- Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Edition du site isis
by Sigrid Lehuta 03 Dec '14

03 Dec '14

Hello j ai voulu remettre a jour le site, mais qd je fais "editer" j'ai "page not found". What's the deal?

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Merge de branch malheureux
by Benjamin POUSSIN 03 Dec '14

03 Dec '14

Salut les dev, Je ne sais pas trop ce que doit apporter ce merge de branch, mais ça change surtout beaucoup de nom de méthode de l'API public des entités. Et donc même si on modifier nos scripts, il y a potentiellement des scripts utilisateur que l'on ne maitrise pas et que ça casse :( Donc obligation de passer en Isis version 5 pour moi. Malheureusement, nous ne sommes pas vraiment pret pour ça et il y a des apports que l'on peut faire en restant en 4.0. Comment revenir en arriere ? me commit qui pose problème: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4130 -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Nouvelle version du simulateur
by Eric Chatellier 13 Nov '14

13 Nov '14

Bonjour, Sigrid, peut-tu nous envoyer la nouvelle version du Simulateur que nous devons committer pour la prochaine version ? Merci. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Plans d'optimisation sur Caparmor et en local (4.3.1.1) + archives
by Audric VIGIER 12 Nov '14

12 Nov '14

Bonjour, Je remets à jour un problème que j'ai dû signaler quand j'étais en stage, mais que je ne retrouve pas dans les archives (j'en profite pour signaler le trou dans les archives d'isis users + devel, de mai-juin à juillet 2014). Pour le moment, la mauvaise communication entre ISIS et Caparmor fait qu'un plan en local tourne plus rapidement qu'un plan sur Caparmor. Chez moi, j'ai pu constater que je fais environ 30 simus/heure en local, contre 25 sur Caparmor pour un même plan. Jusque là, rien de nouveau. Le problème, c'est lorsque je fais tourner en parallèle un plan local avec des Caparmor : le plan local tourne à la même vitesse que les plans Caparmor. Or pour moi, l'intérêt de faire tourner un plan en local, c'était qu'il tourne plus rapidement que d'habitude. Qu'avait-on dit à propos de ce problème : de le traiter, ou qu'on attendait une nouvelle version d'ISIS qui communique bien avec Caparmor? Audric

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inactivité et calcul de l'effort nominal
by Stephanie MAHEVAS 30 Oct '14

30 Oct '14

Re je suis allée regarder les equation spour calculer l'effort nominal. Aujourd'hui il n'est pas calculé avec l'equation d'inactivité. Il est simplement calculé avec la durée de la marée et de la durée inter-marées et la duré du mois courant. Il me semble que si on a une équation d'inactivité qui retournerait un temps d'inactivité, il serait bien de schunter ce calcul automatique en prenant simplement la durée du mois - le temps d'inactivité retourné par l'équation. qu'en pensez-vous? Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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ISIS 4.3.1.0 + Caparmor : non-récupération de résultats?
by Audric VIGIER 13 Oct '14

