January 2024 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Scripts de suppression de flottille et de stratégie
by Louis MAILLARD 29 Jan '24

29 Jan '24

Bonjour, Étant novice dans Isis, ce que je cherche à faire vous paraitra peut être simple, mais je n'ai pas trouvé la solution. Je souhaite créer un script pour importer puis modifier ma base de donnée en supprimant des flottilles et des stratégies avec une condition sur leurs noms (par exemple toutes celles qui comprennent le mot "demersaux" ou "dragueurs") puis exporter la nouvelle base filtrée en JSON, pour enfin la réimporter dans une autre base. J'ai commencé un premier script mais il ne fonctionne pas. Merci d'avance pour votre aide. Cordialement, Louis.

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export des toutes les zones d'ISIS
by Stephanie MAHEVAS 17 Jan '24

17 Jan '24

Bonjour Eric est-il possible d'exporter "automatiquement" toutes les zones d'une region dans un shape (un fichier par zone)? sinon peux-tu m'aider à ecrire script pour le faire ? Merci d'avance Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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question effortNominalPerStrategyMet
by Stephanie MAHEVAS 17 Jan '24

17 Jan '24

private double effortNominalPerStrategyMet(Strategy str, Metier metier, TimeStep step) { Month month = step.getMonth(); StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month); double propSetOfVessels = str.getProportionSetOfVessels(); int nbOfVessels = str.getSetOfVessels().getNumberOfVessels(); double propStrMet = smi.getProportionMetier(metier); double effortNominalPerVessel = effortNominalPerStrategyPerVessel(str, metier, step); if (log.isDebugEnabled()) { log.debug( " strategy=" + str + " metier=" + metier + " propSetOfVessels=" + propSetOfVessels + " nbOfVessels=" + nbOfVessels + " propStrMet=" + propStrMet + " effortPerVessel=" + effortNominalPerVessel ); } double result = propSetOfVessels * nbOfVessels * propStrMet * effortNominalPerVessel; return result; } Bonsoir Eric peux-tu me confirmer que l'effort nominal calculé par cette fonction retourne bien l'effort du step modifié par les regles en cours dans la simulation? smi.getProportionMetier(metier) rend la proportion du metier à step et pas celle du mois dans la Region au debut de la simu ? c'est ce bout de code qui me mets le doute Month month = step.getMonth(); StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month); merci bonne soirée stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Changement de la version 4.4.8.0
by Eric Chatellier 16 Jan '24

16 Jan '24

Bonjour, Une nouvelle version 4.4.8.0 d'ISIS-Fish vient de sortir. Voici les changements les plus notables. Java 17 ------- Java 17 minimum est maintenant requis pour lancer l'application. Cache de compilation des équations ---------------------------------- Un cache de compilation des équations a été ajouté pour améliorer le temps de démarrage des simulations, en particulier celles qui contiennent beaucoup d'équations. A noter que, suite à la mise à jour, le premier lancement sera toujours long dû à la première initialisation du cache. Configuration R --------------- La configuration automatique de R a normalement été corrigé sous Windows. Cela doit être accompagné d'une configuration manuelle qui est détaillée ici : http://isis-fish.org/v4/user/r.html Cordialement, -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.8.0 released
by Eric Chatellier 16 Jan '24

16 Jan '24

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.8.0 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #12085: Revoir la configuration de R sous windows qui n'est pas si simple depuis l'application #12173: Ajouter le support des saisons dans les sémantiques d'import de matrice #12223: Ajouter un cache de compilation des equations #11007: Passage à Java 17 Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/7996/isis-fish-4.4.8.0-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] Nouvelle année, nouvelles questions
by Eric Chatellier 11 Jan '24

