March 2024 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

codage des regles dans les plans de simulation
by Sigrid LEHUTA 05 Apr '24

05 Apr '24

Salut Eric, Tu m'as dit a la formation java qu'il y a une nouvelle maniere de modifier les regles dans les plans de simulation mais helas je ne retrouve pas mes notes ! voici l ancienne maniere, peux tu m indiquer la nouvelle s'il te plait ? Merci String ruleName2 ="Cantonnement_listGear"; RuleStorage ruleStorage2 = RuleStorage.getRule(ruleName2); ruleNum +=1; Properties propert24 =new Properties(); Zone zone24 = zoneDAO.findByName("closures_fra_isobath"); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.zone", zone24.getTopiaId()); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.beginMonth", "" +8); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.endMonth", "" +3); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.gear", gearlist0); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.beginStep", "" +0); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.endStep", "" +23); Rule rule24 = ruleStorage2.getNewInstance(); RuleHelper.populateRule(ruleNum, nextSimulation.getStorage(), rule24, propert24); paramRules.add(rule24); -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '24

31 Mar '24

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Forçage abondance initiale
by aricouar 26 Mar '24

26 Mar '24

Bonjour, Quelqu'un aurait-il en stock un script permettant de forcer automatiquement l'abondance initiale des espèces à partir d'un fichier, sans passer par l'interface ISIS ? Merci :) Antoine

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Lancement Datarmor omp
by aricouar 19 Mar '24

19 Mar '24

Bonjour, Ci-dessous les instructions de Mickael pour Datarmor. Il me suggère une solution sans utiliser le SCRATCH. Ci-joint le script .pbs partiellement modifié ; je ne sais pas quelle est la commande pour demander 56 cpus comme indiqué par Mickael. Quelqu'un pourrait-il m'aider ? Merci, Antoine -------- Courriel original -------- Objet: Re: [Ticket#2024031520001384] PBS JOB 8772608.datarmor0 Date: 2024-03-18 11:27 De: Assistance Informatique <assistance(a)ifremer.fr> À: aricouar <aricouar(a)ifremer.fr> Dans ce cas on va tenter autre chose. Au lieu de faire du mpi_2, je te propose plutôt de demander 56 cpus et 240gb de ram sur la file omp Tu iras sur un noeud qui a un disque local. Et au lieu d'écrire tes données sous $SCRATCH, essaie de les écrire sous $TMPDIR Tu utiliseras alors le disque local plutôt que le scratch, et l'impact sera alors effacé. -- Mickael DEQUIDT 18.03.2024 10:20 - aricouar a écrit: Da combien faudrait-il réduire le nombre de simulations ? Je peux sans doute réduire un peu mais il me semble important d'en lancer suffisamment en parallèle. Le 2024-03-18 10:05, Assistance Informatique a écrit : > OK. > > Peux-tu tout simplement réduire le nombre de simulations en > parallèle ? Ou bien l'intérêt du job est-il justement de les > paralléliser ? > > -- > Mickael DEQUIDT > > 18.03.2024 09:52 - aricouar a écrit: > Bonjour, > > Non, j'ai lancé un seul job qui comprend 56 simulations en > parallèle, > mais chacune de ces simulations est assez gourmande en mémoire. > Comment pourrais-je faire pour faire tourner ces simulations > correctement ? > Merci. > > Antoine > > Le 2024-03-18 09:41, Assistance Informatique a écrit : >> Bonjour Antoine, >> >> ah, oui, ton job a dû secouer le scratch suffisamment pour que le >> serveur PBS le tue direct. >> Tu en avais lancé plusieurs en même temps ? >> >> -- >> Mickael DEQUIDT >> >> 15.03.2024 16:44 - aricouar a écrit: >> Bonjour, >> >> Mon job datarmor voir (ci-dessous) a été stoppé. Y a-t-il un >> problème ? >> Et cela a-t-il un rapport avec l'extension de mémoire requise ? >> Merci >> >> Antoine Ricouard >> >> -------- Courriel original -------- >> Objet: PBS JOB 8772608.datarmor0 >> Date: 2024-03-15 16:28 >> De: pcim(a)ifremer.fr (root) >> À: aricouar(a)ifremer.fr >> >> PBS Job Id: 8772608.datarmor0 >> Job Name: ISIS_MACCO_Eq >> Job to be deleted at request of root(a)admin.head.ice.ifremer.fr

