August 2017 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Equation de recrutement ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 14 Dec '17

14 Dec '17

Bonjour, Je souhaite utiliser une équation de recrutement seule pour décrire la distribution spatio-temporelle du recrutement pour plusieurs années. Le problème est multiple : -bien que l'équation de recrutement compile, ISIS-Fish ne l'utilise pas. Dans le debug, je retrouve une erreur fatale : 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2017-05-26 16:22:05,121 FATAL [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgo_2017-05-26-16-19] (PopulationImpl.java:863) getRecruitmentMatrix - Error in matrix recruitment creation 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: [recopie toute l'équation] -Malgré l'erreur fatale, ma simu ISIS tourne jusqu'à la fin. Le recrutement a donc dû être modélisé d'une certaine manière (très différente du contenu de l'équation), mais je ne vois pas comment. J'aurais préféré que la simu s'arrête dès que l'erreur est renvoyée. La région, la simu, le debug et l'équation de recrutement sont disponibles à ce lien pendant 3 semaines : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=e3846c36-45ae-898f-2045-684… . Pour ce debuggage, pas besoin des règles de gestion auxquelles je ferai appel plus tard. Bon week-end, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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(no subject)
by Sigrid Lehuta 23 Aug '17

23 Aug '17

Hello je rencontre à nouveau des problèmes de semantics, cette fois dans une regle ou j ai pourtant acces à la DB et directement à la compilation. Je recupere ds simulation storage des matrices de resultats (grosvalue) et je travaille ensuite dessus grace aux semantics et j obtiens des type mismatch de List<capture#2-of ?> avec la liste d entites. Vous pouvez m aider ? le script en pj et les erreurs ci dessous. MERCI (V4.4.1-rc1 nouveau jar, script adapté d un script en V3 si c est pas 2) 3. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 213) List <Strategy> str = mat.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#2-of ?> to List<Strategy> ---------- 4. WARNING in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 217) FileUtils.writeStringToFile(file,exportPercString); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method writeStringToFile(File, String) from the type FileUtils is deprecated ---------- 5. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 270) List<Strategy> strats = valueStrPop.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#3-of ?> to List<Strategy> ---------- 6. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 271) List<Species> sps = valueStrPop.getSemantic(1); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#4-of ?> to List<Species>

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semantics decorator ??
by Sigrid Lehuta 18 Aug '17

18 Aug '17

J'ai le message d'erreur suivant pour un script d optim (en pj). C'est quoi un decorateur de semantics ?? Merci ! 2017-08-18 13:09:17,895 INFO [pool-3-thread-9] (EntitySemanticsDecorator.java:136) decorate - Fallback use string representation because i can't decorate (String->Entity): fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy#1499957804648#0.89950503610871:Bol_ESP java.lang.NullPointerException: null at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator$EntityTxProvider.findById(EntitySemanticsDecorator.java:64) ~[isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator.decorate(EntitySemanticsDecorator.java:134) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator.decorate(EntitySemanticsDecorator.java:45) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at org.nuiton.math.matrix.MatrixSemanticsDecorator$SemanticsDecoratorMatrixIterator.getSemanticsCoordinates(MatrixSemanticsDecorator.java:621) [nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at optimizations.DichotomyMultiSpecies.calculFonctionObjectif(DichotomyMultiSpecies.java:551) [isis-build/:?] at optimizations.DichotomyMultiSpecies.endSimulation(DichotomyMultiSpecies.java:283) [isis-build/:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:161) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149) [?:1.8.0_131] at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624) [?:1.8.0_131] at java.lang.Thread.run(Thread.java:748) [?:1.8.0_131]

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Simulations en parallèle
by Audric Vigier 17 Aug '17

17 Aug '17

Bonjour, J'essaie d'utiliser un script d'optimization (voir à ce lien : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=adf4ad9d-2b2e-95dc-27a1-72d… ). C'est un algorithme génétique, avec des générations de 20 simulations. Sur mon PC, 3 simulations ISIS + le processus gérant ces simulations peuvent tourner en parallèle. Le problème, c'est que je n'arrive pas à faire tourner une génération jusqu'à la fin à cause d'un conflit d'accès à la base de données : Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194] Lorsque ça arrive, la simulation et le processus java associé ne se terminent jamais. Ce n'est pas la première fois que j'ai eu cette erreur, et j'ai déjà limité au maximum l'usage de TopiaContext et les accès à la base de données (ce qui explique aussi pourquoi mon script est si peu générique à certains endroits). J'ai réduit les accès à la base de données au minimum (il y en a uniquement dans la fonction changeDB() ), et je ne vois pas quoi faire d'autres pour éviter d'accéder à la base de données alors qu'elle est déjà utilisée. Qu'est-ce que je peux envisager d'autre? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Accéder au SimulationContext
by Audric Vigier 16 Aug '17

16 Aug '17

Bonjour, Je travaille sur un script d'optimisation. Ce script doit pouvoir modifier des facteurs de ciblage, qui sont estimés au fil des simulations. Pour chaque métier, le facteur de ciblage du merlu est donné par une équation, dépendant uniquement de valeurs définies dans le SimulationContext (flags). Ce sont ces valeurs du SimulationContext que je veux en fait modifier dans le script d'optim. Depuis le script d'optim, je connais l'OptimizationContext, le SimulationStorage, et je ne vois pas comment accéder au SimulationContext depuis ces classes, ce qui m'empêche de faire la modif. Comment je peux m'y prendre? Autre question : il y a tout un tas de classes DAO (MetierDAO, etc.) dans l'API, que j'ai revues dans un script. Elles servent à quoi? Que veut dire "DAO"? Bonne soirée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Mise à jour scripts VCS officiel ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 03 Aug '17

03 Aug '17

Bonjour, Pour explorer de vieilles bases de données ISIS, j'ai dû utiliser des ISIS 4.3 (en renommant mon isis-fish-4 autrement en attendant pour éviter les modifs intempestives). Sous ISIS 4.3, à l'ouverture, on me signalait que quelque chose clochait avec RejetsNombre.java (je ne sais plus quoi exactement). Une fois de retour sous ISIS 4.4, j'ai réutilisé le répertoire isis-fish-4 habituel, sauf que le script RejetsNombre.java (VCS officiel) avait été quand même modifié et n'était plus compilable, les fonctions de ce script contenaient des "========= .r389". A l'ouverture d'ISIS 4.4.1.0, on ne me proposait pas de mettre à jour mes scripts VCS officiel, et rien n'était signalé, et je n'avais pas la possibilité de voir les différences avec la version du serveur. J'ai depuis pu récupérer le script RejetsNombre.java tel qu'avant toutes ces modifs grâce à une copie locale. Néanmoins, je trouve étrange de ne pas pouvoir reprendre le "bon" script sur le serveur. Bonne journée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Erreur Script remplissage automatique des target factor
by Pierre ISSAC 02 Aug '17

02 Aug '17

Bonjour, Je voudrais remplir automatiquement ma base de Target Factor à l'aide d'un fichier csv sous format Semantics. Lors de la lecture du script je reçois l'erreur suivante: Caused by: org.nuiton.math.matrix.MatrixException: Line doesn't match dimension and default value information:[24,7,4];;; Je pense qu'il y a une erreur dans le format du csv. La matrix est en trois dimension : Metier, premier mois de la saison, espèces En pj le script et le fichier csv Bonne journée

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