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[Isis-fish-user] [annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.13
by Benjamin POUSSIN 20 Oct '05

20 Oct '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * Correction probleme de dimension pour les pop en longueur dans la matrice de changement d'age -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] Lancement ISIS
by Dominique PELLETIER 19 Oct '05

19 Oct '05

Bonjour à tous ceux que je n'ai pas encore vus, 1. Probleme de lancement aves 2 Go de RAM. Je viens d'installer une RAM de 2 Go sur mon portable. Mais pas possible de lancer isis avec une option -mx2000Mo ni meme 1796Mo, la plus forte qui permet de ne pas de seplanter est 1536Mo Comment dois-je faire pour utiliser toute la RAM. Apparemment, ce qui fait que çà se plante est le manque de RAM pour installer la Java VM (vu ds fichier erreur) Merci de m'aider très vite sur ce point, si possible avant 16h30. 2. Pour lancer ISIS sur nymphea, tenir compte des instructions de Bernard Prevosto (sur lesquelles j'aimerais avoir le sentiment de Benjamin) : """""" Votre question concernant " application sur nymphea " a été fermée. Réponse de l'assistance : ------------------------- java est utilisable sur nymphea il s'agit de la version: 1.4.2-3 il y a un probleme de stacksize qu'on ne peut résoudre dans l'immediat. ex: nymphea0> java -version FastVM cannot allocate its internal data. Please check process stack size and virtual address space limit. Stack size may be too large, or virtual address space too small., file /vobs/JavaGroup/Products/Java/J2SDK/fastvm/srcjava/runtime/thread.c, line 307 pour passer au dessus de ce probleme il y a deux solution: 1) utiliser l'option "-classic" ex: nymphea0> java -classic -version java version "1.4.2" Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition Classic VM (build 1.4.2-3, native threads, jit) 2) positionner la variable d'environnement JAVA_CLASSIC_VM ex: nymphea0> setenv JAVA_CLASSIC_VM 1 nymphea0> java -version java version "1.4.2" Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition Classic VM (build 1.4.2-3, native threads, jit) """"""" Dominique -- Dominique Pelletier Laboratoire MAERHA IFREMER BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 FRANCE E-mail: dpellet(a)ifremer.fr Tel: 33 2 40374164 Fax: 33 2 40374075 http://www.ifremer.fr/maerha/

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[Isis-fish-user] simulation echouee
by Dominique.Pelletier＠ifremer.fr 19 Oct '05

19 Oct '05

Rebonjour, Je viens de faire tourner une simu avec fermeture de reserve partielle (RP) a partir du script de presimu d'hilaire "cantonnement" Ca plante. Est-ce que qqun peut regarder pourquoi (fichier erreur ci-joint) car je n'ai pas la serenité ici pour me plonger dans le fichier. Je propose que qqun essaie de faire tourner une simu sur an avec fermeture de RP a partir de la base Banyuls19 sur la zone simulateur. Qd ca tourne, m'appeler et me donner les bons parametres de simu, et je lance sur 10 ans. Cà vous convient ? Dominique ---------------------------------------------------------------- This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.

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[Isis-fish-user] [Fwd: Re: Connection nymphea]
by Dominique PELLETIER 18 Oct '05

18 Oct '05

vous allez pouvoir vous connecter sur nymphea (je mets benjamin en copie via la liste) et y installer isis (qui le fait?) pour faire tourner se referer au mail envoyé a la liste user Il faut ouvrir une console exceed. SI exceed n'est pas installé sur votre machine, voir avec Olivier : d'ailleurs Olivier, tu peux peut-être faire le nécessaire pour les fichiers cshrhc et login à modifier ? A plus Dominique -------- Message d'origine -------- Sujet: Re: Connection nymphea Date: Tue, 18 Oct 2005 15:22:49 +0200 De: Bernard PREVOSTO <Bernard.Prevosto(a)ifremer.fr> Société: IFREMER A: Dominique PELLETIER <Dominique.Pelletier(a)ifremer.fr> Références: <4354F4E7.2050803(a)ifremer.fr> je vais faire le nécessaire. pour etre dans le bon environnement, il faut récuperer les bons .cshrc et .login propre a nymphea qui sont dans /home/services/exemples de brest sous les noms .cshrc.cpq et .login.cpq et se faire un .cshrc et un .login a aiguillage comme c'est decrit dans le manuel d'utilisation de nymphea que je te joins Bernard Dominique PELLETIER a écrit: > Rebonjour, > > Il faudrait autoriser les personnes suivantes à se connecter sur nymphea > > smahevas > hdrouine > yvermard > fbastard > oberthel > > Merci > Bonne Journée > Dominique -- Bernard PREVOSTO - DOP/DCB/IDM/RIC IFREMER Centre de Brest Tel: 02 98 22 45 43 - Fax: 02 98 22 45 46 Email: Bernard.Prevosto(a)ifremer.fr -- Dominique Pelletier Laboratoire MAERHA IFREMER BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 FRANCE E-mail: dpellet(a)ifremer.fr Tel: 33 2 40374164 Fax: 33 2 40374075 http://www.ifremer.fr/maerha/

