February 2019 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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droits modification site ISIS
by Sophie LEFORESTIER 21 Feb '19

21 Feb '19

Re-Bonjour, Je souhaiterais ajouter sur le site d'ISIS le script de pré-simulation permettant de modifier les paramètres de capturabilité au début de chaque simulation. Est-ce possible d'obtenir les droits de modification du site d'ISIS? Comment faut-il procéder? Merci! Sophie

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Re: [Isis-fish-users] script pré-simu + détails durée simulation
by Sophie LEFORESTIER 21 Feb '19

21 Feb '19

Bonjour, Effectivement, le "context." semble fonctionner dans le script de pré-simulation (ci-joint). Toutefois, la simulation ne tourne toujours pas et le problème vient de la "matAccessibility" d'après le message d'erreur du debug : "matAccessibility cannot be resolved to a variable". Sais-tu comment résoudre ce problème? Pour avoir accès au debug de la simulation, j'ai dû la faire tourner sur une version précédente d'ISIS car le "debug.txt" de la dernière version (4.4.2.3.) reste vide quand une simulation est lancée depuis l'interface. Concernant la durée d'une simulation, est-ce possible de récupérer le détail des différentes étapes de la simulation (ex: temps passé pour initialiser la règle de gestion, …)? Merci! Sophie Le 18/02/2019 à 12:00, isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org a écrit : > Envoyez vos messages pour la liste Isis-fish-users à > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > > Pour vous (dés)abonner par le web, consultez > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > ou, par email, envoyez un message avec 'help' dans le corps ou dans le > sujet à > isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org > > Vous pouvez contacter l'administrateur de la liste à l'adresse > isis-fish-users-owner(a)list.isis-fish.org > > Si vous répondez, n'oubliez pas de changer l'objet du message afin > qu'il soit plus spécifique que "Re: Contenu du digest de > Isis-fish-users..." > > > Thèmes du jour : > > 1. Re: récupération simulation.context - script pré-simu > (Eric Chatellier) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Mon, 18 Feb 2019 10:15:03 +0100 > From: Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Subject: Re: [Isis-fish-users] récupération simulation.context - > script pré-simu > Message-ID: <03633790-3611-3fd1-91ca-23e142f808e9(a)codelutin.com> > Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed > > Le 15/02/2019 à 15:14, Sophie LEFORESTIER a écrit : >> Bonjour Eric, > Bonjour, >> >> La règle de gestion que j'utilise actuellement permet de changer les >> paramètres de capturabilité au début de chaque simulation, ces derniers >> restant inchangés au cours de la simu. Comme vous l'avez dit dans vos échanges >> avec Stéphanie, il serait préférable de basculer cette règle en script de >> pré-simu pour éviter de vérifier les conditions de la règle à chaque pas de >> temps et pour tous les métiers. >> >> Comment peut-on récupérer le simulation.context dans le script de pré-simu? >> Ci-joint le script de la règle utilisée actuellement (ChgmtQ_variable.java) >> ainsi qu'une proposition de script de pré-simulation (propPrescript.java). >> Pourrais-tu y jeter un œil ? > Tu peux juste utiliser "context". Il existe et est fourni au prescript. >> >> Par ailleurs, où peut-on récupérer le détail du temps de simulation? Cela >> permettrait de voir le temps de simu gagné en passant la règle en script de >> pré-simu. > > Dans les simulations, dans le fichier "information", il y a deux lignes: > > simulationStart=2018.09.18 16\:58\:20 > simulationEnd=2018.09.18 16\:58\:40 > > En faisant la différence, tu auras le temps de simulation. >

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récupération simulation.context - script pré-simu
by Sophie LEFORESTIER 18 Feb '19

18 Feb '19

Bonjour Eric, La règle de gestion que j'utilise actuellement permet de changer les paramètres de capturabilité au début de chaque simulation, ces derniers restant inchangés au cours de la simu. Comme vous l'avez dit dans vos échanges avec Stéphanie, il serait préférable de basculer cette règle en script de pré-simu pour éviter de vérifier les conditions de la règle à chaque pas de temps et pour tous les métiers. Comment peut-on récupérer le simulation.context dans le script de pré-simu? Ci-joint le script de la règle utilisée actuellement (ChgmtQ_variable.java) ainsi qu'une proposition de script de pré-simulation (propPrescript.java). Pourrais-tu y jeter un œil ? Par ailleurs, où peut-on récupérer le détail du temps de simulation? Cela permettrait de voir le temps de simu gagné en passant la règle en script de pré-simu. Merci! Sophie

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Modification du fonctionnement pour l'utilisation avec Calibrar
by Eric Chatellier 13 Feb '19

