- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

[ANN] - ISIS-Fish 4.4.7.2 released
by Eric Chatellier 11 Jul '22

11 Jul '22

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.7.2 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #11612: Améliorer l'import de shapefile en testant un poucentage d'intersetion Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/7065/isis-fish-4.4.7.2-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

1 0

Réunion utilisateur - salle 1 - 7 juillet - 9h
by Stephanie MAHEVAS 06 Jul '22

06 Jul '22

Bonjour à tous, La réunion de jeudi prochain aura lieu salle 1 de 9h à 18h. Je remercie tous ceux qui m'ont envoyé la présentation d'une demi page de leur application. Nous commencerons par consacrer 2h aux applications. Je remercie d'avance Pablo/Stephanie, Sigrid/Pierre, Anh/Sigrid/Steph, Dedah, Charlotte de prévoir au maximum 6 diapos selon le format suivant Diapo 1 : question à la quelle vous voulez répondre avec isis et pourquoi avoir choisi isis Diapo 2 : la dynamique de la pêcherie : résolution spatiale, les populations, l'activité de pêche,la gestion Diapo 3 : diagramme de développement et utilisation d'Isis (utiliser le template ci-joint) Diapo 4: outil de suivi de la paramétrisation, nouvelles règles Diapo 5: réponse à la question ou résultats intermédiaires de paramétrisation Diapo 6 : problèmes rencontrés et limites du modèle Je m'excuse de vous envoyer les éléments d'organisation aussi tardivement, ce dernier mois a été une horreur... Donc, faites simple, réutilisez ce que vous avez sur étgère, ne cherchez pas à avoir les plus belles diapos de la terre ;) l'objectif est d'avoir du matériel pour discuter et partager vos succès et vos difficultés! On abordera ensuite les outils/méthode de paramétrisation d'une pêcherie 1.Fiche espèce (Stéphanie-Pablo) 2.OneNote (Pablo-Dedah) 3.Définition des zones (Sigrid/Stéphanie) 4.Script de paramétrisation activité de pêche (Jean-Baptiste) On finira par un point sur la mise à disposition et valorisation des BD ISIS : git-hub, seanoe, data paper (Steph) Pour finir cette journée bien remplie, vous êtes tous invités à déguster les poissons qui manquent dans l'appli ISIS Mauritanie (merci Dedah) à la maison (9 avenue des poiriers) à partir de 19h30! Merci de me répondre à ce mail pour me dire si vous serez présents au diner :) Bonne journée et à jeudi -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

3 2

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Jun '22

30 Jun '22

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

1 0

Choisir une date pour la réunion annuelle des utilisateurs ISIS
by Stephanie MAHEVAS 14 Jun '22

14 Jun '22

Bonjour à tous suite aux échanges de ce matin pendant la formation Java pour ISIS, voici un evento pour organiser une journée utilisateurs ISIS première quinzaine de juillet. Je vous remercie de le remplir avant mercredi prochain (4 mai). https://evento.renater.fr/survey/reunion-annuelle-des-utilisateurs-isis-fis… Au programme de cette journée, une présentation de chaque application en cours (template à venir), un point sur les scripts communs pour faciliter la paramétrisation et la calibration, un point sur les outils pour développer son application (cahier électronique de paillasse, site web, stockage des bases), un temps de discussion. Si vous souhaitez que l'on aborde des points en particulier, vous pouvez les ajouter dans le programme provisoire https://drive.google.com/drive/folders/1wzvIoLMx8SE_c1BNxneQRzEMlgDYKyAj?us… Bonne journée Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 2

Fwd: Problème importation shapfiles ISIS
by pablo vajas 25 May '22

25 May '22

Bonjour les lutins et bonjour à tous, Nous avons un problème lors de l’importation des shapfiles dans ISIS et nous ne savons pas d’où il provient. Nous aurions besoin d’un petit peu d’aide s’il vous plaît. Les shapfiles d’entrées ne semblent pas correspondre aux shapfiles importés dans ISIS (cellules supplémentaires, décalages). Dans le PDF joint dans le dossier nous vous proposons des comparaisons de shapfiles avant importation versus shapfiles importés dans ISIS (nous transmettons également les shapfiles). De notre côté nous avons généré des fonds de cartes tantôt sous le système de projection WG84, tantôt en pseudo Mercator sans changement notable dans le rendu de l’importation dans ISIS. Nous nous posions la question du système de projection dans ISIS (Mercator, mais lequel ?). Nous pourrions réessayer avec le bon système de projection. Si l’on exporte la zone d’ISIS pour revérifier le shapfiles, celui-ci s’en trouve modifié (les erreurs d’attributions de cellules sont conservées en exportant le fond de carte). L’erreur pourrait également venir de la base de données qui a été convertie au 1/16 de rectangle stats en cours de route (Lat. 0.125 ; Long 0.25). Nous transmettons également la base de données dans ce mail. lien wetransfer du dossier : https://wetransfer.com/downloads/8c223a9c8a328379119b873eef59e59c2022052415… Nous vous remercions, Pablo

