July 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

place disque pendant le chargement des simu depuis caparmor
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 08 Jul '10

08 Jul '10

hello, j ai eu un soucis d espace disque sur C: en faisant tourné des simus sur caparmor. pourtant le isis-database-3 est sur un disque externe mais j ai decouvert qu il chargeait des les zip des simus d abord sur C: dans un dossier isis-monitoring avant de les dezipper sur le disque externe. comme j ai peu de place sur C: ca a apparement ralenti le dezippage (arret de la progression quand moins d 1 Go sur C:). De plus meme si tous les zips ont ete chargés depuis caparmor sur isis-monitoring, la place disque sur C: continue a décroitre... je ne parviens pas a trouver quel dossier augmente en volume. je suis obligée de régulièrement supprimer des docs sur C pour lui permettre de finir le dezippage. pouriez vous me dire comment déplacer isis-monitoring sur le disque externe et quel dossier augmente au fur et a mesure ? merci

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Re: [Isis-fish-users] prepro
by Benoit Archambault 07 Jul '10

07 Jul '10

Quelques éléments, Hillaire répondra mieux que moi je pense :) 2010/7/7 Bastien Preuss <bastien.preuss(a)ifremer.fr> > Bonjour, > > Une petite question à propos de la prepro… mais ça provient probablement > d’une logique de Java que je n’ai pas encore ! > > Dans l’équation de reproduction suivante (c’est celle de Golf de G.) : > double Ktemp = > context.getValueAndCompute("nephrops.reproductionEquation.Ktemp", 1); > > double compt=0; > > for (Zone zone : zoneRepro){ > > compt=0; > > for (PopulationGroup group : groups){ > > double cf = Ktemp * group.getReproductionRate(); > > compt += N.getValue(group, zone) * cf; > > } > > result.setValue(zone, compt*prepro); > > } > > return 0; > > Je ne comprends pas bien la façon dont est utilisé la variable « prepro » > ici, qui devrait dépendre normalement du mois et de la zone, non ? > *Elle dépend bien de la zone, on boucle ici sur les différentes zones. Elle dépend aussi du mois car l'équation de reproduction est appelée chaque mois où une reproduction se fait.* > D’autre part, étant donnée que cette équation utilise > N.getValue(groupe,zone), cela signifie-t-il que tous les individus présents > dans la zone sont considérés comme matures ? > * Avant la variable cf dépend du ReproductionRate, je pense que ce ReproductionRate intègre une information sur la maturité/fécondité (valeur nulle pour groupe 0 etc..) * * En fait les différents paramètres que tu vas renseigner dépendent de la façon dont tu veux implanter la reproduction. Par exemple dans un de mes cas (relation S/R) j'utilise le paramètre ReproductionRate en tant qu'ogive de maturité (entre 0 et 1 donc). *Benoit* *

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jean aux rmll
by hilaire.drouineau 07 Jul '10

07 Jul '10

Rho, j'avais oublié de mettre mon tee shirt "Code Lutin's fan"! Sinon, présentation très bien: c'est super intéressant de voir ISIS présenté par les développeurs alors qu'on a plus l'habitude de voir des présentations par les utilisateurs. L'assistance était attentive et a posé quelques questions pertinentes... bon ok y avait que moi et Benjamin dans la salle :( A+ pour un compte rendu des repas aux RMLL Hilaire

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prepro
by Bastien Preuss 07 Jul '10

07 Jul '10

Bonjour, Une petite question à propos de la prepro… mais ça provient probablement d’une logique de Java que je n’ai pas encore ! Dans l’équation de reproduction suivante (c’est celle de Golf de G.) : double Ktemp = context.getValueAndCompute("nephrops.reproductionEquation.Ktemp", 1); double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = Ktemp * group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } return 0; Je ne comprends pas bien la façon dont est utilisé la variable « prepro » ici, qui devrait dépendre normalement du mois et de la zone, non ? D’autre part, étant donnée que cette équation utilise N.getValue(groupe,zone), cela signifie-t-il que tous les individus présents dans la zone sont considérés comme matures ? Pourquoi n’utilise t’on pas Nmat (si c’est bien comme cela que l’on appelle la proportion d’individus matures) ? Autre petite question-remarque : Dans le manuel d’utilisateur, j’ai un peu tilté sur la définition du taux de reproduction dans la saisi des groupe de population : « Taux de reproduction du groupe sélectionné : Intensité relative de la reproduction durant les mois de la saison de reproduction (i.e la proportion de matures se reproduisant durant le mois courant de la saison de reproduction). autrement dit : nombre d'œufs - par kg de femelles de la classe (ne pas oublier de multiplier le poids moyen d'un individu de la classe et par le sexe ratio dans l'équation de reproduction). - par femelle (ne pas oublier de multiplier ensuite par le sexe ratio). - par individus. » N’est-ce pas un peu contradictoire ? ou est-ce moi qui ne comprends pas bien ? Merci Bastien

