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Installation isis et jdk sur caparmor
by Benjamin POUSSIN 27 May '16

27 May '16

Salut, Il faut commencer par téléchargé le jdk, en allant sur la page web: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133… Il faut accepter la licence, et télécharger la version: Linux x64 172.99 MB jdk-8u92-linux-x64.tar.gz Il faut ensuite télécharger la dernière version d'isis (ou celle que l'on veut utiliser, depuis la page: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files par exemple: https://forge.codelutin.com/attachments/download/3935/isis-fish-4.4.0.2-r43… Il faut ensuite réussir a mettre ces fichiers sur caparmor sur son compte. Sous linux on utiliserai (il faut etre dans le répertoire ou ont été téléchargés les fichiers): scp jdk-8u92-linux-x64.tar.gz isis-fish-4.4.0.2-r4346-bin.zip monlogin(a)caparmor.ifremer.fr: Attention au ':' a la fin et il faut remplacer monlogin par son nom sur caparmor. Pour changer de répertoire il faut utilise la commande (cd nom_du_repertoire, ls pour voir ce que le repertoire contient et pwd pour voir ou on est) Ensuite on va sur caparmor: ssh monlogin(a)caparmor.ifremer.fr et on tape les commandes: tar xvfz jdk-8u92-linux-x64.tar.gz unzip isis-fish-4.4.0.2-r4346-bin.zip les répertoires créés pour le jdk et isis s'affiche durant la décompression et doivent être (jdk1.8.0_92 et isis-fish-4.4.0.2-SNAPSHOT) Il faut utiliser ses chemins dans la configuration isis de l'ordinateur client à la place de ceux par défaut (ça doit être quelque chose comme /home/monlogin/jdk1.8.0_92) -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Fwd: Re: Fwd: Utilisation de caparmor depuis l exterieur de l ifremer
by Sigrid LEHUTA 26 May '16

