March 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

erreur version 3.3
by Bastien Preuss 08 Mar '10

08 Mar '10

Bonjour, Je viens de passer à la version 3.3 et jobtiens pas mal derreur au lancement, dont les deux qui suivent. Je mets aussi en PJ le debug. Autre petite question : pourquoi dans longlet analyse de sensibilité : choix de la méthode, dans le menu déroulant il ny a aucune méthode à sélectionner ? Merci. Bastien Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: scripts.ResultName Level: SEVERE Stack Trace: Can't load class: scripts.ResultName fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStora ge.java:143) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java :229) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:117) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:462) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:283) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:82) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:725) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:230) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.launchUI(IsisFish.java:602) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:150) Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: scripts.ResultName Level: SEVERE Stack Trace: Can't load class: scripts.ResultName fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStora ge.java:143) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java :229) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.setListSimulResultChooseMode l(ResultChoiceUI.java:57) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.refresh(ResultChoiceUI.java: 48) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$initialize(ResultChoiceUI.j ava:296) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.<init>(ResultChoiceUI.java:1 08) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.createResultChoiceUI(SimulUI.java:4 64) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.$initialize(SimulUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.<init>(SimulUI.java:127) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:462) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:283) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:82) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:725) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:230) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.launchUI(IsisFish.java:602) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:150) Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Calibration
by Bastien Preuss 08 Mar '10

08 Mar '10

Bonjour, Je suis en train de lire le script de calibration du wiki utilisant la méthode du simplexe à pas variable, mais à vrai dire, je suis plutôt en train de déchiffrer du Java! Mais ça viens La lecture de Walters est très éclairante sur le sujet, et donc je me pose des questions. Lors de la calibration de la capturabilité dans ISIS, il y a q1 et q2 comme facteurs (cest donc un simplexe à 2 facteurs ; avec trois couples de facteurs, initialisés avec M1, M2 et M3), cest bien cela ? Par contre, je ne suis pas sure de bien comprendre à quoi correspondent q1 et q2 ? Cest une décomposition de la capturabilité q ? Dans le script, la fonction objectif, cest bien le critère ? c'est-à-dire le carré de lécart entre observé et simulé (ligne 328) ? Mais pourquoi crit + (obs-simu)^2 ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] CAPARMOR accès extranet
by Eric Chatellier 05 Mar '10

05 Mar '10

Le 16/02/2010 22:48, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour à tous, > Bonjour, > > J’ai contacté Tina pour savoir si je pouvais avoir accès à CAPARMOR en > n’étant pas sur le réseau IFREMER, et sa réponse est qu’il est > possible d’utiliser le « portail extranet ». > > Ma question est donc de savoir s’il est possible de configurer l’accès > en extranet à CAPARMOR via l’interface ISIS ? > En fait, par cette méthode, on n'accède pas "directement" à caparmor. Il y a un serveur "bannec" (ssh vbannec) sur lequel on arrive avant, et depuis lequel on ne peut pas lancer de simulation. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] TR: TR: Cluster
by Eric Chatellier 02 Mar '10