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[Isis-fish-user] Re: Fond de cartes
by Benjamin POUSSIN 17 Oct '05

17 Oct '05

On Mon, 17 Oct 2005 15:55:02 +0200 Youen VERMARD <Youen.Vermard(a)ifremer.fr> wrote: > Ok merci j ai retrouve ta reponse et normalement on devrait avoir les > cartes au format shp, comment dois je utiliser la ligne de code > > java -cp ifremer-simulation-all.jar > com.bbn.openmap.layer.shape.SpatialIndex -c <nom_fichier_>.ssx > <nom_fichier>.shp > > pour recuperer le format ssx? je ne comprend pas la question, car la ligne précédente il me semble crée le fichier ssx. > Est ce que les fichiers doivent etre places à un endroit particulier? Je ne comprend pas la question :(, ou alors la reponse est non. ps: par pitié youen, sur les listes de discussion :), pas en direct a mon mail -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] Trans.: [iEMSs-news] Invitation to iEMSs 2006: a Summit on Environmental Modelling and Software (for Sustainability)
by Dominique.Pelletier＠ifremer.fr 14 Oct '05

14 Oct '05

Pour info Dominique ----- Message transféré de Andrea Emilio Rizzoli <andrea(a)idsia.ch> ----- Date : Fri, 14 Oct 2005 09:55:37 +0200 De : Andrea Emilio Rizzoli <andrea(a)idsia.ch> Adresse de retour :Andrea Emilio Rizzoli <andrea(a)idsia.ch> Sujet : [iEMSs-news] Invitation to iEMSs 2006: a Summit on Environmental Modelling and Software (for Sustainability) À : iemss-news(a)iemss.org A Summit on Environmental Modelling and Software (for Sustainability) will be held in Burlington, Vermont from July 9-12, 2006 (see http:// www.iemss.org/summit ). It incorporates the Third Biennial Meeting of the International Environmental Modelling and Software Society. The aim of the Summit is to enhance sustainability outcomes and decision processes by: * Establishing the state-of-the-art in Environmental Modelling and Software theory and practice for integrated assessment and management * Identifying research and practice for advancing the requisite knowledge base and tools, and their wider usage * Initiating and consolidating research partnerships for systematic studies that acquire, capture and generate knowledge platforms The Summit is built around a very innovative program of workshops (some 15 at present), as well as the more standard sessions (another 15 or so) with presentations. We refer you to the website and accompanying blog to examine which existing workshops and/or sessions you may wish to join - in which case you should contact the organisers of that session and join the blog. Workshops are designed to inspire discussions on most important topics in the field. Organisers will produce a rough draft of a Position Paper on the issues (opportunities, challenges etc.) by the end of November. All workshop participants would at least be required to have an abstract and may join in the review and authorship of the Position Paper. These papers and abstracts will be peer-reviewed and pre-published in the Summit Proceedings before the Summit. We will reserve at least one book in the Elsevier IDEA Series (http:// www.elsevier.com/wps/find/bookdescription.cws_home/BS_IDEA/ description) that will publish a chapter on the findings of each workshop and their Papers. For standard sessions there will be a more formal structure where there is a 20 minute slot for presentation, and FULL papers for these are mandatory, albeit with a timeline of February 2006 for submission to reviewers. We have reserved several special issues of international journals for a selection of the Proceedings Papers. Please do join us in this new style of meeting. And the convener, Alexey Voinov, and I would be pleased to field any inquiries on the Summit. Very best wishes, Tony Jakeman President Alexey Voinov Convenor P.S. Burlington lies on the eastern shore of Lake Champlain between the Adirondack and Green Mountains. Burlington is one of America's most livable cities. And, by the way, it issued a resolution in 2002 opposing the unilateral military action against Iraq. There are great opportunities for hiking and camping in Vermont in Summer. Please consider staying a few days longer to enjoy the mountains, forests and lakes of Vermont. -- This message has been sent to you by: Andrea Emilio Rizzoli IDSIA - Istituto Dalle Molle di Studi sull'Intelligenza Artificiale Galleria 2 CH-6928 Manno - Switzerland Ph: +41-(0)91-6108664 Fax: +41-(0)91-6108661 E-mail andrea(a)idsia.ch http://www.idsia.ch/~andrea and Alexey Voinov Gund Institute for Ecological Economics & Computer Science Department University of Vermont, 617 Main Street, Burlington, VT 05405-0088 E-mail: alexey.voinov(a)uvm.edu TEL: 802 656 2985 WWW: http://giee.uvm.edu/AV FAX: 802 656 2995 Summit on Env. Modeling and Software: http://www.iemss.org/iemss2006 _______________________________________________ iEMSs-news mailing list iEMSs-news(a)iemss.org http://mailman.ti-edu.ch/mailman/listinfo/iemss-news ----- Fin du message transféré ----- ---------------------------------------------------------------- This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.