13 Oct '14

Bonjour, J'ai lancé hier soir 7 plans d'optimisation sur Caparmor. Un d'entre eux a été stoppé après la 461ème simulation. Cette simulation s'est bien déroulée, elle a été téléchargée correctement sur mon disque dur (tous les fichiers sont là), il n'y a pas d'erreur dans le simulation.log. Dans le debug (PJ), je trouve une erreur ligne 9173, qui indique un souci ligne 661 de mon script d'optim (PJ). En regardant le script, il s'agit d'une ligne lue à chaque simulation, qui n'est pas erronée. Je soupçonne qu'une matrice ai mal été chargée pour une raison que j'ignore. En allant de nouveau dans le debug, ligne 16469, la simulation 461 est téléchargée, puis plus de trace du plan, qui est stoppé. Une idée sur la cause de mes tourments? Audric /* * Copyright (C) 2014 avigier, poussin * * This program is free software: you can redistribute it and/or modify * it under the terms of the GNU General Public License as * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the * License, or (at your option) any later version. * * This program is distributed in the hope that it will be useful, * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the * GNU General Public License for more details. * * You should have received a copy of the GNU General Public * License along with this program. If not, see * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. */ package optimizations; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; import fr.ifremer.isisfish.simulator.Optimization; import fr.ifremer.isisfish.simulator.OptimizationContext; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfo; import fr.ifremer.isisfish.types.Month; import java.io.File; import java.io.FileReader; import java.security.SecureRandom; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays; import java.util.Collections; import java.util.LinkedList; import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory; import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; import org.nuiton.topia.TopiaContext; import org.nuiton.util.FileUtil; import scripts.ResultName; /** * RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12.java * * // //////////////////////////////////////////////////////////////////////// * USER GUIDE *------------------------------------------------------------------------- * Script must be adapted to the case study (calibration data, catchability assumptions) * Script won't compile as it stands * Comments preceeded by /////*** explain where and how to adapt the script * Access to the APIs is free * //////////////////////////////////////////////////////////////////////// * * **You can modify class name if you want * **BUT attention : file name and class name must be the same (without the extention ".java"), * ie here : "RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12" * * * Created: 4 avril 2014 * * @author poussin <user.name(a)vcs.hostName> * @version $Revision: 1545 $ * Last update: $Date: 4 avril 2014 $ * by : $Author: poussin $ */ public class RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12 implements Optimization { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ private static Log log = LogFactory.getLog(RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12.class); /////***here must appear the path to export the historic file ("Historic.csv") //in which all information about each simulation is stored /////***Attention : before beginning a new calibration rename any potential //old Historic.csv files or they will be lost @Doc("Path to export the historic file. The root is the folder where the .bat is located.") public String param_exportPath="Output_essai_recuit/HistoricRecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12.csv"; protected String exportHisto = ""; @Doc("Population which parameters are calibrated") public Population param_Population = null; @Doc("Lower values of parameters, separated with semicolons: de la forme(\"xx1;xx2;xx3\")") public String param_borneInf = "0;0;0";// devient un parametre du plan d analyse/// Rentrer ici les bornes inferieruers de chaque parametre. @Doc("Upper values of parameters, separated with semicolons: de la forme(\"xx1;xx2;xx3\"); Keep the order used to fill borneInf.") public String param_borneSup = "0.005;0.005;0.005";// devient un parametre du plan d analyse/// Rentrer ici les bornes superieruers de chaque parametre. @Doc("Cooling schedule : choose between \"Van Laarhoven\", \"Huang\", \"Triki\", \"Geometric\", \"Lundy\", \"Constant\" and \"Linear\".") public String param_coolingSchedule = "Geometric"; // Attention aux methodes a valeurs a fixer par l'utilisateur. @Doc("Parameter associated with the cooling schedule (if \"Constant\" or \"Triki\", ignore this): delta for \"Van Laarhoven\", lambda for \"Huang\", alpha for \"Geometric\", beta for \"Lundy\" and coefficient for \"Linear\".") public double param_coolTemp= 0.99; //public long param_seed = 1; @Doc("Delta Value for each parameter. Delta is the maximum amplitude of mutation for a parameter when going to the next state.") public String param_deltaValue="0.01;0.01;0.01";// Valeur de delta @Doc("Way to alter delta. For this simulationplan, the only choice is \"Aleatoire\" (we use Martins et al. adaptive simulated annealing).") public String param_variationsDelta="Aleatoire"; // plutot ne pas laisser le choix a l'utilisateur ce coup-ci? @Doc("This is the first paarmetrisation, so you can force the algorithm to start far or near the global optimum...or in the middle of nowhere!") public String param_valeursConseil = "0.00388029043795541 ; 0.0012162445159629 ; 0.00210933871450834" ; String [] borneInf; String [] borneSup; String [] valeursConseil; String [] deltaValue; int taille; int c1; int c2; int current; int compteurSimus; int compteurTemperature; int compteurAccept; double deltaEnergy; SecureRandom random; double rhoValue; boolean bool; double obj; File exportHistoric = new File(param_exportPath); //int seuilTemperature=5;// Laisses au choix de l'utilisateur. Dans l'interface, proposer des methodes pour faire evoluer les seuils? //int seuilAcceptance=3; double seuilArret=0.01; //Sera utilise en fonction du critee d'arret trancher. // ***put here the path and name of the file containing the data used to calibrate // your fishery ( here observed landings per season and age groups) @Doc(value = "file name and path of observed landings") public String param_nomfichier_debarquements = "Input_essai_recuit/Inputlandings.csv"; protected File debarquementsObserves; protected MatrixND matrixDebarquement; ArrayList<Experience> historique = new ArrayList<Experience>(); //historique va contenir tout l'historique de l'algorithme, c'est un ArrayList d'Experience. protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP }; @Override public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan. * @return L''aide ou la description du plan */ @Override public String getDescription() throws Exception { return _("Calibration using simulated annealing: user" + "gives a file of observations (here catches)(.csv), simulated output" + "will try to approach oservations by changing the values of catchability"); } /** * Appele lors de l'initialisation. La premiere generation doit etre construite * dans l'init via des appels a context.addSimulation(...) * * @param context */ public void init(OptimizationContext context) throws Exception { random = new SecureRandom(); //random.setSeed(param_seed); if (param_nomfichier_debarquements == null || "".equals(param_nomfichier_debarquements)) { debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv separateur ';'"); } else { debarquementsObserves = new File(param_nomfichier_debarquements); } // ***Create the matrix named matrixDebarquement that will contain your observed landings int[] dimMatrix = {12,1}; matrixDebarquement=MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); //date est un int donnant le nombre de mois sur lequel on a simule. // ***Then import your file in it FileReader in = new FileReader(debarquementsObserves); matrixDebarquement.importCSV(in,new int []{0,0}); in.close(); matrixDebarquement= matrixDebarquement.reduce(); //Indispensable pour pouvoir travailler sur la matrice et avoir les memes dimensions que les simulations. //log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); borneInf=param_borneInf.split(";"); borneSup=param_borneSup.split(";"); valeursConseil=param_valeursConseil.split(";"); deltaValue = param_deltaValue.split(";"); taille=borneInf.length; } /** * La premiere generation doit etre construite dans cette methode * via des appels a context.addSimulation(...) * * @param context */ public void firstSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { SimulationStorage nextSimulation = context.newSimulation(); compteurSimus = context.getCurrentGeneration(); //numero de la simulation a venir log.error("compteurSimus firstsimu: " + compteurSimus); Experience expCurrent = createExperience(compteurSimus, null); expCurrent.accepted = true; changeDB(expCurrent, nextSimulation); } /** * Genere une nouvelle serie de simulation suivant le context d'optimisation. * Pour cela vous devez appeler context.addSimulation(...) pour ajouter * des simulations pour la prochaine generation. * * @param context context * @param region region * @return simulations serie */ public void nextSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { Experience expParent; compteurSimus = context.getCurrentGeneration(); // compteurSimus = numero de la simu qui va commencer SimulationStorage nextSimulation = null; if (compteurSimus<=2000){ nextSimulation = context.newSimulation(); } log.error("compteurSimus nextsimu: " + compteurSimus); // Si le compteurSimus bouge a nouveau, bien tout rechanger