2 1

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

4 11

Formation Java ISIS-Fish les 28 -29 avril Nantes
by Stephanie MAHEVAS 27 Apr '22

27 Apr '22

Chers tous, je vous rappelle la tenue de la formation Java pour ISIS-Fish jeudi et vendredi prochain. Elle se déroulera dans la salle 1 du centre Ifremer de Nantes. Démarrage à 9h et fin... quand vous aurez tout compris ;) ! Pour faciliter l'organisation (passage à l'accueil pour les exterieurs et repas à prévoir), pouvez-vous remplir le sondage suivant <https://evento.renater.fr/survey/formation-java-isis-fish-nantes-28-29-avri…> https://evento.renater.fr/survey/formation-java-isis-fish-nantes-28-29-avri… *avant ce soir* (sic!) ? Merci Bonne journée -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) UMR DECOD Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

1 2

Probleme export csv depuis l'interface résultats
by Charlotte Sève 13 Apr '22

13 Apr '22

Bonjour à tous, J'essaye d'exporter mes résultats de MatrixTotalFishingMortality en csv depuis l'interface résultats, et j'obtiens un message d'erreur qui me dit "*ISIS-Fish a détecté une erreur d'utilisation des scripts. Le dossier de compilation a été supprimé pour forcer leur recompilation. Merci de relancer ISIS-Fish.*" Après relance du logiciel, j'ai le même problème à nouveau. Est-ce que vous savez d'où cela peut venir ? Ci-dessous le rapport d'erreur et en p-j mon debug. *java.lang.NoSuchMethodError: 'java.io.File org.nuiton.util.FileUtil.getFile(java.lang.String[])' at org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixPanelRenderer.actionPerformed(MatrixPanelRenderer.java:135) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1967) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2308) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:405) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:279) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6614) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3342) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6379) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2263) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4990) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2321) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4822) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4919) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4548) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4489) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2307) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2769) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4822) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:772) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:721) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:715) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:391) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:85) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:95) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:745) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:743) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:391) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:85) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:742) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90)* Merci beaucoup et bonne journée, Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

2 1

Re: [Isis-fish-users] Accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month
by Eric Chatellier 13 Apr '22

13 Apr '22

Le 13/04/2022 à 11:15, pablo vajas a écrit : > Bonjour, > > Excusez moi, j'ai du mal à formuler ma question. > > Dans le mail précédent, je vous ai mis un bout de code nous permettant de > récupérer la biomasse après le recrutement pour l'implémenter au pas de temps > suivant. > Par recrutement intput je pense que je parlais de cette fonction > "recruitmentInputs.get(0)". Nous, dans notre cas, nous avions besoin d'appeler > ce rectrutementInputs dans le pas de temps begin month. Ainsi une telle > fonctionne nous économiserait le détour que nous avons codé pour arriver à > cette fin. Ma question est de savoir s'il est possible de récupérer le > recrutement input begin month via une fonction, et/ou si une telle fonction > pourrait être implémentée s'il vous plaît. J'ai mis du temps à comprendre ... 😁 Il me manquait le contexte. Vous êtes dans l'equation de recrutement et cette equation reçoit en parametre une map de RecruitmentInput par population. Sur ces RecruitmentInput, la biomass et l'abondance son disponibles. Effectivement, on pourrait rajouter d'autres choses, mais pour MatrixAbundanceBeginMonth, et MatrixBiomassBeginMonth je ne sais pas. Déjà, MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth ne sont pas calculés tout le temps, disponibles suivant les résultats sélectionnés. Les rajouter dans tous les cas pourrait avoir une incidence sur les temps de simulation par exemple. Ensuite, dans le simulateur: * le recrutement est calculé (via l'equation) * la mortallité naturelle s'applique * le recrutement est ajouté à la biomasse * enfin, MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth sont calculés Pour avoir MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth lors du recrutement, il faudrait changer l'ordre des calculs, et on n'aurait potentiellement pas les mêmes données ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

1 0

Accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month
by pablo vajas 13 Apr '22

13 Apr '22

Bonjour les Lutins, Nous avons une petite question pour vous, Nous avons codé dans la partie « recrutement » un modèle global tel que : *// Valeurs du modèle d'évaluation* *double* r = 0.18; *double* K = 6331; *//double biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass().sumAll(); // zone x group* String name = "MatrixBiomassBeginMonth"; TimeStep dat = *new* TimeStep (step.getStep() -12); MatrixND biomMat = context.getResultManager().getMatrix(dat,pop,name) .copy(); *double* biom = biomMat.sumAll(); *// attention il faut avoir sélectionné le résultat "beginmonth"* log.info("lavaleurbiomasse" + biom) ; *double* res=0; PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); res = (biom+(r*biom*(1-(biom/K))))/g0.getMeanWeight(); *// return un nombre d individus et pas une biomasse* *for*(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ result.setValue(g0,z,res); } *return* 0; Ici nous avons dû coder "MatrixBiomassBeginMonth" pour avoir accès à la biomasse après le recrutement. Serait-il possible d’avoir accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month s'il vous plait ? En quelque sorte de pouvoir invoquer un « recrutement_input_begin_month » Nous vous remercions, Cordialement, Pablo

2 1