13 Feb '19

Bonjour, Pour information, dans la version 4.4.2.2, l'action que devait utiliser Calibrar dans Isis (simulationWithRegionNameAndScript) ne fonctionnait pas un mode multi-processus car chaque sous processus tentait de lire la région au même moment, et la base de données refuse ce fonctionnement. J'ai modifié le fonctionnement pour mieux coller au fonctionnement des simulations à distance (caparmor) en préparant une simulation qui inclut la simulation et en n'utilisant plus la région d'origine dans les sous processus. Préparation de la simulation ---------------------------- Dans l'interface de lancement d'une simulation, j'ai ajouté un menu "Simulation/Préparer la simulation..." qui créé un zip contenant toute la définition de la simulation. Il faut donc, utiliser ce menu une fois la simulation paramétrée (avec la région, les règles, les population, les exports...) @Sophie: Comme ici, la simulation est préparée avec la règle, et comme c'est ta règle qui gère les données calibrar, je pense que tu n'a plus besoin (dans ton cas) du prescript et du fichier parameters.properties Action sans prescript --------------------- L'action 'simulationWithRegionNameAndScript' ne doit plus être utilisée et la commande pour lancer la simulation est donc simplifiée: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulation id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip Donc, c'est l'action "simulateWithSimulation" qui prend en argument, l'ID de simulation et le fichier ZIP de préparation de la simulation Action avec prescript --------------------- Pour quand même utiliser un prescrit, c'est toujours possible avec l'action: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulationAndScript id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip chemin/du/prescript.java C'est testable avec cette version: https://forge.codelutin.com/attachments/download/5568/isis-fish-4.4.2.3-gdc… -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.2.3 released
by Eric Chatellier 08 Feb '19

08 Feb '19

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.2.3 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: #10238: Ajouter une action pour créer le zip de préparation de simulation sans l'executer Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5570/isis-fish-4.4.2.3-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Erreur règle de gestion sans arrêt de simulation + obtenir l'abondance
by Audric Vigier 07 Feb '19

07 Feb '19

Bonjour, bonne année à la communauté ISIS, Je suis confronté à 2 problèmes aujourd'hui : 1/ J'ai revu l'écriture d'une de mes règles de gestion dans ISIS. Dans la condition, je suis souhaite accéder à l'abondance du pas de temps courant, avant que le moindre processus de population, pêche ou gestion ne s'applique : double abundance = matResult.getMatrix(step, onePop, MatrixAbundance.NAME).copy().sumAll(); // 0 step 1 group 2 zone Cette commande ne marche pas, car la matrice d'abondance du pas de temps courant n'est disponible qu'après la pré-action. Pourtant, j'ai vraiment besoin d'accéder à ces valeurs d'abondance dès la condition. AbundanceBeginMonth du pas de temps précédent n'est pas un bon équivalent, car elle n'a pas encore subi les mortalités du pas de temps précédent. Quel subterfuge je peux employer pour récupérer l'abondance du début du pas de temps courant? 2/ Malgré ceci, la simulation ne s'arrête pas et revient au début de la boucle de condition sur les métiers. Or je pensais que ce problème de "non plantage" était résolu ? (j'utilise ISIS 4.4.2.2). Pouvez-vous faire en sorte que ce genre d'erreur fasse s'arrêter immédiatement la simulation svp? Bonne soirée, Audric

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Modification du fonctionnement pour l'utilisation avec Calibrar
by Sophie LEFORESTIER 07 Feb '19