comme il faut log.error("c1 " + c1); log.error("c2 " + c2); if (historique.get(compteurSimus - 1).accepted){ expParent = historique.get(compteurSimus - 1); } else{ expParent = historique.get(compteurSimus - 1).parent; } Experience expCurrent = createExperience(compteurSimus, expParent); if (expCurrent.id > 1){ expCurrent.temperature = baisse(expCurrent); } log.error("expCurrent : experience numero " + expCurrent.id); changeDB(expCurrent, nextSimulation); } /** * Cette methode est appelee apres chaque serie de simulation * soit apres startSimulation et nextSimulation * @param context */ public void endSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { //Dans l'after, on evalue la nouvelle parametrisation, on met en competition cette parametrisation //avec celle de reference (celle de l'iteration current), on modifie la temperature, on verifie que le //critere d'arret de l'algorithme n'est pas atteint, on enregistre toutes les modifications dans la table historique. SimulationStorage lastSimulation = context.getLastSimulation(); ResultStorage result = lastSimulation.getResultStorage(); boolean bool=true; compteurSimus=context.getCurrentGeneration() - 1; //numero de la simulation qui vient de se terminer log.error("compteurSimus endsimu : " + compteurSimus); // Si le compteurSimus bouge a nouveau, bien tout rechanger comme il faut Experience expCurrent = historique.get(compteurSimus); // SOUCI DE ARRAYOUTOFBOUNDEXCEPTION A L ITERATION 0 double obj=calculFonctionObjectif(result); expCurrent.objective = obj; if (compteurSimus > 0){ if (obj < expCurrent.best.objective){//On compare la nouvelle parametrisation a la meilleure parametrisation expCurrent.best = expCurrent; } acceptationSolution(expCurrent);//On compare la nouvelle parametrisation a la parametrisation courante et on decide qui sera la courante. //if (isModifierTemperature()){//Pour le moment, les methodes proposees modifient la temperature a chaque fois. On integrera un systeme de phase et de verification de critere de temperature plus tard, si besoin. /*} else{ historique.get(compteurSimus).temperature = getExperience(compteurSimus-1).temperature; }*/ //bool=isCritereArretAtteint(expCurrent); } if (compteurSimus==0){ expCurrent.parent=expCurrent; expCurrent.temperature = 0; } if (compteurSimus==1){ // (Autin (2006)) expCurrent.temperature = 10*Math.abs((expCurrent.objective - historique.get(0).objective)); } exportHisto+=expCurrent.toCSV(); //On laisse sous cette forme tant qu'il faut aller consulter les logs, mais c'est lourd. Une fois le script fini, passer l'ecriture du fichier au moment de l'arret complet de l'algorithme FileUtils.writeStringToFile(exportHistoric,exportHisto); if (compteurSimus >= 2000){ bool = false; } log.info("Faut-il faire encore une simulation? " + bool); if(compteurSimus > 50){// Modification du voisinage changeDelta(expCurrent); } lastSimulation.closeStorage(); } /** * Cette methode est appelee lorsqu'il n'y a plus de simulation a faire * (init ou getNextSimulation n'ont pas fait appel a context.addSimulation) * @param context */ public void finish(OptimizationContext context) throws Exception { } /////***hasard1,2,3, etc => des methodes de hasard a determiner, a placer en debut de script. Pour le moment, elles ne font que de l'uniforme, a nous de voir ce qui est le mieux et pourquoi public int hasard1(){ int result = random.nextInt(taille); return result; } public int hasard2(int max){ int result = random.nextInt(max); log.info("result : "+result); return result; } public double hasard3(int num, Parameter[] M1){// POUR UN DELTA FIXE double result = M1[num].delta*(2*random.nextInt(2)-1); return result; } public double hasardUniforme(){ double result = random.nextDouble(); return result; } public double hasardAlea(int num, Parameter[] M1){ double result = (random.nextDouble()*2*M1[num].delta-M1[num].delta); return result; } //////////////////// //////////////////// /// /// ///AUTRES CLASSES/// /// /// //////////////////// //////////////////// protected Parameter[] copyM1(Parameter[]M1){ Parameter[] result = new Parameter[M1.length]; for (int i=0,maxi=M1.length; i<maxi; i++) { result[i] = M1[i].copy(); } return result; } class Parameter { double value; double inf; double sup; double delta; public Parameter (double valeur, double borneinf, double bornesup, double deltaValue){ /*if (borneinf >= bornesup) { throws SimulationException(String.format("Error: inf(%s) >= sup(%s)", borneinf, bornesup)); }*/ value=valeur; inf=borneinf; sup=bornesup; delta=deltaValue; } public Parameter copy() { return new Parameter(value, inf, sup, delta); } } class Experience{// 1 objet Experience contient toutes les informations sur la passage de l'etat current a l'etat suivant. public int id; public Experience parent; public Experience best; public boolean accepted; public double rho; public double rand; public Parameter[] parametrisation; //On enregistre la parametrisation et les bornes, tout est necessaire en cas de re-utilisation. public double objective; public double temperature; public Experience(int id, Experience parent) { this.id = id; this.parent = parent; if (parent == null) { log.error("Pas de parent"); best = this; parametrisation = initM1(); } else { Experience expPrev = historique.get(id-1); best = expPrev.best; temperature=expPrev.temperature; Parameter[] M1=copyM1(parent.getParametrisation()); log.error("APPEL MODIF DANS LE CONSTRUCTEUR"); modif(M1); parametrisation = M1; } } /** * recherche de la 1ere experience accepte et retourne parametrisation */ public Parameter[] getParametrisation() { Parameter[] result = parametrisation; if (!accepted) { result = parent.getParametrisation(); } return result; } public String toCSV() { String sep = ";"; String result = ""; String saut = "\n"; result += id + sep; result += accepted + sep; result += rand + sep; result += rho + sep; result += objective + sep; result += temperature + sep; for (int i=0; i<taille; i++){ result += parametrisation[i].value + sep; } result += parent.id + sep; result += best.id + sep; for (int i=0; i<taille; i++){ result += parametrisation[i].delta + sep; } result += saut; return result; } } //////////////////// //////////////////// /// /// /// METHODES /// /// /// //////////////////// //////////////////// /** *Retourne l'experience a l'index i dans la table historique, cree l'experience si elle n'existe pas encore. *@param i l'index de l'Experience demandee *@return l'Experience i */ public Experience createExperience(int id, Experience parent){ if (parent == null){ log.error("Nouvelle experience " + id + " : parent = null"); } else{ log.error("Nouvelle experience " + id + " : parent = " + parent.id); } Experience result = new Experience(id, parent); historique.add(result); return result; } /** *Baisse la temperature selon une certaine methode. Appelle par @see modifierTemperature *@param compteurSimus la simulation qui vient de s'achever *@return la temperature baissee */ //En faire une fonction de compteurSimus pour que toutes les methdoes marchaent! public double baisse(Experience expCurrent){ double temperature = expCurrent.temperature; log.info("La temperature est de "+ temperature +". Il fait chaud par ici!"); double result=0; //Methode pour faire baisser la temperature. Il peut y en avoir plusieurs, l'idee etant de pouvoir basculer d'une methode a l'autre pendant l'algorithme; //Van Laarhoven et al. (1987) if (param_coolingSchedule.equals("Van Laarhoven")){ double obj = expCurrent.objective; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); double sigma=Math.sqrt(sigmasquare); result = temperature*(1/(1+(Math.log(1+param_coolTemp))*temperature/(3*sigma))); } //Huang et al. (1986) if (param_coolingSchedule.equals("Huang")){ double obj = expCurrent.objective; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); double sigma=Math.sqrt(sigmasquare); result=temperature*Math.exp(-param_coolTemp*temperature/sigma); } // Triki et al. (2005) if (param_coolingSchedule.equals("Triki")){ double obj = expCurrent.objective; double objParent=historique.get(expCurrent.parent.id).objective; double delta=obj-objParent; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); result= temperature*(1-temperature*delta/sigmasquare); log.info("result Triki: "+result); } // Geometrique (decrit dans Triki et al. (2005)) if (param_coolingSchedule.equals("Geometric")){ result=param_coolTemp*temperature; log.info("result geometric : "+result); } // Lundy et al. (1986) if (param_coolingSchedule.equals("Lundy")){ result= temperature*(1/(1+param_coolTemp*temperature)); } // Fixe if (param_coolingSchedule.equals("Constant")){ result=temperature; //Il faut fixer une bonne temperature, voir Cohn et Connolly pour plus de renseignements. } //Lineaire if (param_coolingSchedule.equals("Linear")){ result=temperature-param_coolTemp; } return result; } /** *Initialise une parametrisation avant la premiere simulation a partir des bornes de chaque parametre selon une loi uniforme *@return la parametrisation initialisee. */ public Parameter[] initM1(){ //Methode 1 : initialisation selon une loi uniforme entre les bornes de chaque parametre. Parameter M1[] = new Parameter[taille]; for (int i=0; i<taille; i++){ double inf = Double.parseDouble(borneInf[i]); double sup = Double.parseDouble(borneSup[i]); double val= Double.parseDouble(valeursConseil[i]); double delta = Double.parseDouble(deltaValue[i]); log.info("dans initM1, delta =" + deltaValue[i]); Parameter param = new Parameter(val, inf, sup, delta); M1[i]=param; } //Methode 2 => On peut proposer plusieurs methodes d'initiation dans l'interface? Lois de Poisson, Gauss, etc. //etc. return M1; } /** * Modify nextSimulation database with parameters in Experience exp. * @param exp the Experience in