May 2015 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Problème avec règle de gestion
by Francois TIMON 01 Jun '15

01 Jun '15

Bonjour, J'ai une règle de gestion simple, uniquement sensée ajuster des valeurs d'abondances par soustraction d'une valeur de capture que je récupère dans un fichier .csv Or, lors de mes simulations, la matrice d'abondance que je récupère en export est exactement la même que j'applique ma règle ou non. Cela insinue donc que ma règle ne fonctionne pas. Malgré une bonne compilation du script. En effet, lorsque j'observe les "log" de la simulations j'obtiens le Warning : "WARN|11:21:35,581|SimulationParameterImpl.java|638|getRules|Can't find rule: AjustAbondanceWithCapture" et ceux pour chaque espèces inclue dans la simulations et devant subir cette règle. Isis ne semble pas trouver "AjustAbondanceWithCapture" qui est le nom de ma règle, alors que cette dernière est bien présente dans l'interface de simulation, ainsi que dans le "VCS Communauté" Je requière donc votre aide car je ne trouve pas de solution à mon problème. En fichier ci-joint, compressé sous archive, le fichier Java de la règle, les simulations effectuées avec et sans la règle ainsi que les fichier .csv qui doivent être importés pour corrigé les abondances. Merci d'avance pour votre aide. Cordialement François TIMON

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creation d'un nouveau scripts = fonction objectif à minimiser
by Stephanie MAHEVAS 28 May '15

28 May '15

bonjour est-ce correct de creer un script pour minimiser une fonction qui ressemble à ObjectiveFunctionBaranov comme attaché? il est utiliser dans la regle HCR jointe. Les deux codes sont dans isis-community. merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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interactions negatives entre regles...
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 27 May '15

27 May '15

j'ai une regle qui fonctionne sans probleme lorsque je l'utilise dans une simulation avec peu de regles. Elle plante avec un message pas sympa lorsqu'elle tourne avec plein d'autres regles. Une idee Eric? merci Stephanie

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SiMatrix.fishingMortalityPerGroup
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 26 May '15

26 May '15

toujours avec la meme base, je fais uniquement tourner les regles pour le merlu et ca plante en decembre 0 (donc ca ne vient pas de la regle HCR qui demarre en janvier 6). J'ai corrige une erreur dans CapturesLongLiners....java (j'avais oublie la dimension step dans une matrice de resultname). et voici mon message d'erreur. Je mets le zip (hake.zip) de la simu qui s'appelle sim_test_MAP_Hake_Peche_GravCaptTACTailleMin_9ans_2015-05-25-17-02 (nom trop long pour le zip) sur le ftp ifremer ( ftp://ftp.ifremer.fr/ifremer/divers/hake.zip) Qqn a t-il une idee? Merci Steph ERROR|16:51:35,545|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 1 at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getDim(AbstractMatrixND.java:329) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.sumOverDim(AbstractMatrixND.java:611) at org.nuiton.math.matrix.MatrixSemanticsDecorator.sumOverDim(MatrixSemanticsDecorator.java:382) at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup_aroundBody98(SiMatrix.java:1946) at scripts.SiMatrix$AjcClosure99.run(SiMatrix.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.realCall(IsisCache.java:202) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.get(IsisCache.java:143) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73) at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup(SiMatrix.java:1895) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:513) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271)

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Pb dans regle HCR
by Stephanie MAHEVAS 26 May '15

26 May '15

plus de pb de groupe, pb de somme sur les elements d'une matrice ERROR|10:37:29,102|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at rules.HCR_Nephrops_DLStrend.preAction_aroundBody2(HCR_Nephrops_DLStrend.java:227) at rules.HCR_Nephrops_DLStrend$AjcClosure3.run(HCR_Nephrops_DLStrend.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:121) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initPreCall(RuleAspect.java:85) at rules.HCR_Nephrops_DLStrend.preAction(HCR_Nephrops_DLStrend.java:159) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:198) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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SiMatrix.totalFishingMortality
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 26 May '15

26 May '15

cette fois-ci une simulation uniquement avec la langoustine, et je retrouve le pb du index out of bounds le 58 ne devrait pas lui poser de pb. Il y a bien 58 groupes. On commence le getSubMatrix à groupMin qui vaut 0 et on prend Nb=58 elements. C'est donc correct si j'en crois l'API ;-) ce qui m'inquiete c'est que l'erreur est aussi là qd on ne met pas la peche... (simu : sim_test_MAP_Lang_SSPeche_6ans_2015-05-25-17-33 zippée en lang) ERROR|17:33:45,595|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.IndexOutOfBoundsException: toIndex = 58 at java.util.SubList.<init>(Unknown Source) at java.util.RandomAccessSubList.<init>(Unknown Source) at java.util.AbstractList.subList(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.SubMatrix.<init>(SubMatrix.java:64) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getSubMatrix(AbstractMatrixND.java:875) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getSubMatrix(AbstractMatrixND.java:881) at scripts.SiMatrix.totalFishingMortality_aroundBody100(SiMatrix.java:1991) at scripts.SiMatrix$AjcClosure101.run(SiMatrix.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.realCall(IsisCache.java:202) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.get(IsisCache.java:143) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73) at scripts.SiMatrix.totalFishingMortality(SiMatrix.java:1977) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:521) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271

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simulation plante index out of bound dans totalFishingMortality de simatrix
by Stephanie MAHEVAS 25 May '15

25 May '15

mais je n'arrive pas à voir pourquoi. Eric? merci Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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selection des resultats
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 25 May '15

25 May '15

Bonjour suite à la reponse de sigrid à mon bug, je croyais qu'à partir du moment ou j'ai demande un export, la selection des resultats necessaires etait automatique. Est-ce correct? Stephanie

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erreur de compil dans la creation d'une matrice
by Stephanie MAHEVAS 21 May '15

21 May '15

une erreur de compil dans la creation d'une matrice stockee dasn resultManager MatrixND matrixOtherCatchWeight = matrixOtherCatch.sumOverDim(1); // Somme sur les zones matrixOtherCatchWeight = matrixOtherCatchWeight.reduce(); //log.info("matrixOtherCatchWeight = " + matrixOtherCatchWeight); //on stocke cette matrice en nombre dans le resultManager pour la HCR MatrixND matrixCatchOtherNumber = MatrixFactory.getInstance().create( ResultName.MATRIX_CATCHOTHER, new List[] { Arrays.asList(new String[]{"Group"})}); matrixCatchOtherNumber = matrixOtherCatch; resultmanager.addResult(step, param_pop, matrixCatchOtherNumber); sacahnt que dans ResultName j'ai defini /** * Matrix with two dimensions * Dimension 1 : TimeStep * Dimension 2 : Group */ @Doc(value = "do the doc of Result matrixCatchOther") static final public String MATRIX_CATCHOTHER = n("matrixCatchOther"); une idee? merci Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Erreur dans une regle qui marchait....
by Stephanie MAHEVAS 21 May '15

21 May '15

toujours avec la meme base, la regle gravite plante pour une histoire de dimension... Eric???? merci Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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