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Questions par rapport au target factor, à l'ajustement des CPUES.
by Benoit Archambault 01 Jul '10

01 Jul '10

Bonjour à tous, Dans mon modèle il y a plusieurs espèces (4), plusieurs engins avec parfois plusieurs métiers par engin (profils de capture différents) ou des fois un métier/engin (pas de différence dans les profils de capture). La sélectivité des engins est mal connue et approximée (0 ou 1 suivant les groupes de taille). Je calcule les coefficients de standardisation d'engin, en faisant la moyenne entre les effets d'un même engin au sein d'un modèle ajusté par espèce sur les LPUE. Le modèle utilisé est de type : *log(LPUE_Espece+1)~Engin+Mois+Année+Division+Métier* Par contre, à l'intérieur d'un même engin, dans certains cas rien n'indique les proportions relatives de chaque espèce capturée. Pour un engin utilisé dans différents métiers, j'utilise l'effet métier pour déterminer un facteur de ciblage par espèce, donc cette info se retrouve dans ce facteur. Mais dans le cas d'un engin utilisé dans un seul métier, mais ciblant plusieurs espèces, il faut bien renseigner une info sur ces proportions relatives. Il n'est pas possible d'avoir un effet métier, celui-ci étant confondu avec l'effet engin. Je pensais peut être utiliser la proportion moyenne débarquée par espèce pour les captures de ce métier comme un proxy du facteur de ciblage. (comme Sigrid a fait je crois) Je pensais faire ceci lorsque je suis dans la situation un engin = un métier, avec plusieurs espèces capturées. Le souçi c'est que ca me semble pas super homogène avec les autres cas de figure, car en faisant ça, dans certains cas le facteur de ciblage va être estimé à partir de l'effet métier, donc potentiellement supérieur à 1, et dans d'autres comme une proportion, donc compris entre 0 et 1. Si quelqu'un a une idée je suis preneur. Sinon, toujours lors de l'ajustement des LPUE, quelque chose me perturbe un peu. Lorsque je passe en log normale, si je considère l'effet engin, je me retrouve avec des coefficients ordonnés différemment de l'ordre retrouvé dans les données non transformées. Ceci s'explique par la transformation log, qui "aplatit" les valeurs extrêmes, donc la moyenne des CPUE par modalité du facteur engin et la moyenne des logs des même CPUE peuvent être relativement différentes, d'où un ordre des coefficients différents. J'ai vérifié et il n'y pas d'outliers évidents pouvant influencer ces moyennes. Un exemple concret, avec en vert le classement des coefficients. *Moyennes des LPUE de crabe par engin.* Bottom_otter_trawl_stern *1* Danish_Seine *3** * Gillnet_fixed *4* Longline *5 * Scottish_Seine *2* 1981.2602 757.8895 390.1185 374.8961 1263.7139 *Moyennes des log(LPUE+1) par engin* Bottom_otter_trawl_stern *4* Danish_Seine *3* Gillnet_fixed *5 * Longline *2* Scottish_Seine *1* 4.277569 4.417971 4.020313 4.527365 5.562241 Si quelqu'un a des suggestions pour rémédier à cet effet. L'utilisation d'une distribution gamma ne changerait pas la donne ( car fonction de lien log..). Merci beaucoup, Benoit ps : j'espère avoir été clair, mais c'est le matin donc si besoin de précision n'hésitez pas !

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Boucler sur certains groupes au sein d'une équation de reproduction.
by Benoit Archambault 01 Jul '10

01 Jul '10

Bonjour, Je veux calculer la MMB (mature male biomass), donc boucler sur seulement certains groupes, les mâles étant séparés des femelles. Je pars de cette équation : for (PopulationGroup cr : groups){ MMB+=cr.getReproductionRate()*cr.getMeanWeight()*prepro*N.getValue(cr,zr); } Sauf que je ne veux boucler que sur les mâles, donc les groupes de 0 à 14 dans mon cas. merci ! Benoit

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