September 2020 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

4 11

ISIS - Système de projection
by Charlotte Sève 08 Mar '21

08 Mar '21

Hello, Est-ce que quelqu'un saurait quel est le système de projection utilisé dans ISIS ? Merci beaucoup ! Ciao Charlotte -- *--* *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE (USR 3278 CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 | Skype: charlotteseve Mail: charlotte.m.seve(a)gmail.com

3 3

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '20

30 Sep '20

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

1 0

status simus sur datarmor
by Sigrid LEHUTA 11 Sep '20

11 Sep '20

Salut j ai lancé un plan de simu de 5000 simus sur datrmor depuis l interface ISIS (4.4.2.5) hier matin. le nb de simus preparées s est incrémenté progressivement jusqu a 5000 mais contrairement a d habitude aucune n est apparue dans l interface. la post action inclue le remplissage d un fichier qui n a pas ete modifié... Dois je m inquieter ? comment savoir ou isis en est ? merci en pj une copie d ecran de l interface et ci dessous un extrait du debug 2020-09-09 12:38:10,452 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4995 2020-09-09 12:38:11,195 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4995 2020-09-09 12:38:11,881 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49954473398386705627805.zip 2020-09-09 12:38:11,960 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647890366-preparation 2020-09-09 12:38:11,960 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4995 2020-09-09 12:38:11,962 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647891962-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996/$1 2020-09-09 12:38:12,050 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:12,051 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:12,775 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:13,482 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49967282928055230931345.zip 2020-09-09 12:38:13,556 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647891962-preparation 2020-09-09 12:38:13,557 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:13,558 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647893558-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997/$1 2020-09-09 12:38:13,629 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:13,630 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:14,348 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:15,143 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_499782683584838831402.zip 2020-09-09 12:38:15,212 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647893558-preparation 2020-09-09 12:38:15,212 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:15,213 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647895213-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998/$1 2020-09-09 12:38:15,287 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:15,287 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:16,046 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:16,706 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49986568574236227929767.zip 2020-09-09 12:38:16,779 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647895213-preparation 2020-09-09 12:38:16,779 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:16,781 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647896780-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999/$1 2020-09-09 12:38:16,857 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:16,857 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:17,567 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:18,223 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49997048588845957208170.zip 2020-09-09 12:38:18,308 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647896780-preparation 2020-09-09 12:38:18,308 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:18,310 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647898309-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000/$1 2020-09-09 12:38:18,386 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000 2020-09-09 12:38:18,387 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000 2020-09-09 12:38:19,176 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647898309-preparation -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 2

Bug version 4445
by Charlotte Sève 08 Sep '20

08 Sep '20

Bonjour, J'ai ouvert pour la première fois ma région avec la version 4.5.0.0 de ISIS et il y a quelques bug. Je n'arrive pas à modifier toute la partie population de ma région (on m'envoie un message d'erreur). Aussi, lorsque je suis dans des onglets stratégie ou engins - dès que je change d'onglet j'ai un message comme quoi ma page a été modifiée me demandant si je veux enregistrer les modifications, alors que rien n'a été modifié. Est-ce que vous auriez une idée de l'origine du problème ? Ci-joint de débug, Merci Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

2 2

Out of memory error; java heap space; GC overhead limit exceeded
by Audric Vigier 08 Sep '20

08 Sep '20

Bonjour, Je fais tourner mes simulations sur une longue durée; 40 ans, au lieu de 10 habituellement. Je les ai fait tourner dans un plan de simulation test (21 simulations, pour 19 en //; je sais c'est pas malin, mais l'idée étant de faire tourner ça la nuit ça allait). Elles ne sont pas allées jusqu'aux 40 ans, mais se sont arrêtées avant, entre 36 et 39 ans ; voir PJ. En regardant dans le debug des simulations, je retrouve 20 fois Java heap space, et une fois GC overhead limit exceeded (voir bas de message pour les 3 différentes erreurs que j'ai trouvées dans le debug) Je travaille avec des simulations utilisant 4 règles, dont 2 produisent des .csv (5.5MB pour le plus lourd). Elles ont besoin de paramètres définis dans le contexte (context.setComputeValue[...]), il y en a des milliers. Je demande à supprimer les résultats après les exports (bien qu'en réalité, le répertoire results/matrix de chaque simulation contient plein de .gz). Je sauvegarde 4 exports : Abondances, AbondancesBeginMonth, CapturesNombre et RejetsNombre. Les 2 derniers sont très lourds et avoisinent les 1GB chacun; contre environ 25 MB pour chaque export d'abondance. Quelles pistes pour éviter d'en demander trop à ISIS? A+ Audric ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:40:33,132|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at java.util.Arrays.copyOfRange(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuffer.toString(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.toString(BasicMatrix.java:380) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.toString(MatrixNDImpl.java:206) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at java.lang.String.valueOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:446) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:40:33,148|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_13\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0

3 10

Importation région version 4425 à 4443
by Charlotte Sève 07 Sep '20

07 Sep '20

Bonjour, Lorsque j'importe ma région de la version 4.4.2.5 à la version 4.4.4.3 de ISIS il y a des éléments qui ne se conservent pas dans ma paramétrisation (par exemple, les valeurs d'accessibilité sont remises à 0; pareil pour mes proportions de métiers) Je ne sais pas si ce problème a été rencontré par d'autres utilisateurs - en tous cas je n'ai pas trouvé de solution pour le moment. En plus, à chaque ouverture de région dans la 4.4.4.3, je dois remettre ces paramètres à la bonne valeur. Merci pour votre aide ! Bonne journée, Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

2 1