July 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss 07 Jul '11

07 Jul '11

Bonjour Jessica, Je serai intéressé de savoir comment tu as finalement contourné le problème du nombre de trajets, suite à la discussion de mars sur la non prise en compte du temps minimal entre 2 trajet? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : mercredi 16 mars 2011 08:22 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci pour les précisions! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Wednesday, 16 March 2011 6:43 AM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci pour ces éclaircissements. Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom et deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. Ces paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans le cas contraire, ils sont indiqués en heures. A+ Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Bonjour Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par défaut) et des unités. Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais il y a sûrement encore des faiblesses. Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE SAISIR EN HEURES. ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en jour). Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus comment y acceder. Eric? Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur différente dans les interfaces. Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les renvoyer et je finaliserai une liste. a+ stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de > faire un report de bug aux lutins. > > J'envoie ça demain après que Stéphanie et d'autres aient pu faire leurs. > > Bastien > > *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* > Dominique PELLETIER > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre > de trajets] > > Merci Bastien, > > dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était > prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties > Dominique > > Bastien Preuss a écrit : > > Pas évident de ne pas s'embrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé > en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les > paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on > ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le > manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en > jours, mais c'est bien en heures qu'il faut le mettre d'après les > équations. > > Donc de ce coté, c'est bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. > Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas > être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en > modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie > pas le nombre de trajets. > > Du coup l'équation est plutôt : > > (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) > > Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et > TripDurationstr,test en heures. > > Bastien > > *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 > *À :* PREUSS > *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > salut Bastien, > > tu as aussi été confronté à ce problème ? > Domi > > > -------- Message original -------- > > *Sujet: * > > > > [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets > > *Date: * > > > > Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 > > *De: * > > > > Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> > <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > *Répondre à :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > *Pour :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > > > > > Bonjour, > > Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les > stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. > > D'après l'article Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est > défini comme : > > (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / > (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) > > Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h > > Comme j'ai défini un metier "inactivité" dans mes stratégies, j'ai > fixé MinNbInactDays à 0. > > Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour l'avoir en > heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca > m'affiche 93 trajets, c'est-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le > MinTimeBetweenTrips. > > Pourquoi ?! Je n'arrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS > fait ce calcul... > > Merci d'avance. > > Jess > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > Marine Research Laboratories, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > -- > > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > -- > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss 07 Jul '11