26 May '16

Bonsoir, on m a conseillé d utiliser caparmor plutot ce week end (moins chargé) mais je ne suis pas sure que je puisse lancer isis et recuperer les simus (cf ci dessous). Si c est compliqué tant pis, je m'en passerai, par contre si ca vous parait simple, je veux bien des explications. Merci ! -------- Message transféré -------- Sujet : Re: Fwd: Utilisation de caparmor cette semaine Date : Wed, 25 May 2016 17:27:24 +0200 De : Denis Croizé-Fillon <Denis.Croize.Fillon(a)ifremer.fr> Pour : Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Copie à : Tina Odaka <Tina.Odaka(a)ifremer.fr>, CROIZE-FILLON <Denis.Croize.Fillon(a)ifremer.fr> Bonjour, Actuellement, le max sur la file est de 64 coeurs. L'accès depuis l'extérieur se fait via domicile (http://w3z.ifremer.fr/intraric/Mon-IntraRIC/Hors-du-bureau/Intranet/A-parti…) L'accès à domicile se fait avec vos identifiants extranet. Il faut alors lancer l'applet java (dernier choix de la page : java secure app manager) comme indiqué dans la partie ressources transmission de port. Une fois active, la connexion en ssh se fait par ssh -X -P 4022 slehuta@localhost (login et password intranet cette fois). Cela permet la connexion sur une machine (vbannec) à partir de laquelle ssh caparmor permet d'arriver sur caparmor. A tester avant le WE pour identifier les difficultés bonne fin de journée, Denis On 05/25/16 11:56, Tina Odaka wrote: > hi, > > you can start your job today, and i'll check if i can speed that up > during weekend, (you just need to submit all of your job, like > > you do normaly with isis-fish on your side, and i'll try to check on my > side) > > tina > > Le 2016-05-25 10:19, Sigrid LEHUTA a écrit : > >> Hi Tina >> thanks a lot. >> I am rusty about caparmor use and forgot the isis fish queue. How many cores do we have on it ? >> I need 1000 simulations for monday (depending on the machine 5 to 17 min per simulation). >> If I launch during the week end I would need to connect remotely, I dont know how to do that, but I ll try. >> >> Thanks ! >> >> Le 24/05/2016 21:00, Tina Odaka a écrit : >> >> Hi sigrid, >> >> i'm out of my office today and tomorrow. >> >> I guess what you want to do is to submit job to isis-fish? >> >> in that case you can use the queue isisfish as you used to do. >> >> when will you make presentation? >> >> also, how many simulation you will run? >> >> do you have any idea what time it will take for each simulation? >> >> as Denis answers you, the machine is full, but i think in weekends, it will go quite fast. >> >> regards, Tina >> >> Le 2016-05-24 19:17, Denis Croizé-Fillon a écrit : >> Bonsoir, >> >> Le max étant à 256 en soumettant sur parallel256, il y a donc moyen de soumettre deux jobs à 128, ce qui me parait répondre au besoin d'après la demande faite. >> Maintenant, la machine a une charge importante en ce moment et la dispo est donc limitée. Il n'est pas évident que ces jobs puissent s'exécuter rapidement, surtout au dela de 64 coeurs (parallel64). >> >> Denis >> >> Le 24/05/2016 18:43, Sigrid LEHUTA a écrit : >> Bonjour Denis, >> peux tu regarder le message ci-dessous. >> merci. >> Sigrid >> >> -------- Message transféré -------- >> >> SUJET : >> Utilisation de caparmor cette semaine >> >> DATE : >> Mon, 23 May 2016 18:15:41 +0200 >> >> DE : >> slehuta <slehuta(a)ifremer.fr> >> >> POUR : >> tina.odaka(a)ifremer.fr >> >> Bonjour Tina, >> >> après une longue absence, je vais avoir besoin de caparmor cette semaine (comme d'habitude en urgence pour préparer une conférence !). Serait il possible d'obtenir plus de coeur pour cette période ? 128 ca serait très bien, sinon Audric me "prête" les siens, il ne s en sert pas en ce moment, ca ferait 32. >> >> A partir de quand cela peut il etre operationnel ? ce soir ? >> >> Merci d'avance. >> >> Sigrid >> >> -- >> Sigrid LEHUTA >> ~ ><> ~ >> Ecologie et Modèles pour l'Halieutique >> IFREMER Nantes >> Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France >> Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) >> >> Membre de l'Association Française d'Halieutique >> http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en >> >> "The cautious modeller: craftsmanship without wizardry." A. Saltelli. -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "The cautious modeller: craftsmanship without wizardry." A. Saltelli.

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Emplacement isis-config-4 windows
by Sigrid Lehuta 26 May '16

26 May '16

C:\Users\slehuta\AppData\Roaming

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caparmor
by Sigrid Lehuta 25 May '16

25 May '16

Hello, as tu pu voir le pb avec caparmor ? c est mon dernier espoir... Merci

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Script modification d une region - update
by Sigrid Lehuta 28 Apr '16

28 Apr '16

en fait j ai trouvé le pb ds la premiere erreur mais j en ai une nouvelle :-( Merci ! ---------- 1. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\scripts\FillTargetFactors.java (at line 114) matrixTargetFactors.importCSV(new FileReader(fileTargetFactors),new int []{0,0}); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Unhandled exception type IOException ---------- 2. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\scripts\FillTargetFactors.java (at line 114) matrixTargetFactors.importCSV(new FileReader(fileTargetFactors),new int []{0,0}); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Unhandled exception type FileNotFoundException ---------- 2 problems (2 errors) Le 27 avril 2016 à 08:31, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > Salut Eric, > ca y est je me repenche sur ton script, je l ai modifié pour faire ce dont > j ai besoin (en pj), copié ds le community/scripts et verifié ds l > interface de scripts et j ai cette erreur : > ERROR in > C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\scripts\FillTargetFactors.java > (at line 41) > public class RegionBatchScript { > ^^^^^^^^^^^^^^^^^ > The public type RegionBatchScript must be defined in its own file > > Quel est le probleme s il te plait ? > Merci > > > > Le 10 mars 2016 à 10:50, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a > écrit : > >> Le 08/03/2016 17:29, Sigrid Lehuta a écrit : >> > pour moi c'est surtout les zones et les paramètres des métiers. >> J'ai commité un example de script [1], dans le dépot de communauté. >> >> [1] : >> >> https://svn.codelutin.com/isis-fish-community/trunk/scripts/RegionBatchScri… >> >> -- >> Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-devel mailing list >> Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel >> > >