process * @param nextSimulation storage for the next simulation * @throws Exception */ protected void changeDB(Experience exp, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { // methode appelee dans before simualtion TopiaContext db = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();//ouvrir un context pour modifier les donnees Population pop = (Population) db.findByTopiaId(param_Population.getTopiaId()); //reccupere la pop ciblee MatrixND c = pop.getCapturability(); // recupere la matrice de capturabilite log.info("Voici a quoi ressemble la matrice de capturabilite : "+c); // *** that is where you explain how to fill the catchability matrix with q1 and q2 for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); log.info("Semantics : "+sem); PopulationGroup group = (PopulationGroup) sem[0]; log.info("Groupe : "+group.getId()); PopulationSeasonInfo season = (PopulationSeasonInfo) sem[1]; log.info("Saison : "+season); if (season.getFirstMonth().after(Month.JULY)){ i.setValue(exp.parametrisation[2].value); } else if (season.getFirstMonth().after(Month.MARCH)) { i.setValue(exp.parametrisation[1].value); } else { i.setValue(exp.parametrisation[0].value); } }//fin du for*/ db.commitTransaction(); // effectue la modification db.closeContext(); // ferme le context } /** *Modifie une parametrisation, utilise une methode pour modifier parametre par parametre *@param M1 la parametrisation a modifier *@see modifParameter */ public void modif(Parameter[] M1){ log.error("APPEL MODIF"); for (int i =0; i<taille ; i++){ log.error("APPEL BOUCLE"); modifParameter(i, M1); //Modification du parametre } } /** *Modifie un parametre selon une certaine methode, appellee par @see modif *@param num la position dans la parametrisation du parametre a modifier */ public void modifParameter(int num, Parameter[] M1){ //Methode 1 if (param_variationsDelta.equals("Fixe")){ double amplitude = hasard3(num, M1); double valeur=M1[num].value; M1[num].value=amplitude+valeur; int MAX = 10000; while (MAX > 0 && (M1[num].value<M1[num].inf || M1[num].value>M1[num].sup)){ //Tant qu'on est en dehors du domaine de definiton du parametre, on modifie la valeur amplitude = hasard3(num, M1); M1[num].value=amplitude+valeur; MAX--; } } if (param_variationsDelta.equals("Aleatoire")){ log.error("APPEL MODIFPARAMETER"); double amplitude = hasardAlea(num, M1); double valeur=M1[num].value; log.error ("Val avant modif " + valeur); M1[num].value=amplitude+valeur; log.error("J'ai change la valeur a " + M1[num].value); int MAX = 10000; while (MAX > 0 && (M1[num].value<M1[num].inf || M1[num].value>M1[num].sup)){ //Tant qu'on est en dehors du domaine de definiton du parametre, on modifie la valeur amplitude = hasardAlea(num, M1); M1[num].value=amplitude+valeur; MAX--; } } /* if (MAX <= 0) { throws SimulationException("Can't find new value"); }*/ //Methode 2 //etc. L'idee est de faire varier la maniee de faire varier delta en fcontion de l'avancement de l'algorithme. } /** *Met en competition la nouvelle solution et la solution courante (calcul de la "probabilite" d'acceptation) et decide de qui sera la solution courante, le renseigne dans l'historique des simulations. *@param compteurSimus le numero de la simulation qui vient de s'achever. *@see getProba */ public void acceptationSolution(Experience expCurrent){// Mise en competition de l'etat current et du nouvel etat deltaEnergy= expCurrent.parent.objective - expCurrent.objective;//Valeur absolue double rhoValue = getProba(expCurrent, deltaEnergy); expCurrent.rho = rhoValue; double randValue; if (rhoValue>=1){ expCurrent.rand = 0;// rand n'a pas ete tire a cette iteration. expCurrent.accepted = true; }else{ randValue=hasardUniforme(); if (randValue<rhoValue){ expCurrent.rand = randValue; expCurrent.accepted = true; } else{ expCurrent.rand = randValue; expCurrent.accepted = false; } } } /** *Calcule la valeur de la fonction d'objectif de la parametrisation utilisee pour la simulation qui vient de s'achever. *@param result le numero de la simulation venant de s'achever *@return la valeur de fonction d'objectif */ public double calculFonctionObjectif(ResultStorage result) {//Inclut l'import des donnees, des resultats de la simulation et le calcul de la fonction d'objectif; /////***import the matrix of simulated data (here landings) from the simulation result MatrixND L = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); /////*** extract, sum, etc to obtain the same format/data as your observation matrix // useful methods to work on matrix : sumOverDim(), getSubMatrix(), reduce() //Somme sur les strategies, metiers, groupes et zones L= L.sumOverDim(1); L= L.sumOverDim(2); L= L.sumOverDim(3); L= L.sumOverDim(4); L= L.reduce(); //Indispensable pour pouvoir travailler sur la matrice et avoir les memes dimensions que les observations. ///////////////////Calcul du critere////////////////// log.info("calcul de la fonction objectif"); log.info("dim de L" + " " + Arrays.toString(L.getDim())); log.info("dim de obs" + " " + Arrays.toString(matrixDebarquement.getDim())); int annee = 0; double obser = 0;//Pour 1 an, la somme des dÃƒÆ’Ã‚Â©barquements, tous groupes confondus double obj = 0; double obj1 = 0; double obj2 = 0; // *** using the matrixIterator assumes that the observation and simulated // matrix are organised in the exact same way ( columns and rows corresponding in each of them) for (MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();) {// Les simus durent un an, obser sera toujours bon. g.next(); int[] dim = g.getCoordinates(); log.info(dim); double obs = matrixDebarquement.getValue(dim); obser +=obs; } for (MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();) { g.next(); int[] dim = g.getCoordinates(); double obs = matrixDebarquement.getValue(dim); double simules = g.getValue(); obj1 = Math.pow(0.001*(obs - simules), 2);// On prend le millieme au carre pour eviter les valeurs trop grandes obj2 = Math.pow(0.001*(obser), 2); obj += obj1/obj2; } return obj; } public void changeDelta (Experience expCurrent){ Experience aModifier = expCurrent ; //Si a refuse, ce sera le parent qui sera a modifier (si on change sur un expCurrent refuse, TSPCS on n'avait pas appele cette methode) if (expCurrent.accepted == false){ aModifier = expCurrent.parent; } double moyenne = 0; double newValue = 0; double minimum; double maximum; double pente; LinkedList<Double> valParam = new LinkedList<Double>(); for (int i =0; i<taille ; i++){//Pour tous les parametres, on va verifier s'il faut modifier la valeur de delta for (int j =0; j<50; j++){ valParam.add(historique.get(expCurrent.id-j).parametrisation[i].value); //To be checked! moyenne =+ valParam.get(j); } moyenne = moyenne/50;// Calcul de la moyenne minimum = Collections.min(valParam); maximum = Collections.max(valParam); if((Math.abs(minimum -moyenne)<3*aModifier.parametrisation[i].delta)&&(Math.abs(maximum -moyenne)<3*aModifier.parametrisation[i].delta)){ //Si le min et le max sont au moins de 2*delta de la moyenne => baisser delta newValue = aModifier.parametrisation[i].delta; aModifier.parametrisation[i].delta = newValue/2; } pente = historique.get(expCurrent.id-20).parametrisation[i].value - expCurrent.parametrisation[i].value; if ((pente<-10*aModifier.parametrisation[i].delta) && (pente>10*aModifier.parametrisation[i].delta)){ //J'ai pris 20000 au pif, a adapter aux soubresauts du recuit simule... newValue = aModifier.parametrisation[i].delta; aModifier.parametrisation[i].delta = newValue*2; } } } /** *Verifie si le critere d'arret de l'algorithme est atteint, les criteres pouvant changer selon les preferences de l'utilisateur. *@param compteurSimus le numero de la simulation qui vient de s'achever *@return true si le critere est atteint, false sinon. */ public boolean isCritereArretAtteint(Experience expCurrent){// Critee a choisir? A rendre variable au cours de l'algorithme? (autant sur le critee d'une methode que sur la methode employee?) /*Methode 1 double difference = Math.abs(expCurrent.objective - expCurrent.parent.objective); boolean bool = difference < seuilArret; *///seuil a determiner /*boolean bool=true; if (expCurrent.id>100){ bool=false;// Cette inversion de signification de booleen n'est que rustine temporaire... } /* if (temperature<seuilArret) //seuil a determiner double temperature = getExperience(compteurSimus).temperature bool=true; if (compteurSimus>seuilArret) //seuil a determiner bool=true; //Methode 4 numero de phase...vraiment? */ //etc. return bool; } /** *Calcule ce qu'on appelle (abusivement) la probabilite d'accepter la nouvelle parametrisation, appelee par @see acceptationSolution *@param deltaEnergy la difference de fonction d'objectif entre la nouvelle parametrisation et la parametrisation courante *@return la "probabilite" */ public double getProba(Experience expCurrent, double deltaEnergy){ double temp = expCurrent.temperature; double proba = Math.exp(deltaEnergy/temp); return proba; } /* /** *Verifie si le critere de modification de la temperature est atteint, les criteres pouvant varier selon les preferences de l'utilisateur. *@return true s'il faut modifier la temperature (@see modifierTemperature), false sinon. *:/ public boolean isModifierTemperature(){//Renvoie un booleen qui indique s'il faut changer ou non la temperature. boolean bool=false; if (compteurTemperature>seuilTemperature || compteurAccept>seuilAcceptance){//seuils a fixer/determiner bool=true; } return bool; } */ /** *Recupere le numero de la simulation renseignee *@param simulation storage de la simulationr enseignee *@return numero de la simulation renseignee */ public int getIteration(SimulationStorage simulation){ //Il n'y a pas de setIteration return simulation.getParameter().getSimulationPlanNumber() + 1; } }