07 Jul '11

Pour reprendre le mail de Stéphanie du 18/03/2011, concernant les paramètres non utilisés, dans l'interface Flottilles, la "durée de la pêche" dans les paramètres d'un métier n'est pas utilisée. Seuls le 'Nb d'opérations de pêche' et le 'nombre d'engins par opération' sont utilisés (pour calculer l'effort standard par heure). Pour compléter la liste: 1. Interface TYPES DE MAREE Temps minimum entre deux marée 2. Interface TYPES DE NAVIRE Intervalle d'activité Taille minimale de l'équipage 3.Interface FLOTILLES Onglet Paramètres des métiers Durée de la pêche. A+ Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : vendredi 18 mars 2011 20:05 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci Bastien. Effectivement non utilisé comme la taille minimale de l'equipage et de trois. 1. Interface TYPES DE MAREE Temps minimum entre deux marée 2. Interface TYPES DE NAVIRE Intervalle d'activité Taille minimale de l'équipage Bastien et les autres utilisateurs, pouvez-vous completer cette liste au fur et à mesure en la reprenant dans les echanges? Merci d'avance. Eric ou Jean, pouvez-vous changer le nom de la variable Cout en Fuel d'un trajet en Cout Fuel en Route car il s'agit du Cout en Fuel consommé par Heure (et non par trajet) de route (cf equation GravityModel.java)? merci Stephanie Bastien Preuss a écrit : > Donc d'après ce que je vois dans le code, le paramètre "intervalle > d'activité" dans l'onglet type de navire n'est pas utilisé non plus, c'est > bien ça ? > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie > MAHEVAS > Envoyé : jeudi 17 mars 2011 19:06 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > Salut Bastien > > C'est exact ! bien vu. > Dans l'interface TypeDeMaree, on doit saisir > 1. Durée en HEURE > 2. Temps minimal entre deux voyages en HEURE > Dans l'interface StrategieSaisieMois, il apparait un menu deroulant avec > les differents types de marées définis par les deux parametres saisis > dans l'interface TypeDeMaree transformés en JOUR si la durée est > >=24Heure et en HEURE sinon. > Si on regarde dans l'API à TRIPTYPE, les deux parametres sont en Time > unit qui est en HOUR PER DAY. > Ces deux parametres sont donc bien stockées en HEURE. > > A+ > stephanie > > Bastien Preuss a écrit : > >> Merci pour ces éclaircissements. >> >> Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois >> où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom >> > et > >> deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. >> > Ces > >> paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont >> indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans >> > le > >> cas contraire, ils sont indiqués en heures. >> >> A+ >> >> Bastien >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> > Stephanie > >> MAHEVAS >> Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de >> trajets] >> >> Bonjour >> >> Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par >> défaut) et des unités. >> Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais >> il y a sûrement encore des faiblesses. >> Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE >> SAISIR EN HEURES. >> ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface >> StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est >> renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en >> jour). >> Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette >> equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus >> comment y acceder. Eric? >> >> >> Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca >> comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire >> des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. >> Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur >> différente dans les interfaces. >> Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? >> Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les >> renvoyer et je finaliserai une liste. >> >> a+ >> stephanie >> >> Bastien Preuss a écrit : >> >> >>> Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de >>> faire un report de bug aux lutins. >>> >>> Jenvoie ça demain après que Stéphanie et dautres aient pu faire leurs. >>> >>> Bastien >>> >>> *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >>> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* >>> Dominique PELLETIER >>> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 >>> *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre >>> de trajets] >>> >>> Merci Bastien, >>> >>> dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était >>> prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties >>> Dominique >>> >>> Bastien Preuss a écrit : >>> >>> Pas évident de ne pas sembrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé >>> en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les >>> paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on >>> ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le >>> manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en >>> jours, mais cest bien en heures quil faut le mettre daprès les >>> équations. >>> >>> Donc de ce coté, cest bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. >>> Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas >>> être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en >>> modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie >>> pas le nombre de trajets. >>> >>> Du coup léquation est plutôt : >>> >>> (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) >>> >>> Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et >>> TripDurationstr,test en heures. >>> >>> Bastien >>> >>> *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] >>> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 >>> *À :* PREUSS >>> *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de >>> trajets] >>> >>> salut Bastien, >>> >>> tu as aussi été confronté à ce problème ? >>> Domi >>> >>> >>> -------- Message original -------- >>> >>> *Sujet: * >>> >>> >>> >>> [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets >>> >>> *Date: * >>> >>> >>> >>> Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 >>> >>> *De: * >>> >>> >>> >>> Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> >>> <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >>> >>> *Répondre à :: * >>> >>> >>> >>> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> >>> *Pour :: * >>> >>> >>> >>> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> >>> >>> >>> >>> >>> Bonjour, >>> >>> Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les >>> stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. >>> >>> Daprès larticle Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est >>> défini comme : >>> >>> (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / >>> (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) >>> >>> Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h >>> >>> Comme jai défini un metier inactivité dans mes stratégies, jai >>> fixé MinNbInactDays à 0. >>> >>> Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour lavoir en >>> heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca >>> maffiche 93 trajets, cest-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le >>> MinTimeBetweenTrips >>> >>> Pourquoi ?! Je narrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS >>> fait ce calcul... >>> >>> Merci davance. >>> >>> Jess >>> >>> >>> >>> > **************************************************************************** > >> *********** >> >> >>> *Dr Jessica André* >>> >>> Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) >>> >>> Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) >>> >>> Marine Research Laboratories, Private Bag 49 >>> >>> Hobart, TAS 7001, Australia >>> >>> Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 >>> >>> Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 >>> >>> Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >>> >>> Web: >>> > http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > >>> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> >>> >>> -- >>> >>> >>> Dominique PELLETIER >>> >>> Cadre de recherche Biodiversité >>> >>> Coordinatrice du projet PAMPA >>> >>> /Senior scientist/ >>> >>> /Head of PAMPA project/ >>> >>> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ >>> >>> IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex >>> >>> Nouvelle-Calédonie >>> >>> Tél. (687) 285171 >>> >>> Fax. (687) 287857 >>> >>> -- >>> >>> Dominique PELLETIER >>> >>> Cadre de recherche Biodiversité >>> >>> Coordinatrice du projet PAMPA >>> >>> /Senior scientist/ >>> >>> /Head of PAMPA project/ >>> >>> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ >>> >>> IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex >>> >>> Nouvelle-Calédonie >>> >>> Tél. (687) 285171 >>> >>> Fax. (687) 287857 >>> >>> ------------------------------------------------------------------------ >>> >>> _______________________________________________ >>> Isis-fish-users mailing list >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >>> >>> >>> >> >> > > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Import d'un script dans une regle
by Jessica Andre 04 Jul '11

04 Jul '11

Bonjour, J'ai écris un script (RandomNormal_recruitsGarfish) qui créer une liste de 100 valeurs prise d'une distribution normale (représentant le nombre de recrus annuelle pour l'une de mes espèces pour les 100 prochaines années...) . Je désirerai importer cette liste dans une règle (Future_recruitment_garfish) afin de fournir a ISIS le futur nombre de recrus annuelles projetées (étant donne que je n'ai pas de relation stock-recruitment). Je fais comment ?! Je ne peux créer mes 100 valeurs directement dans la règle sinon ISIS me calcule une nouvelle liste a chaque pas de temps (c.a.d chaque mois). Je n'arrive pas a importer la liste dans la règle... J'ai attaché mon script et ma règle (cette règle marche si on a le recrutement sur 1 mois seulement, mais pour cette espèce je l'ai sur 4 mois et la règle créer un nombre de recrus différent pour chaque mois au lieu d'avoir un nombre de recrus fixe sur l'année qu'on divise par 4) . Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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