11 Jan '24

En fait ca fait bien 0 j'ai l'impression. double ssb = 1.2332636999125256E8; double a = 10.8; double b = 1.8 * Math.pow(10, -5); double res = a * ssb * Math.exp(-b * ssb); -b * ssb donne : -2219.874659842546 Et Math.exp(-2219.874659842546) donne 0 Alors qu'avec mes valeurs de simulation: double ssb = 524497.8776161199; double a = 10.8; double b = 1.8 * Math.pow(10, -5); double res = a * ssb * Math.exp(-b * ssb); -b * ssb donne : -9.440961797090159 Et Math.exp(-9.440961797090159) = 449.7900855436043 Le 10/01/2024 à 12:19, aricouar a écrit : > Bonjour Eric, > > C'est très étrange car chez moi, la SSB est bien non nulle mais TotalRec est > toujours à 0. Cf. debug ci-joint. > Comment cela est-il possible ? > > Le 2024-01-10 11:11, Eric Chatellier a écrit : >> BOnjour, >> >> Je ne comprend pas tout le problème. >> >> Lors de la simulation, il y a bien des traces : >> SSB : 524497.8776161199 >> TotalRec : 449.7900855436043 >> param_a : 10.8 >> param_b : 1.8E-5 >> Recruitment by zone: 449.7900855436043 >> >> >> Donc "res" est bien calculé à "449" et non "0" >> >> autre trace : >> >> SSB : 6915.327139057854 >> TotalRec : 65944.3047428816 >> param_a : 10.8 >> param_b : 1.8E-5 >> Recruitment by zone: 65944.3047428816 >> >> >> >> Le 08/01/2024 à 16:47, aricouar a écrit : >>> Merci pour les réponses, >>> >>> Alors nous avons un peu avancé depuis ce matin, cependant ça ne fonctionne >>> toujours pas. Pas de plantage mais un recrutement toujours nul. >>> Si on prend l'exemple de Lepidorhombus_whiffiagonis, toujours, il semblerait >>> que l'erreur se trouve au niveau de la ligne 34. Il n'arrive apparemment pas >>> à faire le calcul : res = a * ssb * Math.exp(-b * ssb); >>> >>> Il renvoie toujours res=0 alors que la ssb est bien calculée à la ligne >>> précédente, et a est non nul. >>> Comment expliquer cela ? >>> >>> Ci-joint la nouvelle base. >>> Merci. >>> >>> Antoine >>> >>> >>> Le 2024-01-08 11:50, Stephanie MAHEVAS a écrit : >>>> Le 08/01/2024 à 11:46, Stephanie MAHEVAS a écrit : >>>> >>>>> hello >>>>> Le 08/01/2024 à 11:12, aricouar a écrit : >>>>> >>>>>> Isissiennes, isissiens, >>>>>> >>>>>> Bonjour et bonne année 2024 ! Je vous souhaite des simulations >>>>>> réussies et tout le bonheur possible dans vos vies réelles et >>>>>> personnelles. >>>>>> >>>>>> Pour attaquer cette nouvelle année du bon pied, je modifie les >>>>>> équations de reproduction (ou de recrutement, c'est selon) des >>>>>> espèces de mon modèle pour y intégrer des relations >>>>>> stock-recrutement à partir d'un certain nombre d'années de >>>>>> simulation. Cela implique de calculer la biomasse reproductrice. >>>>>> >>>>>> Pour la sole (déjà codée par Audric) cela compile bien. Voici >>>>>> comment est calculée cette biomasse pour cette espèce: >>>>>> >>>>>> for (Zone zone:zoneRepro){ >>>>>> for (PopulationGroup cr : groups){ >>>>>> ssb += >>>>>> cr.getMaturityOgive()*N.getValue(cr,zone) * cr.getMeanWeight() >>>>>> *prepro ; >>>>>> } >>>>>> } >>>>> >>>>>> (je ne sais pas où sont définies les variables prepro et N). >>>>> >>>>> prepro est le vecteur de distribution de la repro dans la saison de >>>>> reproduction (onglet saison). C'est cette valeur qui etait à 0 pour >>>>> la sole... >>>>> >>>>> N est l'abondance (MatrixAbundance) calculée par ISIS >>>>> >>>>>> Pour la cardine (Lepidorhombus whiffiagonis) qui n'avait pas >>>>>> déjà de relation stock-recrutement, par contre, j'ai recopié >>>>>> ces lignes de codes (l. 29-33 dans la nouvelle équation) et cela >>>>>> ne compile plus. Quelle est la bonne syntaxe a adopter ? >>>>> Les variables auxquelles on a accès dans eq repro et eq >>>>> recrutement ne sont pas les memes >>>>> je t'appelle >>>>> >>>>> steph >>>>> >>>>>> Ci-joint la base sur laquelle je travaille actuellement. >>>>>> >>>>>> Merci beaucoup, à bientôt, >>>>>> >>>>>> Antoine >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> Isis-fish-users mailing list >>>>>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>>>>> >>>>> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >>>>>> Archives et moteur de recherche: >>>>>> http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ >>>>> >>>>> -- >>>> ...................................................................... >>>>> Stephanie MAHEVAS >>>>> UMR MARBEC - site de Sète >>>>> IFREMER/HM >>>>> https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ >>>>> >>>>> Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 >>>>> >>>>> o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o >>>>> /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ >>>>> / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ >>>>> >>>> ...................................................................... >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> Isis-fish-users mailing list >>>>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>>>> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >>>>> Archives et moteur de recherche: >>>>> http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ >>>> >>>> -- >>>> ...................................................................... >>>> Stephanie MAHEVAS >>>> UMR MARBEC - site de Sète >>>> IFREMER/HM >>>> https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ >>>> >>>> Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 >>>> >>>> o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o >>>> /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ >>>> / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ >>>> ...................................................................... >>>> _______________________________________________ >>>> Isis-fish-users mailing list >>>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>>> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >>>> Archives et moteur de recherche: >>>> http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ >>> >>> _______________________________________________ >>> Isis-fish-users mailing list >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >>> Archives et moteur de recherche: >>> http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Nouvelle année, nouvelles questions
by aricouar 10 Jan '24