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problème de mémoire avec datarmor
by aricouar 15 Mar '24

15 Mar '24

Bonjour, J'ai tenté de lancer un plan de simulation sur Datarmor, dans lequel chaque simulation porte sur une période de 60 ans. Au pas de temps avril 10, j'ai cette erreur de mémoire : ERROR [SimThread SQ1_equilibrium_prep_i0001] (InProcessSimulatorLauncher.java:496) localSimulateSameThread - Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space Est-il possible d'augmenter la mémoire disponible sur datarmor et si oui comment ? Merci. Antoine

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supprimer les simus de scratch
by Sigrid LEHUTA 15 Mar '24

15 Mar '24

Salut, j'ai un peu abusé sur datarmor, et Mickael me demande gentiment de limiter a 2 jobs a la fois et de supprimer les simus au fur et a mesure. Il y a en effet une limite mécanique aux nombre de fichiers sur scratch (128millions, j en etais a 90million...oups). Cette derniere tache de suppression est tres chronophage et m empeche de relancer des jobs dès la fin des precedents. Comment proceder vous ? combien de simus en meme temps gardez vous sur scratch ? Y a t il un moyen d accelerer la suppression des fichiers ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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rafraichissement interface
by Louis MAILLARD 13 Mar '24

13 Mar '24

Bonjour, je pense avoir observé le même genre de phénomène. J'utilise un script qui remplit ma base avec des données de nombre de navires par flottille et des proportions de stratégie par flottille, et le commitTransaction ne fonctionne que si la base n'est pas ouverte dans l'interface isis. Bonne journée. Le 12/03/2024 à 17:53, isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org a écrit : > Envoyez vos messages pour la liste Isis-fish-users à > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > > Pour vous (dés)abonner par le web, consultez > https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > ou, par email, envoyez un message avec 'help' dans le corps ou dans le > sujet à > isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org > > Vous pouvez contacter l'administrateur de la liste à l'adresse > isis-fish-users-owner(a)list.isis-fish.org > > Si vous répondez, n'oubliez pas de changer l'objet du message afin > qu'il soit plus spécifique que "Re: Contenu du digest de > Isis-fish-users..." > > > Thèmes du jour : > > 1. Re: Fwd: PBS JOB 8732461.datarmor0 (Stephanie Mahevas) > 2. Re: *******SPAM******* Re: Fwd: PBS JOB 8732461.datarmor0 > (Sigrid LEHUTA) > 3. Re: rafraichissement interface (Eric Chatellier) > 4. Re: rafraichissement interface (Stephanie MAHEVAS) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 12 Mar 2024 14:07:26 +0100 > From: Stephanie Mahevas <Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr> > To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Subject: Re: [Isis-fish-users] Fwd: PBS JOB 8732461.datarmor0 > Message-ID: <aefcd59d-4512-4db4-991e-3e3063c7124f(a)email.android.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Une pièce jointe HTML a été nettoyée... > URL: <http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/attachments/20240312/0e…> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Tue, 12 Mar 2024 14:26:10 +0100 > From: Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> > To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Subject: Re: [Isis-fish-users] *******SPAM******* Re: Fwd: PBS JOB > 8732461.datarmor0 > Message-ID: <18b6cebb-bc99-2f91-a86a-f34e33e074f8(a)ifremer.fr> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" > > bien vu ! c est ca, j ai failli faire exploser le scratch... > > Note pour plus tard : ne pas envoyer 11 lhs a 2000 simus en meme temps... > > > Le 12/03/2024 à 14:07, Stephanie Mahevas a écrit : >> Cela ressemble à un pb datarmor tel que ceux rencontrés quand scratch >> avait un pb. Tu devrais écrire à l'assistance ou directement à Mickael >> Steph >> >> Le 12 mars 2024 10:02, Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : >> >> Bonjour, >> >> j'ai reçu ces mails sur les jobs lancés cette nuit mais je ne sais >> pas si ca signifie qu'ils ont un problème ? le job_state = F, je >> ne sais pas a quoi ca correspond. Merci ! >> >> numero des jobs : >> >> 8732461.datarmor0 >> >> 8732463.datarmor0 >> >> 8732464.datarmor0 >> >> 8732472.datarmor0 >> >> 8732473.datarmor0 >> >> 8732478.datarmor0 >> >> 8732480.datarmor0 >> >> 8732485.datarmor0 >> >> 8732486.datarmor0 >> >> 8732491.datarmor0 >> >> 8732495.datarmor0 >> >> >> >> -------- Message transféré -------- >> Sujet : PBS JOB 8732461.datarmor0 >> Date : Tue, 12 Mar 2024 08:28:28 +0000 (GMT) >> De : root <pcim(a)ifremer.fr> <mailto:pcim@ifremer.fr> >> Pour : slehuta(a)ifremer.fr >> >> >> >> PBS Job Id: 8732461.datarmor0 >> Job Name: ISIS_DEFIPEL_search_LHS_q_tarEsp_pil_year >> Job to be deleted at request of root(a)datarmor0.ib0.ice.ifremer.fr >> >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> Archives et moteur de recherche:http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/