02 Mar '10

Le 01/03/2010 23:31, Bastien Preuss a écrit : > De Jérôme Lefèvre > (Administrateur Cluster Nouméa) > > Bonjour, > Bonjour, > Nous disposons d'un cluster à base de bi-pocesseur Opteron (4 cores par > machine) totalisant 40 Cores, sous OS Fedora core 8 et gestionnaire de job > PBS (Torque) Nous l'utilisons à des fins de calculs intensifs pour les codes > Ocean/Atmosphère (WRF, MARS, ROMS ...). > Le système OS installé est dégraissé (par exemple Java n'est pas installé), > mais je peux l'ajouter si besoin. > > Pour le lancement, Bastien m'a parlé d'un module Java qui se charge de > l'interaction avec Caparmor, c-a-d, je suppose, avec le gestionnaire de job > installé sur Caparmor. Est-ce cela ? Comment faire en sorte que le module de > lancement des jobs discute avec PBS ? Finalement, c'est exactement la même architecture que Caparmor. IsisFish communique avec le serveur via SSH et lance les jobs via PBS. Il vérifie périodiquement l'avancement de simulation et télécharge les résultats via SSH également. > Enfin, quelles sont les prerequis > software pour permettre l'utilisation du logiciel Isis Fish sur notre > cluster (voir descriptif Cluster pièce jointe) ? > Idéalement, seul le JDK java 6 est nécessaire. Cependant, suivant votre descriptif, le serveur est en 64bits (comme caparmor), et nous obtenons de meilleurs performance avec un JDK Java en 32bit. Sur caparmor, nous avons installé Java 6 en 32 bits sur un compte utilisateur avec accord de l'administrateur. Les scripts PBS pointe sur cette instance de Java. > Idealement, on souhaiterait lancer isis Fish sur les noeuds du cluster en > passant par le gestionnaire de Job PBS. On peut s'arranger pour installler > les composant d'Isis Fish sur chaque noeuds de calcul ou alors sur l'espace > HOME partagé par les noeuds via le système de fichier partagé NFS. La base > de donnée IsisFish pouvant elle être installée sur l'espace partagé HOME. Il est préférable que IsisFish soit également sur le HOME utilisateur car il doit être mis à jour à chaque version. > On > ne pourra pas utiliser l'interface graphique sous Windows, l'environnement > du cluster étant accessible que sous Linux. > Toute la communication s'effectue via SSH via IsisFish, un serveur ssh classique est donc suffisant (Isis supporte toutes les méthodes d'authentification). Tel que c'est défini, vous n'avez aucune action particulières à effectuer (sauf java peut-être). Le soucis restant étant de tester le fonctionnement et de configurer IsisFish pour ce cluster. Est-il possible d'y accéder depuis l'extérieur ? > Merci > Jérôme Lefèvre > Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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TR: TR: Cluster
by Bastien Preuss 01 Mar '10

01 Mar '10

Bonjour Eric, Voici la réponse du responsable du Cluster. Si jamais vous préférer sortir de la liste user pour échanger à ce sujet, son adresse mail est jerome.lefevre(a)ird.fr De Jérôme Lefèvre (Administrateur Cluster Nouméa) Bonjour, Nous disposons d'un cluster à base de bi-pocesseur Opteron (4 cores par machine) totalisant 40 Cores, sous OS Fedora core 8 et gestionnaire de job PBS (Torque) Nous l'utilisons à des fins de calculs intensifs pour les codes Ocean/Atmosphère (WRF, MARS, ROMS ...). Le système OS installé est dégraissé (par exemple Java n'est pas installé), mais je peux l'ajouter si besoin. Pour le lancement, Bastien m'a parlé d'un module Java qui se charge de l'interaction avec Caparmor, c-a-d, je suppose, avec le gestionnaire de job installé sur Caparmor. Est-ce cela ? Comment faire en sorte que le module de lancement des jobs discute avec PBS ? Enfin, quelles sont les prerequis software pour permettre l'utilisation du logiciel Isis Fish sur notre cluster (voir descriptif Cluster pièce jointe) ? Idealement, on souhaiterait lancer isis Fish sur les noeuds du cluster en passant par le gestionnaire de Job PBS. On peut s'arranger pour installler les composant d'Isis Fish sur chaque noeuds de calcul ou alors sur l'espace HOME partagé par les noeuds via le système de fichier partagé NFS. La base de donnée IsisFish pouvant elle être installée sur l'espace partagé HOME. On ne pourra pas utiliser l'interface graphique sous Windows, l'environnement du cluster étant accessible que sous Linux. Merci Jérôme Lefèvre Bastien Preuss a écrit : > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric > Chatellier > Envoyé : lundi 1 mars 2010 20:17 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Cluster > > Le 28/02/2010 22:36, Bastien Preuss a écrit : > >> Bonjour à tous, >> >> > Bonjour, > > >> Une nouvelle question pour les informaticiens ! >> >> Après quelques échanges de mails, il semble donc quil ne me sera pas >> possible dutiliser Caparmor >> >> Cependant, nous disposons dun Cluster ici, qui fait habituellement >> tourner des modèles hydrodynamiques. >> >> La machine est disponible régulièrement, donc je pense pouvoir lutiliser. >> >> La personne qui gère le cluster me demande si mon modèle peut être >> parallélisé et tourner sur plusieurs CPU, jimagine que cest déjà ce >> qui est fait avec Caparmor ? >> >> > En fait non, une simulation n'est pas parallélisable. > Ce qui est "parallélisé" c'est les plans de simulation et les plans > d'analyse. Plusieurs simulations tournent en même temps, mais > chaque simulation utilise un seul coeur (processeur). > >> Je voulais donc 1) juste avoir cette petit confirmation. >> >> Et 2) savoir comment techniquement je pourrais faire tourner Isis sur >> un Cluster ? Jimagine que je ne pourrais pas faire de lancement à >> distance ? Et quil me faudra installer ISIS sur le cluster puis venir >> avec une clef USB pour copier ma base et enfin lancer les simus >> directement à partir du terminal du cluster ????? >> >> > Ça dépend. Voulez vous faire tourné des simulations isolées ? > Ou plutôt un ensemble de simulation ? > > Pour ce qui de l'accès, on accede à caparmor via le protocole > ssh (si c'est un serveur linux, il devait être présent), l'envoi > de simulation, le lancement et la récupération des > résultats se fait ainsi. > > Par contre, sur caparmor, il y a un "ordonnanceur" de jobs, > qui fait que même si on envoi 1000 simulations, il les > fera 16 par 16 pour ne pas nuire aux performances du système. > Pouvez vous vous renseigner pour savoir si un équivalent existe ? > >> Merci de vos éclaircissements. >> >> Bonne journée. >> >> Bastien >> >>

