue: 1420. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.1.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/436 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Package ECmexico AS
by Stephanie MAHEVAS 27 Aug '12

27 Aug '12

Bonjour voici le dernier package Mexico incluant la derniere version de regularFraction et des fonctions de distributions tronquées (Gumbel, normal, lognormal) a+ stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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site isis en anglais
by Sigrid Lehuta 24 Aug '12

24 Aug '12

Hello je viens de me connecter sur isis-fish.org et je ne trouve pas les pages en anglais il me semble que tout avait ete traduit non? Quelle est l'adresse? Merci.

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origin de importCSV ?
by Loic GASCHE 22 Aug '12

22 Aug '12

Bonjour, Je voudrais savoir à quoi correspond "origin" dans les méthodes suivantes : void importCSV(File file, int[] origin) Import depuis un reader au format CSV des données dans la matrice. void importCSV(Reader reader, int[] origin) Import depuis un reader au format CSV des données dans la matrice. Quelle est la différence entre un File et un Reader ? Merci d'avance ! Loïc

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Exports par groupe dans le RData ?
by Loic GASCHE 21 Aug '12

21 Aug '12

Salut les lutins, Maintenant que le calcul de F par groupe fonctionne dans ISIS je fais les exports correspondants... Pas de problème pour la création des fichiers .csv, mais j'ai des soucis avec l'export dans le RData. En effet pour le moment on a 1 export = 1 valeur d'une variable par simu. Or là il me faudrait 1 export = N valeurs par simu, N variant d'une population à l'autre... Pour conserver le même nombre de lignes que les autres exports il faudrait faire N exports correspondant chacun à un groupe, mais N varie et il y a certainement une meilleure solution que d'écrire plusieurs fois le même script juste en changeant le groupe... Solution que je ne trouve pas... Je me demande s'il serait possible de faire créer plusieurs colonnes par export par exemple en mettant le "public String getExportFilename() { " dans une boucle sur les groupes par exemple ? Loïc

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