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rafraichissement interface
by Sigrid LEHUTA 12 Mar '24

12 Mar '24

Bonjour, j ai l impression qu il y a un probleme de rafraichissement de l interface et de sauvegarde des valeurs de parametres dans la 8.1 : je fais des modifs dans la base que je sauve mais qui ne sont pas prisent en compte en simulation. quelques fois quand je reviens sur l onglet de la base, en effet la modif a disparu, d autres fois elle est bien la mais non prise en compte en simulation. quand je ferme et rouvre isis, je modif n a pas ete conservée. merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Fwd: PBS JOB 8732461.datarmor0
by Sigrid LEHUTA 12 Mar '24

12 Mar '24

Bonjour, j'ai reçu ces mails sur les jobs lancés cette nuit mais je ne sais pas si ca signifie qu'ils ont un problème ? le job_state = F, je ne sais pas a quoi ca correspond. Merci ! numero des jobs : 8732461.datarmor0 8732463.datarmor0 8732464.datarmor0 8732472.datarmor0 8732473.datarmor0 8732478.datarmor0 8732480.datarmor0 8732485.datarmor0 8732486.datarmor0 8732491.datarmor0 8732495.datarmor0 -------- Message transféré -------- Sujet : PBS JOB 8732461.datarmor0 Date : Tue, 12 Mar 2024 08:28:28 +0000 (GMT) De : root <pcim(a)ifremer.fr> Pour : slehuta(a)ifremer.fr PBS Job Id: 8732461.datarmor0 Job Name: ISIS_DEFIPEL_search_LHS_q_tarEsp_pil_year Job to be deleted at request of root(a)datarmor0.ib0.ice.ifremer.fr

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Nouvel export
by Sigrid LEHUTA 12 Mar '24

12 Mar '24

Salut Antoine j ai eu le pb recemment. c est parce que tu as pris une classe ExportStep et non Export. je te mets mon export qui fait ca, que tu peux ou utiliser direct ou t'inspirer pour corriger le tiens. A+ > Le 12/03/2024 à 09:33, aricouar a écrit : >> Bonjour, >> >> J'ai tenté de créer un nouvel export qui donne seulement les captures >> annuelles totales par population. Le script compile mais il doit y >> avoir un problème car après essai, il me renvoie une matrice vide. Ce >> n'est sans doute pas grand-chose mais si vous pouviez m'indiquer >> l'erreur, je suis preneur ! Ci-joint le fichier en question. >> Merci ! >> >> Antoine >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> Archives et moteur de recherche: >> http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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