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Parallélisation sur Caparmor avec ISIS 4.3.1.0
by Audric VIGIER 02 Oct '14

02 Oct '14

Bonjour, Je me permets un déterrage de sujet (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-devel//2014-April/001848.html) puisque le mail contenu dans cette archive n'a reçu aucune réponse liée au problème décrit (il a été submergé par d'autres problèmes). Je rencontre aujourd'hui le même problème avec la toute dernière version d'ISIS-Fish. Ce qu'il se passe est très semblable : je souhaite faire tourner 8 plans d'optimisation sur Caparmor. Quand j'en lance 1 seul, les simulations s'enchaînent, aucun souci. Mais dès que j'en lance un autre, plus aucune simulation ne se lance, les plans sont à l'arrêt. J'ai joint une prise d'écran du panneau des simulations, où 8 plans Caparmor sont à l'arrêt. J'ai à disposition un PC avec 2 coeurs, je ne sais pas si mon labo d'accueil à un meilleur ordinateur. Si le problème n'est pas résolu, je vais être coincé. Il n'y a aucune trace de ce problème dans le debug, tout ce qu'il contient concerne des simulations faites précédemment. Je joins le nécessaire pour faire un plan d'optimisation, j'utilise toujours la région GdG. Audric /* * Copyright (C) 2014 avigier, poussin * * This program is free software: you can redistribute it and/or modify * it under the terms of the GNU General Public License as * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the * License, or (at your option) any later version. * * This program is distributed in the hope that it will be useful, * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the * GNU General Public License for more details. * * You should have received a copy of the GNU General Public * License along with this program. If not, see * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. */ package optimizations; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; import fr.ifremer.isisfish.simulator.Optimization; import fr.ifremer.isisfish.simulator.OptimizationContext; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfo; import fr.ifremer.isisfish.types.Month; import java.io.File; import java.io.FileReader; import java.security.SecureRandom; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays; import java.util.Collections; import java.util.LinkedList; import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory; import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; import org.nuiton.topia.TopiaContext; import org.nuiton.util.FileUtil; import scripts.ResultName; /** * RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12.java * * // //////////////////////////////////////////////////////////////////////// * USER GUIDE *------------------------------------------------------------------------- * Script must be adapted to the case study (calibration data, catchability assumptions) * Script won't compile as it stands * Comments preceeded by /////*** explain where and how to adapt the script * Access to the APIs is free * //////////////////////////////////////////////////////////////////////// * * **You can modify class name if you want * **BUT attention : file name and class name must be the same (without the extention ".java"), * ie here : "RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12" * * * Created: 4 avril 2014 * * @author poussin <user.name(a)vcs.hostName> * @version $Revision: 1545 $ * Last update: $Date: 4 avril 2014 $ * by : $Author: poussin $ */ public class RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12 implements Optimization { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ private static Log log = LogFactory.getLog(RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12.class); /////***here must appear the path to export the historic file ("Historic.csv") //in which all information about each simulation is stored /////***Attention : before beginning a new calibration rename any potential //old Historic.csv files or they will be lost @Doc("Path to export the historic file. The root is the folder where the .bat is located.") public String param_exportPath="Output_essai_recuit/HistoricRecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP12.csv"; protected String exportHisto = ""; @Doc("Population which parameters are calibrated") public Population param_Population = null; @Doc("Lower values of parameters, separated with semicolons: de la forme(\"xx1;xx2;xx3\")") public String param_borneInf = "0;0;0";// devient un parametre du plan d analyse/// Rentrer ici les bornes inferieruers de chaque parametre. @Doc("Upper values of parameters, separated with semicolons: de la forme(\"xx1;xx2;xx3\"); Keep the order used to fill borneInf.") public String param_borneSup = "0.005;0.005;0.005";// devient un parametre du plan d analyse/// Rentrer ici les bornes superieruers de chaque parametre. @Doc("Cooling schedule : choose between \"Van Laarhoven\", \"Huang\", \"Triki\", \"Geometric\", \"Lundy\", \"Constant\" and \"Linear\".") public String param_coolingSchedule = "Geometric"; // Attention aux methodes a valeurs a fixer par l'utilisateur. @Doc("Parameter associated with the cooling schedule (if \"Constant\" or \"Triki\", ignore this): delta for \"Van Laarhoven\", lambda for \"Huang\", alpha for \"Geometric\", beta for \"Lundy\" and coefficient for \"Linear\".") public double param_coolTemp= 0.99; //public long param_seed = 1; @Doc("Delta Value for each parameter. Delta is the maximum amplitude of mutation for a parameter when going to the next state.") public String param_deltaValue="0.01;0.01;0.01";// Valeur de delta @Doc("Way to alter delta. For this simulationplan, the only choice is \"Aleatoire\" (we use Martins et al. adaptive simulated annealing).") public String param_variationsDelta="Aleatoire"; // plutot ne pas laisser le choix a l'utilisateur ce coup-ci? @Doc("This is the first paarmetrisation, so you can force the algorithm to start far or near the global optimum...or in the middle of nowhere!") public String param_valeursConseil = "0.00388029043795541 ; 0.0012162445159629 ; 0.00210933871450834" ; String [] borneInf; String [] borneSup; String [] valeursConseil; String [] deltaValue; int taille; int c1; int c2; int current; int compteurSimus; int compteurTemperature; int compteurAccept; double deltaEnergy; SecureRandom random; double rhoValue; boolean bool; double obj; File exportHistoric = new File(param_exportPath); //int seuilTemperature=5;// Laisses au choix de l'utilisateur. Dans l'interface, proposer des methodes pour faire evoluer les seuils? //int seuilAcceptance=3; double seuilArret=0.01; //Sera utilise en fonction du critee d'arret trancher. // ***put here the path and name of the file containing the data used to calibrate // your fishery ( here observed landings per season and age groups) @Doc(value = "file name and path of observed landings") public String param_nomfichier_debarquements = "Input_essai_recuit/Inputlandings.csv"; protected File debarquementsObserves; protected MatrixND matrixDebarquement; ArrayList<Experience> historique = new ArrayList<Experience>(); //historique va contenir tout l'historique de l'algorithme, c'est un ArrayList d'Experience. protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP }; @Override public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan. * @return L''aide ou la description du plan */ @Override public String getDescription() throws Exception { return _("Calibration using simulated annealing: user" + "gives a file of observations (here catches)(.csv), simulated output" + "will try to approach oservations by changing the values of catchability"); } /** * Appele lors de l'initialisation. La premiere generation doit etre construite * dans l'init via des appels a context.addSimulation(...) * * @param context */ public void init(OptimizationContext context) throws Exception { random = new SecureRandom(); //random.setSeed(param_seed); if (param_nomfichier_debarquements == null || "".equals(param_nomfichier_debarquements)) { debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv separateur ';'"); } else { debarquementsObserves = new File(param_nomfichier_debarquements); } // ***Create the matrix named matrixDebarquement that will contain your observed landings int[] dimMatrix = {12,1}; matrixDebarquement=MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); //date est un int donnant le nombre de mois sur lequel on a simule. // ***Then import your file in it FileReader in = new FileReader(debarquementsObserves); matrixDebarquement.importCSV(in,new int []{0,0}); in.close(); matrixDebarquement= matrixDebarquement.reduce(); //Indispensable pour pouvoir travailler sur la matrice et avoir les memes dimensions que les simulations. //log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); borneInf=param_borneInf.split(";"); borneSup=param_borneSup.split(";"); valeursConseil=param_valeursConseil.split(";"); deltaValue = param_deltaValue.split(";"); taille=borneInf.length; } /** * La premiere generation doit etre construite dans cette methode * via des appels a context.addSimulation(...) * * @param context */ public void firstSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { SimulationStorage nextSimulation = context.newSimulation(); compteurSimus = context.getCurrentGeneration(); //numero de la simulation a venir log.error("compteurSimus firstsimu: " + compteurSimus); Experience expCurrent = createExperience(compteurSimus, null); expCurrent.accepted = true; changeDB(expCurrent, nextSimulation); } /** * Genere une nouvelle serie de simulation suivant le context d'optimisation. * Pour cela vous devez appeler context.addSimulation(...) pour ajouter * des simulations pour la prochaine generation. * * @param context context * @param region region * @return simulations serie */ public void nextSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { Experience expParent; compteurSimus = context.getCurrentGeneration(); // compteurSimus = numero de la simu qui va commencer SimulationStorage nextSimulation = null; if (compteurSimus<=2000){ nextSimulation = context.newSimulation(); } log.error("compteurSimus nextsimu: " + compteurSimus); // Si le compteurSimus bouge a nouveau, bien tout rechanger comme il faut log.error("c1 " + c1); log.error("c2 " + c2); if (historique.get(compteurSimus - 1).accepted){ expParent = historique.get(compteurSimus - 1); } else{ expParent = historique.get(compteurSimus - 1).parent; } Experience expCurrent = createExperience(compteurSimus, expParent); if (expCurrent.id > 1){ expCurrent.temperature = baisse(expCurrent); } log.error("expCurrent : experience numero " + expCurrent.id); changeDB(expCurrent, nextSimulation); } /** * Cette methode est appelee apres chaque serie de simulation * soit apres startSimulation et nextSimulation * @param context */ public void endSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { //Dans l'after, on evalue la nouvelle parametrisation, on met en competition cette parametrisation //avec celle de reference (celle de l'iteration current), on modifie la temperature, on verifie que le //critere d'arret de l'algorithme n'est pas atteint, on enregistre toutes les modifications dans la table historique. SimulationStorage lastSimulation = context.getLastSimulation(); ResultStorage result = lastSimulation.getResultStorage(); boolean bool=true; compteurSimus=context.getCurrentGeneration() - 1; //numero de la simulation qui vient de se terminer log.error("compteurSimus endsimu : " + compteurSimus); // Si le compteurSimus bouge a nouveau, bien tout rechanger comme il faut Experience expCurrent = historique.get(compteurSimus); // SOUCI DE ARRAYOUTOFBOUNDEXCEPTION A L ITERATION 0 double obj=calculFonctionObjectif(result); expCurrent.objective = obj; if (compteurSimus > 0){ if (obj < expCurrent.best.objective){//On compare la nouvelle parametrisation a la meilleure parametrisation expCurrent.best = expCurrent; } acceptationSolution(expCurrent);//On compare la nouvelle parametrisation a la parametrisation courante et on decide qui sera la courante. //if (isModifierTemperature()){//Pour le moment, les methodes proposees modifient la temperature a chaque fois. On integrera un systeme de phase et de verification de critere de temperature plus tard, si besoin. /*} else{ historique.get(compteurSimus).temperature = getExperience(compteurSimus-1).temperature; }*/ //bool=isCritereArretAtteint(expCurrent); } if (compteurSimus==0){ expCurrent.parent=expCurrent; expCurrent.temperature = 0; } if (compteurSimus==1){ // (Autin (2006)) expCurrent.temperature = 10*Math.abs((expCurrent.objective - historique.get(0).objective)); } exportHisto+=expCurrent.toCSV(); //On laisse sous cette forme tant qu'il faut aller consulter les logs, mais c'est lourd. Une fois le script fini, passer l'ecriture du fichier au moment de l'arret complet de l'algorithme FileUtils.writeStringToFile(exportHistoric,exportHisto); if (compteurSimus >= 2000){ bool = false; } log.info("Faut-il faire encore une simulation? " + bool); if(compteurSimus > 50){// Modification du voisinage changeDelta(expCurrent); } lastSimulation.closeStorage(); } /** * Cette methode est appelee lorsqu'il n'y a plus de simulation a faire * (init ou getNextSimulation n'ont pas fait appel a context.addSimulation) * @param context */ public void finish(OptimizationContext context) throws Exception { } /////***hasard1,2,3, etc => des methodes de hasard a determiner, a placer en debut de script. Pour le moment, elles ne font que de l'uniforme, a nous de voir ce qui est le mieux et pourquoi public int hasard1(){ int result = random.nextInt(taille); return result; } public int hasard2(int max){ int result = random.nextInt(max); log.info("result : "+result); return result; } public double hasard3(int num, Parameter[] M1){// POUR UN DELTA FIXE double result = M1[num].delta*(2*random.nextInt(2)-1); return result; } public double hasardUniforme(){ double result = random.nextDouble(); return result; } public double hasardAlea(int num, Parameter[] M1){ double result = (random.nextDouble()*2*M1[num].delta-M1[num].delta); return result; } //////////////////// //////////////////// /// /// ///AUTRES CLASSES/// /// /// //////////////////// //////////////////// protected Parameter[] copyM1(Parameter[]M1){ Parameter[] result = new Parameter[M1.length]; for (int i=0,maxi=M1.length; i<maxi; i++) { result[i] = M1[i].copy(); } return result; } class Parameter { double value; double inf; double sup; double delta; public Parameter (double valeur, double borneinf, double bornesup, double deltaValue){ /*if (borneinf >= bornesup) { throws SimulationException(String.format("Error: inf(%s) >= sup(%s)", borneinf, bornesup)); }*/ value=valeur; inf=borneinf; sup=bornesup; delta=deltaValue; } public Parameter copy() { return new Parameter(value, inf, sup, delta); } } class Experience{// 1 objet Experience contient toutes les informations sur la passage de l'etat current a l'etat suivant. public int id; public Experience parent; public Experience best; public boolean accepted; public double rho; public double rand; public Parameter[] parametrisation; //On enregistre la parametrisation et les bornes, tout est necessaire en cas de re-utilisation. public double objective; public double temperature; public Experience(int id, Experience parent) { this.id = id; this.parent = parent; if (parent == null) { log.error("Pas de parent"); best = this; parametrisation = initM1(); } else { Experience expPrev = historique.get(id-1); best = expPrev.best; temperature=expPrev.temperature; Parameter[] M1=copyM1(parent.getParametrisation()); log.error("APPEL MODIF DANS LE CONSTRUCTEUR"); modif(M1); parametrisation = M1; } } /** * recherche de la 1ere experience accepte et retourne parametrisation */ public Parameter[] getParametrisation() { Parameter[] result = parametrisation; if (!accepted) { result = parent.getParametrisation(); } return result; } public String toCSV() { String sep = ";"; String result = ""; String saut = "\n"; result += id + sep; result += accepted + sep; result += rand + sep; result += rho + sep; result += objective + sep; result += temperature + sep; for (int i=0; i<taille; i++){ result += parametrisation[i].value + sep; } result += parent.id + sep; result += best.id + sep; for (int i=0; i<taille; i++){ result += parametrisation[i].delta + sep; } result += saut; return result; } } //////////////////// //////////////////// /// /// /// METHODES /// /// /// //////////////////// //////////////////// /** *Retourne l'experience a l'index i dans la table historique, cree l'experience si elle n'existe pas encore. *@param i l'index de l'Experience demandee *@return l'Experience i */ public Experience createExperience(int id, Experience parent){ if (parent == null){ log.error("Nouvelle experience " + id + " : parent = null"); } else{ log.error("Nouvelle experience " + id + " : parent = " + parent.id); } Experience result = new Experience(id, parent); historique.add(result); return result; } /** *Baisse la temperature selon une certaine methode. Appelle par @see modifierTemperature *@param compteurSimus la simulation qui vient de s'achever *@return la temperature baissee */ //En faire une fonction de compteurSimus pour que toutes les methdoes marchaent! public double baisse(Experience expCurrent){ double temperature = expCurrent.temperature; log.info("La temperature est de "+ temperature +". Il fait chaud par ici!"); double result=0; //Methode pour faire baisser la temperature. Il peut y en avoir plusieurs, l'idee etant de pouvoir basculer d'une methode a l'autre pendant l'algorithme; //Van Laarhoven et al. (1987) if (param_coolingSchedule.equals("Van Laarhoven")){ double obj = expCurrent.objective; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); double sigma=Math.sqrt(sigmasquare); result = temperature*(1/(1+(Math.log(1+param_coolTemp))*temperature/(3*sigma))); } //Huang et al. (1986) if (param_coolingSchedule.equals("Huang")){ double obj = expCurrent.objective; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); double sigma=Math.sqrt(sigmasquare); result=temperature*Math.exp(-param_coolTemp*temperature/sigma); } // Triki et al. (2005) if (param_coolingSchedule.equals("Triki")){ double obj = expCurrent.objective; double objParent=historique.get(expCurrent.parent.id).objective; double delta=obj-objParent; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); result= temperature*(1-temperature*delta/sigmasquare); log.info("result Triki: "+result); } // Geometrique (decrit dans Triki et al. (2005)) if (param_coolingSchedule.equals("Geometric")){ result=param_coolTemp*temperature; log.info("result geometric : "+result); } // Lundy et al. (1986) if (param_coolingSchedule.equals("Lundy")){ result= temperature*(1/(1+param_coolTemp*temperature)); } // Fixe if (param_coolingSchedule.equals("Constant")){ result=temperature; //Il faut fixer une bonne temperature, voir Cohn et Connolly pour plus de renseignements. } //Lineaire if (param_coolingSchedule.equals("Linear")){ result=temperature-param_coolTemp; } return result; } /** *Initialise une parametrisation avant la premiere simulation a partir des bornes de chaque parametre selon une loi uniforme *@return la parametrisation initialisee. */ public Parameter[] initM1(){ //Methode 1 : initialisation selon une loi uniforme entre les bornes de chaque parametre. Parameter M1[] = new Parameter[taille]; for (int i=0; i<taille; i++){ double inf = Double.parseDouble(borneInf[i]); double sup = Double.parseDouble(borneSup[i]); double val= Double.parseDouble(valeursConseil[i]); double delta = Double.parseDouble(deltaValue[i]); log.info("dans initM1, delta =" + deltaValue[i]); Parameter param = new Parameter(val, inf, sup, delta); M1[i]=param; } //Methode 2 => On peut proposer plusieurs methodes d'initiation dans l'interface? Lois