10 Jan '24

Isissiennes, isissiens, Bonjour et bonne année 2024 ! Je vous souhaite des simulations réussies et tout le bonheur possible dans vos vies réelles et personnelles. Pour attaquer cette nouvelle année du bon pied, je modifie les équations de reproduction (ou de recrutement, c'est selon) des espèces de mon modèle pour y intégrer des relations stock-recrutement à partir d'un certain nombre d'années de simulation. Cela implique de calculer la biomasse reproductrice. Pour la sole (déjà codée par Audric) cela compile bien. Voici comment est calculée cette biomasse pour cette espèce: for (Zone zone:zoneRepro){ for (PopulationGroup cr : groups){ ssb += cr.getMaturityOgive()*N.getValue(cr,zone) * cr.getMeanWeight() *prepro ; } } (je ne sais pas où sont définies les variables prepro et N). Pour la cardine (Lepidorhombus whiffiagonis) qui n'avait pas déjà de relation stock-recrutement, par contre, j'ai recopié ces lignes de codes (l. 29-33 dans la nouvelle équation) et cela ne compile plus. Quelle est la bonne syntaxe a adopter ? Ci-joint la base sur laquelle je travaille actuellement. Merci beaucoup, à bientôt, Antoine

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Invitation/inscription - 1er Février - Restitution projet Macco - Visio-conférence
by Stephanie MAHEVAS 03 Jan '24

03 Jan '24

Chère.s collègues, Je vous adresse mes meilleurs voeux pour cette nouvelle année et j'ai le plaisir de vous inviter à participer *en visio-conférence* à la*journée de restitution scientifique du projet MACCO qui se déroulera 1er Février 2024 de 10h00 et 17h*. *MACCO (**_https://www.macco.fr/ <https://www.macco.fr/>_**)* est un projet de recherche partenariale entre scientifiques et professionnels démarré en décembre 2019. Il a été financé par France Fillière Pêche en réponse à l'appel d'offre 2018 Enjeux d'avenir. Piloté par l'IFREMER avec comme partenaires Nantes Université, l'IRD, le CNPMEM, l'OP Pêcheurs d'Aquitaine, l'OP Pêcheurs de Bretagne et l'OP FROM Sud-Ouest, ce projet avait trois grandes ambitions. La première était de co-construire une définition des espèces cibles et accessoires puis de proposer un outil interactif pour valider celles de la pêcherie mixte démersale du golfe de Gascogne. La deuxième était de rassembler la connaissance disponible sur la dynamique spatiale et saisonnière de ces espèces afin de construire un modèle opérationnel pour simuler la pêcherie mixte démersale du golfe de Gascogne. Enfin la troisième ambition était de co-construire des mesures de gestion pertinentes pour le golfe de Gascogne et d'en évaluer les performances dans le cadre du plan de gestion multi-spécifique et pluriannuel. La journée de restitution se déroulera en 2 temps : 1) une séquence de présentations/questions pour vous présenter l'ensemble des résultats du projet Macco associés à chacune de ces ambitions, suivie 2) d'un échange avec les quatre experts extérieurs invités pour l'occasion (Mme Stéphanie Tachoires, Mme Clara Ulrich, Mr Franck Le Barzic, Mr Nicolas Rollo et Mr Pierre Calvy) puis d'une discussion collective pour recueillir vos réactions, discuter de la pertinence de nos travaux dans le contexte actuel de la recherche et de la gestion des pêches et envisager des perspectives. Si vous souhaitez assister à la restitution, nous vous remercions de vous inscrire*avant le 20 janvier* <https://evento.renater.fr/survey/inscription-journee-restitution-macco-en-d…> (sondage : https://evento.renater.fr/survey/inscription-journee-restitution-macco-en-d…) Cette inscription vous permettra de recevoir un lien de connexion et l'ordre du jour. Au plaisir de vous retrouver à cette occasion, Stéphanie Mahévas, pour le COPIL MACCO -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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