07 Feb '19

Bonjour Eric, Ce nouveau mode de fonctionnement permet de faire tourner les simulations en parallèle sans encombre, merci beaucoup pour ta réactivité! Comme je n'utilise plus de preScript pour lancer les simulations, le parameters.properties de la simu en sortie reprend bien les éléments de paramétrisation de la simulation (avec règle, export…). Merci encore! Sophie -------- Message transféré -------- Sujet : [Isis-fish-users] Modification du fonctionnement pour l'utilisation avec Calibrar Date : Wed, 6 Feb 2019 16:00:04 +0100 De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Répondre à : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Organisation : Codelutin Pour : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Bonjour, Pour information, dans la version 4.4.2.2, l'action que devait utiliser Calibrar dans Isis (simulationWithRegionNameAndScript) ne fonctionnait pas un mode multi-processus car chaque sous processus tentait de lire la région au même moment, et la base de données refuse ce fonctionnement. J'ai modifié le fonctionnement pour mieux coller au fonctionnement des simulations à distance (caparmor) en préparant une simulation qui inclut la simulation et en n'utilisant plus la région d'origine dans les sous processus. Préparation de la simulation ---------------------------- Dans l'interface de lancement d'une simulation, j'ai ajouté un menu "Simulation/Préparer la simulation..." qui créé un zip contenant toute la définition de la simulation. Il faut donc, utiliser ce menu une fois la simulation paramétrée (avec la région, les règles, les population, les exports...) @Sophie: Comme ici, la simulation est préparée avec la règle, et comme c'est ta règle qui gère les données calibrar, je pense que tu n'a plus besoin (dans ton cas) du prescript et du fichier parameters.properties Action sans prescript --------------------- L'action 'simulationWithRegionNameAndScript' ne doit plus être utilisée et la commande pour lancer la simulation est donc simplifiée: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulation id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip Donc, c'est l'action "simulateWithSimulation" qui prend en argument, l'ID de simulation et le fichier ZIP de préparation de la simulation Action avec prescript --------------------- Pour quand même utiliser un prescrit, c'est toujours possible avec l'action: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulationAndScript id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip chemin/du/prescript.java C'est testable avec cette version: https://forge.codelutin.com/attachments/download/5568/isis-fish-4.4.2.3-gdc… -- Éric Chatellier -www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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erreur à l'import de de la region GDL de Mtahieu
by Stephanie MAHEVAS 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour voici le message d'erreur. une idee d'ou ca vient..... ? Merci Stephanie java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 39 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:299) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuRegionImport(InputUI.java:308) ... 44 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException: Can't import file C:\Users\smahevas\C-ISISFish\AppliGdL\17-12-2018\gdl1.7.14.parametreeSur2016-2017_2.9.zip at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:450) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:399) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:293) ... 45 more Caused by: org.nuiton.topia.TopiaException: topia.persistence.error.on.restore at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1207) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:427) ... 47 more Caused by: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not execute statement at org.hibernate.exception.internal.SQLStateConversionDelegate.convert(SQLStateConversionDelegate.java:106) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:42) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:111) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:97) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:178) at org.hibernate.engine.query.spi.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:204) at org.hibernate.internal.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1575) at org.hibernate.query.internal.NativeQueryImpl.doExecuteUpdate(NativeQueryImpl.java:274) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.executeUpdate(AbstractProducedQuery.java:1504) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1202) ... 48 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Table "ACTIVERULE" already exists; SQL statement: CREATE CACHED TABLE PUBLIC.ACTIVERULE( TOPIAID VARCHAR(255) NOT NULL, TOPIAVERSION BIGINT NOT NULL, TOPIACREATEDATE TIMESTAMP, ACTIVERULESTEP INTEGER, NAME LONGVARCHAR, PARAM LONGVARCHAR ) [42101-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.command.ddl.CreateTable.update(CreateTable.java:86) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.execute(RunScriptCommand.java:79) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.update(RunScriptCommand.java:58) at org.h2.command.CommandContainer.update(CommandContainer.java:102) at org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:261) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:199) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:153) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:175) ... 53 more -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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bugs lancement simu depuis R
by Sophie LEFORESTIER 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour, Je voulais vous faire part de quelques bugs que j'ai rencontré en essayant de lancer une simulation depuis R : Lorsque je lance une simulation sur R, le debug de la simulation s'affiche sur la console R au fur et à mesure que la simulation tourne mais n'apparaît pas dans le debug.txt (où se trouve le fichier .bat), et ce, même en ajoutant l'argument "log=debug.txt" dans la ligne de commande (cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, log, args, nomSimu, region, script,sep=" ")). Après avoir fait tourner la simulation sur R, je me suis rendue compte que le fichier parameters.properties dans le isis-fish-4 de la simulation qui venait de tourner était complètement différent de celui qui avait été utilisé pour lancer la simulation (12 mois simulés au lieu de 48, règle de gestion et export non pris en compte, pas le bon simulateur…). Quel que soit le parameters.properties utilisé pour lancer la simulation, le parameters.properties dans le isis-fish-4 des simulations lancées depuis R est toujours identique et ne tient pas compte de la réelle paramétrisation de la simulation (voir ci-dessous). #Parameters #Tue Dec 11 14:39:13 CET 2018 description= exports= generatedPreScript= isisFishVersion=4.4.2.1 libLogLevel=error numberOfMonths=12 numberOfSensitivitySimulation=-1 optimizationGeneration=-1 optimizationGenerationIndividual=-1 preScript=SimulationParameter params.......... regionName=Sole_SMAC resultDeleteAfterExport=false resultNames= scriptLogLevel=info sensitivityAnalysisOnlyKeepFirst=false simulLogLevel=info simulationPlanNumber=-1 simulatorName=DefaultSimulator.java useCache=true useOptimization=false usePreScript=true useSimulationPlan=false useStatistic=false Aussi, le script d'export "Captures_AgeStructure.java" (ci-joint) ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R (alors que tout fonctionne quand c'est lancé depuis l'interface). J'ai pu voir un message d'erreur au cours du déroulement du debug dans la console (ce message n'apparaît pas dans le debug.txt d'une simu lancée depuis l'interface) : 1. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 37) import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 58) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- 3. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 88) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- Merci d'avance pour votre retour! Cordialement, Sophie Leforestier

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