de Poisson, Gauss, etc. //etc. return M1; } /** * Modify nextSimulation database with parameters in Experience exp. * @param exp the Experience in process * @param nextSimulation storage for the next simulation * @throws Exception */ protected void changeDB(Experience exp, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { // methode appelee dans before simualtion TopiaContext db = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();//ouvrir un context pour modifier les donnees Population pop = (Population) db.findByTopiaId(param_Population.getTopiaId()); //reccupere la pop ciblee MatrixND c = pop.getCapturability(); // recupere la matrice de capturabilite log.info("Voici a quoi ressemble la matrice de capturabilite : "+c); // *** that is where you explain how to fill the catchability matrix with q1 and q2 for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); log.info("Semantics : "+sem); PopulationGroup group = (PopulationGroup) sem[0]; log.info("Groupe : "+group.getId()); PopulationSeasonInfo season = (PopulationSeasonInfo) sem[1]; log.info("Saison : "+season); if (season.getFirstMonth().after(Month.JULY)){ i.setValue(exp.parametrisation[2].value); } else if (season.getFirstMonth().after(Month.MARCH)) { i.setValue(exp.parametrisation[1].value); } else { i.setValue(exp.parametrisation[0].value); } }//fin du for*/ db.commitTransaction(); // effectue la modification db.closeContext(); // ferme le context } /** *Modifie une parametrisation, utilise une methode pour modifier parametre par parametre *@param M1 la parametrisation a modifier *@see modifParameter */ public void modif(Parameter[] M1){ log.error("APPEL MODIF"); for (int i =0; i<taille ; i++){ log.error("APPEL BOUCLE"); modifParameter(i, M1); //Modification du parametre } } /** *Modifie un parametre selon une certaine methode, appellee par @see modif *@param num la position dans la parametrisation du parametre a modifier */ public void modifParameter(int num, Parameter[] M1){ //Methode 1 if (param_variationsDelta.equals("Fixe")){ double amplitude = hasard3(num, M1); double valeur=M1[num].value; M1[num].value=amplitude+valeur; int MAX = 10000; while (MAX > 0 && (M1[num].value<M1[num].inf || M1[num].value>M1[num].sup)){ //Tant qu'on est en dehors du domaine de definiton du parametre, on modifie la valeur amplitude = hasard3(num, M1); M1[num].value=amplitude+valeur; MAX--; } } if (param_variationsDelta.equals("Aleatoire")){ log.error("APPEL MODIFPARAMETER"); double amplitude = hasardAlea(num, M1); double valeur=M1[num].value; log.error ("Val avant modif " + valeur); M1[num].value=amplitude+valeur; log.error("J'ai change la valeur a " + M1[num].value); int MAX = 10000; while (MAX > 0 && (M1[num].value<M1[num].inf || M1[num].value>M1[num].sup)){ //Tant qu'on est en dehors du domaine de definiton du parametre, on modifie la valeur amplitude = hasardAlea(num, M1); M1[num].value=amplitude+valeur; MAX--; } } /* if (MAX <= 0) { throws SimulationException("Can't find new value"); }*/ //Methode 2 //etc. L'idee est de faire varier la maniee de faire varier delta en fcontion de l'avancement de l'algorithme. } /** *Met en competition la nouvelle solution et la solution courante (calcul de la "probabilite" d'acceptation) et decide de qui sera la solution courante, le renseigne dans l'historique des simulations. *@param compteurSimus le numero de la simulation qui vient de s'achever. *@see getProba */ public void acceptationSolution(Experience expCurrent){// Mise en competition de l'etat current et du nouvel etat deltaEnergy= expCurrent.parent.objective - expCurrent.objective;//Valeur absolue double rhoValue = getProba(expCurrent, deltaEnergy); expCurrent.rho = rhoValue; double randValue; if (rhoValue>=1){ expCurrent.rand = 0;// rand n'a pas ete tire a cette iteration. expCurrent.accepted = true; }else{ randValue=hasardUniforme(); if (randValue<rhoValue){ expCurrent.rand = randValue; expCurrent.accepted = true; } else{ expCurrent.rand = randValue; expCurrent.accepted = false; } } } /** *Calcule la valeur de la fonction d'objectif de la parametrisation utilisee pour la simulation qui vient de s'achever. *@param result le numero de la simulation venant de s'achever *@return la valeur de fonction d'objectif */ public double calculFonctionObjectif(ResultStorage result) {//Inclut l'import des donnees, des resultats de la simulation et le calcul de la fonction d'objectif; /////***import the matrix of simulated data (here landings) from the simulation result MatrixND L = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); /////*** extract, sum, etc to obtain the same format/data as your observation matrix // useful methods to work on matrix : sumOverDim(), getSubMatrix(), reduce() //Somme sur les strategies, metiers, groupes et zones L= L.sumOverDim(1); L= L.sumOverDim(2); L= L.sumOverDim(3); L= L.sumOverDim(4); L= L.reduce(); //Indispensable pour pouvoir travailler sur la matrice et avoir les memes dimensions que les observations. ///////////////////Calcul du critere////////////////// log.info("calcul de la fonction objectif"); log.info("dim de L" + " " + Arrays.toString(L.getDim())); log.info("dim de obs" + " " + Arrays.toString(matrixDebarquement.getDim())); int annee = 0; double obser = 0;//Pour 1 an, la somme des dÃƒÆ’Ã‚Â©barquements, tous groupes confondus double obj = 0; double obj1 = 0; double obj2 = 0; // *** using the matrixIterator assumes that the observation and simulated // matrix are organised in the exact same way ( columns and rows corresponding in each of them) for (MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();) {// Les simus durent un an, obser sera toujours bon. g.next(); int[] dim = g.getCoordinates(); log.info(dim); double obs = matrixDebarquement.getValue(dim); obser +=obs; } for (MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();) { g.next(); int[] dim = g.getCoordinates(); double obs = matrixDebarquement.getValue(dim); double simules = g.getValue(); obj1 = Math.pow(0.001*(obs - simules), 2);// On prend le millieme au carre pour eviter les valeurs trop grandes obj2 = Math.pow(0.001*(obser), 2); obj += obj1/obj2; } return obj; } public void changeDelta (Experience expCurrent){ Experience aModifier = expCurrent ; //Si a refuse, ce sera le parent qui sera a modifier (si on change sur un expCurrent refuse, TSPCS on n'avait pas appele cette methode) if (expCurrent.accepted == false){ aModifier = expCurrent.parent; } double moyenne = 0; double newValue = 0; double minimum; double maximum; double pente; LinkedList<Double> valParam = new LinkedList<Double>(); for (int i =0; i<taille ; i++){//Pour tous les parametres, on va verifier s'il faut modifier la valeur de delta for (int j =0; j<50; j++){ valParam.add(historique.get(expCurrent.id-j).parametrisation[i].value); //To be checked! moyenne =+ valParam.get(j); } moyenne = moyenne/50;// Calcul de la moyenne minimum = Collections.min(valParam); maximum = Collections.max(valParam); if((Math.abs(minimum -moyenne)<3*aModifier.parametrisation[i].delta)&&(Math.abs(maximum -moyenne)<3*aModifier.parametrisation[i].delta)){ //Si le min et le max sont au moins de 2*delta de la moyenne => baisser delta newValue = aModifier.parametrisation[i].delta; aModifier.parametrisation[i].delta = newValue/2; } pente = historique.get(expCurrent.id-20).parametrisation[i].value - expCurrent.parametrisation[i].value; if ((pente<-10*aModifier.parametrisation[i].delta) && (pente>10*aModifier.parametrisation[i].delta)){ //J'ai pris 20000 au pif, a adapter aux soubresauts du recuit simule... newValue = aModifier.parametrisation[i].delta; aModifier.parametrisation[i].delta = newValue*2; } } } /** *Verifie si le critere d'arret de l'algorithme est atteint, les criteres pouvant changer selon les preferences de l'utilisateur. *@param compteurSimus le numero de la simulation qui vient de s'achever *@return true si le critere est atteint, false sinon. */ public boolean isCritereArretAtteint(Experience expCurrent){// Critee a choisir? A rendre variable au cours de l'algorithme? (autant sur le critee d'une methode que sur la methode employee?) /*Methode 1 double difference = Math.abs(expCurrent.objective - expCurrent.parent.objective); boolean bool = difference < seuilArret; *///seuil a determiner /*boolean bool=true; if (expCurrent.id>100){ bool=false;// Cette inversion de signification de booleen n'est que rustine temporaire... } /* if (temperature<seuilArret) //seuil a determiner double temperature = getExperience(compteurSimus).temperature bool=true; if (compteurSimus>seuilArret) //seuil a determiner bool=true; //Methode 4 numero de phase...vraiment? */ //etc. return bool; } /** *Calcule ce qu'on appelle (abusivement) la probabilite d'accepter la nouvelle parametrisation, appelee par @see acceptationSolution *@param deltaEnergy la difference de fonction d'objectif entre la nouvelle parametrisation et la parametrisation courante *@return la "probabilite" */ public double getProba(Experience expCurrent, double deltaEnergy){ double temp = expCurrent.temperature; double proba = Math.exp(deltaEnergy/temp); return proba; } /* /** *Verifie si le critere de modification de la temperature est atteint, les criteres pouvant varier selon les preferences de l'utilisateur. *@return true s'il faut modifier la temperature (@see modifierTemperature), false sinon. *:/ public boolean isModifierTemperature(){//Renvoie un booleen qui indique s'il faut changer ou non la temperature. boolean bool=false; if (compteurTemperature>seuilTemperature || compteurAccept>seuilAcceptance){//seuils a fixer/determiner bool=true; } return bool; } */ /** *Recupere le numero de la simulation renseignee *@param simulation storage de la simulationr enseignee *@return numero de la simulation renseignee */ public int getIteration(SimulationStorage simulation){ //Il n'y a pas de setIteration return simulation.getParameter().getSimulationPlanNumber() + 1; } }

