- Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Jun '25

30 Jun '25

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '25

31 Mar '25

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '24

31 Dec '24

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '24

30 Sep '24

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Priorités de dev
by Sigrid LEHUTA 05 Sep '24

05 Sep '24

Hello merci pour la réunion d'aujourd'hui. Voici les dev envisagés priorisés (on a fait des regroupements). A bientot ! Sigrid et Steph 1- Forcage de l'effort pour remplacer inactivity 2- DB en ligne : o Où doit on les stoquer (comme pour les scripts?) o Droits d'acces et ecriture o Comparaison des bases et afficher les differences : pouvoir accepter ou non o Versionning des modifs o Que faire en cas de conflit ? * NB : le choix du logiciel de synchronisation doit tenir compte du besoin de publier sa base de données ISSI et obenir un DOI : ex. zenodo * Supprimer la DB et travailler direct sur les JSON * Expliciter qu’un script est lié (spécifique, non générique) à une région (ou un projet) Interet de pouvoir les exporter en meme temps que la region (ou les partager automatiquement si BD en ligne) Par ex . stocker dans le dossier de la DB / avoir un sous dossier dans community par region / official-community-personal / onglet scripts associer dans la db (avec le nom/chemin) / tag dans le script avec le nom de la region… -> sous-répertoires des scripts par région (rules/DEFIPEL) pour les scripts spécifiques à une region/projet. Avec une option pour les exporter en meme temps que la région. ·Faciliter le partages de codes java (génériques ou spécifiques à une région): git-isis... ou equivalent 3- Zones Métier : remettre en question l’effort homogène par métier Evolution à discuter : 1 metier contient plusieurs zones dans lequel l'effort est heterogene : associer une proportion à chaque zone Evolution liée : Generaliser le report d effort aux frontieres de l'AMP : quels blocages ? Peut on crééer un métier dans une règle (en dupliquant le metier concerné et en changeant sa zone) 4- Points divers * Necessary result dans les equations… * Ecrire un mode d'emploi de chaque equation (ex. croissance ou repro) + completer le manuel * Mode d emploi des parametres (utilises ou non, si oui ds quelle equation) + valeur par defaut -> lien hypertext ou fenetre qui s'ouvrir (ou RTFM) -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins :https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.8.2 released
by Sarah Bordage 26 Aug '24

26 Aug '24

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.8.2 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- This new version aims to improve calculation times. It is based on an update of “nuiton-matrix”, the library used by ISIS-Fish to manage multidimensional arrays. Please note that due to certain algorithmic changes, results may differ slightly from previous versions of ISIS-Fish. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/8426/isis-fish-4.4.8.2-bin… Have fun! -ISIS-Fish team

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Accélération des temps de simulation : demande de tests/retours utilisateurs
by Sarah Bordage 25 Jul '24

25 Jul '24

Bonjour à toutes et tous, Suite aux retours de la dernière journée utilisateurs, nous travaillons sur l'optimisation des temps de simulation sur ISIS-Fish et nous avons un développement qui mériterait validation. Nous somme partis d'une simulation de 12 mois sur Defipel pour analyser les temps de calculs. Sur cette simulation test, il s'est avéré que 80% du temps de calcul était dédié au calcul de la matrice de mortalité par pêche par la méthode 'SiMatrix.totalFishingMortality()'. Cette méthode prend un tableau de (stratégie, métier, classe, zone) et retourne une matrice de taille #classes x #zones, obtenue en faisant la somme sur les stratégies et sur les métiers des données d'entrée. Avec Benjamin, nous avons amélioré l'algorithme en charge de sommer un tableau le long d'un axe, ce qui a divisé par ~2.8 le temps de calcul de la simulation test. Souhaiteriez-vous tester cette nouvelle version ? Nous aimerions en particulier vérifier que les résultats sont toujours les mêmes, à epsilon près. En effet, nous sommes ici sur un problème d'arithmétique sur des nombres à virgules flottantes (en double précision dans le cas d'ISIS). Pour rappel, les nombres flottants sont des représentations de nombres réels, équivalentes à une notation scientifique en base 2. Ces nombres ont un nombre limité de chiffres significatifs (environ 16 sur des type "double"). Il s'en suit qu'un nombre réel pour lequel il n'existe pas de représentation à virgule flottante est approximé. Cette approximation ne peut être égale à la valeur réelle qu'"à un certain epsilon près". Lorsque des opérations arithmétiques sont effectuées sur des flottants, des erreurs d'approximations peuvent s'accumuler. De plus, contrairement au corps des réels, l'addition sur les flottants n'est pas associative : (a + b) + c n'est pas nécessairement égal à a + (b + c). Le nouvel algorithme n'effectuant pas les additions dans les même ordre qu'avant, et les résultats obtenus peuvent varier. Sur mes tests, la différence *relative* entre la précédente et la nouvelle implantation sont de l'ordre de 10^(-15), ce qui me semble acceptable, étant donnée la précision limitée des flottants de type `double`. Il est impossible de dire que l'une des deux implantations donne des résultats plus corrects que l'autre, étant donnée la précision limitée des flottants de type `double`. Cependant, je souhaiterais savoir si sur de vraies simulations, les différences d'approximation sont également raisonnables. Si certain(e)s sont intéressé(e)s pour tester ce développement, nous mettrons à disposition une pré-release de cette nouvelle version d'ISIS. En vous souhaitant une belle semaine, Sarah Bordage

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Jun '24

30 Jun '24

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '24

31 Mar '24

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.8.1 released
by Eric Chatellier 01 Mar '24

01 Mar '24

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.8.1 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #12293: Le cache d'equation n'utilise pas les equations modifiées pendant la simulation #12294: Modification de la configuration par defaut des chemins datarmor Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/8152/isis-fish-4.4.8.1-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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