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Re: [Isis-fish-users] Cluster
by Eric Chatellier 01 Mar '10

01 Mar '10

Le 28/02/2010 22:36, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour à tous, > Bonjour, > Une nouvelle question pour les informaticiens ! > > Après quelques échanges de mails, il semble donc qu’il ne me sera pas > possible d’utiliser Caparmor… > > Cependant, nous disposons d’un Cluster ici, qui fait habituellement > tourner des modèles hydrodynamiques. > > La machine est disponible régulièrement, donc je pense pouvoir l’utiliser. > > La personne qui gère le cluster me demande si mon modèle peut être > parallélisé et tourner sur plusieurs CPU, j’imagine que c’est déjà ce > qui est fait avec Caparmor… ? > En fait non, une simulation n'est pas parallélisable. Ce qui est "parallélisé" c'est les plans de simulation et les plans d'analyse. Plusieurs simulations tournent en même temps, mais chaque simulation utilise un seul coeur (processeur). > > Je voulais donc 1) juste avoir cette petit confirmation. > > Et 2) savoir comment techniquement je pourrais faire tourner Isis sur > un Cluster ? J’imagine que je ne pourrais pas faire de lancement à > distance ? Et qu’il me faudra installer ISIS sur le cluster puis venir > avec une clef USB pour copier ma base et enfin lancer les simus > directement à partir du terminal du cluster… ????? > Ça dépend. Voulez vous faire tourné des simulations isolées ? Ou plutôt un ensemble de simulation ? Pour ce qui de l'accès, on accede à caparmor via le protocole ssh (si c'est un serveur linux, il devait être présent), l'envoi de simulation, le lancement et la récupération des résultats se fait ainsi. Par contre, sur caparmor, il y a un "ordonnanceur" de jobs, qui fait que même si on envoi 1000 simulations, il les fera 16 par 16 pour ne pas nuire aux performances du système. Pouvez vous vous renseigner pour savoir si un équivalent existe ? > > Merci de vos éclaircissements. > > Bonne journée. > > Bastien > -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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