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[Isis-fish-user] (aucun objet)
by Hilaire DROUINEAU 12 Oct '05

12 Oct '05

nouvelle version du pack avec: *correction des regles de gravite *quelques ameliorations sur les exports *ménage dans les scripts et méthode Elle est aussi sur M:\logiciel\ISIS-Fish\Isis-fish-2.0.11\NllesMesuresGestion Bonne journée Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] Nouveau bug
by Youen VERMARD 10 Oct '05

10 Oct '05

Bonjour, j'envoie ce mail sur la liste user car nous avons posté un nouveau bug vendredi num 691 (amelioraton des calculs de mortalité par pêche?) mais nous n'avons reçu aucun message pour le signaler. Bonne journée, Youen

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[Isis-fish-user] [annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.11
by Benjamin POUSSIN 07 Oct '05

07 Oct '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * passage de toutes les matrices en float pour prendre 2 fois moins de place * amelioration de la liberation du cache de calcul * ajout d'une condition pour les logs de SiMatrice2 * ajout de l'exception lors de log de probleme grave dans ifremerdb.xml J'ai reussi a faire tourner la pecherie de stephanie, mais c impossible de voir les resultats (ils sont trop gros pour passer en memoire, donc la solution a priori est de faire des exports automatique pour avoir les resultats que l'on souhaite directement en fichier texte) 22 strategies 24 metiers 70 zones 70 mailles 2 populations Il y a une erreur dans la migration 1 zone qui n'existe plus mais qui est utilisé pour la migration des crevettes il me semble (donc migration impossible) mais la simulation tourne tout de meme La simulation a utilisé 1,3 Go de mémoire, j'ai utilisé ShiftOne avec 300000 objets (je pense que mettre moins de 250000 voir 200000 n'est pas jouable, car ca prendrait trop de temps) les temps pour 10 ans de simulation 30 min de simulation (initialisation comprise) (donc ~15 secondes par mois) 7 min d'export 44 min de sauvegarde Pour arriver a faire tourner la simulation j'ai du me battre pas mal avec les matrices et les scripts. J'ai passé les matrices en float (on perd donc en précision). Et du coup les scripts ne fonctionnait plus :( Mais il va forcement falloir faire des choix, car au depart on m'avait dit qu'au dela de quelques metiers/strategies (c-a-d inferieur 10) les simulations ne servait plus a rien car on ne pouvait pas savoir ce qui impactait sur quoi. Ici il y 22 stratégies pour moi c 3 fois trop. Lorsque je dis pour moi je parle pour le simulation, car en calculant un peu la place d'une seul matrice de résultat on obtenait tout de même 75Mo pour elle, or elle n'est pas toutes seules il y en a beaucoup d'autre (17 exactement). Et la taille d'une matrice quelque soit le langage c la meme chose (Java/C/C++/...). (avec une moyenne de 40Mo/matrice 17*40=680Mo il ne reste pas grand place pour le reste de la simulation et de l'application :() Donc soit il faut modifier la representation des matrices, mais cela va faire perdre en performance, soit il faut restraindre les possibilités (nombre de strategies simultanément utilisé moins grand). De plus modifier la représentation des matrices n'est pas forcement très simple. En me creusant beaucoup la tête je pense en avoir trouvé une mais, je ne sais pas ce que cela peut donner tant que je ne l'ai pas implantée. En résumé, le réelle problème que l'on a