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CR réunion ISIS-devel : futures évolutions
by Sigrid Lehuta 27 Apr '16

27 Apr '16

Hello, voici mes courtes notes sur les possibles évolutions d'ISIS en 2016. Merci de vos compléments et commentaires. Si besoin, prévoir une réunion téléphonique ou en chair et os pour peaufiner. - Dans les projets : j'ai oublié de mentionner que SMAC qui a un petit budget de maintenance ISIS-Fish (sole en Manche-est). On s'y interrogera sur la définition des zones... - Vérifier les valeurs par défaut d'ISIS fournir un tableau des valeurs à afficher pour shinter les paramètres - Mise en base de données (possiblement spatialisée) des paramètres et données utilisées pour la paramétrisation : Cela doit-il être inclus dans ISIS ? N'est ce pas exactement l'outil de partage de coselmar? - Repartir un job sur plusieurs machines (hors caparmor) - Script pour modifier la pêcherie : "main" utilise pour le remplissage ou la création des objets de la DB par programmation plutot que via l'interface - Production d'un rapport lisible des parametres de la DB : nouvel export preparer le template permet l'export des param pendant une simulation Ou (comme pas de necessary results) en dehors d'une simu. - Possibilité d importer les parametres d'une région ds une autre région : pour copier/coller des bouts de pecherie (une espèce ou toutes les espèces mais pas les infos spatialisées...) à partir du fichier d'export (cf au dessus) ? Problème lié au topia des objets aléatoirement attribués ?

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '16

31 Mar '16

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] ISIS-Fish 4.4.0.1 est disponible !
by Eric Chatellier 14 Mar '16

14 Mar '16

Bonjour, La nouvelle version d'ISIS-Fish 4.4.0.1 est disponible. Vous pouvez désormais la télécharger à l'adresse suivante: https://forge.codelutin.com/attachments/download/3786/isis-fish-4.4.0.1-bin… Changements ----------- Cette version restaure la compatibilité minimum avec Java 7 (mais fonctionne aussi avec Java 8). Pour la liste complète des modifications, elle est disponible ici : https://forge.codelutin.com/versions/964 La documentation est toujours disponible sur le site: http://www.isis-fish.org/. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] ISIS-Fish 4.4.0.0 est disponible !
by Eric Chatellier 01 Mar '16

01 Mar '16

Bonjour, La nouvelle version d'ISIS-Fish 4.4.0.0 est disponible. Vous pouvez désormais la télécharger à l'adresse suivante: https://forge.codelutin.com/attachments/download/3742/isis-fish-4.4.0.0-bin… Changements ----------- Cette nouvelle version majeure d'ISIS-Fish apporte son lot de nouveautés et de corrections. Pour plus de détails sur les nouveautés, n'hésitez pas à consulter cette page: http://isis-fish.org/v4/user/changes/changements44.html Pour la liste complète des modifications, elle est disponible ici : https://forge.codelutin.com/versions/645 La documentation est toujours disponible sur le site: http://www.isis-fish.org/. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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4.4 release ?
by Sigrid Lehuta 01 Mar '16

01 Mar '16

Bonjour, j'ai perdu le fil concernant la 4.4. Eric attends tu queje te donne le feu vert pour une release de la 4.4 ? Merci !

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