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '14

30 Sep '14

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Site ISIS : ajouter une page de tutoriel
by Sigrid Lehuta 10 Sep '14

10 Sep '14

je voulais ajouter une page de tuto avant d oublier comment on cree un nouveau resultat mais je sais pas le faire. j ai ajouter le nouveau tuto a la liste mais comment je cree sa page ? (je pensais avoir seulement a cliquer dessus...) ?

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Fwd: [ISIS-Fish - Anomalie #5646] pour un graphique dans l interface de resultats
by Sigrid Lehuta 09 Sep '14

09 Sep '14

ok. oui c est un bug assez frequent : des valeurs tres faibles mais negatives. je pense que ca vient des arrondis dans les migrations par exemple... faudra d'ailleurs qu'on regarde ca. ---------- Forwarded message ---------- From: <admin(a)forge.codelutin.com> Date: 2014-09-09 15:16 GMT+02:00 Subject: [ISIS-Fish - Anomalie #5646] pour un graphique dans l interface de resultats To: La demande #5646 a été mise à jour par Eric Chatellier. Je pense que l'erreur peut se produire en cas de résultat négatif, sinon je ne vois pas. ---------------------------------------- Anomalie #5646: pour un graphique dans l interface de resultats http://forge.codelutin.com/issues/5646#change-24658 * Auteur: Sigrid Lehuta * Statut: En cours * Priorité: Normal * Assigné à: Eric Chatellier * Catégorie: * Version cible: 4.3.2.0 ---------------------------------------- java.lang.IllegalArgumentException: Color parameter outside of expected range: Red Green Blue at java.awt.Color.testColorValueRange(Unknown Source) at java.awt.Color. (Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.map.Motif.createOMDataMap(Motif.java:200) at fr.ifremer.isisfish.map.DataMapList.createOMGraphicList(DataMapList.java:237) at fr.ifremer.isisfish.map.ResultatLayer.generateGraphics(ResultatLayer.java:243) at fr.ifremer.isisfish.map.ResultatLayer.setDataMapList(ResultatLayer.java:101) at fr.ifremer.isisfish.map.ResultatLayer.setMatriceInfo(ResultatLayer.java:193) at fr.ifremer.isisfish.ui.result.MatrixMapRenderer.getComponent(MatrixMapRenderer.java:79) at org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.performRendering(MatrixViewerPanel.java:322) at org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.actionPerformed(MatrixViewerPanel.java:303) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) -- You have received this notification because you have either subscribed to it, or are involved in it. To change your notification preferences, please click here: http://forge.codelutin.com/my/account

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