c la place mémoire. - Il faut que la simulation fonctionne uniquement en RAM, sinon elle met trop de temps. - La taille des calculs intermédiare est proportionnelle au nombre d'objet et il faut au maximum essayer de conserver ces calculs pour gagner du temps - La taille des résultats est proportionnelle au nombre d'objet et il faut au maximum essayer de conserver les résultats pour gagner du temps lorsque les règles de gestion en ont besoin Toutes réductions de ce que l'on conserve en RAM, est pénalisant pour les performances. Si on conserve trop de chose en RAM, soit la simulation met trop de temps (SWAP) soit la simulation échoue car pas assez de mémoire, Dans la version 3 j'ai prevu de sauver les resultats dans la base au fur et a mesure de la simulation, cela a l'avantage de gagné de la place en RAM, car on peut les enlever de la RAM si on ne les utilise pas, mais forcement l'inconvéniant est l'acces au disque dur qui fait perdre du temps. De meme a priori il n'y aura pas de probleme de chargement de simulation pour le rendu, car les resultats seront chargé pour le rendu que l'on demande, alors que maintenant on charge tous les resultats avant de savoir lesquels l'utilisateur va utiliser. La seule autre optimisation de place est la modification d'implantation des matrices, mais comme je l'ai dit a priori cela fera aussi perdre un peu de temps (mais qui je pense peu etre acceptable) La liberation des calculs intermediaire est deja mis en place au travers du cache. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] Petit probleme avec le modele de gravite
by Hilaire DROUINEAU 29 Sep '05

29 Sep '05

Bonjour, j'ai un petit probleme avec le modele de gravite: imaginons une simu avec un tac et un modèle de gravité: si un métier est interdit par le tac, l'effort devient nul,et pas de LPUE, CPUE et VPUE donc pas d'attractivité l'année suivante... Que faire dans ce cas là? A mon avis dire que l'attractivité est nulle n'est pas satisfaisante (c'est pas parceque une année un pêcheur n'a pas pratiqué un métier du fait d'un tac qu'il ne le fera pas l'année suivante s'il en a la possibilité!). L'autre possibilité est de reprendre dans ce cas là la proportion initiale pmet de la base de données et prendre pour les autres métiers pi=(1-pmet).CPUEi/sumCPUE. Qu'est ce que vous en pensez? Hilaire Stephanie MAHEVAS a écrit: > Bonjour > > comme promis j'ai lance plusieurs simulations tests pendant le we. > Resultats des courses pas tres encourageants... > ---1--- > .bat : ShiftOne size = 800000 Optimization =LRU et LFU (false) > pecherie : ttes strategies + gravite CPUE sur 2 ans : plante --> > erreurgraviteCPUE.txt > ---2--- > .bat : ShiftOne size = 800000 Optimization =LRU et LFU (false) > pecherie : ttes strategies + gravite LPUE sur 2 ans : plante avec une > matriceCatchperStrategy = NaN --> erreurgraviteLPUE.txt > ---3--- > .bat : ShiftOne size = 500000 Optimization =LRU et LFU (false) > pecherie : ttes strategies + sans gravite sur 10 ans : plante --> > erreur10ans.txt > > en attache le zip avec les 3 fichiers d'erreurs. > > Etape suivante, MERCI DE FAIRE vite > > stephanie > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-devel mailing list > Isis-fish-devel(a)lists.labs.libre-entreprise.org > http://lists.labs.libre-entreprise.org/mailman/listinfo/isis-fish-devel -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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